Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Chr10
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Warning! 2183483 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 72 of 145
Found at i:23933381 original size:43 final size:43
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Indices: 23933291--23933626 Score: 423
Period size: 43 Copynumber: 7.8 Consensus size: 43
23933281 TTTTTGCTAG
* * **
23933291 AAGCGCCGCTAAAGGT-TTGTTCTTTAGCGGCGTTT-T-CAAT
1 AAGCGCCGCTAAAGGTCTTGGTCTTTAGCAGCGTTTGTGGGAT
* * *
23933331 AAAAGCGCCGCTAAATGTCATGGTCTATAGCAGCGTTTGTGGGAT
1 --AAGCGCCGCTAAAGGTCTTGGTCTTTAGCAGCGTTTGTGGGAT
*
23933376 AAGCGCCGCTAAAGGTCTTGGTCTTTAGCGGCGTTTGTGGGGA-
1 AAGCGCCGCTAAAGGTCTTGGTCTTTAGCAGCGTTTGT-GGGAT
* * *
23933419 AAGTGCCGCTAAAGGTTTTGGTATTTAGCAGCGTTTGTGGGAT
1 AAGCGCCGCTAAAGGTCTTGGTCTTTAGCAGCGTTTGTGGGAT
*
23933462 AAGCGCCGCTAAAGGTCTTGGTCTTTAG-AGGCTTTTGTGGGAT
1 AAGCGCCGCTAAAGGTCTTGGTCTTTAGCA-GCGTTTGTGGGAT
* *
23933505 AAACGCCGCTAAAGGTCTTGGTCTTTAGCGGCGTTTGTGGGAT
1 AAGCGCCGCTAAAGGTCTTGGTCTTTAGCAGCGTTTGTGGGAT
* *
23933548 AAACACCGCTAAAGGTCTTGGTCTTTAGCAGCGTTTGTGGGGA-
1 AAGCGCCGCTAAAGGTCTTGGTCTTTAGCAGCGTTTGT-GGGAT
* *
23933591 AAGCGCCGCTAAAGGTTTTGGTCTTTAGCGGCGTTT
1 AAGCGCCGCTAAAGGTCTTGGTCTTTAGCAGCGTTT
23933627 TTTTCTAAAA
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Consensus pattern (43 bp):
AAGCGCCGCTAAAGGTCTTGGTCTTTAGCAGCGTTTGTGGGAT
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23936540 GACTTGTTTG
*
23936550 AAAATCATTTTGA-TGTG-TT
1 AAAATCATTTTAACT-TGATT
*
23936569 AAAATGATTTTAACTTGATT
1 AAAATCATTTTAACTTGATT
*
23936589 AAAATCATTTTCACTTGATT
1 AAAATCATTTTAACTTGATT
23936609 TTAAAATTGT
Statistics
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20 21 0.62
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AAAATCATTTTAACTTGATT
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23939013 TACGGCACAT
* **
23939023 AAGTGCCTGAAACGACAAACG
1 AAGTGCCTGATACGACAAATA
*
23939044 AGGTGCCTGATACGACAAATA
1 AAGTGCCTGATACGACAAATA
*
23939065 AAGTGCCTGAGATACGACACATA
1 AAGTGCCT--GATACGACAAATA
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1 AAGTGCCTGAT
23939099 CGGCAAAGCC
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AAGTGCCTGATACGACAAATA
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23941786 ATTTTATCTT
23941796 AATTTAACAAATCCTGAATG
1 AATTTAACAAAT-CTGAATG
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1 AATTTAA-CAAATCTGAATG
23941835 TTTTCCCTTA
Statistics
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Consensus pattern (19 bp):
AATTTAACAAATCTGAATG
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23942964 CACGGGTCGC
23942974 CCAAGTCGACTGTGAACCTACTGTAGGTTTGGTAAGCATCACTTAGACCTCTAATTGTACGAGCT
1 CCAAGTCGACTGTGAACCTACTGTAGGTTTGGTAAGCATCACTTAGACCTCTAATTGTACGAGCT
23943039 GAGTGTTTGATTTATATATGTGTTGAGCATGAA
66 GAGTGTTTGATTTATATATGTGTTGAGCATGAA
*
23943072 CCAAGTCGACTGTGAACCTACTGTAGGTTTGGTAAGCATCATTTAGACCTCTAATTGTACGAGCT
1 CCAAGTCGACTGTGAACCTACTGTAGGTTTGGTAAGCATCACTTAGACCTCTAATTGTACGAGCT
23943137 GAGTGTTTGATTTATATATGTGTTGAGCATGAA
66 GAGTGTTTGATTTATATATGTGTTGAGCATGAA
23943170 GATAGCATGC
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98 97 1.00
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CCAAGTCGACTGTGAACCTACTGTAGGTTTGGTAAGCATCACTTAGACCTCTAATTGTACGAGCT
GAGTGTTTGATTTATATATGTGTTGAGCATGAA
Found at i:23943529 original size:40 final size:41
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23943449 TGTTACTAAA
* **
23943459 TACTGCATGATTGCTACTGATACTGTGATGGGCTAAGGCCC
1 TACTGCATGATTGATACTGATACTAAGATGGGCTAAGGCCC
23943500 TACTGCAT-ATTTGATACT-ATACTAAGATGGGCTAAGGCCC
1 TACTGCATGA-TTGATACTGATACTAAGATGGGCTAAGGCCC
23943540 AAACTGTTAC
Statistics
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40 21 0.58
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TACTGCATGATTGATACTGATACTAAGATGGGCTAAGGCCC
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23945914 CCACTTTGGT
23945924 GGTGGACAATGCAACACTATTTTGTTT-TTTGAAAACC
1 GGTGGACAATGCAACACTATTTTGTTTCTTTGAAAACC
23945961 GGTGGACAATGCAACACTATTTTGTTTCTTTGAAAACC
1 GGTGGACAATGCAACACTATTTTGTTTCTTTGAAAACC
23945999 ATGAAATTAG
Statistics
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GGTGGACAATGCAACACTATTTTGTTTCTTTGAAAACC
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23954085 GCGAACAATA
* *
23954095 GCTTTAGCGGTGTTTTTAAGAAAGCGCCGCAAAAAACCTAAGCAAAAACGACGTCGTTTTGTGAG
1 GCTTTAGCGGCGTTTTTAAGAAAGCGCCGCAAAAAACCTAAGCCAAAACGACGTCGTTTTGTGAG
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66 CTTTTGGGGATTTAGCGGCGCTTTAAGGAAAGCGCCGCTAATGCTCAGG
* * * *
23954209 GCTTTAGCGGCGTTTTTGAGAAAGCGCTGCAAAAAACCTAAGCCAAAACAACGCCGTTTTGTGAG
1 GCTTTAGCGGCGTTTTTAAGAAAGCGCCGCAAAAAACCTAAGCCAAAACGACGTCGTTTTGTGAG
23954274 CTTTTGGGGATTTAGCGGCGCTTTAAGGAAAGCGCCGCTAATGCTCAGG
66 CTTTTGGGGATTTAGCGGCGCTTTAAGGAAAGCGCCGCTAATGCTCAGG
* * *
23954323 GCTTTAGCGGCGTTTTCAAGAAAGCGCCGCAAAGAGCCTAAGCCAAAACGACGTCGTTTTGTGAG
1 GCTTTAGCGGCGTTTTTAAGAAAGCGCCGCAAAAAACCTAAGCCAAAACGACGTCGTTTTGTGAG
*
23954388 CTTTGGGGGATTTAGCGGCG
66 CTTTTGGGGATTTAGCGGCG
23954408 TTTTTGAGCA
Statistics
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0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
114 185 1.00
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GCTTTAGCGGCGTTTTTAAGAAAGCGCCGCAAAAAACCTAAGCCAAAACGACGTCGTTTTGTGAG
CTTTTGGGGATTTAGCGGCGCTTTAAGGAAAGCGCCGCTAATGCTCAGG
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23954201 TGCTCAGGGC
*
23954211 TTTAGCGGCGTTTTTGAGAAAGCGCTGCAAAAAACCTAAGCCAAAACAACGCCGTTTTGTGAGCT
1 TTTAGCGGCGTTTTTGAGAAAGCGCCGCAAAAAACCTAAGCCAAAACAACGCCGTTTTGTGAGCT
* *
23954276 TTTGGGGATTTAGCGGCG-CTTTAAGGAAAGCGCCGCTAATGCTCAGGGCTTTAGCGGCGTTTTC
66 TTCGGGGATTTAGCGGCGTCTTTAAGG-AAGCGCCGCTAATGCTCAGGGCTTTAGCGGCATTTTC
* * * * *
23954340 AAGAAAGCGCCGC-AAAGAGCCTAAGCCAAAACGACGTCGTTTTGTGAGCTTTGGGGGA
130 AAGAAAGCGCCGCAAAAAAACATAAACC-AAACGACGTCGTTTTGTGAGCTTTCGGGGA
*
23954398 TTTAGCGGCGTTTTTGAGCAAGCGCCGCAAAAAACCTAAGCCAAAACAACGCCGTTTTGTGAGCT
1 TTTAGCGGCGTTTTTGAGAAAGCGCCGCAAAAAACCTAAGCCAAAACAACGCCGTTTTGTGAGCT
* * * * *
23954463 TTCGGGGATTTAGCGGCGTTTTTAAGGAAGCTCCGCTAATGCTTAGGTCTTTAGCGGCATTTTTA
66 TTCGGGGATTTAGCGGCGTCTTTAAGGAAGCGCCGCTAATGCTCAGGGCTTTAGCGGCATTTTCA
* * *
23954528 GGAAAGCGCTGCAAAAAAACATAAACCAAACGATGTCGTTTTGTGAGCTTTCGGGGA
131 AGAAAGCGCCGCAAAAAAACATAAACCAAACGACGTCGTTTTGTGAGCTTTCGGGGA
23954585 TTTAGCGGCG
1 TTTAGCGGCG
23954595 AAAAAAATAA
Statistics
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0.89 0.09 0.02
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187 161 0.90
188 17 0.10
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TTCGGGGATTTAGCGGCGTCTTTAAGGAAGCGCCGCTAATGCTCAGGGCTTTAGCGGCATTTTCA
AGAAAGCGCCGCAAAAAAACATAAACCAAACGACGTCGTTTTGTGAGCTTTCGGGGA
Found at i:23954444 original size:73 final size:73
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23954315 TGCTCAGGGC
* * * * *
23954325 TTTAGCGGCGTTTTCAAGAAAGCGCCGCAAAGAGCCTAAGCCAAAACGACGTCGTTTTGTGAGCT
1 TTTAGCGGCGTTTTTAAGAAAGCGCCGCAAAAAACCTAAGCCAAAACAACGCCGTTTTGTGAGCT
*
23954390 TTGGGGGA
66 TTCGGGGA
* *
23954398 TTTAGCGGCGTTTTTGAGCAAGCGCCGCAAAAAACCTAAGCCAAAACAACGCCGTTTTGTGAGCT
1 TTTAGCGGCGTTTTTAAGAAAGCGCCGCAAAAAACCTAAGCCAAAACAACGCCGTTTTGTGAGCT
23954463 TTCGGGGA
66 TTCGGGGA
* *
23954471 TTTAGCGGCGTTTTTAAGGAAGCTCCGC
1 TTTAGCGGCGTTTTTAAGAAAGCGCCGC
23954499 TAATGCTTAG
Statistics
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TTTAGCGGCGTTTTTAAGAAAGCGCCGCAAAAAACCTAAGCCAAAACAACGCCGTTTTGTGAGCT
TTCGGGGA
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23954883 TTATGAAATT
23954893 AAGGTAAGTAATAGCGGCGTTTTTGTAAAAAACGTCACAAAATAATTTTACTTTTAAAAAATAGC
1 AAGGTAAGTAATAGCGGCGTTTTTGTAAAAAACGTCACAAAATAATTTTACTTTTAAAAAATAGC
23954958 CCCCTTTTAGCATAGCATAGCAAAACGGCGTAGTTTTATTCAAAATGAATTTTTTTGCTGCGTTT
66 CCCCTTTTAGCATAGCATAGCAAAACGGCGTAGTTTTATTCAAAATGAATTTTTTTGCTGCGTTT
23955023 TTATGAAAAACACCGCTA
131 TTATGAAAAACACCGCTA
23955041 AAGGTAAGTAATAGCGGCGTTTTTGTAAAAAACGTCACAAAATAATTTTACTTTTAAAAAATAGC
1 AAGGTAAGTAATAGCGGCGTTTTTGTAAAAAACGTCACAAAATAATTTTACTTTTAAAAAATAGC
23955106 CCCCTTTTAGCATAGCATAGCAAAACGGCGTAGTTTTATTCAAAATGAATTTTTTTGCTGCGTTT
66 CCCCTTTTAGCATAGCATAGCAAAACGGCGTAGTTTTATTCAAAATGAATTTTTTTGCTGCGTTT
23955171 TTATGAAAAACACCGCTA
131 TTATGAAAAACACCGCTA
23955189 AAGGTAAGTAATAGCGGCGTTTTTGTAAAAAACGTCACAAAATAATTTTACTTTTAAAAAATAGC
1 AAGGTAAGTAATAGCGGCGTTTTTGTAAAAAACGTCACAAAATAATTTTACTTTTAAAAAATAGC
23955254 CCCCTTTTAGCATAGCATAGCAAAACGGCGTAGTTTTATTCAAAATGAATTTTTTTGCTGCGTTT
66 CCCCTTTTAGCATAGCATAGCAAAACGGCGTAGTTTTATTCAAAATGAATTTTTTTGCTGCGTTT
23955319 TTATGAAAAACACCGCTA
131 TTATGAAAAACACCGCTA
23955337 AAGGTAAGTAATAGCGGCGTTTTTGTAAAAAACGTCACAAAATAATTTTACTTTTAAAAAATAGC
1 AAGGTAAGTAATAGCGGCGTTTTTGTAAAAAACGTCACAAAATAATTTTACTTTTAAAAAATAGC
23955402 CCCCTTTTAGCATAGCATAGCAAAACGGCGTAGTTTTATTCAAAATGAATTTTTTTGCTGCGTTT
66 CCCCTTTTAGCATAGCATAGCAAAACGGCGTAGTTTTATTCAAAATGAATTTTTTTGCTGCGTTT
23955467 TTATGAAAAACACCGCTA
131 TTATGAAAAACACCGCTA
23955485 AAGGTAAGTAATAGCGGCGTTTTTGTAAAAAACGTCACAAAATAATTTTACTTTTAAAAAATAGC
1 AAGGTAAGTAATAGCGGCGTTTTTGTAAAAAACGTCACAAAATAATTTTACTTTTAAAAAATAGC
23955550 CCCCTTTTAGCATAGCATAGCAAAACGGCGTAGTTTTATTCAAAATGAATTTTTTTGCTGCGTTT
66 CCCCTTTTAGCATAGCATAGCAAAACGGCGTAGTTTTATTCAAAATGAATTTTTTTGCTGCGTTT
23955615 TTATGAAAAACACCGCTA
131 TTATGAAAAACACCGCTA
23955633 AAGGTAAGTAATAGCGGCGTTTTTGTAAAAAACGTCACAAAATAATTTTACTTTTAAAAAATAGC
1 AAGGTAAGTAATAGCGGCGTTTTTGTAAAAAACGTCACAAAATAATTTTACTTTTAAAAAATAGC
* * *
23955698 CCCCTTTTAGCATAGCATAGCAAAACGGCGTAGTTTTGTTCAAAATGAATTTTTTTGCGGCGCTT
66 CCCCTTTTAGCATAGCATAGCAAAACGGCGTAGTTTTATTCAAAATGAATTTTTTTGCTGCGTTT
*
23955763 TTATGAAAAACGCCGCTA
131 TTATGAAAAACACCGCTA
* * * *
23955781 AAGGTAAGCAATAGCGGCGTTTTTATAAAAAAACGCCACAAAATAATTTTACTTTAAAAAAATAG
1 AAGGTAAGTAATAGCGGCGTTTTTGT-AAAAAACGTCACAAAATAATTTTACTTTTAAAAAATAG
* * * * * *
23955846 -CCCCTTTTAGCATATCATAGCAAAACGGCATAATTTTGTTCAAAATAAATTTTTTTG-TGGCGC
65 CCCCCTTTTAGCATAGCATAGCAAAACGGCGTAGTTTTATTCAAAATGAATTTTTTTGCT-GCGT
23955909 TTTTATGAAAAAC
129 TTTTATGAAAAAC
23955922 GTCGCAAAAA
Statistics
Matches: 866, Mismatches: 13, Indels: 4
0.98 0.01 0.00
Matches are distributed among these distances:
148 830 0.96
149 36 0.04
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AAGGTAAGTAATAGCGGCGTTTTTGTAAAAAACGTCACAAAATAATTTTACTTTTAAAAAATAGC
CCCCTTTTAGCATAGCATAGCAAAACGGCGTAGTTTTATTCAAAATGAATTTTTTTGCTGCGTTT
TTATGAAAAACACCGCTA
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23957626 GTCTGGTTTA
*
23957636 TTTCTCTTTTAAAATGAAAGCACCATATATAATAACTTTTG
1 TTTCTATTTTAAAATGAAAGCACCATATATAATAACTTTTG
* *
23957677 TTTCTGTAGTTTAAAATGAAGGCACCATATATAATAACTTTTG
1 TTTC--TATTTTAAAATGAAAGCACCATATATAATAACTTTTG
*
23957720 GTTCTATTTT
1 TTTCTATTTT
23957730 TTTTTCTTTT
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 5, Indels: 4
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
41 9 0.20
43 37 0.80
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.11, T:0.44
Consensus pattern (41 bp):
TTTCTATTTTAAAATGAAAGCACCATATATAATAACTTTTG
Found at i:23957690 original size:43 final size:43
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Indices: 23957643--23957724 Score: 146
Period size: 43 Copynumber: 1.9 Consensus size: 43
23957633 TTATTTCTCT
*
23957643 TTTAAAATGAAAGCACCATATATAATAACTTTTGTTTCTGTAG
1 TTTAAAATGAAAGCACCATATATAATAACTTTTGGTTCTGTAG
*
23957686 TTTAAAATGAAGGCACCATATATAATAACTTTTGGTTCT
1 TTTAAAATGAAAGCACCATATATAATAACTTTTGGTTCT
23957725 ATTTTTTTTT
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Matches: 37, Mismatches: 2, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
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TTTAAAATGAAAGCACCATATATAATAACTTTTGGTTCTGTAG
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23959572 AAGGTTGTAG
23959582 CTGCAATGTGCTGAGGC
1 CTGCAATGTGCTGAGGC
23959599 CTGCAATGTGCTGAGG
1 CTGCAATGTGCTGAGG
23959615 TAATCTTGAG
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Matches are distributed among these distances:
17 16 1.00
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CTGCAATGTGCTGAGGC
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23959946 GTGGCGGATG
23959956 CTTTCCTTGCCAGCAC
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1 CTT
23959991 GCGTTACATT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 19 1.00
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CTTTCCTTGCCAGCAC
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Period size: 43 Copynumber: 3.9 Consensus size: 43
23960491 CACTTGTGAT
* * * **
23960501 AAAATCGCCGCTAAAGGTCATGGTTTTTAGCGGTATTTGTGGG
1 AAAAGCGCCGCTAAAGATCATGGTCTTTAGCGGCGTTTGTGGG
* *
23960544 AAAAGCGCCGCTAAAGTTCATTGTCTTTAGCGGCGTTTGTGGG
1 AAAAGCGCCGCTAAAGATCATGGTCTTTAGCGGCGTTTGTGGG
* * * *
23960587 AAAAGCGCCGCTAAAGCTCATGGTCTTTAGTGGCGTTAGTGGT
1 AAAAGCGCCGCTAAAGATCATGGTCTTTAGCGGCGTTTGTGGG
* *
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1 AAAAGCGCCGCTAAAGATCATGGTCTTTAGCGGCGTTT
23960668 TTTTTTAAAA
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Matches: 110, Mismatches: 14, Indels: 0
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43 110 1.00
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AAAAGCGCCGCTAAAGATCATGGTCTTTAGCGGCGTTTGTGGG
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23961294 TTATTTATAG
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Consensus pattern (16 bp):
TGTTTCTTTTCCCCAT
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* *
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* ** *
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*
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1 CTTTAGCGGCGCTTTTACCACAAACGCCGCTAAAGACCAAGAC
*** *
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1 CTTTAGCGGCGCTTTTACCACAAACGCCGCTAAAGACCAAGAC
* * * *
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1 CTTTAGCGGCGCTTTTACCACAAACGCCGCTAAAGACCAAGAC
* * * *
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* * *
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23973018 AACATAATCT
Statistics
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CTTTAGCGGCGCTTTTACCACAAACGCCGCTAAAGACCAAGAC
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23972718 GCGTCGCTAA
* * * * **
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*
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***
23972814 CTTTAGCGACGCTTTT-CCACAAACGCCGCTAAAGACCAAGACCTTTAGCGGCGCTTTTTGTACA
1 CTTTAGCGACGCTTTTACCACAAACGCCGCTAAAGACCAAGACCTTTAGCGGCGCTTTTACCACA
*
23972878 AACGCCGCTAAAGACCACGAC
66 AACGCCGCTAAAGACCAAGAC
* * * * *
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1 CTTTAGC-GACGCTTTTACCACAAACGCCGCTAAAGACCAAGACCTTTAGCGGCGCTTTTACCAC
* *
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65 AAACGCCGCTAAAGACCAAGAC
* * * *
23972984 CTTTAGCGGCGCTTCTAACAAAAACGCCGCTAAA
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23973018 AACATAATCT
Statistics
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CTTTAGCGACGCTTTTACCACAAACGCCGCTAAAGACCAAGACCTTTAGCGGCGCTTTTACCACA
AACGCCGCTAAAGACCAAGAC
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23972718 GCGTCGCTAA
** * *
23972728 CTTTAGCGGCGCTTTTCCCACAAACGCCGCTAAAGACCACGACCTTTAGCAGCGCTTTCCCCACA
1 CTTTAGCGGCGCTTTTAACACAAACGCCGCTAAAGACCACGACCTTTAGCAGAGCTTTCACCACA
* *
23972793 AACGTCGCTAAAGACCAAGACCTTTAGCGACGCTTTT-CCACAAACGCCGCTAAAGACCAAGAC
66 AACGCCGCTAAAGACCAAGACCTTTAGCGACGCTTTTACCACAAACGCCGCTAAAGAACAA-AC
*** * * *
23972856 CTTTAGCGGCGCTTTTTGTACAAACGCCGCTAAAGACCACGACCTTTAGCGGAGCTTTTATCACA
1 CTTTAGCGGCGCTTTTAACACAAACGCCGCTAAAGACCACGACCTTTAGCAGAGCTTTCACCACA
* * * * * *
23972921 AACGCCGCTATAGACCATGACCTTTAGTGGCGCTTTTATCACGAACGCCGCTAAAGAACAAAC
66 AACGCCGCTAAAGACCAAGACCTTTAGCGACGCTTTTACCACAAACGCCGCTAAAGAACAAAC
* *
23972984 CTTTAGCGGCGCTTCTAACAAAAACGCCGCTAAA
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23973018 AACATAATCT
Statistics
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CTTTAGCGGCGCTTTTAACACAAACGCCGCTAAAGACCACGACCTTTAGCAGAGCTTTCACCACA
AACGCCGCTAAAGACCAAGACCTTTAGCGACGCTTTTACCACAAACGCCGCTAAAGAACAAAC
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*
