Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 48574783
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.16, T:0.32
Warning! 2023350 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 1 of 135
Found at i:12 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 1--405 Score: 427
Period size: 7 Copynumber: 56.0 Consensus size: 7
*
1 CCCTAAG
1 CCCTAAA
8 CCCTAAA
1 CCCTAAA
*
15 CCCTAAG
1 CCCTAAA
22 CCCTAAA
1 CCCTAAA
*
29 CCCTAAG
1 CCCTAAA
*
36 CCCTAAG
1 CCCTAAA
*
43 CCCTAGA
1 CCCTAAA
*
50 CCCTAAG
1 CCCTAAA
*
57 CCCTAGA
1 CCCTAAA
64 CCCTAAA
1 CCCTAAA
71 CCCTAAA
1 CCCTAAA
78 CCCTAAAA
1 CCCT-AAA
86 CCCTAAA
1 CCCTAAA
*
93 CCTTAAA
1 CCCTAAA
*
100 ACCTAAA
1 CCCTAAA
107 CCCTAAAA
1 CCCT-AAA
115 CCCTAAA
1 CCCTAAA
122 CCCTAAAA
1 CCCT-AAA
130 CCCTAAA
1 CCCTAAA
137 CCCTAAA
1 CCCTAAA
144 CCCTAAA
1 CCCTAAA
*
151 CCATAAA
1 CCCTAAA
*
158 CCCTTAAT
1 CCC-TAAA
**
166 GAC-AAA
1 CCCTAAA
172 CTCC-AAA
1 C-CCTAAA
179 CCCTAAAA
1 CCCT-AAA
*
187 CCCCAAA
1 CCCTAAA
194 CCCCTAAA
1 -CCCTAAA
202 CCCTAAA
1 CCCTAAA
209 CCCCTAAA
1 -CCCTAAA
*
217 CCCCAAA
1 CCCTAAA
224 CCCCTAAA
1 -CCCTAAA
232 CCCTAAA
1 CCCTAAA
239 CCCCTAAA
1 -CCCTAAA
*
247 CCTTAAA
1 CCCTAAA
*
254 CCCCAAA
1 CCCTAAA
*
261 CCCCAAA
1 CCCTAAA
268 CCTCTAAA
1 CC-CTAAA
276 CCCTAAA
1 CCCTAAA
*
283 CCTTAAA
1 CCCTAAA
290 CCCTAAA
1 CCCTAAA
297 CCCTAAA
1 CCCTAAA
304 CCCTAAAA
1 CCCT-AAA
* *
312 TCCTACA
1 CCCTAAA
319 CCCTGAAA
1 CCCT-AAA
*
327 CCCTACA
1 CCCTAAA
*
334 CTCTAAA
1 CCCTAAA
341 CCCTAAA
1 CCCTAAA
*
348 CCTTAAA
1 CCCTAAA
355 CCCTAAAA
1 CCCT-AAA
*
363 CCCTACA
1 CCCTAAA
*
370 CCTTAAA
1 CCCTAAA
377 CCCTAAAA
1 CCCT-AAA
385 CCCTAAA
1 CCCTAAA
392 CCCTAAA
1 CCCTAAA
399 CCCTAAA
1 CCCTAAA
406 TAAGCTGTGA
Statistics
Matches: 335, Mismatches: 47, Indels: 32
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
6 4 0.01
7 242 0.72
8 89 0.27
ACGTcount: A:0.41, C:0.41, G:0.02, T:0.15
Consensus pattern (7 bp):
CCCTAAA
Found at i:1845 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 1822--1858 Score: 58
Period size: 15 Copynumber: 2.4 Consensus size: 16
1812 TCTCAAATTC
*
1822 AATACATATATA-TTA
1 AATATATATATATTTA
1837 AATATATATATATTTA
1 AATATATATATATTTA
1853 AATATA
1 AATATA
1859 ATAAGCTTGG
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 1
0.91 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
15 11 0.55
16 9 0.45
ACGTcount: A:0.54, C:0.03, G:0.00, T:0.43
Consensus pattern (16 bp):
AATATATATATATTTA
Found at i:5700 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 5682--5711 Score: 51
Period size: 15 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15
5672 TGTACATTAG
5682 AAAAACAATAATAAT
1 AAAAACAATAATAAT
*
5697 AAAAATAATAATAAT
1 AAAAACAATAATAAT
5712 TACATTATTA
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 1, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 14 1.00
ACGTcount: A:0.73, C:0.03, G:0.00, T:0.23
Consensus pattern (15 bp):
AAAAACAATAATAAT
Found at i:9117 original size:743 final size:743
Alignment explanation
Indices: 7509--9758 Score: 3598
Period size: 743 Copynumber: 3.0 Consensus size: 743
7499 TAAGAAGATA
* *
7509 TGTGAGTCTAGTTTCATATAAATTTATAAGATCTTAATTCGGAGTTCGTTAGTTCAAGATATAAA
1 TGTGAGTCTAGTTTCATATAAATTTATAGGATCTTAATTCGGAGTTCGGTAGTTCAAGATATAAA
*
7574 TAATTTAGTGACTATGACTCAAGTGGACAGCTTTAAATGAACATATAAATAAATAGTGAAATTAT
66 TAATTTAGTGACTATGACTCAAGTGGACAGCTTTGAATGAACATATAAATAAATAGTGAAATTAT
7639 AGATAATGTTACATATAAGCATGTTATATACATTAAGGATGTGGAATGGAGAGGAGGAGGAGGAA
131 AGATAATGTTACATATAAGCATGTTATATACATTAAGGATGTGGAATGGAGAGGAGGAGGAGGAA
7704 AATATATAATTATTCAACTAGCATGAGTTTTCATTAAAAATGGCTAATTTGCATGTTTTAGGTTC
196 AATATATAATTATTCAACTAGCATGAGTTTTCATTAAAAATGGCTAATTTGCATGTTTTAGGTTC
7769 AGGGACTAAATTGAATAAAAGTACAATTTTAAGGGTAAATTTGTAAAAATGTCAAAAAGTTAAAT
261 AGGGACTAAATTGAATAAAAGTACAATTTTAAGGGTAAATTTGTAAAAATGTCAAAAAGTTAAAT
*
7834 TGGCCAACGTTAGCTCATTAATGTTTTAATTTTTATTGGTTATAAATATGAATGCTTGATGACAT
326 TGGCCAACGTTAGCTCATTAATGTTTTAATTTTTATTGGTTATAAATATGAATGCTTGATGAAAT
* * *
7899 GAAATGTTTGTAAATTAATTTGTAAACTCCAGTAATGCTCTATAACCCTATTCTGGCGATGGATA
391 GAAATGTTTGTAAATTAATTTGTAAACTCCAGTAATGCTCTATAACCCTATTATGACGATAGATA
** * * ** * ** **
7964 C-AAGTTAGACGTGTTACACTAGATCTT-TC-ATCTTGTGA--TC-CATACGGCCTTA-GGCGGT
456 CGAA-TTAGGGGTGTTACA--A-TTTTTGTCAATAAT-TAACTTCTCAT-C--ATTTATATC--T
** * * ** * ** ** ** * * *
8022 C-CGTTCGTCCA-AAC--TCACCTAAG-TCATCCTTTAC-TC-AAGTGAGGATTCCTTAAGAACT
511 CAAATTC--ACATAGCTATCAAATTAGTTTTTATTTTACATCTAA-T-TTGTTTAC--ATG-A-T
****** ** *
8080 CCTCCCAAGGCACAATGTATTTA-AAATTTTATCTAGGCTTTATTTCTTTCAAGCTTTATTTGCT
568 AAAAAGAATTCAAAATGTATTTACAAATTTTATCTAGGCTTTATTTCTTTCAAGCTTTATTTGCT
8144 TTTTTTTTCCCCCTTTTCTACACTCCTTACAACTTCTTTTGTGTAATTTGTTTACATATGCATAA
633 TTTTTTTTCCCCCTTTTCTACACTCCTTACAACTTCTTTTGTGTAATTTGTTTACATATGCATAA
8209 TTTCACTTTCATGCTCAAGAAACTAAAATAAACATGATACTAATTT
698 TTTCACTTTCATGCTCAAGAAACTAAAATAAACATGATACTAATTT
8255 TGTGAGTCTAGTTTCATATAAATTTATAGGATCTTAATTCGGAGTTCGGTAGTTCAAGATATAAA
1 TGTGAGTCTAGTTTCATATAAATTTATAGGATCTTAATTCGGAGTTCGGTAGTTCAAGATATAAA
8320 TAATTTAGTGACTATGACTCAAGTGGACAGCTTTGAATGAACATATAAATAAATAGTGAAATTAT
66 TAATTTAGTGACTATGACTCAAGTGGACAGCTTTGAATGAACATATAAATAAATAGTGAAATTAT
8385 AGATAATGTTACATATAAGCATGTTATATACATTAAGGATGTGGAATGGAGAGGAGGAGGAGGAA
131 AGATAATGTTACATATAAGCATGTTATATACATTAAGGATGTGGAATGGAGAGGAGGAGGAGGAA
8450 AATATATAATTATTCAACTAGCATGAGTTTTCATTAAAAATGGCTAATTTGCATGTTTTAGGTTC
196 AATATATAATTATTCAACTAGCATGAGTTTTCATTAAAAATGGCTAATTTGCATGTTTTAGGTTC
* * *
8515 AGGGGCTAAATTGAATAAAAGTATAATTTTAAGGGTAAATTTGTAAAAATGTCAAAAAGTTATAT
261 AGGGACTAAATTGAATAAAAGTACAATTTTAAGGGTAAATTTGTAAAAATGTCAAAAAGTTAAAT
8580 TGGCCAACGTTAGCTCATTAATGTTTTAATTTTTATTGGTTATAAATATGAATGCTTGATGAAAT
326 TGGCCAACGTTAGCTCATTAATGTTTTAATTTTTATTGGTTATAAATATGAATGCTTGATGAAAT
8645 GAAATGTTTGTAAATTAATTTGTAAACTCCAGTAATGCTCTATAACCCTATTATGACGATAGATA
391 GAAATGTTTGTAAATTAATTTGTAAACTCCAGTAATGCTCTATAACCCTATTATGACGATAGATA
8710 CGAATTAGGGGTGTTACAATTTTTGTCAATAATTAACTTCTCATCATTTATATCTCAAATTCACA
456 CGAATTAGGGGTGTTACAATTTTTGTCAATAATTAACTTCTCATCATTTATATCTCAAATTCACA
8775 TAGCTATCAAATTAGTTTTTATTTTACATCTAATTTGTTTACATGATAAAAAGAATTCAAAATGT
521 TAGCTATCAAATTAGTTTTTATTTTACATCTAATTTGTTTACATGATAAAAAGAATTCAAAATGT
8840 ATTTACAAATTTTATCTAGGCTTTATTTCTTTCAAGCTTTATTTGCTTTTTTTTTCCCCCTTTTC
586 ATTTACAAATTTTATCTAGGCTTTATTTCTTTCAAGCTTTATTTGCTTTTTTTTTCCCCCTTTTC
8905 TACACTCCTTACAACTTCTTTTGTGTAATTTGTTTACATATGCATAATTTCACTTTCATGCTCAA
651 TACACTCCTTACAACTTCTTTTGTGTAATTTGTTTACATATGCATAATTTCACTTTCATGCTCAA
8970 GAAACTAAAATAAACATGATACTAATTT
716 GAAACTAAAATAAACATGATACTAATTT
8998 TGTGAGTCTAGTTTCATATAAATTTATAGGATCTTAATTCGGAGTTCGGTAGTTCAAGATATAAA
1 TGTGAGTCTAGTTTCATATAAATTTATAGGATCTTAATTCGGAGTTCGGTAGTTCAAGATATAAA
9063 TAATTTAGTGACTATGACTCAAGTGGACAGCTTTGAATGAACATATAAATAAATAGTGAAATTAT
66 TAATTTAGTGACTATGACTCAAGTGGACAGCTTTGAATGAACATATAAATAAATAGTGAAATTAT
9128 AGATAATGTTACATATAAGCATGTTATATACATTAAGGATGTGGAATGGAGAGGAGGAGGAGGAA
131 AGATAATGTTACATATAAGCATGTTATATACATTAAGGATGTGGAATGGAGAGGAGGAGGAGGAA
9193 AATATATAATTATTCAACTAGCATGAGTTTTCATTAAAAATGGCTAATTTGCATGTTTTAGGTTC
196 AATATATAATTATTCAACTAGCATGAGTTTTCATTAAAAATGGCTAATTTGCATGTTTTAGGTTC
9258 AGGGACTAAATTGAATAAAAGTACAATTTTAAGGGTAAATTTGTAAAAATGTCAAAAAGTTAAAT
261 AGGGACTAAATTGAATAAAAGTACAATTTTAAGGGTAAATTTGTAAAAATGTCAAAAAGTTAAAT
* *
9323 TGGCCAACGTTAGCTCATTAATGTTTTGATTTTGATTGGTTATAAATATGAATGCTTGATGAAAT
326 TGGCCAACGTTAGCTCATTAATGTTTTAATTTTTATTGGTTATAAATATGAATGCTTGATGAAAT
*
9388 GAAATGTCTGTAAATTAATTTGTAAACTCTAAATTAATTTGGTAACTCCAGTAATGCTCTATAAC
391 GAAATGTTTGTAAATTAATTTG------------T-A------AACTCCAGTAATGCTCTATAAC
9453 CCTATTATGACGATAGATACGAATTAGGGGTGTTACAATTTTTGTCAATAATTAACTTCTCATCA
437 CCTATTATGACGATAGATACGAATTAGGGGTGTTACAATTTTTGTCAATAATTAACTTCTCATCA
9518 TTTATATCTCAAATTCACATAGCTATCAAATTAGTTTTTATTTTACATCTAATTTGTTTACATGA
502 TTTATATCTCAAATTCACATAGCTATCAAATTAGTTTTTATTTTACATCTAATTTGTTTACATGA
9583 TAAAAAGAATTCAAAATGTATTTACAAATTTTATCTAGGCTTTATTTCTTTCAAGCTTTATTTGC
567 TAAAAAGAATTCAAAATGTATTTACAAATTTTATCTAGGCTTTATTTCTTTCAAGCTTTATTTGC
*
9648 --TTTTTTTCCCCCTTTTCTACACTCCTTTCAACTTCTTTTGTGTAATTTGTTTACATATGCATA
632 TTTTTTTTTCCCCCTTTTCTACACTCCTTACAACTTCTTTTGTGTAATTTGTTTACATATGCATA
9711 ATTTCACTTTCATGCTCAAGAAACTAAAATAAACATGATACTAATTT
697 ATTTCACTTTCATGCTCAAGAAACTAAAATAAACATGATACTAATTT
9758 T
1 T
9759 AAATCATGAA
Statistics
Matches: 1417, Mismatches: 53, Indels: 54
0.93 0.03 0.04
Matches are distributed among these distances:
742 17 0.01
743 566 0.40
744 13 0.01
745 10 0.01
746 472 0.33
747 8 0.01
748 2 0.00
755 1 0.00
756 1 0.00
760 110 0.08
762 217 0.15
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (743 bp):
TGTGAGTCTAGTTTCATATAAATTTATAGGATCTTAATTCGGAGTTCGGTAGTTCAAGATATAAA
TAATTTAGTGACTATGACTCAAGTGGACAGCTTTGAATGAACATATAAATAAATAGTGAAATTAT
AGATAATGTTACATATAAGCATGTTATATACATTAAGGATGTGGAATGGAGAGGAGGAGGAGGAA
AATATATAATTATTCAACTAGCATGAGTTTTCATTAAAAATGGCTAATTTGCATGTTTTAGGTTC
AGGGACTAAATTGAATAAAAGTACAATTTTAAGGGTAAATTTGTAAAAATGTCAAAAAGTTAAAT
TGGCCAACGTTAGCTCATTAATGTTTTAATTTTTATTGGTTATAAATATGAATGCTTGATGAAAT
GAAATGTTTGTAAATTAATTTGTAAACTCCAGTAATGCTCTATAACCCTATTATGACGATAGATA
CGAATTAGGGGTGTTACAATTTTTGTCAATAATTAACTTCTCATCATTTATATCTCAAATTCACA
TAGCTATCAAATTAGTTTTTATTTTACATCTAATTTGTTTACATGATAAAAAGAATTCAAAATGT
ATTTACAAATTTTATCTAGGCTTTATTTCTTTCAAGCTTTATTTGCTTTTTTTTTCCCCCTTTTC
TACACTCCTTACAACTTCTTTTGTGTAATTTGTTTACATATGCATAATTTCACTTTCATGCTCAA
GAAACTAAAATAAACATGATACTAATTT
Found at i:10465 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 10422--10465 Score: 61
Period size: 23 Copynumber: 1.9 Consensus size: 23
10412 AATATCCAAA
*
10422 ATTTTCGTAACTCATTATTTATT
1 ATTTTCGTAACTCATGATTTATT
* *
10445 ATTTTCTTAACTCATGCTTTA
1 ATTTTCGTAACTCATGATTTA
10466 GGGACTTCAA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 3, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 18 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.16, G:0.05, T:0.55
Consensus pattern (23 bp):
ATTTTCGTAACTCATGATTTATT
Found at i:18127 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 18105--18137 Score: 66
Period size: 17 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
18095 TAAGTTATAA
18105 TTTTTTTATTTTTTATT
1 TTTTTTTATTTTTTATT
18122 TTTTTTTATTTTTTAT
1 TTTTTTTATTTTTTAT
18138 AAAATAAATA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 16 1.00
ACGTcount: A:0.12, C:0.00, G:0.00, T:0.88
Consensus pattern (17 bp):
TTTTTTTATTTTTTATT
Found at i:30490 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 30462--30514 Score: 97
Period size: 16 Copynumber: 3.2 Consensus size: 16
30452 TTTGGTTCGC
30462 TGTATTGGATTAGAGG
1 TGTATTGGATTAGAGG
30478 TGTATTGGGATTAGAGG
1 TGTATT-GGATTAGAGG
30495 TGTATTGGATTAGAGG
1 TGTATTGGATTAGAGG
30511 TGTA
1 TGTA
30515 ATAGCTAATC
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 0, Indels: 2
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
16 20 0.56
17 16 0.44
ACGTcount: A:0.25, C:0.00, G:0.38, T:0.38
Consensus pattern (16 bp):
TGTATTGGATTAGAGG
Found at i:30764 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 30729--30781 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 3.4 Consensus size: 15
30719 TTAATCATAT
* *
30729 TTAAACATAATTATTA
1 TTAAATATAATT-TAA
*
30745 TTAAATATATTTTAA
1 TTAAATATAATTTAA
30760 TTAAAATATAATTTAA
1 TT-AAATATAATTTAA
*
30776 TAAAAT
1 TTAAAT
30782 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 3
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.26
16 23 0.74
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (15 bp):
TTAAATATAATTTAA
Found at i:30918 original size:155 final size:155
Alignment explanation
Indices: 30636--38423 Score: 15549
Period size: 155 Copynumber: 50.2 Consensus size: 155
30626 TAGAATACCC
* * *
30636 TTAGCATAAATTTGTTTTGGTAAATGATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
1 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
30701 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
66 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
30766 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
131 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
30791 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
1 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
30856 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
66 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
30921 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
131 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
30946 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
1 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
31011 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
66 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
31076 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
131 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
31101 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
