Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: scaffold2290

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 601

Length: 1002
ACGTcount: A:0.32, C:0.09, G:0.19, T:0.41


Found at i:911 original size:447 final size:446

Alignment explanation


    Indices: 1--1002  Score: 1743
    Period size: 447  Copynumber: 2.2  Consensus size: 446

                                        *            *       *   *           
          1 TTGTAATTATGTTATATGAACTGAGGTACGGGTTTTTTATTGTTATTTTAGACTCATAAAGTTTT
          1 TTGTAATTATGTTATATGAACTGAGGTATGGGTTTTTTATTATTATTTTGGACACATAAAGTTTT

                             *                     *           *             
         66 GGGTTCTTAGTTTTGAAATAAAAAGCTATTATTTCATGCGTGGGTTTAAGCTAACTGAAATGCTA
         66 GGGTTCTTAGTTTTGAATTAAAAA-CTATTATTTCATGCATGGGTTTAAGCAAACTGAAATGCTA

                                         *                                   
        131 TTTTCATTAACAAATGTTCGTTCTAAAGTCACTGTTTATGATTTTCAAACTAAGAAGAAAGGTTT
        130 TTTTCATTAACAAATGTTCGTTCTAAAGTAACTGTTTATGATTTTCAAACTAAGAAGAAAGGTTT

                                                                             
        196 TAATTTTACGTTGCAAATTTTGGAGTGGAACTTCGGTTAACAAAACTTCGAAATCTGTTTTGGTG
        195 TAATTTTACGTTGCAAATTTTGGAGTGGAACTTCGGTTAACAAAACTTCGAAATCTGTTTTGGTG

                                                                          *  
        261 ACAAATTTAATACATGAGCTGTTAATCTGGTTTTAAGTGATAATGAAAATAATGTTTGGAATTCG
        260 ACAAATTTAATACATGAGCTGTTAATCTGGTTTTAAGTGATAATGAAAATAATGTTTGGAATACG

                                                                             
        326 TAAGGTAAATTACTGCTGAATTTTGTTAAAACGAGCAAAGGTGGTTTGAAAAAGGAAATTTCTTA
        325 TAAGGTAAATTACTGCTGAATTTTGTTAAAACGAGCAAAGGTGGTTTGAAAAAGGAAATTTCTTA

             *         *        *                    *    *  *       
        391 TCTTGGTTTAGTTTAATAAAGCTTTTCATAAGTTTATAGAATGTATTTTGAATTAGA
        390 TATTGGTTTAGGTTAATAAAACTTTTCATAAGTTTATAGAAAGTATGTTCAATTAGA

                                 *        *                                  
        448 TTGTAATTATGTTATATGAACAGAGGTATGAGTTTTTTATTATTATTTTGGACACATAAAGTTTT
          1 TTGTAATTATGTTATATGAACTGAGGTATGGGTTTTTTATTATTATTTTGGACACATAAAGTTTT

                    *                                                        
        513 GGGTTCTTTGTTTTGAATTAAAAACTATTATTTCATGCATGGGTTTAAGCAAACTGAAATGCTAT
         66 GGGTTCTTAGTTTTGAATTAAAAACTATTATTTCATGCATGGGTTTAAGCAAACTGAAATGCTAT

                   *                                                         
        578 TTTCATTCACAAATGTTCGTTCTAAAGTAACTGTTTATGATTTTCAAACTAAGAAGAAAGGTTTT
        131 TTTCATTAACAAATGTTCGTTCTAAAGTAACTGTTTATGATTTTCAAACTAAGAAGAAAGGTTTT

            *                      *                                         
        643 GATTTTACGTTGCAAATTTTGGATTGGAACTTCGGTTAACAAAACTTCGAAATCTGTTTTGGTGA
        196 AATTTTACGTTGCAAATTTTGGAGTGGAACTTCGGTTAACAAAACTTCGAAATCTGTTTTGGTGA

                                                                             
        708 CAAATTTAATACATGAGCTGTTAATCTGGTTTTAAGTGATAATGAAAATAATGTTTGGAATACGT
        261 CAAATTTAATACATGAGCTGTTAATCTGGTTTTAAGTGATAATGAAAATAATGTTTGGAATACGT

                                              *              *               
        773 AAGGTAAATTACTGCTGAATTTTGTTAAAAGCGATCAAAGGTGGTTTGACAAAGGAAATTTCTTA
        326 AAGGTAAATTACTGCTGAATTTTGTTAAAA-CGAGCAAAGGTGGTTTGAAAAAGGAAATTTCTTA

                                          *                          
        838 TATTGGTTTAGGTTAATAAAACTTTTCATATGTTTATAGAAAGTATGTTCAATTAGA
        390 TATTGGTTTAGGTTAATAAAACTTTTCATAAGTTTATAGAAAGTATGTTCAATTAGA

                                               *                     *       
        895 TTGTAATTATGTTATATGAACTGAGGTATGGGTTTATTATTATTATTTTGGACACATGAAGTTTT
          1 TTGTAATTATGTTATATGAACTGAGGTATGGGTTTTTTATTATTATTTTGGACACATAAAGTTTT

             *                                         
        960 GTGTTCTTAGTTTTGAATTAAAAACTATTATTTCATGCATGGG
         66 GGGTTCTTAGTTTTGAATTAAAAACTATTATTTCATGCATGGG


Statistics
Matches: 524,  Mismatches: 30, Indels: 2
        0.94            0.05        0.00

Matches are distributed among these distances:
 446  259  0.49
 447  265  0.51

ACGTcount: A:0.32, C:0.09, G:0.19, T:0.41


Consensus pattern (446 bp):   
TTGTAATTATGTTATATGAACTGAGGTATGGGTTTTTTATTATTATTTTGGACACATAAAGTTTT
GGGTTCTTAGTTTTGAATTAAAAACTATTATTTCATGCATGGGTTTAAGCAAACTGAAATGCTAT
TTTCATTAACAAATGTTCGTTCTAAAGTAACTGTTTATGATTTTCAAACTAAGAAGAAAGGTTTT
AATTTTACGTTGCAAATTTTGGAGTGGAACTTCGGTTAACAAAACTTCGAAATCTGTTTTGGTGA
CAAATTTAATACATGAGCTGTTAATCTGGTTTTAAGTGATAATGAAAATAATGTTTGGAATACGT
AAGGTAAATTACTGCTGAATTTTGTTAAAACGAGCAAAGGTGGTTTGAAAAAGGAAATTTCTTAT
ATTGGTTTAGGTTAATAAAACTTTTCATAAGTTTATAGAAAGTATGTTCAATTAGA
Done.