Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: scaffold2437

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 567

Length: 945
ACGTcount: A:0.32, C:0.19, G:0.12, T:0.26

Warning! 100 characters in sequence are not A, C, G, or T


Found at i:634 original size:30 final size:29

Alignment explanation


    Indices: 598--831  Score: 330
    Period size: 30  Copynumber: 8.0  Consensus size: 29

        588 NNNNNNNNNN

                                          
        598 CCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAAAC
          1 CCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCT-AAC

                                         
        628 CCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAAC
          1 CCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAAC

                          *               
        657 CCTAACCTAATTTATTTAAAAACCCTAAAC
          1 CCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCT-AAC

                  *  *                   
        687 CCTAACTTAGTTTAATTAAAAACCCTAA-
          1 CCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAAC

                  *                       
        715 -C-AACTTAATTTAATTAAAAACCCCTAAC
          1 CCTAACCTAATTTAATTAAAAA-CCCTAAC

                  *               *      
        743 CCTAACTTAATTTAATTAAAAATCCTAAC
          1 CCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAAC

                                  *       
        772 CCTAACCTAATTTAATTAAAAATCCTAAAC
          1 CCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCT-AAC

                  *          *           
        802 CCTAACTTAATTTAATTTAAAACCCTAAC
          1 CCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAAC

             
        831 C
          1 C

        832 ATTAACAAAA


Statistics
Matches: 188,  Mismatches: 10, Indels: 13
        0.89            0.05        0.06

Matches are distributed among these distances:
  26   18  0.10
  27    7  0.04
  29   66  0.35
  30   97  0.52

ACGTcount: A:0.44, C:0.25, G:0.00, T:0.30


Consensus pattern (29 bp):   
CCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAAC

Found at i:690 original size:59 final size:59

Alignment explanation


    Indices: 598--831  Score: 368
    Period size: 59  Copynumber: 4.0  Consensus size: 59

        588 NNNNNNNNNN

                                                *                      
        598 CCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAAACCCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAAC
          1 CCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAAACCCTAACTTAATTTAATTAAAAACCCTAAC

                          *                        *                   
        657 CCTAACCTAATTTATTTAAAAACCCTAAACCCTAACTTAGTTTAATTAAAAACCCTAA-
          1 CCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAAACCCTAACTTAATTTAATTAAAAACCCTAAC

                  *                                              *      
        715 -C-AACTTAATTTAATTAAAAACCCCT-AACCCTAACTTAATTTAATTAAAAATCCTAAC
          1 CCTAACCTAATTTAATTAAAAA-CCCTAAACCCTAACTTAATTTAATTAAAAACCCTAAC

                                  *                        *           
        772 CCTAACCTAATTTAATTAAAAATCCTAAACCCTAACTTAATTTAATTTAAAACCCTAAC
          1 CCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAAACCCTAACTTAATTTAATTAAAAACCCTAAC

             
        831 C
          1 C

        832 ATTAACAAAA


Statistics
Matches: 159,  Mismatches: 11, Indels: 10
        0.88            0.06        0.06

Matches are distributed among these distances:
  56   46  0.29
  57    5  0.03
  58    4  0.03
  59  104  0.65

ACGTcount: A:0.44, C:0.25, G:0.00, T:0.30


Consensus pattern (59 bp):   
CCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAAACCCTAACTTAATTTAATTAAAAACCCTAAC

Found at i:806 original size:115 final size:115

Alignment explanation


    Indices: 605--830  Score: 382
    Period size: 115  Copynumber: 2.0  Consensus size: 115

        595 NNNCCTAACC

                                                                             
        605 TAATTTAATTAAAAACCCTAAACCCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACCCTAACCTAATTT
          1 TAATTTAATTAAAAACCCTAAACCCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACCCTAACCTAATTT

             *                        *                       
        670 ATTTAAAAACCCTAAACCCTAACTTAGTTTAATTAAAAACCCTAACAACT
         66 AATTAAAAACCCTAAACCCTAACTTAATTTAATTAAAAACCCTAACAACT

                                          *               *                  
        720 TAATTTAATTAAAAACCCCT-AACCCTAACTTAATTTAATTAAAAATCCTAACCCTAACCTAATT
          1 TAATTTAATTAAAAA-CCCTAAACCCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACCCTAACCTAATT

                      *                        *           
        784 TAATTAAAAATCCTAAACCCTAACTTAATTTAATTTAAAACCCTAAC
         65 TAATTAAAAACCCTAAACCCTAACTTAATTTAATTAAAAACCCTAAC

        831 CATTAACAAA


Statistics
Matches: 104,  Mismatches: 6, Indels: 2
        0.93            0.05        0.02

Matches are distributed among these distances:
 115  100  0.96
 116    4  0.04

ACGTcount: A:0.45, C:0.23, G:0.00, T:0.31


Consensus pattern (115 bp):   
TAATTTAATTAAAAACCCTAAACCCTAACCTAATTTAATTAAAAACCCTAACCCTAACCTAATTT
AATTAAAAACCCTAAACCCTAACTTAATTTAATTAAAAACCCTAACAACT
Done.