Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold197
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1875808
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.16, T:0.32
Warning! 64134 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 6 of 6
Found at i:1829347 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 1829240--1829350 Score: 64
Period size: 7 Copynumber: 15.6 Consensus size: 7
1829230 ATTACTATAT
*
1829240 TTTAGGG
1 TTTATGG
*
1829247 TTTTTGG
1 TTTATGG
*
1829254 TTTAGGG
1 TTTATGG
*
1829261 TATATGG
1 TTTATGG
1829268 TTTA-GAG
1 TTTATG-G
*
1829275 TTTAAGG
1 TTTATGG
1829282 TTTA-GG
1 TTTATGG
***
1829288 TGTTACCAT
1 T-TTA-TGG
*
1829297 TTTAAGG
1 TTTATGG
1829304 TTTATGG
1 TTTATGG
*
1829311 ATTATGGG
1 TTTAT-GG
1829319 TTTATGG
1 TTTATGG
* *
1829326 GTTATGA
1 TTTATGG
1829333 TTTATGG
1 TTTATGG
1829340 TTTATGG
1 TTTATGG
1829347 TTTA
1 TTTA
1829351 AAGGTTGGGG
Statistics
Matches: 79, Mismatches: 19, Indels: 12
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
6 4 0.05
7 64 0.81
8 10 0.13
9 1 0.01
ACGTcount: A:0.20, C:0.02, G:0.29, T:0.50
Consensus pattern (7 bp):
TTTATGG
Found at i:1829515 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 1829474--1829513 Score: 53
Period size: 7 Copynumber: 5.7 Consensus size: 7
1829464 TATCATTATA
1829474 GTTTAGG
1 GTTTAGG
1829481 GTTTAGG
1 GTTTAGG
* *
1829488 GTATATG
1 GTTTAGG
1829495 GTTTAGG
1 GTTTAGG
*
1829502 GTTTAAG
1 GTTTAGG
1829509 GTTTA
1 GTTTA
1829514 AGAGTTACTA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 5, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
7 28 1.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.00, G:0.35, T:0.45
Consensus pattern (7 bp):
GTTTAGG
Found at i:1835952 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 1835811--1835985 Score: 156
Period size: 43 Copynumber: 4.1 Consensus size: 43
1835801 AAAGCATGTT
* * * * * * *
1835811 TTTAGTGGCGTTTGT-GAAAAAGCGTCGCTAAAAGTCAT-TTT
1 TTTAGCGGCGTTTGTAGTAGAAGCGTCGCTAAAGGCCATGATC
* * * * *
1835852 TTATAGCGGCGTTTCTAATAGAAGCGTCGTTAAAGGTCATGACC
1 TT-TAGCGGCGTTTGTAGTAGAAGCGTCGCTAAAGGCCATGATC
*
1835896 TTTAGCGGCGTTTGTAGTAGAAGCGCCGCTAAAGGCCATGATC
1 TTTAGCGGCGTTTGTAGTAGAAGCGTCGCTAAAGGCCATGATC
* * * * * *
1835939 TTTAGCAGCGTTTGTGGCAAAAGTGTCGCTAAAGACCATGATC
1 TTTAGCGGCGTTTGTAGTAGAAGCGTCGCTAAAGGCCATGATC
1835982 TTTA
1 TTTA
1835986 AAGGCATTTT
Statistics
Matches: 108, Mismatches: 23, Indels: 4
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
41 2 0.02
42 11 0.10
43 93 0.86
44 2 0.02
ACGTcount: A:0.26, C:0.17, G:0.26, T:0.31
Consensus pattern (43 bp):
TTTAGCGGCGTTTGTAGTAGAAGCGTCGCTAAAGGCCATGATC
Found at i:1838234 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 1838174--1838234 Score: 70
