Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold704
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 9353
ACGTcount: A:0.33, C:0.18, G:0.15, T:0.34
Found at i:1342 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 1302--1373 Score: 144
Period size: 36 Copynumber: 2.0 Consensus size: 36
1292 TAAGCAGTAT
1302 CAGGATAAGTTACATCCATCCTTGATGAGGAGGTAC
1 CAGGATAAGTTACATCCATCCTTGATGAGGAGGTAC
1338 CAGGATAAGTTACATCCATCCTTGATGAGGAGGTAC
1 CAGGATAAGTTACATCCATCCTTGATGAGGAGGTAC
1374 TAGGCGGGCA
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
36 36 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.19, G:0.25, T:0.25
Consensus pattern (36 bp):
CAGGATAAGTTACATCCATCCTTGATGAGGAGGTAC
Found at i:1742 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 1723--2277 Score: 194
Period size: 16 Copynumber: 33.9 Consensus size: 16
1713 TATTAGGTAA
*
1723 ATTATGTAAGTTTTGT
1 ATTATGTAAGTTATGT
*
1739 ATTATATAAGTTATGT
1 ATTATGTAAGTTATGT
*
1755 AAGTTATGT-A-TTCTGT
1 -A-TTATGTAAGTTATGT
* *
1771 AAGCTATGTAAGTTGTGT
1 -A-TTATGTAAGTTATGT
* *
1789 ATTATGTTAGTTGTGT
1 ATTATGTAAGTTATGT
*
1805 ACTATGTAAGTTATGT
1 ATTATGTAAGTTATGT
*
1821 ATTATGTATGTTATGT
1 ATTATGTAAGTTATGT
*
1837 ATAATATTAATTAAGTTATGT
1 AT--TA-T--GTAAGTTATGT
* *
1858 ATAATATTAATTAAGTTGTGT
1 AT--TA-T--GTAAGTTATGT
*
1879 ATTATGTAATTTATGT
1 ATTATGTAAGTTATGT
1895 AAGTTATGT-A-TTATGT
1 -A-TTATGTAAGTTATGT
* *
1911 ATTTTGTATGTTATGT
1 ATTATGTAAGTTATGT
* * *
1927 ATAATTTTAA-TTAAG-
1 ATTA-TGTAAGTTATGT
*
1942 -TTGTGT-A-TTATGT
1 ATTATGTAAGTTATGT
*
1955 ATTATGTATGTTATGT
1 ATTATGTAAGTTATGT
* *
1971 ACTATGTTAGTTATGT
1 ATTATGTAAGTTATGT
*
1987 ACTATGTAAGTTATGT
1 ATTATGTAAGTTATGT
* *
2003 ATAATATTAATTAAGTTGTGT
1 AT--TA-T--GTAAGTTATGT
2024 ATTATGT-A-TTATGT
1 ATTATGTAAGTTATGT
*
2038 ATTATGTATGTTATGT
1 ATTATGTAAGTTATGT
* *
2054 ATAATATTAATTAAGTTGTGT
1 AT--TA-T--GTAAGTTATGT
* *
2075 ATAATGTAAGTTATGC
1 ATTATGTAAGTTATGT
2091 A--A-G-AA---ATGT
1 ATTATGTAAGTTATGT
*
2100 ATTATGTAAGTTGTGT
1 ATTATGTAAGTTATGT
*
2116 A-TA---ATGTTA-G-
1 ATTATGTAAGTTATGT
2126 -TTATCG-AAGTTATGT
1 ATTAT-GTAAGTTATGT
*
2141 ATTATGTAAGTTATTT
1 ATTATGTAAGTTATGT
2157 AAGTTATGTAAGTTATGT
1 -A-TTATGTAAGTTATGT
* *
2175 AAGTTGTGT-A-TAATGTT
1 -A-TTATGTAAGTTATG-T
**
2192 AGTTATCAAAGTTATGT
1 A-TTATGTAAGTTATGT
* *
2209 ACTATGTAAGTTATTT
1 ATTATGTAAGTTATGT
*
2225 AAGTTATGTAAGTTGTGT
1 -A-TTATGTAAGTTATGT
2243 ATTATGTAAGTTATTATGTT
1 ATTATGTAAG---TTATG-T
2263 ATTATGTAAGTTATG
1 ATTATGTAAGTTATG
2278 CAAGTTTTAT
Statistics
Matches: 413, Mismatches: 70, Indels: 111
0.70 0.12 0.19
