Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Chr10 ID=Chr10-JGI_221_v2.0
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Warning! 981721 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 127 of 202
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39292497 GTCTGGTTTA
*
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* *
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*
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TTTCTATTTTAAAATGAAAGCACCATATATAATAACTTTTG
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39292504 TTATTTCTCT
*
39292514 TTTAAAATGAAAGCACCATATATAATAACTTTTGTTTCTGTAG
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*
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TTTAAAATGAAAGCACCATATATAATAACTTTTGGTTCTGTAG
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39294819 GTGGCGGATG
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1 CTT
39294864 GCGTTACATT
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CTTTCCTTGCCAGCAC
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39295530 CACTTGTGAT
* * * **
39295540 AAAATCGCCGCTAAAGGTCATGGTTTTTAGCGGTATTTGTGGG
1 AAAAGCGCCGCTAAAGATCATGGTCTTTAGCGGCGTTTGTGGG
* *
39295583 AAAAGCGCCGCTAAAGTTCATTGTCTTTAGCGGCGTTTGTGGG
1 AAAAGCGCCGCTAAAGATCATGGTCTTTAGCGGCGTTTGTGGG
* * * *
39295626 AAAAGCGCCGCTAAAGCTCATGGTCTTTAGTGGCGTTAGTGGT
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* *
39295669 AAAAGCGCCGCTAAAGATCATGATCTTTAGTGGCGTTT
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39295707 TTTTTTAAAA
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AAAAGCGCCGCTAAAGATCATGGTCTTTAGCGGCGTTTGTGGG
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39296333 TTATTTATAG
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1 TGTTTCTTTTCCCCAT
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39296374 CCTTCATTTT
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TGTTTCTTTTCCCCAT
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* *
39307767 CTTTAGCGGCGCTTTTCCCACAAACGCCGCTAAAGACCACGAC
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* ** *
39307810 CTTTAGCAGCGCTTTCCCCACAAACGTCGCTAAAGACCAAGAC
1 CTTTAGCGGCGCTTTTACCACAAACGCCGCTAAAGACCAAGAC
*
39307853 CTTTAGCGACGCTTTT-CCACAAACGCCGCTAAAGACCAAGAC
1 CTTTAGCGGCGCTTTTACCACAAACGCCGCTAAAGACCAAGAC
*** *
39307895 CTTTAGCGGCGCTTTTTGTACAAACGCCGCTAAAGACCACGAC
1 CTTTAGCGGCGCTTTTACCACAAACGCCGCTAAAGACCAAGAC
* * * *
39307938 CTTTAGCGGAGCTTTTATCACAAACGCCGCTATAGACCATGAC
1 CTTTAGCGGCGCTTTTACCACAAACGCCGCTAAAGACCAAGAC
* * * *
39307981 CTTTAGTGGCGCTTTTATCACGAACGCCGCTAAAGAACAA-AC
1 CTTTAGCGGCGCTTTTACCACAAACGCCGCTAAAGACCAAGAC
* * *
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39308057 AACATAATCT
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42 71 0.33
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CTTTAGCGGCGCTTTTACCACAAACGCCGCTAAAGACCAAGAC
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39307757 GCGTCGCTAA
* * * * **
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*
39307832 AACGTCGCTAAAGACCAAGAC
66 AACGCCGCTAAAGACCAAGAC
