genome.fa.s3694.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold407
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  362590

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2077--2112	15	2.4	15	95	0	63	25	0	13	61	1.33
9018--9057	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
9169--9275	37	2.9	37	87	0	151	40	11	4	43	1.61
9180--9293	37	3.2	34	80	14	106	39	11	4	44	1.60
11084--11114	16	2.0	15	93	6	53	25	19	16	38	1.92
21787--21890	44	2.4	44	82	6	124	28	19	26	25	1.98
23696--23787	3	30.7	3	95	0	148	31	3	1	64	1.17
23877--23968	37	2.5	37	81	0	121	40	9	2	47	1.49
25039--25218	95	1.9	95	100	0	360	42	21	9	26	1.83
33615--33705	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
33686--33737	16	3.2	16	97	0	95	40	36	0	23	1.55
38457--38485	13	2.2	13	100	0	58	55	0	6	37	1.27
50354--50449	49	2.0	49	91	0	156	42	5	25	27	1.76
60013--60069	22	2.6	22	82	0	60	21	19	12	47	1.81
63849--63888	3	13.3	3	94	0	71	67	2	0	30	1.04
66128--66170	18	2.4	18	92	0	68	20	27	9	41	1.83
66541--66657	62	1.9	60	82	6	146	35	4	10	49	1.56
69710--70094	126	3.1	125	88	3	567	29	17	14	38	1.89
71442--71476	13	2.8	13	91	8	56	65	11	0	22	1.24
73514--73545	15	2.1	15	94	0	55	43	3	18	34	1.66
76009--76067	12	4.5	13	75	12	59	59	8	3	28	1.43
76010--76067	26	2.2	26	96	0	107	60	8	3	27	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86528--86599	22	3.3	22	73	7	65	38	20	9	30	1.85
89487--89526	19	2.1	19	95	0	71	47	0	2	50	1.14
90334--90529	90	2.2	90	84	3	243	36	17	14	31	1.91
90334--90533	30	6.7	30	82	2	215	36	18	15	30	1.91
94837--94862	11	2.4	11	100	0	52	7	34	7	50	1.60
95563--95634	32	2.2	33	87	4	112	30	2	16	50	1.60
99491--99530	20	2.0	20	95	0	71	42	15	12	30	1.83
99997--100030	16	2.3	14	90	10	50	47	5	0	47	1.26
105837--105875	20	2.0	21	90	10	64	61	2	0	35	1.10
105932--105964	16	2.0	17	94	5	59	48	12	3	36	1.56
106371--106431	29	2.2	28	85	11	81	6	13	3	77	1.09
106637--106683	22	2.1	23	84	4	60	57	0	0	42	0.98
107131--107155	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
115460--115496	19	1.9	19	88	0	56	8	10	8	72	1.27
116416--116486	26	2.8	26	81	10	78	29	1	7	61	1.30
117984--118033	24	2.1	23	82	10	57	18	10	12	60	1.59
124498--124583	3	28.7	3	82	9	104	31	4	0	63	1.14
124475--124570	51	1.9	51	83	8	126	32	4	1	62	1.21
124486--124555	36	1.9	37	82	8	90	31	5	1	61	1.28
124925--124958	17	1.9	18	88	5	52	41	8	0	50	1.34
131011--131180	88	1.9	88	84	4	227	25	19	24	30	1.98
131204--131307	50	2.1	50	83	0	127	28	24	23	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131504--131746	41	5.7	43	70	9	140	28	19	24	27	1.99
131503--131747	130	1.9	129	88	2	366	28	20	24	27	1.99
133548--133581	17	1.9	18	88	5	52	41	8	0	50	1.34
139488--139521	18	1.9	17	88	5	50	67	8	0	23	1.18
139522--139579	27	2.2	27	78	6	66	63	3	10	22	1.40
149618--149655	18	2.1	19	85	14	53	34	10	26	28	1.90
153417--153450	18	1.9	17	88	5	50	67	8	0	23	1.18
157127--157631	45	11.3	46	80	5	473	30	16	23	30	1.96
157139--157610	135	3.5	135	87	0	588	29	16	23	31	1.96
157619--157887	86	3.1	86	67	10	213	29	18	26	25	1.98
157898--158015	44	2.7	44	85	7	150	24	21	27	27	1.99
157610--157975	174	2.1	174	82	2	448	28	19	27	25	1.99
159746--159816	26	2.8	25	79	10	74	29	2	7	60	1.37
163081--163133	26	2.1	25	83	13	65	62	0	0	37	0.96
