Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
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Warning! 2464 characters in sequence are not A, C, G, or T
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Indices: 2634--3955 Score: 1687
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2624 NNNNNNNNNN
* * * *
2634 GCTGCCCACAGCTTTAATCCACTCCACTTCAGCTATTTAAAGTCTTAACACCAGGGAGATAAGAT
1 GCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGACAAGAT
* * * * * *
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* *
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* * * * *
2803 GCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGTTATTTTAAGTCTTAACACCATGGAGATAAGAT
1 GCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGACAAGAT
* * ** * * * * ** * **
2868 TCACTACCTTCAGCTTTAATCTACTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCCACCTTTAAA
66 TCGCTGCCCACAGATTTAATCTGCTCCGCTGAAATGCTAGGGAAAGAAGATTTACTACCTTTAGC
* *
2933 TTTAATTTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTT
131 TTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTT
* * * *
2972 GATGCCCACAGCTTTAATCCGCTTCACTTCAGCTATTCCAAGTCTTAACGCCAGGGAGAGAAGAT
1 GCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGACAAGAT
* * * * *
3037 TCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATACTAGGGAAAGAAGATTTGCTACCTTTAGC
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* * * *
3102 TTTAAGCTGTTCCACTATAATGCCAAAGCGATAGGATTC
131 TTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTT
* * ** * *
3141 GCTGCCCACAGCTTTAATCCACTCCACTTTAGCTATTTCAAGTCCAAACACCAGGGAGATAAGAT
1 GCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGACAAGAT
* * * * ** * * **
3206 TCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCACCGCTGCAACACAAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGC
66 TCGCTGCCCACAGATTTAATCTGCTCCGCTGAAATGCTAGGGAAAGAAGATTTACTACCTTTAGC
* **
3271 TTTAATCTATTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATGC
131 TTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTT
* * * *
3310 GCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTTCTCTTCAACTATTTCAAGTCTTAACGCTAGGGAGACAAGAT
1 GCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGACAAGAT
* *
3375 TCGCTGCCCACAGATTTAATCTGCTCCGCTGAAATGCTAGGTAAAGAAGGTTTACTACCTTTAGC
66 TCGCTGCCCACAGATTTAATCTGCTCCGCTGAAATGCTAGGGAAAGAAGATTTACTACCTTTAGC
* * *
3440 TTTACTCTGTTCCACTATAAACCCAAAGAAATAGGATTCT
131 TTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATT-T
** *
3480 -CTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAATTATTTCAAGTCTTAACGCTAGGGAGACAAGAT
1 GCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGACAAGAT
* * *
3544 TCGCTGCTCACAGATTTAATCTGCTCCACTGAAATGCTAGGTAAAGAAGATTTACTACCTTTAGC
66 TCGCTGCCCACAGATTTAATCTGCTCCGCTGAAATGCTAGGGAAAGAAGATTTACTACCTTTAGC
* * *
3609 TTTACTCTGTTCCACTATAAACCCAAAGAAATAGGATTCT
131 TTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATT-T
* ** * *
3649 -CTACCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCATTTATTTCAAGTCTTAACGCTAGGGAGACACGAT
1 GCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGACAAGAT
* * *
3713 TCGCTGCTCACAGATTTAATCTGCTCCACTGAAATGCTAGGTAAAGAAGATTTACTACCTTTAGC
66 TCGCTGCCCACAGATTTAATCTGCTCCGCTGAAATGCTAGGGAAAGAAGATTTACTACCTTTAGC
* * *
3778 TTTACTCTGTTCCACTATAAACCCAAAGAAATAGGATTCT
131 TTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATT-T
* ** * *
3818 -CTACCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCATTTATTTCAAGTCTTAACGCTAGGGAGACACGAT
1 GCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGACAAGAT
* * *
3882 TCGCTGCTCACAGATTTAATCTGCTCCACTGAAATGCTAGGTAAAGAAGATTTACTACCTTTAGC
66 TCGCTGCCCACAGATTTAATCTGCTCCGCTGAAATGCTAGGGAAAGAAGATTTACTACCTTTAGC
3947 TTTAATCTG
131 TTTAATCTG
3956 CTCCGCTGCA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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GCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGACAAGAT
TCGCTGCCCACAGATTTAATCTGCTCCGCTGAAATGCTAGGGAAAGAAGATTTACTACCTTTAGC
TTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTT
Found at i:4002 original size:51 final size:51
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Indices: 3895--4005 Score: 125
Period size: 51 Copynumber: 2.2 Consensus size: 51
3885 CTGCTCACAG
* * * *
3895 ATTTAATCTGCTCCACTGAAATGCTAGGTAAAGAAGATTTACTACCTTTAG
1 ATTTAATCTGCTCCACTGAAATGCTAGGGAAAGAAGATTCACTACCTGTAA
* * * * *
3946 CTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGGATA-AAGATTCGCTACCTGTAA
1 ATTTAATCTGCTCCACTGAAATGCTA-GGGAAAGAAGATTCACTACCTGTAA
3997 ATTTAATCT
1 ATTTAATCT
4006 ATTCCACTAT
Statistics
