Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold1675
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 849
Length: 1416
ACGTcount: A:0.26, C:0.13, G:0.15, T:0.27
Warning! 267 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1155 original size:98 final size:98
Alignment explanation
Indices: 986--1416 Score: 835
Period size: 98 Copynumber: 4.4 Consensus size: 98
976 ACGGGCAAAG
986 AAGTTACGTAAGTTATGAAAACTATGTAAGTTGTGTATTATGAAAATTATGCTATGTAAGTTATA
1 AAGTTACGTAAGTTATGAAAACTATGTAAGTTGTGTATTATGAAAATTATGCTATGTAAGTTATA
1051 TAAGTCATATAAGTTGTGTATTATGTATTATGT
66 TAAGTCATATAAGTTGTGTATTATGTATTATGT
1084 AAGTTACGTAAGTTATGAAAACTATGTAAGTTGTGTATTATGAAAATTATGCTATGTAAGTTATA
1 AAGTTACGTAAGTTATGAAAACTATGTAAGTTGTGTATTATGAAAATTATGCTATGTAAGTTATA
1149 TAAGTCATATAAGTTGTGTATTATGTATTATGT
66 TAAGTCATATAAGTTGTGTATTATGTATTATGT
1182 AAGTTACGTAAGTTATGAAAACTATGTAAGTTGTGTATTATGAAAATTATGCTATGTAAGTTATA
1 AAGTTACGTAAGTTATGAAAACTATGTAAGTTGTGTATTATGAAAATTATGCTATGTAAGTTATA
1247 TAAGTCATATAAGTTGTGTATTATGTATTATGT
66 TAAGTCATATAAGTTGTGTATTATGTATTATGT
1280 AAGTTACGTAAGTTATGAAAACTATGTAAGTTGTGTATTATGAAAATTATGCTATGTAAGTTATA
1 AAGTTACGTAAGTTATGAAAACTATGTAAGTTGTGTATTATGAAAATTATGCTATGTAAGTTATA
* *
1345 TAAGTCATATAAGTTATGTATTATGTATTACGT
66 TAAGTCATATAAGTTGTGTATTATGTATTATGT
*
1378 AAGTTATGTAAGTTATGAAAACTATGTAAGTTGTGTATT
1 AAGTTACGTAAGTTATGAAAACTATGTAAGTTGTGTATT
Statistics
Matches: 330, Mismatches: 3, Indels: 0
0.99 0.01 0.00
Matches are distributed among these distances:
98 330 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.04, G:0.18, T:0.42
Consensus pattern (98 bp):
AAGTTACGTAAGTTATGAAAACTATGTAAGTTGTGTATTATGAAAATTATGCTATGTAAGTTATA
TAAGTCATATAAGTTGTGTATTATGTATTATGT
Found at i:1390 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 1038--1414 Score: 120
Period size: 9 Copynumber: 45.7 Consensus size: 9
1028 AAAATTATGC
1038 TATGTAAGT
1 TATGTAAGT
*
1047 TATATAAGT
1 TATGTAAGT
* *
1056 CATATAAGT
1 TATGTAAGT
*
1065 TGTGT-A-T
1 TATGTAAGT
1072 TATGT-A-T
1 TATGTAAGT
1079 TATGTAAGT
1 TATGTAAGT
*
1088 TACGTAAGT
1 TATGTAAGT
* **
1097 TATGAAAAC
1 TATGTAAGT
1106 TATGTAAGT
1 TATGTAAGT
*
1115 TGTGT-A-T
1 TATGTAAGT
1122 TATG-AA--
1 TATGTAAGT
* * *
1128 AAT-TATGC
1 TATGTAAGT
1136 TATGTAAGT
1 TATGTAAGT
*
1145 TATATAAGT
1 TATGTAAGT
* *
1154 CATATAAGT
1 TATGTAAGT
*
1163 TGTGT-A-T
1 TATGTAAGT
1170 TATGT-A-T
1 TATGTAAGT
1177 TATGTAAGT
1 TATGTAAGT
*
1186 TACGTAAGT
1 TATGTAAGT
* **
1195 TATGAAAAC
1 TATGTAAGT
1204 TATGTAAGT
1 TATGTAAGT
*
1213 TGTGT-A-T
1 TATGTAAGT
1220 TATG-AA--
1 TATGTAAGT
* * *
1226 AAT-TATGC
1 TATGTAAGT
1234 TATGTAAGT
1 TATGTAAGT
*
1243 TATATAAGT
1 TATGTAAGT
* *
1252 CATATAAGT
1 TATGTAAGT
*
1261 TGTGT-A-T
1 TATGTAAGT
1268 TATGT-A-T
1 TATGTAAGT
1275 TATGTAAGT
1 TATGTAAGT
*
1284 TACGTAAGT
1 TATGTAAGT
* **
1293 TATGAAAAC
1 TATGTAAGT
1302 TATGTAAGT
1 TATGTAAGT
*
1311 TGTGT-A-T
1 TATGTAAGT
1318 TATG-AA--
1 TATGTAAGT
* * *
1324 AAT-TATGC
1 TATGTAAGT
1332 TATGTAAGT
1 TATGTAAGT
*
1341 TATATAAGT
1 TATGTAAGT
* *
1350 CATATAAGT
1 TATGTAAGT
1359 TATGT-A-T
1 TATGTAAGT
1366 TATGT-A-T
1 TATGTAAGT
*
1373 TACGTAAGT
1 TATGTAAGT
1382 TATGTAAGT
1 TATGTAAGT
* **
1391 TATGAAAAC
1 TATGTAAGT
1400 TATGTAAGT
1 TATGTAAGT
*
1409 TGTGTA
1 TATGTA
1415 TT
Statistics
Matches: 269, Mismatches: 76, Indels: 46
0.69 0.19 0.12
Matches are distributed among these distances:
6 9 0.03
7 63 0.23
8 17 0.06
9 180 0.67
ACGTcount: A:0.36, C:0.04, G:0.18, T:0.42
Consensus pattern (9 bp):
TATGTAAGT
Done.