Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: scaffold3376

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 454

Length: 758
ACGTcount: A:0.47, C:0.07, G:0.10, T:0.36


Found at i:479 original size:18 final size:18

Alignment explanation


    Indices: 423--481  Score: 57
    Period size: 18  Copynumber: 3.3  Consensus size: 18

        413 TTTAAAAAAA

                              
        423 TAATTGTTTTAAGTAATT
          1 TAATTGTTTTAAGTAATT

                  ***     *  * 
        441 TAATTAAAATTAA-AAAGT
          1 TAATT-GTTTTAAGTAATT

                              
        459 TAATTGTTTTAAGTAATT
          1 TAATTGTTTTAAGTAATT

                 
        477 TAATT
          1 TAATT

        482 AAAGTTAAAT


Statistics
Matches: 29,  Mismatches: 10, Indels: 4
        0.67            0.23        0.09

Matches are distributed among these distances:
  17    4  0.14
  18   21  0.72
  19    4  0.14

ACGTcount: A:0.42, C:0.00, G:0.08, T:0.49


Consensus pattern (18 bp):   
TAATTGTTTTAAGTAATT

Found at i:494 original size:41 final size:36

Alignment explanation


    Indices: 414--490  Score: 127
    Period size: 36  Copynumber: 2.1  Consensus size: 36

        404 TGTTTATAAT

                                                
        414 TTAAAAAAATAATTGTTTTAAGTAATTTAATTAAAA
          1 TTAAAAAAATAATTGTTTTAAGTAATTTAATTAAAA

                   **                          *
        450 TTAAAAAGTTAATTGTTTTAAGTAATTTAATTAAAG
          1 TTAAAAAAATAATTGTTTTAAGTAATTTAATTAAAA

                 
        486 TTAAA
          1 TTAAA

        491 TTAAGAAGAT


Statistics
Matches: 38,  Mismatches: 3, Indels: 0
        0.93            0.07        0.00

Matches are distributed among these distances:
  36   38  1.00

ACGTcount: A:0.49, C:0.00, G:0.08, T:0.43


Consensus pattern (36 bp):   
TTAAAAAAATAATTGTTTTAAGTAATTTAATTAAAA
Done.