Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold3259
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 465
Length: 776
ACGTcount: A:0.18, C:0.11, G:0.07, T:0.12
Warning! 399 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:592 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 565--694 Score: 143
Period size: 18 Copynumber: 6.7 Consensus size: 18
555 NNNNNNNNNN
565 CCTAACTTAATTAAAAAC
1 CCTAACTTAATTAAAAAC
*
583 CCTAATTTAATTAAAAAC
1 CCTAACTTAATTAAAAAC
*
601 CCTAACTTAATTAAAAGCTCTAA
1 CCTAACTTAATTAAAA-----AC
624 CCTAACTTAATTAAAAAC
1 CCTAACTTAATTAAAAAC
*
642 CCTAATTTAATTAAAAACAC
1 CCTAACTTAATT-AAAA-AC
662 TAACCTAACTTAATTAAAAAC
1 ---CCTAACTTAATTAAAAAC
683 CCTAACTTAATT
1 CCTAACTTAATT
695 TTACTAACCA
Statistics
Matches: 96, Mismatches: 6, Indels: 20
0.79 0.05 0.16
Matches are distributed among these distances:
18 56 0.58
19 4 0.04
20 2 0.02
21 2 0.02
22 4 0.04
23 28 0.29
ACGTcount: A:0.48, C:0.21, G:0.01, T:0.31
Consensus pattern (18 bp):
CCTAACTTAATTAAAAAC
Found at i:611 original size:23 final size:22
Alignment explanation
Indices: 584--695 Score: 96
Period size: 23 Copynumber: 5.3 Consensus size: 22
574 ATTAAAAACC
584 CTAATTTAATTAAAAACCCTAA
1 CTAATTTAATTAAAAACCCTAA
* *
606 C----TTAATTAAAAGCTCTAA
1 CTAATTTAATTAAAAACCCTAA
*
624 CCTAACTTAATTAAAAA-CC---
1 -CTAATTTAATTAAAAACCCTAA
*
643 CTAATTTAATTAAAAACACTAA
1 CTAATTTAATTAAAAACCCTAA
*
665 CCTAACTTAATTAAAAACCCTAA
1 -CTAATTTAATTAAAAACCCTAA
688 CTTAATTT
1 C-TAATTT
696 TACTAACCAT
Statistics
Matches: 70, Mismatches: 9, Indels: 21
0.70 0.09 0.21
Matches are distributed among these distances:
18 30 0.43
19 2 0.03
22 3 0.04
23 35 0.50
ACGTcount: A:0.47, C:0.20, G:0.01, T:0.32
Consensus pattern (22 bp):
CTAATTTAATTAAAAACCCTAA
Found at i:640 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 565--694 Score: 189
Period size: 41 Copynumber: 3.3 Consensus size: 41
555 NNNNNNNNNN
*
565 CCTAACTTAATT-AAAA-AC---CCTAATTTAATTAAAAAC
1 CCTAACTTAATTAAAAACACTAACCTAACTTAATTAAAAAC
* *
601 CCTAACTTAATTAAAAGCTCTAACCTAACTTAATTAAAAAC
1 CCTAACTTAATTAAAAACACTAACCTAACTTAATTAAAAAC
*
642 CCTAATTTAATTAAAAACACTAACCTAACTTAATTAAAAAC
1 CCTAACTTAATTAAAAACACTAACCTAACTTAATTAAAAAC
683 CCTAACTTAATT
1 CCTAACTTAATT
695 TTACTAACCA
Statistics
Matches: 82, Mismatches: 7, Indels: 5
0.87 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
36 12 0.15
37 3 0.04
38 1 0.01
41 66 0.80
ACGTcount: A:0.48, C:0.21, G:0.01, T:0.31
Consensus pattern (41 bp):
CCTAACTTAATTAAAAACACTAACCTAACTTAATTAAAAAC
Found at i:687 original size:59 final size:55
Alignment explanation
Indices: 565--694 Score: 163
Period size: 59 Copynumber: 2.2 Consensus size: 55
555 NNNNNNNNNN
565 CCTAACTTAATTAAAAACCCTAATTTAATTAAAAACCCTAACTTAATTAAAAGCTCTAA
1 CCTAACTTAATTAAAAACCCTAATTTAATTAAAAACCCTAACTTAATTAAAA---C-AA
*
624 CCTAACTTAATTAAAAACCCTAATTTAATTAAAAACACTAACCTAACTTAATTAAAA-AC
1 CCTAACTTAATTAAAAACCCTAATTTAATT-AAAA-AC---CCTAACTTAATTAAAACAA
683 CCTAACTTAATT
1 CCTAACTTAATT
695 TTACTAACCA
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 1, Indels: 10
0.86 0.01 0.13
Matches are distributed among these distances:
59 43 0.66
60 4 0.06
61 2 0.03
64 16 0.25
ACGTcount: A:0.48, C:0.21, G:0.01, T:0.31
Consensus pattern (55 bp):
CCTAACTTAATTAAAAACCCTAATTTAATTAAAAACCCTAACTTAATTAAAACAA
Found at i:715 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 691--762 Score: 54
Period size: 21 Copynumber: 3.2 Consensus size: 21
681 ACCCTAACTT
*
691 AATTTTACTAACCATTAGCAC
1 AATTTTACTAACCATTAACAC
** * *
712 AATTGTTGGACTTAATAATTTATCAT
1 AATT-TT--AC-TAACCA-TTAACAC
738 AATTTTACTAACCATTAACAC
1 AATTTTACTAACCATTAACAC
759 AATT
1 AATT
763 GTTGGACTTA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 8, Indels: 10
0.68 0.14 0.18
Matches are distributed among these distances:
21 13 0.34
22 6 0.16
23 2 0.05
24 2 0.05
25 6 0.16
26 9 0.24
ACGTcount: A:0.39, C:0.17, G:0.06, T:0.39
Consensus pattern (21 bp):
AATTTTACTAACCATTAACAC
Done.