Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold1179
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2457
ACGTcount: A:0.38, C:0.17, G:0.08, T:0.31
Warning! 153 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1747 original size:893 final size:895
Alignment explanation
Indices: 447--2457 Score: 3354
Period size: 893 Copynumber: 2.3 Consensus size: 895
437 NNNNNNNNNN
* * *
447 GCTTAAACCCACGCATGAAATAATAGTTTTTAATTCAAAACTAAGAACCCAAAACTTTATGAGTA
1 GCTTAAACCCATGCATGAAATAATAGTTTTTAATTCAAAACTAAGAACCCAAAACTTTATGTGTC
* * *
512 TAAAATAATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCATATAACATAATTACAATCTATTTAAACATAC
66 CAAAATAATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCATATAACATAATTACAATCTAATTGAACATAC
*
577 TTTCTATAAACTTATGAAAAGCTTTATTAACCTAAACCAAGAGAAGAAATTTCCTTTTTCAAACC
131 TTTCTATAAACTTATGAAAAGCTTTATTAACCTAAACCAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACC
*
642 ACCTTTCCTCG-TTTTAACAAAATTCAGCAGTAATTTACCTTACGAATTCCAAACATTAGTCTAA
196 ACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGCAGTAATTTACCTTACGAATTCCAAACATTAGTCTAA
* * * * * *
706 TTATCACTTAAAACCTGATTAACAGCTCATGTATTAAATTTGTAACCAAAACAGATTTCGAAGAT
261 TTATCACTTAAAACCAGATTAACAACTCATGTATTAAAATTGTAACCAAAACACATGTAGAAGAT
* *
771 TTGTTAACCGAAGTTCCAATCCAAAATTTGCAATGTAAAATCAAAACCTTTCTTCTTAGTTTGAA
326 TTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAATTTGCAACGTAAAATCAAAACCTTTCTTCTTAGTTTGAA
** *
836 AATCATAAACACTTACTTTAGAACGAACATTTGTTAATGAAAATAGCATTTCAGTTAGCTTAAAC
391 AATCATAAACACTTACTTTAGAACGAACATTACTTAAAGAAAATAGCATTTCAGTTAGCTTAAAC
* * * *
901 CCTTGCATTAAATAATAGTTTTTAATTCAAAACCAAGAACCCAAAACTTTATGTGTCCAAAATAA
456 CCATGCATGAAATAATAGTTTGTAATTCAAAACCAAGAACCCAAAACTTTATGAGTCCAAAATAA
* * *
966 TAATAATAAACCCATACCTCTGTTCATATAACATAATTACAATCTAATTGAGA-ATACTTTCTAT
521 TAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCATACAACATAATTACAATCTAATTGA-ACATACTTTCTAT
*
1030 AAACTTATGAAAAGCTTTATTAAACTACACCAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACCACCTTTG
585 AAACTTATGAAAAGCTTTATTAAACTAAACCAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACCACCTTTG
1095 CTCG-TTTTAACAAAATTCAGCAGTAATTTACCTTACGAATTCCAAACATTAGTCT-AATTATCA
650 CTCGCTTTTAACAAAATTCAGCAGTAATTTACCTTACGAATTCCAAACATTA-TCTGAATTATCA
* * * *
1158 CTTAAAACCTGATTAACAGCTCA-TGTATTAAATTTGTAACCAAAATAGATTTCGAAGTTTTGCT
714 CTTAAAACCAGATTAACAGCT-AGTGTATTAAAATTGTAACCAAAACAGATTTAGAAGTTTTGCT
* *
1222 AACCGAAGTTCCAATCCAAAATTTGCAACGTAAAATCAAAACCTTTC-TTCTTAGTTTGATAATC
778 AACCGAAGTTCCAAACCAAAATTTGCAACGTAAAATCAAAACCTTTCTTTCTTAGTTTGAAAATC
** *
1286 ATAAACACTTACTTTAGAACGAACATTTGTTAATGAAAATAGCATTTCAGTTA
843 ATAAACACTTACTTTAGAACGAACATTACTTAAAGAAAATAGCATTTCAGTTA
* * *
1339 GCTTAAACCCTTGCATTAAATAATAGTTTTTAATTCAAAACCAAGAACCCAAAACTTTATGTGTC
1 GCTTAAACCCATGCATGAAATAATAGTTTTTAATTCAAAACTAAGAACCCAAAACTTTATGTGTC
* *
1404 CAAAATAATAATAATAAACCCATACCTCTGTTCATATAACATAATTACAATCTAATTGAGA-ATA
66 CAAAATAATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCATATAACATAATTACAATCTAATTGA-ACATA
1468 CTTTCTATAAACTTATGAAAAGCTTTATTAACCTAAACCAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAAC
130 CTTTCTATAAACTTATGAAAAGCTTTATTAACCTAAACCAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAAC
* *
1533 CACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGTAGTAATTTACCTTACGAATTCCAAACATTAGTTTA
