Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold1841
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.10, T:0.44
Found at i:284 original size:153 final size:151
Alignment explanation
Indices: 1--691 Score: 980
Period size: 153 Copynumber: 4.5 Consensus size: 151
* * *
1 TTATATTTGAAATGTATTAATTTAGTGTATTTTTTAAATAAA-TTAAAAAAATCCTTATTTCGGC
1 TTATGTTTGAAATGTATTAATTTACTGTATTTTTTAAATAAATTTAAAAAAACCCTTATTTCGGC
* * * * *
65 CATTTGTTAGTATTTTTTTCCCGGATTTTATTACTTTAAATAAAAATATATTATTTTCGT-ATTT
66 C-TTTGTTCGTATTTTTTCCCCAGAGTTTATTACTTT-AA-AAAAATATACTATTTTC-TAATTT
129 TATTATTTTACATTATTTTAGTACA
127 TATTATTTTACATTATTTTAGTACA
* **
154 TCATGTTTGAAATGTATTAATTTACTGCGTTTTTTAAATAAATTTTAAAAAAACCCTTATTTCGG
1 TTATGTTTGAAATGTATTAATTTACTGTATTTTTTAAATAAA-TTTAAAAAAACCCTTATTTCGG
* * * * * *
219 TCCTTTGTTTGTATTTTTCCCCCACAGTTTATTACTTTAACAAATTATACTATTTTATAATTTTA
65 -CCTTTGTTCGTATTTTTTCCCCAGAGTTTATTACTTTAAAAAAATATACTATTTTCTAATTTTA
*
284 TTATTTTATATTATTTTAGTACA
129 TTATTTTACATTATTTTAGTACA
307 TTATGTTTGAAATGTATTAATTTACCTG--TTTTTTAAATAAATTT-AAAAAACCCTTATTTCGG
1 TTATGTTTGAAATGTATTAATTTA-CTGTATTTTTTAAATAAATTTAAAAAAACCCTTATTTCGG
369 CCCTTTGTTCGTATTTTTTCCCCAGAGTTTATTACTTTAAAAAAATATACTATTTTCTAATTTTA
65 -CCTTTGTTCGTATTTTTTCCCCAGAGTTTATTACTTTAAAAAAATATACTATTTTCTAATTTTA
*
434 TTATTTTACATTATTTTAGTAAA
129 TTATTTTACATTATTTTAGTACA
* *
457 TTAAGTTTGAAATGTATTAATTTACTATATTTTTTAAATAAATTTAAAAAAAACCCTTATTTCGG
1 TTATGTTTGAAATGTATTAATTTACTGTATTTTTTAAATAAATTT-AAAAAAACCCTTATTTCGG
* * * *
522 CCATTTGTTTGTATTTTTTTCTCCGGATTTTATTACTTT-AAAAAATATACTATTTTCTAATTTT
65 CC-TTTGTTCGTA-TTTTTTCCCCAGAGTTTATTACTTTAAAAAAATATACTATTTTCTAATTTT
586 ATTATTTTACATTATTTTAGTACA
128 ATTATTTTACATTATTTTAGTACA
* * *
610 TTATGTTTGAAATGTATTAATTTACTGTATTTTTTAAATAAAATTAAAAAAACCCTTATTCTTGC
1 TTATGTTTGAAATGTATTAATTTACTGTATTTTTTAAATAAATTTAAAAAAACCCTTATT-TCGG
675 CCTTTGTTCGTATTTTT
65 CCTTTGTTCGTATTTTT
692 AAGGGTTTTT
Statistics
Matches: 486, Mismatches: 40, Indels: 26
0.88 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
149 2 0.00
150 120 0.25
151 24 0.05
152 40 0.08
153 222 0.46
154 27 0.06
155 49 0.10
156 2 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.11, G:0.07, T:0.51
Consensus pattern (151 bp):
TTATGTTTGAAATGTATTAATTTACTGTATTTTTTAAATAAATTTAAAAAAACCCTTATTTCGGC
CTTTGTTCGTATTTTTTCCCCAGAGTTTATTACTTTAAAAAAATATACTATTTTCTAATTTTATT
ATTTTACATTATTTTAGTACA
Found at i:585 original size:303 final size:305
Alignment explanation
Indices: 1--691 Score: 1027
Period size: 303 Copynumber: 2.3 Consensus size: 305
* * *
1 TTATATTTGAAATGTATTAATTTAGTGTATTTTTTAAATAAATTAAAAAAATCCTTATTTCGGCC
1 TTATGTTTGAAATGTATTAATTTACTG-ATTTTTTAAATAAATTAAAAAAACCCTTATTTCGGCC
* * * * * *
66 ATTTGTTAGTATTTTTTTCCCGGATTTTATTACTTTAAATAAAAATATATTATTTTCGTATTTTA
65 CTTTGTTCGTATTTTTTCCCCAGAGTTTATTACTTTAAATAAAAATATACTATTTTCGTATTTTA
* * * *
131 TTATTTTACATTATTTTAGTACATCATGTTTGAAATGTATTAATTTACTGCGTTTTTTAAATAAA
130 TTATTTTACATTATTTTAGTAAATCAAGTTTGAAATGTATTAATTTACTACATTTTTTAAATAAA
*
