Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold1278
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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Found at i:127 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 5--2163 Score: 960
Period size: 43 Copynumber: 51.2 Consensus size: 43
1 GCCG
** ** * *
5 CATCGGTACCCTGGTGGCTCGGACCTGCGGAAGCCTCAAGCAC
1 CATCGGTACATTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * * * ** *
48 CAGT-GGCACCTTGGT-GTTTGGATGTTTGGTAGCCTCGAGCAC
1 CA-TCGGTACATTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
*** *
90 CATCGGTACATTGGTTTTTCAGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
1 CATCGGTACATTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * * *
133 CATCGATACCA-TGGTGGCTCGGATGTGCAGGAGCATCGAGCAG
1 CATCGGTA-CATTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* ** * *
176 CAGC-G-ACAACTTCATGG-TGGGATGTGCGGGAGCTTCGAGC-C
1 CATCGGTAC-A-TTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * * ** *
217 GTATCGGCACCTCAGTGGCTCAGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
1 -CATCGGTACATTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* ** * * **
261 CACCGGCGCATTGGT-GCTGGGATGTGGGGGAGCCTCGAGCTG
1 CATCGGTACATTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * * *
303 CATCGGTACCTTGCTGGCTCAGATCTGCGGGAGCCTCGAGCAC
1 CATCGGTACATTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * * *
346 TATCGGCACATTGGT-GCTTGGATGTGCGGTAGCCTCGAGCAC
1 CATCGGTACATTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * * ** *
388 CATCGTTA-ACTTGGTTGCTTGGATGTATGGGAGCCTCGAGTAC
1 CATCGGTACA-TTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * * * ** * *
431 TATCGGCACCTTGGT-CCTTTGATGTGTGGGACCCTCGAGCAC
1 CATCGGTACATTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * *
473 CATC-ATCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAG
1 CATCGGT-ACATTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * ** * *
516 CATCGGTAAAATGGT-GCGGGGATGTGCAGGAGCATCGAGC-C
1 CATCGGTACATTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * * * * *
557 ATATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATATGCGGGAGACTCGACCAC
1 -CATCGGTACATTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * * * * **
601 CTTCAGCACCTTGGT-GCTGGGAACTGCGGGAGCCTCGAGCAC
1 CATCGGTACATTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
** * * * * *
643 CAAGGGCA-ACTTGGTTGCTCGGATGTACGGGAGCCTCGAGTAG
1 CATCGGTACA-TTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * * * * ** * * *
686 TATCGGCACCTTAGT-CCTTTGATGTGCGAGAGCCTCGACCAG
1 CATCGGTACATTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * *
728 CATCGGCACCTTGGTGGCTCAGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
1 CATCGGTACATTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * * * * *
771 CACCGGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGGGGGAGCCTAGAGC-C
1 CATCGGTACATTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * * * * *
812 GCATCGGCACGTTGGTGGCTCAGATCTGCGGG-GCCTTG-G-TC
1 -CATCGGTACATTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
** ** *
853 C-T---TTGA-T-GT-G-TCGGACCCT-CGAGCA-CCATC-AGCAC
1 CATCGGTACATTGGTGGCTCGGA-TGTGCG-GGAGCC-TCGAGCAC
* ** * ** * * *