***
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1 CTTTAGCGACGCTTTTACCACAAACGCCGCTAAAGACCAAGACCTTTAGCGGCGCTTTTACCACA
*
39307917 AACGCCGCTAAAGACCACGAC
66 AACGCCGCTAAAGACCAAGAC
* * * * *
39307938 CTTTAGCGGA-GCTTTTATCACAAACGCCGCTATAGACCATGACCTTTAGTGGCGCTTTTATCAC
1 CTTTAGC-GACGCTTTTACCACAAACGCCGCTAAAGACCAAGACCTTTAGCGGCGCTTTTACCAC
* *
39308002 GAACGCCGCTAAAGAACAA-AC
65 AAACGCCGCTAAAGACCAAGAC
* * * *
39308023 CTTTAGCGGCGCTTCTAACAAAAACGCCGCTAAA
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CTTTAGCGACGCTTTTACCACAAACGCCGCTAAAGACCAAGACCTTTAGCGGCGCTTTTACCACA
AACGCCGCTAAAGACCAAGAC
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** * *
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* *
39307832 AACGTCGCTAAAGACCAAGACCTTTAGCGACGCTTTT-CCACAAACGCCGCTAAAGACCAAGAC
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*** * * *
39307895 CTTTAGCGGCGCTTTTTGTACAAACGCCGCTAAAGACCACGACCTTTAGCGGAGCTTTTATCACA
1 CTTTAGCGGCGCTTTTAACACAAACGCCGCTAAAGACCACGACCTTTAGCAGAGCTTTCACCACA
* * * * * *
39307960 AACGCCGCTATAGACCATGACCTTTAGTGGCGCTTTTATCACGAACGCCGCTAAAGAACAAAC
66 AACGCCGCTAAAGACCAAGACCTTTAGCGACGCTTTTACCACAAACGCCGCTAAAGAACAAAC
* *
39308023 CTTTAGCGGCGCTTCTAACAAAAACGCCGCTAAA
1 CTTTAGCGGCGCTTTTAACACAAACGCCGCTAAA
39308057 AACATAATCT
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39312422 GGAGATGCAG
* * *
39312432 AGGGCTGCCGGTTTGGGGAAATTAGGGGGAAAATAAAGGGAATCGGGGTAGGGGAAGAAATGGTT
1 AGGGCTGCCGATTTGGGAAAATTAGGGGGAAAATAAAGGGAATCGGGGTAGGGGAAGAAATGGAT
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66 TGGGAAAAATAAA
*
39312510 AGGGCTGCCGATTTGGGAAAATTGGGGGGAAAAATAAAGGGAATCGGGGTAGGGG-AGAAA-GGA
1 AGGGCTGCCGATTTGGGAAAATTAGGGGG-AAAATAAAGGGAATCGGGGTAGGGGAAGAAATGG-
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64 ATTGGG
39312579 GGGAAAAGGA
Statistics
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0.89 0.06 0.06
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77 2 0.03
78 36 0.57
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AGGGCTGCCGATTTGGGAAAATTAGGGGGAAAATAAAGGGAATCGGGGTAGGGGAAGAAATGGAT
TGGGAAAAATAAA
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39312678 AGACCTGAGA
* *
39312688 ATTAGCGGTGCTTTCTTCAAAAATGCCGCTAAAGACCCAAAC
1 ATTAGCGGCGC-TTCTTCAAAAACGCCGCTAAAGACCCAAAC
* * ** *
39312730 ATTAGCGGCGCTTTTTCAAAAACGCCGTTAAAGACCTGAGC
1 ATTAGCGGCGCTTCTTCAAAAACGCCGCTAAAGACCCAAAC
* * *
39312771 ATTAGCGGCGCTTCTTCAGAAACGCCACTAAAGACCCGAGA-
1 ATTAGCGGCGCTTCTTCAAAAACGCCGCTAAAGACCC-AAAC
* * *
39312812 ATTAGCGACGCTTCTTCAAAAACGCCGCTAAAGACCCGAGC
1 ATTAGCGGCGCTTCTTCAAAAACGCCGCTAAAGACCCAAAC
* * * *
39312853 ATTAGTGGCGCTTCCTCAAAAACGCCGCTAAAGACTCGAGA-
1 ATTAGCGGCGCTTCTTCAAAAACGCCGCTAAAGAC-CCAAAC
* *
39312894 ATTAGCGGCGCTTCTTCAAAAACGCCGCTAAAGACCCGAGC
1 ATTAGCGGCGCTTCTTCAAAAACGCCGCTAAAGACCCAAAC
*
39312935 ATTAGCGGCGCTTCTTCAAAAACGCTGCTAA
1 ATTAGCGGCGCTTCTTCAAAAACGCCGCTAA
39312966 TGGTCATTTT
Statistics
Matches: 197, Mismatches: 35, Indels: 9
0.82 0.15 0.04
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40 1 0.01
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ATTAGCGGCGCTTCTTCAAAAACGCCGCTAAAGACCCAAAC
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39312662 TTATAAATGT