Matches are distributed among these distances:
9 4 0.01
10 2 0.00
11 2 0.00
12 12 0.03
13 10 0.02
14 25 0.06
15 5 0.01
16 193 0.47
17 22 0.05
18 63 0.15
19 12 0.03
20 11 0.03
21 52 0.13
ACGTcount: A:0.31, C:0.02, G:0.18, T:0.49
Consensus pattern (16 bp):
ATTATGTAAGTTATGT
Found at i:1752 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 1708--2175 Score: 124
Period size: 25 Copynumber: 19.3 Consensus size: 25
1698 TGATATATAT
** *
1708 TTATGTATTAGGTAAATTATGTAAG
1 TTATGTATTATATAAGTTATGTAAG
*
1733 TTTTGTATTATATAAGTTATGTAAG
1 TTATGTATTATATAAGTTATGTAAG
* * *
1758 TTATGTATTCTGTAAGCTATGTAAG
1 TTATGTATTATATAAGTTATGTAAG
* * * *
1783 TTGTGTATTATGTTAGTTGTGT-A-
1 TTATGTATTATATAAGTTATGTAAG
* * *
1806 CTATGTAAGTTATGT-A-TTATGTATG
1 TTATGT-A-TTATATAAGTTATGTAAG
1831 TTATGTA-TA-AT-A-TTAAT-TAAG
1 TTATGTATTATATAAGTT-ATGTAAG
1852 TTATGTA-TA-AT-A-TTAAT-TAAG
1 TTATGTATTATATAAGTT-ATGTAAG
* * *
1873 TTGTGTATTATGTAATTTATGTAAG
1 TTATGTATTATATAAGTTATGTAAG
* * *
1898 TTATGTATTATGT-A-TTTTGTATG
1 TTATGTATTATATAAGTTATGTAAG
* *
1921 TTATGTATAATTTTAATTAAGTTGTGT-A-
1 TTATG--T-ATTAT-A-TAAGTTATGTAAG
* *
1949 TTATGTATTATGTATGTTATGT-A-
1 TTATGTATTATATAAGTTATGTAAG
* * *
1972 CTATGTTAGTTATGT-A-CTATGTAAG
1 TTATG-TA-TTATATAAGTTATGTAAG
*
1997 TTATGTATAATATTAATTAAGTTGTGT-A-
1 TTATGTAT--TA-T-A-TAAGTTATGTAAG
* *
2025 TTATGTATTATGT-A-TTATGTATG
1 TTATGTATTATATAAGTTATGTAAG
2048 TTATGTA-TA-AT-A-TTAAT-TAAG
1 TTATGTATTATATAAGTT-ATGTAAG
* * * *
2069 TTGTGTATAATGTAAGTTATGCAAG
1 TTATGTATTATATAAGTTATGTAAG
** * *
2094 AAATGTATTATGTAAGTTGTGT-A-
1 TTATGTATTATATAAGTTATGTAAG
* **
2117 TAATGTTAGTTATCGAAGTTATGT-A-
1 TTATG-TA-TTATATAAGTTATGTAAG
*
2142 TTATGTAAGTTATTTAAGTTATGTAAG
1 TTATGT-A-TTATATAAGTTATGTAAG
2169 TTATGTA
1 TTATGTA
2176 AGTTGTGTAT
Statistics
Matches: 340, Mismatches: 62, Indels: 81
0.70 0.13 0.17
Matches are distributed among these distances:
21 52 0.15
22 12 0.04
23 54 0.16
24 20 0.06
25 159 0.47
26 10 0.03
27 6 0.02
28 15 0.04
29 3 0.01
30 9 0.03
ACGTcount: A:0.31, C:0.01, G:0.18, T:0.49
Consensus pattern (25 bp):
TTATGTATTATATAAGTTATGTAAG
Found at i:1762 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 1719--2283 Score: 152
Period size: 9 Copynumber: 65.8 Consensus size: 9
1709 TATGTATTAG
*
1719 GTAAATTAT
1 GTAAGTTAT
*
1728 GTAAGTTTT
1 GTAAGTTAT
1737 GT-A-TTAT
1 GTAAGTTAT
*
1744 ATAAGTTAT
1 GTAAGTTAT
1753 GTAAGTTAT
1 GTAAGTTAT
*
1762 GT-A-TTCT
1 GTAAGTTAT
*
1769 GTAAGCTAT
1 GTAAGTTAT
*
1778 GTAAGTTGT
1 GTAAGTTAT
1787 GT-A-TTAT
1 GTAAGTTAT
* *
1794 GTTAGTTGT
1 GTAAGTTAT
*
1803 GT-A-CTAT
1 GTAAGTTAT
1810 GTAAGTTAT