1 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
31166 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
66 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
31231 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
131 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
31256 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
1 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
31321 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
66 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
31386 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
131 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
31411 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
1 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
31476 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
66 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
31541 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
131 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
31566 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
1 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
31631 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
66 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
31696 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
131 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
31721 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
1 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
31786 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
66 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
31851 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
131 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
31876 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
1 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
31941 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
66 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
32006 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
131 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
32031 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
1 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
32096 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
66 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
32161 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
131 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
32186 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
1 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
32251 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
66 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
32316 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
131 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
32341 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
1 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
32406 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
66 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
32471 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
131 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
32496 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
1 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
32561 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
66 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
32626 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
131 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
32651 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
1 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
32716 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
66 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
32781 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
131 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
32806 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
1 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
32871 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
66 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
32936 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
131 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
32961 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
1 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
33026 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
66 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
33091 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
131 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
33116 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
1 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
33181 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
66 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
33246 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
131 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
33271 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
1 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
33336 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
66 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
33401 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
131 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
33426 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
1 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
33491 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
66 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
33556 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
131 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
33581 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
1 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
33646 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
66 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
33711 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
131 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
33736 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
1 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
33801 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
66 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
33866 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
131 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
33891 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
1 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
33956 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
66 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
34021 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
131 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
34046 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
1 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
34111 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
66 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
34176 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
131 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
34201 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
1 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
34266 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
66 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
34331 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
131 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
34356 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
1 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
34421 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
66 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
34486 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
131 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
34511 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
1 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
34576 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
66 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
34641 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
131 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
34666 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
1 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
34731 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
66 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
34796 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
131 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
34821 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
1 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
34886 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
66 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
34951 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
131 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
34976 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
1 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
35041 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
66 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
35106 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
131 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
35131 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
1 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
35196 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
66 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
35261 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
131 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
35286 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
1 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
35351 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
66 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
35416 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
131 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
35441 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
1 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
35506 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
66 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
35571 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
131 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
35596 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
1 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
35661 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
66 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
35726 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
131 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
35751 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
1 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
35816 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
66 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
35881 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
131 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
35906 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
1 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
35971 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
66 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
36036 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
131 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
36061 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
1 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
36126 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
66 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
36191 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
131 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
36216 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
1 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
36281 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
66 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
36346 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
131 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
36371 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
1 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
36436 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
66 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
36501 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
131 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
36526 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
1 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
36591 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
66 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
36656 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
