genome.fa.s4438.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold406
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  305902

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2404--2510	42	2.5	43	87	4	155	34	25	18	21	1.96
2911--3001	43	2.1	43	84	6	114	45	10	10	32	1.75
4074--4110	19	2.0	18	89	5	56	32	2	2	62	1.23
5260--5353	40	2.3	40	85	7	129	37	22	14	25	1.93
10395--10449	23	2.4	21	80	17	56	61	3	7	27	1.39
15173--15384	107	2.0	107	91	0	343	29	19	18	33	1.95
18152--18196	22	2.0	22	100	0	90	26	8	17	46	1.78
19739--19777	20	2.1	19	85	9	53	33	0	0	66	0.92
19773--19818	19	2.4	20	82	10	60	45	0	4	50	1.21
22551--22582	15	2.3	15	89	10	50	40	0	18	40	1.51
23445--23522	38	2.1	38	95	0	138	38	17	17	25	1.92
28255--28320	13	5.1	13	84	0	87	30	4	25	39	1.76
29748--29807	30	2.0	30	90	6	95	41	1	0	56	1.09
36272--36317	15	2.9	16	78	12	51	63	4	6	26	1.38
46044--46169	43	2.9	43	82	8	157	22	17	28	31	1.96
48319--48362	18	2.4	19	85	11	65	52	18	9	20	1.72
49659--49844	50	3.7	50	78	1	176	27	21	26	24	1.99
52527--52560	2	17.0	2	93	0	59	47	0	2	50	1.16
54525--54617	15	6.3	15	69	14	59	50	31	1	17	1.53
56996--57023	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
59762--59817	7	7.7	7	76	21	53	67	1	0	30	1.01
59903--59932	14	2.1	14	100	0	60	40	6	6	46	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62861--62957	28	3.4	28	85	1	95	51	28	0	19	1.47
63589--63662	37	2.0	37	100	0	148	32	21	27	18	1.97
66921--66982	32	1.9	32	81	12	74	40	3	3	53	1.33
68939--68969	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
72941--72973	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
74216--74581	113	3.3	112	80	7	390	28	20	21	28	1.98
74848--74897	24	2.1	24	100	0	100	42	4	8	46	1.52
74907--75066	7	22.4	7	72	8	72	21	1	30	46	1.60
74975--75072	29	3.4	29	75	9	94	21	0	34	43	1.53
74956--75072	50	2.3	50	80	1	135	22	0	32	45	1.53
75004--75095	14	6.4	14	70	3	67	25	0	34	40	1.56
74997--75044	15	3.3	15	88	5	71	16	0	41	41	1.48
74975--75096	57	2.1	57	87	0	172	23	0	34	41	1.55
76341--76526	43	4.3	43	80	6	225	25	18	26	29	1.98
76348--76526	86	2.1	86	87	2	252	24	18	26	30	1.98
79286--79313	5	5.6	5	100	0	56	0	0	17	82	0.68
81830--81882	26	2.0	28	85	7	74	45	13	20	20	1.84
82256--82288	3	11.0	3	100	0	66	33	33	0	33	1.58
83284--83318	3	11.7	3	87	0	52	37	2	0	60	1.12
83284--83319	15	2.4	15	95	0	63	38	2	0	58	1.13
95072--95114	22	2.0	22	100	0	86	48	13	4	32	1.63
99248--99363	29	4.0	28	71	9	90	52	32	0	13	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99245--99357	57	2.0	58	82	8	142	49	35	0	14	1.49
100683--100712	15	2.1	15	93	6	53	50	0	0	50	1.00
106538--106576	20	2.0	20	85	5	53	51	5	2	41	1.38
106557--106622	26	2.4	29	75	12	68	53	4	3	39	1.37
111521--111564	21	2.0	22	95	4	81	38	4	13	43	1.65
113115--113147	12	2.8	12	90	4	50	21	12	6	60	1.53
115752--116026	3	91.7	3	100	0	550	66	0	0	33	0.92
118922--118953	10	3.4	10	87	12	50	43	0	0	56	0.99
118917--118959	17	2.6	16	80	20	52	37	0	0	62	0.95
121201--121267	30	2.2	30	94	2	116	61	10	7	20	1.53
129009--129396	195	2.0	196	99	0	769	32	11	21	35	1.89
132030--132097	17	4.1	17	74	11	52	67	4	5	22	1.30
133243--133356	40	2.8	39	77	13	108	37	19	22	20	1.94
133347--133596	113	2.2	112	89	0	383	25	18	25	30	1.98
