Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold2545
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 547
Length: 912
ACGTcount: A:0.23, C:0.07, G:0.11, T:0.26
Warning! 300 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:543 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 529--855 Score: 279
Period size: 9 Copynumber: 35.4 Consensus size: 9
519 NNNNNNNNNN
529 TAAGTTATG
1 TAAGTTATG
538 TAAGTTATG
1 TAAGTTATG
547 TAAGTTATG
1 TAAGTTATG
*
556 TAAGTTATT
1 TAAGTTATG
*
565 TAATTTATG
1 TAAGTTATG
574 TAAGCAATTAATAG
1 TAAG---TT-AT-G
*
588 AAAGATGGTATG
1 TAAG-T--TATG
600 TAAGTTATG
1 TAAGTTATG
609 TACTAAGTTATG
1 ---TAAGTTATG
621 T-A-TTATG
1 TAAGTTATG
*
628 TAAATTATG
1 TAAGTTATG
637 TACTAAGTTATG
1 ---TAAGTTATG
649 T-A-TTATG
1 TAAGTTATG
* * *
656 TAAATAATT
1 TAAGTTATG
*
665 TAAGTTAGG
1 TAAGTTATG
*
674 TAGGTTATG
1 TAAGTTATG
683 T-A-TTATG
1 TAAGTTATG
690 TAAGTTATG
1 TAAGTTATG
*
699 TAAATTATG
1 TAAGTTATG
*
708 TAATTTATG
1 TAAGTTATG
* *
717 TAAGTAACG
1 TAAGTTATG
*
726 TAAGTTATT
1 TAAGTTATG
*
735 TAATTTATG
1 TAAGTTATG
744 TAAGTTATG
1 TAAGTTATG
*
753 TAAGATATG
1 TAAGTTATG
762 TAAGTTATG
1 TAAGTTATG
*
771 TAAGTTATT
1 TAAGTTATG
*
780 TAAGTTATA
1 TAAGTTATG
789 TAAGTTATG
1 TAAGTTATG
798 TAAGTTATG
1 TAAGTTATG
*
807 TAAGTTATT
1 TAAGTTATG
*
816 TAATTTATG
1 TAAGTTATG
*
825 TAAGTTACG
1 TAAGTTATG
*
834 TAAGTTATT
1 TAAGTTATG
*
843 TAATTTATG
1 TAAGTTATG
852 TAAG
1 TAAG
856 CAATTTAGAA
Statistics
Matches: 257, Mismatches: 42, Indels: 38
0.76 0.12 0.11
Matches are distributed among these distances:
7 18 0.07
8 5 0.02
9 199 0.77
11 1 0.00
12 25 0.10
13 4 0.02
14 5 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.02, G:0.17, T:0.45
Consensus pattern (9 bp):
TAAGTTATG
Found at i:635 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 596--660 Score: 121
Period size: 28 Copynumber: 2.3 Consensus size: 28
586 AGAAAGATGG
*
596 TATGTAAGTTATGTACTAAGTTATGTAT
1 TATGTAAATTATGTACTAAGTTATGTAT
624 TATGTAAATTATGTACTAAGTTATGTAT
1 TATGTAAATTATGTACTAAGTTATGTAT
652 TATGTAAAT
1 TATGTAAAT
661 AATTTAAGTT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
28 36 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.03, G:0.15, T:0.46
Consensus pattern (28 bp):
TATGTAAATTATGTACTAAGTTATGTAT
Done.