131 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
36681 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
1 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
36746 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
66 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
36811 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
131 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
36836 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
1 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
36901 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
66 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
36966 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
131 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
36991 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
1 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
37056 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
66 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
37121 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
131 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
37146 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
1 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
37211 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
66 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
37276 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
131 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
37301 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
1 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
37366 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
66 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
37431 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
131 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
37456 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
1 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
37521 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
66 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
37586 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
131 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
37611 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
1 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
37676 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
66 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
37741 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
131 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
37766 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
1 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
37831 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
66 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
37896 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
131 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
37921 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
1 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
37986 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
66 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
38051 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
131 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
38076 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
1 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
38141 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
66 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
38206 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
131 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
38231 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
1 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
38296 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
66 TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
38361 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
131 TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
38386 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATT
1 TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATT
38424 CGTAATGCCT
Statistics
Matches: 7630, Mismatches: 3, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
155 7630 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.03, G:0.05, T:0.48
Consensus pattern (155 bp):
TTAGCAGAAATTTATTTTGGTAAATTATTATTGTTATTGTTATTTAAATTTTAATAAGATTATTA
TTATCAATAATAAATAATTTAATCATATTTAAACATAATTATTATTAAATATATTTTAATTAAAA
TATAATTTAATAAAATTCTTAATAA
Found at i:30919 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 30884--30936 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 3.4 Consensus size: 15
30874 TTAATCATAT
* *
30884 TTAAACATAATTATTA
1 TTAAATATAATT-TAA
*
30900 TTAAATATATTTTAA
1 TTAAATATAATTTAA
30915 TTAAAATATAATTTAA
1 TT-AAATATAATTTAA
*
30931 TAAAAT
1 TTAAAT
30937 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 3
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.26
16 23 0.74
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (15 bp):
TTAAATATAATTTAA
Found at i:31074 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 31039--31091 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 3.4 Consensus size: 15
31029 TTAATCATAT
* *
31039 TTAAACATAATTATTA
1 TTAAATATAATT-TAA
*
31055 TTAAATATATTTTAA
1 TTAAATATAATTTAA
31070 TTAAAATATAATTTAA
1 TT-AAATATAATTTAA
*
31086 TAAAAT
1 TTAAAT
31092 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 3
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.26
16 23 0.74
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (15 bp):
TTAAATATAATTTAA
Found at i:31229 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 31194--31246 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 3.4 Consensus size: 15
31184 TTAATCATAT
* *
31194 TTAAACATAATTATTA
1 TTAAATATAATT-TAA
*
31210 TTAAATATATTTTAA
1 TTAAATATAATTTAA
31225 TTAAAATATAATTTAA
1 TT-AAATATAATTTAA
*
31241 TAAAAT
1 TTAAAT
31247 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 3
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.26
16 23 0.74
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (15 bp):
TTAAATATAATTTAA
Found at i:31384 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 31349--31401 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 3.4 Consensus size: 15
31339 TTAATCATAT
* *
31349 TTAAACATAATTATTA
1 TTAAATATAATT-TAA
*
31365 TTAAATATATTTTAA
1 TTAAATATAATTTAA
31380 TTAAAATATAATTTAA
1 TT-AAATATAATTTAA
*
31396 TAAAAT
1 TTAAAT
31402 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 3
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.26
16 23 0.74
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (15 bp):
TTAAATATAATTTAA
Found at i:31539 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 31504--31556 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 3.4 Consensus size: 15
31494 TTAATCATAT
* *
31504 TTAAACATAATTATTA
1 TTAAATATAATT-TAA
*
31520 TTAAATATATTTTAA
1 TTAAATATAATTTAA
31535 TTAAAATATAATTTAA
1 TT-AAATATAATTTAA
*
31551 TAAAAT
1 TTAAAT
31557 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 3
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.26
16 23 0.74
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (15 bp):
TTAAATATAATTTAA
Found at i:31694 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 31659--31711 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 3.4 Consensus size: 15
31649 TTAATCATAT
* *
31659 TTAAACATAATTATTA
1 TTAAATATAATT-TAA
*
31675 TTAAATATATTTTAA
1 TTAAATATAATTTAA
31690 TTAAAATATAATTTAA
1 TT-AAATATAATTTAA
*
31706 TAAAAT
1 TTAAAT
31712 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 3
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.26
16 23 0.74
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (15 bp):
TTAAATATAATTTAA
Found at i:31849 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 31814--31866 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 3.4 Consensus size: 15
31804 TTAATCATAT
* *
31814 TTAAACATAATTATTA
1 TTAAATATAATT-TAA
*
31830 TTAAATATATTTTAA
1 TTAAATATAATTTAA
31845 TTAAAATATAATTTAA
1 TT-AAATATAATTTAA
*
31861 TAAAAT
1 TTAAAT
31867 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 3
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.26
16 23 0.74
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (15 bp):
TTAAATATAATTTAA
Found at i:32004 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 31969--32021 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 3.4 Consensus size: 15
31959 TTAATCATAT
* *
31969 TTAAACATAATTATTA
1 TTAAATATAATT-TAA
*
31985 TTAAATATATTTTAA
1 TTAAATATAATTTAA
32000 TTAAAATATAATTTAA
1 TT-AAATATAATTTAA
*
32016 TAAAAT
1 TTAAAT
32022 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 3
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.26
16 23 0.74
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (15 bp):
TTAAATATAATTTAA
Found at i:32159 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 32124--32176 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 3.4 Consensus size: 15
32114 TTAATCATAT
* *
32124 TTAAACATAATTATTA
1 TTAAATATAATT-TAA
*
32140 TTAAATATATTTTAA
1 TTAAATATAATTTAA
32155 TTAAAATATAATTTAA
1 TT-AAATATAATTTAA
*
32171 TAAAAT
1 TTAAAT
32177 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 3
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.26
16 23 0.74
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (15 bp):
TTAAATATAATTTAA
Found at i:32314 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 32279--32331 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 3.4 Consensus size: 15
32269 TTAATCATAT
* *
32279 TTAAACATAATTATTA
1 TTAAATATAATT-TAA
*
32295 TTAAATATATTTTAA
1 TTAAATATAATTTAA
32310 TTAAAATATAATTTAA
1 TT-AAATATAATTTAA
*
32326 TAAAAT
1 TTAAAT
32332 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 3
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.26
16 23 0.74
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (15 bp):
TTAAATATAATTTAA
Found at i:32469 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 32434--32486 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 3.4 Consensus size: 15
32424 TTAATCATAT
* *
32434 TTAAACATAATTATTA
1 TTAAATATAATT-TAA
*
32450 TTAAATATATTTTAA
1 TTAAATATAATTTAA
32465 TTAAAATATAATTTAA
1 TT-AAATATAATTTAA
*
32481 TAAAAT
1 TTAAAT
32487 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 3
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.26
16 23 0.74
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (15 bp):
TTAAATATAATTTAA
Found at i:32624 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 32589--32641 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 3.4 Consensus size: 15
32579 TTAATCATAT
* *
32589 TTAAACATAATTATTA
1 TTAAATATAATT-TAA
*
32605 TTAAATATATTTTAA
1 TTAAATATAATTTAA
32620 TTAAAATATAATTTAA
1 TT-AAATATAATTTAA
*
32636 TAAAAT
1 TTAAAT
32642 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 3
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.26
16 23 0.74
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (15 bp):
TTAAATATAATTTAA
Found at i:32779 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 32744--32796 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 3.4 Consensus size: 15
32734 TTAATCATAT
* *
32744 TTAAACATAATTATTA
1 TTAAATATAATT-TAA
*
32760 TTAAATATATTTTAA
1 TTAAATATAATTTAA
32775 TTAAAATATAATTTAA
1 TT-AAATATAATTTAA
*
32791 TAAAAT
1 TTAAAT
32797 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 3
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.26
16 23 0.74
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (15 bp):
TTAAATATAATTTAA
Found at i:32934 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 32899--32951 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 3.4 Consensus size: 15
32889 TTAATCATAT
* *
32899 TTAAACATAATTATTA
1 TTAAATATAATT-TAA
*
32915 TTAAATATATTTTAA
1 TTAAATATAATTTAA
32930 TTAAAATATAATTTAA
1 TT-AAATATAATTTAA
*
32946 TAAAAT
1 TTAAAT
32952 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 3
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.26
16 23 0.74
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (15 bp):
TTAAATATAATTTAA
Found at i:33089 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 33054--33106 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 3.4 Consensus size: 15
33044 TTAATCATAT
* *
33054 TTAAACATAATTATTA
1 TTAAATATAATT-TAA
*
33070 TTAAATATATTTTAA
1 TTAAATATAATTTAA
33085 TTAAAATATAATTTAA
1 TT-AAATATAATTTAA
*
33101 TAAAAT
1 TTAAAT
33107 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 3
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.26
16 23 0.74
