genome.fa.s4358.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold358
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  447680

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3371--3408	12	3.5	11	82	17	53	68	0	0	31	0.90
6328--6385	26	2.3	26	84	3	73	43	5	20	31	1.74
11769--11832	25	2.5	26	89	5	103	35	10	15	37	1.83
12931--13159	35	6.4	36	80	6	234	37	16	22	24	1.94
12931--13159	71	3.2	71	89	1	352	37	16	22	24	1.94
15137--15170	18	1.9	18	88	5	52	38	0	8	52	1.33
15269--15511	126	1.9	126	84	3	319	30	18	20	30	1.97
15381--15801	139	3.1	139	83	3	492	31	19	19	28	1.97
19364--19514	35	4.3	35	87	0	176	14	11	28	45	1.81
21522--21871	140	2.5	139	92	2	560	39	8	6	46	1.59
27865--27899	16	2.2	16	89	0	52	31	0	2	65	1.07
47029--47073	20	2.2	20	88	7	65	20	4	8	66	1.36
61944--61977	18	1.9	18	88	5	52	20	26	38	14	1.91
62534--62579	13	3.5	13	80	14	58	15	15	15	54	1.72
65139--65175	18	2.2	16	90	9	56	21	45	0	32	1.52
73158--73210	22	2.4	22	96	0	97	47	5	16	30	1.70
93004--93465	2	231.0	2	100	0	924	50	0	0	50	1.00
95977--96001	6	4.2	6	100	0	50	32	0	0	68	0.90
97760--97801	16	2.6	16	84	3	57	45	2	2	50	1.27
112169--112210	19	2.3	19	87	4	59	40	7	19	33	1.78
116718--116767	23	2.2	24	82	13	61	36	4	6	54	1.44
118013--118058	23	2.1	21	84	11	58	60	6	2	30	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118977--119047	36	2.0	36	94	0	124	26	12	12	47	1.77
123919--123989	36	2.0	36	94	0	124	28	11	12	47	1.76
131059--131167	54	2.0	54	96	0	200	40	22	5	32	1.77
134116--134150	17	2.0	18	94	5	63	11	0	17	71	1.14
137886--137939	27	2.0	27	82	7	65	37	35	16	11	1.84
140949--142662	668	2.6	641	89	3	2572	29	16	15	39	1.89
142266--142294	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
146334--146371	15	2.6	14	88	8	58	15	23	2	57	1.51
148456--148511	25	2.2	25	96	0	103	39	23	3	33	1.72
157641--157685	21	2.1	21	84	8	56	60	13	2	24	1.45
166512--166607	31	3.1	31	92	3	156	32	8	12	46	1.71
166515--166608	32	3.0	31	92	3	152	32	8	13	44	1.74
174773--174860	25	3.5	25	95	0	158	15	19	23	40	1.90
174941--175023	25	3.3	24	80	12	87	15	25	24	34	1.95
174943--175010	26	2.7	25	86	4	91	14	27	25	32	1.95
174977--175070	25	3.7	26	79	9	97	20	25	21	32	1.97
174977--175081	25	4.2	25	77	9	90	20	25	21	32	1.97
177017--177091	17	4.4	17	77	3	78	20	16	28	36	1.93
181825--181918	47	2.0	47	91	0	152	31	9	26	31	1.88
183918--183959	21	2.0	21	100	0	84	28	14	14	42	1.84
188679--188708	16	1.9	16	93	6	53	66	0	6	26	1.16
190400--190431	6	5.3	6	96	0	55	15	56	0	28	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
192441--192482	18	2.4	17	78	21	50	54	2	0	42	1.13
198719--199150	97	4.6	97	89	5	613	38	2	19	39	1.63
199187--199601	126	3.3	126	91	1	670	33	17	20	28	1.95
203272--203328	30	1.9	30	92	0	96	8	10	47	33	1.69
204911--204943	11	3.0	11	95	0	57	51	0	21	27	1.48
207085--207141	30	1.9	30	88	0	87	29	49	10	10	1.71
211021--211409	94	4.1	94	90	5	595	39	19	2	39	1.64
211021--211409	189	2.0	189	90	3	611	39	19	2	39	1.64
214024--214155	36	3.4	36	77	18	147	28	17	17	36	1.93
214041--214192	46	3.5	46	78	17	198	28	20	14	36	1.92
214024--214192	82	2.1	82	95	0	302	29	18	15	36	1.92
214306--214437	36	3.4	36	77	18	147	28	17	17	36	1.93
214323--214474	46	3.5	46	78	17	198	28	20	14	36	1.92
213912--214477	282	2.0	283	99	0	1125	30	16	14	38	1.89
214306--214474	82	2.1	82	95	0	302	29	18	15	36	1.92
