genome.fa.s3461.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold85
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1711616

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6800--6842	20	2.2	20	91	0	68	41	18	25	13	1.88
7000--7069	25	2.8	25	70	16	65	60	1	0	38	1.06
7074--7144	37	1.9	37	97	0	133	35	15	22	26	1.94
8258--8294	17	2.2	17	100	0	74	18	29	10	40	1.85
12697--12740	23	1.9	23	95	0	79	36	15	22	25	1.94
13721--13764	20	2.2	20	95	0	79	13	25	20	40	1.89
13800--13856	11	5.6	10	78	13	55	70	0	29	0	0.88
13799--13867	14	5.0	14	78	1	68	72	0	27	0	0.85
13799--13861	28	2.3	28	84	10	85	71	0	28	0	0.86
13792--13868	14	6.2	12	76	19	63	70	1	28	0	0.96
14033--14124	26	3.0	32	64	28	81	34	0	9	55	1.33
14033--14151	60	2.0	60	90	3	186	33	0	11	54	1.37
18207--18278	33	2.2	33	82	5	83	16	43	11	29	1.82
21774--21897	27	4.6	27	82	4	151	22	29	26	21	1.99
22969--23023	27	2.0	27	100	0	110	41	25	10	21	1.86
27346--27382	18	2.1	18	94	0	65	18	10	8	62	1.52
27352--27395	18	2.4	18	84	0	52	20	13	6	59	1.57
28852--28965	60	1.9	60	81	0	138	22	16	12	48	1.80
29343--29506	59	2.7	59	85	2	213	42	11	18	27	1.84
29399--29506	31	3.6	31	72	16	109	42	11	20	25	1.85
37332--37374	22	2.0	22	81	9	52	44	11	9	34	1.73
39683--39823	76	1.9	76	83	0	183	26	14	17	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39884--39939	25	2.2	25	90	0	85	39	17	25	17	1.92
42263--42475	26	8.2	26	76	9	166	59	4	7	28	1.45
42387--42452	28	2.3	28	89	7	98	59	1	7	31	1.35
43264--43313	15	3.4	15	81	8	50	78	8	8	6	1.11
43889--44250	26	14.3	24	66	18	91	58	4	6	30	1.43
43906--43963	27	2.1	28	78	9	66	56	0	3	39	1.16
44087--44241	52	3.0	53	77	12	158	60	2	8	29	1.40
45370--45678	154	2.0	155	98	0	593	22	7	21	48	1.75
47340--47376	19	1.9	19	94	0	65	51	2	0	45	1.15
48065--48100	13	2.8	13	88	12	56	77	0	22	0	0.76
65889--65918	16	1.9	16	93	6	53	50	10	0	40	1.36
66538--66644	49	2.2	49	82	0	124	21	35	19	23	1.96
68344--68397	25	2.2	25	83	6	65	42	16	22	18	1.89
69624--69659	11	3.5	11	92	7	58	86	5	0	8	0.72
70297--70381	43	2.0	42	95	2	152	41	10	17	30	1.83
77396--77424	14	2.0	15	93	6	51	51	27	0	20	1.47
85478--85556	39	2.0	39	100	0	158	41	10	17	30	1.83
92270--92425	84	1.8	85	81	9	194	28	19	23	28	1.98
92042--93020	217	4.5	217	90	2	1443	28	20	23	28	1.99
92135--92679	44	12.7	44	69	14	160	28	20	24	26	1.99
92046--93020	427	2.3	429	88	3	1420	28	20	23	28	1.99
92870--92976	44	2.4	44	85	3	135	28	20	21	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93374--93423	26	1.9	26	83	0	64	16	46	20	18	1.85
94847--94888	19	2.2	20	82	4	50	30	7	11	50	1.66
96976--97030	28	2.0	28	100	0	110	32	23	18	25	1.97
98364--98421	6	9.7	6	94	0	89	46	18	3	31	1.66
103691--103897	40	5.2	40	80	2	209	33	15	28	22	1.95
103691--103897	80	2.6	79	84	3	252	33	15	28	22	1.95
104666--104696	14	2.1	15	94	5	55	29	6	0	64	1.18
111165--111293	45	2.9	44	80	10	145	37	27	13	21	1.92
120183--120229	25	1.9	24	82	4	58	53	25	0	21	1.46
127626--127694	34	2.0	34	94	0	120	40	8	24	26	1.84
132517--132562	19	2.4	19	77	0	56	17	21	28	32	1.96
135059--135107	10	4.9	10	82	7	55	40	2	0	57	1.10
134896--135185	143	2.0	145	98	1	566	30	9	9	50	1.67
140452--140490	20	2.0	20	94	0	69	51	5	17	25	1.66
141085--141145	24	2.5	25	82	12	74	62	13	9	14	1.55
147622--147679	29	2.1	27	81	12	64	27	8	12	51	1.68