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (15 bp):
TTAAATATAATTTAA
Found at i:33244 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 33209--33261 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 3.4 Consensus size: 15
33199 TTAATCATAT
* *
33209 TTAAACATAATTATTA
1 TTAAATATAATT-TAA
*
33225 TTAAATATATTTTAA
1 TTAAATATAATTTAA
33240 TTAAAATATAATTTAA
1 TT-AAATATAATTTAA
*
33256 TAAAAT
1 TTAAAT
33262 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 3
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.26
16 23 0.74
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (15 bp):
TTAAATATAATTTAA
Found at i:33399 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 33364--33416 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 3.4 Consensus size: 15
33354 TTAATCATAT
* *
33364 TTAAACATAATTATTA
1 TTAAATATAATT-TAA
*
33380 TTAAATATATTTTAA
1 TTAAATATAATTTAA
33395 TTAAAATATAATTTAA
1 TT-AAATATAATTTAA
*
33411 TAAAAT
1 TTAAAT
33417 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 3
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.26
16 23 0.74
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (15 bp):
TTAAATATAATTTAA
Found at i:33554 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 33519--33571 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 3.4 Consensus size: 15
33509 TTAATCATAT
* *
33519 TTAAACATAATTATTA
1 TTAAATATAATT-TAA
*
33535 TTAAATATATTTTAA
1 TTAAATATAATTTAA
33550 TTAAAATATAATTTAA
1 TT-AAATATAATTTAA
*
33566 TAAAAT
1 TTAAAT
33572 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 3
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.26
16 23 0.74
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (15 bp):
TTAAATATAATTTAA
Found at i:33709 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 33674--33726 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 3.4 Consensus size: 15
33664 TTAATCATAT
* *
33674 TTAAACATAATTATTA
1 TTAAATATAATT-TAA
*
33690 TTAAATATATTTTAA
1 TTAAATATAATTTAA
33705 TTAAAATATAATTTAA
1 TT-AAATATAATTTAA
*
33721 TAAAAT
1 TTAAAT
33727 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 3
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.26
16 23 0.74
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (15 bp):
TTAAATATAATTTAA
Found at i:33864 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 33829--33881 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 3.4 Consensus size: 15
33819 TTAATCATAT
* *
33829 TTAAACATAATTATTA
1 TTAAATATAATT-TAA
*
33845 TTAAATATATTTTAA
1 TTAAATATAATTTAA
33860 TTAAAATATAATTTAA
1 TT-AAATATAATTTAA
*
33876 TAAAAT
1 TTAAAT
33882 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 3
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.26
16 23 0.74
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (15 bp):
TTAAATATAATTTAA
Found at i:34019 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 33984--34036 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 3.4 Consensus size: 15
33974 TTAATCATAT
* *
33984 TTAAACATAATTATTA
1 TTAAATATAATT-TAA
*
34000 TTAAATATATTTTAA
1 TTAAATATAATTTAA
34015 TTAAAATATAATTTAA
1 TT-AAATATAATTTAA
*
34031 TAAAAT
1 TTAAAT
34037 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 3
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.26
16 23 0.74
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (15 bp):
TTAAATATAATTTAA
Found at i:34174 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 34139--34191 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 3.4 Consensus size: 15
34129 TTAATCATAT
* *
34139 TTAAACATAATTATTA
1 TTAAATATAATT-TAA
*
34155 TTAAATATATTTTAA
1 TTAAATATAATTTAA
34170 TTAAAATATAATTTAA
1 TT-AAATATAATTTAA
*
34186 TAAAAT
1 TTAAAT
34192 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 3
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.26
16 23 0.74
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (15 bp):
TTAAATATAATTTAA
Found at i:34329 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 34294--34346 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 3.4 Consensus size: 15
34284 TTAATCATAT
* *
34294 TTAAACATAATTATTA
1 TTAAATATAATT-TAA
*
34310 TTAAATATATTTTAA
1 TTAAATATAATTTAA
34325 TTAAAATATAATTTAA
1 TT-AAATATAATTTAA
*
34341 TAAAAT
1 TTAAAT
34347 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 3
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.26
16 23 0.74
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (15 bp):
TTAAATATAATTTAA
Found at i:34484 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 34449--34501 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 3.4 Consensus size: 15
34439 TTAATCATAT
* *
34449 TTAAACATAATTATTA
1 TTAAATATAATT-TAA
*
34465 TTAAATATATTTTAA
1 TTAAATATAATTTAA
34480 TTAAAATATAATTTAA
1 TT-AAATATAATTTAA
*
34496 TAAAAT
1 TTAAAT
34502 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 3
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.26
16 23 0.74
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (15 bp):
TTAAATATAATTTAA
Found at i:34639 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 34604--34656 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 3.4 Consensus size: 15
34594 TTAATCATAT
* *
34604 TTAAACATAATTATTA
1 TTAAATATAATT-TAA
*
34620 TTAAATATATTTTAA
1 TTAAATATAATTTAA
34635 TTAAAATATAATTTAA
1 TT-AAATATAATTTAA
*
34651 TAAAAT
1 TTAAAT
34657 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 3
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.26
16 23 0.74
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (15 bp):
TTAAATATAATTTAA
Found at i:34794 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 34759--34811 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 3.4 Consensus size: 15
34749 TTAATCATAT
* *
34759 TTAAACATAATTATTA
1 TTAAATATAATT-TAA
*
34775 TTAAATATATTTTAA
1 TTAAATATAATTTAA
34790 TTAAAATATAATTTAA
1 TT-AAATATAATTTAA
*
34806 TAAAAT
1 TTAAAT
34812 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 3
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.26
16 23 0.74
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (15 bp):
TTAAATATAATTTAA
Found at i:34949 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 34914--34966 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 3.4 Consensus size: 15
34904 TTAATCATAT
* *
34914 TTAAACATAATTATTA
1 TTAAATATAATT-TAA
*
34930 TTAAATATATTTTAA
1 TTAAATATAATTTAA
34945 TTAAAATATAATTTAA
1 TT-AAATATAATTTAA
*
34961 TAAAAT
1 TTAAAT
34967 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 3
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.26
16 23 0.74
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (15 bp):
TTAAATATAATTTAA
Found at i:35104 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 35069--35121 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 3.4 Consensus size: 15
35059 TTAATCATAT
* *
35069 TTAAACATAATTATTA
1 TTAAATATAATT-TAA
*
35085 TTAAATATATTTTAA
1 TTAAATATAATTTAA
35100 TTAAAATATAATTTAA
1 TT-AAATATAATTTAA
*
35116 TAAAAT
1 TTAAAT
35122 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 3
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.26
16 23 0.74
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (15 bp):
TTAAATATAATTTAA
Found at i:35259 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 35224--35276 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 3.4 Consensus size: 15
35214 TTAATCATAT
* *
35224 TTAAACATAATTATTA
1 TTAAATATAATT-TAA
*
35240 TTAAATATATTTTAA
1 TTAAATATAATTTAA
35255 TTAAAATATAATTTAA
1 TT-AAATATAATTTAA
*
35271 TAAAAT
1 TTAAAT
35277 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 3
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.26
16 23 0.74
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (15 bp):
TTAAATATAATTTAA
Found at i:35414 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 35379--35431 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 3.4 Consensus size: 15
35369 TTAATCATAT
* *
35379 TTAAACATAATTATTA
1 TTAAATATAATT-TAA
*
35395 TTAAATATATTTTAA
1 TTAAATATAATTTAA
35410 TTAAAATATAATTTAA
1 TT-AAATATAATTTAA
*
35426 TAAAAT
1 TTAAAT
35432 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 3
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.26
16 23 0.74
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (15 bp):
TTAAATATAATTTAA
Found at i:35569 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 35534--35586 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 3.4 Consensus size: 15
35524 TTAATCATAT
* *
35534 TTAAACATAATTATTA
1 TTAAATATAATT-TAA
*
35550 TTAAATATATTTTAA
1 TTAAATATAATTTAA
35565 TTAAAATATAATTTAA
1 TT-AAATATAATTTAA
*
35581 TAAAAT
1 TTAAAT
35587 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 3
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.26
16 23 0.74
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (15 bp):
TTAAATATAATTTAA
Found at i:35724 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 35689--35741 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 3.4 Consensus size: 15
35679 TTAATCATAT
* *
35689 TTAAACATAATTATTA
1 TTAAATATAATT-TAA
*
35705 TTAAATATATTTTAA
1 TTAAATATAATTTAA
35720 TTAAAATATAATTTAA
1 TT-AAATATAATTTAA
*
35736 TAAAAT
1 TTAAAT
35742 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 3
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.26
16 23 0.74
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (15 bp):
TTAAATATAATTTAA
Found at i:35879 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 35844--35896 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 3.4 Consensus size: 15
35834 TTAATCATAT
* *
35844 TTAAACATAATTATTA
1 TTAAATATAATT-TAA
*
35860 TTAAATATATTTTAA
1 TTAAATATAATTTAA
35875 TTAAAATATAATTTAA
1 TT-AAATATAATTTAA
*
35891 TAAAAT
1 TTAAAT
35897 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 3
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.26
16 23 0.74
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (15 bp):
TTAAATATAATTTAA
Found at i:36034 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 35999--36051 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 3.4 Consensus size: 15
35989 TTAATCATAT
* *
35999 TTAAACATAATTATTA
1 TTAAATATAATT-TAA
*
36015 TTAAATATATTTTAA
1 TTAAATATAATTTAA
36030 TTAAAATATAATTTAA
1 TT-AAATATAATTTAA
*
36046 TAAAAT
1 TTAAAT
36052 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 3
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.26
16 23 0.74
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (15 bp):
TTAAATATAATTTAA
Found at i:36189 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 36154--36206 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 3.4 Consensus size: 15
36144 TTAATCATAT
* *
36154 TTAAACATAATTATTA
1 TTAAATATAATT-TAA
*
36170 TTAAATATATTTTAA
1 TTAAATATAATTTAA
36185 TTAAAATATAATTTAA
1 TT-AAATATAATTTAA
*
36201 TAAAAT
1 TTAAAT
36207 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 3
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.26
16 23 0.74
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (15 bp):
TTAAATATAATTTAA
Found at i:36344 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 36309--36361 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 3.4 Consensus size: 15
36299 TTAATCATAT
* *
36309 TTAAACATAATTATTA
1 TTAAATATAATT-TAA
*
36325 TTAAATATATTTTAA
1 TTAAATATAATTTAA
36340 TTAAAATATAATTTAA
1 TT-AAATATAATTTAA
*
36356 TAAAAT
1 TTAAAT
36362 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 3
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.26
16 23 0.74
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (15 bp):
TTAAATATAATTTAA
Found at i:36499 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 36464--36516 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 3.4 Consensus size: 15
36454 TTAATCATAT
* *
36464 TTAAACATAATTATTA
1 TTAAATATAATT-TAA
*
36480 TTAAATATATTTTAA
1 TTAAATATAATTTAA
36495 TTAAAATATAATTTAA
1 TT-AAATATAATTTAA
*
36511 TAAAAT
1 TTAAAT
36517 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 3
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.26
16 23 0.74
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (15 bp):
TTAAATATAATTTAA
Found at i:36654 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 36619--36671 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 3.4 Consensus size: 15
36609 TTAATCATAT
* *
36619 TTAAACATAATTATTA
1 TTAAATATAATT-TAA
*
36635 TTAAATATATTTTAA
1 TTAAATATAATTTAA
36650 TTAAAATATAATTTAA
1 TT-AAATATAATTTAA
*
36666 TAAAAT
1 TTAAAT
36672 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 3
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.26
16 23 0.74
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (15 bp):
TTAAATATAATTTAA
