Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: scaffold2666

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 530

Length: 884
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.18, T:0.35


Found at i:311 original size:19 final size:19

Alignment explanation


    Indices: 287--436  Score: 237
    Period size: 19  Copynumber: 7.9  Consensus size: 19

        277 AATCTTCAGG

                               
        287 GATATGCAATCTTAGATAT
          1 GATATGCAATCTTAGATAT

                               
        306 GATATGCAATCTTAGATAT
          1 GATATGCAATCTTAGATAT

            *    **            
        325 AATATATAATCTTAGATAT
          1 GATATGCAATCTTAGATAT

                               
        344 GATATGCAATCTTAGATAT
          1 GATATGCAATCTTAGATAT

                 **            
        363 GATATATAATCTTAGATAT
          1 GATATGCAATCTTAGATAT

                               
        382 GATATGCAATCTTAGATAT
          1 GATATGCAATCTTAGATAT

                 **            
        401 GATATATAATCTTAGATAT
          1 GATATGCAATCTTAGATAT

                             
        420 GATATGCAATCTTAGAT
          1 GATATGCAATCTTAGAT

        437 GATATGATTT


Statistics
Matches: 117,  Mismatches: 14, Indels: 0
        0.89            0.11        0.00

Matches are distributed among these distances:
  19  117  1.00

ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.13, T:0.39


Consensus pattern (19 bp):   
GATATGCAATCTTAGATAT

Found at i:337 original size:38 final size:38

Alignment explanation


    Indices: 294--436  Score: 277
    Period size: 38  Copynumber: 3.8  Consensus size: 38

        284 AGGGATATGC

                                           *      
        294 AATCTTAGATATGATATGCAATCTTAGATATAATATAT
          1 AATCTTAGATATGATATGCAATCTTAGATATGATATAT

                                                  
        332 AATCTTAGATATGATATGCAATCTTAGATATGATATAT
          1 AATCTTAGATATGATATGCAATCTTAGATATGATATAT

                                                  
        370 AATCTTAGATATGATATGCAATCTTAGATATGATATAT
          1 AATCTTAGATATGATATGCAATCTTAGATATGATATAT

                                         
        408 AATCTTAGATATGATATGCAATCTTAGAT
          1 AATCTTAGATATGATATGCAATCTTAGAT

        437 GATATGATTT


Statistics
Matches: 104,  Mismatches: 1, Indels: 0
        0.99            0.01        0.00

Matches are distributed among these distances:
  38  104  1.00

ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.13, T:0.39


Consensus pattern (38 bp):   
AATCTTAGATATGATATGCAATCTTAGATATGATATAT

Done.