genome.fa.s2007.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold429
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  257370

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
182--278	44	2.2	44	90	3	151	30	24	19	24	1.98
292--942	88	7.4	88	88	0	910	20	24	26	28	1.99
2031--2055	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
3000--3040	22	1.9	22	90	5	66	63	2	12	21	1.40
10847--11517	335	2.0	335	100	0	1342	38	12	14	34	1.84
12246--12280	10	3.3	10	85	14	52	45	0	8	45	1.34
15204--15722	88	5.9	88	83	4	586	30	19	23	26	1.98
15204--15722	176	2.9	176	85	2	650	30	19	23	26	1.98
15226--15723	264	1.9	263	84	4	680	30	19	23	27	1.98
15729--15849	51	2.4	51	77	2	127	26	19	25	28	1.98
15922--16108	50	3.7	50	79	4	207	33	23	18	24	1.97
15926--16124	100	2.0	100	88	2	292	33	22	18	25	1.97
16141--16262	44	2.8	43	83	2	154	31	18	21	28	1.97
17632--17672	3	13.7	3	84	0	55	31	0	0	68	0.90
26766--26807	11	3.7	11	81	12	50	19	0	9	71	1.13
31493--31521	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
37338--37419	31	2.7	31	86	1	112	47	7	7	37	1.59
37361--37431	31	2.3	31	85	4	90	49	4	7	39	1.49
39746--39791	22	2.0	23	83	4	58	43	19	15	21	1.87
49766--49798	17	1.9	17	93	0	57	24	30	27	18	1.98
50373--50412	19	2.0	20	85	4	55	37	12	2	47	1.55
51862--51915	25	2.2	25	83	3	65	35	16	16	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52380--53071	353	2.0	354	96	0	1287	35	24	11	28	1.90
54620--54666	18	2.6	18	96	0	85	53	12	4	29	1.58
66104--66281	30	6.0	30	96	1	315	31	10	17	40	1.83
73237--73363	30	4.2	30	86	0	173	33	9	14	42	1.77
80288--80322	18	1.9	18	100	0	70	57	0	25	17	1.40
81242--81282	22	1.9	21	85	5	55	34	21	26	17	1.95
83674--83808	58	2.3	59	83	2	166	37	9	28	23	1.87
91481--91520	21	1.9	21	84	0	53	5	27	5	62	1.37
94481--94821	168	2.0	168	98	0	655	26	11	26	35	1.90
101085--101110	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
110294--110363	35	2.0	35	100	0	140	48	14	17	20	1.81
115061--115100	20	1.9	22	85	10	57	65	5	0	30	1.14
120495--120558	24	2.7	24	87	4	85	18	3	1	76	1.00
120496--120558	6	10.5	6	76	19	60	17	3	1	77	0.97
120499--120560	19	3.1	19	84	13	63	17	4	1	75	1.05
121178--121220	5	8.6	5	100	0	86	81	0	0	18	0.69
121369--121560	105	1.8	105	83	6	255	30	16	24	29	1.96
123136--123173	19	2.0	19	89	0	58	15	7	21	55	1.66
123578--123616	17	2.4	16	86	4	60	79	0	10	10	0.94
126890--127103	17	12.2	18	70	17	130	41	13	14	30	1.84
126890--127103	35	6.1	34	72	14	134	41	13	14	30	1.84
126714--127105	18	23.0	17	67	18	142	44	12	14	29	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127257--127295	17	2.3	17	86	8	53	43	7	15	33	1.75
127905--127974	32	2.3	32	80	9	85	4	21	1	72	1.09
128545--128681	29	4.7	30	77	11	124	38	5	21	34	1.76
128896--130011	80	14.2	76	79	12	718	34	21	16	27	1.95
128977--129203	77	3.0	77	85	5	311	34	21	16	27	1.95
129223--130011	80	9.7	80	91	6	1177	35	20	17	26	1.95
129217--130011	171	4.9	166	89	7	1131	35	20	16	27	1.95
129394--130011	168	3.9	158	90	6	935	35	20	17	26	1.94