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0.80 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
51 45 0.92
52 4 0.08
ACGTcount: A:0.30, C:0.20, G:0.17, T:0.33
Consensus pattern (51 bp):
ATTTAATCTGCTCCACTGAAATGCTAGGGAAAGAAGATTCACTACCTGTAA
Found at i:4051 original size:220 final size:220
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Indices: 3727--4183 Score: 605
Period size: 220 Copynumber: 2.1 Consensus size: 220
3717 TGCTCACAGA
* * * ** * *
3727 TTTAATCTGCTCCACTGAAATGCTAGGTAAAGAAGATTTACTACCTTTAGCTTTACTCTGTTCCA
1 TTTAATCTGCTCCACTGAAATGCTAGGGAAAGAAGATTCACTACCTGTAAATTTAATCTATTCCA
3792 CTATAAACCCAAAGAAATAGGATTCTCTACCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCATTTATTTCA
66 CTATAAACCCAAAGAAATAGGATTCTCTACCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCATTTATTTCA
* * *
3857 AGTCTTAACGCTAGGGAGACACGATTCGCTGCTCACAGATTTAATCTGCTCCACTGAAATGCTAG
131 AGTCTTAACGCCAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCACAGATTTAATCTGCTCCACTGAAATGCTAG
* * *
3922 GTAAAGAAGATTTACTACCTTTAGC
196 GGAAACAAGATTCACTACCTTTAGC
* * * *
3947 TTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGGATA-AAGATTCGCTACCTGTAAATTTAATCTATTCC
1 TTTAATCTGCTCCACTGAAATGCTA-GGGAAAGAAGATTCACTACCTGTAAATTTAATCTATTCC
* **
4011 ACTATAATA-CCAAAGAGATAGGATT-TGCTGGCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCATTTATT
65 ACTATAA-ACCCAAAGAAATAGGATTCT-CTACCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCATTTATT
* * * * * *
4074 TCAAGTCTTATCGCCAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCTCTGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGC
128 TCAAGTCTTAACGCCAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCACAGATTTAATCTGCTCCACTGAAATGC
*
4139 TAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGC
193 TAGGGAAACAAGATTCACTACCTTTAGC
* *
4167 ATTAATCTGTTCCACTG
1 TTTAATCTGCTCCACTG
4184 TAAAGCCAAA
Statistics
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219 1 0.00
220 198 0.97
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Consensus pattern (220 bp):
TTTAATCTGCTCCACTGAAATGCTAGGGAAAGAAGATTCACTACCTGTAAATTTAATCTATTCCA
CTATAAACCCAAAGAAATAGGATTCTCTACCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCATTTATTTCA
AGTCTTAACGCCAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCACAGATTTAATCTGCTCCACTGAAATGCTAG
GGAAACAAGATTCACTACCTTTAGC
Found at i:4156 original size:169 final size:169
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3934 TACTACCTTT
* * * *
3944 AGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGGATA-AAGATTCGCTACCTGTAAATTTAATCTAT
1 AGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTA-GGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGATTTAATCTGT
* **
4008 TCCACTATAATACCAAAGAGATAGGATTTGCTGGCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCATTTAT
65 TCCACTATAATACCAAAGAGATAGGATTTGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTAT
*
4073 TTCAAGTCTTATCGCCAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCTC
130 TTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCTC
*
4113 TGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCA-TTAATCTGT
1 AGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAG-ATTTAATCTGT
* * * * *
4177 TCCACTGTAA-AGCCAAAGAGATAGG-TTTCGCTGCTCATAGATTTAATCCGCTACACTTCAGCT
65 TCCACTATAATA-CCAAAGAGATAGGATTT-GCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCT
* ** * * *
4240 AGTTCAAGTCTTAACGATAGGGAGATAAGATTTGCTGCCTTC
128 ATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCTC
* * * *
4282 AGCTTTAATCTGCTCCGTTGCAACGCCA-GGAAATCAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGT
1 AGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAA-CAAGATTCGCTACCTTTAGATTTAATCTGT
* * * *
4346 TCCACTATAATGCCAATGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCACTCCACTTCAGCTAT
65 TCCACTATAATACCAAAGAGATAGGATTTGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTAT
* * *
4411 TTAAAGTCTTAACACCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTC
130 TTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCTC
* * * * * * *
4451 AGCTTTAATATGCTGCGCGGCAAGGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTTGCTTTAATGTGTT
1 AGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGATTTAATCTGTT
* * *
4516 CCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTTGCTGCCCACAGCTTTAATCCGTTTCACTTCAGCTATT
66 CCACTATAATACCAAAGAGATAGGATTTGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATT
* * *
4581 TCAAATCTTAACGCCAGGAAGACAAGATTCGCTGCCCAC
131 TCAAGTCTTAACGCCAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCTC
4620 AGCTTTAATCTGCTC
1 AGCTTTAATCTGCTC
4635 AACTTCAGCT
Statistics
