Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold819
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5845
ACGTcount: A:0.21, C:0.14, G:0.20, T:0.42
Warning! 144 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:4979 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 4955--5282 Score: 155
Period size: 21 Copynumber: 15.3 Consensus size: 21
4945 GGTTCCCATT
*
4955 TTAGGGATTAGGGTTTAAGGG
1 TTAGGGTTTAGGGTTTAAGGG
* * **
4976 TTAGAAG--TAGGGGTTGGGGG
1 TTAG-GGTTTAGGGTTTAAGGG
* * *
4996 TTTTGGGTTTAGGG-TTCATGG
1 -TTAGGGTTTAGGGTTTAAGGG
**
5017 TTAGGGTTTTAGGGTTTTGGGG
1 TTAGGG-TTTAGGGTTTAAGGG
* *
5039 TCT-GGGATTT-GGGGTT-CGGG
1 T-TAGGG-TTTAGGGTTTAAGGG
*
5059 TT-GTGGTTTAAGGTTT-AGGG
1 TTAG-GGTTTAGGGTTTAAGGG
*
5079 TATTAGGGTTTGGGGTTTTAA-GG
1 --TTAGGGTTTAGGG-TTTAAGGG
5102 TTAGGGTTTAGGGTTT-AGGG
1 TTAGGGTTTAGGGTTTAAGGG
*
5122 TTTAGGGTTTATGGTTT-AGGG
1 -TTAGGGTTTAGGGTTTAAGGG
*
5143 TTATAGTGTTTAGGGTTT-AGGG
1 -T-TAGGGTTTAGGGTTTAAGGG
**
5165 TTTAGGGTTTAGGGTTTTAGATGTT
1 -TTAGGGTTTAGGG-TTTA-A-GGG
*
5190 TTAGGGTTTAGGGTTTAGGGG
1 TTAGGGTTTAGGGTTTAAGGG
*
5211 TTAGGGTTTTAAGGG-TTAGGGG
1 TTAGGG-TTT-AGGGTTTAAGGG
* *
5233 TTAGGGGTTAGGGTTT-AGGCT
1 TTAGGGTTTAGGGTTTAAGG-G
5254 TTAGGGCTTTAGGGCTTT-AGGG
1 TTAGGG-TTTAGGG-TTTAAGGG
5276 CTTAGGG
1 -TTAGGG
5283 CTTGGGGCTT
Statistics
Matches: 243, Mismatches: 36, Indels: 54
0.73 0.11 0.16
Matches are distributed among these distances:
19 6 0.02
20 40 0.16
21 84 0.35
22 70 0.29
23 27 0.11
24 15 0.06
25 1 0.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.02, G:0.42, T:0.41
Consensus pattern (21 bp):
TTAGGGTTTAGGGTTTAAGGG
Found at i:5229 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 5065--5282 Score: 223
Period size: 29 Copynumber: 7.5 Consensus size: 29
5055 CGGGTTGTGG
* *
5065 TTTAAGGTTTAGGGTATTAGGGTTTGGGGT
1 TTTAGGGTTTAGGGT-TTAGGGTTTAGGGT
*
5095 TTTAAGG-TTAGGGTTTAGGGTTTAGGG-
1 TTTAGGGTTTAGGGTTTAGGGTTTAGGGT
* *
5122 TTTAGGGTTTATGGTTTAGGGTTATAGTG-
1 TTTAGGGTTTAGGGTTTAGGGTT-TAGGGT
5151 TTTAGGGTTTAGGGTTTAGGGTTTAGGGT
1 TTTAGGGTTTAGGGTTTAGGGTTTAGGGT
*
5180 TTTAGATGTTTTAGGGTTTAGGGTTTAGGG-
1 TTTAG--GGTTTAGGGTTTAGGGTTTAGGGT
* *
5210 GTTAGGGTTTTAAGGG-TTAGGGGTTAGGG-
1 TTTAGGG-TTT-AGGGTTTAGGGTTTAGGGT
* * *
5239 GTTAGGGTTTAGGCTTTAGGGCTTTAGGGC
1 TTTAGGGTTTAGGGTTTAGGG-TTTAGGGT
*
5269 TTTAGGGCTTAGGG
1 TTTAGGGTTTAGGG
5283 CTTGGGGCTT
Statistics
Matches: 163, Mismatches: 15, Indels: 20
0.82 0.08 0.10
Matches are distributed among these distances:
27 9 0.06
28 40 0.25
29 66 0.40
30 26 0.16
31 22 0.13
ACGTcount: A:0.16, C:0.02, G:0.40, T:0.42
Consensus pattern (29 bp):
TTTAGGGTTTAGGGTTTAGGGTTTAGGGT
Found at i:5285 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 4993--5282 Score: 243
Period size: 7 Copynumber: 40.4 Consensus size: 7
4983 TAGGGGTTGG
*
4993 GGGTTTT
1 GGGTTTA
5000 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
5007 GGGTTCA
1 GGGTTTA
*