Found at i:36809 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 36774--36826 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 3.4 Consensus size: 15
36764 TTAATCATAT
* *
36774 TTAAACATAATTATTA
1 TTAAATATAATT-TAA
*
36790 TTAAATATATTTTAA
1 TTAAATATAATTTAA
36805 TTAAAATATAATTTAA
1 TT-AAATATAATTTAA
*
36821 TAAAAT
1 TTAAAT
36827 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 3
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.26
16 23 0.74
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (15 bp):
TTAAATATAATTTAA
Found at i:36964 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 36929--36981 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 3.4 Consensus size: 15
36919 TTAATCATAT
* *
36929 TTAAACATAATTATTA
1 TTAAATATAATT-TAA
*
36945 TTAAATATATTTTAA
1 TTAAATATAATTTAA
36960 TTAAAATATAATTTAA
1 TT-AAATATAATTTAA
*
36976 TAAAAT
1 TTAAAT
36982 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 3
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.26
16 23 0.74
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (15 bp):
TTAAATATAATTTAA
Found at i:37119 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 37084--37136 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 3.4 Consensus size: 15
37074 TTAATCATAT
* *
37084 TTAAACATAATTATTA
1 TTAAATATAATT-TAA
*
37100 TTAAATATATTTTAA
1 TTAAATATAATTTAA
37115 TTAAAATATAATTTAA
1 TT-AAATATAATTTAA
*
37131 TAAAAT
1 TTAAAT
37137 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 3
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.26
16 23 0.74
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (15 bp):
TTAAATATAATTTAA
Found at i:37274 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 37239--37291 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 3.4 Consensus size: 15
37229 TTAATCATAT
* *
37239 TTAAACATAATTATTA
1 TTAAATATAATT-TAA
*
37255 TTAAATATATTTTAA
1 TTAAATATAATTTAA
37270 TTAAAATATAATTTAA
1 TT-AAATATAATTTAA
*
37286 TAAAAT
1 TTAAAT
37292 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 3
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.26
16 23 0.74
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (15 bp):
TTAAATATAATTTAA
Found at i:37429 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 37394--37446 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 3.4 Consensus size: 15
37384 TTAATCATAT
* *
37394 TTAAACATAATTATTA
1 TTAAATATAATT-TAA
*
37410 TTAAATATATTTTAA
1 TTAAATATAATTTAA
37425 TTAAAATATAATTTAA
1 TT-AAATATAATTTAA
*
37441 TAAAAT
1 TTAAAT
37447 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 3
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.26
16 23 0.74
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (15 bp):
TTAAATATAATTTAA
Found at i:37584 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 37549--37601 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 3.4 Consensus size: 15
37539 TTAATCATAT
* *
37549 TTAAACATAATTATTA
1 TTAAATATAATT-TAA
*
37565 TTAAATATATTTTAA
1 TTAAATATAATTTAA
37580 TTAAAATATAATTTAA
1 TT-AAATATAATTTAA
*
37596 TAAAAT
1 TTAAAT
37602 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 3
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.26
16 23 0.74
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (15 bp):
TTAAATATAATTTAA
Found at i:37739 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 37704--37756 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 3.4 Consensus size: 15
37694 TTAATCATAT
* *
37704 TTAAACATAATTATTA
1 TTAAATATAATT-TAA
*
37720 TTAAATATATTTTAA
1 TTAAATATAATTTAA
37735 TTAAAATATAATTTAA
1 TT-AAATATAATTTAA
*
37751 TAAAAT
1 TTAAAT
37757 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 3
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.26
16 23 0.74
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (15 bp):
TTAAATATAATTTAA
Found at i:37894 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 37859--37911 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 3.4 Consensus size: 15
37849 TTAATCATAT
* *
37859 TTAAACATAATTATTA
1 TTAAATATAATT-TAA
*
37875 TTAAATATATTTTAA
1 TTAAATATAATTTAA
37890 TTAAAATATAATTTAA
1 TT-AAATATAATTTAA
*
37906 TAAAAT
1 TTAAAT
37912 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 3
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.26
16 23 0.74
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (15 bp):
TTAAATATAATTTAA
Found at i:38049 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 38014--38066 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 3.4 Consensus size: 15
38004 TTAATCATAT
* *
38014 TTAAACATAATTATTA
1 TTAAATATAATT-TAA
*
38030 TTAAATATATTTTAA
1 TTAAATATAATTTAA
38045 TTAAAATATAATTTAA
1 TT-AAATATAATTTAA
*
38061 TAAAAT
1 TTAAAT
38067 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 3
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.26
16 23 0.74
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (15 bp):
TTAAATATAATTTAA
Found at i:38204 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 38169--38221 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 3.4 Consensus size: 15
38159 TTAATCATAT
* *
38169 TTAAACATAATTATTA
1 TTAAATATAATT-TAA
*
38185 TTAAATATATTTTAA
1 TTAAATATAATTTAA
38200 TTAAAATATAATTTAA
1 TT-AAATATAATTTAA
*
38216 TAAAAT
1 TTAAAT
38222 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 3
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.26
16 23 0.74
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (15 bp):
TTAAATATAATTTAA
Found at i:38359 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 38324--38376 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 3.4 Consensus size: 15
38314 TTAATCATAT
* *
38324 TTAAACATAATTATTA
1 TTAAATATAATT-TAA
*
38340 TTAAATATATTTTAA
1 TTAAATATAATTTAA
38355 TTAAAATATAATTTAA
1 TT-AAATATAATTTAA
*
38371 TAAAAT
1 TTAAAT
38377 TCTTAATAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 3
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.26
16 23 0.74
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (15 bp):
TTAAATATAATTTAA
Found at i:39711 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 39658--39746 Score: 88
Period size: 27 Copynumber: 3.3 Consensus size: 27
39648 GTGACGACGA
* * *
39658 CACTTCGGTGCAAATTAGCGATTGTGG
1 CACTTCGGTGCAAATCAGTGATAGTGG
*
39685 CACTTCGGTGCAACTCAGTGATAGTGG
1 CACTTCGGTGCAAATCAGTGATAGTGG
* ** * *
39712 CACCTCAATGCAATTCGGTGATAGTGG
1 CACTTCGGTGCAAATCAGTGATAGTGG
*
39739 CTCTTCGG
1 CACTTCGG
39747 AGCATTTCAT
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 13, Indels: 0
0.79 0.21 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 49 1.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.22, G:0.28, T:0.28
Consensus pattern (27 bp):
CACTTCGGTGCAAATCAGTGATAGTGG
Found at i:39913 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 39897--39921 Score: 50
Period size: 11 Copynumber: 2.3 Consensus size: 11
39887 TGTAAGTGGA
39897 AATGATCATTT
1 AATGATCATTT
39908 AATGATCATTT
1 AATGATCATTT
39919 AAT
1 AAT
39922 TAATTTCATT
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 14 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.08, T:0.44
Consensus pattern (11 bp):
AATGATCATTT
Found at i:40800 original size:12 final size:11
Alignment explanation
Indices: 40767--40850 Score: 54
Period size: 12 Copynumber: 7.9 Consensus size: 11
40757 AAATAGAAGG
*
40767 GAAAG-AAAGG
1 GAAAGAAAAGA
40777 GAAA-AAAA-A
1 GAAAGAAAAGA
40786 GAAAGAAAATGA
1 GAAAGAAAA-GA
40798 GAAAG-AAA-A
1 GAAAGAAAAGA
40807 GAAAGAAAAGGA
1 GAAAGAAAA-GA
*
40819 AAAAGAAAA-A
1 GAAAGAAAAGA
* *
40829 GAGAGAGAGAGA
1 GAAAGA-AAAGA
*
40841 GAGAGAAAAG
1 GAAAGAAAAG
40851 TAAAATCACT
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 6, Indels: 17
0.72 0.07 0.21
Matches are distributed among these distances:
9 10 0.17
10 19 0.32
11 8 0.14
12 22 0.37
ACGTcount: A:0.69, C:0.00, G:0.30, T:0.01
Consensus pattern (11 bp):
GAAAGAAAAGA
Found at i:40806 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 40767--40827 Score: 81
Period size: 21 Copynumber: 3.0 Consensus size: 21
40757 AAATAGAAGG
*
40767 GAAAG-AAAGG-GAAAAAAAA
1 GAAAGAAAAGGAGAAAGAAAA
*
40786 GAAAGAAAATGAGAAAGAAAA
1 GAAAGAAAAGGAGAAAGAAAA
*
40807 GAAAGAAAAGGAAAAAGAAAA
1 GAAAGAAAAGGAGAAAGAAAA
40828 AGAGAGAGAG
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 4, Indels: 2
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 5 0.14
20 4 0.11
21 27 0.75
ACGTcount: A:0.74, C:0.00, G:0.25, T:0.02
Consensus pattern (21 bp):
GAAAGAAAAGGAGAAAGAAAA
Found at i:46085 original size:41 final size:40
Alignment explanation
Indices: 46040--46127 Score: 131
Period size: 41 Copynumber: 2.2 Consensus size: 40
46030 CGACTTTGAG
*
46040 TCGATGAAACACTGGGTGTCAATTTACTACTTCGGATTAAT
1 TCGATGAAACACTGGGTGTCAATTTACTACTTCGAATT-AT
** *
46081 TCGATGAGGCACTGGGTGTCAATTTATTACTTCGAATTAT
1 TCGATGAAACACTGGGTGTCAATTTACTACTTCGAATTAT
46121 TCGATGA
1 TCGATGA
46128 GGCACTAGGT
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 4, Indels: 1
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
40 9 0.21
41 34 0.79
ACGTcount: A:0.27, C:0.16, G:0.22, T:0.35
Consensus pattern (40 bp):
TCGATGAAACACTGGGTGTCAATTTACTACTTCGAATTAT
Found at i:49977 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 49948--49993 Score: 60
Period size: 20 Copynumber: 2.3 Consensus size: 21
49938 ATATTTGATA
*
49948 ATTA-TTTAATTAGATA-AAT
1 ATTATTTTAATGAGATATAAT
*
49967 ATTATTTTAATGAGATATATT
1 ATTATTTTAATGAGATATAAT
49988 ATTATT
1 ATTATT
49994 ATTTTATTTA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 2
0.85 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
19 4 0.17
20 11 0.48
21 8 0.35
ACGTcount: A:0.41, C:0.00, G:0.07, T:0.52
Consensus pattern (21 bp):
ATTATTTTAATGAGATATAAT
Found at i:51832 original size:101 final size:100
Alignment explanation
Indices: 51657--51886 Score: 336
Period size: 101 Copynumber: 2.3 Consensus size: 100
51647 TGAATTGACA
*
51657 GATAAGACCATAACT-GAGTTATGACACTATGAACGTAAAACCATGGTTGGACCATGGCAGTGTT
1 GATAAGACAAT-ACTAG-GTTATGACACTATGAACGTAAAACCATGGTTGGACCATGGCAGTGTT
* *
51721 TATATATAAGACCATAGCTGGGTTATGTCATTCTGAT
64 TATATATAAGACCATAGCTGGGCTATGGCATTCTGAT
* * * *
51758 GATAATACAATATCTAGGTTATGGCACTATGAACGTAAGACCATGGTTGGACTATGGCAGTGTTT
1 GATAAGACAATA-CTAGGTTATGACACTATGAACGTAAAACCATGGTTGGACCATGGCAGTGTTT
*
51823 ATATGTAAGACCATAGCTGGGCTATGGCATTCTGAT
65 ATATATAAGACCATAGCTGGGCTATGGCATTCTGAT
* *
51859 GATAAGACCATACTGGGTTATGACACTA
1 GATAAGACAATACTAGGTTATGACACTA
51887 CAAATGTAAA
Statistics
Matches: 115, Mismatches: 12, Indels: 5
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
100 15 0.13
101 99 0.86
102 1 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.23, T:0.30
Consensus pattern (100 bp):
GATAAGACAATACTAGGTTATGACACTATGAACGTAAAACCATGGTTGGACCATGGCAGTGTTTA
TATATAAGACCATAGCTGGGCTATGGCATTCTGAT
Found at i:51870 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 51726--51880 Score: 118
Period size: 33 Copynumber: 4.7 Consensus size: 33
51716 GTGTTTATAT
*
51726 ATAAGACCATAGCTGGGTTATGTCATTCTGATG
1 ATAAGACCATAGCTGGGTTATGGCATTCTGATG
* * * * * * *
51759 ATAATACAATATCTAGGTTATGGCACTATGAACG
1 ATAAGACCATAGCTGGGTTATGGCATTCTG-ATG
* * ** * *
51793 -TAAGACCATGGTTGGACTATGGCAGTGTTTATATG
1 ATAAGACCATAGCTGGGTTATGGCA-T-TCT-GATG
*
51828 -TAAGACCATAGCTGGGCTATGGCATTCTGATG
1 ATAAGACCATAGCTGGGTTATGGCATTCTGATG
51860 ATAAGACCATA-CTGGGTTATG
1 ATAAGACCATAGCTGGGTTATG
51881 ACACTACAAA
Statistics
Matches: 91, Mismatches: 26, Indels: 11
0.71 0.20 0.09
Matches are distributed among these distances:
32 12 0.13
33 51 0.56
34 3 0.03
35 25 0.27
ACGTcount: A:0.30, C:0.15, G:0.25, T:0.31
Consensus pattern (33 bp):
ATAAGACCATAGCTGGGTTATGGCATTCTGATG
Found at i:54533 original size:39 final size:40
Alignment explanation
Indices: 54398--54534 Score: 118
Period size: 40 Copynumber: 3.4 Consensus size: 40
54388 CGCTTGGACA
* **
54398 AAAAACGCCGA-TAAAAATCGAGCATTAGCGGCGCTTCAAG
1 AAAAACGCC-ACTAAAAATCGAGCATTAGCGGCGTTTTTAG
* * * * * *
54438 GAAAATGCCACTAAAGATCGAGCATTAGTGGAGTTTTTTG
1 AAAAACGCCACTAAAAATCGAGCATTAGCGGCGTTTTTAG
**
54478 AAAAGTG-CAGCTAAAAAT-GAGCATTAGCGGCGTTTTTAG
1 AAAAACGCCA-CTAAAAATCGAGCATTAGCGGCGTTTTTAG
*
54517 AAAAAACGCCACAAAAAA
1 -AAAAACGCCACTAAAAA
54535 CCAAAGCCCA
Statistics
Matches: 75, Mismatches: 18, Indels: 8
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
39 21 0.28
40 52 0.69
41 2 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.17, G:0.22, T:0.20
Consensus pattern (40 bp):
AAAAACGCCACTAAAAATCGAGCATTAGCGGCGTTTTTAG
Found at i:55532 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 55510--55552 Score: 68
Period size: 17 Copynumber: 2.5 Consensus size: 17
55500 AATATATAAT
55510 ATTATAATGAAAAATTA
1 ATTATAATGAAAAATTA
*
55527 ATTATAATGCAAAATTA
1 ATTATAATGAAAAATTA
55544 ATATATAAT
