Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold3687
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 411
Length: 686
ACGTcount: A:0.29, C:0.09, G:0.22, T:0.40
Found at i:46 original size:29 final size:28
Alignment explanation
Indices: 1--411 Score: 262
Period size: 29 Copynumber: 13.9 Consensus size: 28
1 TAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTATAAT
1 TAAATTAGGTTA-GGTTAGGGTTTATAAT
*
30 TAAATTAGGTTAAGGTTACGGTTTTATAAT
1 TAAATTAGGTT-AGGTTA-GGGTTTATAAT
** * **
60 TAAATTAAATTAGGTTAGGTTAGGTTAGGGTTTT
1 TAAATTAGGTTAGGTTAGG---GTTTA---TAAT
94 ATAATTGAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTATAAT
1 -TAA----ATTAGGTTA-GGTTAGGGTTTATAAT
** * ** *
128 TAAATTAAATTATGTTA-GGTTGGGGT-TT
1 TAAATTAGGTTAGGTTAGGGTT--TATAAT
**
156 TAAATTAAATTAGGTTAGGGTTT-TAAAT
1 TAAATTAGGTTAGGTTAGGGTTTAT-AAT
*
184 TAAATTAGGTTAGG--A--TTTTA-AAT
1 TAAATTAGGTTAGGTTAGGGTTTATAAT
207 TAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTATAAT
1 TAAATTAGGTTA-GGTTAGGGTTTATAAT
236 TAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTATAATTAAAT
1 TAAATTAGGTTA-GGTTAGGG--TT-T-A-T-AAT
271 TAAATTAGGTTAGGTTAGGGTTTTATAAT
1 TAAATTAGGTTAGGTTAGGG-TTTATAAT
*
300 TGAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTATAAT
1 TAAATTAGGTTA-GGTTAGGGTTTATAAT
** * *
329 TAAATTAAATTAGGTTTGGGTTTTTAAT
1 TAAATTAGGTTAGGTTAGGGTTTATAAT
** *
357 TAAATTAAATTAGGTTAGAGTTTAGGTTAAT
1 TAAATTAGGTTAGGTTAGGGTTTA---TAAT
**
388 TAAATTAAATTAGGTTAGGGTTTA
1 TAAATTAGGTTAGGTTAGGGTTTA
412 GGGTCTTCAA
Statistics
Matches: 311, Mismatches: 35, Indels: 70
0.75 0.08 0.17
Matches are distributed among these distances:
23 15 0.05
24 5 0.02
26 3 0.01
27 4 0.01
28 75 0.24
29 89 0.29
30 29 0.09
31 33 0.11
32 2 0.01
33 7 0.02
34 13 0.04
35 18 0.06
37 4 0.01
39 7 0.02
40 7 0.02
ACGTcount: A:0.33, C:0.00, G:0.23, T:0.43
Consensus pattern (28 bp):
TAAATTAGGTTAGGTTAGGGTTTATAAT
Found at i:162 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 132--252 Score: 152
Period size: 23 Copynumber: 5.0 Consensus size: 23
122 TATAATTAAA
** *
132 TTAAATTATGTTAGGTTGGGGTT
1 TTAAATTAAATTAGGTTAGGGTT
155 TTAAATTAAATTAGGTTAGGGTT
1 TTAAATTAAATTAGGTTAGGGTT
*
178 TTAAATTAAATTAGGTTAGGATT
1 TTAAATTAAATTAGGTTAGGGTT
201 TTAAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGT
1 TTAAATTAAATTAGGTTAGGG-T----T
229 TTATAATTAAATTAGGTTAGGGTT
1 TTA-AATTAAATTAGGTTAGGGTT
253 AGGGTTTTAT
Statistics
Matches: 87, Mismatches: 5, Indels: 11
0.84 0.05 0.11
Matches are distributed among these distances:
23 62 0.71
24 2 0.02
28 5 0.06
29 18 0.21
ACGTcount: A:0.32, C:0.00, G:0.24, T:0.44
Consensus pattern (23 bp):
TTAAATTAAATTAGGTTAGGGTT
Found at i:342 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 315--370 Score: 58
Period size: 28 Copynumber: 2.2 Consensus size: 23
305 TAGGTTAGGG
315 TTAGGGTTTATAATTAAATTAAA
1 TTAGGGTTTATAATTAAATTAAA
*
338 TTAGGTTTGGGTTTTTAATTAAATTAAA
1 TTA-----GGGTTTATAATTAAATTAAA
366 TTAGG
1 TTAGG
371 TTAGAGTTTA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 1, Indels: 10
0.71 0.03 0.26
Matches are distributed among these distances:
23 5 0.19
28 22 0.81
ACGTcount: A:0.36, C:0.00, G:0.18, T:0.46
Consensus pattern (23 bp):
TTAGGGTTTATAATTAAATTAAA
Found at i:362 original size:201 final size:202
Alignment explanation
Indices: 1--379 Score: 613
Period size: 201 Copynumber: 1.9 Consensus size: 202
1 TAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTATAATTAAATTAGGTTAAGGTTACGGTTTTATAATTAAATT
1 TAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTATAATTAAATTAGGTTAAGGTTACGGTTTTATAATTAAATT
66 AAATTAGGTTAGGTTAGGTTAGGGTTTTATAATTGAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTATAATTAA
66 AAA-TA-GTTAGGTTAGGTTAGGGTTTTATAATTGAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTATAATTAA
* *
131 ATTAAATTATGTTAGGTTGGGGTTTTAAATTAAATTAGGTTAGGGTTTTAAATTAAATTAGGTTA
129 ATTAAATTAGGTTAGGTT--GGTTTTAAATTAAATTAGGTTAGAGTTTTAAATTAAATTAGGTTA
196 GGATTTTAAAT
192 GGATTTTAAAT
* *
207 TAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTATAATTAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTTATAATTAAATT
1 TAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTATAATTAAATTAGGTTAAGGTTACGGTTTTATAATTAAATT
272 -AA-A-TTAGGTTAGGTTAGGGTTTTATAATTGAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTATAATTAAAT
66 AAATAGTTAGGTTAGGTTAGGGTTTTATAATTGAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTATAATTAAAT
* *
334 TAAATTAGGTTTGGGTT-TTTAATTAAATTAAATTAGGTTAGAGTTT
131 TAAATTAGG-TTAGGTTGGTT--TTAAATTAAATTAGGTTAGAGTTT
380 AGGTTAATTA
Statistics
Matches: 164, Mismatches: 6, Indels: 11
0.91 0.03 0.06
Matches are distributed among these distances:
199 2 0.01
201 90 0.55
202 6 0.04
203 1 0.01
205 2 0.01
206 63 0.38
ACGTcount: A:0.33, C:0.00, G:0.23, T:0.44
Consensus pattern (202 bp):
TAAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTATAATTAAATTAGGTTAAGGTTACGGTTTTATAATTAAATT
AAATAGTTAGGTTAGGTTAGGGTTTTATAATTGAATTAGGTTAGGGTTAGGGTTTATAATTAAAT
TAAATTAGGTTAGGTTGGTTTTAAATTAAATTAGGTTAGAGTTTTAAATTAAATTAGGTTAGGAT
TTTAAAT
Done.