genome.fa.s922.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold331
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1033222

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4414--4445	14	2.3	14	94	0	55	46	15	0	37	1.46
7151--7212	6	10.5	6	92	3	99	80	3	0	16	0.83
8732--8756	8	3.1	8	100	0	50	88	0	0	12	0.53
8842--8912	4	16.2	4	72	16	52	71	1	4	22	1.11
8832--8916	24	3.5	24	68	20	61	70	2	3	23	1.14
13779--13830	22	2.4	21	87	3	68	76	7	1	13	1.07
21883--21927	13	3.4	12	87	9	54	2	13	2	82	0.86
21887--21970	6	12.8	6	72	16	60	1	21	1	76	0.93
21883--21950	20	3.2	20	78	11	64	1	19	1	77	0.92
21918--21964	3	15.3	3	87	12	69	0	29	0	70	0.88
21923--21964	13	3.3	13	96	3	77	0	30	0	69	0.89
22635--22741	28	3.8	28	88	5	135	46	5	23	24	1.73
23308--23835	76	6.9	76	87	0	725	33	21	19	25	1.97
24811--24900	41	2.1	42	91	4	146	17	4	16	61	1.51
26049--26236	41	4.6	41	93	0	313	28	22	23	26	1.99
26908--26932	13	1.9	13	100	0	50	16	0	16	68	1.22
33650--34233	292	2.0	292	94	0	1015	27	21	16	34	1.95
39344--39389	24	1.9	24	95	0	83	26	21	28	23	1.99
39991--40027	13	2.9	13	96	4	67	37	8	0	54	1.30
40762--40803	17	2.5	17	88	0	66	0	11	2	85	0.68
40761--40805	20	2.3	20	85	11	58	0	13	2	84	0.72
41540--41572	13	2.5	13	95	0	57	18	3	0	78	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50439--50478	18	2.2	18	100	0	80	62	5	12	20	1.48
51182--51218	14	2.6	14	95	0	65	21	16	29	32	1.95
53968--54003	19	2.0	17	89	10	54	55	0	0	44	0.99
53968--54005	2	20.5	2	84	15	55	55	0	0	44	0.99
62113--62152	14	2.9	14	92	0	62	45	2	20	32	1.64
68535--68563	14	2.1	14	100	0	58	51	0	27	20	1.47
74891--74930	20	2.0	20	85	0	53	7	25	22	45	1.78
93445--93512	20	3.4	19	76	10	64	10	27	23	38	1.87
96735--96783	20	2.7	18	77	22	57	51	6	0	42	1.27
98901--98936	14	2.6	14	100	0	72	22	16	5	55	1.62
105786--105813	8	3.5	8	100	0	56	35	0	0	64	0.94
105777--105818	16	2.6	16	80	3	57	45	0	0	54	0.99
105804--105860	21	2.9	21	79	7	66	56	0	3	40	1.17
105810--105863	20	2.7	21	77	11	60	57	0	3	38	1.17
105803--105865	18	3.3	19	78	10	65	57	0	3	39	1.15
105810--105877	20	3.5	19	75	16	59	60	0	2	36	1.12
109378--109413	12	2.8	13	91	8	56	50	2	0	47	1.15
110736--111036	126	2.4	126	90	1	487	24	22	21	30	1.99
115738--115812	24	3.1	24	81	12	82	58	2	17	21	1.50
115751--115813	26	2.5	24	85	10	74	61	3	17	17	1.47
115770--115826	26	2.2	26	83	0	69	61	8	14	15	1.56
123437--123472	12	2.8	13	91	8	56	50	2	0	47	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129246--129364	40	3.0	40	81	1	132	37	19	19	23	1.94
129418--130592	41	28.7	41	88	0	1731	22	22	22	32	1.98
129418--130594	164	7.2	164	98	0	2178	22	22	22	32	1.98
130871--130896	4	6.5	4	100	0	52	50	0	23	26	1.50
131079--131125	12	4.2	11	80	20	53	78	0	6	14	0.93
131079--131125	10	4.4	10	82	17	51	78	0	6	14	0.93
131079--131125	21	2.2	21	85	11	60	78	0	6	14	0.93
131146--131200	23	2.5	22	80	8	60	49	7	0	43	1.30
131203--131244	4	10.5	4	80	10	50	73	4	0	21	1.01
131338--131703	169	2.2	170	85	6	512	31	16	19	31	1.95
144174--144469	43	6.9	43	77	5	152	25	24	24	25	2.00
144306--144447	42	3.4	42	85	4	171	29	29	19	21	1.98
144306--144466	42	3.8	42	83	2	135	27	29	21	22	1.99
144606--144648	22	2.0	22	95	0	77	41	27	20	9	1.83
145154--145339	43	4.4	42	87	5	232	25	29	18	26	1.98
150934--151183	124	2.0	124	98	0	482	45	15	4	34	1.67