* * * * *
39312672 CGCTAAAGACCTGAGAATTAGCGGTGCTTTCTTCAAAAATGCCGCTAAAGACCC-AAACATTAGC
1 CGCTAAAGACCCGAGCATTAGCGGCGC-TTCTTCAAAAACGCCGCTAAAGACCCGAGA-ATTAGC
*
39312736 GGCGCTTTTTCAAAAACGC
64 GGCGCTTCTTCAAAAACGC
* * * * *
39312755 CGTTAAAGACCTGAGCATTAGCGGCGCTTCTTCAGAAACGCCACTAAAGACCCGAGAATTAGCGA
1 CGCTAAAGACCCGAGCATTAGCGGCGCTTCTTCAAAAACGCCGCTAAAGACCCGAGAATTAGCGG
39312820 CGCTTCTTCAAAAACGC
66 CGCTTCTTCAAAAACGC
* * *
39312837 CGCTAAAGACCCGAGCATTAGTGGCGCTTCCTCAAAAACGCCGCTAAAGACTCGAGAATTAGCGG
1 CGCTAAAGACCCGAGCATTAGCGGCGCTTCTTCAAAAACGCCGCTAAAGACCCGAGAATTAGCGG
39312902 CGCTTCTTCAAAAACGC
66 CGCTTCTTCAAAAACGC
*
39312919 CGCTAAAGACCCGAGCATTAGCGGCGCTTCTTCAAAAACGCTGCTAA
1 CGCTAAAGACCCGAGCATTAGCGGCGCTTCTTCAAAAACGCCGCTAA
39312966 TGGTCATTTT
Statistics
Matches: 190, Mismatches: 20, Indels: 3
0.89 0.09 0.01
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82 164 0.86
83 26 0.14
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CGCTTCTTCAAAAACGC
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Indices: 39312674--39312965 Score: 424
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39312664 ATAAATGTCG
* * *
39312674 CTAAAGACCTGAGAATTAGCGGTGCTTTCTTCAAAAATGCCGCTAAAGACCCAAACATTAGCGGC
1 CTAAAGACCCGAGAATTAGCGGCGC-TTCTTCAAAAACGCCGCTAAAGACCCAAACATTAGCGGC
** * * *
39312739 GCTTTTTCAAAAACGCCGTTAAAGAC-CTGAGCATTAGCGGCGCTTCTTCAGAAACGCCA
65 GCTTCCTCAAAAACGCCGCTAAAGACTC-GAGAATTAGCGGCGCTTCTTCAAAAACGCCA
* * * *
39312798 CTAAAGACCCGAGAATTAGCGACGCTTCTTCAAAAACGCCGCTAAAGACCCGAGCATTAGTGGCG
1 CTAAAGACCCGAGAATTAGCGGCGCTTCTTCAAAAACGCCGCTAAAGACCCAAACATTAGCGGCG
*
39312863 CTTCCTCAAAAACGCCGCTAAAGACTCGAGAATTAGCGGCGCTTCTTCAAAAACGCCG
66 CTTCCTCAAAAACGCCGCTAAAGACTCGAGAATTAGCGGCGCTTCTTCAAAAACGCCA
* *
39312921 CTAAAGACCCGAGCATTAGCGGCGCTTCTTCAAAAACGCTGCTAA
1 CTAAAGACCCGAGAATTAGCGGCGCTTCTTCAAAAACGCCGCTAA
39312966 TGGTCATTTT
Statistics
Matches: 151, Mismatches: 16, Indels: 3
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
123 128 0.85
124 23 0.15
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CTAAAGACCCGAGAATTAGCGGCGCTTCTTCAAAAACGCCGCTAAAGACCCAAACATTAGCGGCG
CTTCCTCAAAAACGCCGCTAAAGACTCGAGAATTAGCGGCGCTTCTTCAAAAACGCCA
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Indices: 39312992--39313067 Score: 107
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39312982 CATTTTGCAA
39312992 AAAGCGCCACTAATACTCGATCTTTAGCGGCGTTTTCTTG
1 AAAGCGCCACTAATACTCGATCTTTAGCGGCGTTTTCTTG
** * * *
39313032 AAAGCGCCGGTAATGCTTGATTTTTAGCGGCGTTTT
1 AAAGCGCCACTAATACTCGATCTTTAGCGGCGTTTT
39313068 GTATCCAAAC
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
40 31 1.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.21, G:0.24, T:0.34
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AAAGCGCCACTAATACTCGATCTTTAGCGGCGTTTTCTTG
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Indices: 39318504--39318594 Score: 73
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39318494 TGAGTTCTGA
* *
39318504 ATCGGTATGCTCTTACGAGCT-AT
1 ATCGGTAAGCTCATACGAGCTAAT
* * **
39318527 AATTGGTAAGCTCTTTTGAGCT-A-
1 -ATCGGTAAGCTCATACGAGCTAAT
*