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1 GGG
23977553 AATTGATTTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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GGGGAGAAAGGAATGGG
Found at i:23977718 original size:41 final size:41
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23977634 AGACCTGAGA
* *
23977644 ATTAGCGGTGCTTTCTTCAAAAATGCCGCTAAAGACCCAAAC
1 ATTAGCGGCGC-TTCTTCAAAAACGCCGCTAAAGACCCAAAC
* * ** *
23977686 ATTAGCGGCGCTTTTTCAAAAACGCCGTTAAAGACCTGAGC
1 ATTAGCGGCGCTTCTTCAAAAACGCCGCTAAAGACCCAAAC
* * *
23977727 ATTAGCGGCGCTTCTTCAGAAACGCCACTAAAGACCCGAGA-
1 ATTAGCGGCGCTTCTTCAAAAACGCCGCTAAAGACCC-AAAC
* * *
23977768 ATTAGCGACGCTTCTTCAAAAACGCCGCTAAAGACCCGAGC
1 ATTAGCGGCGCTTCTTCAAAAACGCCGCTAAAGACCCAAAC
* * * *
23977809 ATTAGTGGCGCTTCCTCAAAAACGCCGCTAAAGACTCGAGA-
1 ATTAGCGGCGCTTCTTCAAAAACGCCGCTAAAGAC-CCAAAC
* *
23977850 ATTAGCGGCGCTTCTTCAAAAACGCCGCTAAAGACCCGAGC
1 ATTAGCGGCGCTTCTTCAAAAACGCCGCTAAAGACCCAAAC
*
23977891 ATTAGCGGCGCTTCTTCAAAAACGCTGCTAA
1 ATTAGCGGCGCTTCTTCAAAAACGCCGCTAA
23977922 TGGTCATTTT
Statistics
Matches: 197, Mismatches: 35, Indels: 9
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ATTAGCGGCGCTTCTTCAAAAACGCCGCTAAAGACCCAAAC
Found at i:23977780 original size:82 final size:82
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Indices: 23977628--23977921 Score: 428
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23977618 TTATAAATGT
* * * * *
23977628 CGCTAAAGACCTGAGAATTAGCGGTGCTTTCTTCAAAAATGCCGCTAAAGACCC-AAACATTAGC
1 CGCTAAAGACCCGAGCATTAGCGGCGC-TTCTTCAAAAACGCCGCTAAAGACCCGAGA-ATTAGC
*
23977692 GGCGCTTTTTCAAAAACGC
64 GGCGCTTCTTCAAAAACGC
* * * * *
23977711 CGTTAAAGACCTGAGCATTAGCGGCGCTTCTTCAGAAACGCCACTAAAGACCCGAGAATTAGCGA
1 CGCTAAAGACCCGAGCATTAGCGGCGCTTCTTCAAAAACGCCGCTAAAGACCCGAGAATTAGCGG
23977776 CGCTTCTTCAAAAACGC
66 CGCTTCTTCAAAAACGC
* * *
23977793 CGCTAAAGACCCGAGCATTAGTGGCGCTTCCTCAAAAACGCCGCTAAAGACTCGAGAATTAGCGG
1 CGCTAAAGACCCGAGCATTAGCGGCGCTTCTTCAAAAACGCCGCTAAAGACCCGAGAATTAGCGG
23977858 CGCTTCTTCAAAAACGC
66 CGCTTCTTCAAAAACGC
*
23977875 CGCTAAAGACCCGAGCATTAGCGGCGCTTCTTCAAAAACGCTGCTAA
1 CGCTAAAGACCCGAGCATTAGCGGCGCTTCTTCAAAAACGCCGCTAA
23977922 TGGTCATTTT
Statistics
Matches: 190, Mismatches: 20, Indels: 3
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CGCTAAAGACCCGAGCATTAGCGGCGCTTCTTCAAAAACGCCGCTAAAGACCCGAGAATTAGCGG
CGCTTCTTCAAAAACGC
Found at i:23977813 original size:123 final size:123
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23977620 ATAAATGTCG
* * *
23977630 CTAAAGACCTGAGAATTAGCGGTGCTTTCTTCAAAAATGCCGCTAAAGACCCAAACATTAGCGGC
1 CTAAAGACCCGAGAATTAGCGGCGC-TTCTTCAAAAACGCCGCTAAAGACCCAAACATTAGCGGC
** * * *
23977695 GCTTTTTCAAAAACGCCGTTAAAGAC-CTGAGCATTAGCGGCGCTTCTTCAGAAACGCCA
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* * * *
23977754 CTAAAGACCCGAGAATTAGCGACGCTTCTTCAAAAACGCCGCTAAAGACCCGAGCATTAGTGGCG
1 CTAAAGACCCGAGAATTAGCGGCGCTTCTTCAAAAACGCCGCTAAAGACCCAAACATTAGCGGCG
*
23977819 CTTCCTCAAAAACGCCGCTAAAGACTCGAGAATTAGCGGCGCTTCTTCAAAAACGCCG
66 CTTCCTCAAAAACGCCGCTAAAGACTCGAGAATTAGCGGCGCTTCTTCAAAAACGCCA
* *
23977877 CTAAAGACCCGAGCATTAGCGGCGCTTCTTCAAAAACGCTGCTAA
1 CTAAAGACCCGAGAATTAGCGGCGCTTCTTCAAAAACGCCGCTAA
23977922 TGGTCATTTT
Statistics
Matches: 151, Mismatches: 16, Indels: 3
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Matches are distributed among these distances:
123 128 0.85
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CTAAAGACCCGAGAATTAGCGGCGCTTCTTCAAAAACGCCGCTAAAGACCCAAACATTAGCGGCG
CTTCCTCAAAAACGCCGCTAAAGACTCGAGAATTAGCGGCGCTTCTTCAAAAACGCCA
Found at i:23977992 original size:40 final size:40
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Indices: 23977948--23978023 Score: 107
Period size: 40 Copynumber: 1.9 Consensus size: 40
23977938 CATTTTGCAA
23977948 AAAGCGCCACTAATACTCGATCTTTAGCGGCGTTTTCTTG
1 AAAGCGCCACTAATACTCGATCTTTAGCGGCGTTTTCTTG
** * * *
23977988 AAAGCGCCGGTAATGCTTGATTTTTAGCGGCGTTTT
1 AAAGCGCCACTAATACTCGATCTTTAGCGGCGTTTT
23978024 GTATCCAAAC
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
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AAAGCGCCACTAATACTCGATCTTTAGCGGCGTTTTCTTG
Found at i:23983524 original size:21 final size:24
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Indices: 23983460--23983550 Score: 73
Period size: 24 Copynumber: 3.9 Consensus size: 24
23983450 TGAGTTCTGA
* *
23983460 ATCGGTATGCTCTTACGAGCT-AT
1 ATCGGTAAGCTCATACGAGCTAAT
* * **
23983483 AATTGGTAAGCTCTTTTGAGCT-A-
1 -ATCGGTAAGCTCATACGAGCTAAT
*
23983506 A-CGGTAAGCTCATGCGAGCTAAAT
1 ATCGGTAAGCTCATACGAGCT-AAT
23983530 ATCGGTAAGCTCATACGAGCT
1 ATCGGTAAGCTCATACGAGCT
23983551 GAGAATCAGT
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 9, Indels: 7
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 15 0.28
22 1 0.02
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Consensus pattern (24 bp):
ATCGGTAAGCTCATACGAGCTAAT
Found at i:23983562 original size:25 final size:24
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Indices: 23983509--23983586 Score: 86
Period size: 25 Copynumber: 3.2 Consensus size: 24
23983499 TGAGCTAACG
* * *
23983509 GTAAGCTCATGCGAGCTAAATATCG
1 GTAAGCTCATACGAGCTGAA-ATCA
23983534 GTAAGCTCATACGAGCTGAGAATCA
1 GTAAGCTCATACGAGCTGA-AATCA
*
23983559 GTAAGCTC-TCATGAGCTGAAATCA
1 GTAAGCTCAT-ACGAGCTGAAATCA
23983583 GTAA
1 GTAA
23983587 CCTTAATGAC
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 4, Indels: 5
0.84 0.07 0.09
Matches are distributed among these distances:
24 10 0.21
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Consensus pattern (24 bp):
GTAAGCTCATACGAGCTGAAATCA
Found at i:23984363 original size:28 final size:28
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Indices: 23984332--23984392 Score: 70
Period size: 29 Copynumber: 2.1 Consensus size: 28
23984322 GAAAATGGAA
23984332 GCTT-GGACAAATGTTGCTAAAAAAAATG
1 GCTTCGGACAAA-GTTGCTAAAAAAAATG
* * *
23984360 GCTTTCTGTCCAAGTTGCTAAAAAAAATG
1 GC-TTCGGACAAAGTTGCTAAAAAAAATG
23984389 GCTT
1 GCTT
23984393 TCTTTCCTCT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 3, Indels: 4
0.80 0.09 0.11
Matches are distributed among these distances:
28 4 0.14
29 20 0.71
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ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.20, T:0.30
Consensus pattern (28 bp):
GCTTCGGACAAAGTTGCTAAAAAAAATG
Found at i:23994552 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 23994482--23994750 Score: 258
Period size: 39 Copynumber: 6.9 Consensus size: 39
23994472 GGTACACCAG
* * * *
23994482 CACATAGCCTTCTAGGCACATAACCCGAATAATCATCGG
1 CACAAAGCCTGCTAGGCACATAGCCCGAATAATCATCGA
* * * * *
23994521 GACAAATCCTGCTAGACACATAGCTCGAATAATCACTGGTA
1 CACAAAGCCTGCTAGGCACATAGCCCGAATAATCA-TCG-A
* * * *
23994562 CGC--AGCCTGCTAGGCACGTAGCCTGAATAATCACCGA
1 CACAAAGCCTGCTAGGCACATAGCCCGAATAATCATCGA
* * *
23994599 CATAAAGCCTGCTAGGCACATAGCTCGAATAATCATCAA
1 CACAAAGCCTGCTAGGCACATAGCCCGAATAATCATCGA
* *
23994638 CACACAGCCTACTAGGCACATAGCCCGAATAATCATCGGTA
1 CACAAAGCCTGCTAGGCACATAGCCCGAATAATCATC-G-A
* * * * *
23994679 CAC-AA-CATGCTAGGCACTTAACCCGAATAAACACCGA
1 CACAAAGCCTGCTAGGCACATAGCCCGAATAATCATCGA
*
23994716 CACAAATCCTGCTAGGCACATAGCCCGAATAATCA
1 CACAAAGCCTGCTAGGCACATAGCCCGAATAATCA
23994751 CTAGATTTCT
Statistics
Matches: 181, Mismatches: 41, Indels: 16
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
37 6 0.03
38 4 0.02
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Consensus pattern (39 bp):
CACAAAGCCTGCTAGGCACATAGCCCGAATAATCATCGA
Found at i:23994693 original size:117 final size:117
Alignment explanation
Indices: 23994482--23994750 Score: 333
Period size: 117 Copynumber: 2.3 Consensus size: 117
23994472 GGTACACCAG
* * * *** * * *
23994482 CACATAGCCTTCTAGGCACATAACCCGAATAATCATCGGGACAAATCCTGCTAGACACATAGCTC
1 CACAAAGCCTGCTAGGCACATAGCCCGAATAATCATCAACACAAAGCCTACTAGACACATAGCCC
* * * * * *
23994547 GAATAATCACTGGTACGCAGCCTGCTAGGCACGTAGCCTGAATAATCACCGA
66 GAATAATCACTGGTACACAACATGCTAGGCACGTAACCCGAATAAACACCGA
* * * *
23994599 CATAAAGCCTGCTAGGCACATAGCTCGAATAATCATCAACACACAGCCTACTAGGCACATAGCCC
1 CACAAAGCCTGCTAGGCACATAGCCCGAATAATCATCAACACAAAGCCTACTAGACACATAGCCC
*
23994664 GAATAATCA-TCGGTACACAACATGCTAGGCACTTAACCCGAATAAACACCGA
66 GAATAATCACT-GGTACACAACATGCTAGGCACGTAACCCGAATAAACACCGA
*
23994716 CACAAATCCTGCTAGGCACATAGCCCGAATAATCA
1 CACAAAGCCTGCTAGGCACATAGCCCGAATAATCA
23994751 CTAGATTTCT
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 23, Indels: 2
0.84 0.15 0.01
Matches are distributed among these distances:
116 1 0.01
117 127 0.99
ACGTcount: A:0.35, C:0.30, G:0.17, T:0.18
Consensus pattern (117 bp):
CACAAAGCCTGCTAGGCACATAGCCCGAATAATCATCAACACAAAGCCTACTAGACACATAGCCC
GAATAATCACTGGTACACAACATGCTAGGCACGTAACCCGAATAAACACCGA
Found at i:24002122 original size:39 final size:39
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Indices: 24001811--24002116 Score: 342
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24001801 ATTACACTGA
* * **
24001811 CACATAGCTTGCTAGGCACATAGTGCGAATAATCACCGG
1 CACACAGCCTGCTAGGCACATAGCCCGAATAATCACCGG
* * * * **
24001850 CACATAGCCTGCTAGGTACATAACCTGAATAATCACAAG
1 CACACAGCCTGCTAGGCACATAGCCCGAATAATCACCGG
* * *
24001889 CATAGAGCCTGCTGGGCACATAGCCCGAATAATCACCGG
1 CACACAGCCTGCTAGGCACATAGCCCGAATAATCACCGG
* ** *
24001928 CACACAGCCTACTAACCACATAGCCCAAATAATCACCGG
1 CACACAGCCTGCTAGGCACATAGCCCGAATAATCACCGG
* * **
24001967 CACAAAGCCTGCCAGGCACATAGCCCGAATAATCATTGG
1 CACACAGCCTGCTAGGCACATAGCCCGAATAATCACCGG
* **
24002006 TACACAGCCTGCTACACACATAGCCCGAATAATCACCGG
1 CACACAGCCTGCTAGGCACATAGCCCGAATAATCACCGG
* * * *
24002045 CATACAGCCTGCTAGGCACATAACTCGAATAATCACTGG
1 CACACAGCCTGCTAGGCACATAGCCCGAATAATCACCGG
* *
24002084 CACAAAGCCTGCTAGGCACATAGCACGAATAAT
1 CACACAGCCTGCTAGGCACATAGCCCGAATAAT
24002117 AACTGGATTT
Statistics
Matches: 218, Mismatches: 49, Indels: 0
0.82 0.18 0.00
Matches are distributed among these distances:
39 218 1.00
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Found at i:24009357 original size:40 final size:41
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Indices: 24009268--24009390 Score: 140
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24009258 GAAAAATGTC
* * * *
24009268 GCAAAAGGTTAAACCTAGAGCGGTGTTTTTCTCATAAATGCT
1 GCAAAAGG-TAAAACAATAGCGGCGTTTTTCTCATAAATGCT
*
24009310 GCAAAAGGTAAAGCAATAGCGGCGTTTTT-TCATAAATGCT
1 GCAAAAGGTAAAACAATAGCGGCGTTTTTCTCATAAATGCT
* * * * *
24009350 GCTAAAGGTAAAATAATAGCTGCGTTTTACCCATAAATGCT
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GCAAAAGGTAAAACAATAGCGGCGTTTTTCTCATAAATGCT
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* *
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* ** * * *
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* *
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* *
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TCCTCTACTGCATCGCCGTCGACAA
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24011385 ATGGAAGGCA
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1 GAAATTTTATTAG
*
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GAAATTTTATTAG
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24018792 TGTGAATGTA
*
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ATTTATATTACTTTGGTTTAAGTTTC
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24020283 TCGTTTTCTC
* * *
24020293 ACAAACGCAGCTATAA-AGCATGGTCTTTAGCGGCACTTTTACA
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* * * **
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* * *
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ACAAACGCCGCTAAAGAACATGATCTTTAGCGGCACTTTTACA
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24022775 AAACATTTTA
*
24022785 TTTTCTCCC-AAAATTTTTACTCCC-TCCCAC
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*
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TTTTCCCCTAAAACTTTTACTCCCTTCCCAC
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24024104 GTTTGGTTCA
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*
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*
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1 CTGTA
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CTGTAATGAAATAGAG
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24024373 TAACCATATT
*
24024383 TTAACATAATTATTATTAAATAT-AATTTAATAAAATTC
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*
24024421 TTAATATAATTATTATTATATGAATTTACTAAAATC
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*
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24024465 TAATACTATA
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TTAATATAATTATTATTATATGAATTTAATAAAATC
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24025181 ATTTTAAGGA
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24025215 T
1 T
24025216 CTTCTTGAAA
Statistics
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TTCATGACCATT
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Period size: 39 Copynumber: 2.2 Consensus size: 40
24030092 AAAATTTATA
* * *
24030102 TTTAATACAATAAAATATTTATTATATTTATTTATG-TTT
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24030182 TTTAATATAA
1 TTTAATATAA
24030192 ATACTTTTTA
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 3, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
39 30 0.67
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ACGTcount: A:0.39, C:0.02, G:0.04, T:0.54
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TTTAATATAATAAAACATTTATTATATTTATGTATGTTTT
Found at i:24037933 original size:7 final size:7
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24037911 TCATGATTCC
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1 AACCCTA
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1 AACCCTA
*
24037935 AACACTA
1 AACCCTA
24037942 AACCCTA
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1 AACCCTA
24037956 AACCCTA
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1 AACCCTA
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1 AACCCTA
24037984 CAGTCCTCGT
Statistics
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7 54 1.00
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AACCCTA
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24039025 TTAGCATTAG
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*
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*
24039058 TTTCTATAAGTT
1 TTTCTCTAAGTT
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1 TTTC
24039074 CAGGGTTTAT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 3, Indels: 1
0.86 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
11 9 0.38
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Consensus pattern (12 bp):
TTTCTCTAAGTT
Found at i:24042013 original size:524 final size:524
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Period size: 524 Copynumber: 1.9 Consensus size: 524
24041032 CATTTCTCCG
* * *
24041042 TCATCAGATTAGGGTTATAGAGCATTATTGTACAGTCAAAATAATTTAAACAATTTAGCATTAAA
1 TCATCAGATTAGGGTTACAGACCATTACTGTACAGTCAAAATAATTTAAACAATTTAGCATTAAA
*
24041107 TACTTTAAATCATATCATAACTCACTCATACACATGCATAGTGTCCCTAAATCGAGCCCTCGAGG
66 TACTTTAAATCATATCATAACTCACTCATACACATGCATACTGTCCCTAAATCGAGCCCTCGAGG
* * * * *
24041172 CCTTAATAATAGGTTAGAACCAAATCGAGACTAATTTGAAACAATTTGGAAAGTTTGGGAAAAAG
131 CCATAATAATAGATTAGAACCAAATCGAGAATAATTTAAAACAAATTGGAAAGTTTGGGAAAAAG
* *
24041237 TTGTAAAATTTGTAAAACAAGGGTCACACGACCGTGTGACTCACACGGCGGAGACACACGCCCAT
196 TTGTAAAATTTGTAAAACAAGGGTAACACGACCATGTGACTCACACGGCGGAGACACACGCCCAT
* * * *
24041302 GTCCCAGGCTGTGTAACATTCGAACTAGGGACACATGGCCGTTTTCTAGCCCGTGTCCTCACTCG
261 GTCCCAGGCCGTGTAACATTCAAACTAGGGACACATGGCCGTGTTCCAGCCCGTGTCCTCACTCG
* * * * * **
24041367 TGTAACTTTTTCAGTAGGGCCATACGATCGTGTCACATGCCTGTATGTCAGGCCATGTACCTCTC
326 TGTAACTCTCTCAGTAGGGCCACACGAGCGTGTCACACGCCTGTATGTCAAACCATGTACCTCTC
**
24041432 GAAGTTACCCCAAACACCCGTGTGCCAGACCGTGTGCTAGGTCGTGTAACTCACTGACTTGCAT-
391 GAAGTTACCCCAAACACCCGTGTGCCAGACCGTGTGCTAGACCGTGTAACTCACTGACTTGCATA
* *
24041496 GCAAAGGAACTTTTAGATGACACACGACCATGTGTCAAGAACTCTCAAAGTTTCCCCTTACCTGT
456 G-AAAAGAACTCTTAGATGACACACGACCATGTGTCAAGAACTCTCAAAGTTTCCCCTTACCTGT