151392--151610	73	3.0	73	86	0	285	26	24	21	26	1.99
151514--151949	113	3.8	114	92	0	678	26	26	21	25	1.99
152021--152048	12	2.3	12	100	0	56	50	28	14	7	1.69
153500--153553	24	2.2	25	77	9	58	66	5	7	20	1.37
153634--153675	12	3.5	12	83	0	57	59	2	4	33	1.31
154424--154451	5	5.6	5	100	0	56	82	0	17	0	0.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
171253--171291	19	2.1	18	86	13	53	58	5	0	35	1.20
177830--177895	25	2.6	26	83	9	82	28	24	16	30	1.97
179190--179238	24	2.1	23	81	11	55	30	14	6	48	1.67
181896--181938	19	2.4	18	84	7	52	79	4	0	16	0.90
182233--182267	18	1.9	18	88	11	54	54	0	2	42	1.15
190453--190543	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
190524--190576	16	3.2	16	89	5	88	39	35	0	24	1.56
202204--202228	13	1.9	13	100	0	50	24	16	16	44	1.86
206043--206082	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
207794--207847	26	2.1	26	100	0	108	37	24	3	35	1.73
210969--210993	11	2.3	11	100	0	50	84	0	0	16	0.63
216325--216378	25	2.2	25	86	6	74	22	14	5	57	1.58
217082--217109	6	4.7	6	100	0	56	71	14	0	14	1.15
217094--217184	29	3.1	28	80	14	105	76	6	6	9	1.14
217150--217204	13	4.4	13	81	9	51	83	1	7	7	0.87
217081--217204	41	3.1	41	76	14	109	77	6	7	8	1.13
217176--217204	7	4.3	7	91	8	51	86	0	13	0	0.58
218061--218103	21	2.0	21	95	0	77	72	0	16	11	1.13
218055--218104	8	6.6	8	80	15	54	74	0	14	12	1.09
218055--218113	14	4.0	15	79	16	61	71	0	15	13	1.15
218063--218111	21	2.3	21	89	3	71	73	0	16	10	1.09
219512--219988	44	10.8	44	67	16	184	28	17	24	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
219429--220021	132	4.5	132	90	1	895	28	16	24	30	1.97
222674--223130	228	2.0	229	99	0	898	30	23	14	31	1.94
228658--228765	55	2.0	55	81	7	130	25	23	26	25	2.00
233062--233126	21	3.2	21	75	16	82	44	23	3	29	1.68
233069--233139	21	3.4	21	74	16	76	45	22	2	29	1.67
233057--233142	40	2.2	40	97	0	163	43	23	2	31	1.66
233057--233118	19	3.2	19	74	17	72	43	20	3	32	1.68
240651--240758	55	2.0	55	81	7	130	25	23	26	25	2.00
245055--245119	21	3.2	21	75	16	82	44	23	3	29	1.68
245062--245132	21	3.4	21	74	16	76	45	22	2	29	1.67
245050--245135	40	2.2	40	97	0	163	43	23	2	31	1.66
245050--245111	19	3.2	19	74	17	72	43	20	3	32	1.68
246221--246268	21	2.2	21	92	3	78	31	37	6	25	1.81
255224--255264	15	2.6	16	85	14	59	46	0	2	51	1.14
255489--255553	16	4.1	16	95	0	121	21	36	4	36	1.74
255394--255523	56	2.3	55	85	3	172	30	30	4	33	1.78
256716--256771	28	2.0	28	96	0	103	37	16	0	46	1.47
271456--271503	26	2.0	24	84	12	62	29	31	8	31	1.87
277962--278017	21	2.8	19	89	10	94	37	10	16	35	1.83
277962--278040	19	3.7	22	80	14	78	36	8	16	37	1.80
278244--278288	23	2.0	23	86	0	63	20	0	17	62	1.33
283730--283783	14	3.8	14	85	4	72	81	1	11	5	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
285042--285182	44	3.2	44	88	4	205	24	19	23	31	1.98
285157--285207	25	2.0	25	88	7	77	21	21	17	39	1.93
285113--285251	69	2.0	69	90	2	217	24	20	22	33	1.97
285182--285484	44	7.1	44	83	9	405	26	16	26	30	1.97
285069--285413	113	3.0	113	85	4	440	25	17	24	31	1.97
285284--285348	34	1.9	34	90	0	103	23	21	24	30	1.99
285235--285480	78	3.0	77	80	14	305	25	17	26	29	1.98
285079--285436	122	3.0	121	85	6	466	25	18	25	31	1.98
285315--285518	44	4.6	44	85	3	151	27	18	24	29	1.98
285315--285518	88	2.3	88	83	3	241	27	18	24	29	1.98

Tables:   1   2   3   4