Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold444
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 237768
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.16, T:0.33
Warning! 4151 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 2 of 2
Found at i:234555 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 234504--234716 Score: 112
Period size: 25 Copynumber: 8.0 Consensus size: 25
234494 ATTTGTATTT
* *
234504 TATGTAAGTTATTTATTATGTATGC
1 TATGTAAGTTATGTATTATGTAAGC
234529 TATGTAAGTTATGTATTATGTAAGC
1 TATGTAAGTTATGTATTATGTAAGC
* *
234554 TATGTCATAGACTTTTTTATGTAAGTGTAAGC
1 TATGT-A-AG--TTATGTAT-T-A-TGTAAGC
* ***
234586 TATGTATCA-TGTAAGCTATGTAAGTTGTATTT
1 TATGTA--AGT-TATG-TAT-T-A--TGTAAGC
* *
234618 TATTTAAGTTATTTATTATGTAAGC
1 TATGTAAGTTATGTATTATGTAAGC
*
234643 TATGTAAGTTGTGTATTATGTAAGC
1 TATGTAAGTTATGTATTATGTAAGC
*
234668 TATGT-A-TTATGTTAGTTATGTAAGT
1 TATGTAAGTTATG-TA-TTATGTAAGC
234693 TATGT-A-TTATGTATGTTATGTAAG
1 TATGTAAGTTATGTA--TTATGTAAG
234717 TTGTGTAGAA
Statistics
Matches: 150, Mismatches: 23, Indels: 30
0.74 0.11 0.15
Matches are distributed among these distances:
23 4 0.03
24 5 0.03
25 89 0.59
26 1 0.01
27 3 0.02
28 1 0.01
29 10 0.07
30 5 0.03
31 10 0.07
32 22 0.15
ACGTcount: A:0.29, C:0.04, G:0.19, T:0.48
Consensus pattern (25 bp):
TATGTAAGTTATGTATTATGTAAGC
Found at i:234608 original size:114 final size:114
Alignment explanation
Indices: 234465--234672 Score: 353
Period size: 114 Copynumber: 1.8 Consensus size: 114
234455 ATATAAGTTA
* * * *
234465 TGTAAGTTACGTATTATGTAAGCTATGTAATTTGTATTTTATGTAAGTTATTTATTATGTATGCT
1 TGTAAGCTACGTATCATGTAAGCTATGTAAGTTGTATTTTATGTAAGTTATTTATTATGTAAGCT
234530 ATGTAAGTTATGTATTATGTAAGCTATGTCATAGACTTTTTTATGTAAG
66 ATGTAAGTTATGTATTATGTAAGCTATGTCATAGACTTTTTTATGTAAG
* *
234579 TGTAAGCTATGTATCATGTAAGCTATGTAAGTTGTATTTTATTTAAGTTATTTATTATGTAAGCT
1 TGTAAGCTACGTATCATGTAAGCTATGTAAGTTGTATTTTATGTAAGTTATTTATTATGTAAGCT
*
234644 ATGTAAGTTGTGTATTATGTAAGCTATGT
66 ATGTAAGTTATGTATTATGTAAGCTATGT
234673 ATTATGTTAG
Statistics
Matches: 87, Mismatches: 7, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
114 87 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.05, G:0.18, T:0.48
Consensus pattern (114 bp):
TGTAAGCTACGTATCATGTAAGCTATGTAAGTTGTATTTTATGTAAGTTATTTATTATGTAAGCT
ATGTAAGTTATGTATTATGTAAGCTATGTCATAGACTTTTTTATGTAAG
Found at i:234614 original size:16 final size:15
Alignment explanation
Indices: 234571--234610 Score: 55
Period size: 16 Copynumber: 2.6 Consensus size: 15
234561 TAGACTTTTT
234571 TATGTAAGTGTAAGC
1 TATGTAAGTGTAAGC
234586 TATGTATCA-TGTAAGC
1 TATGTA--AGTGTAAGC
234602 TATGTAAGT
1 TATGTAAGT
234611 TGTATTTTAT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 6
0.79 0.00 0.21
Matches are distributed among these distances:
14 1 0.05
15 7 0.32
16 13 0.59
17 1 0.05
ACGTcount: A:0.33, C:0.07, G:0.23, T:0.38
Consensus pattern (15 bp):
TATGTAAGTGTAAGC