888 C-TTGGTGGATCGGATGTGCGGGGATGTGCAGGAGCATCGAAC-C
1 CATCGGTACATTGG-TG-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
** * * * *
931 GCATCGACACCTTGGTGGCTCGGATGTACGGGAGACTCGA-CAG
1 -CATCGGTACATTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * * ** * *
974 CTTCGGTACCTTGGT-GCTGGGAACTGCGAGAGCCTCGAGTAC
1 CATCGGTACATTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
** * * * *
1016 CATCGGTA-ACTTGGTTACTCGAATGTACGGGAGCCTCGAGTAG
1 CATCGGTACA-TTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * * * ** *
1059 TATCGGCACCTTGGT-CCTTTGATCTGCGGGAGCCTCGAGCAC
1 CATCGGTACATTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * * * *
1101 CATCAGTACCTTGGTGGCTCGAATGTCCGGGAGCCTCGAGCAA
1 CATCGGTACATTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* ** * **
1144 CATCTGTA-ACTTGGT-GCGGGGATGTCCGGGAGCCTCGAGCTG
1 CATCGGTACA-TTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* ** * ** *
1186 CATCGGCACCCTGGTGACTTAGATGTACGGGAGCCTCG-GCA-
1 CATCGGTACATTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* *
1227 -A----T---TTGGT-GCT-GGAAAGTGGGGGAGCCTCGAGC-C
1 CATCGGTACATTGGTGGCTCGG-ATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * * * * * *
1260 GCATCGGCACCTTGGTGGCTCTGATGTGCAGGAGACTCGACCAG
1 -CATCGGTACATTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * * * * * *
1304 CATCAGCACCTTGG-GGCTCAGAGGTACGGGAGCATCGAGCAC
1 CATCGGTACATTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * * *
1346 CATCGGTACCTTGATGGCTCGGATGTACGGGAGCCTCGAGCAG
1 CATCGGTACATTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * * * * *
1389 TATCGGCACCTTGGTGGCCCGGATGTGCGGGATCCTCGAGCAG
1 CATCGGTACATTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * * * * *
1432 CATCGGCACCTTAGTGGCACGGATGTGCAGGAGCCTCGAGCAG
1 CATCGGTACATTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * * * *
1475 CATAGGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCAAGC-C
1 CATCGGTACATTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * **
1516 GCATCGGTACCTTTGTCCCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
1 -CATCGGTACATTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * * * * *
1560 CATCGGCACCTTTGTGGCTCAGATGTGCTGGAGCCTCGACCAC
1 CATCGGTACATTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * *
1603 CATCGGCACATTGGT-GCTTGGATGTGCGGTAGCCTCGAGCAC
1 CATCGGTACATTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * * ** * *
1645 CATCGGCA-ACTTGGTTGCTCAGATGTATGGGACCCTCGCGCAC
1 CATCGGTACA-TTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * *
1688 CATCAGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
1 CATCGGTACATTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * * * * * * **
1731 CATCGGCACCTTGGT-GATGGGATTTGGGGGAGGCTCGAGCGG
1 CATCGGTACATTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * * ** * *
1773 TATCGGCACCTTGCCGGCTCGAATCTGCGGGAGCCTCGAGCAC
1 CATCGGTACATTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * * * * * *
1816 CATCGGCACCTAGGT-GTTTGGATGTTCGGTAGCCTCGAGCAC
1 CATCGGTACATTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* ** * *
1858 CATCGGTACCTTGGT-GCTTAGATGTGCGGCAGCCTCGAGCCC
1 CATCGGTACATTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * * *
1900 CATCGGTACCTTAGTGGCTCGGATCTGCGTGAGCCTCGAGCAC