1 GTAAGTTAT
1819 GT-A-TTAT
1 GTAAGTTAT
*
1826 GTATGTTAT
1 GTAAGTTAT
*
1835 GTATAATATTAAT
1 G--TAA-GTT-AT
1848 -TAAGTTAT
1 GTAAGTTAT
*
1856 GTATAATATTAAT
1 G--TAA-GTT-AT
*
1869 -TAAGTTGT
1 GTAAGTTAT
1877 GT-A-TTAT
1 GTAAGTTAT
*
1884 GTAATTTAT
1 GTAAGTTAT
1893 GTAAGTTAT
1 GTAAGTTAT
1902 GT-A-TTAT
1 GTAAGTTAT
*
1909 GT-A-TTTT
1 GTAAGTTAT
*
1916 GTATGTTAT
1 GTAAGTTAT
*
1925 GTATAATTTTAAT
1 G--TAA-GTT-AT
*
1938 -TAAGTTGT
1 GTAAGTTAT
1946 GT-A-TTAT
1 GTAAGTTAT
1953 GT-A-TTAT
1 GTAAGTTAT
*
1960 GTATGTTAT
1 GTAAGTTAT
*
1969 GT-A-CTAT
1 GTAAGTTAT
*
1976 GTTAGTTAT
1 GTAAGTTAT
*
1985 GT-A-CTAT
1 GTAAGTTAT
1992 GTAAGTTAT
1 GTAAGTTAT
*
2001 GTATAATATTAAT
1 G--TAA-GTT-AT
*
2014 -TAAGTTGT
1 GTAAGTTAT
2022 GT-A-TTAT
1 GTAAGTTAT
2029 GT-A-TTAT
1 GTAAGTTAT
2036 GT-A-TTAT
1 GTAAGTTAT
*
2043 GTATGTTAT
1 GTAAGTTAT
*
2052 GTATAATATTAAT
1 G--TAA-GTT-AT
*
2065 -TAAGTTGT
1 GTAAGTTAT
*
2073 GT-A-TAAT
1 GTAAGTTAT
2080 GTAAGTTAT
1 GTAAGTTAT
* **
2089 GCAAGAAAT
1 GTAAGTTAT
2098 GT-A-TTAT
1 GTAAGTTAT
*
2105 GTAAGTTGT
1 GTAAGTTAT
*
2114 GT-A-TAAT
1 GTAAGTTAT
*
2121 GTTAGTTAT
1 GTAAGTTAT
2130 CG-AAGTTAT
1 -GTAAGTTAT
2139 GT-A-TTAT
1 GTAAGTTAT
2146 GTAAGTTAT
1 GTAAGTTAT
*
2155 TTAAGTTAT
1 GTAAGTTAT
2164 GTAAGTTAT
1 GTAAGTTAT
*
2173 GTAAGTTGT
1 GTAAGTTAT
*
2182 GT-A-TAAT
1 GTAAGTTAT
*
2189 GTTAGTTAT
1 GTAAGTTAT
**
2198 CAAAGTTAT
1 GTAAGTTAT
*
2207 GT-A-CTAT
1 GTAAGTTAT
2214 GTAAGTTAT
1 GTAAGTTAT
*
2223 TTAAGTTAT
1 GTAAGTTAT
*
2232 GTAAGTTGT
1 GTAAGTTAT
2241 GT-A-TTAT
1 GTAAGTTAT
2248 GTAAGTTAT
1 GTAAGTTAT
*
2257 -TATGTTATTAT
1 GTAAG---TTAT
2268 GTAAGTTAT
1 GTAAGTTAT
*
2277 GCAAGTT
1 GTAAGTT
2284 TTATTTATTA
Statistics
Matches: 408, Mismatches: 81, Indels: 134
0.65 0.13 0.22
Matches are distributed among these distances:
7 114 0.28
8 41 0.10
9 198 0.49
10 16 0.04
11 16 0.04
12 13 0.03
13 10 0.02
ACGTcount: A:0.31, C:0.02, G:0.18, T:0.49
Consensus pattern (9 bp):
GTAAGTTAT
Found at i:1845 original size:21 final size:23
Alignment explanation
Indices: 1815--1971 Score: 107
Period size: 21 Copynumber: 7.0 Consensus size: 23
1805 ACTATGTAAG
* *
1815 TTATGTATTATGTATGTTATGTA
1 TTATATATTATGTAAGTTATGTA
1838 -TA-ATATTAAT-TAAGTTATGTA
1 TTATATATT-ATGTAAGTTATGTA
*
1859 -TA-ATATTAAT-TAAGTTGTGTA
1 TTATATATT-ATGTAAGTTATGTA
*
1880 TTATGTAATTTATGTAAGTTATGTA
1 TTATAT-A-TTATGTAAGTTATGTA
* * *
1905 TTATGTATTTTGTATGTTATGTA
1 TTATATATTATGTAAGTTATGTA
* *
1928 -TA-ATTTTAAT-TAAGTTGTGTA
1 TTATATATT-ATGTAAGTTATGTA
* *
1949 TTATGTATTATGTATGTTATGTA
1 TTATATATTATGTAAGTTATGTA
1972 CTATGTTAGT
Statistics
