Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold985
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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Found at i:2937 original size:661 final size:659
Alignment explanation
Indices: 1618--3607 Score: 2942
Period size: 661 Copynumber: 3.0 Consensus size: 659
1608 ATTATACTAA
* * *
1618 TCGAAATTCAAGACCCACCCTTAAAGCACCTTAAGCTTTTGAAGAATAAGATATTGATAAAATAA
1 TCGAAATTCAAGATCCA-CCTTAAAGCACCTTAAGCTTTTGAAGAATATGACATTGATAAAATAA
* * * * *
1683 TCATTTAATTGATTCTAAAATCATGTAAAAATATTTTTAATCATCATAAAAATAAGTTTAGAAAT
65 TCATGTAATTGACTCTCAAATCATGTAAAAATATTTCTAATC-TTATAAAAATAAGTTTAGAAAT
* * *
1748 AATAATTACCTTTGGTACGTTCTAATTCTTTTGATT-AATAATATTGATTT-AAGAATCTTGAGA
129 AATAATTACCTTTGATTCGTTCTAATTCCTTTGATTGAA-AATATTG-TTTCAAGAATCTTGAGA
* *
1811 AATTGT-AAAATATTTTTGTCTACTTTTGAGAATAATTCGTTCTAATTCTAGTTATCCC-AGTCA
192 AATT-TCAAAATATTTTTGTCTACTTTTGAGAATAATTCGTTCTAATTCTGGTTATCCCGA-TCC
* * * * *
1874 TCTTGAAGACTTGAAGCTTCAACAGAGGTAAAATGGACATTACCACCTTTTAAAATCTATATTAA
255 TCTTCAAGACTTGAAGCTTCAACAGAGGTAAAGTAGACATTACCACCTTTCAAAAGCTATATTAA
*
1939 ACGCAAATTATAATTAAG-TATACTAATCGAAATTCACTCACAAATATACTTTACC-AGATTTGT
320 ACACAAATTATAATT-AGCTATACTAATCGAAATTCACTCACAAATATACTTTACCGA-ATTTGT
*
2002 AACCTCAAGTCAAAAACTCGATTCCTCACAAAATCAACCTCTACAGCTCTCCTAATCACTTCCAA
383 AACCTCAAGTCAAAAACTCGATTCCTCACAAAATGAACCTCTACAGCTCTCCTAATCACTTCCAA
*
2067 ACATCAATACTAAAACAACTACACATAAACAAAGTATAAATTTCACATTTAAATCAATTTCACAA
448 ACATCAATACTAAAACAATTACACATAAACAAAGTATAAATTTCACATTTAAATCAATTTCACAA
* *
2132 AAATCTCAAAATTCGGTTCATGAAGATGTTAAAATTCAAATTTCATCGAATTACCTCACAAATCA
513 AAATCTGAAAAGTCGGTTCATGAAGATGTTAAAATTCAAATTTCATCGAATTA-CTCACAAATCA
2197 TGTTTAATCTTGGTAAATAAGACTAAAAACCTGCTAATAGGTCCATTTTGAGTTAGGACATCTAT
577 TGTTTAATCTTGGTAAATAAGACTAAAAACCTGCTAATAGGTCCATTTTGAGTTAGGACATCTAT
*
2262 TGATTTGTGGATTTCCTG
642 TGATTTGTGGATTTCCTC
* * * *
2280 TCGAAATTCAAGATCCATCCTTAAAGCAACGTAAGCTTTTGAAGAATATGA-GTTGATGAAATAA
1 TCGAAATTCAAGATCCA-CCTTAAAGCACCTTAAGCTTTTGAAGAATATGACATTGATAAAATAA
* *
2344 TCATGTAATTGACTCTCAAATCATGTAAAAATATTTCTAATCTTGAGAAAAATAAGTTTGGAAAT
65 TCATGTAATTGACTCTCAAATCATGTAAAAATATTTCTAATCTT-ATAAAAATAAGTTTAGAAAT
*
2409 AATAATTACCTTTGATTCGTTCTAATTCCTTTGATTGAAAATGTTGTTTCAAGAATCTTGAGAAA
129 AATAATTACCTTTGATTCGTTCTAATTCCTTTGATTGAAAATATTGTTTCAAGAATCTTGAGAAA
2474 TTTCAAAATATTTTTGTCTACTTTTGAGAATAACTT-GTTCTAATTCTGGTTATCCCGATCCTCT
194 TTTCAAAATATTTTTGTCTACTTTTGAGAATAA-TTCGTTCTAATTCTGGTTATCCCGATCCTCT
** *
2538 TCAAGACACGAAGCTTCAACAGAGGTAAAGTAGACATTACCACCTTTCGAAAGCTATATTAAACA
258 TCAAGACTTGAAGCTTCAACAGAGGTAAAGTAGACATTACCACCTTTCAAAAGCTATATTAAACA
2603 CAAATTATAATTAGCTATACTAATCGAAATTCACTCACAAATATACTTTACCGAATTTGTAACCT
323 CAAATTATAATTAGCTATACTAATCGAAATTCACTCACAAATATACTTTACCGAATTTGTAACCT
* * * *
2668 CAACTCAAAAACTCGATTCCTTACAAAATGAACCTCTTCAGCTCTCCTAATCACTTCCAAATATC
388 CAAGTCAAAAACTCGATTCCTCACAAAATGAACCTCTACAGCTCTCCTAATCACTTCCAAACATC
*
2733 AATACTAAAACAATTACACATAAACAAACTATAAATTTCACATTTAAATCAATTTCACAAAAATC
