genome.fa.s344.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold418
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  288242

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1476--1527	21	2.5	21	96	0	95	26	7	28	36	1.84
5559--5586	1	28.0	1	100	0	56	0	0	0	100	0.00
6711--6774	19	3.3	20	76	10	62	62	0	1	35	1.05
7840--7884	19	2.4	18	85	7	63	60	0	0	40	0.97
8109--8165	19	3.0	18	75	10	60	24	5	0	70	1.08
8150--8227	30	2.6	29	84	11	95	23	5	0	71	1.05
18697--18747	13	3.9	13	84	0	75	35	27	5	31	1.81
21061--21146	43	2.0	44	93	2	147	52	4	18	24	1.64
22885--23179	44	6.2	45	79	16	321	28	23	16	31	1.96
22881--23179	51	6.2	50	83	11	383	28	23	16	31	1.96
22881--23179	95	3.1	94	92	4	456	28	23	16	31	1.96
36265--36303	20	2.0	20	85	5	53	41	0	5	53	1.23
36776--36818	21	1.9	21	86	13	59	46	11	2	39	1.53
40909--40959	25	2.0	25	96	0	93	41	1	3	52	1.31
50316--50355	21	1.9	21	94	0	71	37	7	15	40	1.75
50793--50982	94	2.0	95	98	1	373	36	8	8	46	1.64
52616--52682	11	6.4	11	75	20	63	59	0	2	37	1.13
52607--52751	41	3.6	41	87	6	206	62	0	2	33	1.14
52607--52741	40	3.3	40	84	6	191	63	0	2	32	1.14
53280--53311	16	2.0	16	93	0	55	71	0	0	28	0.86
61035--61069	2	17.5	2	100	0	70	51	48	0	0	1.00
66618--66669	23	2.3	22	78	15	52	46	11	28	13	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95727--95752	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
97720--97750	12	2.6	12	94	0	53	70	3	25	0	1.02
98389--98465	40	1.9	40	82	10	95	42	3	20	32	1.70
99090--99253	80	2.0	80	95	0	292	25	25	21	28	1.99
99498--99530	12	2.8	12	95	0	57	63	6	30	0	1.18
107053--107081	13	2.2	13	100	0	58	31	6	6	55	1.53
119318--119369	16	3.2	16	100	0	104	25	0	36	38	1.56
119605--119639	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
119801--119861	28	2.2	28	85	5	81	50	3	0	45	1.17
123579--123649	29	2.4	30	82	13	85	33	5	1	59	1.30
126957--127060	51	2.0	51	90	0	163	31	19	23	25	1.98
133694--133743	21	2.4	21	96	0	91	34	36	8	22	1.83
133801--133861	23	2.7	23	97	0	113	36	37	8	18	1.80
134131--134172	16	2.5	17	88	7	68	66	0	0	33	0.92
135727--135787	22	2.7	23	80	17	74	59	1	0	39	1.08
135727--135784	21	2.6	22	84	13	66	60	1	0	37	1.07
148864--148933	29	2.3	29	85	4	86	44	15	7	32	1.74
149044--149113	29	2.3	29	85	4	86	44	15	7	32	1.74
148852--149213	180	2.0	181	99	0	717	38	10	7	43	1.68
149367--149411	22	2.0	22	86	0	63	55	8	8	26	1.60
151218--151269	24	2.2	24	85	0	68	38	3	7	50	1.50
151856--152106	43	5.9	43	93	1	389	34	21	21	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152919--152950	15	2.2	14	94	5	55	34	12	6	46	1.67
154702--154753	25	2.0	26	85	3	70	50	21	3	25	1.65
154810--154850	13	3.1	14	82	6	50	46	24	7	21	1.77
155525--155760	115	2.1	114	93	2	402	26	25	15	32	1.96
155957--156187	75	3.1	75	96	0	408	22	24	16	36	1.94
155807--156301	264	1.9	264	97	0	936	24	24	15	35	1.94
156107--156321	114	1.9	114	92	0	358	26	25	16	31	1.96
155821--156358	264	2.0	264	91	0	871	25	24	15	34	1.95
162786--162821	17	2.2	17	95	5	65	61	5	0	33	1.19
162781--162820	17	2.6	15	82	17	55	55	5	0	40	1.22