24041561 CTCTA
520 CTCTA
* * * *
24041566 TCATCGGATTAGGGTTACGGACCATTACTGTACAGTCAAAATCATTTAAACAATTTAGCATTCAA
1 TCATCAGATTAGGGTTACAGACCATTACTGTACAGTCAAAATAATTTAAACAATTTAGCATTAAA
* *
24041631 TACTTTAAATCATATCATAACTCACTCATACACATGCATACTGTCCCTAAATTGAGCCTTCGAGG
66 TACTTTAAATCATATCATAACTCACTCATACACATGCATACTGTCCCTAAATCGAGCCCTCGAGG
*
24041696 CCATAATAATAGATTAGAAGCAAATCGAGAATAATTTAAAACAAATTGGAAAGTTTGGGAAAAAG
131 CCATAATAATAGATTAGAACCAAATCGAGAATAATTTAAAACAAATTGGAAAGTTTGGGAAAAAG
* * * * * * * * **
24041761 TTGTAAAATTTGCT-TAACAGGGGTAACATGGCTATTTGACTCACATGGCTGAGACACACGCCTG
196 TTGTAAAATTTG-TAAAACAAGGGTAACACGACCATGTGACTCACACGGCGGAGACACACGCCCA
** *
24041825 TGTCTTAGGCCGTGTAACCTTCAAACTAGGGACACATGGCCGTGTTCCAGCCCGTGTCCTCACTC
260 TGTCCCAGGCCGTGTAACATTCAAACTAGGGACACATGGCCGTGTTCCAGCCCGTGTCCTCACTC
* * * * *
24041890 GTGTAACTCTCTGAGTAGGGTCACACG-GCAGTTTCACACGCCTGTGTGTCAAACCGTGTACCTC
325 GTGTAACTCTCTCAGTAGGGCCACACGAGC-GTGTCACACGCCTGTATGTCAAACCATGTACCTC
* * * * * * *
24041954 TCGAAGTTGCCCCACACGCCTGTGTGCCAGACTGTGTGCTCGACCTTGTAACTCACTGACTTGCA
389 TCGAAGTTACCCCAAACACCCGTGTGCCAGACCGTGTGCTAGACCGTGTAACTCACTGACTTGCA
24042019 TAGAAAAGAACTCTTAGATGACACACGA
454 TAGAAAAGAACTCTTAGATGACACACGA
24042047 TCGTGTCGCC
Statistics
Matches: 420, Mismatches: 58, Indels: 6
0.87 0.12 0.01
Matches are distributed among these distances:
523 1 0.00
524 417 0.99
525 2 0.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.23, G:0.20, T:0.27
Consensus pattern (524 bp):
TCATCAGATTAGGGTTACAGACCATTACTGTACAGTCAAAATAATTTAAACAATTTAGCATTAAA
TACTTTAAATCATATCATAACTCACTCATACACATGCATACTGTCCCTAAATCGAGCCCTCGAGG
CCATAATAATAGATTAGAACCAAATCGAGAATAATTTAAAACAAATTGGAAAGTTTGGGAAAAAG
TTGTAAAATTTGTAAAACAAGGGTAACACGACCATGTGACTCACACGGCGGAGACACACGCCCAT
GTCCCAGGCCGTGTAACATTCAAACTAGGGACACATGGCCGTGTTCCAGCCCGTGTCCTCACTCG
TGTAACTCTCTCAGTAGGGCCACACGAGCGTGTCACACGCCTGTATGTCAAACCATGTACCTCTC
GAAGTTACCCCAAACACCCGTGTGCCAGACCGTGTGCTAGACCGTGTAACTCACTGACTTGCATA
GAAAAGAACTCTTAGATGACACACGACCATGTGTCAAGAACTCTCAAAGTTTCCCCTTACCTGTC
TCTA
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Indices: 24043935--24044046 Score: 68
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24043925 AGGAGTACTG
*
24043935 AAGTACAACAGGGGCACGT
1 AAGTACATCAGGGGCACGT
* *
24043954 AAGTACGATCAAGGGTACCG-
1 AAGTAC-ATCAGGGGCA-CGT
* *
24043974 AAATACAAT-AGGGGCATGT
1 AAGTAC-ATCAGGGGCACGT
* *
24043993 AAGTGCGATCAGGGGTATCG-
1 AAGTAC-ATCAGGGGCA-CGT
*
24044013 AAGTACATCATGGGCACGT
1 AAGTACATCAGGGGCACGT
*
24044032 AAGTGCGATCAGGGG
1 AAGTAC-ATCAGGGG
24044047 TTCCGAAGTA
Statistics
Matches: 68, Mismatches: 18, Indels: 13
0.69 0.18 0.13
Matches are distributed among these distances:
18 3 0.04
19 30 0.44
20 32 0.47
21 3 0.04
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AAGTACATCAGGGGCACGT
Found at i:24043981 original size:39 final size:39
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Indices: 24043908--24044086 Score: 198
Period size: 39 Copynumber: 4.6 Consensus size: 39
24043898 ATGTAACCAT
* * * *
24043908 GGCACGAAAGTGCTATCAGGAGTACTGAAGTACAACAGG
1 GGCACGTAAGTGCGATCAGGGGTACCGAAGTACAACAGG
* * * *
24043947 GGCACGTAAGTACGATCAAGGGTACCGAAATACAATAGG
1 GGCACGTAAGTGCGATCAGGGGTACCGAAGTACAACAGG
* * * *
24043986 GGCATGTAAGTGCGATCAGGGGTATCGAAGTACATCATG
1 GGCACGTAAGTGCGATCAGGGGTACCGAAGTACAACAGG
* *
24044025 GGCACGTAAGTGCGATCAGGGGTTCCGAAGTACAACAAG
1 GGCACGTAAGTGCGATCAGGGGTACCGAAGTACAACAGG
* *
24044064 GCCACGTAAGAG-GAATCAGGGGT
1 GGCACGTAAGTGCG-ATCAGGGGT
24044087 GTAATTATAT
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 23, Indels: 2
0.82 0.16 0.01
Matches are distributed among these distances:
38 1 0.01
39 115 0.99
ACGTcount: A:0.33, C:0.18, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (39 bp):
GGCACGTAAGTGCGATCAGGGGTACCGAAGTACAACAGG
Found at i:24044055 original size:20 final size:20
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Indices: 24043993--24044055 Score: 53
Period size: 20 Copynumber: 3.2 Consensus size: 20
24043983 AGGGGCATGT
24043993 AAGTGCGATCAGGGGTAT-CG
1 AAGTGCGATCAGGGGT-TCCG
* *
24044013 AAGTAC-ATCATGGG--CACG
1 AAGTGCGATCAGGGGTTC-CG
24044031 TAAGTGCGATCAGGGGTTCCG
1 -AAGTGCGATCAGGGGTTCCG
24044052 AAGT
1 AAGT
24044056 ACAACAAGGC
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 4, Indels: 12
0.67 0.08 0.24
Matches are distributed among these distances:
18 2 0.06
19 12 0.36
20 16 0.48
21 2 0.06
22 1 0.03
ACGTcount: A:0.27, C:0.17, G:0.35, T:0.21
Consensus pattern (20 bp):
AAGTGCGATCAGGGGTTCCG
Found at i:24063432 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 24063394--24063448 Score: 101
Period size: 27 Copynumber: 2.0 Consensus size: 27
24063384 CTACTGTACA
*
24063394 TGGGTGTTAGGTGAGTTCTATGTTGAC
1 TGGGTGTTAGGTGAGTTCTATGCTGAC
24063421 TGGGTGTTAGGTGAGTTCTATGCTGAC
1 TGGGTGTTAGGTGAGTTCTATGCTGAC
24063448 T
1 T
24063449 CCTGCATGTA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 27 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.09, G:0.36, T:0.40
Consensus pattern (27 bp):
TGGGTGTTAGGTGAGTTCTATGCTGAC
Found at i:24063479 original size:17 final size:17
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Indices: 24063457--24063491 Score: 70
Period size: 17 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
24063447 CTCCTGCATG
24063457 TATACTGTTCATAAGGT
1 TATACTGTTCATAAGGT
24063474 TATACTGTTCATAAGGT
1 TATACTGTTCATAAGGT
24063491 T
1 T
24063492 TCCCTTCTTC
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 18 1.00
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TATACTGTTCATAAGGT
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Indices: 24064333--24064568 Score: 280
Period size: 114 Copynumber: 2.1 Consensus size: 114
24064323 CTCCAAGGTT
* * * * *
24064333 TTTCTTTTCAGAGGTTCACCACATAGGC-TTCCATTTTAGAGGTTCGCCACAATGGCTTTCATTT
1 TTTCCTTTCACAGGTTCACAACATAGGCTTTCC-TTTAAGAGGTTCGCCACAAAGGCTTTCA-TT
* * * * *
24064397 TTAA-AGATTTTCTATAAAGGATTTTCTTTT-TAGAGGTTCGCCACAAAGGC
64 TAAAGAGATTTGCCACAAA-GATTTTCTTTTGTAGAGGTTCACCACAAAGGC
* * *
24064447 TTTCCTTTCACAGGTTCGCAACATAGGCTTTCCTTTAAGAGGTTTGCCATAAAGGCTTTCATTTA
1 TTTCCTTTCACAGGTTCACAACATAGGCTTTCCTTTAAGAGGTTCGCCACAAAGGCTTTCATTTA
* *
24064512 AAGAGATTTGCCACAAAGATTTTCTTTTGTAGAGGTTTACCACAAATGC
66 AAGAGATTTGCCACAAAGATTTTCTTTTGTAGAGGTTCACCACAAAGGC
*
24064561 TTTTCTTT
1 TTTCCTTT
24064569 TCTGAGGTTC
Statistics
Matches: 103, Mismatches: 16, Indels: 6
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
113 16 0.16
114 83 0.81
115 4 0.04
ACGTcount: A:0.25, C:0.19, G:0.17, T:0.39
Consensus pattern (114 bp):
TTTCCTTTCACAGGTTCACAACATAGGCTTTCCTTTAAGAGGTTCGCCACAAAGGCTTTCATTTA
AAGAGATTTGCCACAAAGATTTTCTTTTGTAGAGGTTCACCACAAAGGC
Found at i:24064648 original size:144 final size:144
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Indices: 24064471--24064793 Score: 360
Period size: 144 Copynumber: 2.2 Consensus size: 144
24064461 TTCGCAACAT
** * *
24064471 AGGCTTTCCTTTAAGAGGTTTGCCATAAAGGCTTTCATTTAAAGAGATTTGCCACAAAGATTTTC
1 AGGCTTTCCTTTAAGAGGTTCACCATAAAGGCTTTCATTTAAAGAGATTTGCAACAAAGACTTTC
* * * * * *
24064536 TTTTGTAGAGGTTTACCACAAATGCTTTTCTTTTCTGAGGTTCACCACAAAGGCCTTTCTTGTTA
66 CTTTGTAGAGGTTTACCACAAAGGATTTTCCTTTCAGAGGTTCACCACAAAGACCTTTCTTGTTA
*
24064601 TAGGCTCACCATAA
131 GAGGCTCACCATAA
* * *** * *
24064615 AGGCTTTCCTTTCAA-AGGTTCACCATATAGGCTTTCCTTTGCTGAGATTTTCAACAAAGGCTTT
1 AGGCTTTCCTTT-AAGAGGTTCACCATAAAGGCTTTCATTTAAAGAGATTTGCAACAAAGACTTT
* * * * *
24064679 CCTTTGTAGAGGTTTTCTACAAAGGATTTTCCTTTCAGAGGTTTACCACAAAGACTTTTCTTTTT
65 CCTTTGTAGAGGTTTACCACAAAGGATTTTCCTTTCAGAGGTTCACCACAAAGACCTTTCTTGTT
* *
24064744 AGAGGTTCGCCATAA
130 AGAGGCTCACCATAA
* * * *
24064759 AGGCTTTTCTTTTTAGAGGTTCGCCACAAAGGCTT
1 AGGC-TTTCCTTTAAGAGGTTCACCATAAAGGCTT
24064794 CCCTTTTAAA
Statistics
Matches: 146, Mismatches: 30, Indels: 5
0.81 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
144 121 0.83
145 25 0.17
ACGTcount: A:0.25, C:0.20, G:0.18, T:0.37
Consensus pattern (144 bp):
AGGCTTTCCTTTAAGAGGTTCACCATAAAGGCTTTCATTTAAAGAGATTTGCAACAAAGACTTTC
CTTTGTAGAGGTTTACCACAAAGGATTTTCCTTTCAGAGGTTCACCACAAAGACCTTTCTTGTTA
GAGGCTCACCATAA
Found at i:24064799 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 24064327--24064800 Score: 273
Period size: 29 Copynumber: 16.5 Consensus size: 29
24064317 AATTGCCTCC
* * * *
24064327 AAGGTTTTTCTTTTCAGAGGTTCACCACA
1 AAGGCTTTCCTTTTTAGAGGTTCGCCACA
* *
24064356 TAGGC-TTCCATTTTAGAGGTTCGCCACA
1 AAGGCTTTCCTTTTTAGAGGTTCGCCACA
* * * * ** * *
24064384 ATGGCTTTCATTTTTAAAGATTTTCTATA
1 AAGGCTTTCCTTTTTAGAGGTTCGCCACA
* *
24064413 AAGGATTTTCTTTTTAGAGGTTCGCCACA
1 AAGGCTTTCCTTTTTAGAGGTTCGCCACA
* * *
24064442 AAGGCTTTCC-TTTCACAGGTTCGCAACA
1 AAGGCTTTCCTTTTTAGAGGTTCGCCACA
* * * *
24064470 TAGGCTTTCC-TTTAAGAGGTTTGCCATA
1 AAGGCTTTCCTTTTTAGAGGTTCGCCACA
* ** * *
24064498 AAGGCTTTCATTTAAAGAGATTTGCCACA
1 AAGGCTTTCCTTTTTAGAGGTTCGCCACA
* * **
24064527 AA-GATTTTCTTTTGTAGAGGTTTACCACA
1 AAGGCTTTCCTTTT-TAGAGGTTCGCCACA
* * *
24064556 AATGCTTTTCTTTTCT-GAGGTTCACCACA
1 AAGGCTTTCCTTTT-TAGAGGTTCGCCACA
* * * * *
24064585 AAGGCCTTT-CTTGTTATAGGCTCACCATA
1 AAGG-CTTTCCTTTTTAGAGGTTCGCCACA
* * * *
24064614 AAGGCTTTCC-TTTCAAAGGTTCACCATA
1 AAGGCTTTCCTTTTTAGAGGTTCGCCACA
* * * ** *
24064642 TAGGCTTTCCTTTGCT-GAGATTTTCAACA
1 AAGGCTTTCCTTT-TTAGAGGTTCGCCACA
* ** *
24064671 AAGGCTTTCCTTTGTAGAGGTTTTCTACA
1 AAGGCTTTCCTTTTTAGAGGTTCGCCACA
* * **
24064700 AAGGATTTTCC-TTTCAGAGGTTTACCACA
1 AAGG-CTTTCCTTTTTAGAGGTTCGCCACA
* * *
24064729 AAGACTTTTCTTTTTAGAGGTTCGCCATA
1 AAGGCTTTCCTTTTTAGAGGTTCGCCACA
*
24064758 AAGGCTTTTCTTTTTAGAGGTTCGCCACA
1 AAGGCTTTCCTTTTTAGAGGTTCGCCACA
*
24064787 AAGGCTTCCCTTTT
1 AAGGCTTTCCTTTT
24064801 AAATTTTCAC
Statistics
Matches: 343, Mismatches: 90, Indels: 24
0.75 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
28 107 0.31
29 216 0.63
30 20 0.06
ACGTcount: A:0.24, C:0.20, G:0.18, T:0.38
Consensus pattern (29 bp):
AAGGCTTTCCTTTTTAGAGGTTCGCCACA
Found at i:24064822 original size:173 final size:172
Alignment explanation
Indices: 24064410--24064799 Score: 471
Period size: 173 Copynumber: 2.3 Consensus size: 172
24064400 AAGATTTTCT
* * * *
24064410 ATAAAGGATTTTCTTTTTAGAGGTTCGCCACAAAGGCTTTCCTTTCACAGGTTCGCAACATAGGC
1 ATAAAGGCTTTTCTTTTTAGAGGTTCGCCACAAAGGCTTTCCTTTCAAAGGTTCACAATATAGGC
* * * *
24064475 TTTCCTTTAAGAGGTTTGCCATAAAGGCTTTCATTTAAAGAGATTTGCCACAAAGATTTTCTTTT
66 TTTCCTTTAAGAGATTTGCAACAAAGGCTTTCATTTAAAGAGATTTGCCACAAAGATTTTCCTTT
*
24064540 GTAGAGGTTTACCACAAATGCTTTTCTTTTCTGAGGTTCACC
131 GCAGAGGTTTACCACAAATGCTTTTCTTTTCTGAGGTTCACC
* * * * * * * *
24064582 ACAAAGGCCTTTCTTGTTATAGGCTCACCATAAAGGCTTTCCTTTCAAAGGTTCACCATATAGGC
1 ATAAAGGCTTTTCTTTTTAGAGGTTCGCCACAAAGGCTTTCCTTTCAAAGGTTCACAATATAGGC
** * * ** * * *
24064647 TTTCCTTTGCTGAGATTTTCAACAAAGGCTTTCCTTTGTAGAGGTTTTCTACAAAGGATTTTCCT
66 TTTCCTTT-AAGAGATTTGCAACAAAGGCTTTCATTTAAAGAGATTTGCCACAAA-GATTTTCCT
*
24064712 TT-CAGAGGTTTACCACAAA-GACTTTTCTTTT-TAGAGGTTCGCC
129 TTGCAGAGGTTTACCACAAATG-CTTTTCTTTTCT-GAGGTTCACC
*
24064755 ATAAAGGCTTTTCTTTTTAGAGGTTCGCCACAAAGGCTTCCCTTT
1 ATAAAGGCTTTTCTTTTTAGAGGTTCGCCACAAAGGCTTTCCTTT
24064800 TAAATTTTCA
Statistics
Matches: 179, Mismatches: 35, Indels: 7
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
172 63 0.35
173 106 0.59
174 10 0.06
ACGTcount: A:0.25, C:0.21, G:0.18, T:0.37
Consensus pattern (172 bp):
ATAAAGGCTTTTCTTTTTAGAGGTTCGCCACAAAGGCTTTCCTTTCAAAGGTTCACAATATAGGC
TTTCCTTTAAGAGATTTGCAACAAAGGCTTTCATTTAAAGAGATTTGCCACAAAGATTTTCCTTT
GCAGAGGTTTACCACAAATGCTTTTCTTTTCTGAGGTTCACC
Found at i:24068755 original size:55 final size:55
Alignment explanation
Indices: 24068696--24068867 Score: 131
Period size: 55 Copynumber: 3.1 Consensus size: 55
24068686 AGACATCTCA
24068696 TTTTAGAATTGCCTCCAACGTTATTTTTTTCAAAGGTTCACCACAAAGGCTTATC
1 TTTTAGAATTGCCTCCAACGTTATTTTTTTCAAAGGTTCACCACAAAGGCTTATC
* *** * * * * * * *
24068751 TTTTAGAGTT---TTTTATGATAGCTTTCCTTTCACA--TT-ATGCCACAAAGACATCTC
1 TTTTAGAATTGCCTCCAACGTTA--TTT-TTTTCAAAGGTTCA--CCACAAAGGCTTATC
* *
24068805 ATTTTAGAATTGCCTCCAACATTGTTTTTTTCAAAGGTTCACCACAAAGGCTTATC
1 -TTTTAGAATTGCCTCCAACGTTATTTTTTTCAAAGGTTCACCACAAAGGCTTATC
24068861 TTTTAGA
1 TTTTAGA
24068868 GGTTTCCCAC
Statistics
Matches: 81, Mismatches: 24, Indels: 24
0.63 0.19 0.19
Matches are distributed among these distances:
52 6 0.07
53 2 0.02
54 15 0.19
55 37 0.46
56 15 0.19
57 2 0.02
58 4 0.05
ACGTcount: A:0.27, C:0.20, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (55 bp):
TTTTAGAATTGCCTCCAACGTTATTTTTTTCAAAGGTTCACCACAAAGGCTTATC
Found at i:24068776 original size:110 final size:110
Alignment explanation
Indices: 24068649--24068868 Score: 413
Period size: 110 Copynumber: 2.0 Consensus size: 110
24068639 AAAGGCTTCA
24068649 TTTTTTATGACAGCTTTCCTTTCACATTATGCCACAAAGACATCTCATTTTAGAATTGCCTCCAA
1 TTTTTTATGACAGCTTTCCTTTCACATTATGCCACAAAGACATCTCATTTTAGAATTGCCTCCAA
*
24068714 CGTTATTTTTTTCAAAGGTTCACCACAAAGGCTTATCTTTTAGAG
66 CATTATTTTTTTCAAAGGTTCACCACAAAGGCTTATCTTTTAGAG
*
24068759 TTTTTTATGATAGCTTTCCTTTCACATTATGCCACAAAGACATCTCATTTTAGAATTGCCTCCAA
1 TTTTTTATGACAGCTTTCCTTTCACATTATGCCACAAAGACATCTCATTTTAGAATTGCCTCCAA
*
24068824 CATTGTTTTTTTCAAAGGTTCACCACAAAGGCTTATCTTTTAGAG
66 CATTATTTTTTTCAAAGGTTCACCACAAAGGCTTATCTTTTAGAG
24068869 GTTTCCCACA
Statistics
Matches: 107, Mismatches: 3, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
110 107 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.21, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (110 bp):
TTTTTTATGACAGCTTTCCTTTCACATTATGCCACAAAGACATCTCATTTTAGAATTGCCTCCAA
CATTATTTTTTTCAAAGGTTCACCACAAAGGCTTATCTTTTAGAG
Found at i:24068877 original size:28 final size:27
Alignment explanation
Indices: 24068839--24069267 Score: 274
Period size: 29 Copynumber: 15.2 Consensus size: 27
24068829 TTTTTTTCAA
24068839 AGGTTCACCACAAAGGCTTATCTTTTAG
1 AGGTTCACCACAAAGGCTT-TCTTTTAG
*
24068867 AGGTTTC-CCACATAGGCTTTCCTTTATAG
1 AGG-TTCACCACAAAGGCTTT-CTTT-TAG
* ** * *
24068896 AGATTTTCCACAAAGGGTTTCCTTTCTTG
1 AGGTTCACCACAAAGGCTTT-CTTT-TAG
* *
24068925 AGGTT-AGCAACAAATGCTTTTCTGTTTAG
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* * *
24068954 AGGTTCACCATAAAGGCTTTTATTTTCAT
1 AGGTTCACCACAAAGGC-TTTCTTTT-AG
* *
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1 AGGTTCACCACAAAGGCTTT-CTTTTAG
* * *
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1 AGGTTCACCACAAAGGCTTTC-TTTTAG
*
24069039 AGGTTCACCACATAGGCTTTCCTTTGTAG
1 AGGTTCACCACAAAGGCTTT-CTTT-TAG
* * *
24069068 AGATT-AGCCAAAAAGGCTTTGCTTTGCAG
1 AGGTTCA-CCACAAAGGCTTT-CTTT-TAG
** *
24069097 AGGTTTTCCATAAAGGCTTTTCTTTTTAG
1 AGGTTCACCACAAAGGC-TTTC-TTTTAG
** * * *
24069126 AGGTTGGCCATAAATGCTTT-TTTTAA
1 AGGTTCACCACAAAGGCTTTCTTTTAG
* * *
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1 AGGTTCACCACAAAGGCTTTCTTTT-AG
* * *
24069179 AGGTTCGCCACAAAGGCTTTCCTTTCAA
1 AGGTTCACCACAAAGGCTTT-CTTTTAG
*
24069207 AGGTTCGCCACAAAGGCTTTTCTTTTCAG
1 AGGTTCACCACAAAGGC-TTTCTTTT-AG
* *
24069236 AGGTTCGCCACAAAGGCTTTCCTTTAG
1 AGGTTCACCACAAAGGCTTTCTTTTAG
24069263 AGGTT
1 AGGTT
24069268 GGTCACAAAA
Statistics
Matches: 327, Mismatches: 52, Indels: 45
0.77 0.12 0.11
Matches are distributed among these distances:
26 23 0.07
27 28 0.09
28 105 0.32
29 159 0.49
30 12 0.04
ACGTcount: A:0.24, C:0.20, G:0.20, T:0.36
Consensus pattern (27 bp):
AGGTTCACCACAAAGGCTTTCTTTTAG
Found at i:24069109 original size:143 final size:143
Alignment explanation
Indices: 24068832--24069255 Score: 362
Period size: 143 Copynumber: 3.0 Consensus size: 143
24068822 AACATTGTTT
* * *
24068832 TTTTCAAAGGTTCACCACAAAGGCTTATCTTTTAGAGGTTTCCCACATAGGCTTTCCTTTATAGA
1 TTTTCAAAGGTTCACCATAAAGGCTT-TCTTTCAGAGGTTTCCCACATAGGCTTTCATTTATAGA
** * * * * * *
24068897 GATTTTCCACAAAGGGTTTCCTTTCTTGAGGTTAGCAACAAATGCTTTTCTGTTTAGAGGTTCAC
65 GATTCACCACAAAGGCTTTCCTTTCTAGAGATTAGCAACAAAGGCTTTGCTGTTCAGAGGTTCAC
24068962 CATAAAGGCTTTTA
130 CATAAAGGCTTTTA
* *
24068976 TTTTCATAGGTTCACCATAAAGGCTTTCCTTTCAGAGG-TTCGCCATATAGGCTTTCATTT-TAG
1 TTTTCAAAGGTTCACCATAAAGGCTTT-CTTTCAGAGGTTTC-CCACATAGGCTTTCATTTATAG
* * *
24069039 AGGTTCACCACATAGGCTTTCCTTTGTAGAGATTAGCCAA-AAAGGCTTTGCT-TTGCAGAGGTT
64 AGATTCACCACAAAGGCTTTCCTTTCTAGAGATTAG-CAACAAAGGCTTTGCTGTT-CAGAGGTT
** *
24069102 TTCCATAAAGGCTTTTC
