Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold2797
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 508
Length: 847
ACGTcount: A:0.33, C:0.11, G:0.17, T:0.39
Found at i:359 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 345--838 Score: 240
Period size: 9 Copynumber: 57.3 Consensus size: 9
335 AACTTATTTA
345 TTATGTAAG
1 TTATGTAAG
354 TTATGTAAG
1 TTATGTAAG
*
363 TTGTGTAAG
1 TTATGTAAG
372 TTATGTAAG
1 TTATGTAAG
*
381 CTATGTAAG
1 TTATGTAAG
*
390 TTGTGT-A-
1 TTATGTAAG
* *
397 TTATGAAAC
1 TTATGTAAG
406 TTATGTAAG
1 TTATGTAAG
415 -T-TGTAAG
1 TTATGTAAG
*
422 TTGTGT-A-
1 TTATGTAAG
* ** *
429 CTACATCA-
1 TTATGTAAG
*
437 TTATGTGAG
1 TTATGTAAG
*
446 TTGTGT-A-
1 TTATGTAAG
*
453 TAATGTAAG
1 TTATGTAAG
*
462 TTAAG-AAGG
1 TTATGTAA-G
471 TTATGT-A-
1 TTATGTAAG
*
478 TAATGTAAG
1 TTATGTAAG
*
487 TAATGTAAG
1 TTATGTAAG
*
496 CTATGTAAG
1 TTATGTAAG
*
505 TAATGT-A-
1 TTATGTAAG
512 TTATGTAAG
1 TTATGTAAG
*
521 TTGTGT-A-
1 TTATGTAAG
* ** *
528 CTACATCA-
1 TTATGTAAG
*
536 TTATGTGAG
1 TTATGTAAG
*
545 TTGTGT-A-
1 TTATGTAAG
*
552 TAATGTAAG
1 TTATGTAAG
*
561 TTAAG-AAGG
1 TTATGTAA-G
570 TTATGT-A-
1 TTATGTAAG
*
577 TAATGTAAG
1 TTATGTAAG
*
586 TTAAT-TAAT
1 TT-ATGTAAG
595 TTATGTAAG
1 TTATGTAAG
604 TTATGTAAG
1 TTATGTAAG
* *
613 TTATTTAATT
1 TTATGTAA-G
623 TATATGTAAG
1 T-TATGTAAG
*
633 TTATGTAAT
1 TTATGTAAG
642 TTATGTAAG
1 TTATGTAAG
651 TTATGTAAG
1 TTATGTAAG
660 TTATGTAAG
1 TTATGTAAG
* *
669 TTATTTAAT
1 TTATGTAAG
*
678 TTACT-TAAT
1 TTA-TGTAAG
*
687 TTACT-TAAT
1 TTA-TGTAAG
696 TTATGTAAG
1 TTATGTAAG
705 TTATGTAAG
1 TTATGTAAG
* *
714 TTATTTAAT
1 TTATGTAAG
723 TTATGTAAG
1 TTATGTAAG
*
732 TTATGTAAC
1 TTATGTAAG
*
741 TTATGTAAC
1 TTATGTAAG
* *
750 TTATTTAAT
1 TTATGTAAG
759 TTACT-TAA-
1 TTA-TGTAAG
*
767 -T-T-TAAT
1 TTATGTAAG
*
773 TTACT-TAAT
1 TTA-TGTAAG
782 TTATGTAAG
1 TTATGTAAG
791 TTATGTAAG
1 TTATGTAAG
* **
800 TTACGCCAG
1 TTATGTAAG
* *
809 TTATTTAAT
1 TTATGTAAG
*
818 TTTTGTAAG
1 TTATGTAAG
827 TTATGTAAG
1 TTATGTAAG
836 TTA
1 TTA
839 CTTAATTTA
Statistics
Matches: 374, Mismatches: 77, Indels: 68
0.72 0.15 0.13
Matches are distributed among these distances:
5 4 0.01
7 39 0.10
8 32 0.09
9 287 0.77
10 6 0.02
11 6 0.02
ACGTcount: A:0.33, C:0.04, G:0.17, T:0.46
Consensus pattern (9 bp):
TTATGTAAG
Found at i:491 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 453--521 Score: 86
Period size: 34 Copynumber: 2.0 Consensus size: 34
443 GAGTTGTGTA
* *
453 TAATGTAAGTTAAG-AAGGTTATGTATAATGTAAG
1 TAATGTAAGCTAAGTAA-GTAATGTATAATGTAAG
* *
487 TAATGTAAGCTATGTAAGTAATGTATTATGTAAG
1 TAATGTAAGCTAAGTAAGTAATGTATAATGTAAG
521 T
1 T
522 TGTGTACTAC
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 4, Indels: 2
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
34 28 0.93