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0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
168 14 0.03
169 429 0.95
170 8 0.02
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AGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGATTTAATCTGTT
CCACTATAATACCAAAGAGATAGGATTTGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATT
TCAAGTCTTAACGCCAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCTC
Found at i:4658 original size:67 final size:67
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4529 AAAGAGATAG
* * * * *
4539 GATTTGCTGCCCACAGCTTTAATCCGTTTCACTTCAGCTATTTCAAATCTTAACGCCAGGAAGAC
1 GATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCTGTCTCACTTCAGCTACTTCAAACCTTAACGCCAGGAAGAC
4604 AA
66 AA
* *
4606 GATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCTG-CTCAACTTCAGCTACTTCAAGCCTTAACGCCAGGGAGA
1 GATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCTGTCTC-ACTTCAGCTACTTCAAACCTTAACGCCAGGAAGA
*
4670 TAA
65 CAA
* *
4673 GATTCGCTGCCCTCAGATTTAATCT
1 GATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCT
4698 ACTCTGCTGC
Statistics
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0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
66 2 0.02
67 79 0.98
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GATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCTGTCTCACTTCAGCTACTTCAAACCTTAACGCCAGGAAGAC
AA
Found at i:4786 original size:236 final size:236
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4360 AATGAGATAG
** * * *
4370 GATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCACTCCACTTCAGCTATTTAAAGTCTTAACACCAGGGAGAT
1 GATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCTGCTCAACTTCAGCTACTTAAAGCCTTAACACCAGGGAGAT
* * * *
4435 AAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATATGCTGCGCGGCAAGGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCT
66 AAGATTCGCTGCCCTCAGATTTAATATACTGCGCGGCAAGACTAGGGAAACAAGATTCGCTAACT
* * * * *
4500 TTTGCTTTAATGTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTTGCTGCCCACAGCTTTAATCCG
131 TTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCA
* * * *
4565 TTTCACTTCAGCTATTTCAAATCTTAACGCCAGGAAGACAA
196 CTCCACTTCAGCTATTTCAAATCTAAACACCAGGAAGACAA
* *
4606 GATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCTGCTCAACTTCAGCTACTTCAAGCCTTAACGCCAGGGAGAT
1 GATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCTGCTCAACTTCAGCTACTTAAAGCCTTAACACCAGGGAGAT
* * * ** *
4671 AAGATTCGCTGCCCTCAGATTTAATCTACT-CTGCTGCAATACTAGGGAAAGTAGATTTGCTAAC
66 AAGATTCGCTGCCCTCAGATTTAATATACTGC-GCGGCAAGACTAGGGAAACAAGATTCGCTAAC
4735 TTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCC
130 TTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCC
* * * *
4800 ACTCCACTTTAGCTATTTCAAGTCTAAACACCAGGGAGATAA
195 ACTCCACTTCAGCTATTTCAAATCTAAACACCAGGAAGACAA
*
4842 GATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGC
1 GATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCTGC
4869 ACCGTTGCAA
Statistics
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0.88 0.12 0.01
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235 1 0.00
236 230 1.00
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CTCCACTTCAGCTATTTCAAATCTAAACACCAGGAAGACAA
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4596 AGGAAGACAA
* * *
4606 GATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCTGCTCAACTTCAGCTACTTCAAGCCTTAACGCCAGGGAGAT
1 GATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCTGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGAT
* * * ** *
4671 AAGATTCGCTGCCCTCAGATTTAATCTACTCTGCTGCAATACTAGGGAAAGTAGATTTGCTAACT
66 AAGATTCGCTGCCCTCAGATTTAATCTACACCGCTGCAACACTAGGGAAACAAGATTCGCTAACT
*
4736 TTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAA-GAGATAG
131 TTAGCTTTAATCTATTCCACTATAAAG-CAAAGGAGATAG
** * * *
4775 GATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCACTCCACTTTAGCTATTTCAAGTCTAAACACCAGGGAGAT
1 GATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCTGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGAT
* * * *
4840 AAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCACCGTTGCAACACTAGGGAAACAAGATTCGCTACCT
66 AAGATTCGCTGCCCTCAGATTTAATCTACACCGCTGCAACACTAGGGAAACAAGATTCGCTAACT
4905 TTAGCTTTAATCTATTCCACTATAAAGCAAAGGAGATAG
131 TTAGCTTTAATCTATTCCACTATAAAGCAAAGGAGATAG
* * * * * * *
4944 GATGCGCTGCCCACAACTTTAATCTGCTTCACTTCAACTCTTTCAAGTCTTAACGCTAGGGAGAC
1 GATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCTGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGAT
* *
5009 AAGATTCGCTGCCCACAGATTTAATCTACTCCGC
66 AAGATTCGCTGCCCTCAGATTTAATCTACACCGC
5043 CGAAATGCTA
Statistics