1 AT-TATAAT
55553 ATTATAATAT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 1
0.92 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
17 18 0.75
18 6 0.25
ACGTcount: A:0.56, C:0.02, G:0.05, T:0.37
Consensus pattern (17 bp):
ATTATAATGAAAAATTA
Found at i:55865 original size:104 final size:104
Alignment explanation
Indices: 55685--55893 Score: 409
Period size: 104 Copynumber: 2.0 Consensus size: 104
55675 CGTGTTTAAG
55685 AAATAAATTCATTTAGTTACAGATTATATGTAACACCCCTTACCCGAATTATCAAACTCTGACTG
1 AAATAAATTCATTTAGTTACAGATTATATGTAACACCCCTTACCCGAATTATCAAACTCTGACTG
*
55750 ATGTTTTTGACGTGGTTGCATCTGTAACTTTCAACAGAT
66 ACGTTTTTGACGTGGTTGCATCTGTAACTTTCAACAGAT
55789 AAATAAATTCATTTAGTTACAGATTATATGTAACACCCCTTACCCGAATTATCAAACTCTGACTG
1 AAATAAATTCATTTAGTTACAGATTATATGTAACACCCCTTACCCGAATTATCAAACTCTGACTG
55854 ACGTTTTTGACGTGGTTGCATCTGTAACTTTCAACAGAT
66 ACGTTTTTGACGTGGTTGCATCTGTAACTTTCAACAGAT
55893 A
1 A
55894 TCTATTTCCC
Statistics
Matches: 104, Mismatches: 1, Indels: 0
0.99 0.01 0.00
Matches are distributed among these distances:
104 104 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.20, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (104 bp):
AAATAAATTCATTTAGTTACAGATTATATGTAACACCCCTTACCCGAATTATCAAACTCTGACTG
ACGTTTTTGACGTGGTTGCATCTGTAACTTTCAACAGAT
Found at i:58625 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 58578--58737 Score: 191
Period size: 43 Copynumber: 3.7 Consensus size: 43
58568 AGAGTAATAC
* * *
58578 CTTTACCGGCGTTTTTGGTATAAGCGCCGCTATAGAAT-AGGGT
1 CTTTAGCGGCGTTTGTGGTAAAAGCGCCGCTATAG-ATCAGGGT
*
58621 CTTTAGCGGCGTTTTTGGTAAAAGCGCCGCTATAGATCA-GGT
1 CTTTAGCGGCGTTTGTGGTAAAAGCGCCGCTATAGATCAGGGT
* ****
58663 CTTTAGTGGCGTTTGTGACCGAAGCGCCGCTATAGATCAGGGT
1 CTTTAGCGGCGTTTGTGGTAAAAGCGCCGCTATAGATCAGGGT
*
58706 CTATT-GCGGCGTTTGTGGGAAAAGCGCCGCTA
1 CT-TTAGCGGCGTTTGTGGTAAAAGCGCCGCTA
58738 AAGACCCTGA
Statistics
Matches: 101, Mismatches: 13, Indels: 6
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
42 38 0.38
43 61 0.60
44 2 0.02
ACGTcount: A:0.20, C:0.20, G:0.31, T:0.29
Consensus pattern (43 bp):
CTTTAGCGGCGTTTGTGGTAAAAGCGCCGCTATAGATCAGGGT
Found at i:58667 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 58578--58737 Score: 207
Period size: 85 Copynumber: 1.9 Consensus size: 85
58568 AGAGTAATAC
* ** * * *
58578 CTTTACCGGCGTTTTTGGTATAAGCGCCGCTATAGAAT-AGGGTCT-TTAGCGGCGTTTTTGGTA
1 CTTTACCGGCGTTTGTGACAGAAGCGCCGCTATAG-ATCAGGGTCTATT-GCGGCGTTTGTGGGA
58641 AAAGCGCCGCTATAGATCAGGT
64 AAAGCGCCGCTATAGATCAGGT
** *
58663 CTTTAGTGGCGTTTGTGACCGAAGCGCCGCTATAGATCAGGGTCTATTGCGGCGTTTGTGGGAAA
1 CTTTACCGGCGTTTGTGACAGAAGCGCCGCTATAGATCAGGGTCTATTGCGGCGTTTGTGGGAAA
58728 AGCGCCGCTA
66 AGCGCCGCTA
58738 AAGACCCTGA
Statistics
Matches: 64, Mismatches: 9, Indels: 4
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
84 2 0.03
85 60 0.94
86 2 0.03
ACGTcount: A:0.20, C:0.20, G:0.31, T:0.29
Consensus pattern (85 bp):
CTTTACCGGCGTTTGTGACAGAAGCGCCGCTATAGATCAGGGTCTATTGCGGCGTTTGTGGGAAA
AGCGCCGCTATAGATCAGGT
Found at i:58752 original size:43 final size:42
Alignment explanation
Indices: 58705--58869 Score: 156
Period size: 43 Copynumber: 3.8 Consensus size: 42
58695 TAGATCAGGG
* **
58705 TCTATTGCGGCGTTTGTGGGAAAAGCGCCGCTAAAGACCCTGA
1 TCTATAGCGGCGTTTGTGCCAAAA-CGCCGCTAAAGACCCTGA
* *
58748 TCTATAGCGGCGTTTCG-GTCACAAACGCCACTAAAGACCCTGA
1 TCTATAGCGGCGTTT-GTGCCA-AAACGCCGCTAAAGACCCTGA
*
58791 TCTATAGCGGCGCTTT-TACCAAAAACGCCGCTAAAGACCCT-A
1 TCTATAGCGGCG-TTTGTGCC-AAAACGCCGCTAAAGACCCTGA
* * * *
58833 TTCTATAGCGGCGCTTATACCAAAAACGCCGGTAAAG
1 -TCTATAGCGGCGTTTGTGCC-AAAACGCCGCTAAAG
58870 GTATTACTCT
Statistics
Matches: 106, Mismatches: 9, Indels: 14
0.82 0.07 0.11
Matches are distributed among these distances:
42 3 0.03
43 95 0.90
44 8 0.08
ACGTcount: A:0.28, C:0.27, G:0.22, T:0.22
Consensus pattern (42 bp):
TCTATAGCGGCGTTTGTGCCAAAACGCCGCTAAAGACCCTGA
Found at i:58886 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 58796--58930 Score: 139
Period size: 43 Copynumber: 3.2 Consensus size: 43
58786 CCTGATCTAT
* * * * *
58796 AGCGGCGCTTTTACCAAAAACGCCGCTAAAGACCCTATTCTAT-
1 AGCGGCGCTTATACCAAAAACGCCGGTAAAGATCTTACTCT-TC
* *
58839 AGCGGCGCTTATACCAAAAACGCCGGTAAAGGTATTACTCTTC
1 AGCGGCGCTTATACCAAAAACGCCGGTAAAGATCTTACTCTTC
** * * *
58882 AGCGGCGCTTCCA-CTAAAGCGCCGGTAAAGCTCTTACTCTTC
1 AGCGGCGCTTATACCAAAAACGCCGGTAAAGATCTTACTCTTC
58924 AGCGGCG
1 AGCGGCG
58931 TTTGTGATAT
Statistics
Matches: 78, Mismatches: 13, Indels: 3
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
42 33 0.42
43 45 0.58
ACGTcount: A:0.27, C:0.30, G:0.21, T:0.22
Consensus pattern (43 bp):
AGCGGCGCTTATACCAAAAACGCCGGTAAAGATCTTACTCTTC
Found at i:61750 original size:27 final size:26
Alignment explanation
Indices: 61711--61767 Score: 62
Period size: 26 Copynumber: 2.2 Consensus size: 26
61701 AAATCCTAAA
* * *
61711 TTTTCTTTGTTTCCTTCCCT-TTTTCT
1 TTTTCTTTCTTT-CTCCCCTGTTTTCG
61737 TTTTCTTTCCTTTCTCCCCTGTTTTCG
1 TTTTCTTT-CTTTCTCCCCTGTTTTCG
61764 TTTT
1 TTTT
61768 GCTATTCTGC
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 3, Indels: 3
0.81 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
26 14 0.54
27 12 0.46
ACGTcount: A:0.00, C:0.28, G:0.05, T:0.67
Consensus pattern (26 bp):
TTTTCTTTCTTTCTCCCCTGTTTTCG
Found at i:72454 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 72418--72483 Score: 132
Period size: 32 Copynumber: 2.1 Consensus size: 32
72408 CTTGTGAATC
72418 ATGCACTTTGCTATATTTTGTTCCAAGTGATG
1 ATGCACTTTGCTATATTTTGTTCCAAGTGATG
72450 ATGCACTTTGCTATATTTTGTTCCAAGTGATG
1 ATGCACTTTGCTATATTTTGTTCCAAGTGATG
72482 AT
1 AT
72484 CTTGCATCGC
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
32 34 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.15, G:0.18, T:0.44
Consensus pattern (32 bp):
ATGCACTTTGCTATATTTTGTTCCAAGTGATG
Found at i:75484 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 75439--75485 Score: 67
Period size: 22 Copynumber: 2.1 Consensus size: 22
75429 CAAAATGCTG
* *
75439 TAAGAGAAATTATGAAGAATTC
1 TAAGAGAAATTAAGAAGAACTC
*
75461 TAAGAGAAATTAAGATGAACTC
1 TAAGAGAAATTAAGAAGAACTC
75483 TAA
1 TAA
75486 TGTAGCTGCA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 3, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 22 1.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.06, G:0.17, T:0.26
Consensus pattern (22 bp):
TAAGAGAAATTAAGAAGAACTC
Found at i:76226 original size:47 final size:48
Alignment explanation
Indices: 76134--76229 Score: 142
Period size: 47 Copynumber: 2.0 Consensus size: 48
76124 CCAACTTGCC
76134 AATGATCACTTGAAATGAAGCATCGGCTAACCCCTTACATAATATGTCT
1 AATGATCACTTGAAATGAAGCA-CGGCTAACCCCTTACATAATATGTCT
* *
76183 AATGATCTCTTGATATGAAGCA-GGCTAACCCCTTAGC-TAATATGTCT
1 AATGATCACTTGAAATGAAGCACGGCTAACCCCTTA-CATAATATGTCT
76230 GCCATCTACC
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 2, Indels: 4
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
47 23 0.52
48 1 0.02
49 20 0.45
ACGTcount: A:0.32, C:0.22, G:0.16, T:0.30
Consensus pattern (48 bp):
AATGATCACTTGAAATGAAGCACGGCTAACCCCTTACATAATATGTCT
Found at i:85021 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 84736--85082 Score: 676
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 171
84726 GCTATATAAT
*
84736 ATTCAGGAAAGGTCAATTGCATTGATTCTCTTTTGAGAAAAAGCCTTCCTTGTGATATTCAAGAC
1 ATTCAGGAAAGGTCAATTGCATTGATTCTCTTCTGAGAAAAAGCCTTCCTTGTGATATTCAAGAC
84801 TTCCTGTAACTAAGTAGGAGGATTTGGGTTTCATTCCCCACTAGCATGAAAGAACTTGATTCATT
66 TTCCTGTAACTAAGTAGGAGGATTTGGGTTTCATTCCCCACTAGCATGAAAGAACTTGATTCATT
84866 TCCATCCTCAATAATTCTGAATCATGTATACTTGATAATCA
131 TCCATCCTCAATAATTCTGAATCATGTATACTTGATAATCA
84907 ATTCAGGAAAGGTCAATTGCATTGATTCTCTTCTGAGAAAAAGCCTTCCTTGTGATATTCAAGAC
1 ATTCAGGAAAGGTCAATTGCATTGATTCTCTTCTGAGAAAAAGCCTTCCTTGTGATATTCAAGAC
84972 TTCCTGTAACTAAGTAGGAGGATTTGGGTTTCATTCCCCACTAGCATGAAAGAACTTGATTCATT
66 TTCCTGTAACTAAGTAGGAGGATTTGGGTTTCATTCCCCACTAGCATGAAAGAACTTGATTCATT
*
85037 TCCATCCTCAATACTTCTGAATCATGTATACTTGATAATCA
131 TCCATCCTCAATAATTCTGAATCATGTATACTTGATAATCA
85078 ATTCA
1 ATTCA
85083 AGCTTGGACA
Statistics
Matches: 174, Mismatches: 2, Indels: 0
0.99 0.01 0.00
Matches are distributed among these distances:
171 174 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.19, G:0.16, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
ATTCAGGAAAGGTCAATTGCATTGATTCTCTTCTGAGAAAAAGCCTTCCTTGTGATATTCAAGAC
TTCCTGTAACTAAGTAGGAGGATTTGGGTTTCATTCCCCACTAGCATGAAAGAACTTGATTCATT
TCCATCCTCAATAATTCTGAATCATGTATACTTGATAATCA
Found at i:87898 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 87869--87909 Score: 57
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
87859 TATATTAAAT
87869 TTTATAAAAG-TACAAAATAA
1 TTTATAAAAGTTACAAAATAA
* *
87889 TTTATCAAAGTTTCAAAATAA
1 TTTATAAAAGTTACAAAATAA
87910 AATTCATATT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 9 0.50
21 9 0.50
ACGTcount: A:0.54, C:0.07, G:0.05, T:0.34
Consensus pattern (21 bp):
TTTATAAAAGTTACAAAATAA
Found at i:89230 original size:76 final size:76
Alignment explanation
Indices: 89104--89247 Score: 245
Period size: 76 Copynumber: 1.9 Consensus size: 76
89094 TCCTACTTCA
*
89104 TTGTAACCCTTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGGGGGGGGCTTCAAAAT-ACTTAATTACTTA
1 TTGTAACCCTTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGGGGGGGGCTTCAAAATGAC-TAATGACTTA
89168 CGGGGTGCCTCT
65 CGGGGTGCCTCT
* *
89180 TTGTAACCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGGGGGGGGCTTCAAAATGACTAATGAGTTAC
1 TTGTAACCCTTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGGGGGGGGCTTCAAAATGACTAATGACTTAC
89245 GGG
66 GGG
89248 TGTCCATAAT
Statistics
Matches: 64, Mismatches: 3, Indels: 2
0.93 0.04 0.03
Matches are distributed among these distances:
76 62 0.97
77 2 0.03
ACGTcount: A:0.15, C:0.12, G:0.22, T:0.50
Consensus pattern (76 bp):
TTGTAACCCTTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGGGGGGGGCTTCAAAATGACTAATGACTTAC
GGGGTGCCTCT
Found at i:95388 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 95369--95395 Score: 54
Period size: 14 Copynumber: 1.9 Consensus size: 14
95359 CATTTGCTCA
95369 TCTCTTGTGGTTTG
1 TCTCTTGTGGTTTG
95383 TCTCTTGTGGTTT
1 TCTCTTGTGGTTT
95396 TTTCAAGAGG
Statistics
Matches: 13, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 13 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.15, G:0.26, T:0.59
Consensus pattern (14 bp):
TCTCTTGTGGTTTG
Found at i:97949 original size:71 final size:71
Alignment explanation
Indices: 97833--98044 Score: 259
Period size: 70 Copynumber: 3.0 Consensus size: 71
97823 ATCTACCCTG
* * * * *
97833 TTTGGACAGC-TCTTATACATCAATTTGGACAGCATTTATATACCAAACT-AGACAGCATTTTCA
1 TTTGGACAGCAT-ATATACAACAATTTGGACAGCATATATATACCAAATTGAG-CAGCATTTTTA
97896 CACCAAAA
64 CACCAAAA
* * * *
97904 TTTGGACAGCATATATACAACAAATTGGGCAGCATATATATACCAATTTGAGCAGCATTTTTGCA
1 TTTGGACAGCATATATACAACAATTTGGACAGCATATATATACCAAATTGAGCAGCATTTTTACA
*
97969 TCAAAA
66 CCAAAA
* * * *
97975 -TTGGACAACATATATACAACAATTTGGACAGCATAAATACAACAAATTGAGCAGCATTTTTACA
1 TTTGGACAGCATATATACAACAATTTGGACAGCATATATATACCAAATTGAGCAGCATTTTTACA
98039 CCAAAA
66 CCAAAA
98045 ATTNNNNNNN
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 19, Indels: 5
0.83 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
70 61 0.51
71 56 0.47
72 3 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.19, G:0.13, T:0.28
Consensus pattern (71 bp):
TTTGGACAGCATATATACAACAATTTGGACAGCATATATATACCAAATTGAGCAGCATTTTTACA
CCAAAA
Found at i:98043 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 97846--98325 Score: 184
Period size: 23 Copynumber: 20.2 Consensus size: 23
97836 GGACAGCTCT
* * *
97846 TATACATCAATTTGGACAGCATT
1 TATACACCAAATTGGACAGCATA
* * *
97869 TATATACCAAACTAGACAGCAT-
1 TATACACCAAATTGGACAGCATA
*
97891 TTTCACACCAAAATTTGGACAGCATA
1 TAT-ACACC-AAA-TTGGACAGCATA
* *
97917 TATACAACAAATTGGGCAGCATA
1 TATACACCAAATTGGACAGCATA
* * *
97940 TATATACC-AATTTGAGCAGCATT
1 TATACACCAAATTGGA-CAGCATA
* * * *
97963 TTTGCATCAAAATTGGACAACATA
1 TATACA-CCAAATTGGACAGCATA
* *
97987 TATACAACAATTTGGACAGCATA
1 TATACACCAAATTGGACAGCATA
* * *
98010 AATACAACAAATT-GAGCAGCATT
1 TATACACCAAATTGGA-CAGCATA
* *******
98033 TTTACACCAAAAATTNNNNNNNNNNNATA
1 TATACACC--AAATT----GGACAGCATA
* *
98062 TATATACCAAATT-GAGCAGCATT
1 TATACACCAAATTGGA-CAGCATA
* *
98085 TTTACATCAAAATTGGA-AGACATA
1 TATACA-CCAAATTGGACAG-CATA
* * *
98109 TATACAACAATTTGGGCAGCATA
1 TATACACCAAATTGGACAGCATA
* * * *
98132 AATACAACAAATT-GAGCAACATT
1 TATACACCAAATTGGA-CAGCATA
*
98155 TTTACACCAAAAATTGGACAGCATA
1 TATACACC--AAATTGGACAGCATA
* *
98180 TATACAACAAATTGGGCAGCATA
1 TATACACCAAATTGGACAGCATA
* * *
98203 TATATACC-AATTTGAGCAGCATT
1 TATACACCAAATTGGA-CAGCATA
* * * *
98226 TTTGCATCAAAATTGGACAACATA
1 TATACA-CCAAATTGGACAGCATA
* *
98250 TATACAACAATTTGGACAGCATA
1 TATACACCAAATTGGACAGCATA
* * *
98273 AATACAACAAATT-GAGCAGCATT
1 TATACACCAAATTGGA-CAGCATA
