genome.fa.s2400.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold220
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1016241

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
610928--610968	19	2.2	19	86	4	57	17	53	24	4	1.63
611994--612068	3	25.7	3	94	5	136	33	0	33	33	1.58
612102--612144	23	1.9	22	86	13	61	25	2	4	67	1.22
625953--625993	21	2.0	21	85	0	55	34	9	12	43	1.75
625853--626170	101	3.1	101	82	7	351	35	17	9	36	1.83
626865--626896	6	5.3	6	100	0	64	50	0	0	50	1.00
627591--627908	101	3.1	99	82	6	336	36	9	17	35	1.83
627768--627808	21	2.0	21	85	0	55	43	12	9	34	1.75
627869--627909	22	1.9	22	85	5	57	46	14	14	24	1.82
629775--630012	40	5.7	40	69	16	135	27	23	21	26	1.99
629776--630059	44	6.7	43	67	18	159	27	23	21	27	1.99
629774--630064	127	2.3	127	94	0	519	26	23	22	27	1.99
635094--635151	27	2.1	27	87	0	80	63	8	12	15	1.50
659210--659234	13	1.9	13	100	0	50	64	4	0	32	1.12
659280--659312	17	1.9	17	88	11	50	66	12	0	21	1.23
660875--660991	44	2.6	45	75	7	123	25	25	23	25	2.00
661286--661580	44	6.7	44	66	9	181	25	25	23	26	2.00
660581--661397	410	2.0	410	99	0	1616	25	24	21	28	1.99
661257--661621	88	4.1	88	91	0	543	23	25	24	26	2.00
662742--662792	6	8.7	6	81	12	61	1	0	13	84	0.71
662747--662791	12	3.7	12	88	5	72	0	0	11	88	0.50
662734--662788	25	2.2	25	87	6	76	3	1	12	81	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
664244--664283	20	2.0	20	95	4	73	10	22	5	62	1.46
665451--665502	19	2.7	20	82	5	63	46	11	17	25	1.81
667620--667761	72	2.0	72	94	0	248	35	17	18	28	1.94
668093--668120	4	7.0	4	100	0	56	75	0	0	25	0.81
668094--668131	8	4.4	9	93	3	53	73	0	2	23	0.95
668420--668444	13	1.9	13	100	0	50	64	4	0	32	1.12
668490--668522	17	1.9	17	88	11	50	66	12	0	21	1.23
669252--669292	20	2.0	20	85	9	55	80	7	0	12	0.90
669974--670342	47	7.9	46	90	3	416	39	19	13	27	1.89
669974--670342	70	5.3	70	81	3	420	39	19	13	27	1.89
669974--670342	117	3.2	117	83	1	411	39	19	13	27	1.89
671124--671233	44	2.5	42	77	13	125	28	30	18	23	1.98
676497--676530	3	11.3	3	93	0	59	70	0	29	0	0.87
676497--676545	12	4.1	12	83	0	62	67	0	30	2	1.02
677342--677387	15	3.1	15	80	0	56	36	34	8	19	1.83
679014--679084	25	2.9	25	85	2	99	29	22	29	18	1.97
679149--679208	26	2.3	26	88	8	88	40	20	25	15	1.90
680860--680891	16	2.0	16	93	0	55	59	25	3	12	1.48
680880--681004	6	21.0	6	90	4	191	64	14	2	18	1.39
681011--681041	16	1.9	16	93	0	53	51	22	6	19	1.69
681571--681706	50	2.7	50	88	1	209	27	13	22	35	1.93
685730--685899	84	2.0	85	89	6	265	29	21	18	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
688926--688956	16	1.9	16	93	0	53	54	9	0	35	1.33
692298--692328	15	2.1	15	100	0	62	19	41	25	12	1.87
706951--707018	27	2.5	27	82	0	82	35	17	25	22	1.95
715991--716055	25	2.6	25	76	9	69	26	20	23	30	1.98
717220--717244	11	2.3	11	100	0	50	28	40	0	32	1.57
720198--720268	31	2.3	32	83	9	85	36	0	4	59	1.17
722735--722760	12	2.2	12	100	0	52	23	0	0	76	0.78
723834--723865	3	10.7	3	100	0	64	68	0	31	0	0.90
725329--725513	101	1.8	102	90	3	302	23	16	27	31	1.96
725321--725513	51	3.8	51	78	8	196	23	16	28	31	1.96
725435--725515	26	3.2	26	64	28	64	23	14	28	33	1.94
725517--725615	46	2.2	43	81	12	110	23	18	25	33	1.97
727630--727661	15	2.1	15	94	0	55	15	3	0	81	0.82
736223--736251	15	1.9	15	100	0	58	34	27	6	31	1.83
740814--741033	27	8.1	27	80	2	163	43	21	15	20	1.88