221151--221182	10	3.2	10	100	0	64	31	28	21	18	1.97
225926--225952	12	2.2	12	100	0	54	33	7	25	33	1.84
228762--228791	15	1.9	16	93	6	53	43	0	0	56	0.99
230651--230691	20	2.0	20	86	9	57	48	12	26	12	1.75
236735--236765	16	1.9	16	93	0	53	41	25	19	12	1.87
236872--236911	21	1.9	21	89	0	62	27	15	20	37	1.92
237630--237661	6	5.7	6	85	14	50	31	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
241579--241821	23	10.5	23	73	11	183	31	3	23	41	1.72
241579--241836	70	3.7	68	75	9	193	31	3	23	41	1.72
241579--241836	47	5.6	47	82	5	276	31	3	23	41	1.72
241713--241840	23	5.6	23	71	14	79	30	3	23	42	1.72
242368--242463	45	2.2	44	90	5	149	38	25	4	32	1.75
242442--242481	16	2.5	16	91	0	62	30	25	7	37	1.83
244772--244869	48	2.1	47	86	5	137	37	13	18	30	1.89
251498--251527	14	2.1	14	93	0	51	46	10	10	33	1.71
253155--253230	38	2.0	38	97	0	143	35	23	9	31	1.86
254036--254144	25	4.4	25	79	5	107	31	20	23	24	1.98
267474--269392	964	2.0	964	100	0	3838	34	18	15	31	1.93
273272--273366	25	3.8	25	83	6	122	30	22	23	24	1.99
273281--273377	50	1.9	50	81	4	115	31	23	21	22	1.98
284484--284644	82	2.0	82	96	0	295	40	6	8	44	1.60
291810--291946	70	2.0	70	97	0	256	36	5	11	45	1.65
294661--294736	37	2.1	37	97	0	143	25	11	15	47	1.80
296633--296678	10	4.8	10	82	17	62	73	2	10	13	1.17
296723--296760	13	2.8	14	80	8	51	71	0	28	0	0.87
296724--296766	18	2.4	17	84	7	50	74	0	25	0	0.82
297093--297122	14	2.1	14	100	0	60	36	13	16	33	1.88
297308--297337	14	2.1	14	93	0	51	10	43	10	36	1.72
297960--297991	16	2.0	16	93	0	55	31	15	12	40	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
313919--313953	15	2.3	15	90	0	52	40	14	0	45	1.45
315563--315596	15	2.3	15	89	0	50	50	2	14	32	1.58
316855--316953	43	2.3	43	73	3	101	33	24	22	20	1.97
319808--319888	41	2.0	41	90	0	126	14	24	38	22	1.92
319814--319916	41	2.5	41	82	6	120	16	26	34	22	1.95
327114--327166	27	2.0	27	92	0	88	30	20	20	28	1.98
330296--330325	15	2.0	15	100	0	60	26	13	20	40	1.89
336017--336148	44	3.0	44	85	2	185	31	18	8	40	1.81
336981--337020	2	20.0	2	100	0	80	0	50	0	50	1.00
346813--347072	9	27.1	9	66	16	105	32	3	4	59	1.33
346853--347057	19	10.7	19	66	21	65	33	2	3	60	1.26
346853--346917	21	3.3	20	78	21	75	33	0	4	61	1.16
346950--347040	48	1.9	46	86	8	130	34	2	3	60	1.25
354578--354602	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
355164--355200	17	2.2	18	85	9	51	56	13	5	24	1.58
358575--358635	29	2.0	31	81	12	74	49	11	13	26	1.75
358771--358849	31	2.5	31	85	0	104	25	11	15	48	1.78
366253--366453	84	2.4	83	86	4	280	35	29	8	26	1.87
367610--367654	19	2.4	19	89	10	67	33	0	2	64	1.06
368026--368126	29	3.4	29	70	12	89	26	21	6	44	1.77
368019--368181	59	2.7	59	83	2	193	23	20	6	49	1.71
368018--368181	60	2.7	59	81	5	186	23	20	6	50	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
368027--368179	29	5.2	29	64	18	73	23	21	5	49	1.71
382635--382819	42	4.4	42	78	2	192	32	20	11	35	1.89
382635--382823	14	13.5	14	79	0	153	32	20	12	35	1.89
382746--382854	56	1.9	56	85	3	148	33	17	13	35	1.89
394623--394740	43	2.8	41	73	11	96	26	16	24	33	1.96
396376--396481	20	5.3	20	74	0	77	23	19	21	34	1.96
396376--396495	40	3.0	40	86	0	168	24	20	20	34	1.97
401740--401796	9	5.8	10	80	14	57	42	3	0	54	1.17
401731--401790	9	6.3	9	79	9	57	40	3	1	55	1.27
401732--401772	19	2.1	20	86	4	57	39	0	2	58	1.11

Tables:   1   2