Matches: 108, Mismatches: 16, Indels: 20
0.75 0.11 0.14
Matches are distributed among these distances:
21 46 0.43
22 13 0.12
23 27 0.25
24 4 0.04
25 18 0.17
ACGTcount: A:0.31, C:0.00, G:0.15, T:0.54
Consensus pattern (23 bp):
TTATATATTATGTAAGTTATGTA
Found at i:1880 original size:90 final size:92
Alignment explanation
Indices: 1775--2004 Score: 299
Period size: 90 Copynumber: 2.5 Consensus size: 92
1765 TTCTGTAAGC
*
1775 TATGTAAGTTGTGTATTATGTTAGTTGTGTACTATGTAAGTTATGTATTATGTATGTTATGTATA
1 TATGTAAGTTGTGTATTATGTTAGTTATGTACTATGTAAGTTATGTATTATGTATGTTATGTATA
1840 ATATTAATTAAGTTATGTA-TA-ATAT
66 ATATTAATTAAGTTATGTATTATATAT
* * * *
1865 TAAT-TAAGTTGTGTATTATGTAATTTATGTAAGTTATGT-A-TTATGTATTTTGTATGTTATGT
1 T-ATGTAAGTTGTGTATTATGTTAGTTATGT-A-CTATGTAAGTTATGTATTATGTATGTTATGT
* * *
1927 ATAATTTTAATTAAGTTGTGTATTATGTAT
63 ATAATATTAATTAAGTTATGTATTATATAT
* * *
1957 TATGTATGTTATGTACTATGTTAGTTATGTACTATGTAAGTTATGTAT
1 TATGTAAGTTGTGTATTATGTTAGTTATGTACTATGTAAGTTATGTAT
2005 AATATTAATT
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 14, Indels: 14
0.81 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
90 70 0.59
91 10 0.08
92 38 0.32
ACGTcount: A:0.30, C:0.01, G:0.17, T:0.52
Consensus pattern (92 bp):
TATGTAAGTTGTGTATTATGTTAGTTATGTACTATGTAAGTTATGTATTATGTATGTTATGTATA
ATATTAATTAAGTTATGTATTATATAT
Found at i:1961 original size:76 final size:75
Alignment explanation
Indices: 1749--2055 Score: 301
Period size: 76 Copynumber: 4.2 Consensus size: 75
1739 ATTATATAAG
* * * *
1749 TTATGTAAGTTATGTATTCTGTAAGCTATGTAAGTTGTGTAT--TA-T-GTT-AGTTGTGTACTA
1 TTATGTAAGTTATGTATTATGT-A-CTATGTAAGTTATGTATAATATTAATTAAGTTGTGTATTA
1809 TGTAAGTTATGTA-
64 TGT-A-TTATGTAT
*
1822 TTATGTATGTTATGTATAATAT-TA--AT-TAAGTTATGTATAATATTAATTAAGTTGTGTATTA
1 TTATGTAAGTTATGTAT--TATGTACTATGTAAGTTATGTATAATATTAATTAAGTTGTGTATTA
1883 TG---TA---AT
64 TGTATTATGTAT
* * * *
1889 TTATGTAAGTTATGTATTATGTATTTTGTATGTTATGTATAATTTTAATTAAGTTGTGTATTATG
1 TTATGTAAGTTATGTATTATGTACTATGTAAGTTATGTATAATATTAATTAAGTTGTGTATTATG
1954 TATTATGTAT
66 TATTATGTAT
*
1964 GTTATGT-A-CTATGTTAGTTATGTACTATGTAAGTTATGTATAATATTAATTAAGTTGTGTATT
1 -TTATGTAAGTTATG-TA-TTATGTACTATGTAAGTTATGTATAATATTAATTAAGTTGTGTATT
2027 ATGTATTATGTA-
63 ATGTATTATGTAT
*
2039 TTATGTATGTTATGTAT
1 TTATGTAAGTTATGTAT
2056 AATATTAATT
Statistics
Matches: 195, Mismatches: 16, Indels: 45
0.76 0.06 0.18
Matches are distributed among these distances:
65 3 0.02
66 3 0.02
67 16 0.08
68 1 0.01
69 48 0.25
70 2 0.01
71 2 0.01
72 3 0.02
73 19 0.10
74 25 0.13
75 9 0.05
76 64 0.33
ACGTcount: A:0.30, C:0.02, G:0.17, T:0.51