1 CATCGGTACATTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
** * * * ** *
1943 CATC-G-ACACCGTTGTTCTGGGAACTGCGGGAACCTCGAGCAC
1 CATCGGTACATTGGTG-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * * *
1985 CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGTGGGAGCCTCAAGCAC
1 CATCGGTACATTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * * * * * *
2028 CGTCAAG-ACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGTACCCTCAAGCAC
1 CATC-GGTACATTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * * * * *
2070 CATCGGTACCTTGGTTGTTCGGATATGCGGGAGCCTCGAGTAG
1 CATCGGTACATTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * ** * **
2113 CATCGGCACCTT-GTTACTTGGATGTGCGACAGCCTCGAGCAC
1 CATCGGTACATTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
2155 CATCGGTAC
1 CATCGGTAC
2164 CATGGT
Statistics
Matches: 1593, Mismatches: 435, Indels: 177
0.72 0.20 0.08
Matches are distributed among these distances:
31 1 0.00
32 21 0.01
33 12 0.01
34 4 0.00
35 5 0.00
38 3 0.00
39 1 0.00
40 4 0.00
41 31 0.02
42 676 0.42
43 804 0.50
44 26 0.02
45 5 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.27, G:0.33, T:0.22
Consensus pattern (43 bp):
CATCGGTACATTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
Found at i:282 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 78--2169 Score: 1126
Period size: 85 Copynumber: 24.8 Consensus size: 85
68 GATGTTTGGT
* * ** ** **
78 AGCCTCGAGCACCATCGGTACATTGGTTTTTCAGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGATAC
1 AGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGG-TGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC-CGCATCGGCAC
* * *
142 CATGGTGGCTCGGATGTGCAGG
64 CTTGGTGGCTCAGATGTGCGGG
* * * * * ** * * *
164 AGCATCGAGCAGCAGCGACAACTTCATGGTGGGATGTGCGGGAGCTTCGAGCCGTATCGGCACCT
1 AGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCCGCATCGGCACCT
**
229 CAGTGGCTCAGATGTGCGGG
66 TGGTGGCTCAGATGTGCGGG
* * * * * *
249 AGCCTCGAGCACCACCGGCGCATTGGTGCTGGGATGTGGGGGAGCCTCGAGCTGCATCGGTACCT
1 AGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCCGCATCGGCACCT
* *
314 TGCTGGCTCAGATCTGCGGG
66 TGGTGGCTCAGATGTGCGGG
* * * * ** *
334 AGCCTCGAGCACTATCGGCACATTGGTGCTTGGATGTGCGGTAGCCTCGAGCAC-CATCGTTAAC
1 AGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC-CGCATCGGCACC
* ** **
398 TTGGTTGCTTGGATGTATGGG
65 TTGGTGGCTCAGATGTGCGGG
* * * ** * * **
419 AGCCTCGAGTACTATCGGCACCTTGGTCCTTTGATGTGTGGGACCCTCGAGCAC-CATCATCACC
1 AGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC-CGCATCGGCACC
*
483 TTGGTGGCTCGGATGTGCGGG
65 TTGGTGGCTCAGATGTGCGGG
* * *** * * * **
504 AGCCTCGAGCAGCATCGGTAAAATGGTGCGGGGATGTGCAGGAGCATCGAGCCATATCGGCACCT
1 AGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCCGCATCGGCACCT
* *
569 TGGTGGCTCGGATATGCGGG
66 TGGTGGCTCAGATGTGCGGG
* * * * ** ** *
589 AGACTCGACCACCTTCAGCACCTTGGTGCTGGGAACTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CAAGGGCAAC
1 AGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC-CGCATCGGCACC
* * *
653 TTGGTTGCTCGGATGTACGGG
65 TTGGTGGCTCAGATGTGCGGG
* ** * * ** *
674 AGCCTCGAGTAGTATCGGCACCTTAGTCCTTTGATGTGCGAGAGCCTCGA-CCAGCATCGGCACC