Period size: 25 Copynumber: 2.4 Consensus size: 25
1838164 CTCCTAAGTT
*
1838174 TTAATTTAATTATCTAATATTTCAA
1 TTAATTAAATTATCTAATATTTCAA
* * *
1838199 TTTATTGAATTAT-TAATATTTTATA
1 TTAATTAAATTATCTAATATTTCA-A
1838224 TTAATTAAATT
1 TTAATTAAATT
1838235 TTTGAGAAAA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 5, Indels: 2
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
24 9 0.30
25 21 0.70
ACGTcount: A:0.39, C:0.03, G:0.02, T:0.56
Consensus pattern (25 bp):
TTAATTAAATTATCTAATATTTCAA
Found at i:1850465 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 1850443--1850475 Score: 66
Period size: 17 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
1850433 TTCCAGATTT
1850443 TGATACCCATATCTTTC
1 TGATACCCATATCTTTC
1850460 TGATACCCATATCTTT
1 TGATACCCATATCTTT
1850476 GACTTTCTAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 16 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.27, G:0.06, T:0.42
Consensus pattern (17 bp):
TGATACCCATATCTTTC
Found at i:1858575 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 1858549--1858606 Score: 98
Period size: 21 Copynumber: 2.8 Consensus size: 21
1858539 CGTGTGGTTA
1858549 TCCACACGCCCGTGTGACTAC
1 TCCACACGCCCGTGTGACTAC
*
1858570 TCCACACGCCCATGTGACTAC
1 TCCACACGCCCGTGTGACTAC
*
1858591 TCCACACGCTCGTGTG
1 TCCACACGCCCGTGTG
1858607 TGCAGGCATT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 3, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 34 1.00
ACGTcount: A:0.19, C:0.41, G:0.19, T:0.21
Consensus pattern (21 bp):
TCCACACGCCCGTGTGACTAC
Found at i:1864851 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 1864825--1864868 Score: 70
Period size: 23 Copynumber: 1.9 Consensus size: 23
1864815 TTCTTACTGT
* *
1864825 AGTAATTTTTGGGGTATTACATC
1 AGTAATTTTCGGGATATTACATC
1864848 AGTAATTTTCGGGATATTACA
1 AGTAATTTTCGGGATATTACA
1864869 ACGTCAACTA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 19 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.09, G:0.20, T:0.41
Consensus pattern (23 bp):
AGTAATTTTCGGGATATTACATC
Found at i:1872173 original size:448 final size:447
Alignment explanation
Indices: 1869968--1872313 Score: 3940
Period size: 447 Copynumber: 5.2 Consensus size: 447
1869958 CATTTTGAAT
* * * *
1869968 CCACCTTTACTCGCTGTTAACAAAATTCAATAGTAATTTACCATACGAATTCCAAACATTAGTTT
1 CCACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGTAGTAATTTACCTTACGAATTCCAAACATTAGTTT
1870033 AATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCTCATGTATTAAATTTGTAACCAAAACAGATTTAGAAG
66 AATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCTCATGTATTAAATTTGTAACCAAAACAGATTTAGAAG
* *
1870098 TTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAATTTGCAATGTAAAATCAAAACCTTTCTTCTTTGTTTG