39318550 A-CGGTAAGCTCATGCGAGCTAAAT
1 ATCGGTAAGCTCATACGAGCT-AAT
39318574 ATCGGTAAGCTCATACGAGCT
1 ATCGGTAAGCTCATACGAGCT
39318595 GAGAATCAGT
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 9, Indels: 7
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 15 0.28
22 1 0.02
23 1 0.02
24 19 0.35
25 18 0.33
ACGTcount: A:0.27, C:0.20, G:0.23, T:0.30
Consensus pattern (24 bp):
ATCGGTAAGCTCATACGAGCTAAT
Found at i:39318606 original size:25 final size:24
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Indices: 39318553--39318630 Score: 86
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39318543 TGAGCTAACG
* * *
39318553 GTAAGCTCATGCGAGCTAAATATCG
1 GTAAGCTCATACGAGCTGAA-ATCA
39318578 GTAAGCTCATACGAGCTGAGAATCA
1 GTAAGCTCATACGAGCTGA-AATCA
*
39318603 GTAAGCTC-TCATGAGCTGAAATCA
1 GTAAGCTCAT-ACGAGCTGAAATCA
39318627 GTAA
1 GTAA
39318631 CCTTAATGAC
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 4, Indels: 5
0.84 0.07 0.09
Matches are distributed among these distances:
24 10 0.21
25 36 0.77
26 1 0.02
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GTAAGCTCATACGAGCTGAAATCA
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39319366 GAAAATGGAA
39319376 GCTT-GGACAAATGTTGCTAAAAAAAATG
1 GCTTCGGACAAA-GTTGCTAAAAAAAATG
* * *
39319404 GCTTTCTGTCCAAGTTGCTAAAAAAAATG
1 GC-TTCGGACAAAGTTGCTAAAAAAAATG
39319433 GCTT
1 GCTT
39319437 TCTTTCCTCT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 3, Indels: 4
0.80 0.09 0.11
Matches are distributed among these distances:
28 4 0.14
29 20 0.71
30 4 0.14
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.20, T:0.30
Consensus pattern (28 bp):
GCTTCGGACAAAGTTGCTAAAAAAAATG
Found at i:39325981 original size:2 final size:2
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Indices: 39325974--39326010 Score: 74
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39325964 ATTCACCAAA
39325974 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
39326011 AAGTTTGAGA
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 35 1.00
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Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:39328732 original size:39 final size:39
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Indices: 39328662--39328930 Score: 258
Period size: 39 Copynumber: 6.9 Consensus size: 39
39328652 GGTACACCAG
* * * *
39328662 CACATAGCCTTCTAGGCACATAACCCGAATAATCATCGG
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* * * * *
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* *
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* * * * *
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* **
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* * * * *
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* ** * * *
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* * *
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* * * **
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* * *
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* *
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*
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1 CTGTA