195 CACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGCAGTAATTTACCTTACGAATTCCAAACATTAGTCTA
* *
1598 ATTATCACTTAAATCCAGATTAACAACTCATGTATTAAAATTGTAACCAAAACACATGTAGAAGT
260 ATTATCACTTAAAACCAGATTAACAACTCATGTATTAAAATTGTAACCAAAACACATGTAGAAGA
1663 TTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAATTTGCAACGTAAAATCAAAACCTTTCTTCTTAGTTTGA
325 TTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAATTTGCAACGTAAAATCAAAACCTTTCTTCTTAGTTTGA
* * *
1728 CAATCATAAACAGTTACTTTAGAACGAACATTACTTAAAGAAAATAGCATTTCAGTTTGCTTAAA
390 AAATCATAAACACTTACTTTAGAACGAACATTACTTAAAGAAAATAGCATTTCAGTTAGCTTAAA
*
1793 CCCATGCATGAAATAATAGTTTGTAATTCAAAACTAAGAACCCAAAACTTTATGAGTCCAAAATA
455 CCCATGCATGAAATAATAGTTTGTAATTCAAAACCAAGAACCCAAAACTTTATGAGTCCAAAATA
1858 ATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCATACAACATAATTACAATCTAATTGAACATACTTTCTAT
520 ATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCATACAACATAATTACAATCTAATTGAACATACTTTCTAT
* * *
1923 ATACTTATGAAAAGCTTTATTAACCTAAACCAATATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACCACCTTTG
585 AAACTTATGAAAAGCTTTATTAAACTAAACCAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACCACCTTTG
*
1988 CTCGCTTTTAACAAAATTCAGCAGTAATTTACCTTACGAATTCCAAACATTATTTGAATTATCAC
650 CTCGCTTTTAACAAAATTCAGCAGTAATTTACCTTACGAATTCCAAACATTATCTGAATTATCAC
*
2053 TTAAAACCAGATTAACAGCTAGTGTATTAAAATTGTAACCAAAACAGATTTAGAAGTTTTGTTAA
715 TTAAAACCAGATTAACAGCTAGTGTATTAAAATTGTAACCAAAACAGATTTAGAAGTTTTGCTAA
*
2118 CCGAAGTTCCAAACCAAAATTTGCAATGTAAAATCAAAACCTTTCTTTCTTAGTTTGAAAATCAT
780 CCGAAGTTCCAAACCAAAATTTGCAACGTAAAATCAAAACCTTTCTTTCTTAGTTTGAAAATCAT
* * *
2183 AAACAGTTCCTTTAGAACGAACATTACTTAAAGAAAATAGCATTTCAGTTT
845 AAACACTTACTTTAGAACGAACATTACTTAAAGAAAATAGCATTTCAGTTA
*
2234 GCTTAAACCCATGCATGAAATAATAGTTTGTAATTCAAAACTAAGAACCCAAAACTTTATGTGTC
1 GCTTAAACCCATGCATGAAATAATAGTTTTTAATTCAAAACTAAGAACCCAAAACTTTATGTGTC
2299 CAAAATAATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCATATAACATAATTACAATCTAATTGAACATAC
66 CAAAATAATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCATATAACATAATTACAATCTAATTGAACATAC
* * * *
2364 TTTCTATAAACATATGAAAAGCTTTATAAACCTAAACCAATG-TAAGAAATTTTCTTTGTCAAAC
131 TTTCTATAAACTTATGAAAAGCTTTATTAACCTAAACCAA-GATAAGAAATTTCCTTTTTCAAAC
2428 CACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGC
195 CACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGC
Statistics
Matches: 1041, Mismatches: 69, Indels: 15
0.93 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
892 192 0.18
893 418 0.40
894 158 0.15
895 272 0.26
896 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.19, G:0.09, T:0.32
Consensus pattern (895 bp):
GCTTAAACCCATGCATGAAATAATAGTTTTTAATTCAAAACTAAGAACCCAAAACTTTATGTGTC
CAAAATAATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCATATAACATAATTACAATCTAATTGAACATAC
TTTCTATAAACTTATGAAAAGCTTTATTAACCTAAACCAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACC
ACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGCAGTAATTTACCTTACGAATTCCAAACATTAGTCTAA
TTATCACTTAAAACCAGATTAACAACTCATGTATTAAAATTGTAACCAAAACACATGTAGAAGAT
TTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAATTTGCAACGTAAAATCAAAACCTTTCTTCTTAGTTTGAA
AATCATAAACACTTACTTTAGAACGAACATTACTTAAAGAAAATAGCATTTCAGTTAGCTTAAAC
