genome.fa.s3991.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold372
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  395264

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2174--2252	40	2.0	40	100	0	158	12	16	2	68	1.32
6685--6722	18	2.0	18	90	10	58	76	5	0	18	0.97
17811--17951	72	2.0	71	92	4	239	53	9	4	33	1.52
18021--18057	15	2.5	15	86	4	58	43	16	8	32	1.77
18060--18097	14	2.7	15	88	8	53	42	10	2	44	1.52
22363--22566	88	2.3	90	84	5	256	37	20	8	33	1.84
22584--22638	28	2.0	28	86	10	78	56	0	3	40	1.17
24320--24360	16	2.5	17	84	15	59	26	14	4	53	1.61
30233--30269	18	2.1	18	94	0	65	48	8	10	32	1.67
30465--30504	19	2.0	21	85	9	57	22	27	0	50	1.50
42758--42817	24	2.4	25	81	10	70	36	25	20	18	1.94
52447--52499	27	2.0	26	92	3	88	32	32	18	16	1.94
52378--52573	102	1.9	102	93	0	338	32	28	18	20	1.96
52480--52614	42	3.4	42	75	17	162	31	27	18	22	1.97
52520--52674	33	4.6	33	74	20	126	32	26	21	19	1.97
52480--52649	75	2.3	75	92	0	295	32	27	18	20	1.96
52339--52677	177	1.9	177	91	0	561	31	27	20	20	1.97
56942--57013	21	3.4	21	66	0	54	44	15	22	18	1.86
56948--57060	42	2.7	42	84	2	138	42	16	22	18	1.89
63961--64003	20	2.1	21	82	4	52	48	13	18	18	1.80
66369--66422	27	2.0	27	100	0	108	33	7	14	44	1.73
71254--71348	47	2.0	49	83	4	122	35	25	8	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75473--75537	19	3.3	19	81	8	85	32	1	12	53	1.47
75516--75659	61	2.4	61	97	0	270	30	0	11	57	1.34
75638--75690	27	2.0	27	96	0	97	30	0	15	54	1.41
76840--76898	23	2.6	22	89	5	82	49	0	1	49	1.11
76875--76930	16	3.5	16	92	0	94	50	1	5	42	1.35
76978--77028	16	2.8	19	70	27	56	39	1	7	50	1.42
79750--79789	20	2.0	20	95	0	71	25	10	7	57	1.57
79755--79798	20	2.2	20	83	0	52	31	9	9	50	1.65
81425--81456	10	3.2	10	90	0	55	53	0	6	40	1.26
82352--82396	18	2.5	18	100	0	90	8	35	44	11	1.71
83267--83339	29	2.6	29	79	16	82	38	0	2	58	1.12
83272--83339	5	13.4	5	77	20	70	39	0	1	58	1.07
86189--86229	19	2.2	19	86	0	55	60	2	9	26	1.40
90426--90497	36	2.0	36	91	5	119	22	18	19	40	1.92
90462--90656	45	4.3	45	85	1	248	21	17	18	43	1.89
95901--95933	18	1.9	17	88	11	50	60	3	6	30	1.36
97501--97621	44	2.7	44	82	8	156	25	25	20	28	1.99
97501--97700	44	4.6	45	74	11	150	26	23	21	29	1.99
124625--124657	18	1.9	17	88	11	50	60	3	6	30	1.36
125563--125624	32	1.9	32	100	0	124	35	22	11	30	1.89
127999--128248	130	1.9	130	84	3	333	34	20	14	31	1.92
129557--129627	25	2.9	25	82	2	81	33	21	25	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129623--129751	25	5.2	26	68	18	87	34	21	24	20	1.97
137380--137441	25	2.5	25	89	0	97	32	17	29	20	1.96
137399--137449	25	2.0	25	85	7	68	31	17	25	25	1.97
137504--137582	26	3.2	26	77	12	76	35	21	25	17	1.95
137462--137582	48	2.5	48	80	9	129	35	21	24	18	1.95
138299--138332	17	1.9	18	88	5	52	41	23	0	35	1.55
138572--138777	44	4.5	44	89	8	313	31	23	14	30	1.94
138616--138772	51	3.2	51	92	6	238	31	24	13	31	1.93
138572--138777	95	2.3	88	90	5	313	31	23	14	30	1.94
141047--141080	5	6.4	5	93	6	50	38	20	0	41	1.53
143568--143625	26	2.2	26	78	6	64	37	0	5	56	1.21
145684--145765	40	2.0	40	95	0	146	31	25	12	30	1.92
152363--152520	42	3.7	43	86	2	192	28	15	23	32	1.95
152367--152520	43	3.6	43	86	2	193	28	15	23	32	1.95
153041--153140	44	2.3	45	89	3	150	27	18	26	29	1.98
156479--156514	16	2.2	17	90	5	56	25	8	8	58	1.55
