Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: scaffold2301

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 598

Length: 997
ACGTcount: A:0.36, C:0.21, G:0.14, T:0.29


Found at i:285 original size:23 final size:23

Alignment explanation


    Indices: 259--314  Score: 76
    Period size: 23  Copynumber: 2.4  Consensus size: 23

        249 AAAACCCTAA

                  *     *          
        259 CCTAACTTAATTTAATTAAAAAC
          1 CCTAACCTAATTGAATTAAAAAC

                                  *
        282 CCTAACCTAATTGAATTAAAAAT
          1 CCTAACCTAATTGAATTAAAAAC

              *       
        305 CCAAACCTAA
          1 CCTAACCTAA

        315 CTTACCCTAA


Statistics
Matches: 29,  Mismatches: 4, Indels: 0
        0.88            0.12        0.00

Matches are distributed among these distances:
  23   29  1.00

ACGTcount: A:0.48, C:0.21, G:0.02, T:0.29


Consensus pattern (23 bp):   
CCTAACCTAATTGAATTAAAAAC

Found at i:353 original size:29 final size:29

Alignment explanation


    Indices: 240--452  Score: 131
    Period size: 28  Copynumber: 7.3  Consensus size: 29

        230 TTTTGACATT

                *                     *  
        240 ATTTGATTAAAAACCCTAA-CCTAACTTA
          1 ATTTAATTAAAAACCCTAACCCTAACCTA

                                      *   
        268 ATTTAATTAAAAACCCTAA-CCTAA-TTGA
          1 ATTTAATTAAAAACCCTAACCCTAACCT-A

                *  * **               ** *    
        296 ATTAAAAATCCAAA-CCTAACTTACCCTAACCTA
          1 ATT-TAATTAAAAACCCTAAC---CCTAAC-CTA

                          *                   
        329 ATTTAATTAAAAACTCTAACCCTAACCTAATTTA
          1 ATTTAATTAAAAACCCTAACCCTAACC-----TA

                                         
        363 ATTTAATTAAAAACCCTAACCCTAACCTA
          1 ATTTAATTAAAAACCCTAACCCTAACCTA

                                         
        392 ATTTAATT--AAA----AACCCTAACCTA
          1 ATTTAATTAAAAACCCTAACCCTAACCTA

               *                          
        415 ATTAAATTAAAAACCCTAAACCCTAACCTA
          1 ATTTAATTAAAAACCCT-AACCCTAACCTA

              *     
        445 ATCTAATT
          1 ATTTAATT

        453 TAATTAAAAC


Statistics
Matches: 144,  Mismatches: 20, Indels: 40
        0.71            0.10        0.20

Matches are distributed among these distances:
  23   19  0.13
  25    3  0.02
  27    5  0.03
  28   32  0.22
  29   17  0.12
  30   21  0.15
  32    9  0.06
  33    9  0.06
  34   29  0.20

ACGTcount: A:0.46, C:0.23, G:0.01, T:0.30


Consensus pattern (29 bp):   
ATTTAATTAAAAACCCTAACCCTAACCTA

Found at i:365 original size:34 final size:34

Alignment explanation


    Indices: 327--469  Score: 140
    Period size: 34  Copynumber: 4.7  Consensus size: 34

        317 TACCCTAACC

                            *                 
        327 TAATTTAATTAAAAACTCTAACCCTAACCTAATT
          1 TAATTTAATTAAAAACCCTAACCCTAACCTAATT

                                              
        361 TAATTTAATTAAAAACCCTAACCCTAACC-----
          1 TAATTTAATTAAAAACCCTAACCCTAACCTAATT

                                              
        390 TAATTTAATT--AAA----AACCCTAACCTAA-T
          1 TAATTTAATTAAAAACCCTAACCCTAACCTAATT

                                              *
        417 T-A---AATTAAAAACCCTAAACCCTAACCTAATC
          1 TAATTTAATTAAAAACCCT-AACCCTAACCTAATT

                                   
        448 TAATTTAATT-AAAACCCTAACC
          1 TAATTTAATTAAAAACCCTAACC

        470 TAATTTGATA


Statistics
Matches: 91,  Mismatches: 2, Indels: 33
        0.72            0.02        0.26

Matches are distributed among these distances:
  23   14  0.15
  25    3  0.03
  26    1  0.01
  27    4  0.04
  29   10  0.11
  30   13  0.14
  31    1  0.01
  32    1  0.01
  33    4  0.04
  34   36  0.40
  35    4  0.04

ACGTcount: A:0.46, C:0.24, G:0.00, T:0.30


Consensus pattern (34 bp):   
TAATTTAATTAAAAACCCTAACCCTAACCTAATT

Found at i:381 original size:23 final size:23

Alignment explanation


    Indices: 380--433  Score: 81
    Period size: 23  Copynumber: 2.3  Consensus size: 23

        370 TAAAAACCCT

                    *              
        380 AACCCTAACCTAATTTAATTAAA
          1 AACCCTAATCTAATTTAATTAAA

                    *      *       
        403 AACCCTAACCTAATTAAATTAAA
          1 AACCCTAATCTAATTTAATTAAA

                    
        426 AACCCTAA
          1 AACCCTAA

        434 ACCCTAACCT


Statistics
Matches: 30,  Mismatches: 1, Indels: 0
        0.97            0.03        0.00

Matches are distributed among these distances:
  23   30  1.00

ACGTcount: A:0.50, C:0.24, G:0.00, T:0.26


Consensus pattern (23 bp):   
AACCCTAATCTAATTTAATTAAA
Done.