1 AGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCC-GCATCGGCACC
738 TTGGTGGCTCAGATGTGCGGG
65 TTGGTGGCTCAGATGTGCGGG
* * * *
759 AGCCTCGAGCACCACCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGGGGGAGCCTAGAGCCGCATCGGCACGT
1 AGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCCGCATCGGCACCT
*
824 TGGTGGCTCAGATCTGCGGG
66 TGGTGGCTCAGATGTGCGGG
* * ** * ** * * *
844 -GCCTTG-G-TCC-TTTG-A---T-GTG-TCGGACCCT-CGAGCA-CCATC-AGCAC-CTTGGTG
1 AGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTGGGA-TGTGCG-GGAGCC-TCGAGC-CGCATCG-G
* * *** *
895 GA--TCGGATGTGCGGGGATGTGCAGG
61 CACCTTGG-TG-GCTCAGATGTGCGGG
* * * * * * * * *
920 AGCATCGAAC-CGCATCGACACCTTGGTGGCTCGGATGTACGGGAGACTCGA-CAGCTTCGGTAC
1 AGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCCGCATCGGCAC
** ** *
983 CTTGGT-GCTGGGAACTGCGAG
64 CTTGGTGGCTCAGATGTGCGGG
* * * * * * * ** *
1004 AGCCTCGAGTACCATCGGTAACTTGGTTACTCGAATGTACGGGAGCCTCGAGTAGTATCGGCACC
1 AGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGG-TGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCCGCATCGGCACC
* ** *
1069 TTGGT-CCTTTGATCTGCGGG
65 TTGGTGGCTCAGATGTGCGGG
* * * * * ** * * *
1089 AGCCTCGAGCACCATCAGTACCTTGGTGGCTCGAATGTCCGGGAGCCTCGAGCAACATCTGTAAC
1 AGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCCGCATCGGCACC
*** *
1154 TTGGT-GCGGGGATGTCCGGG
65 TTGGTGGCTCAGATGTGCGGG
** * ** * *
1174 AGCCTCGAGCTGCATCGGCACCCTGGTGACTTAGATGTACGGGAGCCTC--G--GCA-----A-T
1 AGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTG-CTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCCGCATCGGCACC
* * *
1229 TTGGT-GCT-GGAAAGTGGGGG
65 TTGGTGGCTCAG-ATGTGCGGG
** * * *
1249 AGCCTCGAGC-CGCATCGGCACCTTGGTGGCTCTGATGTGCAGGAGACTCGA-CCAGCATCAGCA
1 AGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCC-GCATCGGCA
* *
1312 CCTTGG-GGCTCAGAGGTACGGG
63 CCTTGGTGGCTCAGATGTGCGGG
* * * * * * *
1334 AGCATCGAGCACCATCGGTACCTTGATGGCTCGGATGTACGGGAGCCTCGAGCAGTATCGGCACC
1 AGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCCGCATCGGCACC
* *
1399 TTGGTGGCCCGGATGTGCGGG
65 TTGGTGGCTCAGATGTGCGGG
* * * ** * * *
1420 ATCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTAGTGGCACGGATGTGCAGGAGCCTCGAGCAGCATAGGCACC
1 AGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCCGCATCGGCACC
**
1485 TTGGT-GCTGGGATGTGCGGG
65 TTGGTGGCTCAGATGTGCGGG
* * * * *
1505 AGCCTCAAGC-CGCATCGGTACCTTTGTCCCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCA
1 AGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC-CGCATCGGCA
* *
1568 CCTTTGTGGCTCAGATGTGCTGG
63 CCTTGGTGGCTCAGATGTGCGGG
* * * * *
1591 AGCCTCGACCACCATCGGCACATTGGTGCTTGGATGTGCGGTAGCCTCGAGCAC-CATCGGCAAC
1 AGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC-CGCATCGGCACC
* **
1655 TTGGTTGCTCAGATGTATGGG
65 TTGGTGGCTCAGATGTGCGGG
* * * *
1676 ACCCTCGCGCACCATCAGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCAC
1 AGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC-CGCATCGGCAC
* ** * *
1740 CTTGGT-GATGGGATTTGGGGG
64 CTTGGTGGCTCAGATGTGCGGG
* *** * * *
1761 AGGCTCGAGCGGTATCGGCACCTTGCCG-GCTCGAATCTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCA
1 AGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTG--GTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC-CGCATCGGCA
