Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold816
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5895
ACGTcount: A:0.29, C:0.12, G:0.13, T:0.26
Warning! 1221 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2754 original size:176 final size:177
Alignment explanation
Indices: 2542--2895 Score: 701
Period size: 176 Copynumber: 2.0 Consensus size: 177
2532 CAAATTCAAA
2542 AGGTAAAGAATTTTGAGGGACTAAATTGCAATTTTACCAAATTAAGTGATGACTCAAGGGTGAAA
1 AGGTAAAGAATTTTGAGGGACTAAATTGCAATTTTACCAAATTAAGTGATGACTCAAGGGTGAAA
2607 TTTCAAAATATTATAAAGGGAAAAATGGTCAAACAGAGAGAGAGAATTATAGAAGGTAATGATGA
66 TTTCAAAATATTATAAAGGGAAAAATGGTCAAACAGAGAGAGAGAATTATAGAAGGTAATGATGA
2672 TGTTTGTGATAATTTTAATTAATTAATTAGATAAATGTTATTTAATT
131 TGTTTGTGATAATTTTAATTAATTAATTAGATAAATGTTATTTAATT
2719 AGGTAAAGAA-TTTGAGGGACTAAATTGCAATTTTACCAAATTAAGTGATGACTCAAGGGTGAAA
1 AGGTAAAGAATTTTGAGGGACTAAATTGCAATTTTACCAAATTAAGTGATGACTCAAGGGTGAAA
2783 TTTCAAAATATTATAAAGGGAAAAATGGTCAAACAGAGAGAGAGAATTATAGAAGGTAATGATGA
66 TTTCAAAATATTATAAAGGGAAAAATGGTCAAACAGAGAGAGAGAATTATAGAAGGTAATGATGA
2848 TGTTTGTGATAATTTTAATTAATTAATTAGATAAATGTTATTTAATT
131 TGTTTGTGATAATTTTAATTAATTAATTAGATAAATGTTATTTAATT
2895 A
1 A
2896 ATATTTTATT
Statistics
Matches: 177, Mismatches: 0, Indels: 1
0.99 0.00 0.01
Matches are distributed among these distances:
176 167 0.94
177 10 0.06
ACGTcount: A:0.43, C:0.05, G:0.20, T:0.32
Consensus pattern (177 bp):
AGGTAAAGAATTTTGAGGGACTAAATTGCAATTTTACCAAATTAAGTGATGACTCAAGGGTGAAA
TTTCAAAATATTATAAAGGGAAAAATGGTCAAACAGAGAGAGAGAATTATAGAAGGTAATGATGA
TGTTTGTGATAATTTTAATTAATTAATTAGATAAATGTTATTTAATT
Done.