Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: scaffold2414

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 571

Length: 953
ACGTcount: A:0.22, C:0.10, G:0.14, T:0.21

Warning! 313 characters in sequence are not A, C, G, or T


Found at i:581 original size:19 final size:19

Alignment explanation


    Indices: 557--751  Score: 246
    Period size: 19  Copynumber: 9.8  Consensus size: 19

        547 AATTTTTGAG

                               
        557 GATATGCAATCTTAGATAT
          1 GATATGCAATCTTAGATAT

                       **      
        576 GATATGCAATCCAAGATAT
          1 GATATGCAATCTTAGATAT

                                 
        595 GATATATGCAATCTTAGATAT
          1 G--ATATGCAATCTTAGATAT

                       **      
        616 GATATGCAATCCAAGATAT
          1 GATATGCAATCTTAGATAT

                                 
        635 GATATATGCAATCTTAGATAT
          1 G--ATATGCAATCTTAGATAT

                       **      
        656 GATATGCAATCCAAGATAT
          1 GATATGCAATCTTAGATAT

                                 
        675 GATATATGCAATCTTAGATAT
          1 G--ATATGCAATCTTAGATAT

                       **      
        696 GATATGCAATCCAAGATAT
          1 GATATGCAATCTTAGATAT

                                 
        715 GATATATGCAATCTTAGATAT
          1 G--ATATGCAATCTTAGATAT

                            
        736 GATATGCAATCTTAGA
          1 GATATGCAATCTTAGA

        752 ATATATGATT


Statistics
Matches: 152,  Mismatches: 16, Indels: 16
        0.83            0.09        0.09

Matches are distributed among these distances:
  19   84  0.55
  21   68  0.45

ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.15, T:0.33


Consensus pattern (19 bp):   
GATATGCAATCTTAGATAT

Found at i:602 original size:40 final size:40

Alignment explanation


    Indices: 558--746  Score: 378
    Period size: 40  Copynumber: 4.7  Consensus size: 40

        548 ATTTTTGAGG

                                                    
        558 ATATGCAATCTTAGATATGATATGCAATCCAAGATATGAT
          1 ATATGCAATCTTAGATATGATATGCAATCCAAGATATGAT

                                                    
        598 ATATGCAATCTTAGATATGATATGCAATCCAAGATATGAT
          1 ATATGCAATCTTAGATATGATATGCAATCCAAGATATGAT

                                                    
        638 ATATGCAATCTTAGATATGATATGCAATCCAAGATATGAT
          1 ATATGCAATCTTAGATATGATATGCAATCCAAGATATGAT

                                                    
        678 ATATGCAATCTTAGATATGATATGCAATCCAAGATATGAT
          1 ATATGCAATCTTAGATATGATATGCAATCCAAGATATGAT

                                         
        718 ATATGCAATCTTAGATATGATATGCAATC
          1 ATATGCAATCTTAGATATGATATGCAATC

        747 TTAGAATATA


Statistics
Matches: 149,  Mismatches: 0, Indels: 0
        1.00            0.00        0.00

Matches are distributed among these distances:
  40  149  1.00

ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.15, T:0.33


Consensus pattern (40 bp):   
ATATGCAATCTTAGATATGATATGCAATCCAAGATATGAT

Done.