Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold943
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 43375
ACGTcount: A:0.02, C:0.02, G:0.01, T:0.03
Warning! 39607 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:280 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1--476 Score: 758
Period size: 169 Copynumber: 2.8 Consensus size: 169
* * *
1 AGCTTTAATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTT-A-ACGATAGTGAGATAAGATTTGCTGC
1 AGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACACCAT-G-GAGATAAGATTCGCTGC
* * * * * ***
64 CTTCAGCTTTAATCTGCTCTGTTGCAACGCTAGGAAAACAAGATTCGCTACCTTTTGCTTTAATC
64 CTTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCCACCTTTAAATTTAATC
* * *
129 TTTTCCACTATAATGCCAAGGAGATAGGATTTGCTGCCCAC
129 TGTTCAACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTTGCTGCCCAC
*
170 AGCTTTAATCTGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACACCATGGAGATAAGATTCGCTGCCT
1 AGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACACCATGGAGATAAGATTCGCTGCCT
235 TCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCCACCTTTAAATTTAATCTG
66 TCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCCACCTTTAAATTTAATCTG
300 TTCAACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTTGCTGCCCAC
131 TTCAACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTTGCTGCCCAC
*
339 AGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTTTTTCAAGTCTTAACACCATGGAGATAAGATTCGCTGCCT
1 AGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACACCATGGAGATAAGATTCGCTGCCT
*
404 TCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCCACCTTTAAATTTAATATG
66 TCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCCACCTTTAAATTTAATCTG
*
469 TTCCACTA
131 TTCAACTA
477 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 286, Mismatches: 19, Indels: 4
0.93 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
169 280 0.98
170 2 0.01
171 4 0.01
ACGTcount: A:0.27, C:0.25, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (169 bp):
AGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACACCATGGAGATAAGATTCGCTGCCT
TCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCCACCTTTAAATTTAATCTG
TTCAACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTTGCTGCCCAC
Found at i:1106 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 809--3997 Score: 4222
Period size: 169 Copynumber: 18.9 Consensus size: 169
799 NNNNNNNNNN
* * * * * *
809 ATAGGATTCCCTACCCATAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACACTAGAG
1 ATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGG
* *
874 AGATAAGATTCGTTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCGATGCTAGGGAAACAAGATTTGCT
66 AGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTTGCT
* * * *
939 ACCTTTAGCTTTAATGTGTTCCACTACAATGCCAAATAG
131 ACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAG
* * * * * *
978 ATAGTATTCGCAGCCCACAGCTTTAATCCGCTTCACTTCAGCTATTTCAAATATTAACGCCAGGA
1 ATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGG
* * * * *
1043 AGACAAGATTCGCTGCCCTCAGATTTAATCTGCTCTGCTGCAATACTAGGGAAAGAAGATTTGCT
66 AGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTTGCT
*
1108 AACTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAG
131 ACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAG
*
1147 ATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTTCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGG
1 ATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGG
* * * * *
1212 AGAGAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCTGCTGCAATACAAGGGAAAGAAGATTTGCT
66 AGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTTGCT
*
1277 ACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAG
131 ACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAG
* * * *
1316 ATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCACTCCACTTAAGCTATTTCAAGTCTGAACACCAGGG
1 ATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGG
* *
1381 AGATAAGATTCGCTACCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATG-TAGGGAAACAAGATTCGCT
66 AGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTTGCT
* * * *
1445 TCTTTTA-CAGTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGGG
131 ACCTTTAGC-TTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAG
* * * *
1484 ATAGGTTTCGCTGCTCATAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGACAGGG
1 ATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGG
* * * * * *
1549 AGATAAGATTCACTGCCCTCAGCTTTAACCTGCTCCGTTGCAACGCTA-GGAAAAAATGATTCGC
66 AGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAA-GATTTGC
* *
1613 TACCTTTTA-CTTTTATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGCG
130 TACC-TTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAG
* * * **
1653 ATAGGATTCCCTACCCATAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAATG
1 ATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGG
* * *
1718 AGATAAGATTCGCTGCCCTCGGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAAGGCTAGGGAAACAAGATTCGCT
66 AGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTTGCT
* *
1783 ACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAAAG
131 ACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAG
* * * * **
1822 ATAGAATTCGGTGCCCACAGCTTTAATCCACTCCACTTTAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAATG
1 ATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGG
*
1887 AGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCGATGCTAGGGAAACAAGATTTGCT
66 AGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTTGCT
* *
1952 ACCTTTAGCTTTAATGTGTTCCACTATAATGCCAAAGAG
131 ACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAG
* * * * *
1991 ATAGGATTCGCTGCCCGCAGCTTTAATCCGCTTCACTTCAGCTATTTCAAATCATAACGCCAGGA
1 ATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGG
* *
2056 AGACAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCT
66 AGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTTGCT
* *
2121 ACCTTTA-CAATTAATCTGTTCCACTATAAAGCCGAAGAG
131 ACCTTTAGC-TTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAG
* * *
2160 ATAGGTTTCGCTGCCCACAGCTTTAATCTGCTCCACTTCAGCTACTTCAAGTCTTAACGCCAGGG
1 ATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGG
* * * * * * *
2225 AGATAAGATTCACTGCCCTCAGATTTAATCTACTCTGCTGCAATACCAGGGAAAGAAGATTTGCT
66 AGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTTGCT
*
2290 AACTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAG
131 ACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAG
* * * * *
2329 ATAGGATTCACTGCCCACAGCTTTAA-CCTACTCCACTTTAGCTATTTCAAGTCTAAACACCAGG
1 ATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCC-GCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGG
* * ** * *
2393 GAGATAAGATTCGCTGCGCTCAGCTTTAATCTGCACCGCTGCAACACTAGGGAAGCAAGATTCGC
65 GAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTTGC
* *
2458 TACCTTTAGCTTTAATCTATTCCACTATAAAGCAAAAGAG
130 TACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAG
* * * * *
2498 ATAGGATGCGCTGCCCACGGCTTTAATCCGCTTCACTTCAACTATTTCAAGTCTTAACGCTAGGG
1 ATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGG
* * * * * * *
2563 AGACAAGATTCGCTGCCCACAGATTTAATCTGCTCCGCTGAAATGCTAGGGGAAGAAGATTTACT
66 AGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTTGCT
* * *
2628 GCCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAACCCAAAGAA
131 ACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAG
* * * * *
2667 ATAGGATTCACTACCCACAGCTTTAATCCTCTCCACTTC-GATTATTTCAAGTCTTAACGCTAGG
1 ATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAG-CTATTTCAAGTCTTAACGCCAGG
* * * * * * *
2731 GAGACAAGATTCGCTGCCCACAGATTTAATCTGCTCCGCTGAAATGCTAGGGAAAGACGATTTAC
65 GAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTTGC
* * *
2796 TACATTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAACCCAAAGAA
130 TACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAG
* * * * * * *
2836 ATAGGATTCTCTACCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCCGTTATTTCAAGTCTTAATGCTATGG
1 ATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGG
* * * * **
2901 AAATAAGATTCGCTGCCTTTAGCTTTAATCTACTCCGCTGCAATGCTAGGGAATA-AAGATTCAC
66 AGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAA-ACAAGATTTGC
* ** *
2965 TACATTTAAATTTAATCTATTCCACTATAATA-CCAAAGAG
130 TACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAA-AGCCAAAGAG
* * * *
3005 ATAGGATTTGCCGCCCCCAGCTTTAATCCGCTCCACTTCATCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGG
1 ATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGG
* * *
3070 AGACAATATTCGCTGCCCTCTGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTTGCT
66 AGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTTGCT
* * *
3135 ACCTTTAGCATTAATCTATTCTACTATAAAGCCAAAGAG
131 ACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAG
* * * * *
3174 ATAGGTTTCGCTTCTCATAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGACAGGG
1 ATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGG
* * **
3239 AGATAAGATTCGCTGCACTCAACTTTAATCTGCTCCGCTGCAA-GACTAGGGAAACAAGATTCAC
66 AGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATG-CTAGGGAAACAAGATTTGC
* * * *
3303 TGCCTTTTGCTTTAATGTGTTCCACTATAATGCCAAAGAG
130 TACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAG
* * *
3343 ATAGGATTCGCTGCCCACAGCCTTAATCTGCTTCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGG
1 ATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGG
* * *
3408 AGAGAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATACTAGGGAAAGAAGATTTGCT
66 AGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTTGCT
*
3473 ACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAG
131 ACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAG
* * * *
3512 ATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCACTCCACTTTAGCTATTTCAAGTC-CAAGCACCAGG
1 ATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAA-CGCCAGG
* * * *
3576 GAGATAAGATTCGCTACCGTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGAGTCGC
65 GAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTTGC
* * *
3641 TACCTTTAGCATTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAAAG
130 TACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAG
* * * * *
3681 ATAGGATTCACTGCCCACAGCTTTAATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACACTAGAG
1 ATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGG
*
3746 AGATAAGATTCGCTACCCTCAGCTTTAAT-T--T--GC-G--ATGCTAGGGAAACAAGATTTGCT
66 AGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTTGCT
* * *
3803 ACCTTTAGCTTTAATGTGTTCCACTATAATGCCAAAGAC
131 ACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAG
* *
3842 ATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTTCACTTCAGCTATTTCAAATCTTAACGCCA-GG
1 ATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGG
* * ** * ** *
3906 ACGACAAGATTCGCTGCCCTCAGATTTAATCTGCTCTACTGCAATACTAAAGAAAGAAGATTTGC
66 A-GATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTTGC
*
3971 TAACTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTA
130 TACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTA
3998 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2662, Mismatches: 329, Indels: 58
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
160 2 0.00
161 137 0.05
162 1 0.00
163 1 0.00
164 3 0.00
166 2 0.00
167 2 0.00
168 164 0.06
169 2330 0.88
170 20 0.01
ACGTcount: A:0.28, C:0.25, G:0.17, T:0.29
Consensus pattern (169 bp):
ATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGG
AGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTTGCT
ACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAG
Done.