131 TTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAATTTGCAACGTAAAATCAAAACCTTTCTTCTTAGTTTG
*
1870163 AAAATCATAAACAGTTACTTTAGAACGAACATTACTTAAAGAAAATAGCATTTCAGTTTGTTTAA
196 AAAATCATAAACAGTTACTTTAGAACGAACATTACTTAAAGAAAATAGCATTTCAGTTTGCTTAA
* *
1870228 ACCCATGCATGAAATAATAGTTTTTAATTCAAAACTAACAACCCAAAACTTTATGTGTCCAAAAT
261 ACCCATGCATGAAATAATAGTTTTTAATTCAAAACTAAGAACCCAAAACTTTATGAGTCCAAAAT
* *
1870293 AATAATAAAAAACCCATACCTCTGTTCATATAACATAATTACAATCTAATTGAAAATACACTCTA
326 AATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCATATAACATAATTACAATCTAATTGAAAATACATTCTA
*
1870358 TAAACTTATGAAAAGCTTTATTAAACTACACCAGGATAAGAAATTTCCTTTTCCAAA
391 TAAACTTATGAAAAGCTTTATTAAACTACACCAAGATAAGAAATTTCCTTTTCCAAA
*
1870415 CCACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGTAGTAATTTATCTTACGAATTCCAAACATTAGTTT
1 CCACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGTAGTAATTTACCTTACGAATTCCAAACATTAGTTT
* * *
1870480 CATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCTCATGCATTAAATTTTTAACCAAAACAGATTTAGAAG
66 AATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCTCATGTATTAAATTTGTAACCAAAACAGATTTAGAAG
* *
1870545 TTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAATTTGCAACATAAAATCAAAACCTTTCTTCTTTGTTTG
131 TTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAATTTGCAACGTAAAATCAAAACCTTTCTTCTTAGTTTG
* * ** * *
1870610 AAAATCATAACCAGTTGCTTTAGAACGAACATTTGTTAATGAAAATAGCATTTCAGTTAGCTTAA
196 AAAATCATAAACAGTTACTTTAGAACGAACATTACTTAAAGAAAATAGCATTTCAGTTTGCTTAA
*
1870675 ACCCATGCATGAAATAATAGTTTCTAATTCAAAACTAAGAACCCAAAACTTTATGAGTCCAAAAT
261 ACCCATGCATGAAATAATAGTTTTTAATTCAAAACTAAGAACCCAAAACTTTATGAGTCCAAAAT
* *
1870740 AATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCATATAACATAATTACAATCTAATTGAACATACTTTCTA
326 AATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCATATAACATAATTACAATCTAATTGAAAATACATTCTA
* * * *
1870805 TAAACATATGAAAAGCTTTTTTAACCTAAACCAATGATAAGAAA-TTCCTTTTCCAAA
391 TAAACTTATGAAAAGCTTTATTAAACTACACCAA-GATAAGAAATTTCCTTTTCCAAA
*
1870862 CCACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGCAGTAATTTACCTTACGAATTCCAAACATTAGTTT
1 CCACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGTAGTAATTTACCTTACGAATTCCAAACATTAGTTT
* * * *
1870927 AATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCTCATGTATTAAATTTGTAACGAAAATATATTTTGAAG
66 AATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCTCATGTATTAAATTTGTAACCAAAACAGATTTAGAAG
1870992 TTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAATTTGCAACGTAAAATCAAAACCTTTCTTCTTAGTTTG
131 TTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAATTTGCAACGTAAAATCAAAACCTTTCTTCTTAGTTTG
* ** *
1871057 AAAATCATAAATAGTTACTTTAGAACGAACATTTGTTAAAGAAAATAGCATTTCAGTTAGCTTAA