157610--157650	19	2.1	20	86	4	57	39	7	14	39	1.74
166444--166641	42	4.7	43	93	2	305	26	16	25	30	1.97
170527--170594	32	2.2	32	91	2	111	32	16	20	30	1.94
173887--173926	17	2.2	19	86	8	57	65	2	0	32	1.06
193712--193739	12	2.3	12	100	0	56	14	46	17	21	1.84
194652--194875	101	2.2	101	86	0	313	26	22	16	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
197842--197913	34	2.1	34	94	0	126	34	19	18	27	1.95
200863--201073	117	1.8	117	90	0	341	22	10	23	43	1.84
201677--201752	33	2.3	32	84	4	89	26	0	50	23	1.50
201920--202021	50	2.0	51	86	1	143	30	8	25	35	1.86
213294--213335	16	2.6	16	92	3	66	28	0	30	40	1.57
216603--216629	5	5.4	5	100	0	54	22	18	18	40	1.91
217440--217466	7	3.9	7	100	0	54	0	11	0	88	0.50
223033--223137	36	2.7	40	81	8	119	38	22	14	24	1.92
224024--224062	21	1.9	20	84	5	51	0	28	0	71	0.86
224391--224425	13	2.7	13	100	0	70	45	0	0	54	0.99
231840--231883	23	1.9	23	90	0	70	61	4	2	31	1.28
231844--231886	11	3.8	11	80	17	52	65	2	2	30	1.18
237870--238143	123	2.2	124	94	1	480	31	15	20	33	1.93
243255--243283	14	2.1	14	100	0	58	58	20	0	20	1.39
260863--260932	28	2.5	28	86	2	97	12	35	27	24	1.92
269253--269313	28	2.2	27	82	8	70	63	4	11	19	1.45
269469--269514	13	3.5	13	73	26	51	26	19	41	13	1.88
269461--269526	27	2.4	27	100	0	132	25	22	40	10	1.86
269887--269993	27	4.1	27	79	16	127	33	0	14	51	1.48
269933--269993	29	2.1	29	96	0	113	32	1	13	52	1.50
269837--269964	19	6.0	21	78	16	129	32	0	12	53	1.44
273673--273736	22	3.0	22	93	2	103	0	32	3	64	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
273678--273743	22	3.3	18	78	19	69	1	31	3	63	1.19
273824--273932	27	4.0	27	93	0	182	22	37	22	17	1.94
287971--288051	36	2.2	37	84	2	101	41	20	7	29	1.80
288256--288383	43	3.0	43	80	11	154	31	27	17	23	1.97
288757--288790	14	2.4	14	95	0	59	14	29	11	44	1.81
289114--289159	25	1.9	23	83	16	58	39	13	0	47	1.42
289972--290016	23	2.0	23	90	0	72	31	8	4	55	1.51
293410--293655	101	2.4	101	89	0	384	29	25	14	30	1.95
293455--293618	35	4.8	34	68	8	109	28	28	15	28	1.96
297707--297770	22	2.9	22	78	0	83	15	26	20	37	1.92
297686--297770	44	1.9	44	88	4	127	15	28	18	37	1.91
299816--299873	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
300134--300168	18	1.9	18	88	0	52	31	5	17	45	1.71
300224--300282	21	2.8	21	86	0	82	35	16	22	25	1.95
301933--302000	31	2.4	27	83	11	75	26	1	2	69	1.12
302059--302242	90	2.0	92	84	2	237	34	20	9	35	1.84
302570--302780	89	2.4	89	78	7	239	33	8	18	39	1.81
307377--307406	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
320290--320324	16	2.2	16	90	10	54	45	2	14	37	1.59
327521--327577	19	3.1	19	82	14	66	36	0	5	57	1.21
339856--339907	19	2.7	19	76	8	52	57	3	0	38	1.17
343238--343297	30	2.0	30	100	0	120	30	20	16	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
345252--345418	46	3.6	46	87	1	237	27	23	16	32	1.96
347146--347210	23	2.8	23	76	2	67	43	16	10	29	1.82
358105--358153	25	2.0	25	84	8	64	24	6	6	63	1.41
360850--361303	32	14.2	32	80	6	458	31	10	16	41	1.82
360850--361292	64	6.9	64	88	2	622	31	10	16	41	1.83
364264--364294	16	1.9	16	100	0	62	45	0	9	45	1.36
365704--365741	19	2.1	19	85	5	51	26	10	2	60	1.43
372868--372920	21	2.5	21	81	3	61	11	20	16	50	1.76
372899--373046	42	3.5	42	82	8	176	14	22	16	45	1.85
372943--373049	21	5.1	21	64	8	65	14	25	17	42	1.87

Tables:   1   2