Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold1705
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 829
Length: 1383
ACGTcount: A:0.33, C:0.09, G:0.18, T:0.40
Found at i:997 original size:447 final size:447
Alignment explanation
Indices: 1--1379 Score: 2339
Period size: 448 Copynumber: 3.1 Consensus size: 447
* * *
1 TTGAAAAAGGAAATTTCTTATCTTGGTTTAGGTTAATAAATATTTTCATAAGTTTATAGAAAGAA
1 TTGAAAAAGGAAATTTCTTATATTGGTTTAGGTTAATAAATCTTTTCATAAGTTTATAGAAAGTA
66 TGTTCAATTAGATTGTAATTATGTTATATGAACTGAGGTATGGGTTTTTTATTATTATTTTGGAC
66 TGTTCAATTAGATTGTAATTATGTTATATGAACTGAGGTATGGG-TTTTTATTATTATTTTGGAC
* *
131 TCATAAAGTTTTGGGTTCTTTGTTTTGTATTAAAAAACTATTATTTCATGCGTGGGTTTAAGCTA
130 TCATAAAGTTTTGGGTTCTTAGTTTTGAATTAAAAAACTATTATTTCATGCGTGGGTTTAAGCTA
*
196 ACTGAAATGCTGTTTTCATTAACAAATGTTCGTTCTAAAGTCACTGTTTATGATTTTCAAACTAA
195 ACTGAAATGCTATTTTCATTAACAAATGTTCGTTCTAAAGTCACTGTTTATGATTTTCAAACTAA
* *
261 GAAGAAAGGTTTTGATTTTGCGTTGCAAATTTTGGATTGAAACTTCGGTTAACAAAACTTCGAAA
260 GAAGAAAGGTTTTGATTTTACGTTGCAAATTTTGGATTGGAACTTCGGTTAACAAAACTTCGAAA
*
326 TCTGTTTTGGTTACAAATTTAGTACATGAGCTGTTAATCTGGTTCTAAGTGATAATTAAAATAAT
325 TCTGTTTTGGTTACAAATTTAGTACATGAGCTGTTAATCTGGTTTTAAGTGATAATTAAAATAAT
* *
391 GTTTCGAATTCGTAAGGTAAATTACTGCTGAATTTAGTTAAAAGCGAGCAAAGGTGGT
390 GTTTGGAATTCGTAAGGTAAATTACTGCTGAATTTTGTTAAAAGCGAGCAAAGGTGGT
* * * * *
449 TTGACAAAGGAAATTTCTTATATTGGTTTAGGTTAAGAAAGCCTTTCATATGTTTATAGAAAGTA
1 TTGAAAAAGGAAATTTCTTATATTGGTTTAGGTTAATAAATCTTTTCATAAGTTTATAGAAAGTA
* *
514 TGTTAAATTTGATTGTAATTATGTTATATGAACTGAGGTATGGGTTTCTTATTATTATTTTGGAC
66 TGTTCAATTAGATTGTAATTATGTTATATGAACTGAGGTATGGGTTT-TTATTATTATTTTGGAC
* * * *
579 ACATAAAGTTTTGGGTTCTTAGTTTTGAATT-AAAAACTATTATTCCATGCGTAGGTCTAAGCTA
130 TCATAAAGTTTTGGGTTCTTAGTTTTGAATTAAAAAACTATTATTTCATGCGTGGGTTTAAGCTA
*
643 ACTGAAATGCTATTTTCATTAACAAATGTTCGTTCTAAAGTAACTGTTTATGATTTTCAAACTAA
195 ACTGAAATGCTATTTTCATTAACAAATGTTCGTTCTAAAGTCACTGTTTATGATTTTCAAACTAA
* * * * *
708 GAAAGAAAGATTTTGATTTTACTTTACAAATTTTGGTTTGGAACTTCGGTTAACAAAACTTCAAA
260 G-AAGAAAGGTTTTGATTTTACGTTGCAAATTTTGGATTGGAACTTCGGTTAACAAAACTTCGAA