196 AAAATCATAAACAGTTACTTTAGAACGAACATTACTTAAAGAAAATAGCATTTCAGTTTGCTTAA
* * *
1871122 ACCCATGCATGAAATAATAGTTTTTAATTCAAAACTATGAACCCAAAACTTTCTGAGTCCAAAAC
261 ACCCATGCATGAAATAATAGTTTTTAATTCAAAACTAAGAACCCAAAACTTTATGAGTCCAAAAT
*
1871187 AATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCATGTAACATAATTACAATCTAATTGAAAATACATTCTA
326 AATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCATATAACATAATTACAATCTAATTGAAAATACATTCTA
* *
1871252 TAAACTTATGAAAAGCTTTATTAAACTAAACCAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAA
391 TAAACTTATGAAAAGCTTTATTAAACTACACCAAGATAAGAAATTTCCTTTTCCAAA
* * *
1871309 CCACCTTTGCTCGCTTTTGACAAAATTCAGTAGTAATTTACTTTACGAATTCCAAACTTTAGTTT
1 CCACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGTAGTAATTTACCTTACGAATTCCAAACATTAGTTT
* * *
1871374 AATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCTCATGTATTAAAATTGTAACTAAAACACATTTAGAAG
66 AATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCTCATGTATTAAATTTGTAACCAAAACAGATTTAGAAG
*
1871439 TTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAATTTGCAACTTAAAATCAAAACCTTTCTTCTTAGTTTG
131 TTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAATTTGCAACGTAAAATCAAAACCTTTCTTCTTAGTTTG
** * *
1871504 ACCATCATAAACAGTTACTTTAGAACGAACATTACTTAAAGAAAATAGCATTTTAGTTTGTTTAA
196 AAAATCATAAACAGTTACTTTAGAACGAACATTACTTAAAGAAAATAGCATTTCAGTTTGCTTAA
1871569 ACCCATGCATGAAATAATAGTTTTTAATTCAAAACTAAGAACCCAAAACTTTATGAGTCCAAAAT
261 ACCCATGCATGAAATAATAGTTTTTAATTCAAAACTAAGAACCCAAAACTTTATGAGTCCAAAAT
* * * * *
1871634 AATAATAATAAACCCATACCTCAGTTCATATATCATAATTGCAATCTCA-TGCAAAATACTTTCT
326 AATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCATATAACATAATTACAATCTAATTG-AAAATACATTCT
*
1871698 ATAAACTTATGAAAAGCTTTATTAAACTACACCAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAA
390 ATAAACTTATGAAAAGCTTTATTAAACTACACCAAGATAAGAAATTTCCTTTTCCAAA
* * *
1871756 CCACCTTTGCTTGCTTTTAACAAAATTTAGTAGAAATTTACCTTACGAATTCCAAACATTAGTTT
1 CCACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGTAGTAATTTACCTTACGAATTCCAAACATTAGTTT
* *
1871821 AATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCTCGTGTATTAAAATTGTAACCAAAACAGATTTAGAAG
66 AATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCTCATGTATTAAATTTGTAACCAAAACAGATTTAGAAG
*
1871886 TTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAATTTGTAACGTAAAATCAAAACCTTTCTTTCTTAGTTT
131 TTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAATTTGCAACGTAAAATCAAAACCTTTC-TTCTTAGTTT
* *
1871951 GAAAATCATAAACAGTTACTTTAGAACGATCATTACTTAAAGAAAATAGCATTTTAGTTTGCTTA
195 GAAAATCATAAACAGTTACTTTAGAACGAACATTACTTAAAGAAAATAGCATTTCAGTTTGCTTA
*
1872016 AACCCATGCATGAAATAATAGTTTTTAATTCAAAACTAAGAACCCAAAACTTTATGTGTCCAAAA