* * ** * *
1824 CCTAGGT-GTTTGGATGTTCGGT
63 CCTTGGTGGCTCAGATGTGCGGG
* ** * * *
1846 AGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGTGCTTAGATGTGCGGCAGCCTCGAGCCCCATCGGTACCT
1 AGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCCGCATCGGCACCT
* * * *
1911 TAGTGGCTCGGATCTGCGTG
66 TGGTGGCTCAGATGTGCGGG
* * ** *
1931 AGCCTCGAGCACCATCGACACCGTT-GTTCTGGGAACTGCGGGAACCTCGAGCAC-CATCGGCAC
1 AGCCTCGAGCACCATCGGCACC-TTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC-CGCATCGGCAC
* *
1994 CTTGGTGGCTCGGATGTGTGGG
64 CTTGGTGGCTCAGATGTGCGGG
* * * * * * * *
2016 AGCCTCAAGCACCGTCAAG-ACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGTACCCTCAAGCAC-CATCGGTAC
1 AGCCTCGAGCACCATC-GGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC-CGCATCGGCAC
* * * *
2079 CTTGGTTGTTCGGATATGCGGG
64 CTTGGTGGCTCAGATGTGCGGG
* * * * * ** *
2101 AGCCTCGAGTAGCATCGGCACCTTGTTACTTGGATGTGCGACAGCCTCGAGCAC-CATCGGTACC
1 AGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC-CGCATCGGCACC
*
2165 ATGGT
65 TTGGT
Statistics
Matches: 1543, Mismatches: 392, Indels: 143
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
74 5 0.00
75 67 0.04
76 22 0.01
77 5 0.00
78 1 0.00
79 4 0.00
80 2 0.00
81 4 0.00
82 2 0.00
83 5 0.00
84 95 0.06
85 1137 0.74
86 180 0.12
87 14 0.01
ACGTcount: A:0.18, C:0.27, G:0.33, T:0.22
Consensus pattern (85 bp):
AGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCCGCATCGGCACCT
TGGTGGCTCAGATGTGCGGG
Found at i:1254 original size:245 final size:246
Alignment explanation
Indices: 984--1441 Score: 535
Period size: 245 Copynumber: 1.9 Consensus size: 246
974 CTTCGGTACC
* * * *
984 TTGGTGCTGGGAACTGCGAGAGCCTCGAGTAC-CATCGGTAACTTGGTTACTC-GAATGTACGGG
1 TTGGTGCTGGAAACTGCGAGAGCCTCGAG-ACGCATCGGCAACTTGGTGACTCTG-ATGTACAGG
* ** * * * ** * * *
1047 AGCCTCGAGTAGTATCGGCACCTTGGTCCTTTGATCTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCAGTACCT
64 AGACTCGACCAGCATCAGCACCTTGGGCCTCAGAGCTACGGGAGCATCGAGCACCATCAGTACCT
* * * * **
1112 TGGTGGCTCGAATGTCCGGGAGCCTCGAGCAACATCTGTAACTTGGT-GCGGGGATGTCCGGGAG
129 TGATGGCTCGAATGTACGGGAGCCTCGAGCAACATCGGCAACTTGGTGGCCCGGATGTCCGGGAG
*
1176 CCTCGAGCTGCATCGGCACCCTGGTGACTTAGATGTACGGGAGCCTCGGCAAT
194 CCTCGAGCAGCATCGGCACCCTGGTGACTTAGATGTACGGGAGCCTCGGCAAT
* * * * * * *
1229 TTGGTGCTGGAAAGTGGGGGAGCCTCGAGCCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCTGATGTGCAGGAG
1 TTGGTGCTGGAAACTGCGAGAGCCTCGAGACGCATCGGCAACTTGGTGACTCTGATGTACAGGAG
* * *
1294 ACTCGACCAGCATCAGCACCTTGGGGCTCAGAGGTACGGGAGCATCGAGCACCATCGGTACCTTG
66 ACTCGACCAGCATCAGCACCTTGGGCCTCAGAGCTACGGGAGCATCGAGCACCATCAGTACCTTG
* ** * * *
1359 ATGGCTCGGATGTACGGGAGCCTCGAGCAGTATCGGCACCTTGGTGGCCCGGATGTGCGGGATCC
131 ATGGCTCGAATGTACGGGAGCCTCGAGCAACATCGGCAACTTGGTGGCCCGGATGTCCGGGAGCC
1424 TCGAGCAGCATCGGCACC
196 TCGAGCAGCATCGGCACC
1442 TTAGTGGCAC
Statistics
Matches: 172, Mismatches: 38, Indels: 5
0.80 0.18 0.02
Matches are distributed among these distances:
244 1 0.01
245 138 0.80
246 33 0.19
ACGTcount: A:0.19, C:0.26, G:0.34, T:0.21
Consensus pattern (246 bp):
TTGGTGCTGGAAACTGCGAGAGCCTCGAGACGCATCGGCAACTTGGTGACTCTGATGTACAGGAG
ACTCGACCAGCATCAGCACCTTGGGCCTCAGAGCTACGGGAGCATCGAGCACCATCAGTACCTTG