133761--133832	7	10.3	7	79	5	56	23	0	38	37	1.55
139995--140083	42	2.1	42	81	4	99	23	11	29	35	1.90
141683--142097	207	2.0	208	99	0	823	30	25	4	39	1.75
154845--154878	9	4.0	8	92	7	50	82	2	2	11	0.89
154845--154878	17	2.0	17	88	11	52	82	2	2	11	0.89
155621--155762	72	2.0	73	98	1	277	28	9	8	52	1.63
157391--157486	40	2.4	40	87	3	140	36	21	16	25	1.94
157639--157722	40	2.1	40	86	4	116	39	19	16	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
177697--177759	23	2.9	22	80	13	60	26	7	4	60	1.45
178088--178119	16	2.0	16	100	0	64	31	0	31	37	1.58
178452--178483	16	2.0	16	93	0	55	34	6	25	34	1.81
180331--180408	34	2.2	34	95	4	138	29	28	20	21	1.98
184781--184864	42	2.0	42	97	0	159	42	15	10	30	1.81
191397--191434	18	2.1	19	90	5	60	10	2	5	81	0.94
191920--191975	7	7.7	7	76	21	53	67	1	0	30	1.01
192063--192092	14	2.1	14	93	0	51	40	6	10	43	1.64
192882--192914	9	3.7	9	91	0	57	30	3	30	36	1.73
192619--193173	297	1.9	297	93	1	950	35	16	20	27	1.94
197048--197081	17	1.9	17	88	5	50	29	5	2	61	1.34
200431--200460	13	2.3	13	100	0	60	53	6	0	40	1.27
203202--203231	15	2.1	15	93	6	53	46	0	3	50	1.18
209270--209308	13	3.0	13	80	0	51	20	0	2	76	0.90
217114--217448	43	7.8	43	85	0	420	25	30	18	26	1.98
219227--219382	75	2.0	77	91	7	255	45	5	8	40	1.58
219823--219940	7	16.6	7	77	11	62	40	38	0	21	1.53
219823--219892	21	3.3	22	82	6	81	37	44	0	18	1.50
219887--219935	14	3.4	14	86	5	71	44	32	0	22	1.53
220609--220652	7	6.1	7	84	5	52	40	34	0	25	1.56
220882--220957	40	1.9	40	88	0	116	27	27	18	26	1.98
224999--225058	29	2.0	30	84	9	79	38	3	5	53	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
237204--237480	55	4.8	59	82	7	363	41	6	4	46	1.50
237204--237480	114	2.4	114	89	0	419	41	6	4	46	1.50
241002--241073	36	2.0	36	86	0	99	38	13	6	40	1.72
242045--242095	22	2.3	22	80	9	59	56	9	13	19	1.65
244260--244342	41	2.0	41	97	0	157	57	13	8	20	1.61
244821--244889	34	2.1	33	89	5	104	27	24	23	24	2.00
245353--245390	3	13.0	3	83	5	51	2	2	31	63	1.22
247428--247462	15	2.3	15	90	9	54	51	22	0	25	1.48
249568--249624	28	2.0	28	86	6	80	38	5	0	56	1.22
253198--254288	544	2.0	547	97	0	2064	39	14	12	33	1.83
256640--256700	21	3.0	21	67	13	65	39	3	24	32	1.72
257669--257752	39	2.1	39	82	12	100	46	2	2	48	1.28
259150--259192	15	2.7	15	82	7	50	25	23	0	51	1.49
260803--260833	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
262082--262586	142	3.6	142	94	0	884	32	18	21	27	1.97
269374--269900	142	3.7	142	92	0	856	33	18	21	27	1.96
270593--270646	25	2.1	25	83	13	65	62	9	24	3	1.41
275119--275159	2	20.5	2	100	0	82	0	51	0	48	1.00
287882--287930	10	4.7	10	85	9	62	24	20	0	55	1.44
287885--287917	5	6.6	5	100	0	66	21	18	0	60	1.36
288664--288732	34	2.1	32	86	5	93	27	23	24	24	2.00
289176--289226	2	25.5	2	91	0	66	1	0	43	54	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
292435--292463	10	2.7	11	94	5	51	17	0	0	82	0.66
293392--293434	20	2.2	20	88	8	63	46	16	0	37	1.47
294844--294900	2	28.5	2	100	0	114	0	0	49	50	1.00
295228--295262	2	17.5	2	100	0	70	0	48	0	51	1.00
297217--297399	2	91.5	2	100	0	366	0	50	0	49	1.00
301689--301717	5	6.0	5	92	8	51	20	0	0	79	0.74
302825--302891	25	2.7	26	83	6	84	37	19	16	26	1.93

Tables:   1

The End!