Matches: 231, Mismatches: 36, Indels: 2
0.86 0.13 0.01
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.02
169 227 0.98
ACGTcount: A:0.29, C:0.26, G:0.17, T:0.28
Consensus pattern (169 bp):
GATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCTGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGAT
AAGATTCGCTGCCCTCAGATTTAATCTACACCGCTGCAACACTAGGGAAACAAGATTCGCTAACT
TTAGCTTTAATCTATTCCACTATAAAGCAAAGGAGATAG
Found at i:5189 original size:139 final size:140
Alignment explanation
Indices: 4932--5204 Score: 388
Period size: 139 Copynumber: 2.0 Consensus size: 140
4922 CACTATAAAG
* * *
4932 CAAAGGAGATAGGATGCGCTGCCCACAACTTTAATCTGCTTCACTTCAACTCTTTCAAGTCTTAA
1 CAAAGGAGATAGGATGCGCTGCCCACAACTTTAATCCGCTGCACTTCAACTATTTCAAGTCTTAA
*
4997 CGCTAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCACAGATTTAATCTACTCCGCCGAAATGCT-AGGTAAAGA
66 CGCTAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCACAGATTTAATCTACTCCGCCGAAATGCTAAGG-AAACA
5061 AGATTTAATAC
130 AGATTTAATAC
* ** *
5072 CAAA-GAGATAGGATTCGCTGCCCACAGTTTTAATCCGCTGCACTTCATCTATTTCAAGTCTTAA
1 CAAAGGAGATAGGATGCGCTGCCCACAACTTTAATCCGCTGCACTTCAACTATTTCAAGTCTTAA
* * * * * * *
5136 CGCTAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCTGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAAGGAAACAA
66 CGCTAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCACAGATTTAATCTACTCCGCCGAAATGCTAAGGAAACAA
5201 GATT
131 GATT
5205 CGCTACCTTT
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 15, Indels: 3
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
139 110 0.94
140 7 0.06
ACGTcount: A:0.29, C:0.25, G:0.19, T:0.27
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CAAAGGAGATAGGATGCGCTGCCCACAACTTTAATCCGCTGCACTTCAACTATTTCAAGTCTTAA
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GATTTAATAC
Found at i:5356 original size:169 final size:168
Alignment explanation
Indices: 5071--5628 Score: 798
Period size: 169 Copynumber: 3.3 Consensus size: 168
5061 AGATTTAATA
* * *
5071 CCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGTTTTAATCCGCTGCACTTCATCTATTTCAAGTCTTAA
1 CCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAA
*
5136 CGCTAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCTGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAAGGAAACAA
66 CGCTAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAAGGAAACAA
5201 GATTCGCTACCTTTA-CAATTAATCTGTTCCACTATAAAG
131 GATTCGCTACCTTTAGC--TTAATCTGTTCCACTATAAAG
* * * * *
5240 CCAAAAAGATAGGTTTCGCTGCCCACAGATTTAATCTGCTCCACTTCAGCTACTTCAAGTCTTAA
1 CCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAA
* * * * * *
5305 CGCTAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGATTTAATCTACTCTGCTGCAATACTAGGGAAAGAA
66 CGCTAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAAGGAAACAA
* *
5370 GATTTGCTAACTTTAGCTTCAATCTGTTCCACTATAAAG
131 GATTCGCTACCTTTAGCTT-AATCTGTTCCACTATAAAG
* * *
5409 CCAAAGAGATAGGATTCACTGCCCATAGCTTTAATCCGCTCCATTTCAGCTATTTCAAGTCTTAA
1 CCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAA
* * *
5474 CGAC-ATGGAGATATGATTCGCTGCACTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAA-GACTAAGGAAAC
66 CG-CTAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATG-CTAAGGAAAC
* * *
5537 AAGATTCGATGCCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATG
129 AAGATTCGCTACCTTTAGC-TTAATCTGTTCCACTATAAAG
*
5578 CCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCACTCCACTTCAGCT
1 CCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCT
5629 TTAATCTACA
Statistics
Matches: 342, Mismatches: 42, Indels: 10
0.87 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.01
169 336 0.98
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Consensus pattern (168 bp):
CCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAA
CGCTAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAAGGAAACAA
GATTCGCTACCTTTAGCTTAATCTGTTCCACTATAAAG
Found at i:5660 original size:123 final size:123
Alignment explanation
Indices: 5500--5751 Score: 380
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5490 TTCGCTGCAC
* * * * *
5500 TCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAAGACTAAGGAAACAAGATTCGATGCCTTTAGC-TTTAATCT
1 TCAGCTTTAATCTACACCGCTGCAACACTAAGGAAACAAGATTCGATACCTTTA-CAATTAATCT
* *
5564 GTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCACTCCACT
65 GTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCAACAGCTTTAATCCACTCCACT
* *
5623 TCAGCTTTAATCTACACCGCTGCAACACTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTACAATTAATCTG
1 TCAGCTTTAATCTACACCGCTGCAACACTAAGGAAACAAGATTCGATACCTTTACAATTAATCTG
* **
5688 TTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGTTTCGCTGCCAACAGCTTTAATCTGCTCCACT