CCATGCATGAAATAATAGTTTGTAATTCAAAACCAAGAACCCAAAACTTTATGAGTCCAAAATAA
TAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCATACAACATAATTACAATCTAATTGAACATACTTTCTATA
AACTTATGAAAAGCTTTATTAAACTAAACCAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACCACCTTTGC
TCGCTTTTAACAAAATTCAGCAGTAATTTACCTTACGAATTCCAAACATTATCTGAATTATCACT
TAAAACCAGATTAACAGCTAGTGTATTAAAATTGTAACCAAAACAGATTTAGAAGTTTTGCTAAC
CGAAGTTCCAAACCAAAATTTGCAACGTAAAATCAAAACCTTTCTTTCTTAGTTTGAAAATCATA
AACACTTACTTTAGAACGAACATTACTTAAAGAAAATAGCATTTCAGTTA
Found at i:1840 original size:447 final size:447
Alignment explanation
Indices: 447--2457 Score: 3352
Period size: 446 Copynumber: 4.5 Consensus size: 447
437 NNNNNNNNNN
* * *
447 GCTTAAACCCACGCATGAAATAATAGTTTTTAATTCAAAACTAAGAACCCAAAACTTTATGAGTA
1 GCTTAAACCCATGCATGAAATAATAGTTTTTAATTCAAAACTAAGAACCCAAAACTTTATGTGTC
* * *
512 TAAAATAATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCATATAACATAATTACAATCTATTTAAACATAC
66 CAAAATAATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCATATAACATAATTACAATCTAATTGAACATAC
*
577 TTTCTATAAACTTATGAAAAGCTTTATTAACCTAAACCAAGAGAAGAAATTTCCTTTTTCAAACC
131 TTTCTATAAACTTATGAAAAGCTTTATTAACCTAAACCAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACC
*
642 ACCTTTCCTCG-TTTTAACAAAATTCAGCAGTAATTTACCTTACGAATTCCAAACATTAGTCTAA
196 ACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGCAGTAATTTACCTTACGAATTCCAAACATTAGTCTAA
* * * *
706 TTATCACTTAAAACCTGATTAACAGCTCATGTATTAAATTTGTAACCAAAACAGATTTCGAAGAT
261 TTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCTCATGTATTAAAATTGTAACCAAAACAGATTTAGAAGTT
* *
771 TTGTTAACCGAAGTTCCAATCCAAAATTTGCAATGTAAAATCAAAACCTTTCTTCTTAGTTTGAA
326 TTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAATTTGCAACGTAAAATCAAAACCTTTCTTCTTAGTTTGAA
** *
836 AATCATAAACACTTACTTTAGAACGAACATTTGTTAATGAAAATAGCATTTCAGTTA
391 AATCATAAACACTTACTTTAGAACGAACATTACTTAAAGAAAATAGCATTTCAGTTA
* * *
893 GCTTAAACCCTTGCATTAAATAATAGTTTTTAATTCAAAACCAAGAACCCAAAACTTTATGTGTC
1 GCTTAAACCCATGCATGAAATAATAGTTTTTAATTCAAAACTAAGAACCCAAAACTTTATGTGTC
* *
958 CAAAATAATAATAATAAACCCATACCTCTGTTCATATAACATAATTACAATCTAATTGAGA-ATA
66 CAAAATAATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCATATAACATAATTACAATCTAATTGA-ACATA
* *
1022 CTTTCTATAAACTTATGAAAAGCTTTATTAAACTACACCAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAAC
130 CTTTCTATAAACTTATGAAAAGCTTTATTAACCTAAACCAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAAC
1087 CACCTTTGCTCG-TTTTAACAAAATTCAGCAGTAATTTACCTTACGAATTCCAAACATTAGTCTA
195 CACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGCAGTAATTTACCTTACGAATTCCAAACATTAGTCTA
* * * *
1151 ATTATCACTTAAAACCTGATTAACAGCTCATGTATTAAATTTGTAACCAAAATAGATTTCGAAGT
260 ATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCTCATGTATTAAAATTGTAACCAAAACAGATTTAGAAGT
* *
1216 TTTGCTAACCGAAGTTCCAATCCAAAATTTGCAACGTAAAATCAAAACCTTTCTTCTTAGTTTGA
325 TTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAATTTGCAACGTAAAATCAAAACCTTTCTTCTTAGTTTGA
* ** *
1281 TAATCATAAACACTTACTTTAGAACGAACATTTGTTAATGAAAATAGCATTTCAGTTA
390 AAATCATAAACACTTACTTTAGAACGAACATTACTTAAAGAAAATAGCATTTCAGTTA
* * *
1339 GCTTAAACCCTTGCATTAAATAATAGTTTTTAATTCAAAACCAAGAACCCAAAACTTTATGTGTC
1 GCTTAAACCCATGCATGAAATAATAGTTTTTAATTCAAAACTAAGAACCCAAAACTTTATGTGTC
* *
1404 CAAAATAATAATAATAAACCCATACCTCTGTTCATATAACATAATTACAATCTAATTGAGA-ATA
