genome.fa.s4020.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold291
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  746122

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
224--1036	391	2.1	389	84	3	1073	34	18	12	34	1.88
1003--3151	547	3.9	550	83	3	2639	35	15	11	36	1.85
4073--4159	43	2.0	43	93	0	147	27	28	18	25	1.98
4135--4183	24	2.0	24	100	0	98	22	28	16	32	1.95
4093--4228	67	2.0	68	91	2	220	26	28	16	28	1.97
4158--4254	45	2.2	42	85	5	131	31	27	14	25	1.95
7747--7784	13	2.8	14	88	8	60	36	5	0	57	1.21
8307--8451	7	20.7	7	67	13	57	38	40	0	20	1.57
8400--8473	21	3.5	21	71	12	53	40	36	0	22	1.55
8420--8457	14	2.7	15	88	12	62	42	31	0	26	1.56
8414--8466	14	3.7	15	82	7	56	39	37	0	22	1.54
8465--9115	288	2.3	288	96	0	1214	42	25	3	29	1.70
8944--8976	14	2.4	14	90	10	50	27	45	3	24	1.68
9408--9709	41	7.4	41	86	2	419	28	33	20	17	1.95
9408--9709	163	1.9	163	88	1	462	28	33	20	17	1.95
10320--11555	546	2.3	544	86	3	1702	36	15	11	36	1.83
11538--11564	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
9882--11555	530	3.1	541	84	6	2127	36	15	11	36	1.84
14402--14476	19	3.8	19	86	6	105	37	8	17	37	1.79
14403--14465	21	3.1	21	88	4	94	38	7	15	38	1.77
14677--14715	19	2.0	21	85	10	55	15	10	5	69	1.34
15100--15167	4	17.0	4	78	6	57	23	0	4	72	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21181--21497	44	7.2	44	65	8	160	29	18	25	26	1.98
21135--21547	132	3.1	132	93	0	684	29	18	25	25	1.98
21616--22338	44	16.7	43	69	12	275	29	21	22	26	1.99
21618--21911	89	3.4	86	71	14	253	29	20	23	26	1.99
21658--22038	173	2.2	173	88	4	558	29	20	23	26	1.99
21829--22297	215	2.2	219	83	2	606	29	21	22	25	1.99
22661--22705	23	2.0	23	86	4	65	35	4	20	40	1.72
22671--22715	23	2.0	23	82	4	56	31	4	17	46	1.68
23315--23382	4	17.0	4	78	6	57	23	0	4	72	1.03
24666--24705	3	13.3	3	100	0	80	0	32	0	67	0.91
28917--28959	16	2.6	17	75	14	54	41	6	4	46	1.51
39663--39702	17	2.2	17	86	8	53	65	0	5	30	1.14
43893--44001	53	2.1	52	83	6	132	8	24	9	57	1.57
43910--44013	53	2.0	53	96	0	190	6	21	11	60	1.53
47115--47147	14	2.3	15	94	5	59	39	3	0	57	1.14
49960--50015	29	1.9	29	85	7	78	55	10	1	32	1.45
54738--54792	23	2.3	25	79	20	64	70	7	18	3	1.25
54920--54955	18	1.9	19	88	5	56	2	16	8	72	1.21
61833--61946	43	2.7	43	76	10	115	22	20	25	31	1.98
65110--65454	172	2.0	172	95	0	618	27	12	22	37	1.90
70493--70560	9	7.4	9	85	9	84	41	26	10	22	1.85
72072--72096	13	1.9	13	100	0	50	48	16	0	36	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77627--77720	13	7.1	13	79	4	107	36	6	5	52	1.50
77627--77720	27	3.5	26	78	4	107	36	6	5	52	1.50
77627--77720	40	2.3	40	90	0	143	36	6	5	52	1.50
80162--80210	9	5.4	9	85	0	71	32	14	44	8	1.74
80162--80216	18	3.1	18	81	0	74	30	12	45	10	1.77
94511--94608	31	3.2	32	82	13	102	27	14	8	50	1.71
97094--97125	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
97351--97587	51	4.6	52	75	11	222	32	25	16	25	1.97
97349--97587	102	2.3	102	90	1	363	32	25	16	25	1.96
98732--98768	19	1.9	19	88	0	56	29	13	16	40	1.86
100296--100518	43	5.2	43	88	3	267	30	30	17	21	1.96
100296--100521	86	2.6	86	84	6	298	30	30	16	22	1.96
100545--100667	43	2.9	42	88	9	187	27	30	17	24	1.97
100376--100666	145	2.0	146	97	2	559	29	30	16	24	1.96
105624--105756	7	18.7	7	72	11	74	45	34	0	19	1.51
105624--105814	14	13.4	14	71	13	95	46	32	0	20	1.55