35 2 0.07
ACGTcount: A:0.39, C:0.01, G:0.22, T:0.38
Consensus pattern (34 bp):
TAATGTAAGCTAAGTAAGTAATGTATAATGTAAG
Found at i:527 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 473--521 Score: 62
Period size: 16 Copynumber: 2.9 Consensus size: 16
463 TAAGAAGGTT
*
473 ATGTATAATGTAAGTA
1 ATGTATTATGTAAGTA
*
489 ATGTAAGCTATGTAAGTA
1 ATGT-A-TTATGTAAGTA
507 ATGTATTATGTAAGT
1 ATGTATTATGTAAGT
522 TGTGTACTAC
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 3, Indels: 4
0.80 0.09 0.11
Matches are distributed among these distances:
16 13 0.46
17 2 0.07
18 13 0.46
ACGTcount: A:0.39, C:0.02, G:0.20, T:0.39
Consensus pattern (16 bp):
ATGTATTATGTAAGTA
Found at i:527 original size:99 final size:99
Alignment explanation
Indices: 416--610 Score: 347
Period size: 99 Copynumber: 2.0 Consensus size: 99
406 TTATGTAAGT
416 TGTAAGTTGTGTACTACATCATTATGTGAGTTGTGTATAATGTAAGTTAAGAAGGTTATGTATAA
1 TGTAAGTTGTGTACTACATCATTATGTGAGTTGTGTATAATGTAAGTTAAGAAGGTTATGTATAA
481 TGTAAG-TAATGTAAGCTATGTAAGTAATGTATTA
66 TGTAAGTTAAT-TAAGCTATGTAAGTAATGTATTA
515 TGTAAGTTGTGTACTACATCATTATGTGAGTTGTGTATAATGTAAGTTAAGAAGGTTATGTATAA
1 TGTAAGTTGTGTACTACATCATTATGTGAGTTGTGTATAATGTAAGTTAAGAAGGTTATGTATAA
** *
580 TGTAAGTTAATTAATTTATGTAAGTTATGTA
66 TGTAAGTTAATTAAGCTATGTAAGTAATGTA
611 AGTTATTTAA
Statistics
Matches: 92, Mismatches: 3, Indels: 2
0.95 0.03 0.02
Matches are distributed among these distances:
99 88 0.96
100 4 0.04
ACGTcount: A:0.34, C:0.04, G:0.22, T:0.41
Consensus pattern (99 bp):
TGTAAGTTGTGTACTACATCATTATGTGAGTTGTGTATAATGTAAGTTAAGAAGGTTATGTATAA
TGTAAGTTAATTAAGCTATGTAAGTAATGTATTA
Found at i:598 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 548--625 Score: 86
Period size: 25 Copynumber: 3.0 Consensus size: 25
538 ATGTGAGTTG
* *
548 TGTATAATGTAAGTTAA-GAAGGTTA
1 TGTATAATGTAAGTTAATTAA-TTTA
573 TGTATAATGTAAGTTAATTAATTTA
1 TGTATAATGTAAGTTAATTAATTTA
* *
598 TGTAAGTTATGTAAGTTATTTAATTTA
1 TGT-A-TAATGTAAGTTAATTAATTTA
625 T
1 T
626 ATGTAAGTTA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 4, Indels: 4
0.85 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
25 23 0.50
26 3 0.07
27 20 0.43
ACGTcount: A:0.37, C:0.00, G:0.17, T:0.46
Consensus pattern (25 bp):
TGTATAATGTAAGTTAATTAATTTA
Found at i:771 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 748--784 Score: 67
Period size: 14 Copynumber: 2.7 Consensus size: 14
738 AACTTATGTA
748 ACTT-ATTTAATTT
1 ACTTAATTTAATTT
761 ACTTAATTTAATTT
1 ACTTAATTTAATTT
775 ACTTAATTTA
1 ACTTAATTTA
785 TGTAAGTTAT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 1
0.96 0.00 0.04
Matches are distributed among these distances:
13 4 0.17
14 19 0.83
ACGTcount: A:0.35, C:0.08, G:0.00, T:0.57
Consensus pattern (14 bp):
ACTTAATTTAATTT
Done.