genome.fa.s2879.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold379
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  674618

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7212--7271	15	3.8	15	71	16	50	46	23	1	28	1.62
8741--8940	50	3.9	50	81	6	215	27	21	28	23	1.99
8754--8940	100	1.8	104	82	6	247	26	20	28	23	1.99
8804--8999	50	3.9	49	78	6	162	28	20	26	25	1.99
16415--16552	50	2.8	50	81	0	168	25	23	30	21	1.99
23389--23434	3	15.7	3	90	4	76	36	0	0	63	0.95
35582--35641	18	3.3	18	86	6	77	70	0	8	21	1.14
35583--35639	19	3.2	18	90	5	80	70	0	8	21	1.14
41115--41223	46	2.4	45	81	3	137	46	16	16	20	1.84
41212--41427	45	4.8	45	88	1	308	36	18	19	25	1.95
41211--41466	90	2.8	90	83	4	320	37	17	20	24	1.94
41395--41506	46	2.5	46	83	1	127	45	15	20	18	1.85
41212--41466	135	1.9	135	82	4	318	37	18	20	23	1.94
44379--44420	16	2.7	16	82	10	52	28	4	2	64	1.26
48096--48135	18	2.2	18	100	0	80	20	35	0	45	1.51
49861--49955	47	2.0	48	87	2	138	45	20	21	13	1.85
50812--50857	24	1.9	24	90	0	74	36	15	21	26	1.93
51200--52039	44	17.9	44	66	15	274	30	20	22	26	1.98
51338--52126	44	16.7	47	66	20	278	30	20	22	26	1.98
51198--52118	427	2.1	429	88	1	1292	30	20	22	26	1.98
51190--52092	143	6.3	143	87	1	1285	30	19	22	26	1.98
54061--54102	16	2.7	16	82	10	52	28	4	2	64	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60527--60565	7	5.6	7	84	0	51	33	46	0	20	1.51
60519--60572	21	2.6	21	82	5	65	33	42	0	24	1.55
60540--60574	14	2.5	14	100	0	70	34	45	0	20	1.51
60629--60665	14	2.7	14	91	4	58	27	56	5	10	1.55
60554--60724	88	1.9	90	90	2	274	42	30	1	25	1.63
61177--61215	14	2.7	15	84	11	55	46	28	0	25	1.53
61432--61532	14	7.2	14	71	15	66	45	33	1	18	1.61
61500--61591	22	4.3	22	71	8	64	45	27	2	25	1.65
61779--62070	41	7.1	41	85	3	365	30	27	19	22	1.98
62210--62235	12	2.2	12	100	0	52	46	23	15	15	1.83
67535--67710	87	2.0	87	96	0	325	31	15	11	41	1.83
72442--72474	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
80480--80511	16	2.1	15	94	5	55	34	18	18	28	1.95
82820--82851	11	2.9	11	90	0	55	28	6	0	65	1.16
83363--83438	32	2.3	33	90	4	118	31	3	21	43	1.71
83467--83532	29	2.3	29	86	2	89	31	3	16	48	1.62
86460--86561	54	1.9	54	81	2	125	28	21	14	35	1.93
90654--90722	28	2.5	28	85	0	84	30	15	24	28	1.96
103369--103435	31	2.2	31	86	0	89	26	38	10	23	1.87
103403--103538	62	2.2	62	81	0	155	22	38	13	25	1.91
104716--104823	53	2.0	53	98	0	207	19	22	35	23	1.96
110723--110770	20	2.3	20	86	10	62	31	20	25	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123492--123531	16	2.5	17	92	8	66	45	30	15	10	1.78
123455--123572	54	2.2	54	89	3	175	41	31	15	11	1.83
123508--123668	38	4.2	39	81	4	186	36	29	19	14	1.91
126639--126671	17	2.0	16	94	5	57	45	0	0	54	0.99
136950--137057	53	2.0	54	85	5	148	37	19	19	24	1.94
140693--140730	19	2.1	19	90	5	60	57	7	0	34	1.28
141299--141414	60	1.9	61	85	5	164	25	18	18	37	1.93
141298--141450	60	2.6	59	80	10	161	24	18	17	39	1.91
159112--159155	18	2.4	18	80	3	52	47	15	13	22	1.81
173134--173321	51	3.7	51	86	2	245	25	15	28	30	1.96
188488--188531	22	2.0	22	86	0	61	9	15	27	47	1.76
188625--188826	43	4.7	43	90	2	316	32	28	17	21	1.96
191458--191485	12	2.3	12	100	0	56	75	10	0	14	1.06
191615--191686	20	3.8	18	74	15	58	76	6	4	12	1.13
192793--192864	21	3.4	21	79	9	74	36	36	0	27	1.57