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* * *
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*
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* *
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* * *
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*
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*
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*
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39375486 CATTTCTCCG
* * *
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*
39375561 TACTTTAAATCATATCATAACTCACTCATACACATGCATAGTGTCCCTAAATCGAGCCCTCGAGG
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* * * * *
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* *
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* * * *
39375756 GTCCCAGGCTGTGTAACATTCGAACTAGGGACACATGGCCGTTTTCTAGCCCGTGTCCTCACTCG
261 GTCCCAGGCCGTGTAACATTCAAACTAGGGACACATGGCCGTGTTCCAGCCCGTGTCCTCACTCG
* * * * * **
39375821 TGTAACTTTTTCAGTAGGGCCATACGATCGTGTCACATGCCTGTATGTCAGGCCATGTACCTCTC
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**
39375886 GAAGTTACCCCAAACACCCGTGTGCCAGACCGTGTGCTAGGTCGTGTAACTCACTGACTTGCAT-
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* *
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520 CTCTA
* * * *
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* *
39376085 TACTTTAAATCATATCATAACTCACTCATACACATGCATACTGTCCCTAAATTGAGCCTTCGAGG
66 TACTTTAAATCATATCATAACTCACTCATACACATGCATACTGTCCCTAAATCGAGCCCTCGAGG
*
39376150 CCATAATAATAGATTAGAAGCAAATCGAGAATAATTTAAAACAAATTGGAAAGTTTGGGAAAAAG
131 CCATAATAATAGATTAGAACCAAATCGAGAATAATTTAAAACAAATTGGAAAGTTTGGGAAAAAG
* * * * * * * * **
39376215 TTGTAAAATTTGCT-TAACAGGGGTAACATGGCTATTTGACTCACATGGCTGAGACACACGCCTG
196 TTGTAAAATTTG-TAAAACAAGGGTAACACGACCATGTGACTCACACGGCGGAGACACACGCCCA
** *
39376279 TGTCTTAGGCCGTGTAACCTTCAAACTAGGGACACATGGCCGTGTTCCAGCCCGTGTCCTCACTC
260 TGTCCCAGGCCGTGTAACATTCAAACTAGGGACACATGGCCGTGTTCCAGCCCGTGTCCTCACTC
* * * * *
39376344 GTGTAACTCTCTGAGTAGGGTCACACG-GCAGTTTCACACGCCTGTGTGTCAAACCGTGTACCTC
325 GTGTAACTCTCTCAGTAGGGCCACACGAGC-GTGTCACACGCCTGTATGTCAAACCATGTACCTC
* * * * * * *
39376408 TCGAAGTTGCCCCACACGCCTGTGTGCCAGACTGTGTGCTCGACCTTGTAACTCACTGACTTGCA
389 TCGAAGTTACCCCAAACACCCGTGTGCCAGACCGTGTGCTAGACCGTGTAACTCACTGACTTGCA
39376473 TAGAAAAGAACTCTTAGATGACACACGA
454 TAGAAAAGAACTCTTAGATGACACACGA
39376501 TCGTGTCGCC
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TACTTTAAATCATATCATAACTCACTCATACACATGCATACTGTCCCTAAATCGAGCCCTCGAGG
CCATAATAATAGATTAGAACCAAATCGAGAATAATTTAAAACAAATTGGAAAGTTTGGGAAAAAG
TTGTAAAATTTGTAAAACAAGGGTAACACGACCATGTGACTCACACGGCGGAGACACACGCCCAT
GTCCCAGGCCGTGTAACATTCAAACTAGGGACACATGGCCGTGTTCCAGCCCGTGTCCTCACTCG
TGTAACTCTCTCAGTAGGGCCACACGAGCGTGTCACACGCCTGTATGTCAAACCATGTACCTCTC
GAAGTTACCCCAAACACCCGTGTGCCAGACCGTGTGCTAGACCGTGTAACTCACTGACTTGCATA
GAAAAGAACTCTTAGATGACACACGACCATGTGTCAAGAACTCTCAAAGTTTCCCCTTACCTGTC
TCTA
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* *
39378408 AAGTACGATCAAGGGTACCG-
1 AAGTAC-ATCAGGGGCA-CGT
* *
39378428 AAATACAAT-AGGGGCATGT
1 AAGTAC-ATCAGGGGCACGT
* *
39378447 AAGTGCGATCAGGGGTATCG-