66 TTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCAACAGCTTTAATCCACTCCACT
5746 TCAGCT
1 TCAGCT
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TCAGCTTTAATCTACACCGCTGCAACACTAAGGAAACAAGATTCGATACCTTTACAATTAATCTG
TTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCAACAGCTTTAATCCACTCCACT
Found at i:5735 original size:292 final size:292
Alignment explanation
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* * * * *
5331 TCAGATTTAATCTACTCTGCTGCAATACTAGGGAAAGAAGATTTGCTAACTTTAGCTTCAATCTG
1 TCAGATTTAATCTACACCGCTGCAACACTAGGGAAACAAGATTCGCTAACTTTAGCTTCAATCTG
* * *
5396 TTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCACTGCCCATAGCTTTAATCCGCTCCATTTCAGCTA
66 TTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCACTGCCAACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTA
* * * * *
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131 CTTCAAGTCTTAACGACAGGGAGATAAGATTCGCTGCACTCAGATTTAATCTACTCCGCTGCAAG
* * ** *
5526 ACTAAGGAAACAAGATTCGATGCCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGG
196 ACTAAGGAAACAAGATTCGATACCTTTAGCTTTAATCTATTCCACTATAAACCCAAAGAAATAGG
* * *
5591 ATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCACTCCACT
261 ATACGCTACCCACAGCTTCAATCCACTCCACT
* *
5623 TCAGCTTTAATCTACACCGCTGCAACACTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTA-CAATT-AATC
1 TCAGATTTAATCTACACCGCTGCAACACTAGGGAAACAAGATTCGCTAACTTTAGC--TTCAATC
* * *
5686 TGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGTTTCGCTGCCAACAGCTTTAATCTGCTCCACTTCAGC
64 TGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCACTGCCAACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGC
* * * *
5751 TACTTCAAGTGTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGATTTAATCTACTCTGCTGCA
129 TACTTCAAGTCTTAACGACAGGGAGATAAGATTCGCTGCACTCAGATTTAATCTACTCCGCTGCA
* * * *
5816 ATACTAGGGAAAGAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTATTCCACTATAAACCCAAAGAAATA
194 AGACTAAGGAAACAAGATTCGATACCTTTAGCTTTAATCTATTCCACTATAAACCCAAAGAAATA
* * *
5881 GGATACTCTACCCACAGCTTCAATCCGCTTCACT
259 GGATACGCTACCCACAGCTTCAATCCACTCCACT
5915 TCA
1 TCA
5918 ACTATTTCAA
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ACGTcount: A:0.30, C:0.25, G:0.16, T:0.29
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TCAGATTTAATCTACACCGCTGCAACACTAGGGAAACAAGATTCGCTAACTTTAGCTTCAATCTG
TTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCACTGCCAACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTA
CTTCAAGTCTTAACGACAGGGAGATAAGATTCGCTGCACTCAGATTTAATCTACTCCGCTGCAAG
ACTAAGGAAACAAGATTCGATACCTTTAGCTTTAATCTATTCCACTATAAACCCAAAGAAATAGG
ATACGCTACCCACAGCTTCAATCCACTCCACT
Found at i:5835 original size:169 final size:168
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5613 CCACTCCACT
* * * *
5623 TCAGCTTTAATCTACACCGCTGCAACACTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTACAATTAATCTG
1 TCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATACTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAC-TTTAATCTG
* *
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* *
5753 CTTCAAGTGTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCC
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* * * * *
5792 TCAGATTTAATCTACTCTGCTGCAATACTAGGGAAAGAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTA
1 TCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATACTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTA-CTTTAATCTG
* * * * * * * * *
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65 TTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCTGCTCCACTTCAGCTA
** * *
5922 TTTCAAGTCTTAACGTTAGAGAGACAAGATTCGCTGCCC
130 TTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCC
* * * * * ** *
5961 ACAGATTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAAGATGATTTACTACCTTTTGCTTTAATCTG
1 TCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATACTAGGGAAACAAGATTCGCTACC-TTTACTTTAATCTG
* * * * * * * * * *
6026 TTCCACTATAAAACCAATGAAATAGGATTCTCTACCCACAGCCTTAATCTACTCTACTTCGGTTA
65 TTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCTGCTCCACTTCAGCTA
* * *
6091 TTTCAAGTCTTAACGCTAGGGAGATAAGATTTGCTGCCA
130 TTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCC
** * *
6130 TCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAACGCTAGGGGATA-AAGATTCACTACCTTTAGCTTTAATCT
1 TCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATACTA-GGGAAACAAGATTCGCTACCTTTA-CTTTAATCT
* * * * * * *
6194 ATTCCACTATAATA-CCAAAGAGATAGGATTCGTTGCCCACAGTTTTAGTCCGCTGCACTTCATC
64 GTTCCACTATAA-AGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCTGCTCCACTTCAGC
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128 TATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCC
* * * *
6299 TCTGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGAGTCGCTACCTTTACAGTTAATCTG
1 TCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATACTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAC-TTTAATCTG
*
6364 TTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGTTTCGCTGCCCACAGCTTTAATCTGCTCCACTTCAGCTA
65 TTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCTGCTCCACTTCAGCTA
* * *
6429 CTTCAAGTGTTAACACCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCC
130 TTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCC
* * * *
6468 TCTGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGAGTCGCTACCTTTACAGTTAATCTG
1 TCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATACTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAC-TTTAATCTG
** *
6533 TTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCACTCCACTTTAGCTA
65 TTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCTGCTCCACTTCAGCTA
* * * *
6598 TTTTAAGTCTAAACACCAGGGAGATAAGATTCACTGCCC
130 TTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCC
* * *
6637 TCAGCTTTAATCTGCACCGCTGCAACACTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCATTAATCTG
1 TCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATACTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTA-CTTTAATCTG
* * * * * * * *
6702 TTGCAGTATAAAGCCAAAGAGATAGGTTTCACTGCTCATAGCTTTAATCTGCTCCACTTAAGTTA
65 TTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCTGCTCCACTTCAGCTA
* * * *
6767 TTTCAAGTCTTAAAGACAGGGAGAGAAGATTCGCTTCCC
130 TTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCC
* *
6806 TCAGCTCTAATCTGCTCCGCTGCAATACTAGGGAAATAAGATTCGCTACCTTTACCTTTAATCTG
1 TCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATACTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTA-CTTTAATCTG
* * *
6871 TTCCACTATAACGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAAT-TCGCTTCACATCAGCT
65 TTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCT-GCTCCACTTCAGCT
* * * *
6935 ATTTCAAATCTTAACGCCAGGAAGACAAGATTCGCTACCC
129 ATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCC
* * * * * * * *
6975 TCAGATTTAATCTCCTCTGCTGCAATACTAGGAAAAGAAGATTTGCTAACTTTAGCTTTAATCTA
1 TCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATACTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTA-CTTTAATCTG
* * * * * * * * *
7040 TTCCACTATAAACCCAAAGAAATAGGATACTCTACCCACAGCTTCAATCCGCTTCACTTCAACTA
65 TTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCTGCTCCACTTCAGCTA
* * * * *
7105 TTTCAAGTCTTAATGCTAGAGAGACAATATTCGCTGCCC
130 TTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCC
* * * *
7144 ACAGATTTAATCTGCTCCGCTCCAATGCTAGGGAAA
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7180 NNNNNNNNNN
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TCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATACTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTACTTTAATCTGT
TCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCTGCTCCACTTCAGCTAT
TTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCC
Found at i:6026 original size:630 final size:632
Alignment explanation
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4600 AGACAAGATT
* * *
4610 CGCTGCCCACAGCTTTAATCTGC-TCAACTTCAGCTACTTCAAGCCTTAACGCCAGGGAGATAAG
1 CGCTACCCACAGCTTTAATCTGCTTC-ACTTCAGCTACTTCAAGTCTTAACGCTAGGGAGATAAG
4674 ATTCGCTGCCCTCAGATTTAATCTACTCTGCTGCAATACTAGGGAAAG-TAGATTTGCTAACTTT
65 ATTCGCTGCCCTCAGATTTAATCTACTCTGCTGCAATACTAGGGAAAGAT-GATTTGCTAACTTT
*
4738 AGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCACT
129 AGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCACTGCCCACAGCTTTAATCCACT
*
4803 CCACTTT-AGCTATTTCAAGTCTAAAC-ACCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATC
194 CCA-TTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGA-CAGGGAGATAAGATTCGCTG-CCTCAGCTTTAATC
* * * * *
4866 TGCACCGTTGCAACACTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTATTCCACTATAAA
256 TGCTCCGCTGCAAGACTAGGGAAACAAGATTCGATACCTTTAGCTTTAATCTATTCCACTATAAT
* * * * *
4931 G-CAAAGGAGATAGGATGCGCTGCCCACAACTTTAATCTGCTTCACTTCAACTCTTTCAAGTCTT
321 GCCAAA-GAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAACTCTTTCAAGTCTC
* * *
4995 AACGCTAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCACAGATTTAATCTACTCCGCCGAAATGCTAGGTAAAG
385 AACACTAGGGAAACAAGATTCGCTACCCACAGATTTAATCTACT-CGCC--AA-GCTA-GT-AAG
* * * * *
5060 AAGATTTAATACCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGTTTTAATCCGCTGCACTTCATCTATT
