Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold3146
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 475
Length: 792
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.15, T:0.39
Found at i:383 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 383--541 Score: 82
Period size: 9 Copynumber: 18.2 Consensus size: 9
373 GTAAGTTATG
383 TATGTAAGT
1 TATGTAAGT
*
392 TATGTAACT
1 TATGTAAGT
**
401 TACATAAGT
1 TATGTAAGT
** *
410 TA-CCAAAT
1 TATGTAAGT
*
418 TAATGTATGT
1 T-ATGTAAGT
428 TATGTAAG-
1 TATGTAAGT
436 T-TGTAAGT
1 TATGTAAGT
*
444 TAT-TATGTAT
1 TATGTAAG--T
*
454 TATGTAGGT
1 TATGTAAGT
463 TATGTAAGT
1 TATGTAAGT
* *
472 TGTGTAAGA
1 TATGTAAGT
*
481 TATTTAAGT
1 TATGTAAGT
490 TATGTAAGT
1 TATGTAAGT
* *
499 TTTG-CA-T
1 TATGTAAGT
506 TATGTAAGT
1 TATGTAAGT
* *
515 TATGTATGC
1 TATGTAAGT
524 TATGT-A-T
1 TATGTAAGT
*
531 AATGTAAGT
1 TATGTAAGT
540 TA
1 TA
542 ATATGTAAGT
Statistics
Matches: 108, Mismatches: 31, Indels: 22
0.67 0.19 0.14
Matches are distributed among these distances:
7 14 0.13
8 12 0.11
9 72 0.67
10 7 0.06
11 3 0.03
ACGTcount: A:0.33, C:0.04, G:0.19, T:0.45
Consensus pattern (9 bp):
TATGTAAGT
Found at i:383 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 362--686 Score: 87
Period size: 16 Copynumber: 19.4 Consensus size: 16
352 TGATATATTT
362 TTATGTATTATGTAAG
1 TTATGTATTATGTAAG
378 TTATG---TATGTAAG
1 TTATGTATTATGTAAG
**
391 TTATGTAACTTACATAAG
1 TTATGT-A-TTATGTAAG
*** *
409 TTACCAAATTAATGTATG
1 TTA-TGTATT-ATGTAAG
*
427 TTATGTAAGT-TGTAAG
1 TTATGT-ATTATGTAAG
*
443 TTATTATGTATTATGTAGG
1 ---TTATGTATTATGTAAG
*
462 TTATGTAAGTTGTGTAAG
1 TTATGT-A-TTATGTAAG
* *
480 ATATTTAAGTTATGTAAG
1 TTATGT-A-TTATGTAAG
* *
498 TTTTGCATTATGTAAG
1 TTATGTATTATGTAAG
*
514 TTATGTATGCTATGTATAA
1 TTATGTAT--TATGTA-AG
* *
533 TGTAAGTTAATATGTAAG
1 T-TATG-TATTATGTAAG
* *
551 TAACGTATTATGTAAG
1 TTATGTATTATGTAAG
* *
567 TTTATATAAAAATTTTATATAAG
1 -TTATGT----A--TTATGTAAG
590 TTATGTATTATGTAAG
1 TTATGTATTATGTAAG
** *
606 ----GTAACATATAAG
1 TTATGTATTATGTAAG
618 TTATG-A--ATGTAAG
1 TTATGTATTATGTAAG
631 TTATGTATTATGTAAG
1 TTATGTATTATGTAAG
* *
647 TTATTTAAATTATTTAAG
1 TTATGT--ATTATGTAAG
* *
665 TTGTGTATTATATAAG
1 TTATGTATTATGTAAG
*
681 TCATGT
1 TTATGT
687 TGCTATGTGT
Statistics
Matches: 224, Mismatches: 50, Indels: 70
0.65 0.15 0.20
Matches are distributed among these distances:
12 9 0.04
13 24 0.11
14 1 0.00
15 1 0.00
16 75 0.33
17 9 0.04
18 67 0.30
19 19 0.08
20 3 0.01
21 3 0.01
22 5 0.02
23 8 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.03, G:0.17, T:0.45
Consensus pattern (16 bp):
TTATGTATTATGTAAG
Found at i:388 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 370--397 Score: 56
Period size: 13 Copynumber: 2.2 Consensus size: 13
360 TTTTATGTAT
370 TATGTAAGTTATG
1 TATGTAAGTTATG
383 TATGTAAGTTATG
1 TATGTAAGTTATG
396 TA
1 TA
398 ACTTACATAA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 15 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.00, G:0.21, T:0.46
Consensus pattern (13 bp):
TATGTAAGTTATG
Found at i:641 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 586--646 Score: 63
Period size: 20 Copynumber: 3.0 Consensus size: 21
576 AAATTTTATA
586 TAAGTTATGTATTATGTAAGG
1 TAAGTTATGTATTATGTAAGG
** * *
607 TAACATAT-AAGTTATG-AATG
1 TAAGTTATGTA-TTATGTAAGG
627 TAAGTTATGTATTATGTAAG
1 TAAGTTATGTATTATGTAAG
647 TTATTTAAAT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 8, Indels: 6
0.67 0.19 0.14
Matches are distributed among these distances:
20 15 0.52
21 14 0.48
ACGTcount: A:0.38, C:0.02, G:0.20, T:0.41
Consensus pattern (21 bp):
TAAGTTATGTATTATGTAAGG
Done.