*
98296 TTTACACCAAAAATTTGGACAGCATA
1 TATACACC--AAA-TTGGACAGCATA
98322 TATA
1 TATA
98326 TAACAATTTG
Statistics
Matches: 325, Mismatches: 100, Indels: 61
0.67 0.21 0.13
Matches are distributed among these distances:
22 17 0.05
23 185 0.57
24 42 0.13
25 51 0.16
26 15 0.05
27 7 0.02
29 8 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.17, G:0.12, T:0.27
Consensus pattern (23 bp):
TATACACCAAATTGGACAGCATA
Found at i:98084 original size:122 final size:111
Alignment explanation
Indices: 97937--98169 Score: 315
Period size: 122 Copynumber: 2.0 Consensus size: 111
97927 ATTGGGCAGC
* *
97937 ATATATATACCAATTTGAGCAGCATTTTTGCATCAAAATTGGACA-ACATATATACAACAATTTG
1 ATATATATACCAAATTGAGCAGCATTTTTACATCAAAATTGGA-AGACATATATACAACAATTTG
*
98001 GACAGCATAAATACAACAAATTGAGCAGCATTTTTACACCAAAAATT
65 GACAGCATAAATACAACAAATTGAGCAACATTTTTACACCAAAAATT
98048 NNNNNNNNNNNATATATATACCAAATTGAGCAGCATTTTTACATCAAAATTGGAAGACATATATA
1 -----------ATATATATACCAAATTGAGCAGCATTTTTACATCAAAATTGGAAGACATATATA
*
98113 CAACAATTTGGGCAGCATAAATACAACAAATTGAGCAACATTTTTACACCAAAAATT
55 CAACAATTTGGACAGCATAAATACAACAAATTGAGCAACATTTTTACACCAAAAATT
98170 GGACAGCATA
Statistics
Matches: 106, Mismatches: 4, Indels: 2
0.95 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
121 1 0.01
122 105 0.99
ACGTcount: A:0.42, C:0.16, G:0.10, T:0.27
Consensus pattern (111 bp):
ATATATATACCAAATTGAGCAGCATTTTTACATCAAAATTGGAAGACATATATACAACAATTTGG
ACAGCATAAATACAACAAATTGAGCAACATTTTTACACCAAAAATT
Found at i:98155 original size:70 final size:71
Alignment explanation
Indices: 98069--98343 Score: 394
Period size: 70 Copynumber: 3.9 Consensus size: 71
98059 ATATATATAC
*
98069 CAAATTGAGCAGCATTTTTACATC-AAAATTGGA-AGACATATATACAACAATTTGGGCAGCATA
1 CAAATTGAGCAGCATTTTTACACCAAAAATTGGACAG-CATATATACAACAATTTGGGCAGCATA
98132 AATACAA
65 AATACAA
* * *
98139 CAAATTGAGCAACATTTTTACACCAAAAATTGGACAGCATATATACAACAAATTGGGCAGCATAT
1 CAAATTGAGCAGCATTTTTACACCAAAAATTGGACAGCATATATACAACAATTTGGGCAGCATAA
* *
98204 ATATAC
66 ATACAA
* * * * *
98210 CAATTTGAGCAGCATTTTTGCATC-AAAATTGGACAACATATATACAACAATTTGGACAGCATAA
1 CAAATTGAGCAGCATTTTTACACCAAAAATTGGACAGCATATATACAACAATTTGGGCAGCATAA
98274 ATACAA
66 ATACAA
* *
98280 CAAATTGAGCAGCATTTTTACACCAAAAATTTGGACAGCATATATATAACAATTTGGGTAGCAT
1 CAAATTGAGCAGCATTTTTACACCAAAAA-TTGGACAGCATATATACAACAATTTGGGCAGCAT
98344 TTAAGCATCA
Statistics
Matches: 178, Mismatches: 23, Indels: 6
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
70 83 0.47
71 63 0.35
72 32 0.18
ACGTcount: A:0.43, C:0.17, G:0.14, T:0.27
Consensus pattern (71 bp):
CAAATTGAGCAGCATTTTTACACCAAAAATTGGACAGCATATATACAACAATTTGGGCAGCATAA
ATACAA
Found at i:98226 original size:141 final size:142
Alignment explanation
Indices: 98059--98343 Score: 484
Period size: 141 Copynumber: 2.0 Consensus size: 142
98049 NNNNNNNNNN
98059 ATATATATACCAAATTGAGCAGCATTTTTACATCAAAATTGGA-AGACATATATACAACAATTTG
1 ATATATATACCAAATTGAGCAGCATTTTTACATCAAAATTGGACA-ACATATATACAACAATTTG
*
98123 GGCAGCATAAATACAACAAATTGAGCAACATTTTTACACCAAAAA-TTGGACAGCATATATACAA
65 GACAGCATAAATACAACAAATTGAGCAACATTTTTACACCAAAAATTTGGACAGCATATATACAA
98187 CAAATTGGGCAGC
130 CAAATTGGGCAGC
* *
98200 ATATATATACCAATTTGAGCAGCATTTTTGCATCAAAATTGGACAACATATATACAACAATTTGG
1 ATATATATACCAAATTGAGCAGCATTTTTACATCAAAATTGGACAACATATATACAACAATTTGG
* *
98265 ACAGCATAAATACAACAAATTGAGCAGCATTTTTACACCAAAAATTTGGACAGCATATATATAAC
66 ACAGCATAAATACAACAAATTGAGCAACATTTTTACACCAAAAATTTGGACAGCATATATACAAC
* *
98330 AATTTGGGTAGC
131 AAATTGGGCAGC
98342 AT
1 AT
98344 TTAAGCATCA
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 7, Indels: 3
0.93 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
141 103 0.76
142 32 0.24
ACGTcount: A:0.43, C:0.16, G:0.13, T:0.27
Consensus pattern (142 bp):
ATATATATACCAAATTGAGCAGCATTTTTACATCAAAATTGGACAACATATATACAACAATTTGG
ACAGCATAAATACAACAAATTGAGCAACATTTTTACACCAAAAATTTGGACAGCATATATACAAC
AAATTGGGCAGC
Found at i:98356 original size:49 final size:49
Alignment explanation
Indices: 98117--98345 Score: 154
Period size: 49 Copynumber: 4.8 Consensus size: 49
98107 TATATACAAC
* * *
98117 AATTTGGGCAGCATAAATACAACAAATTGAGCAACATTTTTACACCAAA
1 AATTTGGACAGCATAAATACAACAAATTGAGCAGCATTTTAACACCAAA
* * * *
98166 AA-TTGGACAGCATATATACAACAAATTGGGCAGCA-TATATATACC---
1 AATTTGGACAGCATAAATACAACAAATTGAGCAGCATTTTA-ACACCAAA
*** * * * * * *
98211 AATTT-GAGCAGCATTTTTGCATCAAAATTG-GACAACA-TAT-ATA-CAAC
1 AATTTGGA-CAGCATAAATACAAC-AAATTGAG-CAGCATTTTAACACCAAA
*
98258 AATTTGGACAGCATAAATACAACAAATTGAGCAGCATTTTTACACCAAA
1 AATTTGGACAGCATAAATACAACAAATTGAGCAGCATTTTAACACCAAA
* * * * *
98307 AATTTGGACAGCATATATATAACAATTTGGGTAGCATTT
1 AATTTGGACAGCATAAATACAACAAATTGAGCAGCATTT
98346 AAGCATCAAA
Statistics
Matches: 141, Mismatches: 26, Indels: 26
0.73 0.13 0.13
Matches are distributed among these distances:
44 1 0.01
45 7 0.05
46 24 0.17
47 33 0.23
48 37 0.26
49 39 0.28
ACGTcount: A:0.42, C:0.17, G:0.14, T:0.28
Consensus pattern (49 bp):
AATTTGGACAGCATAAATACAACAAATTGAGCAGCATTTTAACACCAAA
Found at i:99982 original size:14 final size:15
Alignment explanation
Indices: 99963--99991 Score: 51
Period size: 14 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15
99953 TCACGAAACT
99963 TTCACACAT-ATAAA
1 TTCACACATAATAAA
99977 TTCACACATAATAAA
1 TTCACACATAATAAA
99992 CACAGAATAA
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 1
0.93 0.00 0.07
Matches are distributed among these distances:
14 9 0.64
15 5 0.36
ACGTcount: A:0.52, C:0.21, G:0.00, T:0.28
Consensus pattern (15 bp):
TTCACACATAATAAA
Found at i:128289 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 128283--128355 Score: 139
Period size: 3 Copynumber: 24.7 Consensus size: 3
128273 GAAGCAAAGC
128283 TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA -AA TAA TAA
1 TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA
128330 TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TA
1 TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TA
128356 CTTGGCCGAA
Statistics
Matches: 69, Mismatches: 0, Indels: 2
0.97 0.00 0.03
Matches are distributed among these distances:
2 2 0.03
3 67 0.97
ACGTcount: A:0.67, C:0.00, G:0.00, T:0.33
Consensus pattern (3 bp):
TAA
Found at i:136918 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 136890--136925 Score: 54
Period size: 19 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
136880 GCAAAAAAGC
*
136890 ATAAAGTAAATAAGAATAG
1 ATAAAATAAATAA-AATAG
136909 ATAAAATAAATAAAATA
1 ATAAAATAAATAAAATA
136926 TTTACTTAGA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
18 4 0.25
19 12 0.75
ACGTcount: A:0.69, C:0.00, G:0.08, T:0.22
Consensus pattern (18 bp):
ATAAAATAAATAAAATAG
Found at i:143034 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 143027--143068 Score: 84
Period size: 2 Copynumber: 21.0 Consensus size: 2
143017 ATCAGAAGTA
143027 CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT
1 CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT
143069 TTTCTTGACA
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 40 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.50, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
CT
Found at i:144758 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 144701--144783 Score: 157
Period size: 41 Copynumber: 2.0 Consensus size: 41
144691 TATAAAACCT
144701 TAGTTTTGATTTTAGTAGTTTGCTTTACTTTTGAAATTTTC
1 TAGTTTTGATTTTAGTAGTTTGCTTTACTTTTGAAATTTTC
*
144742 TAGTTTTGATTTTAGTATTTTGCTTTACTTTTGAAATTTTC
1 TAGTTTTGATTTTAGTAGTTTGCTTTACTTTTGAAATTTTC
144783 T
1 T
144784 TTTTATTTTG
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 1, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
41 41 1.00
ACGTcount: A:0.19, C:0.07, G:0.13, T:0.60
Consensus pattern (41 bp):
TAGTTTTGATTTTAGTAGTTTGCTTTACTTTTGAAATTTTC
Found at i:150135 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 150128--150155 Score: 56
Period size: 2 Copynumber: 14.0 Consensus size: 2
150118 TCACATGTGA
150128 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
150156 GGGGGTGTGT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 26 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:157252 original size:60 final size:57
Alignment explanation
Indices: 157144--157279 Score: 143
Period size: 59 Copynumber: 2.3 Consensus size: 57
157134 TTTTCAAAGA
* *
157144 TTAACTTGGA-CAAAAAAATTCTAATCCCAATGTGAGAACATTTATCAAGTTCTAGGG
1 TTAACTTGGACCAAAAAAATTCTAATCCCAATGTGAGAACAATTATCAAGTT-TAAGG
* * *
157201 CTTAACTTGGACCAAAAAAAGTAT-TAGTCCTAATGTG-GAAACAATTGTCAAGTTTAAGG
1 -TTAACTTGGACCAAAAAAA-T-TCTAATCCCAATGTGAG-AACAATTATCAAGTTTAAGG
*
157260 TCTAACTTGGACAAAAAAAA
1 T-TAACTTGGACCAAAAAAA
157280 AAATTTAAGC
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 6, Indels: 9
0.82 0.07 0.11
Matches are distributed among these distances:
58 11 0.16
59 30 0.45
60 25 0.37
61 1 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.15, G:0.16, T:0.28
Consensus pattern (57 bp):
TTAACTTGGACCAAAAAAATTCTAATCCCAATGTGAGAACAATTATCAAGTTTAAGG
Found at i:157277 original size:59 final size:58
Alignment explanation
Indices: 157144--157278 Score: 152
Period size: 60 Copynumber: 2.3 Consensus size: 58
157134 TTTTCAAAGA
*
157144 TTAACTTGGACAAAAAAATTCTAATCCCAATGTGAGAACATTTATCAAGTTCTAGGGC
1 TTAACTTGGACAAAAAAATTCTAATCCCAATGTGAGAACAATTATCAAGTTCTAGGGC
* * * *
157202 TTAACTTGGACCAAAAAAAGTAT-TAGTCCTAATGTG-GAAACAATTGTCAAGTT-TAAGG-
1 TTAACTTGGA-CAAAAAAA-T-TCTAATCCCAATGTGAG-AACAATTATCAAGTTCTAGGGC
157260 TCTAACTTGGACAAAAAAA
1 T-TAACTTGGACAAAAAAA
157279 AAAATTTAAG
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 5, Indels: 10
0.82 0.06 0.12
Matches are distributed among these distances:
58 19 0.28
59 22 0.33
60 25 0.37
61 1 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.15, G:0.16, T:0.28
Consensus pattern (58 bp):
TTAACTTGGACAAAAAAATTCTAATCCCAATGTGAGAACAATTATCAAGTTCTAGGGC
Found at i:162975 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 162964--163050 Score: 129
Period size: 6 Copynumber: 14.5 Consensus size: 6
162954 CAACGATGGG
* *
162964 TCCGGT TCCGGT TCCGGT TCTGGT TCCGAT TCCGGT TCCGGT TCCGGT
1 TCCGGT TCCGGT TCCGGT TCCGGT TCCGGT TCCGGT TCCGGT TCCGGT
* * *
163012 TCCGGT TCTGGT TACGAT TCCGGT TCCGGT TCCGGT TCC
1 TCCGGT TCCGGT TCCGGT TCCGGT TCCGGT TCCGGT TCC
163051 AGCTCCAAGA
Statistics
Matches: 71, Mismatches: 10, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 71 1.00
ACGTcount: A:0.03, C:0.31, G:0.30, T:0.36
Consensus pattern (6 bp):
TCCGGT
Found at i:163004 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 162964--163050 Score: 165
Period size: 36 Copynumber: 2.4 Consensus size: 36
162954 CAACGATGGG
*
162964 TCCGGTTCCGGTTCCGGTTCTGGTTCCGATTCCGGT
1 TCCGGTTCCGGTTCCGGTTCTGGTTACGATTCCGGT
163000 TCCGGTTCCGGTTCCGGTTCTGGTTACGATTCCGGT
1 TCCGGTTCCGGTTCCGGTTCTGGTTACGATTCCGGT
163036 TCCGGTTCCGGTTCC
1 TCCGGTTCCGGTTCC
163051 AGCTCCAAGA
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 1, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
36 50 1.00
ACGTcount: A:0.03, C:0.31, G:0.30, T:0.36
Consensus pattern (36 bp):
TCCGGTTCCGGTTCCGGTTCTGGTTACGATTCCGGT
Found at i:165519 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 165508--165537 Score: 60
Period size: 6 Copynumber: 5.0 Consensus size: 6
165498 AAACGAGAGC
165508 GTGGCA GTGGCA GTGGCA GTGGCA GTGGCA
1 GTGGCA GTGGCA GTGGCA GTGGCA GTGGCA
165538 ATAGACAAGG
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 24 1.00
ACGTcount: A:0.17, C:0.17, G:0.50, T:0.17
Consensus pattern (6 bp):
GTGGCA
Found at i:171325 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 171300--171333 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
171290 ACTATCAATT
*
171300 ATTTAGAAAAATTCGAA
1 ATTTAGAAAAAGTCGAA
*
171317 ATTTTGAAAAAGTCGAA
1 ATTTAGAAAAAGTCGAA
171334 CGAAACCATT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 2, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 15 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.06, G:0.15, T:0.29
Consensus pattern (17 bp):
ATTTAGAAAAAGTCGAA
Found at i:173584 original size:34 final size:35
Alignment explanation
Indices: 173524--173590 Score: 91
Period size: 34 Copynumber: 1.9 Consensus size: 35
173514 CAAACACCAG
* *
173524 AAAATATTTTCCAGTAAATTATTTTACAGAAAAGT
1 AAAACATTTTCCAGTAAATCATTTTACAGAAAAGT
* *
173559 AAAACATTTTCCCG-AAATCATTTTACGGAAAA
1 AAAACATTTTCCAGTAAATCATTTTACAGAAAA
173591 TATTTTACTG
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 4, Indels: 1
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
34 16 0.57
35 12 0.43
ACGTcount: A:0.45, C:0.13, G:0.09, T:0.33
Consensus pattern (35 bp):
AAAACATTTTCCAGTAAATCATTTTACAGAAAAGT
Found at i:174955 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 174923--174973 Score: 84
Period size: 24 Copynumber: 2.1 Consensus size: 24
174913 ATGCTTCCCA
174923 TTAATTGCTCTTCAAAGCTACCCG