Consensus pattern (75 bp):
TTATGTAAGTTATGTATTATGTACTATGTAAGTTATGTATAATATTAATTAAGTTGTGTATTATG
TATTATGTAT
Found at i:2044 original size:51 final size:51
Alignment explanation
Indices: 1981--2082 Score: 177
Period size: 51 Copynumber: 2.0 Consensus size: 51
1971 ACTATGTTAG
*
1981 TTATGTACTATGTAAGTTATGTATAATATTAATTAAGTTGTGTATTATGTA
1 TTATGTACTATGTAAGTTATGTATAATATTAATTAAGTTGTGTATAATGTA
* *
2032 TTATGTATTATGTATGTTATGTATAATATTAATTAAGTTGTGTATAATGTA
1 TTATGTACTATGTAAGTTATGTATAATATTAATTAAGTTGTGTATAATGTA
2083 AGTTATGCAA
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 3, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
51 48 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.01, G:0.16, T:0.50
Consensus pattern (51 bp):
TTATGTACTATGTAAGTTATGTATAATATTAATTAAGTTGTGTATAATGTA
Found at i:2162 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 2124--2257 Score: 150
Period size: 34 Copynumber: 3.9 Consensus size: 34
2114 GTATAATGTT
2124 AGTTATCG-AAGTTATGTATTATGTAAGTTATTTA
1 AGTTAT-GTAAGTTATGTATTATGTAAGTTATTTA
* *
2158 AGTTATGTAAGTTATGTAAGTTGTGT-A-TAATGTT-
1 AGTTATGTAAGTTATGT-A-TTATGTAAGTTAT-TTA
** *
2192 AGTTATCAAAGTTATGTACTATGTAAGTTATTTA
1 AGTTATGTAAGTTATGTATTATGTAAGTTATTTA
*
2226 AGTTATGTAAGTTGTGTATTATGTAAGTTATT
1 AGTTATGTAAGTTATGTATTATGTAAGTTATT
2258 ATGTTATTAT
Statistics
Matches: 82, Mismatches: 11, Indels: 14
0.77 0.10 0.13
Matches are distributed among these distances:
32 4 0.05
33 5 0.06
34 64 0.78
35 4 0.05
36 5 0.06
ACGTcount: A:0.31, C:0.02, G:0.19, T:0.47
Consensus pattern (34 bp):
AGTTATGTAAGTTATGTATTATGTAAGTTATTTA
Found at i:2194 original size:68 final size:68
Alignment explanation
Indices: 2066--2243 Score: 261
Period size: 68 Copynumber: 2.6 Consensus size: 68
2056 AATATTAATT
* * ** **
2066 AAGTTGTGTATAATGTAAGTTATGCAAGAAATGT-A-TTATGTAAGTTGTGTATAATGTTAGTTA
1 AAGTTATGTATTATGTAAGTTATTTAAGTTATGTAAGTTATGTAAGTTGTGTATAATGTTAGTTA
*
2129 TCG
66 TCA
2132 AAGTTATGTATTATGTAAGTTATTTAAGTTATGTAAGTTATGTAAGTTGTGTATAATGTTAGTTA
1 AAGTTATGTATTATGTAAGTTATTTAAGTTATGTAAGTTATGTAAGTTGTGTATAATGTTAGTTA
2197 TCA
66 TCA
* *
2200 AAGTTATGTACTATGTAAGTTATTTAAGTTATGTAAGTTGTGTA
1 AAGTTATGTATTATGTAAGTTATTTAAGTTATGTAAGTTATGTA
2244 TTATGTAAGT
Statistics
Matches: 101, Mismatches: 9, Indels: 2
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
66 28 0.28
67 1 0.01
68 72 0.71
ACGTcount: A:0.33, C:0.02, G:0.21, T:0.44
Consensus pattern (68 bp):
AAGTTATGTATTATGTAAGTTATTTAAGTTATGTAAGTTATGTAAGTTGTGTATAATGTTAGTTA
TCA
Found at i:2247 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 2101--2283 Score: 116
