genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.51.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35726063

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16541599--16541779	84	2.1	84	80	12	217	36	9	18	35	1.84
16541602--16541761	84	1.9	84	86	10	227	35	9	18	36	1.83
16542082--16542108	9	3.0	9	100	0	54	55	0	0	44	0.99
16543551--16543594	21	2.1	21	83	8	54	27	20	18	34	1.96
16544383--16544413	16	1.9	16	93	0	53	35	22	22	19	1.96
16545509--16545551	22	2.0	21	86	4	59	11	0	37	51	1.39
16545681--16546125	126	3.5	126	89	1	633	31	17	22	29	1.96
16549162--16549341	20	8.7	19	72	17	94	22	1	33	42	1.61
16549162--16549306	63	2.3	62	82	9	161	24	0	33	42	1.60
16549258--16549300	22	2.0	21	90	4	68	23	0	30	46	1.52
16549175--16549331	83	1.9	84	86	6	230	24	1	33	41	1.63
16549236--16549307	28	2.6	26	87	10	99	22	0	33	44	1.53
16549292--16549341	7	7.3	7	86	4	75	16	2	38	44	1.59
16549209--16549313	27	3.2	34	72	23	109	21	0	34	42	1.60
16549227--16549337	27	4.1	26	77	12	82	20	0	36	41	1.59
16549368--16549392	8	3.1	8	100	0	50	40	0	0	60	0.97
16550572--16550603	7	4.6	7	100	0	64	59	12	0	28	1.34
16551749--16551846	51	1.9	51	83	4	126	45	1	25	27	1.60
16551808--16551869	22	2.8	22	85	11	90	41	1	29	27	1.65
16551808--16551872	11	5.8	12	74	18	68	41	1	30	26	1.65
16555222--16555277	27	2.1	27	93	0	94	30	17	14	37	1.90
16556629--16556669	18	2.3	18	91	0	64	48	0	2	48	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16556625--16556671	18	3.0	15	75	19	51	44	0	2	53	1.12
16557030--16557120	19	4.8	19	91	0	155	38	7	15	38	1.76
16557030--16557142	38	2.9	38	92	4	181	38	7	15	38	1.75
16557112--16557155	21	2.0	22	86	4	63	36	4	15	43	1.68
16559516--16559548	17	2.0	17	88	5	50	42	0	6	51	1.26
16561112--16561955	422	2.0	422	100	0	1688	31	21	17	29	1.96
16562977--16563071	47	2.0	47	95	0	172	38	25	10	25	1.87
16568274--16568312	18	2.1	19	85	4	53	64	12	2	20	1.40
16571424--16571456	14	2.4	14	94	0	57	15	18	0	66	1.25
16574466--16574555	34	2.6	33	74	6	81	30	25	20	24	1.99
16575019--16575234	27	8.4	27	77	11	175	18	16	21	42	1.89
16575020--16575234	54	4.2	54	74	13	218	18	16	21	42	1.89
16575130--16575169	17	2.3	18	91	4	64	20	15	20	45	1.86
16575077--16575224	71	2.1	72	89	1	226	19	18	20	41	1.91
16575049--16575234	98	1.9	98	87	0	273	18	16	21	43	1.88
16584185--16584215	14	2.2	14	94	0	53	45	29	0	25	1.54
16591283--16591309	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
16596699--16596740	13	3.4	13	75	24	54	52	2	4	40	1.35
16597171--16597207	18	2.0	19	89	5	58	35	29	0	35	1.58
16598843--16598883	21	2.0	21	95	0	73	21	29	24	24	1.99
16605862--16605910	21	2.3	22	82	3	64	59	4	2	34	1.28
16609305--16609436	24	5.4	25	78	8	121	34	22	26	16	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16610456--16610495	16	2.5	16	84	11	55	0	17	10	72	1.11
16610531--16610566	10	3.7	10	88	7	56	52	0	0	47	1.00
16611626--16611675	26	1.9	26	100	0	100	38	20	14	28	1.91
16612603--16612720	56	2.1	56	95	1	209	36	21	5	36	1.78
16614277--16614328	20	2.6	19	84	6	59	55	3	0	40	1.18
16614299--16614338	20	2.0	20	90	0	62	60	5	2	32	1.32
16614922--16614961	20	2.0	20	85	0	53	40	0	2	57	1.12
16637299--16637349	25	2.0	25	92	0	84	33	23	15	27	1.95
16644172--16644208	18	2.1	18	90	10	58	32	24	2	40	1.69
16646311--16646340	10	3.0	10	100	0	60	10	0	10	80	0.92
16648395--16648591	52	3.8	52	82	6	211	37	25	13	23	1.92
16648395--16648591	26	7.5	26	77	8	168	37	25	13	23	1.92
16654620--16654713	40	2.5	36	81	6	98	31	23	20	24	1.98
16654660--16654733	36	2.1	36	85	10	98	32	21	20	25	1.97
16654696--16654917	76	2.9	76	82	5	286	32	22	20	23	1.98
16658559--16658791	49	4.8	49	90	0	313	27	14	32	25	1.95