127 CACCATAAAGGCTTTTA
* * ** * * * * * * * *
24069119 TTTTTAGAGGTTGGCCATAAATGCTTT-TTTTAAAGG-GTCACCGCAAAGGCTTT-TTTTA-AAA
1 TTTTCAAAGGTTCACCATAAAGGCTTTCTTTCAGAGGTTTC-CCACATAGGCTTTCATTTATAGA
* * * * * * * * *
24069180 GGTTCGCCACAAAGGCTTTCCTTTC-AAAGGTTCGCCACAAAGGCTTTTCTTTTCAGAGGTTCGC
65 GATTCACCACAAAGGCTTTCCTTTCTAGAGATTAGCAACAAAGGCTTTGCTGTTCAGAGGTTCAC
*
24069244 CACAAAGGCTTT
130 CATAAAGGCTTT
24069256 CCTTTAGAGG
Statistics
Matches: 229, Mismatches: 44, Indels: 19
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
138 2 0.01
139 37 0.16
140 29 0.13
141 19 0.08
142 2 0.01
143 88 0.38
144 52 0.23
ACGTcount: A:0.25, C:0.20, G:0.19, T:0.36
Consensus pattern (143 bp):
TTTTCAAAGGTTCACCATAAAGGCTTTCTTTCAGAGGTTTCCCACATAGGCTTTCATTTATAGAG
ATTCACCACAAAGGCTTTCCTTTCTAGAGATTAGCAACAAAGGCTTTGCTGTTCAGAGGTTCACC
ATAAAGGCTTTTA
Found at i:24069256 original size:57 final size:57
Alignment explanation
Indices: 24068832--24069267 Score: 311
Period size: 57 Copynumber: 7.7 Consensus size: 57
24068822 AACATTGTTT
* * * * *
24068832 TTTTCAAAGGTTCACCACAAAGGCTTAT-CTTTTAGAGGTTTC-CCACATAGGCTTTCC
1 TTTTCAGAGGTTCGCCACAAAGGCTT-TCCTTTCAGAGG-TTCACCACAAAGGCTTTTC
* ** * * * *
24068889 TTTAT-AGAGATTTTCCACAAAGGGTTTCCTTTCTTGAGGTT-AGCAACAAATGCTTTTC
1 TTT-TCAGAGGTTCGCCACAAAGGCTTTCCTTTC-AGAGGTTCA-CCACAAAGGCTTTTC
* * ** * *
24068947 TGTTT-AGAGGTTCACCATAAAGGCTTTTATTTTCATAGGTTCACCATAAAGGC-TTTC
1 T-TTTCAGAGGTTCGCCACAAAGGC-TTTCCTTTCAGAGGTTCACCACAAAGGCTTTTC
* * * * * * *
24069004 CTTTCAGAGGTTCGCCATATAGGCTTTCATTTTAGAGGTTCACCACATAGGCTTTCC
1 TTTTCAGAGGTTCGCCACAAAGGCTTTCCTTTCAGAGGTTCACCACAAAGGCTTTTC
* * * * ** *
24069061 TTTGT-AGAGATTAGCCAAAAAGGCTTTGCTTTGCAGAGGTTTTCCATAAAGGCTTTTC
1 TTT-TCAGAGGTTCGCCACAAAGGCTTTCCTTT-CAGAGGTTCACCACAAAGGCTTTTC
* * * * * * * *
24069119 TTTTTAGAGGTTGGCCATAAATGCTTT--TTTTAAAGGGTCACCGCAAAGGC-TTT-
1 TTTTCAGAGGTTCGCCACAAAGGCTTTCCTTTCAGAGGTTCACCACAAAGGCTTTTC
* * * *
24069172 TTTTAAAAGGTTCGCCACAAAGGCTTTCCTTTCAAAGGTTCGCCACAAAGGCTTTTC
1 TTTTCAGAGGTTCGCCACAAAGGCTTTCCTTTCAGAGGTTCACCACAAAGGCTTTTC
24069229 TTTTCAGAGGTTCGCCACAAAGGCTTTCCTTT-AGAGGTT
1 TTTTCAGAGGTTCGCCACAAAGGCTTTCCTTTCAGAGGTT
24069268 GGTCACAAAA
Statistics
Matches: 293, Mismatches: 69, Indels: 35
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
53 22 0.08
54 3 0.01
55 32 0.11
56 38 0.13
57 103 0.35
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59 10 0.03
ACGTcount: A:0.25, C:0.20, G:0.19, T:0.36
Consensus pattern (57 bp):
TTTTCAGAGGTTCGCCACAAAGGCTTTCCTTTCAGAGGTTCACCACAAAGGCTTTTC
Found at i:24070812 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 24070685--24071184 Score: 290
Period size: 29 Copynumber: 17.4 Consensus size: 28
24070675 AGGCTTTTAT
* * *
24070685 TTTTAGAGGTTCGCCACATAGACTTTCC
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*
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* ** *
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1 T-TT-TAGAGGTTCACCACAAAGGC-TTTCC
* *
24070772 TTTTAG-GGATTCACCAGAAAAGCTTTCC
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*
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1 TTTTAGAGGTTCACCACAAAGGC-TTTCC
* * *
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* *** * * *
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* **
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1 TTT-TAGAGGTTCACCACAAAGGCTTTCC
* ** **
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1 -TTT-TAGAGGTTCACCACAAAGGC-TTTCC
** * *
24070945 TTTTAGAGGTTTTCCACAAAGTCTTTTC
1 TTTTAGAGGTTCACCACAAAGGCTTTCC
* * * *
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1 TTT-TAGAGGTTCACCACAAAGGC-TTTCC
* * *
24071003 TTTTAGAGGTTTATCACAAAGGCTTTTCT
1 TTTTAGAGGTTCACCACAAAGGC-TTTCC
* *
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1 TTTTAGAGGTTCACCACAAAGGCTTTCC
* * * * *
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1 TTTTAGAGGTTCACCACAAAGGCTTTCC
* * * *
24071088 TCTTAGAGTTTCACCAGAAAGGCTTCCC
1 TTTTAGAGGTTCACCACAAAGGCTTTCC
* * * *
24071116 TTTTAGTGGTTCACCATAAGGGCATTCC
1 TTTTAGAGGTTCACCACAAAGGCTTTCC
** *
24071144 TTTTATGAGGTTTGCCACAACA-ACTTTCC
1 TTTTA-GAGGTTCACCACAA-AGGCTTTCC
24071173 TTTTAGAGGTTC
1 TTTTAGAGGTTC
24071185 GCCGTAAAGG
Statistics
Matches: 373, Mismatches: 81, Indels: 36
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
27 1 0.00
28 146 0.39
29 182 0.49
30 40 0.11
31 4 0.01
ACGTcount: A:0.23, C:0.22, G:0.19, T:0.36
Consensus pattern (28 bp):
TTTTAGAGGTTCACCACAAAGGCTTTCC
Found at i:24070854 original size:57 final size:57
Alignment explanation
Indices: 24070685--24071184 Score: 300
Period size: 57 Copynumber: 8.7 Consensus size: 57
24070675 AGGCTTTTAT
* * * *
24070685 TTTTAGAGGTTCGCCACATAGAC-TTTCCTTTGTAGAGAGTT-GCCACAAAGGCTTT-C
1 TTTTAGAGGTTCACCACAAAGGCTTTTCCTTT-TAGAG-GTTCACCACAAAGGCTTTCC
* ** * * *
24070741 TATTGCAGAGGTTTGCCACAAAGGCTTTTCATTTTAG-GGATTCACCAGAAAAGCTTTCC
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* * * *
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* *** * * * **
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* ** ** ** * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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** *
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** * ** *
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131 TACAACAATTGTATAGAAATAATATAAATTAATAAATTAATAAATAAATAAAAATAAATCAATGA
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196 TATGCAAAGTATCCAAAAAAAAATTCTTTTAAAATATAAATGAAAACCTAAATCAATAAAAAAAA
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TATGCAAAGTATCCAAAAAAAAATTCTTTTAAAATATAAATGAAAACCTAAATCAATAAAAAAAA
TGAAGGAAATAAACAAAAATATAAAGAATAAAAGGTACAAAAAAATATATTCATTTGAAATTATG
AAGAATAAAAGACAC
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24078707 ATATTAGTTA
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*
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1 A
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* * *
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* *
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*
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* * * ** *
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* * * * *
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* *
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* *
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* *
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* *
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* * * * *
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* * *
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* *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * * * * **
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* * *
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* * *
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* * *
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* * * * *
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*
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* * *
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* **
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* * * *
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* * *
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*
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** ** *
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* **
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* * * * **
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* *
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* * *
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* * * *
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* *
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* * *
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* *
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* * **
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AAGTCTTAACGCCAGGGAGTCAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTACAATGCTA
GGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAACTTTAATCTATTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTC
GCTGCCCACAG
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* * **
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* * ** * ** * * ** * *
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1 AGATTCGCTACCCTCAGTTTTAATCTATTCCACTATAAAGCCAAAGAGA-T
* * * * *
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1 AGATTCGCTACCCTCAGTTTTAATCTATTCCACTATAAAGCCAAAGAGAT
* *
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AGATTCGCTACCCTCAGTTTTAATCTATTCCACTATAAAGCCAAAGAGAT
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* * * *
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* * * *
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** * * * * *
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* ** **
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*
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* * * * *
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** * *
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1 GAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTACAATGCTAGGGAAACAAGATTCGC
* * * ** * *
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* * *
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* * *
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1 GAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTACAATGCTAGGGAAACAAGATTCGC
** * *
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* *
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* * * * * * *
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* * * * *
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*
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* * * *
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1 GAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTACAATGCTAGGGAAACAAGATTCGC
* * * * *
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*
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* * * * ** * *
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* *
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* *
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* * *
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1 GAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTACAA-TGCTAGGGAAACAAGATTCG
* * * * *
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* *
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* *
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* ** * *
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*
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* * *
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* * * * *
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*
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* *
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* * **
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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** * *
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* * *
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* *
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*
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TCTTAACACCAGGGAGATAAGATTCGATGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTTCAATGCAAGGG
AAACAAGATTCGCTACCTTTAACTTTAATCTATTCCACTATAAAGCCAAA
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* * *
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* * *
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* * * *
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* * **
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1 TTTAATC
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Statistics
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* * ** * *
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*
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66 AAGATTCGCTGCCGTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAA-TGCTAGGGAAACAAGATTCACTACC
* * *
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* * *
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259 TCTGCTCCGCTGCAATGCTAGCGAAACAA
* *
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1 GATTCGCTGCCCATAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAACTATTTCAAGTCTTAACACCAGGCAGAT
* * **
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66 AAGATTCGCTGCCGTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCACTACCT
* * *
24088996 TTAGCTTTAATCTGTACCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCGCAGTTTTAATCCG
131 TTAGCTTCAATCTGTACCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCACTGCCCACAGTTTTAATCCG
*
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196 CATCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACACTAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATC
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261 TGCTCCGCTGCAATGCTAGCGAAACAA
* **
24089153 GATTCGCTACCTTTAGCTTTAATC
1 GATTCGCTGCCCATAGCTTTAATC
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Statistics
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AAGATTCGCTGCCGTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCACTACCT
TTAGCTTCAATCTGTACCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCACTGCCCACAGTTTTAATCCG
CATCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACACTAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATC
TGCTCCGCTGCAATGCTAGCGAAACAA
Found at i:24089009 original size:169 final size:169
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24088849 CAATGCTAGG
* *
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* * * *
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*
24088988 TGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTACCACTATAATGCCAAA
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* * * * * * * *
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1 GAAACAAGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCATCACTTCAACTATTTCAAGTCTTAACACCA
*
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66 GGCAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGCGAAACAAGATTC
24089158 GCTACCTTTAGCTTTAATCTGT
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24089180 TCCATGTTGG
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24098631 NNNNNNNNNN
* * * *
24098641 AGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTACTCCGCTGCAATACTAGGCAAACAAGATT
1 AGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGATTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATT
* * * * * *
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66 CGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCT
*
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131 TTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCC
* * * ** * * * *
24098810 AGGGAGACAAGATTCGTTGCCCTTAGATTTAATCTGCTCCATTGTAATACTAGGGATAGAAGATT
1 AGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGATTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATT
* * * *
24098875 TGCTACCTTTAACTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGAT
66 CGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCT
* *
24098940 TTAATCTGCTCCACTTCAGCTACTTCAAGTCTTAACGCC
131 TTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCC
* * * * * *
24098979 AAGCAGATAAGATTCGTTACCGC-CAGCA-TTAATCTGCTCCGTTACAATGCTAGGGAAACAAGA
1 AGGGAGATAAGATTCGCTGCC-CTCAG-ATTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGA
* *
24099042 TTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGATCCACTATAATGCCAAAGAGAAAGGATTCGCT-CCCACAG
64 TTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAG
* * *
24099106 CTTTAATCTGCACCACTTCAGCTATTTCAAGTCCTAACGCC
129 CTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCC
* ** * * * * * * *
24099147 AGGGGGACGACATTTGCTGCCCTGAGA-TTATTCTTCTCCGCTGCAATACTAGGGAAAGAAGATT
1 AGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGATTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATT
* *