444 AAG-------ACCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCAACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTACT
* * * * *
5125 TCAAGTCTTAACGCTAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCTGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGC
502 TCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGATTTAATCTACTCCGCTGCAATAC
* * *
5190 TAAGGAAACAAGATTCGCTACCTTTACAATTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAAAGATAGGTT
567 TAAGGAAACAAGATTCGCTACCTTTACAATTAATCTATTCCACTATAAACCCAAAAAGATAGGAT
*
5255 T
632 A
* * *
5256 CGCTGCCCACAGATTTAATCTGCTCCACTTCAGCTACTTCAAGTCTTAACGCTAGGGAGATAAGA
1 CGCTACCCACAGCTTTAATCTGCTTCACTTCAGCTACTTCAAGTCTTAACGCTAGGGAGATAAGA
*
5321 TTCGCTGCCCTCAGATTTAATCTACTCTGCTGCAATACTAGGGAAAGAAGATTTGCTAACTTTAG
66 TTCGCTGCCCTCAGATTTAATCTACTCTGCTGCAATACTAGGGAAAGATGATTTGCTAACTTTAG
* * *
5386 CTTCAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCACTGCCCATAGCTTTAATCCGCTCC
131 CTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCACTGCCCACAGCTTTAATCCACTCC
* *
5451 ATTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGACATGGAGATATGATTCGCTGCACTCAGCTTTAATCTGCT
196 ATTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGACAGGGAGATAAGATTCGCTGC-CTCAGCTTTAATCTGCT
* * *
5516 CCGCTGCAAGACTAAGGAAACAAGATTCGATGCCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCA
260 CCGCTGCAAGACTAGGGAAACAAGATTCGATACCTTTAGCTTTAATCTATTCCACTATAATGCCA
* *
5581 AAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCACTCCACTTCAGCT-TTAATCTACACCG-CT
325 AAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAACTCTT--TC-A-A--GTCT
* * *
5644 GCAACACTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTACA-A-TTAATCT-GT-TCC-A-CTA-T-A-AA
384 -CAACACTAGGGAAACAAGATTCGCTACC--CACAGATTTAATCTACTCGCCAAGCTAGTAAGAA
* * *
5700 G-CCAAAGAGATAGGTTTCGCTGCCAACAGCTTTAATCTGCTCCACTTCAGCTACTTCAAGTGTT
446 GACCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCAACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTACTTCAAGTCTT
* * *
5764 AACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGATTTAATCTACTCTGCTGCAATACTAGGGAAAG
511 AACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGATTTAATCTACTCCGCTGCAATACTAAGGAAAC
*
5829 AAGATTCGCTACCTTTAGC-TTTAATCTATTCCACTATAAACCCAAAGAA-ATAGGATA
576 AAGATTCGCTACCTTTA-CAATTAATCTATTCCACTATAAACCCAAA-AAGATAGGATA
* * * * * * * *
5886 CTCTACCCACAGCTTCAATCCGCTTCACTTCAACTATTTCAAGTCTTAACGTTAGAGAGACAAGA
1 CGCTACCCACAGCTTTAATCTGCTTCACTTCAGCTACTTCAAGTCTTAACGCTAGGGAGATAAGA
* * * * * * *
5951 TTCGCTGCCCACAGATTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAAGATGATTTACTACCTTTTG
66 TTCGCTGCCCTCAGATTTAATCTACTCTGCTGCAATACTAGGGAAAGATGATTTGCTAACTTTAG
* * * * * * * *
6016 CTTTAATCTGTTCCACTATAAAACCAATGAAATAGGATTCTCTACCCACAGCCTTAATCTACTCT
131 CTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCACTGCCCACAGCTTTAATCCACTCC
* * * *
6081 ACTTCGGTTATTTCAAGTCTTAACG-CTAGGGAGATAAGATTTGCTGCCATCAGCTTTAATCTGC
196 ATTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGAC-AGGGAGATAAGATTCGCTGCC-TCAGCTTTAATCTGC
*
6145 TCCGCTGCAACG-CTAGGGGATA-AAGATTC-ACTACCTTTAGCTTTAATCTATTCCACTATAAT
259 TCCGCTGCAA-GACTA-GGGAAACAAGATTCGA-TACCTTTAGCTTTAATCTATTCCACTATAAT
* * * * * * * *
6207 ACCAAAGAGATAGGATTCGTTGCCCACAGTTTTAGTCCGCTGCACTTCATCTATTTCAAGTCTTA
321 GCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAACTCTTTCAAGTCTCA
* * * *
6272 ACGCCAGGGAGATAAGATTCGCT
386 ACACTAGGGAAACAAGATTCGCT
6295 GCCCTCTGCT
Statistics
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0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
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626 2 0.00
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639 1 0.00
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Consensus pattern (632 bp):
CGCTACCCACAGCTTTAATCTGCTTCACTTCAGCTACTTCAAGTCTTAACGCTAGGGAGATAAGA
TTCGCTGCCCTCAGATTTAATCTACTCTGCTGCAATACTAGGGAAAGATGATTTGCTAACTTTAG
CTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCACTGCCCACAGCTTTAATCCACTCC
ATTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGACAGGGAGATAAGATTCGCTGCCTCAGCTTTAATCTGCTC
CGCTGCAAGACTAGGGAAACAAGATTCGATACCTTTAGCTTTAATCTATTCCACTATAATGCCAA
AGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAACTCTTTCAAGTCTCAACACT
AGGGAAACAAGATTCGCTACCCACAGATTTAATCTACTCGCCAAGCTAGTAAGAAGACCAAAGAG
ATAGGATTCGCTGCCAACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTACTTCAAGTCTTAACGCCAGGG
AGATAAGATTCGCTGCCCTCAGATTTAATCTACTCCGCTGCAATACTAAGGAAACAAGATTCGCT
ACCTTTACAATTAATCTATTCCACTATAAACCCAAAAAGATAGGATA
Found at i:6027 original size:461 final size:457
Alignment explanation
Indices: 4685--6085 Score: 1574
Period size: 461 Copynumber: 3.0 Consensus size: 457