260 AACCCATGCATGAAATAATAGTTTTTAATTCAAAACTAAGAACCCAAAACTTTATGAGTCCAAAA
*
1872081 TAATAATAAAAAACCCATACCTCTGTTCATATAACATAATTACAATCTAATTGAAAATACATTCT
325 TAATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCATATAACATAATTACAATCTAATTGAAAATACATTCT
* * *
1872146 ATAAACTTATGAAAAGCTTTATTAAACTACTCCAGGATAAGAAATTTACTTTTCCAAA
390 ATAAACTTATGAAAAGCTTTATTAAACTACACCAAGATAAGAAATTTCCTTTTCCAAA
* * *
1872204 CCACCTTTGCTTGCTTTTAACAAAATTCAGCAGTAATTTACCTTACGAATTCCAAACATTAGCTT
1 CCACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGTAGTAATTTACCTTACGAATTCCAAACATTAGTTT
1872269 AATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCTCATGTATTAAATTTGT
66 AATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCTCATGTATTAAATTTGT
1872314 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1779, Mismatches: 115, Indels: 9
0.93 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
446 11 0.01
447 1408 0.79
448 358 0.20
449 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.18, G:0.09, T:0.33
Consensus pattern (447 bp):
CCACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGTAGTAATTTACCTTACGAATTCCAAACATTAGTTT
AATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCTCATGTATTAAATTTGTAACCAAAACAGATTTAGAAG
TTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAATTTGCAACGTAAAATCAAAACCTTTCTTCTTAGTTTG
AAAATCATAAACAGTTACTTTAGAACGAACATTACTTAAAGAAAATAGCATTTCAGTTTGCTTAA
ACCCATGCATGAAATAATAGTTTTTAATTCAAAACTAAGAACCCAAAACTTTATGAGTCCAAAAT
AATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCATATAACATAATTACAATCTAATTGAAAATACATTCTA
TAAACTTATGAAAAGCTTTATTAAACTACACCAAGATAAGAAATTTCCTTTTCCAAA
Found at i:1874306 original size:447 final size:447
Alignment explanation
Indices: 1873473--1875808 Score: 3893
Period size: 447 Copynumber: 5.2 Consensus size: 447
1873463 NNNNNNNNNN
* * *
1873473 TTTTAACAAAATTCAGCAGTAATTTACCTTACGTATTCCAAACATTAATTTAATTATCTCTTAAA
1 TTTTAACAAAATTCAGCAGTAATTTACCTTACGAATTCCAAACATTATTTTAATTATCACTTAAA
1873538 ACCAGATTAACAGCTCATGTATTAAATTTGTAACCAAAACAGATTTCGAAGTTTTGTTAACCGAA
66 ACCAGATTAACAGCTCATGTATTAAATTTGTAACCAAAACAGATTTCGAAGTTTTGTTAACCGAA
* * * *
1873603 GTTCCAATCCAAAATTTGAAACGTAAAATTAAAACATTTCTTCTTAGTTTGAAAATCATAAACAG
131 GTTCCAAACCAAAATTTGCAACGTAAAATCAAAACCTTTCTTCTTAGTTTGAAAATCATAAACAG
* * * *
1873668 TGACTTTAGAACGAACATTTGTTAATGAAAATAGCATTTCAGTTAGCTTAAACCCACGCTTGAAA
196 TTACTTTAGAACGAACATTTGTTAATGAAAATAGCATTTCAGTTTGCTTAAACCCATGCATGAAA
* *
1873733 TAATAGTTTTTAATTCAAAACTAAGAACCCAAAACTTTATGAGTCCGAAATAATAATAAAAAACC
261 TAATAGTTTTTAATTCAAAACTAAGAACCCAAAACTTTATGTGTCCAAAATAATAATAAAAAACC
* * *
1873798 CAGACCTCGGTTCATATAACAGAATTACAATCTAATTGAACATACTTTCTATAAACTTATGAAAA
326 CATACCTCAGTTCATATAACATAATTACAATCTAATTGAACATACTTTCTATAAACTTATGAAAA
* *
