genome.fa.s710.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold180
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1398530

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
854608--854694	39	2.2	39	95	0	156	34	9	22	33	1.86
866939--867110	46	3.7	46	81	2	193	25	20	19	34	1.96
867811--867850	21	1.9	21	84	0	53	47	0	12	40	1.41
874247--874288	9	4.4	9	80	19	50	40	2	0	57	1.12
875389--875428	18	2.2	18	86	8	55	70	5	0	25	1.08
875389--875429	19	2.2	18	86	4	55	70	4	0	24	1.06
875406--875448	22	2.0	22	86	9	61	67	2	2	27	1.15
885645--885678	6	5.7	6	92	0	59	35	17	14	32	1.91
885965--886046	27	3.1	27	84	3	96	35	17	18	29	1.93
885980--886046	27	2.5	27	87	0	107	32	17	17	31	1.94
891082--891245	44	3.7	42	77	8	148	32	20	17	29	1.95
891078--891245	88	1.9	88	84	4	223	31	19	17	31	1.95
891229--891326	41	2.4	41	93	3	162	32	18	19	29	1.96
891366--891577	44	4.8	44	72	11	146	28	22	19	29	1.98
891588--891704	45	2.7	43	81	10	121	30	24	11	33	1.90
891599--891721	44	2.8	45	77	12	135	31	22	13	31	1.93
891451--892080	181	3.5	179	72	11	519	30	21	16	31	1.95
891780--892172	44	8.7	44	68	16	162	30	21	17	30	1.96
892008--892212	50	4.4	44	74	19	150	29	23	18	28	1.98
892008--892232	94	2.4	94	86	5	296	28	22	19	29	1.98
891402--892172	363	2.1	363	81	3	868	30	21	17	31	1.96
893017--893050	12	2.8	12	86	13	52	0	17	0	82	0.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
896517--896556	12	3.2	12	82	6	53	57	0	5	37	1.21
900826--900868	13	3.2	14	80	9	54	13	2	4	79	1.00
900828--900878	18	2.7	18	84	6	57	15	1	5	76	1.07
901015--901045	15	2.1	15	93	0	53	16	0	16	67	1.23
903191--903271	39	2.0	40	95	2	146	32	4	11	51	1.58
909715--909782	31	2.2	30	86	2	91	38	5	0	55	1.24
914490--914558	31	2.3	29	82	7	84	10	15	13	60	1.58
914840--914905	32	2.1	31	81	15	75	34	6	1	57	1.33
915340--915635	113	2.7	110	88	6	413	29	16	18	35	1.93
916384--916409	10	2.6	10	100	0	52	73	0	0	26	0.84
920699--920728	7	4.3	7	95	0	51	36	0	33	30	1.58
921076--921110	19	1.9	17	88	11	52	57	0	0	42	0.99
928779--928806	3	9.3	3	100	0	56	0	67	0	32	0.91
933461--933505	16	2.6	17	82	6	56	28	2	2	66	1.15
943454--943513	22	2.7	21	74	23	52	20	3	1	75	1.04
947372--947712	175	2.0	174	87	2	497	36	7	20	35	1.82
947714--948008	103	3.0	101	85	7	404	21	18	27	31	1.97
949389--949455	28	2.4	28	83	11	77	37	2	14	44	1.61
954926--955002	9	8.4	9	85	2	100	23	9	27	40	1.84
955161--955185	12	2.1	12	100	0	50	16	24	36	24	1.94
961559--961589	13	2.5	13	94	5	55	51	0	0	48	1.00
966840--967632	44	18.2	44	69	12	266	27	19	23	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
966870--967683	217	3.7	217	89	2	1213	28	20	22	28	1.99
968970--969010	18	2.3	18	95	0	73	29	12	9	48	1.72
969362--969403	19	2.2	20	82	4	50	30	7	11	50	1.66
970588--970636	18	2.8	18	77	17	59	69	0	6	24	1.11
972009--972215	44	4.7	44	74	12	149	30	19	16	33	1.94
972038--972215	89	2.0	89	81	4	207	29	20	15	34	1.93
972086--972215	45	2.9	44	79	7	154	28	19	17	34	1.95
972272--972827	44	11.9	44	68	12	268	30	18	15	35	1.92
972256--972922	95	7.0	95	86	1	876	30	18	16	34	1.93
972270--972922	283	2.3	285	87	2	929	30	18	15	34	1.93
983787--983849	21	3.0	22	82	8	71	66	0	4	28	1.12
988744--988785	21	2.0	21	90	0	66	11	9	23	54	1.66
991889--991925	19	1.9	19	100	0	74	37	24	5	32	1.78
995337--995567	75	3.1	75	86	3	304	54	9	7	27	1.61
997871--997900	16	1.9	15	93	6	51	53	6	0	40	1.27
997902--998216	104	3.1	97	77	12	328	54	15	1	28	1.50