163134--163373	119	2.0	120	99	0	473	37	19	23	19	1.94
163803--164617	265	3.1	263	87	4	1140	43	12	15	28	1.83
185180--185519	169	2.0	170	99	0	673	50	5	5	38	1.49
185216--185473	82	3.1	82	65	24	221	52	5	5	36	1.48
186541--186585	22	2.0	22	82	0	54	60	4	6	28	1.42
199811--199887	22	3.5	22	78	18	79	25	25	1	46	1.60
199811--199885	34	2.2	32	81	9	87	25	26	1	46	1.61
199811--199887	11	6.9	11	73	19	63	25	25	1	46	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
199851--199957	51	2.1	51	81	10	121	29	19	2	47	1.64
202358--202400	7	6.0	7	84	15	61	46	39	0	13	1.44
202365--202880	22	24.0	22	82	7	616	43	30	0	25	1.59
202316--202398	15	5.9	14	71	16	64	46	34	0	18	1.49
202365--202877	43	12.0	44	82	10	555	43	30	0	25	1.59
204049--204859	126	6.5	125	85	3	1089	28	23	17	30	1.97
204049--204859	250	3.2	250	96	0	1433	28	23	17	30	1.97
213206--213270	18	3.7	17	84	12	78	75	7	1	15	1.10
217961--217999	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
218445--218525	9	9.4	9	75	20	50	66	2	1	29	1.12
218445--218530	18	5.0	17	71	21	63	65	3	1	30	1.17
218317--218861	279	2.0	274	81	8	647	47	8	10	33	1.68
222272--222351	15	5.4	15	71	14	58	46	2	17	33	1.62
222284--222345	22	2.8	22	73	9	72	50	1	16	32	1.55
228162--228327	9	17.4	9	68	19	70	64	3	3	28	1.25
228143--228199	27	2.1	27	81	15	66	68	0	3	28	1.06
228214--228285	25	2.8	26	69	26	64	61	1	4	33	1.24
256349--256417	3	23.0	3	72	11	52	62	4	5	27	1.37
256349--256413	15	4.3	15	80	9	71	63	4	6	26	1.38
256349--256406	30	1.9	30	86	6	82	62	5	6	25	1.42
261181--261276	37	2.6	38	79	9	92	35	13	4	46	1.62
261748--261807	30	2.0	30	90	6	95	53	15	6	25	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
265731--266103	188	2.0	189	99	0	739	28	18	18	34	1.94
267424--267481	27	2.1	27	87	6	82	18	15	17	48	1.82
269132--269284	76	2.0	77	98	1	299	40	19	9	30	1.83
274906--275067	47	3.4	47	97	0	306	43	17	10	28	1.82
274889--275070	23	7.8	24	80	4	210	42	17	11	28	1.83
276588--276704	44	2.7	43	83	9	157	27	29	20	22	1.98
278123--278169	24	2.0	23	87	4	67	14	25	6	53	1.65
281456--281651	41	4.7	42	87	9	260	29	26	17	26	1.97
281464--281651	83	2.2	84	86	8	260	29	26	17	26	1.98
281782--281902	31	4.0	30	78	6	120	42	18	9	29	1.81
281788--281956	61	2.8	61	82	0	176	43	17	7	31	1.78
281770--282061	92	3.2	89	80	4	244	42	16	7	33	1.76
281931--282061	31	4.3	31	74	5	131	43	15	6	34	1.73
299306--299338	12	2.7	13	90	9	52	36	6	0	57	1.23
300436--300756	41	7.8	40	74	8	234	17	22	23	36	1.95
300434--300696	82	3.2	81	86	2	339	17	22	22	38	1.93
320702--320746	21	2.1	21	95	0	81	40	28	20	11	1.86
322141--322183	18	2.5	17	85	10	61	41	20	11	25	1.86
323107--323158	26	2.0	26	96	0	95	34	23	13	28	1.92
330744--330777	17	1.9	18	88	5	52	35	5	8	50	1.58
334718--334752	17	1.9	19	88	11	56	65	5	5	22	1.36
335642--335672	2	15.5	2	93	0	53	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
336394--336458	10	6.8	9	78	16	60	63	6	0	30	1.19
336370--336458	19	4.6	20	74	16	71	58	5	2	33	1.34
336394--336457	29	2.2	29	83	10	78	64	6	0	29	1.18
336223--336329	10	10.9	10	71	15	71	66	3	2	27	1.22
336628--336667	19	2.0	20	85	4	55	35	0	2	62	1.09
336909--336972	29	2.2	29	94	2	112	34	7	6	51	1.56
339464--339539	29	2.6	29	83	6	82	61	3	1	32	1.22
349503--349578	29	2.6	29	83	6	82	61	3	1	32	1.22

Tables:   1

The End!