5014 TGG-TTA
1 GGGTTTA
5020 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
*
5028 GGGTTTTG
1 GGG-TTTA
*
5036 GGGTCT-
1 GGGTTTA
5042 GGGATTT-
1 GGG-TTTA
* *
5049 GGGGTTC
1 GGGTTTA
5056 GGG-TT-
1 GGGTTTA
5061 GTGGTTTA
1 G-GGTTTA
*
5069 AGGTTTA
1 GGGTTTA
5076 GGGTATTA
1 GGGT-TTA
*
5084 GGGTTTG
1 GGGTTTA
5091 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
*
5099 AGG-TTA
1 GGGTTTA
5105 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5112 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5119 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5126 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
5133 TGGTTTA
1 GGGTTTA
5140 GGGTTATA
1 GGGTT-TA
*
5148 GTGTTTA
1 GGGTTTA
5155 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5162 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5169 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5176 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
*
5184 GATGTTTTA
1 G--GGTTTA
5193 GGGTTTA
1 GGGTTTA
5200 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
5207 GGGGTTA
1 GGGTTTA
5214 GGGTTTTAA
1 GGG-TTT-A
5223 GGG-TTA
1 GGGTTTA
*
5229 GGGGTTA
1 GGGTTTA
*
5236 GGGGTTA
1 GGGTTTA
5243 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
5250 GGCTTTA
1 GGGTTTA
5257 GGGCTTTA
1 GGG-TTTA
5265 GGGCTTTA
1 GGG-TTTA
*
5273 GGGCTTA
1 GGGTTTA
5280 GGG
1 GGG
5283 CTTGGGGCTT
Statistics
Matches: 238, Mismatches: 27, Indels: 36
0.79 0.09 0.12
Matches are distributed among these distances:
5 1 0.00
6 22 0.09
7 152 0.64
8 53 0.22
9 9 0.04
10 1 0.00
ACGTcount: A:0.14, C:0.02, G:0.42, T:0.42
Consensus pattern (7 bp):
GGGTTTA
Found at i:5472 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 5446--5845 Score: 336
Period size: 7 Copynumber: 56.9 Consensus size: 7
5436 NNNNNNNNTG
5446 GGGGTTTT
1 GGGG-TTT
5454 GGGG-TT
1 GGGGTTT
5460 -GGGTTT
1 GGGGTTT
5466 GGGGTTT
1 GGGGTTT
*
5473 GGGG-TG
1 GGGGTTT
5479 GGGGTTT
1 GGGGTTT
5486 GGGGTTT
1 GGGGTTT
5493 GGGGTTT
1 GGGGTTT
*
5500 AGGGG-TG
1 -GGGGTTT
5507 GGGGTTT
1 GGGGTTT
5514 GGGGTTTTT
1 GGGG--TTT
5523 GGGG-TT
1 GGGGTTT
5529 -GGGTTT
1 GGGGTTT
5535 GGGGTTT
1 GGGGTTT
5542 -GGGTTT
1 GGGGTTT
**
5548 TAGGTTT
1 GGGGTTT
5555 GGGGTTT
1 GGGGTTT
*
5562 AGGGTTTTT
1 -GGG-GTTT
5571 GGGG-TT
1 GGGGTTT
5577 -GGGTTT
1 GGGGTTT
5583 GGGGTTTTT
1 GGGG--TTT
5592 GGGG-TT
1 GGGGTTT
5598 -GGGTTT
1 GGGGTTT
*
5604 AGGGTTT
1 GGGGTTT
*
5611 AGGGTTT
1 GGGGTTT
**
5618 TAGGTTT
1 GGGGTTT
5625 GGGGTTT
1 GGGGTTT
*
5632 AGGGTTTT
1 -GGGGTTT
*
5640 TGGGTTT
1 GGGGTTT
5647 GGGGTTT
1 GGGGTTT
5654 GGGGTTT
1 GGGGTTT
*
5661 AGGGTTT
1 GGGGTTT
**
5668 TAGGTTT
1 GGGGTTT
5675 GGGGTTT
1 GGGGTTT
*
5682 AGGGTTTT
1 -GGGGTTT
*
5690 TGGGTTT
1 GGGGTTT
5697 GGGGTTT
1 GGGGTTT
5704 GGGGTTT
1 GGGGTTT
*
5711 AGGGTTT
1 GGGGTTT
**
5718 TAGGTTT
1 GGGGTTT
5725 GGGGTTT
1 GGGGTTT
*
5732 AGGGTTTT
1 -GGGGTTT
*
5740 TGGGTTT
1 GGGGTTT
5747 GGGGTTT