196 TTTTAAAAAAACCCTTATTTCGGTCCTTTGTTTGTATTTTTCCCCCACAGTTTATTACTTTAACA
195 TTTAAAAAAAACCCTTATTTCGGTCCTTTGTTTGTATTTTTCCCCCACAGTTTATTACTTTAACA
* *
261 AATTATACTATTTTATAATTTTATTATTTTATATTATTTTAGTACA
260 AAATATACTATTTTATAATTTTATTATTTTACATTATTTTAGTACA
*
307 TTATGTTTGAAATGTATTAATTTACCTG-TTTTTTAAATAAATTTAAAAAACCCTTATTTCGGCC
1 TTATGTTTGAAATGTATTAATTTA-CTGATTTTTTAAATAAATTAAAAAAACCCTTATTTCGGCC
371 CTTTGTTCGTATTTTTTCCCCAGAGTTTATTACTTT-AA-AAAAATATACTATTTTC-TAATTTT
65 CTTTGTTCGTATTTTTTCCCCAGAGTTTATTACTTTAAATAAAAATATACTATTTTCGT-ATTTT
* *
433 ATTATTTTACATTATTTTAGTAAATTAAGTTTGAAATGTATTAATTTACTATATTTTTTAAATAA
129 ATTATTTTACATTATTTTAGTAAATCAAGTTTGAAATGTATTAATTTACTACATTTTTTAAATAA
* * ** *
498 ATTTAAAAAAAACCCTTATTTCGG-CCATTTGTTTGTATTTTTTTCTCCGGATTTTATTACTTTA
194 ATTTAAAAAAAACCCTTATTTCGGTCC-TTTGTTTGTA-TTTTTCCCCCACAGTTTATTACTTTA
*
562 A-AAAATATACTATTTTCTAATTTTATTATTTTACATTATTTTAGTACA
257 ACAAAATATACTATTTTATAATTTTATTATTTTACATTATTTTAGTACA
*
610 TTATGTTTGAAATGTATTAATTTACTGTATTTTTTAAATAAAATTAAAAAAACCCTTA-TTCTTG
1 TTATGTTTGAAATGTATTAATTTACTG-ATTTTTTAAAT-AAATTAAAAAAACCCTTATTTC-GG
674 CCCTTTGTTCGTATTTTT
63 CCCTTTGTTCGTATTTTT
692 AAGGGTTTTT
Statistics
Matches: 350, Mismatches: 27, Indels: 17
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
302 6 0.02
303 181 0.52
304 37 0.11
305 101 0.29
306 23 0.07
307 2 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.11, G:0.07, T:0.51
Consensus pattern (305 bp):
TTATGTTTGAAATGTATTAATTTACTGATTTTTTAAATAAATTAAAAAAACCCTTATTTCGGCCC
TTTGTTCGTATTTTTTCCCCAGAGTTTATTACTTTAAATAAAAATATACTATTTTCGTATTTTAT
TATTTTACATTATTTTAGTAAATCAAGTTTGAAATGTATTAATTTACTACATTTTTTAAATAAAT
TTAAAAAAAACCCTTATTTCGGTCCTTTGTTTGTATTTTTCCCCCACAGTTTATTACTTTAACAA
AATATACTATTTTATAATTTTATTATTTTACATTATTTTAGTACA
Found at i:875 original size:152 final size:150
Alignment explanation
Indices: 706--994 Score: 456
Period size: 152 Copynumber: 1.9 Consensus size: 150
696 GTTTTTTTTA
*
706 GGTTTTTTTAAAATTTATTTAAAAAACACAGTAAATTAATACATTTCAAACATGATATACTAAAA
1 GGTTTTTTTAAAATTTATTTAAAAAACACAGTAAATTAATACATTTCAAACATAATATACTAAAA
*
771 TCATGTAAAATAATAAAATACGAAAATAATA-TATTTTTATTAAAAGTAATAAAATCCGGAAAAA
66 TAATGTAAAATAA-AAAA-ACGAAAA-AATAGTATTTTT-TTAAAAGTAATAAAATCCGGAAAAA
835 ATACGAACAAAGGGCAAGAATAAG
127 ATACGAACAAAGGGCAAGAATAAG
* * *
859 GGTTTTTTT-AATTTTATTTAAAAAATACAGTAAATTAATACATTTCAAACATAATGTACTAAAA
1 GGTTTTTTTAAAATTTATTTAAAAAACACAGTAAATTAATACATTTCAAACATAATATACTAAAA
***
923 TAATGTAAAATAAAAAAATTTAAAAATAGTATTTTTTTAAAAGTAATAAAATCCGGAAAAAATAC
66 TAATGTAAAATAAAAAAACGAAAAAATAGTATTTTTTTAAAAGTAATAAAATCCGGAAAAAATAC
988 GAACAAA
131 GAACAAA
995 TGACTGAAAC
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 8, Indels: 6
0.90 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
149 40 0.31
150 11 0.09
151 4 0.03
152 63 0.50
153 9 0.07
ACGTcount: A:0.52, C:0.08, G:0.09, T:0.31
Consensus pattern (150 bp):
GGTTTTTTTAAAATTTATTTAAAAAACACAGTAAATTAATACATTTCAAACATAATATACTAAAA
TAATGTAAAATAAAAAAACGAAAAAATAGTATTTTTTTAAAAGTAATAAAATCCGGAAAAAATAC
GAACAAAGGGCAAGAATAAG
Done.