Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: scaffold1587

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 909

Length: 1516
ACGTcount: A:0.22, C:0.09, G:0.08, T:0.21

Warning! 591 characters in sequence are not A, C, G, or T


Found at i:450 original size:9 final size:9

Alignment explanation


    Indices: 436--517  Score: 86
    Period size: 9  Copynumber: 9.8  Consensus size: 9

        426 CATCATATAT

                     
        436 TTATGTAAG
          1 TTATGTAAG

                     
        445 TTATGT-A-
          1 TTATGTAAG

               *    *
        452 TTAAGTAAA
          1 TTATGTAAG

                     
        461 TTATGTAAG
          1 TTATGTAAG

                     
        470 TTATGT-A-
          1 TTATGTAAG

               *    *
        477 TTAAGTAAA
          1 TTATGTAAG

                     
        486 TTATGTAAG
          1 TTATGTAAG

                     
        495 TTATGT-A-
          1 TTATGTAAG

                     
        502 TTATGTAAG
          1 TTATGTAAG

                   
        511 TTATGTA
          1 TTATGTA

        518 NNNNNNNNNN


Statistics
Matches: 61,  Mismatches: 6, Indels: 12
        0.77            0.08        0.15

Matches are distributed among these distances:
   7   16  0.26
   8    6  0.10
   9   39  0.64

ACGTcount: A:0.37, C:0.00, G:0.17, T:0.46


Consensus pattern (9 bp):   
TTATGTAAG

Found at i:468 original size:25 final size:25

Alignment explanation


    Indices: 436--517  Score: 146
    Period size: 25  Copynumber: 3.3  Consensus size: 25

        426 CATCATATAT

                                     
        436 TTATGTAAGTTATGTATTAAGTAAA
          1 TTATGTAAGTTATGTATTAAGTAAA

                                     
        461 TTATGTAAGTTATGTATTAAGTAAA
          1 TTATGTAAGTTATGTATTAAGTAAA

                               *    *
        486 TTATGTAAGTTATGTATTATGTAAG
          1 TTATGTAAGTTATGTATTAAGTAAA

                   
        511 TTATGTA
          1 TTATGTA

        518 NNNNNNNNNN


Statistics
Matches: 55,  Mismatches: 2, Indels: 0
        0.96            0.04        0.00

Matches are distributed among these distances:
  25   55  1.00

ACGTcount: A:0.37, C:0.00, G:0.17, T:0.46


Consensus pattern (25 bp):   
TTATGTAAGTTATGTATTAAGTAAA

Found at i:504 original size:16 final size:16

Alignment explanation


    Indices: 436--517  Score: 87
    Period size: 16  Copynumber: 5.0  Consensus size: 16

        426 CATCATATAT

                            
        436 TTATGTAAGTTATGTA
          1 TTATGTAAGTTATGTA

               *    *        
        452 TTAAGTAAATTATGTAA
          1 TTATGTAAGTTATGT-A

                         *     
        469 GTTATGT-A-TTAAGTAAA
          1 -TTATGTAAGTTATGT--A

                            
        486 TTATGTAAGTTATGTA
          1 TTATGTAAGTTATGTA

                            
        502 TTATGTAAGTTATGTA
          1 TTATGTAAGTTATGTA

        518 NNNNNNNNNN


Statistics
Matches: 56,  Mismatches: 5, Indels: 10
        0.79            0.07        0.14

Matches are distributed among these distances:
  16   41  0.73
  17    5  0.09
  18   10  0.18

ACGTcount: A:0.37, C:0.00, G:0.17, T:0.46


Consensus pattern (16 bp):   
TTATGTAAGTTATGTA
Done.