1 GGGGTTT
5754 GGGGTTT
1 GGGGTTT
*
5761 AGGGTTT
1 GGGGTTT
**
5768 TAGGTTT
1 GGGGTTT
5775 GGGGTTT
1 GGGGTTT
*
5782 AGGGTTTT
1 -GGGGTTT
*
5790 TGGGTTT
1 GGGGTTT
*
5797 AGGGTTT
1 GGGGTTT
5804 GGGGTTTT
1 GGGG-TTT
*
5812 AGGGTTT
1 GGGGTTT
5819 GGGGTTT
1 GGGGTTT
5826 GGGGTTT
1 GGGGTTT
*
5833 AGGGTTT
1 GGGGTTT
*
5840 AGGGTT
1 GGGGTT
Statistics
Matches: 321, Mismatches: 48, Indels: 47
0.77 0.12 0.11
Matches are distributed among these distances:
5 12 0.04
6 31 0.10
7 217 0.68
8 44 0.14
9 17 0.05
ACGTcount: A:0.05, C:0.00, G:0.49, T:0.46
Consensus pattern (7 bp):
GGGGTTT
Found at i:5670 original size:50 final size:50
Alignment explanation
Indices: 5479--5839 Score: 484
Period size: 50 Copynumber: 7.3 Consensus size: 50
5469 GTTTGGGGTG
* * * * * *
5479 GGGGTTT-GGGGTTTGGGGTTTAGGGG-TGGGGGTTTGGGGTTTTTGGGGTT
1 GGGGTTTAGGGTTTTTGGGTTT-GGGGTTTGGGGTTTAGGG-TTTTAGGTTT
* ** * *
5529 -GGGTTT-GGG-GTTTGGGTTTTAGGTTTGGGGTTTAGGGTTTTTGGGGTT
1 GGGGTTTAGGGTTTTTGGGTTTGGGGTTTGGGGTTTAGGG-TTTTAGGTTT
* * *
5577 -GGGTTTGGGGTTTTTGGGGTT-GGGTTTAGGGTTTAGGGTTTTAGGTTT
1 GGGGTTTAGGGTTTTTGGGTTTGGGGTTTGGGGTTTAGGGTTTTAGGTTT
5625 GGGGTTTAGGGTTTTTGGGTTTGGGGTTTGGGGTTTAGGGTTTTAGGTTT
1 GGGGTTTAGGGTTTTTGGGTTTGGGGTTTGGGGTTTAGGGTTTTAGGTTT
5675 GGGGTTTAGGGTTTTTGGGTTTGGGGTTTGGGGTTTAGGGTTTTAGGTTT
1 GGGGTTTAGGGTTTTTGGGTTTGGGGTTTGGGGTTTAGGGTTTTAGGTTT
5725 GGGGTTTAGGGTTTTTGGGTTTGGGGTTTGGGGTTTAGGGTTTTAGGTTT
1 GGGGTTTAGGGTTTTTGGGTTTGGGGTTTGGGGTTTAGGGTTTTAGGTTT
* **
5775 GGGGTTTAGGGTTTTTGGGTTTAGGGTTTGGGGTTTTAGGGTTTGGGGTTT
1 GGGGTTTAGGGTTTTTGGGTTTGGGGTTTGGGG-TTTAGGGTTTTAGGTTT
5826 GGGGTTTAGGGTTT
1 GGGGTTTAGGGTTT
5840 AGGGTT
Statistics
Matches: 287, Mismatches: 18, Indels: 11
0.91 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
47 2 0.01
48 44 0.15
49 46 0.16
50 166 0.58
51 29 0.10
ACGTcount: A:0.05, C:0.00, G:0.48, T:0.47
Consensus pattern (50 bp):
GGGGTTTAGGGTTTTTGGGTTTGGGGTTTGGGGTTTAGGGTTTTAGGTTT
Found at i:5744 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 5662--5845 Score: 152
Period size: 29 Copynumber: 6.9 Consensus size: 29
5652 TTGGGGTTTA
5662 GGGTTTTAGGTTTGGGGTTTAGGGTTTTT
1 GGGTTTTAGGTTTGGGGTTTAGGGTTTTT
* *
5691 --G-----GGTTTGGGGTTT-GGGGTTTA
1 GGGTTTTAGGTTTGGGGTTTAGGGTTTTT
5712 GGGTTTTAGGTTTGGGGTTTAGGGTTTTT
1 GGGTTTTAGGTTTGGGGTTTAGGGTTTTT
* *
5741 GGG--T-----TTGGGGTTT-GGGGTTTA
1 GGGTTTTAGGTTTGGGGTTTAGGGTTTTT
5762 GGGTTTTAGGTTTGGGGTTTAGGGTTTTT
1 GGGTTTTAGGTTTGGGGTTTAGGGTTTTT
*
5791 GGG-TTTAGGGTTTGGGGTTTTAGGG-TTTG
1 GGGTTTTA-GGTTTGGGG-TTTAGGGTTTTT
** *
5820 GGGTTTGGGGTTTAGGGTTTAGGGTT
1 GGGTTTTAGGTTTGGGGTTTAGGGTT
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 12, Indels: 40
0.70 0.07 0.23
Matches are distributed among these distances:
21 15 0.12
22 21 0.17
23 2 0.02
27 2 0.02
28 32 0.26
29 42 0.34
30 9 0.07
ACGTcount: A:0.07, C:0.00, G:0.46, T:0.47
Consensus pattern (29 bp):
GGGTTTTAGGTTTGGGGTTTAGGGTTTTT
Done.