genome.fa.s2327.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold244
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  697135

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2917--2962	24	1.9	24	100	0	92	21	23	21	32	1.98
2965--3097	45	3.0	44	78	11	141	31	26	17	24	1.97
2941--3086	45	3.4	44	73	17	137	28	26	18	26	1.98
3979--4037	28	2.0	31	83	9	79	50	5	0	44	1.24
7582--7624	9	4.7	9	82	2	50	34	18	13	32	1.90
7582--7624	18	2.3	18	92	4	68	34	18	13	32	1.90
10719--10749	16	1.9	16	100	0	62	48	0	6	45	1.28
16425--16459	11	3.2	11	87	0	52	22	0	2	74	0.95
17567--17644	37	2.1	37	100	0	156	25	2	12	58	1.47
18999--19604	310	2.0	310	100	0	1212	30	21	17	30	1.96
19625--19705	40	2.0	40	90	0	126	50	8	23	17	1.73
20388--20418	14	2.2	14	94	0	53	38	0	12	48	1.42
23019--23051	13	2.7	13	90	9	52	36	3	15	45	1.61
23680--23963	33	7.7	34	71	20	198	23	19	25	31	1.98
23676--23962	75	3.8	75	93	1	477	23	18	26	31	1.98
27040--27109	3	23.3	3	91	0	113	31	4	0	64	1.13
27245--27273	9	3.0	10	90	10	51	17	0	0	82	0.66
31555--31585	14	2.2	14	94	0	53	38	0	12	48	1.42
34018--34073	22	2.5	22	86	11	71	25	0	5	69	1.09
34026--34092	28	2.4	28	71	26	52	25	1	4	68	1.17
34016--34073	29	2.0	29	83	12	75	25	0	5	68	1.10
34038--34082	17	2.6	18	80	16	51	31	0	2	66	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34157--34208	24	2.1	25	85	3	70	32	1	1	63	1.16
34171--34218	24	2.0	24	84	8	62	45	0	2	52	1.12
46262--46315	20	2.7	19	74	5	54	42	0	11	46	1.39
48909--48950	21	2.0	21	85	0	57	33	2	23	40	1.68
51446--51510	32	2.0	32	100	0	130	43	9	24	23	1.83
53327--53456	64	2.0	64	85	5	174	22	18	23	35	1.96
53523--53569	24	1.9	25	82	4	60	21	23	19	36	1.95
53537--53600	25	2.6	24	76	18	69	20	23	17	39	1.92
60043--60166	64	1.9	64	88	0	185	21	21	21	34	1.97
60323--60403	25	3.2	25	67	6	65	22	28	16	33	1.95
60287--60407	50	2.4	50	90	0	179	21	28	17	33	1.96
66914--66943	9	3.3	9	95	0	51	6	0	3	90	0.56
67505--67569	23	2.8	23	77	13	62	61	15	0	23	1.33
71946--72005	20	3.1	19	75	2	57	50	35	0	15	1.44
73462--73682	113	2.0	112	91	3	358	30	18	12	38	1.88
75835--76262	154	2.8	150	87	5	576	53	7	8	31	1.58
76487--76520	18	1.9	17	88	5	50	11	20	5	61	1.50
77069--77094	5	5.2	5	100	0	52	0	0	19	80	0.71
78676--78715	17	2.4	17	91	8	64	32	0	2	65	1.06
79120--79157	20	1.9	20	88	0	58	50	5	7	36	1.54
89138--89166	14	2.0	15	93	6	51	75	6	10	6	1.17
91731--91866	67	2.0	67	98	0	263	28	12	21	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96000--96024	10	2.5	10	100	0	50	28	0	40	32	1.57
99149--99199	17	3.0	17	94	0	84	37	9	0	52	1.34
99527--99578	16	3.2	16	84	7	70	30	0	34	34	1.58
99537--99587	16	3.2	16	88	0	57	35	0	33	31	1.58
105023--105059	19	1.9	19	94	0	65	16	2	2	78	0.98
105229--105315	43	2.0	43	86	4	122	20	26	37	14	1.92
112246--112292	6	7.8	6	83	11	53	80	12	0	6	0.88
113167--113214	8	6.0	8	90	9	80	75	0	12	12	1.06
113140--113214	9	8.6	9	80	14	86	73	0	13	13	1.10
113171--113223	7	7.0	7	85	14	54	73	0	13	13	1.10
113170--113221	16	3.3	15	84	10	68	76	0	11	11	1.01
117153--117830	50	13.6	50	72	7	432	33	23	19	23	1.97
117124--117830	100	7.1	99	84	4	728	32	23	19	23	1.97
118074--118531	132	3.5	132	93	0	792	31	18	23	26	1.98
120617--120700	22	3.7	23	73	10	73	34	7	4	53	1.49
128837--128878	19	2.1	21	91	8	70	21	4	2	71	1.16