997902--998216	98	3.1	98	79	13	327	54	15	1	28	1.50
998291--998382	27	3.2	27	64	16	67	54	15	0	30	1.41
998292--998415	60	2.1	60	96	0	230	54	12	0	33	1.37
998577--998616	3	13.3	3	100	0	80	0	32	0	67	0.91
998574--998633	9	7.0	8	87	10	59	0	33	0	66	0.92
1000196--1000420	72	3.1	72	96	0	405	54	15	1	29	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1000246--1000364	41	3.1	41	60	22	96	55	14	1	28	1.49
1000196--1000375	34	5.1	34	66	14	112	53	16	1	28	1.52
1000219--1000415	38	5.4	37	67	14	140	55	14	1	28	1.45
1000444--1000535	27	3.2	27	64	16	67	54	15	0	30	1.41
1000445--1000568	60	2.1	60	96	0	230	54	12	0	33	1.37
1000730--1000769	3	13.3	3	100	0	80	0	32	0	67	0.91
1000727--1000786	9	7.0	8	87	10	59	0	33	0	66	0.92
1002416--1002464	19	2.5	20	77	6	57	59	4	0	36	1.17
1006948--1006984	18	2.1	18	100	0	74	56	0	10	32	1.34
1008283--1008380	25	4.0	25	81	1	99	19	30	20	29	1.97
1011556--1011595	17	2.4	17	91	0	62	15	17	40	27	1.89
1011617--1011662	22	2.1	22	91	0	74	10	30	15	43	1.81
1015206--1015292	25	3.5	25	80	0	93	34	19	26	19	1.96
1021642--1021700	25	2.4	25	88	5	84	22	28	16	32	1.96
1022991--1023016	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
1031874--1032044	43	4.0	43	74	8	168	23	16	29	29	1.97
1037651--1037700	22	2.2	23	89	10	77	30	18	2	50	1.58
1041256--1041289	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
1043428--1043461	18	1.9	18	88	5	52	50	0	5	44	1.26
1046677--1046798	57	2.1	58	86	1	165	24	18	7	50	1.72
1059155--1059298	49	3.0	48	80	7	164	28	24	20	26	1.99
1059478--1059777	150	2.0	150	100	0	600	36	21	9	33	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1064656--1064799	49	3.0	48	80	7	164	28	24	20	26	1.99
1066475--1066511	18	2.1	18	89	0	56	40	5	40	13	1.67
1074666--1074731	26	2.5	26	80	4	71	66	12	7	13	1.43
1075976--1076015	19	2.1	19	85	0	53	32	2	5	60	1.32
1077044--1077103	25	2.4	25	94	0	102	21	23	15	40	1.91
1077029--1077108	25	3.2	25	85	0	97	18	23	16	41	1.90
1077193--1077261	27	2.7	25	80	8	84	17	23	21	37	1.94
1077169--1077315	24	6.0	23	71	16	82	18	24	20	36	1.94
1081805--1081851	16	2.9	16	75	9	51	57	2	0	40	1.11
1081836--1081885	18	2.8	18	84	6	66	58	2	2	38	1.21
1084197--1084295	17	5.8	17	67	21	64	38	3	5	53	1.38
1093213--1093264	24	2.2	24	85	0	68	17	19	21	42	1.89
1097553--1097603	21	2.4	21	80	3	57	21	5	3	68	1.27
1100212--1100465	42	6.0	42	85	3	314	33	20	20	25	1.97
1100222--1100465	127	1.9	126	87	2	355	33	20	20	25	1.97
1100224--1100534	85	3.7	85	82	7	348	32	21	20	26	1.97
1100243--1100512	127	2.1	127	82	4	321	30	21	22	26	1.99
1100901--1100949	12	4.3	12	70	15	50	2	40	20	36	1.64
1100913--1100961	21	2.3	21	92	0	80	4	40	20	34	1.71
1100946--1101031	35	2.5	35	96	0	154	4	37	20	37	1.74
1100946--1101050	35	3.0	35	83	5	106	5	38	20	36	1.76
1101977--1102016	19	2.1	18	90	9	62	47	20	5	27	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1106323--1106507	9	20.4	9	69	18	84	34	2	19	43	1.65
1106312--1106416	25	4.2	25	78	11	124	34	2	18	44	1.64
1106312--1106416	51	2.1	50	87	1	147	34	2	18	44	1.64
1106671--1106842	13	13.0	13	76	10	143	43	3	11	41	1.57
1106671--1106860	67	2.9	67	92	2	303	44	3	11	41	1.57
1107713--1107746	16	2.1	16	88	0	50	32	5	11	50	1.63
1107715--1107930	9	24.8	9	73	11	164	30	4	19	45	1.70
1107715--1107777	25	2.5	25	92	0	108	30	4	15	49	1.66
1107752--1107873	62	1.9	63	86	3	174	32	4	18	45	1.68
1108039--1108140	13	7.8	13	77	10	91	44	2	10	42	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6