24099211 TGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCT
66 CGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCT
** *
24099276 TTAATCTTCTCCACTTCAGCTACTTCAAGTCTTAAC-CC
131 TTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCC
* * * * * * *
24099314 AGAGAGATAAGATTTGCTGCCATCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAACGCTAGGAAAATAAGATT
1 AGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGATTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATT
* * * *
24099379 CGCTACCTTTAGCTTCAATCTGTTCCACTATAATGCCAACGAGATAGGATTCACTGCCCACAGTT
66 CGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCT
* * *
24099444 TTAATTCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACACT
131 TTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCC
* * * * *
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1 AGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGATTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATT
* * * * *
24099548 CGCTACCTTTAGCATTAATCTATTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAAGATTCGCTGCCCATAGCT
66 CGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCT
* ** *
24099613 TTAATCCGCTTCACTTCAATTATTTCAAGTCTTAACACC
131 TTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCC
* * * * *
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*
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* * *
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* * *
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*
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* * * *
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*
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* * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * *
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* *
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* ** * * * * *
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* *
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* * * * *
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* *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* *
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* *
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* * * * *
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* * *
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* * *
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** * * * *
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* * * * *
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* * * ** * *
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* * * ** * *
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* * * *
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AT
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* * * *
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AA
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* * * * *
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* **
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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** * *
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* * * * * *
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* * * * *
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*
24102190 AATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCACTCCACTTCAACTATTTCAAGTCTGAACACTAGG
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* * ***
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*
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65 AGGGAGACAAGATTCGCTGCCCCC-AGCTTTAATCTGCTCCGCTACAATGCCAGGGAAACAAGAT
* * * * *
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*** * *
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* *
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* *
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* * * * *
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* *
24102703 TAGGGAAACAAGATTCGCTACCTCTAGCTTTAATCTATTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAAGAT
453 TAGGGAAACAAGATTCGCTACCTCTAGCTTTAATCTATTCCAATAGAAAGCCAAAGAGATAAGAT
** * * *
24102768 CCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTTCACTTAAACTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGACAAG
518 CCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCACCACTTAAACTATCTCAAGCCTTAACGCCAGGGAGACAAA
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583 ATTCGCTGCCCACAGATTTAATC
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Statistics
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TAATCCGCTTCACTTAAACTATTTCAAGTCTTAACACCAGGGAGACAAGATTCACTGCCCACACA
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CTATAATACCAAAGAAATAGGATTCACTGCCCACAGATTTAATCCACTCCACTTCAGCTATTTCA
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CGCTGCCCACAGATTTAATCCACTCCACTTCAACTATTTCAAGTCTGAACACTAGG
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* * **
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1 GAGATAGGATTCGCTGCCC-ACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCC
* * * * *
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65 AGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTC-AGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGAT
* *
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* * ** * * *** *
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* * * * *
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*
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* * * * *
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*
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*
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* * * * *
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*** * * * * *
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* * **
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* * * * * ** * ** ** **
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* * * * *
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* * * * *
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* * *
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* *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* *
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* * *
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* * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * *
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* * * **
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* * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* *
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* **
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* * ** *
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* * * *
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* *
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* *
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* * * * *
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** *
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** * *
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* *
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* * * *
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* * * * *
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** * *
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* * * * * *
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*
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* * *
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* **
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* * *
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*
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* * * * *
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* * * * * *
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TAATCCGCTCCATTTCGTTATTTCAAGTCTTAACACCAGGGAGATAAGATTCACTACCCTCAACT
TTAATCTACTCCACTGCAAGGCTATGGGAAAAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTATTCCAA
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GCCTTAACACCAGGGAGACAAAATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCACTCCACTTCAACTATTTC
AAGTCTGAACACTAGG
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* * * * ** *
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* * **
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* * *
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* * * *
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* * * *
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326 CTATAAAGCCAAAGAGATAAGATCCACTGCCCACAGATTTAATCCACTCCACTTAAACTATTTCA
*
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* * * * * * *
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456 GGAAACAAGATTCACTACCTCTAGCTTTAATCTATTCCACTATAAACCTAAAGAAATAAGATCCG
* * **** * * *
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* * * * *
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* ***
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1 GAGATAAGATTCGCTGCCC-ACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACACC
* * * *
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* * * * *
24102378 TTCGCTACCTTTAGCATTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGCGATAGGATTCCCAACCCATAG
128 TTCGCTACATTTAGCATTAATCTGTTCCACAATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCACAACCCACAG
* ***
24102443 CTTTAATCCGCTTCACTTTTTCTATTTCAAGTCTTAACACCAGGGAGATAAGATTCACTGCCCTC
193 CTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACACCAGGGAGATAAGATTCACTGCCCTC
*
24102508 ACCTTTAATCTACTCCACTGCAAGGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTATT
258 ACCTTTAATCTACTCCACTGCAAGGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATATATT
* * * * *
24102573 CCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCACTGCCCACAGATTTAATCCACTCCACTTCAGCTATT
323 CCACTATAAAGCCAAAGAGATAAGATCCACTGCCCACAGATTTAATCCACTCCACTTAAACTATT
* * * * *
24102638 TCAGGTCTTAACACCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCGATGC
388 TCAAGTCTTAACACCAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCACAGATTTAATCTGCTCCGCTGCAATGC
* *
24102703 TAGGGAAACAAGATTCGCTACCTCTAGCTTTAATCTATTCCACTATAAAGCC-AAAGAGATAAGA
453 TAGGGAAACAAGATTCACTACCTCTAGCTTTAATCTATTCCACTATAAA-CCTAAAGAAATAAGA
*
24102767 TCCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTTCACTTAAACTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGACAA
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* * *
24102832 GATTCGCTGCCCACAGATTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAAGAAGATTTACTGCCTTT
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647 AGCTTT
24102903 TATCNNNNNN
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GCGAGACAAGATTCGCTACCCCCAGCTTTAATCGGCTTCGCTACAATGCCAAGGAAACAAGATTC
GCTACATTTAGCATTAATCTGTTCCACAATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCACAACCCACAGCTT
TAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACACCAGGGAGATAAGATTCACTGCCCTCACC
TTTAATCTACTCCACTGCAAGGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATATATTCCA
CTATAAAGCCAAAGAGATAAGATCCACTGCCCACAGATTTAATCCACTCCACTTAAACTATTTCA
AGTCTTAACACCAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCACAGATTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAG
GGAAACAAGATTCACTACCTCTAGCTTTAATCTATTCCACTATAAACCTAAAGAAATAAGATCCG
CTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTAAACTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGACAAGATT
CGCTACCCACAGATTTAATCTGCTCCGCTGCAAGGCTAGGGAAAGAAGATTTACTACCTTTAGCT
TTAATCTATTCCAATCGAATACCAAAGAGATAGGATTCGCTGTCCACAGTTTTAATCCTCACCAC
TTCATATATCTCAAGCCTTAACGCCAGGGAGACAAAATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCACTCC
ACTTCAACTATTTCAAGTCTGAACACTAGG
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* * **
24102250 GAGATAAGATTCGCTGCCCTTCAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGTT
1 GAGATAGGATTCGCTGCCC-ACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCC
* * * * *
24102315 AGGGAGACAAGATTCGCTGCCCCCTA-CTTTAATCTGCTCTGCTACAATGCCAGGGAAACAAGAT
65 AGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTC-AGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGAT
* * * * ** *
24102379 TCGCTACCTTTAGCATTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGCGATAGGATTCCCAACCCATAGC
129 TCGCTACCTTTAGCTTTAATCTATTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGC
* *** * * *
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194 TTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCTCA
* * * *
24102509 CCTTTAATCTACTCCACTGCAAGGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTATTC
259 GCTTTAATCTACTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTC
24102574 CACTATAATGCCAAA
324 CACTATAATGCCAAA
* * * * *
24102589 GAGATAGGATTCACTGCCCACAGATTTAATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAGGTCTTAACACCA
1 GAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCA
*
24102654 GGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCGATGCTAGGGAAACAAGATTC
66 GGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTC
* * *
24102719 GCTACCTCTAGCTTTAATCTATTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAAGATCCGCTGCCCACAGCTT
131 GCTACCTTTAGCTTTAATCTATTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTT
* * * * *
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196 TAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCTCAGC
* * *
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261 TTTAATCTACTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAG-CTTTAATCTGTTCC
********
24102903 --TAT-CNNNNNNN
325 ACTATAATGCCAAA
*** * * * * *
24102914 NNNATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCATTTCGGTTATTTCAAGTCTTAATGCTA
1 GAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCA
* * * * * *
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* * ** * *
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130 CGCTACCTTTAGCTTTAATCTATTCCACTATAA-AGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGC
* * ** * * * *
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194 TTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCTCA
** * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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** * * *
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*
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* *
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*
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* * *
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* * * * * *
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* *
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* *
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* * *
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* * ** * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * *
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*
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* * * * * *
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* * * * *
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*
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* * *
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*
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** * * * * * *
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*
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* *
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** *
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* * * * * *
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* * * * * *
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*
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*
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* * *
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*
24111068 GCTTTAATCCGCTTCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACG
131 GCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACG
* *
24111108 CCAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCTCTA-CTTTAATCTTCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAG
1 CCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCTAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAG
* * * * * * * * *
24111172 ATTCACTACCTTTAGCATTGATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGCGTTAGGATTCCCTACCCATA
66 ATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACA
*
24111237 GCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACA
131 GCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACG
* * * * * *
24111277 CTAGTGAGATAAGATTCGCTGCCCTC-AGCTTTAATCTACTCTGCTACAAGGCTAGGGAAACAAG
1 CCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCTAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAG
* * * * ** *
24111341 ATTCGCTACCTTTAGCATTAATCTGATCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGTTTCGCTGTTCATA
66 ATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACA
24111406 GCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACG
131 GCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACG
* * * * *
24111446 GCAGGGAGATAAGATTCCCTGCCCTC-AGCTTTATTCTGCTCCGTTGCAACGCTA-GGAAATCAA
1 CCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCTAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAA-CAA
* * * * *
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* *
24111574 AGCTTTAATCCGCTCCATTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACA
130 AGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACG
* * *
24111615 CCATGGAGATAAGATTCGCTG-CCTTTAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAAGGAAACAAG
1 CCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCTAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAG
* * * *** *
24111679 ATTCACCATCTTTAAAATTAATCTGTTCCACTATAATGCAAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACA
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* * *
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131 GCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACG
* * * * *
24111784 CTAGGGAGAGAAGATTCGCTGCCCT-TAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCACTACTAGGGAAAGAAG
1 CCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCTAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAG
* *
24111848 ATTTGCTACCTTTATCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCATC
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* *
24111913 -GCTTTAATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACA
130 AGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACG
* * * *
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1 CCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCTAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAG
* * * * *
24112017 ATTCTCTACCTTTAGCTTTTATCTGTTCCTCTATAATGCGAAAGAGATAGGATTCACTGCCCACA
66 ATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACA
* *
24112082 GCTGTAATCTGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACG
131 GCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACG
* * * *
24112122 CTAGGGAGACAAGATTCGCTGCTCTCTA-TTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAG
1 CCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCTAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAG
* * * * * * * *
24112186 ATTCGCTACCTTTAGCATTGATCTCTTCCACTATAAAGCCAAAGCGATAGGATTCCCTACCCATA
66 ATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACA
*
24112251 GCTTTAATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACG
131 GCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACG
* * * *
24112291 CTAGTGAGATAAG-TTCGCTGCCC-CTCAGCTTTAATCTACTCCGCTGCAAGGCTAGGGAAACAA
1 CCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCT-AGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAA
*
24112354 GATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCACTGCCCAC
65 GATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCAC
* *
24112419 AGTTTTAATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACG
130 AGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACG
* * **
24112460 CTAGTGAGATAAGATTCGCTGCCCTC-AGCTTTAATCTGCTCCGCTGTGATGCTAGGGAAACAAG
1 CCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCTAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAG
* *
24112524 ATTCGCTACCTTTAACTTTAATGTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACA
66 ATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACA
* *
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131 GCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACG
* * * * * *
24112629 CTAGGGAGACAATATTCACTGCCCTCTA-CTTTAATCTGCTCCGCTGCAACGCTAGGGAAACAAA
1 CCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCTAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAG
* * * * * * * *
24112693 ATTCACTACCTTTAGCATTAATCTGTTCTACTATAAAGCCAAAGTGATAGGATTCCCTACCCATA
66 ATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACA
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* *
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* *
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* * *
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* ** *
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* * * *
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* * * * **
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* * * * *
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1 CAGGGAGATAGGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAACGATAGGAAAACAAGAT
* * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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** *
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CAGGGAGATAGGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAACGATAGGAAAACAAGAT
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CAAGTCTCAACACCAGGGAGAAAAGACTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTACTCCGCTACAAGACT
AGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCATTAATCTGATCCACTATAAAGC
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* *
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*
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* ** * *
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* ** * *
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* * * * *
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* *
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*
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* * *
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456 CCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAACACTAGGGAAACAAGATTTGCTACCTTTAGCTT
* * ** ** *
24110919 TAATCTGTTCCACTATAATTCCAGGGAGATAGGATTCGCTGCCGTCAGCTTTAATCTGCTCCGCT
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586 GTAATGATAGGGAAATAAGATTCT
* * * * * *
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* *
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* * * * *
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* * *
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195 CTATAAAGCCAAA-CAGATAGGATTCCCTACCCACAGCTTTAATCCACTCCACTTCAGCTATTTC
* *
24111266 AAGTCTTAACACTAGT-GAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTACTCTGCTACAAGGCT
259 AACTCTTAACACCA-TAGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTACTCTGCTACAAGGCT
* * * *
24111330 AGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCA-TTAATCTGATCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGTT
323 AGGGAAACAAGATTCGCCACCTTTA-AATTTAATCTGATCCACTATAAAGCAAAAGAGATAGGAT
* * * * *
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* * * *
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* * *
24111522 TTGCTTTAATATGTTCCACTATAATGCCAAATAGATAGGATTTGCTGCCCACAGCTTTAATCCGC
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (609 bp):
CTACCTTTAGCATTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCGCTACCCACAGCTTC
AATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGACAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCTCAGCT
TTAATCTGCTCCGCTGCAACGCTAGGAAAACAAGATTCACTACCTTTACCATTAATCTGTTCCAC
TATAAAGCCAAACAGATAGGATTCCCTACCCACAGCTTTAATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAA
CTCTTAACACCATAGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTACTCTGCTACAAGGCTAGG
GAAACAAGATTCGCCACCTTTAAATTTAATCTGATCCACTATAAAGCAAAAGAGATAGGATTCAC
TGTCAACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTCAACGCCAGGGAGAAAAGACTC
CCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAACACTAGGGAAACAAGATTTGCTACCTTTAGCTT
TAATATGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCGCT
GTAATGATAGGGAAATAAGATTCT
Found at i:24111751 original size:507 final size:506
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Indices: 24110940--24112833 Score: 2808
Period size: 507 Copynumber: 3.7 Consensus size: 506
24110930 ACTATAATTC
* * * *
24110940 CAGGGAGATAGGATTCGCTGCCGTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGTAATGATAGGGAAATAAGAT
1 CAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGATAGGGAAACAAGAT
* *
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66 TCTCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGC
*
24111070 TTTAATCCGCTTCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCTCT
131 TTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCTCT
* *
24111135 ACTTTAATCTTCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCACTACCTTTAGCATTGATCTGTTC
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*
24111200 CACTATAAAGCCAAAGCGTTAGGATTCCCTACCCATAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTT
261 CACTATAAAGCCAAAGCGATAGGATTCCCTACCCATAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTT
* * *
24111265 CAAGTCTTAACACTAGTGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTACTCTGCTACAAGGCT
326 CAAGTCTTAACGCTAGTGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTACTCCGCTGCAAGGCT
* * * *
24111330 AGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCATTAATCTGATCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGTTT
391 AGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATT
** *
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* * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * **
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* * * * * * * * *
24111704 TTCCACTATAATGCAAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAACTTTAATCCGCTTCATTTCAGCTA
258 TTCCACTATAAAGCCAAAGCGATAGGATTCCCTACCCATAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTA
* * * * **
24111769 TTTCAAGTCTTAACGCTAGGGAGAGAAGATTCGCTGCCCTTAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCACT
323 TTTCAAGTCTTAACGCTAGTGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTACTCCGCTGCAAG
* * * *
24111834 ACTAGGGAAAGAAGATTTGCTACCTTTATCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGG
388 GCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGG
* *
24111899 ATTCGCTGCCCATCGCTTTAATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACAC
453 ATTCGCTGCCCATAGCTTTAATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAAC-G
* * *
24111954 CAGGGAGATAAGATTCGTTGCCCACAGCTTTAATCTACTCCGCTGCAATGATAGGGAAACAAGAT
1 CAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGATAGGGAAACAAGAT
* * * *
24112019 TCTCTACCTTTAGCTTTTATCTGTTCCTCTATAATGCGAAAGAGATAGGATTCACTGCCCACAGC
66 TCTCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGC
* * * *
24112084 TGTAATCTGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCTAGGGAGACAAGATTCGCTGCTCTCT
131 TTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCTCT
* * * *
24112149 ATTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCATTGATCTCTTC
196 ACTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCACTACCTTTAGCATTAATCTGTTC
*
24112214 CACTATAAAGCCAAAGCGATAGGATTCCCTACCCATAGCTTTAATCCACTCCACTTCAGCTATTT
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24112279 CAAGTCTTAACGCTAGTGAGATAAG-TTCGCTGCCCCTCAGCTTTAATCTACTCCGCTGCAAGGC
326 CAAGTCTTAACGCTAGTGAGATAAGATTCGCTG-CCCTCAGCTTTAATCTACTCCGCTGCAAGGC
24112343 TAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGAT
390 TAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGAT
* * *
24112408 TCACTGCCCACAGTTTTAATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACG
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* ** *
24112460 CTAGTGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGTGATGCTAGGGAAACAAGA
1 C-AGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGATAGGGAAACAAGA
* * *
24112525 TTCGCTACCTTTAACTTTAATGTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAG
65 TTCTCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAG
* * * * *
24112590 CTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCCTAACTCTAGGGAGACAATATTCACTGCCCTC
130 CTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCTC
* *
24112655 TACTTTAATCTGCTCCGCTGCAACGCTAGGGAAACAAAATTCACTACCTTTAGCATTAATCTGTT
195 TACTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCACTACCTTTAGCATTAATCTGTT
* *
24112720 CTACTATAAAGCCAAAGTGATAGGATTCCCTACCCATAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATT
260 CCACTATAAAGCCAAAGCGATAGGATTCCCTACCCATAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATT
* *
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Statistics
Matches: 1225, Mismatches: 152, Indels: 20
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Matches are distributed among these distances:
506 21 0.02
507 1187 0.97
508 17 0.01
ACGTcount: A:0.27, C:0.26, G:0.17, T:0.30
Consensus pattern (506 bp):
CAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGATAGGGAAACAAGAT
TCTCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGC
TTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCTCT
ACTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCACTACCTTTAGCATTAATCTGTTC
CACTATAAAGCCAAAGCGATAGGATTCCCTACCCATAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTT
CAAGTCTTAACGCTAGTGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTACTCCGCTGCAAGGCT
AGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATT
CGCTGCCCATAGCTTTAATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACG
Found at i:24112851 original size:67 final size:67
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Period size: 67 Copynumber: 2.5 Consensus size: 67
24112728 AAGCCAAAGT
* * * *
24112738 GATAGGATTCCCTACCCATAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGT-TTAAACGCCAG
1 GATAAGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTT-AACGCCAG
*
24112802 TGA
65 GGA
* ** * *
24112805 GATAAGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTTCGTTTCAGCTATTTCAAGTCTTAATGCTAGG
1 GATAAGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGG
24112870 GA
66 GA
* * *
24112872 GAGAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCC
1 GATAAGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCC
24112907 GCTGCAATAC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (67 bp):
GATAAGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGG
GA
Found at i:24112872 original size:236 final size:236
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Indices: 24112567--24113069 Score: 749
Period size: 236 Copynumber: 2.1 Consensus size: 236
24112557 TAATGCCAAA
*
24112567 GAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCCTAACTCTA
1 GAGATAAGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCCTAACTCTA
* *
24112632 GGGAGACAATATTCACTGCCCTCTA-CTTTAATCTGCTCCGCTGCAACGCTAGGGAAACAAAATT
66 GGGAGACAAGATTCACTGCCCTC-AGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAACACTAGGGAAACAAAATT
* *
24112696 CACTACCTTTAGCATTAATCTGTTCTACTATAAAGCCAAAGTGATAGGATTCCCTACCCATAGCT
130 CACTACCTTTAGCATTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCCCTACCCATAGCT
* * * *
24112761 TTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTTTAAACGCCAGT
195 TTAATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTAAACACCAGG
* ** *
24112803 GAGATAAGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTTCGTTTCAGCTATTTCAAGTCTTAA-TGCT
1 GAGATAAGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCCTAACT-CT
* * * * *
24112867 AGGGAGAGAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATACTAGGGAAAGAAGATT
65 AGGGAGACAAGATTCACTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAACACTAGGGAAACAAAATT
** * * * *
24112932 TGCTACCTTTATCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCCCTGCCCATAGCT
130 CACTACCTTTAGCATTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCCCTACCCATAGCT
24112997 TTAATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTAAACACCAGG
195 TTAATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTAAACACCAGG
*
24113039 GAGATAAGATTCGTTGCCCACAGCTTTAATC
1 GAGATAAGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATC
24113070 TACTCCGCTG
Statistics
Matches: 240, Mismatches: 25, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
235 2 0.01
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ACGTcount: A:0.28, C:0.26, G:0.16, T:0.30
Consensus pattern (236 bp):
GAGATAAGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCCTAACTCTA
GGGAGACAAGATTCACTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAACACTAGGGAAACAAAATTC
ACTACCTTTAGCATTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCCCTACCCATAGCTT
TAATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTAAACACCAGG
Found at i:24112991 original size:574 final size:574
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Period size: 574 Copynumber: 2.1 Consensus size: 574
24112221 AAGCCAAAGC
* * * *
24112231 GATAGGATTCCCTACCCATAGCTTTAATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCTAGT
1 GATAAGATTCGCTACCCACAGCTTTAATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCTAGG
* *
24112296 GAGATAAGTTCGCTGCCCCTCAGCTTTAATCTACTCCGCTGCAAGGCTAGGGAAACAAGATTCGC
66 GAGAGAAGTTCGCTGCCCCTCAGCTTTAATCTACTCCGCTGCAAGACTAGGGAAACAAGATTCGC
*
24112361 TACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCACTGCCCACAGTTTTA
131 TACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCACTGCCCACAGCTTTA
* * * * *
24112426 ATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCTAGTGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTT
196 ATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTAAACACCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCACAGCTT
* ** * *
24112491 TAATCTGCTCCGCTGTGATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAACTTTAATGTGTTCCACT
261 TAATCTACTCCGCTGCAATGATAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAACTTTAATCTGTTCCACT
*
24112556 ATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAG
326 ATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTGTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAG
* *
24112621 TCCTAACT-CTAGGGAGACAATATTCACTGCCCTCTACTT-TAATCTGCTCCGCTGCAACGCTAG
391 TCCTAA-TGCTAGGGAGACAAGATTCACTGCCCTCTA-TTGTAATCTGATCCGCTGCAACGCTAG
* *
24112684 GGAAACAAAATTCACTACCTTTAGCATTAATCTGTTCTACTATAAAGCCAAAGTGATAGGATTCC
454 GGAAACAAAATTCACTACCTTTAGCATTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGCGATAGGATTCC
*
24112749 CTACCCATAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGT-TTAAACGCCAGTGA
519 CTACCCATAGCTTTAATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTT-AACGCCAGTGA
* * * ** *
24112805 GATAAGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTTCGTTTCAGCTATTTCAAGTCTTAATGCTAGG
1 GATAAGATTCGCTACCCACAGCTTTAATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCTAGG
* * * *
24112870 GAGAGAAGATTCGCTG-CCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATACTAGGGAAAGAAGATTTG
66 GAGAGAAG-TTCGCTGCCCCTCAGCTTTAATCTACTCCGCTGCAAGACTAGGGAAACAAGATTCG
* * *
24112934 CTACCTTTATCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCCCTGCCCATAGCTTT
130 CTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCACTGCCCACAGCTTT
*
24112999 AATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTAAACACCAGGGAGATAAGATTCGTTGCCCACAGCT
195 AATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTAAACACCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCACAGCT
* * * * *
24113064 TTAATCTACTCCGCTGCAATTATAGGGAAACAAGATTCTCTACCTTTAGCTTTTATCTGTTCCTC
260 TTAATCTACTCCGCTGCAATGATAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAACTTTAATCTGTTCCAC
* * * *
24113129 TATAATGCGAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTGTAATCTGCTCTACTTCAGCTGTTTCAA
325 TATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTGTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAA
* * * ** *
24113194 GTCTTAATGCTAGGGAGACAAGATTCGCTGCTCTCTATTGTAATCTGATGTGCTGCAATGCTAGG
390 GTCCTAATGCTAGGGAGACAAGATTCACTGCCCTCTATTGTAATCTGATCCGCTGCAACGCTAGG
* * * *
24113259 GAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCATTGATCTGTTCCACTATAAAGCTAAAGCGATAGGATTCCC
455 GAAACAAAATTCACTACCTTTAGCATTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGCGATAGGATTCCC
*
24113324 TACCCATAGCTTTAATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCTAGTGA
520 TACCCATAGCTTTAATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGTGA
* * *
24113379 GATAAGATTTGCTACCCTCAGCTTTAATCTACTCC
1 GATAAGATTCGCTACCCACAGCTTTAATCCACTCC
24113414 GCTGCAAGGC
Statistics
Matches: 542, Mismatches: 63, Indels: 8
0.88 0.10 0.01
Matches are distributed among these distances:
573 3 0.01
574 530 0.98
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ACGTcount: A:0.27, C:0.26, G:0.17, T:0.31
Consensus pattern (574 bp):
GATAAGATTCGCTACCCACAGCTTTAATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCTAGG
GAGAGAAGTTCGCTGCCCCTCAGCTTTAATCTACTCCGCTGCAAGACTAGGGAAACAAGATTCGC
TACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCACTGCCCACAGCTTTA
ATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTAAACACCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCACAGCTT
TAATCTACTCCGCTGCAATGATAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAACTTTAATCTGTTCCACT
ATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTGTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAG
TCCTAATGCTAGGGAGACAAGATTCACTGCCCTCTATTGTAATCTGATCCGCTGCAACGCTAGGG
AAACAAAATTCACTACCTTTAGCATTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGCGATAGGATTCCCT
ACCCATAGCTTTAATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGTGA
Found at i:24113003 original size:405 final size:405
Alignment explanation
Indices: 24112398--24113224 Score: 1149
Period size: 405 Copynumber: 2.0 Consensus size: 405
24112388 TAATGCCAAA
* * *
24112398 GAGATAGGATTCACTGCCCACAGTTTTAATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCTA
1 GAGATAAGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCTA
* * ** *
24112463 GTGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGTGATGCTAGGGAAACAAGATTC
66 GGGAGAGAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATACTAGGGAAACAAGATTC
* *
24112528 GCTACCTTTAACTTTAATGTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTT
131 GCTACCTTTAACTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCCCTGCCCACAGCTT
* * * * *
24112593 TAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCCT-AACTCTAGGGAGACAATATTCACTGCCCTCTA
196 TAATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAAGT-CTAAACACCAGGGAGACAAGATTCACTGCCCAC-A
* *
24112657 -CTTTAATCTGCTCCGCTGCAACGCTAGGGAAACAAAATTCACTACCTTTAGCATTAATCTGTT-
259 GCTTTAATCTACTCCGCTGCAACGATAGGGAAACAAAATTCACTACCTTTAGCATTAATCTGTTC
* * *
24112720 CTACTATAAAGCCAAAGTGATAGGATTCCCTACCCATAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATT
324 CT-CTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCCCTACCCACAGCTGTAATCCGCTCCACTTCAGCTATT
*
24112785 TCAAGT-TTAAACGCCAGT
388 TCAAGTCTT-AACGCCAGG
* * ** *
24112803 GAGATAAGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTTCGTTTCAGCTATTTCAAGTCTTAATGCTA
1 GAGATAAGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCTA
* *
24112868 GGGAGAGAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATACTAGGGAAAGAAGATTT
66 GGGAGAGAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATACTAGGGAAACAAGATTC
* *
24112933 GCTACCTTTATCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCCCTGCCCATAGCTT
131 GCTACCTTTAACTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCCCTGCCCACAGCTT
* **
24112998 TAATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTAAACACCAGGGAGATAAGATTCGTTGCCCACAGC
196 TAATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTAAACACCAGGGAGACAAGATTCACTGCCCACAGC
** * * * *
24113063 TTTAATCTACTCCGCTGCAATTATAGGGAAACAAGATTCTCTACCTTTAGCTTTTATCTGTTCCT
261 TTTAATCTACTCCGCTGCAACGATAGGGAAACAAAATTCACTACCTTTAGCATTAATCTGTTCCT
* * * * * * *
24113128 CTATAATGCGAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTGTAATCTGCTCTACTTCAGCTGTTTCA
326 CTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCCCTACCCACAGCTGTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCA
* *
24113193 AGTCTTAATGCTAGG
391 AGTCTTAACGCCAGG
*
24113208 GAGACAAGATTCGCTGC
1 GAGATAAGATTCGCTGC
24113225 TCTCTATTGT
Statistics
Matches: 369, Mismatches: 49, Indels: 8
0.87 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
404 3 0.01
405 362 0.98
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ACGTcount: A:0.27, C:0.26, G:0.17, T:0.30
Consensus pattern (405 bp):
GAGATAAGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCTA
GGGAGAGAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATACTAGGGAAACAAGATTC
GCTACCTTTAACTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCCCTGCCCACAGCTT
TAATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTAAACACCAGGGAGACAAGATTCACTGCCCACAGC
TTTAATCTACTCCGCTGCAACGATAGGGAAACAAAATTCACTACCTTTAGCATTAATCTGTTCCT
CTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCCCTACCCACAGCTGTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCA
AGTCTTAACGCCAGG
Found at i:24113109 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 24112803--24113618 Score: 1089
Period size: 169 Copynumber: 4.8 Consensus size: 169
24112793 AAACGCCAGT
* * * * ** *
24112803 GAGATAAGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTTCGTTTCAGCTATTTCAAGTCTTAATGCTA
1 GAGATAGGATTCCCTGCCCACAGCTTTAATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCTA
* * * * *
24112868 GGGAGAGAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATACTAGGGAAAGAAGATTT
66 GGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTACTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTC
*
24112933 GCTACCTTTATCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAA
131 GCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAA
* * * *
24112972 GAGATAGGATTCCCTGCCCATAGCTTTAATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTAAACACCA
1 GAGATAGGATTCCCTGCCCACAGCTTTAATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCTA
* * **
24113037 GGGAGATAAGATTCGTTGCCCACAGCTTTAATCTACTCCGCTGCAATTATAGGGAAACAAGATTC
66 GGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTACTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTC
* * * *
24113102 TCTACCTTTAGCTTTTATCTGTTCCTCTATAATGCGAAA
131 GCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAA
* * ** * * *
24113141 GAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTGTAATCTGCTCTACTTCAGCTGTTTCAAGTCTTAATGCTA
1 GAGATAGGATTCCCTGCCCACAGCTTTAATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCTA
* * **
24113206 GGGAGACAAGATTCGCTGCTCTCTA--TTGTAATCTGA-TGTGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGA
66 GGGAGATAAGATTCGCTGCCCTC-AGCTT-TAATCT-ACTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGA
* * * *
24113268 TTCGCTACCTTTAGCATTGATCTGTTCCACTATAAAGCTAAA
128 TTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAA
* * *
24113310 GCGATAGGATTCCCTACCCATAGCTTTAATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCTA
1 GAGATAGGATTCCCTGCCCACAGCTTTAATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCTA
* * * *
24113375 GTGAGATAAGATTTGCTACCCTCAGCTTTAATCTACTCCGCTGCAAGGCTAGGGAAACAAGATTC
66 GGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTACTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTC
*
24113440 GCTACCTTTAGCTTTAATTTGTTCCACTATAATGCCAAA
131 GCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAA
** * * *
24113479 GAGATAGGATTCATTGCCCACAGCTTTAGTCCACTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACACCA
1 GAGATAGGATTCCCTGCCCACAGCTTTAATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCTA
* *
24113544 GGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCGATGCTAGGGAAACAAGATTC
66 GGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTACTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTC
24113609 GCTACCTTTA
131 GCTACCTTTA
24113619 AATTTAAACA
Statistics
Matches: 555, Mismatches: 86, Indels: 12
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.01
169 547 0.99
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ACGTcount: A:0.27, C:0.25, G:0.18, T:0.30
Consensus pattern (169 bp):
GAGATAGGATTCCCTGCCCACAGCTTTAATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCTA
GGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTACTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTC
GCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAA
Found at i:24113785 original size:209 final size:209
Alignment explanation
Indices: 24113425--24113827 Score: 601
Period size: 209 Copynumber: 1.9 Consensus size: 209
24113415 CTGCAAGGCT
* * *
24113425 AGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATTTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATT
1 AGGGAAACAAGATTCGATACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAAAGATAGGATT
* * * * *
24113490 CATTGCCCACAGCTTTAGTCCACTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACACCAGGGAGATAAGA
66 CACTACCCACAGCTTTAATCCACTCCACTTAAGCTATTTCAAGTCTTAACACCAGGGAGACAAGA
* * * *
24113555 TTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCGATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAA
131 TTCGCTGCACTCAGCTTTAATCTGCTCCACTACAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAA
24113620 ATTTAAACAATGAA
196 ATTTAAACAATGAA
* * * * *
24113634 AGGGAAATAAGATTCTATACCTTTAGCTTTTATCTGTTCCTCTATAATGCGAAAAAGATAGGATT
1 AGGGAAACAAGATTCGATACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAAAGATAGGATT
** * *
24113699 CACTACCCACAGCTTTAATCTGCTCCACTTAAGCTATTTCAAGTCTTAACGCTAGGGAGACAAGA
66 CACTACCCACAGCTTTAATCCACTCCACTTAAGCTATTTCAAGTCTTAACACCAGGGAGACAAGA
24113764 TTCGCTGCACTCTA-CTTTAATCTGCTCCACTACAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTA
131 TTCGCTGCACTC-AGCTTTAATCTGCTCCACTACAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTA
24113828 GCTTTAATCT
Statistics
Matches: 172, Mismatches: 21, Indels: 2
0.88 0.11 0.01
Matches are distributed among these distances:
209 171 0.99
210 1 0.01
ACGTcount: A:0.30, C:0.24, G:0.16, T:0.30
Consensus pattern (209 bp):
AGGGAAACAAGATTCGATACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAAAGATAGGATT
CACTACCCACAGCTTTAATCCACTCCACTTAAGCTATTTCAAGTCTTAACACCAGGGAGACAAGA
TTCGCTGCACTCAGCTTTAATCTGCTCCACTACAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAA
ATTTAAACAATGAA
Found at i:24113833 original size:51 final size:51
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Indices: 24113749--24113852 Score: 138
Period size: 51 Copynumber: 2.0 Consensus size: 51
24113739 AAGTCTTAAC
* * *
24113749 GCTAGGGAGACAAGATTCGCTGCACTCTACTTTAATCTGCTCCACTACAAT
1 GCTAGGGAAACAAGATTCGCTACACTCTACTTTAATCTACTCCACTACAAT
* * *
24113800 GCTAGGGAAACAAGATTCGCTAC-CTTTAGCTTTAATCTATTCCACTATAAT
1 GCTAGGGAAACAAGATTCGCTACACTCTA-CTTTAATCTACTCCACTACAAT
24113851 GC
1 GC
24113853 CAAAGAGATA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 6, Indels: 2
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
50 4 0.09
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Consensus pattern (51 bp):
GCTAGGGAAACAAGATTCGCTACACTCTACTTTAATCTACTCCACTACAAT
Found at i:24113913 original size:169 final size:168
Alignment explanation
Indices: 24113634--24114808 Score: 1435
Period size: 169 Copynumber: 7.0 Consensus size: 168
24113624 AAACAATGAA
* ** * * * *
24113634 AGGGAAATAAGATTCTATACCTTTAGCTTTTATCTGTTCCTCTATAATGCGAAAAAGATAGGATT
1 AGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATT
* * * * * *
24113699 CACTACCCACAGCTTTAATCTGCTCCACTTAAGCTATTTCAAGTCTTAACGCTAGGGAGACAAGA
66 CGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAAGA
* *
24113764 TTCGCTGCACTCTA-CTTTAATCTGCTCCACTACAATGCT