Found at i:234651 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 234579--234714 Score: 164
Period size: 41 Copynumber: 3.3 Consensus size: 41
234569 TTTATGTAAG
* *
234579 TGTAAGCTATGTATCATGTAAGCTATGTAAGTTGTATTTTA
1 TGTAAGCTATGTATTATGTAAGCTATGTAAGTTGTATATTA
* * * *
234620 TTTAAGTTATTTATTATGTAAGCTATGTAAGTTGTGTATTA
1 TGTAAGCTATGTATTATGTAAGCTATGTAAGTTGTATATTA
* * * *
234661 TGTAAGCTATGTATTATGTTAGTTATGTAAGTTATGTATTA
1 TGTAAGCTATGTATTATGTAAGCTATGTAAGTTGTATATTA
* *
234702 TGTATGTTATGTA
1 TGTAAGCTATGTA
234715 AGTTGTGTAG
Statistics
Matches: 81, Mismatches: 14, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
41 81 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.04, G:0.19, T:0.49
Consensus pattern (41 bp):
TGTAAGCTATGTATTATGTAAGCTATGTAAGTTGTATATTA
Found at i:234664 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 234633--234886 Score: 99
Period size: 16 Copynumber: 14.9 Consensus size: 17
234623 AAGTTATTTA
*
234633 TTATGTAAGCTATGTAAG
1 TTATGT-AGTTATGTAAG
*
234651 TTGTGTA-TTATGTAAG
1 TTATGTAGTTATGTAAG
* *
234667 CTATGTA-TTATGTTAG
1 TTATGTAGTTATGTAAG
234683 TTATGTAAGTTATGT-A-
1 TTATGT-AGTTATGTAAG
234699 TTATGTATGTTATGTAAG
1 TTATGTA-GTTATGTAAG
* *
234717 TTGTGTAG-AATGTAAG
1 TTATGTAGTTATGTAAG
* * *
234733 CTATCTAAGTTATGTGAG
1 TTATGT-AGTTATGTAAG
234751 TTA--TA--TATGTAAG
1 TTATGTAGTTATGTAAG
234764 TTATGTA-TAATAT-TAA-
1 TTATGTAGT--TATGTAAG
* *
234780 TTAATCGGCCAAGTTGTG-AA-
1 TT-AT--G--TAGTTATGTAAG
* *
234800 TAATGTAAGTTATGAAAG
1 TTATGT-AGTTATGTAAG
234818 TTATGTA-TTATGTAAG
1 TTATGTAGTTATGTAAG
*
234834 TTATTTAAGTTATGTAATAAG
1 TTATGT-AGTTATG---TAAG
*
234855 TTGTGTA-TTATGTAAG
1 TTATGTAGTTATGTAAG
*
234871 TTATTTAAGTTATGTA
1 TTATGT-AGTTATGTA
234887 TTACGAAATT
Statistics
Matches: 180, Mismatches: 27, Indels: 58
0.68 0.10 0.22
Matches are distributed among these distances:
13 10 0.06
15 4 0.02
16 79 0.44
17 18 0.10
18 45 0.25
19 8 0.04
20 6 0.03
21 9 0.05
22 1 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.03, G:0.20, T:0.45
Consensus pattern (17 bp):
TTATGTAGTTATGTAAG
Found at i:234717 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 234517--234849 Score: 81
Period size: 25 Copynumber: 13.1 Consensus size: 25
234507 GTAAGTTATT
* *
234517 TATTATGTATGCTATGTAAGTTATG
1 TATTATGTAAGTTATGTAAGTTATG
*
234542 TATTATGTAAGCTATGTCATAGACTT-T-
1 TATTATGTAAGTTATGT-A-AG--TTATG
*
234569 T-TTATGTAAG---TGTAAGCTATG
1 TATTATGTAAGTTATGTAAGTTATG
* * * *
234590 TATCATGTAAGCTATGTAAGTTGTA
1 TATTATGTAAGTTATGTAAGTTATG
* * *
234615 TTTTATTTAAGTTAT-TTA-TTATG
1 TATTATGTAAGTTATGTAAGTTATG
* *
234638 TAAGCTATGTAAGTTGTGT-A-TTATG
1 T-A-TTATGTAAGTTATGTAAGTTATG
* *
234663 TAAGCTATGT-A-TTATGTTAGTTATG
1 T-A-TTATGTAAGTTATGTAAGTTATG
*
234688 TAAGTTATGT-A-TTATGTATGTTATG
1 T-A-TTATGTAAGTTATGTAAGTTATG
* * * *
234713 TAAGTTGTGT-AG-AATGTAAGCTATC
1 T-A-TTATGTAAGTTATGTAAGTTATG
*
234738 TAAGTTATGTGAGTTATATATGTAAGTTATG
1 T-A-TTATGTAAG---T-TATGTAAGTTATG
* *
234769 TATAATAT-TAA-TTAATCGGCCAAGTTGTG
