Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold2167
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 639
Length: 1065
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.16, T:0.34
Found at i:803 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 793--838 Score: 56
Period size: 7 Copynumber: 6.0 Consensus size: 7
783 TGATATATTT
793 TTATGTA
1 TTATGTA
800 TTATGTAA
1 TTATGT-A
808 GTTATGTAA
1 -TTATGT-A
817 GTTATGTA
1 -TTATGTA
825 TTATGTA
1 TTATGTA
832 TTATGTA
1 TTATGTA
839 AGTACTGTAA
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 0, Indels: 4
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
7 20 0.54
8 2 0.05
9 15 0.41
ACGTcount: A:0.30, C:0.00, G:0.17, T:0.52
Consensus pattern (7 bp):
TTATGTA
Found at i:814 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 800--1065 Score: 157
Period size: 9 Copynumber: 30.1 Consensus size: 9
790 TTTTTATGTA
800 TTATGTAAG
1 TTATGTAAG
809 TTATGTAAG
1 TTATGTAAG
818 TTATGT-A-
1 TTATGTAAG
825 TTATGT-A-
1 TTATGTAAG
832 TTATGTAAG
1 TTATGTAAG
841 -TACTGTAAG
1 TTA-TGTAAG
* *
850 TAATTTAAG
1 TTATGTAAG
*
859 CTATGTAAG
1 TTATGTAAG
*
868 TAATGT-A-
1 TTATGTAAG
875 TTATGTAAG
1 TTATGTAAG
* *
884 TTGTGTACTACACCA
1 TTATG---TA-A--G
*
899 TTATGTGAG
1 TTATGTAAG
*
908 TTGTGT-A-
1 TTATGTAAG
*
915 TAATGTAAG
1 TTATGTAAG
*
924 TTAAG-AAGG
1 TTATGTAA-G
933 TTATGT-A-
1 TTATGTAAG
*
940 TAATGTAAG
1 TTATGTAAG
**
949 TTATGCCAG
1 TTATGTAAG
* *
958 TTATTTAAT
1 TTATGTAAG
967 TTATGTAAG
1 TTATGTAAG
*
976 TTAT-TAAT
1 TTATGTAAG
984 TTATGTAAG
1 TTATGTAAG
993 TTATGTAAG
1 TTATGTAAG
*
1002 TTACT-TAAT
1 TTA-TGTAAG
*
1011 TTATGCAAG
1 TTATGTAAG
*
1020 TTATTTAAG
1 TTATGTAAG
1029 TTATGTAAG
1 TTATGTAAG
1038 TTATGTAAG
1 TTATGTAAG
*
1047 TTACT-TAAT
1 TTA-TGTAAG
1056 TTATGTAAG
1 TTATGTAAG
1065 T
1 T
Statistics
Matches: 195, Mismatches: 39, Indels: 46
0.70 0.14 0.16
Matches are distributed among these distances:
7 27 0.14
8 20 0.10
9 136 0.70
10 3 0.02
11 1 0.01
12 3 0.02
13 1 0.01
15 4 0.02
ACGTcount: A:0.33, C:0.04, G:0.18, T:0.45
Consensus pattern (9 bp):
TTATGTAAG
Found at i:960 original size:25 final size:24
Alignment explanation
Indices: 906--1004 Score: 72
Period size: 25 Copynumber: 3.9 Consensus size: 24
896 CCATTATGTG
* *
906 AGTTGTGTATAATGTAAGTTAAGA
1 AGTTATGTATAATGTAAGTTATGA
*
930 AGGTTATGTATAATGTAAGTTATGCC
1 A-GTTATGTATAATGTAAGTTATG-A
* * *
956 AGTTATTTAATTTATGTAAGTTATTA
1 AGTTATGT-A-TAATGTAAGTTATGA
* *
982 ATTTATGTAAGTTATGTAAGTTA
1 AGTTATGT-A-TAATGTAAGTTA
1005 CTTAATTTAT
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 10, Indels: 6
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
24 1 0.02
25 26 0.43
26 22 0.36
27 12 0.20
ACGTcount: A:0.34, C:0.02, G:0.19, T:0.44
Consensus pattern (24 bp):
AGTTATGTATAATGTAAGTTATGA
Done.