131 TTCGCTGC-CTC-AGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCT
* **
24113803 AGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTATTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGACG
1 AGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATT
* ** * * *
24113868 CGCTGCCCATAGCTTTAATCTACTTCACTTCAACTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGACAAGA
66 CGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAAGA
* * ** *
24113933 TTCGCCGCC-CATAGATTTAATCTATTCCTCTGCAATGCT
131 TTCGCTGCCTC--AGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCT
* * * * ** * *
24113972 TGGGAAAGAAGATAT-ACTACCTTTAGCTTTAATCTTTTCCACTATAAACCCAAAGAAATAAGAT
1 AGGGAAACAAGAT-TCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGAT
* * * * * * *
24114036 TCTCTACCCATAGCTTTAATCCGTTCCACTTCGGTTATTTCAAGTCTTAACGCTAGGGAGATAAG
65 TCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAAG
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66 CTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCT
***************************************
24127377 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
131 GTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCA
********************************************
24127416 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGGAGATAAGATTCGCTGCC
1 CAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCC
* * * *
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66 CTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCT
* * *
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131 GTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCA
* * ** *
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1 CAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCC
* * * * **
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* * * *
24127715 ATTCCACTATAATGCAAAAGAGATTGGATTCGCTGTCCA
131 GTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCA
* * * *
24127754 CAGGTTTAATCCGCTTCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAAAGCCAGGGAGAGAAGATTCGCTGCC
1 CAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCC
* * *
24127819 CTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGGTTCGCTATCTTTAGCATTAATCT
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* * * * *
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* * ** *
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1 CAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCC
* * * * * * *
24127989 CTCCGCTTTAATTTGCTCCGTTGCAACGCTAGGAAAACAAGATTCGGTACCTTTTGCTTTAATCT
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* *
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131 GTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCA
** *
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1 CAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCC
* * * * * **
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* * * *
24128223 ATTCCACTATAATGCAAAAGAGATAGGATTCACTGTCCA
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* * * **
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1 CAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCC
* ** * * * * *
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66 C-TCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGAT-TCGCTACCTTTA-GCTTTAA
* *
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128 TCTGTTCCACTAT-AA-TGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCA
* * * * *
24128431 TAGCTTTAATCTGCTCCACTTCATCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGACAAGATTTGCTGCC
1 CAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCC
* * * *
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66 CTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCT
* * *
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131 GTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCA
* * * *
24128600 TAGCTTCAATCCGTTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGACAGGGAGATAAGATTCGCTGCC
1 CAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCC
* * * *
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* * * *
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130 TGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCA
* * *
24128769 CAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTTAAGTCTTAACACCATGGAGATAAGATTCGCTGCC
1 CAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCC
* *
24128834 TTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCATTAATCT
66 CTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCT
* * *
24128899 GTTCCATTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTTGCTGCCCA
131 GTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCA
* * * * * *
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1 CAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCC
* ** *** * * * *
24129003 CACATATTTAATCAATTCCTCTGTAATGCTAGGGAAAGAAGATAT-ACTACCTTTAGCTTTAATC
66 CTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGAT-TCGCTACCTTTAGCTTTAATC
* * * * *
24129067 TTTTCCACTATGAA-CCCAAAGAAATAGGATTCTCTACCCA
130 TGTTCCACTAT-AATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCA
* * * * * * * *
24129107 CAGTTTTAATCCGCTCCACTTCGGTTATTTCATGTCTTCACGCTAGGGGGATAAGATTTGCTGCC
1 CAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCC
* *
24129172 ATCAGCTTTAATCTGCTCCACTGCA
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24129197 NNNNNNNNNN
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GTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCA
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* * *
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GCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCCTCTACATTAATCTGCTCCACTGCATT
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24147241 TTTATTTCAC
* * * * *
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* * * ** * *
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* *
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* * * * * *
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* * ** *
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* * * *
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* * * * * *
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** * * *
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* * * * * *
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* *
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* * * *
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* * **
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66 ATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTATTCCACTATAAACCCAAAGAGATA
* *
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* * * *
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** * * *
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65 AATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTATTCCACTATAAACCCAAAGAGAT
* * * * * * *
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130 AGGATTCTCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTT-CAGT
* * * * *
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* ** * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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24148550 TACCNNNNNN
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TATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCA
ATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTATTCCACTATAAACCCAAAGAGATA
GGATTCTCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGT
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24147238 TGATTTATTT
** * * * * *
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* * * * * * *
24147313 GAAATGCGAGGGAAAGAAAATTTACTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAACCCAAAGAA
66 GCAACGCTAGGAAAACAAGATTCACTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAACCCAAAGAA
* * *
24147378 ATAGGATTCTCTACCCACAGCTTTAATTCGCTCCACTTCAGTTATTTCAAGTCTTAACGCTATGG
131 ATAGGATT-TCTACCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGTTATTTCAAGTCTTAACACTAGGG
* * *
24147443 AGATAAGATTTGCTGCCTTTAGCTTTAATATGCTCCGCTGCAATGGTAGGGGATAAAGATTCGCT
195 AGATAAGATTTGCTGCCATAAGCTTTAATATGCTCCGCTGCAATGCTAGGGGATAAAGATTCGCT
** *
24147508 ACCTTTAAATTTAATCTATTCCACTATAATACCAAAGAGATAAGATTTGCTGCCCACAGCTTTAA
260 ACCTTTAGCTTTAATCTATTCCACTATAATACCAAAGAGATAAGATTCGCTGCCCACAGCTTTAA
* * * *
24147573 TCCACTCCACTTCATCTATTTCAAGTATTAACACCAGGGAGACCAGATTCGATGCCCTCTACTTT
325 TCCACTCCACTTCATCTATTTCAAGTATTAACACCAAGGAGACAAGATTCGATGCCCTCAACTGT
** * *
24147638 AATCTGCTCCGCTGCAATTCTAGAGAAATAAGATTCGCTACCTTTAGCCTTAATCAGTTCCACTA
390 AATCTGCTCCGCTGCAACACTAGAGAAACAAGATTCGCAACCTTTAGCCTTAATCAGTTCCACTA
** * * * *
24147703 TAAACCCAAAGAGATAGGTTTCGCTGCACATAGCTTTAATCCGCTCCACTTTA
455 TAAACCCAAAGAGATAGCATGCCCTAC-CACAGCTTTAATCCGCTCCAC-TTA
* * * ** * *
24147756 -GCTATTTCAAGTCTTAACGATAGGGAGATAAGATTCGCTGCCTTCAGCTTTAATCTACTCCGTT
1 CACTATTTCAAGTCTTAACGATAGGGAGACAAGAGTCGCTGCCCACAGATTTAATCTACTCCGCT
* * * * *
24147820 GCAACGTTAGGAAAACAAGATTCGCTACCTTTTGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAG
66 GCAACGCTAGGAAAACAAGATTCACTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAACCCAAAGAA
* * * *
24147885 ATAGGATTTGCTGCCCACAGCTTCAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACACCAGGG
131 ATAGGATTT-CTACCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGTTATTTCAAGTCTTAACACTAGGG
* * * * * *
24147950 AGATAAGATTCGTTGCCCTAAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCGATGCTA-GGGAAACAAGATTCGC
195 AGATAAGATTTGCTGCCATAAGCTTTAATATGCTCCGCTGCAATGCTAGGGGATA-AAGATTCGC
* * * *
24148014 TACCTTTAGCTTTAATGTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTA
259 TACCTTTAGCTTTAATCTATTCCACTATAATACCAAAGAGATAAGATTCGCTGCCCACAGCTTTA
* * *
24148079 ATCCACTCCACTTCATCTATTTCAAGTCTTAACACCAAGGAGATAAGATTCGCTGCCCT-AAGCT
324 ATCCACTCCACTTCATCTATTTCAAGTATTAACACCAAGGAGACAAGATTCGATGCCCTCAA-CT
* *
24148143 GTAATCTGCTCCGCTGCAACACTAGGGAAACAAGATTCGCAACCTTTAGCTTTAATCTA-TTCCA
388 GTAATCTGCTCCGCTGCAACACTAGAGAAACAAGATTCGCAACCTTTAGCCTTAATC-AGTTCCA
* * * * *
24148207 CTATAAAGCGAAAGAGATAGCATGCCCTACCCCAGCTTTAATCTGCTTCACTTA
452 CTATAAACCCAAAGAGATAGCATGCCCTACCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTA
* *
24148261 CACTATTTCAAGTCTTAACGCTAGGGAGACAAGAGTCGCTGCCCACAGATTTAATCTGCTCCGCT
1 CACTATTTCAAGTCTTAACGATAGGGAGACAAGAGTCGCTGCCCACAGATTTAATCTACTCCGCT
* * * * * * * *
24148326 GCAATGCTAGGGAAAGAAGATTTACTGCCTTTACCTTTAATCTATTCCATTATAAACCCAAAGAA
66 GCAACGCTAGGAAAACAAGATTCACTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAACCCAAAGAA
* *
24148391 ATAGGAATCTT-TACCCACAGCTTTAATCCGCTCAACTTCAGTTATTTCATGTCTTAA-AGCTAG
131 ATAGG-AT-TTCTACCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGTTATTTCAAGTCTTAACA-CTAG
* * * * * *
24148454 GGAGATAAGATTTGCAGCCATCAGCTTTAATATGTTCCGCTGCAACGCTAGGGGATAAGGATTCA
193 GGAGATAAGATTTGCTGCCATAAGCTTTAATATGCTCCGCTGCAATGCTAGGGGATAAAGATTCG
24148519 CTACCTTTAGCTTTAATCTATTCCACTATAATACC
258 CTACCTTTAGCTTTAATCTATTCCACTATAATACC
24148554 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 676, Mismatches: 113, Indels: 20
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
505 4 0.01
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ACGTcount: A:0.30, C:0.25, G:0.16, T:0.30
Consensus pattern (505 bp):
CACTATTTCAAGTCTTAACGATAGGGAGACAAGAGTCGCTGCCCACAGATTTAATCTACTCCGCT
GCAACGCTAGGAAAACAAGATTCACTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAACCCAAAGAA
ATAGGATTTCTACCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGTTATTTCAAGTCTTAACACTAGGGA
GATAAGATTTGCTGCCATAAGCTTTAATATGCTCCGCTGCAATGCTAGGGGATAAAGATTCGCTA
CCTTTAGCTTTAATCTATTCCACTATAATACCAAAGAGATAAGATTCGCTGCCCACAGCTTTAAT
CCACTCCACTTCATCTATTTCAAGTATTAACACCAAGGAGACAAGATTCGATGCCCTCAACTGTA
ATCTGCTCCGCTGCAACACTAGAGAAACAAGATTCGCAACCTTTAGCCTTAATCAGTTCCACTAT
AAACCCAAAGAGATAGCATGCCCTACCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTA
Found at i:24187752 original size:169 final size:169
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Indices: 24187463--24188701 Score: 1561
Period size: 169 Copynumber: 7.3 Consensus size: 169
24187453 NNNNNNNNNN
* * *
24187463 AGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTTCGCTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACACCAG
1 AGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAAGACCAG
* * * * *
24187528 GGAGATAAGGTTCGCTGCCCTAAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCGATGCAAGGGAAACAAGAGTCG
66 GGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCG
* *
24187593 CTACCTTTGGCTTTAATGTGTTCCACTATAATGCCAAAG
131 CTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAG
* * *
24187632 AGATAGGATTTGCTGCCCACAGCTTTAATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTCAGACCAG
1 AGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAAGACCAG
* * ** *
24187697 GGACATAAGATTCGCTGCCCTAAGCTTTAATCTGCTCCGCTGTGATGCTAGGGAAACAACATTCG
66 GGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCG
*
24187762 CTACCTTTAGCTTTAATGTGTTCCACTATAATGCCAAAG
131 CTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAG
* * *
24187801 AGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTTCGCTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACG-CTA
1 AGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAA-GACCA
* * * * *
24187865 GGGAGACAAGATTCGCTGCCCTCTGCATTAATCTGCTCAGCTGCAATGTTAGGGAAACAAGATTC
65 GGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTC
*
24187930 GCTACCTTTAGCTTTAATATGTTCCACTATAATGCCAAAG
130 GCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAG
* * * *
24187970 AGATATGATTCGCTGCCCACAGCATTAATCTGCAT-CATTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACG-CC
1 AGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGC-TCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAA-GACC
* * ** * *
24188033 AGAGAGA-AGAGATTCGCTACCCTCAGCTTTAATCTGCTTTGATACAATGCTAGGGAAACAAGAT
64 AGGGAGATA-AGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGAT
* * *
24188097 TCGCTACCTTTAGCTTTAATCTATTTCACTATTATGCCAAAG
128 TCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAG
* * * * *
24188139 AGATAGAAGTCGCTACCCACAGCTTTAATCCGCTCCACATCAGTTATTTCAAGTCTTAACG-CCA
1 AGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAA-GACCA
* * * * *
24188203 GGGAGACT-AGATTCGCTACCTTCTGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGACACAGGATT
65 GGGAGA-TAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATT
* * * *
24188267 TGCTACCTTTAGTTTTAAT-TCATTCCACTATAATACCAAAG
129 CGCTACCTTTAGCTTTAATCT-GTTCCACTATAATGCCAAAG
* ** *
24188308 AGATAGGATTCGCTGCCCACAGTTTTAATCTACTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACG-CTA
1 AGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAA-GACCA
*
24188372 GGGAGACAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTC
65 GGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTC
* *
24188437 GCTACCTTTAACTTTAATCTGTTCCACTATAATTCCAAAG
130 GCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAG
* * *
24188477 AGATAGGATTCGCTTCCCACATCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCATAACG-CCA
1 AGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAA-GACCA
* * * * * * * *
24188541 GAGAGATAAGATTCGCTACTCC-CTGCTTTATTCTGCTTCGTTGCTATACTAGGGAAACAAGATT
65 GGGAGATAAGATTCGCTGC-CCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATT
**
24188605 CGCTACCTTTAGCTTTAATCCATTCCACTATAATGCCAAAG
129 CGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAG
* * * * *
24188646 AGATAGGATTCACTGCCCATAG--TTACTTCAGCT--ACTTCAGCTACTTCAAGTCTTAA
1 AGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTA-ATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAA
24188702 TCTGATCCAC
Statistics
Matches: 939, Mismatches: 120, Indels: 25
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
166 21 0.02
167 3 0.00
168 8 0.01
169 902 0.96
170 5 0.01
ACGTcount: A:0.27, C:0.25, G:0.17, T:0.30
Consensus pattern (169 bp):
AGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAAGACCAG
GGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCG
CTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAG
Done.