1 TTAATTGCTCTTCAAAGCTACCCG
**
174947 TTAATTGCTCTTTGAAGCTACCCG
1 TTAATTGCTCTTCAAAGCTACCCG
174971 TTA
1 TTA
174974 TAGGCTCTTT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 25 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.25, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (24 bp):
TTAATTGCTCTTCAAAGCTACCCG
Found at i:174980 original size:24 final size:26
Alignment explanation
Indices: 174937--175001 Score: 82
Period size: 24 Copynumber: 2.6 Consensus size: 26
174927 TTGCTCTTCA
*
174937 AAGCTACCCGTTA-ATTGCTCTTTG-
1 AAGCTACCCGTTATATGGCTCTTTGT
174961 AAGCTACCCGTTATA-GGCTCTTTGT
1 AAGCTACCCGTTATATGGCTCTTTGT
* *
174986 GAGCTTCCCGTTATAT
1 AAGCTACCCGTTATAT
175002 TGCCCGGATA
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 3, Indels: 4
0.83 0.07 0.10
Matches are distributed among these distances:
24 21 0.60
25 14 0.40
ACGTcount: A:0.20, C:0.25, G:0.18, T:0.37
Consensus pattern (26 bp):
AAGCTACCCGTTATATGGCTCTTTGT
Found at i:177328 original size:70 final size:71
Alignment explanation
Indices: 177238--177379 Score: 277
Period size: 70 Copynumber: 2.0 Consensus size: 71
177228 TTTTTATTGT
177238 TGAATTTTGAAATTTAAATGGTATTTTTGAAAGAGAAATAATTTTTTTATAGAAAATTTAATTTA
1 TGAATTTTGAAATTTAAATGGTATTTTTGAAAGAGAAATAATTTTTTTATAGAAAATTTAATTTA
177303 CAGTAA
66 CAGTAA
177309 TGAATTTTG-AATTTAAATGGTATTTTTGAAAGAGAAATAATTTTTTTATAGAAAATTTAATTTA
1 TGAATTTTGAAATTTAAATGGTATTTTTGAAAGAGAAATAATTTTTTTATAGAAAATTTAATTTA
177373 CAGTAA
66 CAGTAA
177379 T
1 T
177380 TTTATTTTGA
Statistics
Matches: 71, Mismatches: 0, Indels: 1
0.99 0.00 0.01
Matches are distributed among these distances:
70 62 0.87
71 9 0.13
ACGTcount: A:0.42, C:0.01, G:0.13, T:0.44
Consensus pattern (71 bp):
TGAATTTTGAAATTTAAATGGTATTTTTGAAAGAGAAATAATTTTTTTATAGAAAATTTAATTTA
CAGTAA
Found at i:189844 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 189823--189854 Score: 57
Period size: 16 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
189813 AAATATGCAA
189823 TCACATAA-TTCATATT
1 TCACATAACTTCATATT
189839 TCACATAACTTCATAT
1 TCACATAACTTCATAT
189855 CATCAATTCA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 1
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 8 0.53
17 7 0.47
ACGTcount: A:0.38, C:0.22, G:0.00, T:0.41
Consensus pattern (17 bp):
TCACATAACTTCATATT
Found at i:190081 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 190015--190148 Score: 168
Period size: 43 Copynumber: 3.2 Consensus size: 43
190005 GACTCGTACA
* *
190015 ATGCCAACGTCCCAGAC-GTGGTCTTACATGTAATCACATATCG
1 ATGCCAATGTCCCAGACAG-GGTCTTACACGTAATCACATATCG
* *
190058 ATGCCATTGTCCCAGACAGGGTCTTACACG-AATCAAATA-CG
1 ATGCCAATGTCCCAGACAGGGTCTTACACGTAATCACATATCG
* *
190099 ATGCCAATGTCCCAGACATGGTCTTACACGTAAACACA-AGTCG
1 ATGCCAATGTCCCAGACAGGGTCTTACACGTAATCACATA-TCG
190142 ATGCCAA
1 ATGCCAA
190149 CACACGAAAT
Statistics
Matches: 79, Mismatches: 8, Indels: 8
0.83 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
41 31 0.39
42 13 0.16
43 34 0.43
44 1 0.01
ACGTcount: A:0.31, C:0.28, G:0.19, T:0.22
Consensus pattern (43 bp):
ATGCCAATGTCCCAGACAGGGTCTTACACGTAATCACATATCG
Found at i:191453 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 191441--191465 Score: 50
Period size: 7 Copynumber: 3.6 Consensus size: 7
191431 AGAGAGCACT
191441 GATATGA
1 GATATGA
191448 GATATGA
1 GATATGA
191455 GATATGA
1 GATATGA
191462 GATA
1 GATA
191466 GTAGTGGTTT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
7 18 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.00, G:0.28, T:0.28
Consensus pattern (7 bp):
GATATGA
Found at i:193798 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 193760--193838 Score: 122
Period size: 34 Copynumber: 2.3 Consensus size: 34
193750 CAAATGACCT
*
193760 ATGTAAATCATGTATTCCATGTAGTTTATAAACC
1 ATGTAAATCATGTATTCCATGTAATTTATAAACC
* *
193794 ATGTAAATCATGTATTTCATGTAATTTATAATCC
1 ATGTAAATCATGTATTCCATGTAATTTATAAACC
*
193828 TTGTAAATCAT
1 ATGTAAATCAT
193839 ATAACTCTTA
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 4, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
34 41 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (34 bp):
ATGTAAATCATGTATTCCATGTAATTTATAAACC
Found at i:194077 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 194015--194105 Score: 96
Period size: 23 Copynumber: 4.0 Consensus size: 23
194005 TTGAGCTGGT
*
194015 AAACGGTAAGCTC-TATCGAGCTG
1 AAACGGTAAGCTCGTA-AGAGCTG
*
194038 -AACGATAAGCTCGTAAGAGCTG
1 AAACGGTAAGCTCGTAAGAGCTG
* * *
194060 AAATGGTAATCTCGTAAGAGGTG
1 AAACGGTAAGCTCGTAAGAGCTG
* *
194083 AAACGGTAAGCTCATACGAGCTG
1 AAACGGTAAGCTCGTAAGAGCTG
194106 TTGTGAGTCC
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 11, Indels: 4
0.79 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
22 17 0.31
23 38 0.69
ACGTcount: A:0.34, C:0.18, G:0.27, T:0.21
Consensus pattern (23 bp):
AAACGGTAAGCTCGTAAGAGCTG
Found at i:199244 original size:126 final size:126
Alignment explanation
Indices: 199110--199354 Score: 375
Period size: 126 Copynumber: 1.9 Consensus size: 126
199100 TAAAAATATT
* * *
199110 AAAATAAATATTTCCCAACAAATTGAAAATAAATTTTTAAAAACATTTATA-TGTAAAAAACAGT
1 AAAATAAATATTTCCCAACAAATTGAAAATAAAATTTTAAAAACATATATACT-TAAAAAACACT
199174 AAGATACATGCAACTTAACAAACAAACGCCTCTAAAATAATAACAAAATTAACAATAAAATC
65 AAGATACATGCAACTTAACAAACAAACGCCTCTAAAATAATAACAAAATTAACAATAAAATC
* * * * *
199236 AAAATAAATATTTCCTATCAAATTGAAAATAAAATTTTAAAAATATATATACTTAAATAACACTT
1 AAAATAAATATTTCCCAACAAATTGAAAATAAAATTTTAAAAACATATATACTTAAAAAACACTA
* * *
199301 AGATAGATGCAACTTAACAAGCAAATGCCTCTAAAATAATAACAAAATTAACAA
66 AGATACATGCAACTTAACAAACAAACGCCTCTAAAATAATAACAAAATTAACAA
199355 ATGTCTTTAA
Statistics
Matches: 107, Mismatches: 11, Indels: 2
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
126 106 0.99
127 1 0.01
ACGTcount: A:0.55, C:0.13, G:0.05, T:0.27
Consensus pattern (126 bp):
AAAATAAATATTTCCCAACAAATTGAAAATAAAATTTTAAAAACATATATACTTAAAAAACACTA
AGATACATGCAACTTAACAAACAAACGCCTCTAAAATAATAACAAAATTAACAATAAAATC
Found at i:199366 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 199322--199384 Score: 108
Period size: 30 Copynumber: 2.1 Consensus size: 30
199312 ACTTAACAAG
199322 CAAATGCCTCTAAAATAATAACAAAATTAA
1 CAAATGCCTCTAAAATAATAACAAAATTAA
* *
199352 CAAATGTCTTTAAAATAATAACAAAATTAA
1 CAAATGCCTCTAAAATAATAACAAAATTAA
199382 CAA
1 CAA
199385 TAAAATATTT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
30 31 1.00
ACGTcount: A:0.57, C:0.14, G:0.03, T:0.25
Consensus pattern (30 bp):
CAAATGCCTCTAAAATAATAACAAAATTAA
Found at i:221593 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 221569--221607 Score: 69
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
221559 TATAAAAACA
*
221569 ACGGTAGCGGTGAGATTAG
1 ACGGTAGCAGTGAGATTAG
221588 ACGGTAGCAGTGAGATTAG
1 ACGGTAGCAGTGAGATTAG
221607 A
1 A
221608 TACTGGCGAT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 19 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.10, G:0.38, T:0.21
Consensus pattern (19 bp):
ACGGTAGCAGTGAGATTAG
Found at i:223089 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 223082--223107 Score: 52
Period size: 4 Copynumber: 6.5 Consensus size: 4
223072 GAGCATATGT
223082 ATGG ATGG ATGG ATGG ATGG ATGG AT
1 ATGG ATGG ATGG ATGG ATGG ATGG AT
223108 ACCTGAACAG
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
4 22 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.00, G:0.46, T:0.27
Consensus pattern (4 bp):
ATGG
Found at i:237329 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 237306--237343 Score: 58
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
237296 TTTTATTTTT
237306 TTTTTAAAAAAAATTGAG
1 TTTTTAAAAAAAATTGAG
* *
237324 TTTTTATACAAAATTGAG
1 TTTTTAAAAAAAATTGAG
237342 TT
1 TT
237344 ACTCAGCTGC
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 18 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.03, G:0.11, T:0.45
Consensus pattern (18 bp):
TTTTTAAAAAAAATTGAG
Found at i:238095 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 238059--238114 Score: 112
Period size: 28 Copynumber: 2.0 Consensus size: 28
238049 ATAAAAAATA
238059 ACCAAAATATTATAAATTTTTTTTATTT
1 ACCAAAATATTATAAATTTTTTTTATTT
238087 ACCAAAATATTATAAATTTTTTTTATTT
1 ACCAAAATATTATAAATTTTTTTTATTT
238115 CAAAAAAAAA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
28 28 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.00, T:0.54
Consensus pattern (28 bp):
ACCAAAATATTATAAATTTTTTTTATTT
Found at i:238121 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 238062--238120 Score: 102
Period size: 28 Copynumber: 2.1 Consensus size: 28
238052 AAAAATAACC
*
238062 AAAATATTATAAATTTTTTTTATTTACC
1 AAAATATTATAAATTTTTTTTATTTACA
238090 AAAATATTATAAATTTTTTTTATTT-CA
1 AAAATATTATAAATTTTTTTTATTTACA
238117 AAAA
1 AAAA
238121 AAAACAAAAA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 1, Indels: 1
0.94 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
27 5 0.17
28 25 0.83
ACGTcount: A:0.44, C:0.05, G:0.00, T:0.51
Consensus pattern (28 bp):
AAAATATTATAAATTTTTTTTATTTACA
Found at i:238201 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 238171--238222 Score: 95
Period size: 27 Copynumber: 1.9 Consensus size: 27
238161 GGCCAATCAC
238171 ATTGGCGGCACCAAAGGTGCCAATGTG
1 ATTGGCGGCACCAAAGGTGCCAATGTG
*
238198 ATTGGCGGCACCAATGGTGCCAATG
1 ATTGGCGGCACCAAAGGTGCCAATG
238223 GACTAAAATG
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 24 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.23, G:0.33, T:0.19
Consensus pattern (27 bp):
ATTGGCGGCACCAAAGGTGCCAATGTG
Found at i:238506 original size:145 final size:145
Alignment explanation
Indices: 238243--238532 Score: 537
Period size: 145 Copynumber: 2.0 Consensus size: 145
238233 TTAGTTAAGG
* *
238243 GTAGTTTTAAGGACCTGACATACAAATTTACCATTTTGAATTTTGAAAGTTAATTGCTGCTGCTG
1 GTAGTTTCAAGGACCTGACATACAAATTTACCATTTTGAATTTTGAAAGTTAATTGCTCCTGCTG
238308 TGCGCACTAAAATTGAAATATGGCTAATTGACTTCTACGCCCTCCTTGTTTATTATTTTCTTTTT
66 TGCGCACTAAAATTGAAATATGGCTAATTGACTTCTACGCCCTCCTTGTTTATTATTTTCTTTTT
238373 ATTCCCCTTCAACTC
131 ATTCCCCTTCAACTC
238388 GTAGTTTCAAGGACCTGACATTA-AAATTTACCATTTTGAATTTTGAAAGTTAATTGCTCCTGCT
1 GTAGTTTCAAGGACCTGACA-TACAAATTTACCATTTTGAATTTTGAAAGTTAATTGCTCCTGCT
*
238452 GTGCGCACTAAAATTGAAATATGGCTAATTGCCTTCTACGCCCTCCTTGTTTATTATTTTCTTTT
65 GTGCGCACTAAAATTGAAATATGGCTAATTGACTTCTACGCCCTCCTTGTTTATTATTTTCTTTT
238517 TATTCCCCTTCAACTC
130 TATTCCCCTTCAACTC
238533 ACTTTTTTAT
Statistics
Matches: 141, Mismatches: 3, Indels: 2
0.97 0.02 0.01
Matches are distributed among these distances:
145 139 0.99
146 2 0.01
ACGTcount: A:0.25, C:0.21, G:0.13, T:0.41
Consensus pattern (145 bp):
GTAGTTTCAAGGACCTGACATACAAATTTACCATTTTGAATTTTGAAAGTTAATTGCTCCTGCTG
TGCGCACTAAAATTGAAATATGGCTAATTGACTTCTACGCCCTCCTTGTTTATTATTTTCTTTTT
ATTCCCCTTCAACTC
Found at i:240133 original size:25 final size:24
Alignment explanation
Indices: 240032--240157 Score: 127
Period size: 22 Copynumber: 5.3 Consensus size: 24
240022 CACTAATGAA
*
240032 CAGAGAGCACTAAAGTGCTAT-A-
1 CAGAGAGCACTAACGTGCTATAAT
*
240054 CAGAGAGCAC-AGATGTGCTA-AA-
1 CAGAGAGCACTA-ACGTGCTATAAT
* *
240076 CAGAGAGCACTGACGTGCTAAAAT
1 CAGAGAGCACTAACGTGCTATAAT
* * *
240100 CAGATAGCACCAACGTGCTAGTAGT
1 CAGAGAGCACTAACGTGCTA-TAAT
240125 CAGAGAGCACTAACGTGCTAATAAT
1 CAGAGAGCACTAACGTGCT-ATAAT
240150 CAGAGAGC
1 CAGAGAGC
240158 GCGCTAAAGT
Statistics
Matches: 86, Mismatches: 11, Indels: 11
0.80 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 1 0.01
22 35 0.41
23 2 0.02
24 17 0.20
25 30 0.35
26 1 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.21, G:0.25, T:0.17
Consensus pattern (24 bp):
CAGAGAGCACTAACGTGCTATAAT
Found at i:240164 original size:27 final size:26
Alignment explanation
Indices: 240088--240164 Score: 79
Period size: 25 Copynumber: 3.0 Consensus size: 26
240078 GAGAGCACTG
* *
240088 ACGTGCTAA-AATCAGATAGCACC-A
1 ACGTGCTAATAATCAGAGAGCGCCTA
* * *
240112 ACGTGCTAGTAGTCAGAGAGC-ACTA
1 ACGTGCTAATAATCAGAGAGCGCCTA
240137 ACGTGCTAATAATCAGAGAGCGCGCTA
1 ACGTGCTAATAATCAGAGAGCGC-CTA
240164 A
1 A
240165 AGTTCCTTAA
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 7, Indels: 5
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
24 9 0.21
25 29 0.69
27 4 0.10
ACGTcount: A:0.36, C:0.22, G:0.23, T:0.18
Consensus pattern (26 bp):
ACGTGCTAATAATCAGAGAGCGCCTA
Found at i:240587 original size:5 final size:5
Alignment explanation
Indices: 240569--240608 Score: 53
Period size: 5 Copynumber: 7.6 Consensus size: 5
240559 TGTTTTATGT
*
240569 ATATA ATAATA ATATA ATATT ATAATA ATATA ATATA ATA
1 ATATA AT-ATA ATATA ATATA AT-ATA ATATA ATATA ATA
240609 ACTTACTTAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 2, Indels: 4
0.84 0.05 0.11
Matches are distributed among these distances:
5 22 0.71
6 9 0.29
ACGTcount: A:0.60, C:0.00, G:0.00, T:0.40
Consensus pattern (5 bp):
ATATA
Done.