740814--741005	54	3.6	53	77	8	190	44	21	15	19	1.87
740810--740986	81	2.2	81	82	2	230	42	23	14	19	1.88
741156--741262	26	4.1	26	87	4	162	15	21	25	37	1.93
742702--742748	24	1.9	25	86	4	69	40	0	31	27	1.57
743424--743745	27	12.0	26	76	8	207	42	20	16	21	1.89
743454--743745	54	5.4	54	78	4	275	42	20	16	20	1.89
743423--743744	81	4.0	81	79	5	312	42	19	16	21	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
743892--743998	26	4.1	26	85	4	144	17	21	23	37	1.94
747407--747575	87	1.9	87	89	0	257	37	13	23	26	1.91
756568--756861	27	10.9	27	81	3	297	35	20	20	24	1.96
756558--756861	54	5.6	54	83	3	344	35	20	19	24	1.96
756622--756876	81	3.2	81	84	2	345	33	18	21	25	1.97
756921--756979	24	2.5	24	86	5	84	20	10	25	44	1.83
757095--757154	26	2.3	26	82	0	75	16	21	23	38	1.93
757154--757215	32	1.9	32	93	0	106	22	20	19	37	1.95
757170--757435	32	8.3	32	72	6	137	19	20	22	36	1.95
757149--757435	64	4.5	64	81	5	269	19	20	23	36	1.95
757148--757435	128	2.2	128	84	3	357	19	20	23	36	1.95
757148--757400	96	2.6	96	75	4	242	18	19	24	37	1.94
757441--757489	22	2.2	22	78	7	55	18	14	18	48	1.80
764862--765176	29	10.9	29	85	1	389	40	13	26	20	1.88
768537--768609	36	2.0	36	100	0	146	35	13	13	36	1.85
770195--770243	24	2.0	24	100	0	98	26	24	16	32	1.96
770401--770463	27	2.3	27	86	8	92	26	20	11	41	1.86
778492--778777	146	1.9	149	87	2	416	41	14	17	26	1.88
780570--780637	30	2.3	30	87	5	93	66	1	23	8	1.28
780586--780663	30	2.6	30	91	4	122	66	0	23	10	1.22
800173--800403	67	3.5	67	82	2	286	36	15	20	26	1.93
801475--801516	20	2.1	20	86	0	57	23	23	23	28	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
807264--807313	20	2.4	21	86	3	66	20	6	16	58	1.59
807270--807313	21	2.2	20	87	4	61	20	6	15	56	1.62
807411--807454	21	2.1	21	82	0	52	25	11	13	50	1.75
814424--814483	30	2.0	31	83	3	77	40	0	41	18	1.50
814697--814733	18	2.1	18	94	0	65	35	10	8	45	1.69
821956--822093	53	2.6	54	85	6	208	32	11	15	40	1.83
835543--835657	44	2.6	45	86	8	148	27	25	19	27	1.98
835543--835674	44	3.0	44	83	14	141	25	25	18	30	1.98
835665--836374	88	8.1	88	92	0	1154	27	27	19	24	1.99
836169--836301	44	3.1	40	62	15	95	24	30	22	22	1.99
838072--838137	8	7.8	8	74	16	53	3	21	0	75	0.93
838066--838145	17	4.8	16	75	13	63	3	17	1	77	0.98
843982--844026	22	2.0	22	83	8	56	55	2	2	40	1.24
846511--846573	28	2.2	29	85	2	83	25	4	6	63	1.38
846511--846573	29	2.2	28	83	8	74	25	4	6	63	1.38
847137--847171	18	2.0	18	88	5	54	37	2	0	60	1.12
850376--850426	21	2.5	21	77	3	59	74	3	11	9	1.19
852655--852716	17	3.5	17	76	8	70	77	0	4	17	0.94
852655--852716	9	7.1	8	76	16	52	77	0	4	17	0.94
852654--852729	35	2.2	36	79	6	86	71	1	6	21	1.16
853494--853533	21	2.0	20	90	5	62	75	0	10	15	1.05
854428--854536	44	2.5	44	83	5	148	28	23	14	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
855262--855323	17	3.5	17	76	8	70	77	0	4	17	0.94
855262--855323	9	7.1	8	76	16	52	77	0	4	17	0.94
855261--855336	35	2.2	36	79	6	86	71	1	6	21	1.16
856685--856726	7	6.0	7	79	20	52	14	16	0	69	1.20
857640--857681	20	2.2	20	87	8	61	66	7	11	14	1.43
859568--859609	19	2.2	19	83	8	50	40	9	21	28	1.84
860052--860085	16	2.1	16	100	0	68	41	23	17	17	1.90
861504--861587	34	2.5	34	75	7	98	53	3	7	35	1.46
862255--862310	29	1.9	29	81	0	67	58	5	14	21	1.55
862806--862849	21	2.2	20	83	4	52	75	0	9	15	1.05

Tables:   1   2   3   4