148063--148122	29	2.1	29	93	0	102	25	13	6	55	1.62
155822--155890	21	3.3	21	95	0	120	17	34	21	26	1.95
166540--166661	33	3.7	33	100	0	244	41	27	9	21	1.84
167193--167280	40	2.2	40	89	4	133	47	26	14	11	1.78
177798--177905	50	2.2	50	89	0	162	33	21	20	25	1.97
177778--177914	25	5.5	25	76	0	123	33	20	21	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
182027--182073	25	1.9	24	82	4	58	53	10	17	19	1.72
182374--182412	19	2.1	19	85	9	53	17	10	28	43	1.82
184963--185036	30	2.5	29	84	4	94	39	9	28	22	1.85
190706--190775	30	2.4	29	83	6	88	40	11	24	24	1.88
190713--190788	30	2.6	30	80	2	82	39	14	23	22	1.91
192423--192502	30	2.7	30	82	3	99	30	21	26	22	1.99
199107--199174	32	2.1	32	100	0	136	27	8	26	36	1.86
200328--200570	50	4.8	49	82	5	281	21	30	20	26	1.98
200328--200571	100	2.4	100	86	4	323	21	30	20	27	1.98
207853--208096	50	4.9	50	83	0	308	21	30	21	26	1.98
211619--211749	32	4.1	32	78	5	133	36	19	22	22	1.95
211625--211750	64	2.0	62	86	9	173	36	19	22	22	1.95
211935--211983	24	2.0	24	92	0	80	42	24	8	24	1.81
212002--212346	27	12.8	27	79	7	267	23	20	20	36	1.95
212002--212346	54	6.4	54	81	3	372	23	20	20	36	1.95
212002--212346	81	4.3	81	83	2	442	23	20	20	36	1.95
217206--217244	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
217817--217878	28	2.3	27	91	2	97	19	22	24	33	1.97
226390--226600	54	3.9	54	80	3	230	43	20	19	17	1.89
226390--226586	27	7.4	27	79	4	202	45	18	19	16	1.86
226390--226586	53	3.7	52	81	4	223	45	18	19	16	1.86
233135--233268	50	2.6	50	83	7	151	26	26	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
241387--241511	50	2.5	50	88	2	180	20	28	24	26	1.99
252490--252560	27	2.6	28	77	4	90	36	36	14	12	1.84
254323--254347	7	3.6	7	100	0	50	76	0	0	24	0.80
256980--257027	23	2.0	25	84	8	64	35	22	0	41	1.54
257231--257329	23	4.3	23	80	5	119	32	28	17	22	1.96
257541--257579	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
262625--262659	18	1.9	18	100	0	70	31	17	17	34	1.93
263001--263033	13	2.5	13	100	0	66	30	24	6	39	1.79
275748--275818	30	2.4	30	79	13	83	70	4	21	4	1.22
298451--298506	28	1.9	29	82	7	69	30	1	25	42	1.65
302075--302257	45	4.1	45	99	0	357	26	18	2	52	1.58
302174--302246	24	3.2	24	62	18	64	28	17	4	49	1.65
312339--312485	51	2.9	51	86	5	210	43	12	14	29	1.82
314262--314316	28	1.9	29	82	10	69	7	21	1	69	1.23
314290--314348	21	2.9	19	71	14	55	11	22	0	66	1.24
326612--326718	50	2.1	51	86	5	146	46	13	13	27	1.79
326681--326811	50	2.6	51	82	3	174	39	12	12	34	1.82
326809--326876	35	2.0	35	82	8	86	51	14	10	23	1.73
334072--334145	37	2.0	37	97	0	139	31	10	17	40	1.84
339794--340023	51	4.6	50	82	4	266	30	28	16	24	1.97
339781--340026	50	4.9	50	76	7	230	30	27	17	25	1.97
339781--339975	101	1.9	101	95	0	354	30	27	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
339781--340021	101	2.4	101	89	4	344	30	27	16	25	1.97
341577--341605	13	2.2	13	100	0	58	41	13	6	37	1.72
348084--348128	16	3.0	15	84	9	56	55	0	0	44	0.99
350789--351182	43	9.2	43	87	2	416	25	28	19	26	1.98
350789--351182	86	4.6	86	88	0	504	25	28	19	26	1.98
350789--351182	129	3.1	129	86	1	524	25	28	19	26	1.98
351447--351533	43	2.0	43	86	4	122	44	11	10	33	1.74
354916--354952	7	5.3	7	86	0	56	27	54	0	18	1.44
355346--355399	14	3.8	14	80	4	63	50	31	0	18	1.48
355453--355479	13	2.1	13	100	0	54	37	22	7	33	1.82

Tables:   1   2   3   4   5