1873863 GATTTATTAACCTAAACCAAGATAAGAAAATTCCTTTTTCAAACCACCTTTGCTCG-
391 GCTTTATTAACCTAAACCAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACCACCTTTGCTCGC
* * *
1873919 TTTTAACAAAATTCAGCAGTAAGTTACCTTACGAATTCCAAACATTAGTTTAATGATCACTTAAA
1 TTTTAACAAAATTCAGCAGTAATTTACCTTACGAATTCCAAACATTATTTTAATTATCACTTAAA
* * *
1873984 ACCAGATTAACAGCTCATGTATTAAATTTGTTACCAAAACAGATTTTGAAGTTCTGTTAACCGAA
66 ACCAGATTAACAGCTCATGTATTAAATTTGTAACCAAAACAGATTTCGAAGTTTTGTTAACCGAA
* * *
1874049 GTTCCAAACCAAAATTTGCAACGTAAACTCAAAACCTTTCTTTCTTTGTTTGATAATCATAAACA
131 GTTCCAAACCAAAATTTGCAACGTAAAATCAAAACCTTTC-TTCTTAGTTTGAAAATCATAAACA
1874114 GTTACTTTAGAACGAACATTTGTTAATGAAAATAGCATTTCAGTTTGCTTAAACCCATGCATGAA
195 GTTACTTTAGAACGAACATTTGTTAATGAAAATAGCATTTCAGTTTGCTTAAACCCATGCATGAA
* *
1874179 ATAATAGTTTTTAATTCAAAACTAAGAACCCAAAACTTTATGTGTCCAAAATAAAAAAAAAAAAC
260 ATAATAGTTTTTAATTCAAAACTAAGAACCCAAAACTTTATGTGTCCAAAATAATAATAAAAAAC
* * *
1874244 CCATACCTCTGTTCATATAACATAATTACAATCTAATTGAAAATACATTCTATAAACTTATGAAA
325 CCATACCTCAGTTCATATAACATAATTACAATCTAATTGAACATACTTTCTATAAACTTATGAAA
* *
1874309 AGCTTTATTAAACTAAACCAAGATAAGAAATTTCCCTTTTCAAACCACCTTTGCTCGC
390 AGCTTTATTAACCTAAACCAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACCACCTTTGCTCGC
* * *
1874367 TTTTAACAAAATTCAGTAGTAATTTA-CTTACGAATTCCAAACATTAGTTTAATGATCACTTAAA
1 TTTTAACAAAATTCAGCAGTAATTTACCTTACGAATTCCAAACATTATTTTAATTATCACTTAAA
* * * * * * *
1874431 ACCAGATCAACAGCTCGTGAATTAAAGTTGTAATCAAAATAGATTTAGAAGTTTTGTTAACCGAA
66 ACCAGATTAACAGCTCATGTATTAAATTTGTAACCAAAACAGATTTCGAAGTTTTGTTAACCGAA
*
1874496 GTTCCAAACCAAAATTTGCAATGTAAAATCAAAACCTTTCTTTCTTAGTTTGAAAATCATAAACA
131 GTTCCAAACCAAAATTTGCAACGTAAAATCAAAACCTTTC-TTCTTAGTTTGAAAATCATAAACA
* ** * *
1874561 GTTACTGTAGAACGAACATTACTTAAAGAAAATAGCATTTCAGTTTGCTTACACCCATGCATGAA
195 GTTACTTTAGAACGAACATTTGTTAATGAAAATAGCATTTCAGTTTGCTTAAACCCATGCATGAA
*
1874626 ATAATAGTTTTTAATTCAAAACTAAGAACCTAAAACTTTATGTGTCCAAAATAATAATAAAAAAC
260 ATAATAGTTTTTAATTCAAAACTAAGAACCCAAAACTTTATGTGTCCAAAATAATAATAAAAAAC
*
1874691 CCATACCTCAGTTCATATAACATAATTACAATCTAATTGAACATACTTTCTATAAACATATGAAA
325 CCATACCTCAGTTCATATAACATAATTACAATCTAATTGAACATACTTTCTATAAACTTATGAAA
* *
1874756 AGCTTTATTAACCTAAACCAATATAAGAAATTTCCTTTGTCAAACCACCTTTGCTCGC
390 AGCTTTATTAACCTAAACCAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACCACCTTTGCTCGC
1874814 TTTTAACAAAATTCAGCAGTAATTTACCTTACGAATTCCAAACATTATTTTAATTATCACTTAAA
1 TTTTAACAAAATTCAGCAGTAATTTACCTTACGAATTCCAAACATTATTTTAATTATCACTTAAA
* * * *
1874879 ACCAGATTAACAGCTCATGCATTAAATTTGCAACCAAAACATATTTCGAAGTTTTTTTAACCGAA
66 ACCAGATTAACAGCTCATGTATTAAATTTGTAACCAAAACAGATTTCGAAGTTTTGTTAACCGAA
1874944 GTTCCAAACCAAAATTTGCAACGTAAAATCAAAACCTTTCTTCTTAGTTTGAAAATCATAAACAG
131 GTTCCAAACCAAAATTTGCAACGTAAAATCAAAACCTTTCTTCTTAGTTTGAAAATCATAAACAG