ATGGCTCGAATGTACGGGAGCCTCGAGCAACATCGGCAACTTGGTGGCCCGGATGTCCGGGAGCC
TCGAGCAGCATCGGCACCCTGGTGACTTAGATGTACGGGAGCCTCGGCAAT
Found at i:1498 original size:128 final size:127
Alignment explanation
Indices: 1229--2169 Score: 848
Period size: 128 Copynumber: 7.4 Consensus size: 127
1219 CCTCGGCAAT
* * * * *
1229 TTGGTGC-TGGAAAGTGGGGGAGCCTCGAGCCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCTGATGTGCAGGA
1 TTGGTGCTTGG-ATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGA
* * * * * * * * * *
1293 GACTCGACCAGCATCAGCACCTTGGGGCTCAGAGGTACGGGAGCATCGAGCACCATCGGTACC
65 GCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACC
* * * * *
1356 TTGATGGCTCGGATGTACGGGAGCCTCGAGCAGTATCGGCACCTTGGTGGCCCGGATGTGCGGGA
1 TTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGA
* * * * * *
1421 TCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTAGTGGCACGGATGTGCAGGAGCCTCGAGCAGCATAGGCACC
65 GCCTCGAGCACCATCGGCACCTT-GTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACC
* * * * * **
1485 TTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCAAGCCGCATCGGTACCTTTGTCCCTCGGATGTGCGGGAG
1 TTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAG
* * * *
1550 CCTCGAGCACCATCGGCACCTTTGTGGCTCAGATGTGCTGGAGCCTCGACCACCATCGGCACA
66 CCTCGAGCACCATCGGCACC-TTGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACC
* * * * * ** *
1613 TTGGTGCTTGGATGTGCGGTAGCCTCGAGCACCATCGGCAACTTGGTTGCTCAGATGTATGGGAC
1 TTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAG
* *
1678 CCTCGCGCACCATCAGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACC
66 CCTCGAGCACCATCGGCACCTT-GTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACC
* * * * * * * ** * *
1741 TTGGTGATGGGATTTGGGGGAGGCTCGAGCGGTATCGGCACCTTGCCGGCTCGAATCTGCGGGAG
1 TTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAG
* * * * * *
1806 CCTCGAGCACCATCGGCACCTAG-GTGTTTGGATGTTCGGTAGCCTCGAGCACCATCGGTACC
66 CCTCGAGCACCATCGGCACCTTGTG-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACC
* * ** * * * *
1868 TTGGTGCTTAGATGTGCGGCAGCCTCGAGCCCCATCGGTACCTTAGTGGCTCGGATCTGCGTGAG
1 TTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAG
* * * ** *
1933 CCTCGAGCACCATCGACACCGTTGT-TCTGGGAACTGCGGGAACCTCGAGCACCATCGGCACC
66 CCTCGAGCACCATCGGCACC-TTGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACC
* * * * * * * *
1995 TTGGTGGCTCGGATGTGTGGGAGCCTCAAGCACCGTCAAG-ACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGT
1 TTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATC-GGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGG
* * * * * * * *
2058 ACCCTCAAGCACCATCGGTACCTTGGTTGTTCGGATATGCGGGAGCCTCGAGTAGCATCGGCACC
64 AGCCTCGAGCACCATCGGCACCTT-GTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACC
* * ** * * *
2123 TTGTTACTTGGATGTGCGACAGCCTCGAGCACCATCGGTACCATGGT
1 TTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGT
Statistics
Matches: 648, Mismatches: 153, Indels: 26
0.78 0.19 0.03
Matches are distributed among these distances:
126 4 0.01
127 202 0.31
128 403 0.62
129 39 0.06
ACGTcount: A:0.17, C:0.28, G:0.33, T:0.22
Consensus pattern (127 bp):
TTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAG
CCTCGAGCACCATCGGCACCTTGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACC
Done.