Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: scaffold3712

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 407

Length: 679
ACGTcount: A:0.29, C:0.14, G:0.20, T:0.37


Found at i:283 original size:28 final size:27

Alignment explanation


    Indices: 243--437  Score: 211
    Period size: 28  Copynumber: 7.6  Consensus size: 27

        233 GCTGAGTTAT

                                        
        243 GTTAGGGTTTTTACATTAATTAAATTAG
          1 GTTAGGGTTTTTA-ATTAATTAAATTAG

                   *              **    
        271 GTTAGGGATTTTAATTAAATTAGGTTAG
          1 GTTAGGGTTTTTAATT-AATTAAATTAG

                                        
        299 GTTAGGGTTTTTAATTAAATTAAATTAG
          1 GTTAGGGTTTTTAATT-AATTAAATTAG

                                        
        327 GTTAGGGTTTTTAATTAAGTT--A--A-
          1 GTTAGGGTTTTTAATTAA-TTAAATTAG

                                       
        350 GTTAGGGTTTTTAATTAATTAAATTAG
          1 GTTAGGGTTTTTAATTAATTAAATTAG

                                       
        377 GTTAGGG--TTT--TTAATT--A--A-
          1 GTTAGGGTTTTTAATTAATTAAATTAG

                                   *    
        395 GTTAGGGTTTTTAATTATATTAAGTTAG
          1 GTTAGGGTTTTTAATTA-ATTAAATTAG

                           
        423 GTTAGGGTTTTTAAT
          1 GTTAGGGTTTTTAAT

        438 CAAATAATGT


Statistics
Matches: 143,  Mismatches: 7, Indels: 34
        0.78            0.04        0.18

Matches are distributed among these distances:
  18    7  0.05
  19    1  0.01
  20    3  0.02
  21    1  0.01
  22    5  0.03
  23   27  0.19
  24    2  0.01
  25    3  0.02
  26    2  0.01
  27   13  0.09
  28   79  0.55

ACGTcount: A:0.31, C:0.01, G:0.21, T:0.48


Consensus pattern (27 bp):   
GTTAGGGTTTTTAATTAATTAAATTAG

Found at i:398 original size:18 final size:18

Alignment explanation


    Indices: 371--411  Score: 73
    Period size: 18  Copynumber: 2.3  Consensus size: 18

        361 TAATTAATTA

                 *            
        371 AATTAGGTTAGGGTTTTT
          1 AATTAAGTTAGGGTTTTT

                              
        389 AATTAAGTTAGGGTTTTT
          1 AATTAAGTTAGGGTTTTT

                 
        407 AATTA
          1 AATTA

        412 TATTAAGTTA


Statistics
Matches: 22,  Mismatches: 1, Indels: 0
        0.96            0.04        0.00

Matches are distributed among these distances:
  18   22  1.00

ACGTcount: A:0.29, C:0.00, G:0.22, T:0.49


Consensus pattern (18 bp):   
AATTAAGTTAGGGTTTTT
Done.