Period size: 25 Copynumber: 7.4 Consensus size: 25
2091 AAGAAATGTA
* *
2101 TTATGTAAGTTGTGTATAATGTTAG
1 TTATGTAAGTTGTGTATTATGTAAG
*
2126 TTATCG-AAGTTATGTATTATGTAAG
1 TTAT-GTAAGTTGTGTATTATGTAAG
* *
2151 TTATTTAAGTTATGTAAGTTATGTAAG
1 TTATGTAAGTTGTGT-A-TTATGTAAG
* * **
2178 TTGTGTATA-ATGT-TAGTTATCAAAG
1 TTATGTA-AGTTGTGTA-TTATGTAAG
* * *
2203 TTATGT-ACTATGT-AAGTTATTTAAG
1 TTATGTAAGT-TGTGTA-TTATGTAAG
2228 TTATGTAAGTTGTGTATTATGTAAG
1 TTATGTAAGTTGTGTATTATGTAAG
2253 TTAT-T-A--TGT-TATTATGTAAG
1 TTATGTAAGTTGTGTATTATGTAAG
*
2273 TTATGCAAGTT
1 TTATGTAAGTT
2284 TTATTTATTA
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 19, Indels: 27
0.73 0.11 0.16
Matches are distributed among these distances:
20 15 0.12
21 3 0.02
22 1 0.01
23 2 0.02
24 2 0.02
25 80 0.63
26 6 0.05
27 16 0.13
28 1 0.01
ACGTcount: A:0.31, C:0.02, G:0.20, T:0.48
Consensus pattern (25 bp):
TTATGTAAGTTGTGTATTATGTAAG
Found at i:2287 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 2242--2287 Score: 58
Period size: 20 Copynumber: 2.3 Consensus size: 20
2232 GTAAGTTGTG
* *
2242 TATTATGTAAGTTATTATGT
1 TATTATGTAAGTTATCAAGT
2262 TATTATGTAAGTTATGCAAGT
1 TATTATGTAAGTTAT-CAAGT
2283 T-TTAT
1 TATTAT
2288 TTATTACACC
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 2
0.85 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
20 19 0.83
21 4 0.17
ACGTcount: A:0.30, C:0.02, G:0.15, T:0.52
Consensus pattern (20 bp):
TATTATGTAAGTTATCAAGT
Found at i:4885 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 4861--4902 Score: 57
Period size: 19 Copynumber: 2.2 Consensus size: 19
4851 AACGGTGCCG
4861 TTTTGTAAATTTTAGTTTT
1 TTTTGTAAATTTTAGTTTT
* * *
4880 TTTTGTCATTTTTTGTTTT
1 TTTTGTAAATTTTAGTTTT
4899 TTTT
1 TTTT
4903 ATTTCATTTC
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 3, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 20 1.00
ACGTcount: A:0.12, C:0.02, G:0.10, T:0.76
Consensus pattern (19 bp):
TTTTGTAAATTTTAGTTTT
Found at i:5466 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 5433--5498 Score: 73
Period size: 29 Copynumber: 2.2 Consensus size: 29
5423 ACCGTTGAAG
5433 CCCTAAACCTTAAACCCC-AAATCCA-TAAA
1 CCCTAAACCTT--ACCCCTAAATCCATTAAA
* *
5462 CCCTAACCCCTTACCCCTAAATCCATTAAC
1 CCCTAA-ACCTTACCCCTAAATCCATTAAA
5492 CCCTAAA
1 CCCTAAA
5499 GTATAACTCC
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 3, Indels: 6
0.77 0.08 0.15
Matches are distributed among these distances:
28 5 0.16
29 13 0.42
30 13 0.42
ACGTcount: A:0.38, C:0.42, G:0.00, T:0.20
Consensus pattern (29 bp):