453 AATACTAAAACAATTACACATAAACAAAGTATAAATTTCACATTTAAATCAATTTCACAAAAATC
*
2798 TGAAAAGTCGGTTCATGAAGATGTTAAGATTCAAATTTCATCGAATTACGTCACAAATCATGTTT
518 TGAAAAGTCGGTTCATGAAGATGTTAAAATTCAAATTTCATCGAATTAC-TCACAAATCATGTTT
* * * *
2863 AATCTTGGTAAATAAGACTAAAAACCTTCTAATAGATCCATTATGAGTTAGGACATCTATTAATT
582 AATCTTGGTAAATAAGACTAAAAACCTGCTAATAGGTCCATTTTGAGTTAGGACATCTATTGATT
*
2928 TTTGGATTTCCTC
647 TGTGGATTTCCTC
* *
2941 TCAAAATTCAAGATCCACCATTAAAGCACCTTCAGCTTTTGAAGAATATGACATTGATAAAATAA
1 TCGAAATTCAAGATCCACC-TTAAAGCACCTTAAGCTTTTGAAGAATATGACATTGATAAAATAA
* * * * *
3006 TTATGTAACTGGCTCTCAAATCATGTAAAAATATTTCTAATCATTATCAAAACAAGTTTAGAAAT
65 TCATGTAATTGACTCTCAAATCATGTAAAAATATTTCTAATC-TTATAAAAATAAGTTTAGAAAT
* **
3071 GATAATTACCTTTGATTCGTTCTAATTCCTTTGATTGAAAATATTGACTCAAGAATCTTGAGAAA
129 AATAATTACCTTTGATTCGTTCTAATTCCTTTGATTGAAAATATTGTTTCAAGAATCTTGAGAAA
* * * *
3136 TTTCAAAATATTTTTTTCTGCTTTTGAGAATAATTCGTTCTAATTCGGGTTATCCCGGTCCTCTT
194 TTTCAAAATATTTTTGTCTACTTTTGAGAATAATTCGTTCTAATTCTGGTTATCCCGATCCTCTT
* * * * * * *
3201 CTAGACTTGAAGCTTCAATAGAGGTGAAGTAGACATTTCCACCATTCAAAAGCTATATTTAACAA
259 CAAGACTTGAAGCTTCAACAGAGGTAAAGTAGACATTACCACCTTTCAAAAGCTATATTAAACAC
* * * * * * *
3266 AAATTAAAATTAACTATACTAATCGAAATTCACTTACAAAAAAACATTACCTG-ATTTGTAACAT
324 AAATTATAATTAGCTATACTAATCGAAATTCACTCACAAATATACTTTACC-GAATTTGTAACCT
** * * * * *
3330 CAAGTTGAAAAGTCGATTCCTCACAAAATTG-ACCTCTCCA-CCCTGCTAATAACTTCCAAACAT
388 CAAGTCAAAAACTCGATTCCTCACAAAA-TGAACCTCTACAGCTCTCCTAATCACTTCCAAACAT
* * * *
3393 CAATACTAAACCAATTACACATAAA-AAAGTATAAATTTCACATTTAATTCAACTTCATAAAAAT
452 CAATACTAAAACAATTACACATAAACAAAGTATAAATTTCACATTTAAATCAATTTCACAAAAAT
* * *
3457 CTGAAAAGTTGGTTCATGAAGATGTTAAAATTCAAATTTCATCCAATTATCTCACAAAACATGTT
517 CTGAAAAGTCGGTTCATGAAGATGTTAAAATTCAAATTTCATCGAATTA-CTCACAAATCATGTT
3522 TAATCTTGGTAAATAAGACTAAAAACCTGCTAATAGGTCCATTTTGAGTTAGGACATCTATTGAT
581 TAATCTTGGTAAATAAGACTAAAAACCTGCTAATAGGTCCATTTTGAGTTAGGACATCTATTGAT
3587 TTGTGGATTTCCTC
646 TTGTGGATTTCCTC
*
3601 TCAAAAT
1 TCGAAAT
Statistics
Matches: 1205, Mismatches: 107, Indels: 34
0.90 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
660 185 0.15
661 637 0.53
662 378 0.31
663 5 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.17, G:0.11, T:0.34
Consensus pattern (659 bp):
TCGAAATTCAAGATCCACCTTAAAGCACCTTAAGCTTTTGAAGAATATGACATTGATAAAATAAT
CATGTAATTGACTCTCAAATCATGTAAAAATATTTCTAATCTTATAAAAATAAGTTTAGAAATAA
TAATTACCTTTGATTCGTTCTAATTCCTTTGATTGAAAATATTGTTTCAAGAATCTTGAGAAATT
TCAAAATATTTTTGTCTACTTTTGAGAATAATTCGTTCTAATTCTGGTTATCCCGATCCTCTTCA
AGACTTGAAGCTTCAACAGAGGTAAAGTAGACATTACCACCTTTCAAAAGCTATATTAAACACAA
ATTATAATTAGCTATACTAATCGAAATTCACTCACAAATATACTTTACCGAATTTGTAACCTCAA
GTCAAAAACTCGATTCCTCACAAAATGAACCTCTACAGCTCTCCTAATCACTTCCAAACATCAAT
ACTAAAACAATTACACATAAACAAAGTATAAATTTCACATTTAAATCAATTTCACAAAAATCTGA
AAAGTCGGTTCATGAAGATGTTAAAATTCAAATTTCATCGAATTACTCACAAATCATGTTTAATC
TTGGTAAATAAGACTAAAAACCTGCTAATAGGTCCATTTTGAGTTAGGACATCTATTGATTTGTG
GATTTCCTC
Done.