66 CAAAATAATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCATATAACATAATTACAATCTAATTGA-ACATA
1468 CTTTCTATAAACTTATGAAAAGCTTTATTAACCTAAACCAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAAC
130 CTTTCTATAAACTTATGAAAAGCTTTATTAACCTAAACCAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAAC
* *
1533 CACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGTAGTAATTTACCTTACGAATTCCAAACATTAGTTTA
195 CACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGCAGTAATTTACCTTACGAATTCCAAACATTAGTCTA
* * * *
1598 ATTATCACTTAAATCCAGATTAACAACTCATGTATTAAAATTGTAACCAAAACACATGTAGAAGT
260 ATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCTCATGTATTAAAATTGTAACCAAAACAGATTTAGAAGT
1663 TTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAATTTGCAACGTAAAATCAAAACCTTTCTTCTTAGTTTGA
325 TTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAATTTGCAACGTAAAATCAAAACCTTTCTTCTTAGTTTGA
* * *
1728 CAATCATAAACAGTTACTTTAGAACGAACATTACTTAAAGAAAATAGCATTTCAGTTT
390 AAATCATAAACACTTACTTTAGAACGAACATTACTTAAAGAAAATAGCATTTCAGTTA
* *
1786 GCTTAAACCCATGCATGAAATAATAGTTTGTAATTCAAAACTAAGAACCCAAAACTTTATGAGTC
1 GCTTAAACCCATGCATGAAATAATAGTTTTTAATTCAAAACTAAGAACCCAAAACTTTATGTGTC
*
1851 CAAAATAATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCATACAACATAATTACAATCTAATTGAACATAC
66 CAAAATAATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCATATAACATAATTACAATCTAATTGAACATAC
* *
1916 TTTCTATATACTTATGAAAAGCTTTATTAACCTAAACCAATATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACC
131 TTTCTATAAACTTATGAAAAGCTTTATTAACCTAAACCAAGATAAGAAATTTCCTTTTTCAAACC
*
1981 ACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGCAGTAATTTACCTTACGAATTCCAAACATTA-TTTGA
196 ACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGCAGTAATTTACCTTACGAATTCCAAACATTAGTCT-A
2045 ATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCT-AGTGTATTAAAATTGTAACCAAAACAGATTTAGAAG
260 ATTATCACTTAAAACCAGATTAACAGCTCA-TGTATTAAAATTGTAACCAAAACAGATTTAGAAG
*
2109 TTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAATTTGCAATGTAAAATCAAAACCTTTCTTTCTTAGTTT
324 TTTTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAATTTGCAACGTAAAATCAAAACCTTTC-TTCTTAGTTT
* * *
2174 GAAAATCATAAACAGTTCCTTTAGAACGAACATTACTTAAAGAAAATAGCATTTCAGTTT
388 GAAAATCATAAACACTTACTTTAGAACGAACATTACTTAAAGAAAATAGCATTTCAGTTA
*
2234 GCTTAAACCCATGCATGAAATAATAGTTTGTAATTCAAAACTAAGAACCCAAAACTTTATGTGTC
1 GCTTAAACCCATGCATGAAATAATAGTTTTTAATTCAAAACTAAGAACCCAAAACTTTATGTGTC
2299 CAAAATAATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCATATAACATAATTACAATCTAATTGAACATAC
66 CAAAATAATAATAAAAAACCCATACCTCAGTTCATATAACATAATTACAATCTAATTGAACATAC
* * * *
2364 TTTCTATAAACATATGAAAAGCTTTATAAACCTAAACCAATG-TAAGAAATTTTCTTTGTCAAAC
131 TTTCTATAAACTTATGAAAAGCTTTATTAACCTAAACCAA-GATAAGAAATTTCCTTTTTCAAAC
2428 CACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGC
195 CACCTTTGCTCGCTTTTAACAAAATTCAGC
Statistics
Matches: 1492, Mismatches: 66, Indels: 12
0.95 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
446 633 0.42
447 576 0.39
448 283 0.19
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Consensus pattern (447 bp):
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TTGTTAACCGAAGTTCCAAACCAAAATTTGCAACGTAAAATCAAAACCTTTCTTCTTAGTTTGAA
AATCATAAACACTTACTTTAGAACGAACATTACTTAAAGAAAATAGCATTTCAGTTA
Done.