* * * *
1875009 TTACTTTAGAACGAACATTTGTTAAAGAAAATAGCATTTCAGTTAGCTTTAACCCAAGCATGAAA
196 TTACTTTAGAACGAACATTTGTTAATGAAAATAGCATTTCAGTTTGCTTAAACCCATGCATGAAA
*
1875074 TAATAGTTTTTAATTCAAAATTAAGAACCCAAAACTTTATGTGTCCAAAATAATAATAAAAAACC
261 TAATAGTTTTTAATTCAAAACTAAGAACCCAAAACTTTATGTGTCCAAAATAATAATAAAAAACC
* * * * *
1875139 CATACCTCTGTTCATATAACATAAGTGCAATCTAATTGAAAATACATTCTATAAACTTATGAAAA
326 CATACCTCAGTTCATATAACATAATTACAATCTAATTGAACATACTTTCTATAAACTTATGAAAA
* *
1875204 GCTTTATTAAACTACACCAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACCACCTTTGCTCGCGC
391 GCTTTATTAACCTAAACCAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACCACCTTTGCT--CGC
*
1875263 TTTTAACAAAATTCAGCTGTAATTTACCTTACGAATTCCAAACATTATTTTAATTATCACTTAAA
1 TTTTAACAAAATTCAGCAGTAATTTACCTTACGAATTCCAAACATTATTTTAATTATCACTTAAA
*
1875328 ACCAGATTAACAGCTCATGTATTAAATTTGTAACGAAAACAGATTTCGAAGTTTTGTTAACCGAA
66 ACCAGATTAACAGCTCATGTATTAAATTTGTAACCAAAACAGATTTCGAAGTTTTGTTAACCGAA
* * *
1875393 GTTCCGATCCAAAATTTGCAACGTAAAATCAAAACCTTTCTTCTTAGTTTGACAATCATAAACAG
131 GTTCCAAACCAAAATTTGCAACGTAAAATCAAAACCTTTCTTCTTAGTTTGAAAATCATAAACAG
1875458 TTACTTTAGAACGAACATTTGTTAATGAAAATAGCATTTCAGTTTGCTTAAACCCATGCATGAAA
196 TTACTTTAGAACGAACATTTGTTAATGAAAATAGCATTTCAGTTTGCTTAAACCCATGCATGAAA
*
1875523 TAATAGTTTTTAATTCAAAACTAAGAACCTAAAACTTTATGTGTCCAAAATAATAATAAAAAACC
261 TAATAGTTTTTAATTCAAAACTAAGAACCCAAAACTTTATGTGTCCAAAATAATAATAAAAAACC
*
1875588 CATACCTCAGTTCATATAACATAATTACAATCTAATTGAACATACTTTCTATAAACATATGAAAA
326 CATACCTCAGTTCATATAACATAATTACAATCTAATTGAACATACTTTCTATAAACTTATGAAAA
* *
1875653 GCTTTATTAACCTAAACCAATATAAGAAATTTCCTTTCTCAAACCACCTTTGCTCGC
391 GCTTTATTAACCTAAACCAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACCACCTTTGCTCGC
* *
1875710 TTTTAACAAAATTCAGCTGTAATTTACCTTACGAATTCCAAACATTATTTTAATTATAACTTAAA
1 TTTTAACAAAATTCAGCAGTAATTTACCTTACGAATTCCAAACATTATTTTAATTATCACTTAAA
1875775 ACCAGATTAACAGCTCATGTATTAAATTTGTAAC
66 ACCAGATTAACAGCTCATGTATTAAATTTGTAAC
Statistics
Matches: 1763, Mismatches: 122, Indels: 9
0.93 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
446 157 0.09
447 1030 0.58
448 154 0.09
449 422 0.24
ACGTcount: A:0.40, C:0.18, G:0.09, T:0.32
Consensus pattern (447 bp):
TTTTAACAAAATTCAGCAGTAATTTACCTTACGAATTCCAAACATTATTTTAATTATCACTTAAA
ACCAGATTAACAGCTCATGTATTAAATTTGTAACCAAAACAGATTTCGAAGTTTTGTTAACCGAA
GTTCCAAACCAAAATTTGCAACGTAAAATCAAAACCTTTCTTCTTAGTTTGAAAATCATAAACAG
TTACTTTAGAACGAACATTTGTTAATGAAAATAGCATTTCAGTTTGCTTAAACCCATGCATGAAA
TAATAGTTTTTAATTCAAAACTAAGAACCCAAAACTTTATGTGTCCAAAATAATAATAAAAAACC
CATACCTCAGTTCATATAACATAATTACAATCTAATTGAACATACTTTCTATAAACTTATGAAAA
GCTTTATTAACCTAAACCAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACCACCTTTGCTCGC
Done.