CCCTAAACCTTACCCCTAAATCCATTAAA
Found at i:5543 original size:38 final size:37
Alignment explanation
Indices: 5465--5557 Score: 105
Period size: 38 Copynumber: 2.5 Consensus size: 37
5455 CCATAAACCC
* * * **
5465 TAACCCCTTACCCCTAAATCCATTAACCCCTAAAGTA
1 TAACACCTAACCCCTAAATCCACTAACCCCTAAAACA
* * *
5502 TAACTCCTAACCCCTAAATCCCCCTAACCCTTAAAACA
1 TAACACCTAACCCCTAAAT-CCACTAACCCCTAAAACA
5540 TAACACCTAACCCCTAAA
1 TAACACCTAACCCCTAAA
5558 CCTTAAATCC
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 8, Indels: 1
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
37 17 0.36
38 30 0.64
ACGTcount: A:0.38, C:0.40, G:0.01, T:0.22
Consensus pattern (37 bp):
TAACACCTAACCCCTAAATCCACTAACCCCTAAAACA
Found at i:5928 original size:72 final size:74
Alignment explanation
Indices: 5805--5987 Score: 221
Period size: 73 Copynumber: 2.5 Consensus size: 74
5795 AATCCTTGAG
* * *
5805 CATTAGCGGCGCTTT-TCGAAAAATGCCGCTAAATCCCCGAAAGCTCAAGAAAACGGC-TCGTTG
1 CATTAGCAGCGCTTTCTC-AGAAACGCCGCTAAATCCCCGAAAGCTCAAGAAAACGGCATCGTTG
5868 GGCTTAGGTT
65 GGCTTAGGTT
* * *
5878 CATTAGCAGCG-TTTTTTAGAAACGCCGCTAAATCCCGGAAAAGCTC-AGAAAACGGCATCGTTG
1 CATTAGCAGCGCTTTCTCAGAAACGCCGCTAAATCCCCG-AAAGCTCAAGAAAACGGCATCGTTG
5941 GGCTTAGGTT
65 GGCTTAGGTT
** * * *
5951 TTTTTGCGGCGCTTTCTCCGAAACGCCGCTAAATCCC
1 CATTAGCAGCGCTTTCTCAGAAACGCCGCTAAATCCC
5988 TGAGCATTTG
Statistics
Matches: 94, Mismatches: 12, Indels: 7
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
72 31 0.33
73 41 0.44
74 22 0.23
ACGTcount: A:0.26, C:0.26, G:0.23, T:0.25
Consensus pattern (74 bp):
CATTAGCAGCGCTTTCTCAGAAACGCCGCTAAATCCCCGAAAGCTCAAGAAAACGGCATCGTTGG
GCTTAGGTT
Found at i:6120 original size:88 final size:91
Alignment explanation
Indices: 5984--6148 Score: 230
Period size: 88 Copynumber: 1.8 Consensus size: 91
5974 CGCCGCTAAA
* * **
5984 TCCCTGAGCATTTGCGGCGCTTTCTCCGAAATGCCGCTAAATCCCCGAAAGCTCAGAAAAC-G-G
1 TCCCTGAGCACTAGCGGCGCTTTCTCCGAAACACCGCTAAATCCCCGAAAGCTCAGAAAACGGCG
6047 T-GTTGGGCTTAAAAACGCCACGAAG
66 TCGTTGGGCTTAAAAACGCCACGAAG
* * *
6072 TCCCTGAGCACTAGCGGCGCTTTC-CCGAAAACACCGCTAAATCCCCGAAATCTCGGTAAACGGC
1 TCCCTGAGCACTAGCGGCGCTTTCTCCG-AAACACCGCTAAATCCCCGAAAGCTCAGAAAACGGC
6136 GTCGTTGGGCTTA
65 GTCGTTGGGCTTA
6149 GGTTTTTTGC
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 7, Indels: 5
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
87 3 0.05
88 50 0.76
89 1 0.02
90 2 0.03
91 10 0.15
ACGTcount: A:0.25, C:0.30, G:0.24, T:0.21
Consensus pattern (91 bp):
TCCCTGAGCACTAGCGGCGCTTTCTCCGAAACACCGCTAAATCCCCGAAAGCTCAGAAAACGGCG
TCGTTGGGCTTAAAAACGCCACGAAG
Done.