1 TAT--TATGTAAGTT-AT--G-TAAGTTATG
* * *
234798 AATAATGTAAGTTATGAAAGTTATG
1 TATTATGTAAGTTATGTAAGTTATG
*
234823 TATTATGTAAGTTATTTAAGTTATG
1 TATTATGTAAGTTATGTAAGTTATG
234848 TA
1 TA
234850 ATAAGTTGTG
Statistics
Matches: 237, Mismatches: 41, Indels: 60
0.70 0.12 0.18
Matches are distributed among these distances:
19 1 0.00
20 1 0.00
21 3 0.01
22 9 0.04
23 12 0.05
24 4 0.02
25 147 0.62
26 17 0.07
27 5 0.02
28 7 0.03
29 14 0.06
30 3 0.01
31 14 0.06
ACGTcount: A:0.31, C:0.04, G:0.19, T:0.45
Consensus pattern (25 bp):
TATTATGTAAGTTATGTAAGTTATG
Found at i:234723 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 234432--234886 Score: 176
Period size: 9 Copynumber: 53.3 Consensus size: 9
234422 TTTGTATTAA
*
234432 GTAAATTAT
1 GTAAGTTAT
234441 GTAAGTTAT
1 GTAAGTTAT
234450 GT-A-TTAT
1 GTAAGTTAT
*
234457 ATAAGTTAT
1 GTAAGTTAT
*
234466 GTAAGTTAC
1 GTAAGTTAT
234475 GT-A-TTAT
1 GTAAGTTAT
*
234482 GTAAGCTAT
1 GTAAGTTAT
234491 GTAA-TT-T
1 GTAAGTTAT
**
234498 GTATTTTAT
1 GTAAGTTAT
234507 GTAAGTTAT
1 GTAAGTTAT
*
234516 -TTA-TTAT
1 GTAAGTTAT
* *
234523 GTATGCTAT
1 GTAAGTTAT
234532 GTAAGTTAT
1 GTAAGTTAT
234541 GT-A-TTAT
1 GTAAGTTAT
*
234548 GTAAGCTAT
1 GTAAGTTAT
*
234557 GTCATAGACTTTT
1 GT-A-AG--TTAT
* * *
234570 TTATGTAAGT
1 GTAAGTTA-T
*
234580 GTAAGCTAT
1 GTAAGTTAT
*
234589 GT-A-TCAT
1 GTAAGTTAT
*
234596 GTAAGCTAT
1 GTAAGTTAT
234605 GTAAG-T-T
1 GTAAGTTAT
**
234612 GTATTTTAT
1 GTAAGTTAT
*
234621 TTAAGTTAT
1 GTAAGTTAT
*
234630 -TTA-TTAT
1 GTAAGTTAT
*
234637 GTAAGCTAT
1 GTAAGTTAT
*
234646 GTAAGTTGT
1 GTAAGTTAT
234655 GT-A-TTAT
1 GTAAGTTAT
*
234662 GTAAGCTAT
1 GTAAGTTAT
234671 GT-A-TTAT
1 GTAAGTTAT
*
234678 GTTAGTTAT
1 GTAAGTTAT
234687 GTAAGTTAT
1 GTAAGTTAT
234696 GT-A-TTAT
1 GTAAGTTAT
*
234703 GTATGTTAT
1 GTAAGTTAT
*
234712 GTAAGTTGT
1 GTAAGTTAT
*
234721 GT-AG-AAT
1 GTAAGTTAT
*
234728 GTAAGCTAT
1 GTAAGTTAT
*
234737 CTAAGTTAT
1 GTAAGTTAT
*
234746 GTGAGTTA-
1 GTAAGTTAT
234754 -T-A--TAT
1 GTAAGTTAT
234759 GTAAGTTAT
1 GTAAGTTAT
*
234768 GTATA-ATAT
1 GTA-AGTTAT
234777 -TAA-TTAAT
1 GTAAGTT-AT
* *
234785 CGGCCAAGTTGT
1 --G-TAAGTTAT
*
234797 G-AA-TAAT
1 GTAAGTTAT
234804 GTAAGTTAT
1 GTAAGTTAT
*
234813 GAAAGTTAT
1 GTAAGTTAT
234822 GT-A-TTAT
1 GTAAGTTAT
234829 GTAAGTTAT
1 GTAAGTTAT
*
234838 TTAAGTTAT
1 GTAAGTTAT
*
234847 GTAATAAGTTGT
1 G---TAAGTTAT
234859 GT-A-TTAT
1 GTAAGTTAT
234866 GTAAGTTAT
1 GTAAGTTAT
*
234875 TTAAGTTAT
1 GTAAGTTAT
234884 GTA
1 GTA
234887 TTACGAAATT
Statistics
Matches: 326, Mismatches: 70, Indels: 100
0.66 0.14 0.20
Matches are distributed among these distances:
4 2 0.01
6 2 0.01
7 73 0.22
8 41 0.13
9 180 0.55
10 8 0.02
11 3 0.01
12 12 0.04
13 5 0.02
ACGTcount: A:0.32, C:0.04, G:0.19, T:0.46
Consensus pattern (9 bp):
GTAAGTTAT
Found at i:234862 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 234815--234886 Score: 135
Period size: 37 Copynumber: 1.9 Consensus size: 37
234805 TAAGTTATGA
234815 AAGTTATGTATTATGTAAGTTATTTAAGTTATGTAAT