169754--169791	19	1.9	19	85	15	51	36	18	5	39	1.73
181655--181710	24	2.3	25	81	9	71	42	35	12	8	1.74
184637--184973	166	2.0	167	99	0	667	41	13	9	35	1.77
189032--189101	21	3.3	20	76	4	68	21	22	15	40	1.91
189038--189225	42	4.5	42	90	1	216	16	24	17	41	1.89
189070--189228	21	7.6	21	68	8	92	15	25	18	41	1.89
189045--189225	84	2.2	84	86	0	254	16	23	18	41	1.89
196981--197087	25	4.3	24	75	14	101	35	18	27	18	1.95
196992--197089	49	2.0	49	86	4	135	35	18	27	18	1.94
196993--197095	25	4.2	25	79	7	120	35	16	29	18	1.93
196993--197108	25	4.7	25	77	10	112	36	16	28	18	1.93
197431--197474	21	2.1	21	82	0	52	45	20	0	34	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
200140--200191	23	2.3	23	86	0	77	38	25	9	26	1.86
220215--220244	9	3.3	9	90	0	51	46	23	0	30	1.52
221965--221997	16	2.1	16	94	0	57	3	15	6	75	1.11
222173--222205	15	2.2	15	89	10	50	57	6	6	30	1.47
224610--224643	6	5.8	6	93	6	61	85	0	0	14	0.60
224610--224643	17	1.9	18	94	5	61	85	0	0	14	0.60
233529--233566	20	2.0	20	85	15	53	34	0	7	57	1.28
237258--237325	36	1.9	36	84	3	93	30	25	7	36	1.83
237870--238138	134	2.0	135	97	0	513	43	12	7	36	1.71
238953--239020	36	1.9	36	84	3	93	30	25	7	36	1.83
239833--239859	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
242261--242322	30	2.1	30	90	6	99	29	3	9	58	1.46
242447--242479	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
248227--248297	20	3.6	19	81	7	81	59	5	0	35	1.21
248221--248345	9	12.6	9	68	17	52	60	4	1	33	1.28
248503--248547	22	2.0	22	86	0	63	33	4	4	57	1.38
249823--249861	12	3.2	12	82	10	53	48	0	5	46	1.24
258083--258107	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
269111--269141	6	5.3	6	96	3	55	51	0	0	48	1.00
273620--273657	19	2.0	19	90	10	60	57	7	0	34	1.28
273647--273689	19	2.3	18	84	4	50	58	2	2	37	1.24
279256--279449	37	4.9	37	71	15	156	46	4	8	40	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
279323--279427	46	2.3	46	93	1	174	45	2	8	42	1.49
279388--279445	19	3.1	19	76	14	66	50	1	8	39	1.43
279441--279510	28	2.4	29	97	2	133	30	0	24	45	1.53
279494--279525	15	2.1	15	94	0	55	37	3	12	46	1.57
279466--279654	44	4.0	44	74	18	184	31	2	20	44	1.65
279444--279578	72	1.9	72	92	3	227	31	2	22	43	1.65
279509--279610	28	3.6	29	89	4	163	30	2	20	46	1.66
279444--279783	100	3.4	101	85	8	437	30	2	22	44	1.66
279594--279625	15	2.1	15	94	0	55	37	3	12	46	1.57
279609--279783	28	5.6	29	73	20	147	30	3	21	45	1.68
279538--279751	73	3.0	72	91	3	342	31	3	20	44	1.69
279638--279827	44	4.0	44	73	17	184	31	3	20	44	1.69
279667--279698	15	2.1	15	100	0	64	37	6	12	43	1.68
279444--279828	173	2.2	172	96	1	709	31	2	21	44	1.67
279682--279783	28	3.6	28	89	1	150	29	2	20	47	1.65
279509--279828	100	3.2	102	86	7	399	31	3	20	44	1.68
279767--279798	15	2.1	15	94	0	55	37	3	12	46	1.57
280387--280552	86	1.9	86	93	0	287	17	36	27	18	1.93
280596--280630	18	1.9	18	94	0	61	34	8	31	25	1.86
282318--282352	10	3.2	11	88	12	54	45	0	37	17	1.48
284817--284958	61	2.3	61	97	0	266	28	22	26	23	1.99
286745--286779	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99

Tables:   1

The End!