129223--130011	248	3.2	248	93	3	1288	35	20	17	26	1.95
130845--130953	1	109.0	1	68	0	65	1	5	8	84	0.84
130852--130952	8	12.8	8	80	8	100	1	4	8	84	0.85
130845--130953	9	11.7	9	75	18	73	1	5	8	84	0.84
130845--130953	19	6.3	17	75	8	96	1	5	8	84	0.84
130883--130952	17	3.8	18	81	9	88	2	4	8	84	0.85
137452--137624	90	1.9	89	85	3	240	43	12	15	28	1.83
137268--137628	35	10.5	35	67	16	141	45	11	13	29	1.79
137268--137628	18	21.0	18	68	16	160	45	11	13	29	1.79
137701--137736	18	1.9	19	94	5	65	36	11	13	38	1.81
137781--137819	17	2.3	17	86	8	53	43	7	15	33	1.75
138430--138499	32	2.3	32	80	9	85	4	21	1	72	1.09
139132--139210	30	2.7	30	92	3	126	40	2	20	36	1.66
139132--139225	30	3.2	30	87	4	102	40	3	22	34	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140436--140607	26	6.9	25	71	16	117	35	20	24	19	1.96
147447--147566	63	1.9	62	83	5	152	29	25	20	25	1.99
149953--150212	129	2.0	130	99	0	513	45	3	6	44	1.47
150005--150267	129	2.0	126	79	7	269	47	5	9	37	1.59
164652--164774	46	2.7	46	80	1	140	17	18	16	47	1.83
164752--164909	45	3.5	45	82	0	172	23	20	17	38	1.93
164887--164996	45	2.4	45	89	0	157	20	14	17	48	1.81
166008--166039	11	2.9	11	100	0	64	46	0	6	46	1.27
169448--169477	16	1.9	15	93	6	51	3	13	0	83	0.77
170797--170824	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
171184--171214	3	10.3	3	92	0	53	67	3	0	29	1.06
177741--177966	124	1.8	124	93	1	391	30	16	21	31	1.95
181495--181885	29	13.8	29	87	5	559	27	0	25	46	1.56
181893--182045	71	2.2	71	93	2	263	46	14	3	35	1.61
182100--182792	29	23.5	29	83	5	863	26	1	27	44	1.63
183343--183377	18	1.9	18	88	0	52	31	8	34	25	1.86
188113--188147	15	2.4	15	90	4	54	25	0	8	65	1.21
189215--189247	13	2.5	13	95	0	57	15	33	6	45	1.70
189495--189566	13	5.5	13	72	6	65	36	4	23	36	1.74
189491--189566	26	2.9	26	78	0	80	34	3	25	36	1.74
189478--189564	39	2.2	38	84	6	120	37	4	20	36	1.74
194260--194294	3	11.7	3	93	0	61	28	0	2	68	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207419--207443	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
214960--215142	51	3.8	46	76	11	161	26	16	26	30	1.97
214960--215093	46	2.8	46	82	5	160	25	18	25	30	1.98
215153--215234	43	1.9	42	90	2	128	24	14	25	35	1.94
225240--225291	21	2.4	22	87	3	70	13	11	19	55	1.68
225237--225291	22	2.6	21	85	5	76	16	10	18	54	1.70
225868--225927	30	2.0	30	86	0	84	35	3	11	50	1.56
239144--239231	25	3.5	24	75	14	81	34	20	21	23	1.97
239244--239317	25	3.0	24	82	7	94	33	17	29	18	1.94
240022--240077	22	2.5	22	91	2	94	28	28	0	42	1.56
240030--240129	52	1.9	52	89	0	155	30	31	0	39	1.57
240082--240134	22	2.4	22	84	6	72	33	32	0	33	1.58
240166--240224	30	2.0	28	87	12	84	38	0	3	57	1.15
240169--240231	29	2.1	30	83	13	78	38	0	3	58	1.14
242793--242848	24	2.3	24	93	0	94	26	37	17	17	1.93
243457--243580	29	4.2	29	83	3	142	41	24	0	33	1.61
243658--243702	21	2.1	22	91	4	74	37	11	15	35	1.83
249894--250055	81	2.0	81	96	2	299	27	36	8	28	1.85
256600--256639	3	13.3	3	100	0	80	35	0	0	65	0.93
257184--257231	24	2.0	25	83	4	62	68	6	6	18	1.32

Tables:   1

The End!