Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold1746
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 802
Length: 1337
ACGTcount: A:0.29, C:0.19, G:0.17, T:0.34
Found at i:1139 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 1127--1309 Score: 69
Period size: 9 Copynumber: 21.4 Consensus size: 9
1117 ATTAAGTCAA
1127 TTATGTAAG
1 TTATGTAAG
*
1136 TTATGTACG
1 TTATGTAAG
1145 TGTA--TAAG
1 T-TATGTAAG
1153 TTATGTAAG
1 TTATGTAAG
1162 TTATGT-A-
1 TTATGTAAG
*
1169 TTAAGTAAG
1 TTATGTAAG
* *
1178 CTATTTAAG
1 TTATGTAAG
*
1187 TTGTGTAA-
1 TTATGTAAG
*
1195 -AATGT-A-
1 TTATGTAAG
*
1201 TTGTGTAAG
1 TTATGTAAG
1210 -T-TGTAAG
1 TTATGTAAG
*
1217 TTAT-TATG
1 TTATGTAAG
1225 TAGTATGTAAG
1 T--TATGTAAG
1236 -T-TGTAAG
1 TTATGTAAG
1243 TTAAATGT-A-
1 TT--ATGTAAG
*
1252 TTATGCAAG
1 TTATGTAAG
1261 TTATGTAAG
1 TTATGTAAG
1270 TTAAATGT-A-
1 TT--ATGTAAG
*
1279 TTATGTAGG
1 TTATGTAAG
1288 TTATGT-AG
1 TTATGTAAG
*
1296 CTTATGTAGG
1 -TTATGTAAG
1306 TTAT
1 TTAT
1310 TGTTATTAAA
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 20, Indels: 50
0.65 0.10 0.25
Matches are distributed among these distances:
6 1 0.01
7 32 0.25
8 17 0.13
9 61 0.47
10 8 0.06
11 10 0.08
ACGTcount: A:0.32, C:0.02, G:0.22, T:0.44
Consensus pattern (9 bp):
TTATGTAAG
Found at i:1222 original size:51 final size:52
Alignment explanation
Indices: 1167--1272 Score: 119
Period size: 51 Copynumber: 2.0 Consensus size: 52
1157 GTAAGTTATG
* * *
1167 TATTAAGTAAGCTATTTAAGTTGT-GTAAAATGTATTGTGTAAG-T-TGTAAGT
1 TATTAAGT-AG-TATGTAAGTTGTAGTAAAATGTATTATGCAAGTTATGTAAGT
* *
1218 TATTATGTAGTATGTAAGTTGTAAGTTAAATGTATTATGCAAGTTATGTAAGT
1 TATTAAGTAGTATGTAAGTTGT-AGTAAAATGTATTATGCAAGTTATGTAAGT
1271 TA
1 TA
1273 AATGTATTAT
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 5, Indels: 6
0.81 0.09 0.11
Matches are distributed among these distances:
49 11 0.24
50 2 0.04
51 23 0.50
52 1 0.02
53 9 0.20
ACGTcount: A:0.34, C:0.02, G:0.21, T:0.43
Consensus pattern (52 bp):
TATTAAGTAGTATGTAAGTTGTAGTAAAATGTATTATGCAAGTTATGTAAGT
Found at i:1294 original size:27 final size:25
Alignment explanation
Indices: 1194--1285 Score: 121
Period size: 26 Copynumber: 3.6 Consensus size: 25
1184 AAGTTGTGTA
*
1194 AAATGTATTGTGTAAGTTGTAAGTT
1 AAATGTATTATGTAAGTTGTAAGTT
* *
1219 ATTATGTAGTATGTAAGTTGTAAGTT
1 A-AATGTATTATGTAAGTTGTAAGTT
*
1245 AAATGTATTATGCAAGTTATGTAAGTT
1 AAATGTATTATGTAAG-T-TGTAAGTT
1272 AAATGTATTATGTA
1 AAATGTATTATGTA
1286 GGTTATGTAG
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 7, Indels: 4
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
25 13 0.23
26 23 0.40
27 21 0.37
ACGTcount: A:0.35, C:0.01, G:0.21, T:0.43
Consensus pattern (25 bp):
AAATGTATTATGTAAGTTGTAAGTT
Done.