192823--192855	14	2.3	15	89	5	50	39	39	0	21	1.53
193120--193233	7	16.0	7	70	13	54	45	35	0	18	1.50
193121--193234	21	5.3	21	73	9	79	45	35	0	19	1.50
193482--193554	37	1.9	38	88	2	112	32	24	20	21	1.97
193489--194309	114	7.2	114	86	2	1057	27	25	20	25	1.99
207693--207757	32	2.0	32	90	0	103	52	7	33	6	1.55
208614--209427	44	17.8	45	70	12	337	32	19	20	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208940--209444	226	2.2	226	91	1	825	32	20	20	26	1.97
209031--209279	94	2.8	88	73	16	238	30	21	20	27	1.98
210901--211004	52	1.9	53	84	5	138	34	6	3	54	1.45
211137--211161	4	6.2	4	100	0	50	28	0	0	72	0.86
211213--211247	12	2.9	12	88	12	54	8	8	8	74	1.23
211279--211336	3	19.3	3	89	7	91	29	1	1	67	1.11
212137--212307	43	4.0	43	100	0	342	25	11	13	49	1.76
213384--213455	10	7.5	10	73	16	55	62	1	1	34	1.13
213383--213500	9	12.2	9	69	19	53	60	0	4	34	1.22
213407--213464	18	3.2	19	79	13	59	63	1	0	34	1.04
213655--213712	29	2.1	27	84	12	73	32	1	3	62	1.22
213694--213734	16	2.6	16	77	14	57	24	0	0	75	0.80
213840--214069	93	2.5	90	83	6	268	32	10	16	39	1.84
223808--223848	16	2.6	16	77	14	57	24	0	0	75	0.80
223954--224183	93	2.5	90	83	6	268	32	10	16	39	1.84
227100--227152	26	2.0	26	82	7	63	50	13	13	22	1.75
227542--227575	17	2.1	16	88	5	50	8	11	2	76	1.12
230312--230375	20	3.2	19	73	16	58	75	9	4	10	1.19
230311--230403	42	2.1	42	90	7	141	75	8	5	10	1.19
230320--230383	20	3.2	20	78	12	78	76	7	4	10	1.14
230339--230411	20	3.6	19	73	21	67	75	6	6	10	1.19
230358--230437	28	2.8	28	85	9	108	72	7	6	13	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
231311--231349	7	5.4	7	85	14	53	74	0	10	15	1.07
231307--231349	21	2.1	20	91	4	68	76	0	9	13	1.01
232597--232682	44	2.0	44	86	4	120	25	20	25	27	1.99
232623--233149	128	4.1	128	88	1	772	30	20	23	25	1.98
233221--233336	44	2.6	44	74	5	119	27	22	27	22	1.99
234072--234105	17	2.1	16	88	5	50	8	11	2	76	1.12
238891--239086	96	2.1	96	90	2	306	33	17	13	35	1.89
240886--240914	8	3.6	8	100	0	58	75	0	0	24	0.80
243665--243694	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
248110--248176	17	3.4	19	76	19	66	40	2	0	56	1.14
254284--254318	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
254620--254698	9	8.6	9	80	12	63	36	0	1	62	1.04
254617--254699	18	4.6	18	76	18	73	38	0	1	60	1.05
254617--254700	28	3.1	27	73	11	82	39	0	1	59	1.05
254610--254700	48	2.0	45	85	10	121	40	0	1	58	1.05
256671--256896	110	2.1	110	100	0	452	43	9	7	39	1.65
261423--261508	46	1.9	45	92	4	147	23	20	20	34	1.96
266371--266402	7	4.6	7	92	0	55	25	0	3	71	1.00
267144--267256	49	2.3	50	86	6	149	28	15	22	34	1.94
268303--268343	20	2.0	21	86	9	59	48	0	14	36	1.44
273638--274078	221	2.0	221	88	0	648	33	13	20	32	1.92
277391--277739	178	2.0	175	82	5	425	38	11	16	33	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
282886--283004	25	4.8	25	77	8	118	26	23	21	27	1.99
282886--283004	50	2.4	50	84	0	157	26	23	21	27	1.99
282989--283078	41	2.2	41	89	0	135	24	23	26	25	2.00
285064--285116	22	2.4	22	87	3	70	37	13	13	35	1.83
296029--296071	19	2.3	18	84	15	52	20	23	13	41	1.88
297339--297375	17	2.1	18	90	5	58	29	24	0	45	1.53
298131--298160	8	3.6	8	91	8	51	86	0	13	0	0.57
298123--298160	17	2.2	17	90	0	58	84	0	13	2	0.73
298946--299005	5	12.8	5	78	15	58	83	15	1	0	0.73
298943--298996	15	3.5	15	80	12	65	81	16	1	0	0.78

Tables:   1   2   3