*
773 ATCTGTTTTGGTAACAAATTTAGTACATGAGCTGTTAATCTGGTTTTAAGTGATAATTAAAATAA
324 ATCTGTTTTGGTTACAAATTTAGTACATGAGCTGTTAATCTGGTTTTAAGTGATAATTAAAATAA
*
838 TGTTTGGAATACGTAAGGTAAATTACTGCTGAATTTTGTTAAAA-CGAGCAAAGGTGGT
389 TGTTTGGAATTCGTAAGGTAAATTACTGCTGAATTTTGTTAAAAGCGAGCAAAGGTGGT
*
896 TTGAAAAAGGAAATTTCTTATCTTGGTTTAGGTTAATAAATCTTTTCATAAGTTTATAGAAAGTA
1 TTGAAAAAGGAAATTTCTTATATTGGTTTAGGTTAATAAATCTTTTCATAAGTTTATAGAAAGTA
* * *
961 TGTTCAATTAGATTGTAATTATGTTGTATTAACTGAGGGTATGGGTTTTCATTATTATTTTGGAC
66 TGTTCAATTAGATTGTAATTATGTTATATGAACTGA-GGTATGGGTTTTTATTATTATTTTGGAC
1026 TCATAAAGTTTTGGGTTCTTAGTTTTGAATTAAAAAACTATTATTTCATGCGTGGGTTTAAGCTA
130 TCATAAAGTTTTGGGTTCTTAGTTTTGAATTAAAAAACTATTATTTCATGCGTGGGTTTAAGCTA
*
1091 ACTGAAATGCTATTTTCATTAACAAATGTTCGTTCTAAAGTCACTGTTTATGATATTCAAACTAA
195 ACTGAAATGCTATTTTCATTAACAAATGTTCGTTCTAAAGTCACTGTTTATGATTTTCAAACTAA
*
1156 GAAGAAAGGTTTTGATTTTACGTTGCAAATTTTGGATTGGAACTTCGATTAACAAAACTTCGAAA
260 GAAGAAAGGTTTTGATTTTACGTTGCAAATTTTGGATTGGAACTTCGGTTAACAAAACTTCGAAA
* *
1221 TCTGTTTTGGTTACAAATTTAATATATGAGCTGTTAATCTGGTTTTAAGTGATAATTAAAATAAT
325 TCTGTTTTGGTTACAAATTTAGTACATGAGCTGTTAATCTGGTTTTAAGTGATAATTAAAATAAT
* *
1286 GTTTGGAATTCGTATGGTAAATTACTGCTGAATTTTGTTAAAAGCGAGCAAAGGTGAT
390 GTTTGGAATTCGTAAGGTAAATTACTGCTGAATTTTGTTAAAAGCGAGCAAAGGTGGT
*
1344 TTGACAAAGGAAATTTCTTATATTGGTTTAGGTTAA
1 TTGAAAAAGGAAATTTCTTATATTGGTTTAGGTTAA
1380 GAAA
Statistics
Matches: 865, Mismatches: 61, Indels: 10
0.92 0.07 0.01
Matches are distributed among these distances:
447 409 0.47
448 456 0.53
ACGTcount: A:0.33, C:0.09, G:0.18, T:0.40
Consensus pattern (447 bp):
TTGAAAAAGGAAATTTCTTATATTGGTTTAGGTTAATAAATCTTTTCATAAGTTTATAGAAAGTA
TGTTCAATTAGATTGTAATTATGTTATATGAACTGAGGTATGGGTTTTTATTATTATTTTGGACT
CATAAAGTTTTGGGTTCTTAGTTTTGAATTAAAAAACTATTATTTCATGCGTGGGTTTAAGCTAA
CTGAAATGCTATTTTCATTAACAAATGTTCGTTCTAAAGTCACTGTTTATGATTTTCAAACTAAG
AAGAAAGGTTTTGATTTTACGTTGCAAATTTTGGATTGGAACTTCGGTTAACAAAACTTCGAAAT
CTGTTTTGGTTACAAATTTAGTACATGAGCTGTTAATCTGGTTTTAAGTGATAATTAAAATAATG
TTTGGAATTCGTAAGGTAAATTACTGCTGAATTTTGTTAAAAGCGAGCAAAGGTGGT
Done.