Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: scaffold1378

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 1885
ACGTcount: A:0.30, C:0.09, G:0.17, T:0.29

Warning! 286 characters in sequence are not A, C, G, or T


Found at i:1164 original size:516 final size:516

Alignment explanation


    Indices: 534--1885  Score: 2175
    Period size: 516  Copynumber: 2.6  Consensus size: 516

        524 NNNNNNNNNN

                                                                   *         
        534 AGAGTTTGAAATGATACGAAATCGGTAAAAGAACCTGTATGAATTT-TACAAATGTTTTAGATAA
          1 AGAGTTTGAAATGATACGAAATCGGTAAAAGAACCTGTATGAATTTAT-CAAATGGTTTAGATAA

                                                                             
        598 GAATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAAGAAAAATGAGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATG
         65 GAATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAAGAAAAATGAGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATG

                          *  *   *           *    *             *            
        663 GTTGAGATCCAGCAGAACTTAAGGATTCTCGACGGCTCCAGTGAGCAGTATCAGATCATTATATA
        130 GTTGAGATCCAGCACAAATTATGGATTCTCGACAGCTCGAGTGAGCAGTATCGGATCATTATATA

             **                         *        *  *                        
        728 GTGATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAACGTTCTAGTTCCCGTTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAA
        195 GCAATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAACTTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAA

            *    *          *                          *  *              * * 
        793 ATTACCGCATTTTCGTATTATATTTTAATTGTGTTTTTGTATAGATTTTAAATATATATAATTGT
        260 GTTACTGCATTTTCGTGTTATATTTTAATTGTGTTTTTGTATATATATTAAATATATATAACTCT

                                                         *          *      * 
        858 AGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCATAAAATAATAAATACTTGATAAATATGA
        325 AGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCATAAAATAAGAAATACTTGAGAAATATAA

                          *                  *                         *     
        923 AGAGATTCATGACATTGAATGGATGTGGGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGTTGATG
        390 AGAGATTCATGACAATGAATGGATGTGGGAATGCTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGATGATG

                                    *                       *  *      *   
        988 TTGCAAATTTAAAATGTATAGAGACTTGTTATTCAAAATAACTAATATGTGTATACAATTAA
        455 TTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTATTCAAAATAACTAATATATGCATACAACTAA

                                  *              *           *               
       1050 AGAGTTTGAAATGATACGAAATTGGTAAAAGAACCTGCATGAATTTATCGAATGGTTTAGATAAG
          1 AGAGTTTGAAATGATACGAAATCGGTAAAAGAACCTGTATGAATTTATCAAATGGTTTAGATAAG

              *                        *        *                            
       1115 AAAGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAGGAAAAATGGGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGG
         66 AATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAAGAAAAATGAGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGG

                               *             *     *                *        
       1180 TTGAGATCCAGCACAAATTGTGGATTCTCGACAACTCGACTGAGCAGTATCGGATCTTTATATAG
        131 TTGAGATCCAGCACAAATTATGGATTCTCGACAGCTCGAGTGAGCAGTATCGGATCATTATATAG

                                  *            *                             
       1245 CAATCTGTGATGATTAGTCCCTAAAACTTTCTAGTAGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAG
        196 CAATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAACTTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAG

                                            *                                
       1310 TTACTGCATTTTCGTGTTATATTTTAATTGTGCTTTTGTATATATATTAAATATATATAACTCTA
        261 TTACTGCATTTTCGTGTTATATTTTAATTGTGTTTTTGTATATATATTAAATATATATAACTCTA

                                               *           *                 
       1375 GATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCGTAAAATAAGAACTACTTGAGAAATATAAA
        326 GATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCATAAAATAAGAAATACTTGAGAAATATAAA

             *                                                   *           
       1440 GTGATTCATGACAATGAATGGATGTGGGAATGCTATGTTGTTGGATAGCATGTTTATGATGATGT
        391 GAGATTCATGACAATGAATGGATGTGGGAATGCTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGATGATGT

              * **                                       *        *      
       1505 TGGAGGTTTAAAATGTATAGAGAATTGTTATTCAAAATAACTAATGTATGCATAGAACTAA
        456 TGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTATTCAAAATAACTAATATATGCATACAACTAA

                                                           *                 
       1566 AGAGTTTGAAATGATACGAAATCGGTAAAAGAACCTGTATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAG
          1 AGAGTTTGAAATGATACGAAATCGGTAAAAGAACCTGTATGAATTTATCAAATGGTTTAGATAAG

                           *                                                 
       1631 AATGGAAAGTGATTACGGTTATAAAAAAGAAAAATGAGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGG
         66 AATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAAGAAAAATGAGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGG

                                     *                                       
       1696 TTGAGATCCAGCACAAATTATGGATACTCGACAGCTCGAGTGAGCAGTATCGGATCATTATATAG
        131 TTGAGATCCAGCACAAATTATGGATTCTCGACAGCTCGAGTGAGCAGTATCGGATCATTATATAG

                         *                                                   
       1761 CAATCTGTGATGACTAGTCCCTGAAACTTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAG
        196 CAATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAACTTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAG

                   *           *                                        
       1826 TTACTGCGTTTTCGTGTTACATTTTAATTGTGTTTTTGTATATATATTAAATATATATAA
        261 TTACTGCATTTTCGTGTTATATTTTAATTGTGTTTTTGTATATATATTAAATATATATAA


Statistics
Matches: 765,  Mismatches: 70, Indels: 2
        0.91            0.08        0.00

Matches are distributed among these distances:
 516  764  1.00
 517    1  0.00

ACGTcount: A:0.35, C:0.10, G:0.20, T:0.35


Consensus pattern (516 bp):   
AGAGTTTGAAATGATACGAAATCGGTAAAAGAACCTGTATGAATTTATCAAATGGTTTAGATAAG
AATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAAGAAAAATGAGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGG
TTGAGATCCAGCACAAATTATGGATTCTCGACAGCTCGAGTGAGCAGTATCGGATCATTATATAG
CAATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAACTTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAG
TTACTGCATTTTCGTGTTATATTTTAATTGTGTTTTTGTATATATATTAAATATATATAACTCTA
GATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCATAAAATAAGAAATACTTGAGAAATATAAA
GAGATTCATGACAATGAATGGATGTGGGAATGCTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGATGATGT
TGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTATTCAAAATAACTAATATATGCATACAACTAA
Done.