16669823--16669871	14	3.2	14	80	13	53	51	0	2	46	1.12
16681501--16681550	26	2.0	25	88	11	75	40	4	8	48	1.51
16681969--16682018	26	2.0	25	88	11	75	40	4	8	48	1.51
16681480--16682417	468	2.0	469	99	0	1869	30	15	18	35	1.92
16685641--16685748	52	2.1	53	94	1	191	62	7	5	25	1.44
16685665--16685748	25	3.3	25	64	18	64	61	8	5	23	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16685742--16685816	11	6.8	11	76	0	60	64	17	6	12	1.48
16685774--16685816	22	2.0	22	90	0	68	62	20	6	9	1.48
16691114--16691159	6	7.7	6	95	0	65	58	0	23	17	1.38
16692175--16692274	18	5.5	18	78	3	94	38	18	16	28	1.91
16692175--16692261	36	2.4	37	84	3	122	36	17	17	28	1.92
16692175--16692288	38	3.1	37	80	10	133	37	18	15	28	1.92
16698826--16698883	27	2.1	27	84	6	73	44	0	41	13	1.44
16698838--16698881	21	2.1	21	87	8	63	50	0	36	13	1.42
16703403--16703454	18	2.6	19	82	14	61	53	7	0	38	1.30
16706369--16708125	883	2.0	883	100	0	3514	33	15	15	35	1.89
16714455--16714487	14	2.3	15	89	5	50	21	12	0	66	1.23
16726118--16726175	15	3.8	15	77	20	66	65	1	0	32	1.03
16729586--16729615	15	2.1	15	93	6	53	76	0	10	13	1.01
16737808--16737861	21	2.6	21	78	0	63	25	25	9	38	1.86
16741546--16741581	18	1.9	19	94	5	65	61	0	0	38	0.96
16746613--16746641	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
16748040--16748238	82	2.4	83	84	6	264	20	17	26	35	1.95
16748040--16748187	41	3.6	41	93	0	242	21	18	24	35	1.95
16748054--16748226	41	4.2	40	88	5	215	20	17	26	34	1.95
16748959--16749077	23	5.2	23	71	9	73	26	11	20	42	1.86
16748976--16749307	47	7.1	47	84	2	429	27	12	16	43	1.84
16748976--16749307	140	2.4	140	92	1	542	27	12	16	43	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16748976--16749305	93	3.6	93	83	3	398	27	12	16	43	1.85
16754490--16754518	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
16755946--16756091	41	3.6	41	89	5	215	21	17	26	34	1.96
16756855--16757520	93	7.1	94	89	0	847	27	12	17	42	1.85
16756861--16757520	140	4.7	141	88	0	844	27	12	17	42	1.85
16756838--16757520	233	2.9	233	95	0	1186	27	12	17	42	1.85
16766613--16766639	12	2.2	12	100	0	54	33	44	14	7	1.73
16774867--16774930	32	2.0	32	100	0	128	40	25	6	28	1.79
16775394--16775433	19	2.1	19	85	0	53	65	15	2	17	1.39
16778751--16778794	19	2.4	19	85	11	56	36	4	15	43	1.68
16782134--16782167	17	2.0	17	100	0	68	41	23	5	29	1.78
16783340--16783532	24	7.9	24	68	12	81	36	22	24	16	1.94
16783459--16783550	26	3.6	26	75	2	80	35	19	27	17	1.94
16793632--16793709	28	2.7	29	76	2	77	24	12	28	34	1.92
16797560--16797665	25	4.3	24	71	14	81	26	24	19	29	1.99
16797560--16797665	50	2.1	49	86	5	142	26	24	19	29	1.99
16797804--16797879	31	2.5	30	78	19	77	47	5	14	32	1.67
16810551--16810581	16	1.9	16	93	0	53	25	16	25	32	1.96
16815337--16815409	25	3.0	25	71	16	71	23	12	24	39	1.89
16818648--16818696	23	2.1	23	82	14	57	24	8	6	61	1.47
16823101--16823134	15	2.3	15	94	0	59	17	17	32	32	1.94
16823532--16823599	29	2.4	28	76	11	66	60	8	10	20	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16826783--16826854	27	2.7	27	80	8	83	30	15	26	27	1.96
16835977--16836331	42	8.4	43	81	5	354	32	20	21	25	1.97
16835994--16836329	85	4.0	84	83	6	378	33	20	21	25	1.97
16836774--16836833	12	5.2	12	80	11	72	1	38	18	41	1.60
16836771--16836867	21	4.4	21	79	13	97	2	42	17	38	1.61
16837808--16838420	229	2.7	228	74	8	553	26	23	19	30	1.98
16837808--16838436	228	2.7	227	72	10	526	26	23	19	31	1.98
16839092--16839142	23	2.3	22	80	12	59	54	1	1	41	1.22
16839752--16839984	112	2.1	113	83	4	292	24	22	21	31	1.98
16840378--16840428	23	2.3	22	80	12	59	54	1	1	41	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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