129090--129135	4	11.5	4	78	17	51	21	6	0	71	1.08
132766--132800	2	17.5	2	100	0	70	48	0	51	0	1.00
140172--140196	6	4.2	6	100	0	50	64	16	20	0	1.30
144241--144293	27	2.0	27	92	0	88	47	28	16	7	1.74
146143--146174	15	2.1	15	94	5	55	6	50	0	43	1.27
146145--146187	16	2.7	15	85	10	50	9	44	2	44	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
146377--146414	11	3.4	11	85	7	58	23	10	7	57	1.58
146379--146411	12	2.8	12	90	4	50	27	12	3	57	1.49
146402--146513	58	1.9	59	87	1	163	15	18	15	50	1.77
146886--146996	13	8.2	13	82	7	132	36	4	5	54	1.44
146886--146996	27	4.1	26	78	13	89	36	4	5	54	1.44
146886--146996	40	2.7	41	90	4	179	36	4	5	54	1.44
149156--149210	9	6.1	9	84	0	74	34	10	40	14	1.81
161947--162133	93	2.0	93	97	2	358	45	6	6	41	1.57
163215--163285	35	2.0	35	100	0	142	30	32	8	28	1.87
165278--165307	13	2.3	13	94	0	51	36	0	3	60	1.14
171582--171622	21	2.0	21	90	0	64	41	39	0	19	1.52
172718--172746	8	3.6	8	100	0	58	13	10	10	65	1.47
177343--177372	12	2.4	12	94	5	51	56	23	0	20	1.42
187198--187223	13	2.0	13	100	0	52	38	0	15	46	1.46
187274--187308	18	1.9	19	88	11	56	54	2	0	42	1.15
187955--187998	23	2.0	23	86	4	63	50	2	9	38	1.47
194816--195009	94	2.1	95	99	1	381	37	7	4	51	1.49
196156--196180	2	12.5	2	100	0	50	48	0	52	0	1.00
198095--198132	20	2.0	20	89	5	60	71	7	5	15	1.28
198522--198563	18	2.4	18	92	4	68	59	7	0	33	1.25
209390--209415	8	3.2	8	100	0	52	61	0	11	26	1.30
209644--209689	3	15.3	3	100	0	92	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
210969--211002	11	3.1	11	100	0	68	26	0	35	38	1.57
215109--215150	22	1.9	22	85	9	59	47	0	16	35	1.47
218189--218219	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
218219--218257	2	20.5	2	87	10	55	46	0	2	51	1.14
221668--221723	25	2.2	25	96	0	103	53	5	8	32	1.55
223459--223494	16	2.2	16	90	0	54	33	2	5	58	1.36
227276--227314	19	2.1	18	85	4	51	58	5	17	17	1.56
235566--235595	12	2.5	12	94	0	51	6	30	40	23	1.80
236457--236649	35	5.5	35	77	3	136	39	30	10	18	1.85
237088--237152	27	2.4	27	89	2	94	41	21	0	36	1.53
237104--237159	27	2.1	27	100	0	112	35	25	0	39	1.56
237167--237277	28	4.0	28	97	0	213	43	30	0	26	1.55
244776--244892	35	3.3	35	85	3	155	41	30	12	14	1.83
252804--252834	15	2.1	14	94	5	53	22	0	0	77	0.77
252806--252839	18	1.9	17	94	5	59	23	0	0	76	0.79
252826--252879	19	2.9	19	82	17	69	20	9	0	70	1.14
253728--253921	97	2.0	97	97	0	370	39	15	22	22	1.92
268478--268568	2	45.5	2	80	12	91	46	2	48	3	1.31
269190--269233	21	2.1	21	86	0	61	34	2	0	63	1.07
272233--272290	26	2.2	26	90	6	91	34	24	22	18	1.96
275063--275210	41	3.6	41	84	4	176	33	25	11	29	1.91
275057--275228	82	2.1	80	82	7	204	34	23	12	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
275057--275228	41	4.2	41	80	9	158	34	23	12	29	1.91
279711--279748	17	2.2	17	90	0	58	26	15	26	31	1.96
280410--280471	26	2.4	26	91	0	97	61	1	0	37	1.06
281159--281192	10	3.5	10	88	8	52	67	0	0	32	0.91
281156--281192	19	1.9	19	94	0	65	70	0	0	29	0.88
290075--290138	32	2.0	32	100	0	128	31	15	25	28	1.96
292641--293254	44	13.8	44	73	8	346	29	21	18	30	1.97
292955--293241	89	3.2	88	76	10	339	30	23	16	28	1.96
292818--294738	179	10.5	179	72	11	983	29	20	17	31	1.96
293169--293374	111	1.9	111	93	0	358	30	23	18	27	1.98

Tables:   1   2