1 AAGTAC-ATCAGGGGCA-CGT
*
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*
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Indices: 39378362--39378540 Score: 198
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39378352 ATGTAACCAT
* * * *
39378362 GGCACGAAAGTGCTATCAGGAGTACTGAAGTACAACAGG
1 GGCACGTAAGTGCGATCAGGGGTACCGAAGTACAACAGG
* * * *
39378401 GGCACGTAAGTACGATCAAGGGTACCGAAATACAATAGG
1 GGCACGTAAGTGCGATCAGGGGTACCGAAGTACAACAGG
* * * *
39378440 GGCATGTAAGTGCGATCAGGGGTATCGAAGTACATCATG
1 GGCACGTAAGTGCGATCAGGGGTACCGAAGTACAACAGG
* *
39378479 GGCACGTAAGTGCGATCAGGGGTTCCGAAGTACAACAAG
1 GGCACGTAAGTGCGATCAGGGGTACCGAAGTACAACAGG
* *
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1 GGCACGTAAGTGCG-ATCAGGGGT
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GGCACGTAAGTGCGATCAGGGGTACCGAAGTACAACAGG
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39378437 AGGGGCATGT
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* *
39378467 AAGTAC-ATCATGGG--CACG
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1 -AAGTGCGATCAGGGGTTCCG
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1 AAGT
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AAGTGCGATCAGGGGTTCCG
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39396773 CTACTGTACA
*
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1 T
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TGGGTGTTAGGTGAGTTCTATGCTGAC
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39396836 CTCCTGCATG
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39396863 TATACTGTTCATAAGGT
1 TATACTGTTCATAAGGT
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1 T
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TATACTGTTCATAAGGT
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39397712 CTCCAAGGTT
* * * * *
39397722 TTTCTTTTCAGAGGTTCACCACATAGGC-TTCCATTTTAGAGGTTCGCCACAATGGCTTTCATTT
1 TTTCCTTTCACAGGTTCACAACATAGGCTTTCC-TTTAAGAGGTTCGCCACAAAGGCTTTCA-TT
* * * * *
39397786 TTAA-AGATTTTCTATAAAGGATTTTCTTTT-TAGAGGTTCGCCACAAAGGC
64 TAAAGAGATTTGCCACAAA-GATTTTCTTTTGTAGAGGTTCACCACAAAGGC
* * *
39397836 TTTCCTTTCACAGGTTCGCAACATAGGCTTTCCTTTAAGAGGTTTGCCATAAAGGCTTTCATTTA
1 TTTCCTTTCACAGGTTCACAACATAGGCTTTCCTTTAAGAGGTTCGCCACAAAGGCTTTCATTTA
* *
39397901 AAGAGATTTGCCACAAAGATTTTCTTTTGTAGAGGTTTACCACAAATGC
66 AAGAGATTTGCCACAAAGATTTTCTTTTGTAGAGGTTCACCACAAAGGC
*
39397950 TTTTCTTT
1 TTTCCTTT
39397958 TCTGAGGTTC
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Matches are distributed among these distances:
113 16 0.16
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TTTCCTTTCACAGGTTCACAACATAGGCTTTCCTTTAAGAGGTTCGCCACAAAGGCTTTCATTTA
AAGAGATTTGCCACAAAGATTTTCTTTTGTAGAGGTTCACCACAAAGGC
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39397850 TTCGCAACAT
** * *
39397860 AGGCTTTCCTTTAAGAGGTTTGCCATAAAGGCTTTCATTTAAAGAGATTTGCCACAAAGATTTTC
1 AGGCTTTCCTTTAAGAGGTTCACCATAAAGGCTTTCATTTAAAGAGATTTGCAACAAAGACTTTC
* * * * * *
39397925 TTTTGTAGAGGTTTACCACAAATGCTTTTCTTTTCTGAGGTTCACCACAAAGGCCTTTCTTGTTA
66 CTTTGTAGAGGTTTACCACAAAGGATTTTCCTTTCAGAGGTTCACCACAAAGACCTTTCTTGTTA
*
39397990 TAGGCTCACCATAA