106122--106354	41	5.9	37	74	19	186	30	27	21	19	1.98
106153--106393	41	5.9	40	81	7	258	31	27	21	19	1.97
106122--106390	80	3.4	79	83	7	321	31	26	21	20	1.97
106442--106555	40	2.9	39	80	3	131	22	18	20	38	1.93
106442--106573	40	3.3	40	77	12	130	24	20	18	36	1.95
109237--109277	21	2.0	21	90	0	64	56	7	26	9	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114040--114087	20	2.4	20	89	6	71	39	0	12	47	1.41
114130--114180	19	2.7	19	85	11	61	31	19	3	45	1.69
122124--122595	88	5.3	88	74	8	407	32	19	18	29	1.96
122124--122409	44	6.5	44	88	0	374	32	17	19	30	1.95
122124--122456	133	2.5	132	83	3	312	32	18	19	29	1.95
122121--122591	44	10.5	44	75	9	148	32	19	18	29	1.96
123042--123081	21	1.9	21	89	0	62	55	0	25	20	1.44
133054--133084	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
134457--134587	32	4.3	31	71	9	101	48	13	16	21	1.81
139675--139716	19	2.2	19	91	0	66	19	4	33	42	1.72
144354--144402	23	2.1	23	84	3	62	16	8	20	55	1.66
147798--147898	3	33.7	3	90	4	150	66	0	32	0	0.99
153975--154018	14	3.3	13	87	12	63	61	6	2	29	1.34
153975--154029	26	2.0	28	89	6	87	58	9	1	30	1.40
153978--154029	14	3.9	13	80	12	61	57	9	1	30	1.42
154258--154297	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
163372--163416	16	2.8	16	96	0	81	55	20	0	24	1.43
174470--174516	7	6.6	7	83	11	60	82	4	2	10	0.88
174860--174893	13	2.7	12	86	13	50	14	2	2	79	0.97
175641--175696	3	18.3	3	82	10	69	30	3	1	64	1.21
175630--175699	28	2.5	28	79	11	72	32	2	1	62	1.18
178118--178164	19	2.5	19	86	6	60	27	19	8	44	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
180057--180100	16	3.0	16	75	18	51	75	0	25	0	0.81
180059--180098	11	3.6	11	82	0	53	77	0	22	0	0.77
180515--180557	21	2.0	21	100	0	86	37	9	32	20	1.85
181073--181193	45	2.5	49	84	9	160	41	19	24	14	1.89
182081--182128	24	2.0	24	91	0	78	31	10	27	31	1.90
182505--183102	44	13.6	44	71	11	352	31	18	22	28	1.97
182499--182939	89	5.0	88	78	7	390	31	17	22	28	1.97
183030--183180	41	3.6	40	73	13	133	29	21	21	27	1.99
182721--183182	86	5.3	86	74	10	318	30	20	22	27	1.98
183579--183612	18	1.9	17	88	5	50	47	17	5	29	1.71
184704--184756	3	17.3	3	81	11	63	30	3	1	64	1.22
187443--187489	21	2.2	21	92	0	76	34	23	6	36	1.80
190798--190858	22	2.7	23	80	9	72	49	0	3	47	1.18
190771--190874	23	4.4	24	70	18	74	47	0	3	49	1.20
195386--195432	12	4.0	12	80	2	51	19	4	4	72	1.18
195383--195431	11	4.3	11	77	10	53	18	2	4	75	1.06
199317--199372	18	2.8	21	75	25	59	19	10	0	69	1.17
199333--199381	17	2.8	17	82	11	55	16	12	0	71	1.14
199333--199381	18	2.8	17	81	6	53	16	12	0	71	1.14
199294--199396	52	2.0	52	81	7	120	18	9	2	68	1.30
199289--199399	51	2.2	51	78	12	124	19	9	2	68	1.29
201002--201040	6	6.5	6	84	0	51	17	0	5	76	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204306--204351	21	2.2	21	84	3	58	63	8	0	28	1.24
212897--212994	49	2.0	49	97	0	187	38	19	22	19	1.93
217820--217973	63	2.4	63	93	0	272	23	20	14	41	1.89
222439--222501	31	2.0	31	96	0	117	22	23	17	36	1.95
226549--226574	13	2.0	13	100	0	52	23	15	0	61	1.33
232547--232808	129	2.0	130	97	0	499	44	11	7	37	1.69
239089--239118	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
249158--249208	21	2.4	21	83	0	66	33	15	49	1	1.56
249568--249765	42	4.7	42	89	0	263	38	16	20	25	1.92
252414--252575	31	5.2	31	100	0	324	41	7	18	32	1.78

Tables:   1   2   3