1 AAGTTATGTATTATGTAAGTTATTTAAGTTATGTAAT
*
234852 AAGTTGTGTATTATGTAAGTTATTTAAGTTATGTA
1 AAGTTATGTATTATGTAAGTTATTTAAGTTATGTA
234887 TTACGAAATT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
37 34 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.00, G:0.18, T:0.49
Consensus pattern (37 bp):
AAGTTATGTATTATGTAAGTTATTTAAGTTATGTAAT
Found at i:235258 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 235233--235301 Score: 67
Period size: 24 Copynumber: 3.3 Consensus size: 22
235223 ACTTTAAAAC
235233 AAATAAAAAATTACTTTGAATT
1 AAATAAAAAATTACTTTGAATT
235255 AAAT--AAAA-TA-TTT-AATT
1 AAATAAAAAATTACTTTGAATT
* *
235272 ATATAAATTAAATAACTTTGAATT
1 AAATAAA--AAATTACTTTGAATT
235296 AAATAA
1 AAATAA
235302 CTTTGAATTC
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 3, Indels: 12
0.71 0.06 0.23
Matches are distributed among these distances:
17 7 0.19
18 3 0.08
19 3 0.08
20 4 0.11
21 3 0.08
22 5 0.14
23 3 0.08
24 9 0.24
ACGTcount: A:0.57, C:0.03, G:0.03, T:0.38
Consensus pattern (22 bp):
AAATAAAAAATTACTTTGAATT
Found at i:235297 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 235277--235310 Score: 68
Period size: 15 Copynumber: 2.3 Consensus size: 15
235267 TAATTATATA
235277 AATTAAATAACTTTG
1 AATTAAATAACTTTG
235292 AATTAAATAACTTTG
1 AATTAAATAACTTTG
235307 AATT
1 AATT
235311 CATAAAATAT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 19 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.06, G:0.06, T:0.41
Consensus pattern (15 bp):
AATTAAATAACTTTG
Found at i:237722 original size:114 final size:114
Alignment explanation
Indices: 237412--237766 Score: 469
Period size: 114 Copynumber: 3.1 Consensus size: 114
237402 AGGTATATTA
* * *
237412 GAATTAGTGGCGCTTTATGGAAACGCCGCAAAAGTATACTATTAGTGTCGCTTTCTTAGAAGCGC
1 GAATTAGTGGCGCTTTACGGAAACGCCGCAAAAGTATACTATTAGCGGCGCTTTCTTAGAAGCGC
* *
237477 CGCAAGATATATTAACGGAAACGCTGCGTTTAAAACTTGATGTATACTG
66 CGCAAGATATATTAACCGAAACGCTGCGTTTAAATCTTGATGTATACTG
* * * * * * * *
237526 GAGTTACTGGCG-TTTAGGAGAAATCGCCGCTAAATTATATTATTAGCAGCGCTTTATTAGAAGC
1 GAATTAGTGGCGCTTTACG-GAAA-CGCCGCAAAAGTATACTATTAGCGGCGCTTTCTTAGAAGC
* * * * *
237590 GCCGCAAGATATATTAACCTAAACGCTGCGTTTAGATCTTAACGTATACTT
64 GCCGCAAGATATATTAACCGAAACGCTGCGTTTAAATCTTGATGTATACTG
* * * *
237641 GAATTAGTGGCGCTTTCCGTAAACGCCGCAAAAGTATACTATTAGCGGCGCTTTCTTATAAGCGT
1 GAATTAGTGGCGCTTTACGGAAACGCCGCAAAAGTATACTATTAGCGGCGCTTTCTTAGAAGCGC
* *
237706 CGCAATATATATTAACCGAAACGCTGTGTTTAAATCTTGATGTATACTG
66 CGCAAGATATATTAACCGAAACGCTGCGTTTAAATCTTGATGTATACTG
237755 GAATTAGTGGCG
1 GAATTAGTGGCG
237767 TT
Statistics
Matches: 202, Mismatches: 36, Indels: 6
0.83 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
113 5 0.02
114 103 0.51
115 90 0.45
116 4 0.02
ACGTcount: A:0.30, C:0.18, G:0.22, T:0.30
Consensus pattern (114 bp):
GAATTAGTGGCGCTTTACGGAAACGCCGCAAAAGTATACTATTAGCGGCGCTTTCTTAGAAGCGC
CGCAAGATATATTAACCGAAACGCTGCGTTTAAATCTTGATGTATACTG
Done.