4675 TTCGCTGCCC
* * ** * * *
4685 TCAGATTTAATCTACTCTGCTGCAATACTAGGGAAAGTAGATTTGCTAACTTTAGC-TTTAATCT
1 TCAGCTTTAATCTACTCCGCTGCAATACTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTA-CAATTAATCT
* ** *
4749 GTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCACTCCACTTTAGCT
65 GTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGTTTCGCTGCCCACAGCTTTAATCTGCTCCACTTCAGCT
* * * * * * * *
4814 ATTTCAAGTCTAAACACCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCACCGTTGCAA
130 ACTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGATTTAATCTACTCTGCTGCAA
* * *
4879 CACTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTATTCCACTATAAAGCAAAGGAGATAG
195 TACTAGGGAAAGAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTATTCCACTATAAACCAAA-GAGATAG
* * * * * *
4944 GATGCGCTGCCCACAACTTTAATCTGCTTCACTTCAACTCTTTCAAGTCTTAACGCTAGGGAGAC
259 GATACACTGCCCACAGCTTTAATCCGCTTCACTTCAACTATTTCAAGTCTTAACGATA-GGAGAC
* * * *
5009 AAGATTCGCTGCCCACAGATTTAATCTACTCCGCCGAAATGCTAGGTAAAGAAGATTTAATACC-
323 AAGATTCGCTGCCCACAGATTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAAGAAGATTT-ATACCT
** *** * * ** ** **
5073 AAAGAGATAGGAT-TCGCTGCCCACAGTTTTAATCCGCTGCACTTCATCTATTTCAAGTCTTAAC
387 TTAGCTTTA--ATCT-G-T-TCCAC---TATAATCCAATG-AAAT-A-GGA-TTC--G-C-T-AC
* * * * *
5137 GCTAGGGAG-ATAAGATTCGCTGCC-C-
435 -CCA--CAGCATTA-ATCCACT-CCACT
* * * *
5162 TCTGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAAGGAAACAAGATTCGCTACCTTTACAATTAATCTG
1 TCAGCTTTAATCTACTCCGCTGCAATACTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTACAATTAATCTG
* *
5227 TTCCACTATAAAGCCAAAAAGATAGGTTTCGCTGCCCACAGATTTAATCTGCTCCACTTCAGCTA
66 TTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGTTTCGCTGCCCACAGCTTTAATCTGCTCCACTTCAGCTA
*
5292 CTTCAAGTCTTAACGCTAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGATTTAATCTACTCTGCTGCAAT
131 CTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGATTTAATCTACTCTGCTGCAAT
* * * *
5357 ACTAGGGAAAGAAGATTTGCTAACTTTAGCTTCAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGG
196 ACTAGGGAAAGAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTATTCCACTATAAA-CCAAAGAGATAGG
* * * * * * *
5422 ATTCACTGCCCATAGCTTTAATCCGCTCCATTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGACATGGAGATA
260 ATACACTGCCCACAGCTTTAATCCGCTTCACTTCAACTATTTCAAGTCTTAACGATA-GGAGACA
* * * * * * * *
5487 TGATTCGCTGCACTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAA-GACTAAGGAAACAAGATTCGATGCCT
324 AGATTCGCTGCCCACAGATTTAATCTGCTCCGCTGCAATG-CTAGGGAAAGAAGATT-TATACCT
* * * *
5551 TTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCA
387 TTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAT-CCAATGAAATAGGATTCGCTACCCACAGCATTAATCCA
5616 CTCCACT
451 CTCCACT
* *
5623 TCAGCTTTAATCTACACCGCTGCAACACTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTACAATTAATCTG
1 TCAGCTTTAATCTACTCCGCTGCAATACTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTACAATTAATCTG
*
5688 TTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGTTTCGCTGCCAACAGCTTTAATCTGCTCCACTTCAGCTA
66 TTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGTTTCGCTGCCCACAGCTTTAATCTGCTCCACTTCAGCTA
*
5753 CTTCAAGTGTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGATTTAATCTACTCTGCTGCAAT
131 CTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGATTTAATCTACTCTGCTGCAAT
*
5818 ACTAGGGAAAGAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTATTCCACTATAAACCCAAAGAAATAGG
196 ACTAGGGAAAGAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTATTCCACTATAAA-CCAAAGAGATAGG
* * * *
5883 ATACTCTACCCACAGCTTCAATCCGCTTCACTTCAACTATTTCAAGTCTTAACGTTAGAGAGACA
260 ATACACTGCCCACAGCTTTAATCCGCTTCACTTCAACTATTTCAAGTCTTAACGATAG-GAGACA
*
5948 AGATTCGCTGCCCACAGATTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAAGATGATTTACTACCTT
324 AGATTCGCTGCCCACAGATTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAAGAAGATTTA-TACCTT
* * * * *
6013 TTGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAACCAATGAAATAGGATTCTCTACCCACAGCCTTAATCTAC
388 TAGCTTTAATCTGTTCCACTAT-AATCCAATGAAATAGGATTCGCTACCCACAGCATTAATCCAC
*
6078 TCTACT
452 TCCACT
6084 TC
1 TC
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Statistics
Matches: 785, Mismatches: 125, Indels: 44
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (457 bp):
TCAGCTTTAATCTACTCCGCTGCAATACTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTACAATTAATCTG
TTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGTTTCGCTGCCCACAGCTTTAATCTGCTCCACTTCAGCTA
CTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGATTTAATCTACTCTGCTGCAAT
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Done.