131 GAGGCTCACCATAA
* * *** * *
39398004 AGGCTTTCCTTTCAA-AGGTTCACCATATAGGCTTTCCTTTGCTGAGATTTTCAACAAAGGCTTT
1 AGGCTTTCCTTT-AAGAGGTTCACCATAAAGGCTTTCATTTAAAGAGATTTGCAACAAAGACTTT
* * * * *
39398068 CCTTTGTAGAGGTTTTCTACAAAGGATTTTCCTTTCAGAGGTTTACCACAAAGACTTTTCTTTTT
65 CCTTTGTAGAGGTTTACCACAAAGGATTTTCCTTTCAGAGGTTCACCACAAAGACCTTTCTTGTT
* *
39398133 AGAGGTTCGCCATAA
130 AGAGGCTCACCATAA
* * * *
39398148 AGGCTTTTCTTTTTAGAGGTTCGCCACAAAGGCTT
1 AGGC-TTTCCTTTAAGAGGTTCACCATAAAGGCTT
39398183 CCCTTTTAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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145 25 0.17
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Consensus pattern (144 bp):
AGGCTTTCCTTTAAGAGGTTCACCATAAAGGCTTTCATTTAAAGAGATTTGCAACAAAGACTTTC
CTTTGTAGAGGTTTACCACAAAGGATTTTCCTTTCAGAGGTTCACCACAAAGACCTTTCTTGTTA
GAGGCTCACCATAA
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39397706 AATTGCCTCC
* * * *
39397716 AAGGTTTTTCTTTTCAGAGGTTCACCACA
1 AAGGCTTTCCTTTTTAGAGGTTCGCCACA
* *
39397745 TAGGC-TTCCATTTTAGAGGTTCGCCACA
1 AAGGCTTTCCTTTTTAGAGGTTCGCCACA
* * * * ** * *
39397773 ATGGCTTTCATTTTTAAAGATTTTCTATA
1 AAGGCTTTCCTTTTTAGAGGTTCGCCACA
* *
39397802 AAGGATTTTCTTTTTAGAGGTTCGCCACA
1 AAGGCTTTCCTTTTTAGAGGTTCGCCACA
* * *
39397831 AAGGCTTTCC-TTTCACAGGTTCGCAACA
1 AAGGCTTTCCTTTTTAGAGGTTCGCCACA
* * * *
39397859 TAGGCTTTCC-TTTAAGAGGTTTGCCATA
1 AAGGCTTTCCTTTTTAGAGGTTCGCCACA
* ** * *
39397887 AAGGCTTTCATTTAAAGAGATTTGCCACA
1 AAGGCTTTCCTTTTTAGAGGTTCGCCACA
* * **
39397916 AA-GATTTTCTTTTGTAGAGGTTTACCACA
1 AAGGCTTTCCTTTT-TAGAGGTTCGCCACA
* * *
39397945 AATGCTTTTCTTTTCT-GAGGTTCACCACA
1 AAGGCTTTCCTTTT-TAGAGGTTCGCCACA
* * * * *
39397974 AAGGCCTTT-CTTGTTATAGGCTCACCATA
1 AAGG-CTTTCCTTTTTAGAGGTTCGCCACA
* * * *
39398003 AAGGCTTTCC-TTTCAAAGGTTCACCATA
1 AAGGCTTTCCTTTTTAGAGGTTCGCCACA
* * * ** *
39398031 TAGGCTTTCCTTTGCT-GAGATTTTCAACA
1 AAGGCTTTCCTTT-TTAGAGGTTCGCCACA
* ** *
39398060 AAGGCTTTCCTTTGTAGAGGTTTTCTACA
1 AAGGCTTTCCTTTTTAGAGGTTCGCCACA
* * **
39398089 AAGGATTTTCC-TTTCAGAGGTTTACCACA
1 AAGG-CTTTCCTTTTTAGAGGTTCGCCACA
* * *
39398118 AAGACTTTTCTTTTTAGAGGTTCGCCATA
1 AAGGCTTTCCTTTTTAGAGGTTCGCCACA
*
39398147 AAGGCTTTTCTTTTTAGAGGTTCGCCACA
1 AAGGCTTTCCTTTTTAGAGGTTCGCCACA
*
39398176 AAGGCTTCCCTTTT
1 AAGGCTTTCCTTTT
39398190 AAATTTTCAC
Statistics
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0.75 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
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AAGGCTTTCCTTTTTAGAGGTTCGCCACA
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39397789 AAGATTTTCT
* * * *
39397799 ATAAAGGATTTTCTTTTTAGAGGTTCGCCACAAAGGCTTTCCTTTCACAGGTTCGCAACATAGGC
1 ATAAAGGCTTTTCTTTTTAGAGGTTCGCCACAAAGGCTTTCCTTTCAAAGGTTCACAATATAGGC
* * * *
39397864 TTTCCTTTAAGAGGTTTGCCATAAAGGCTTTCATTTAAAGAGATTTGCCACAAAGATTTTCTTTT
66 TTTCCTTTAAGAGATTTGCAACAAAGGCTTTCATTTAAAGAGATTTGCCACAAAGATTTTCCTTT
*
39397929 GTAGAGGTTTACCACAAATGCTTTTCTTTTCTGAGGTTCACC
131 GCAGAGGTTTACCACAAATGCTTTTCTTTTCTGAGGTTCACC
* * * * * * * *
39397971 ACAAAGGCCTTTCTTGTTATAGGCTCACCATAAAGGCTTTCCTTTCAAAGGTTCACCATATAGGC
1 ATAAAGGCTTTTCTTTTTAGAGGTTCGCCACAAAGGCTTTCCTTTCAAAGGTTCACAATATAGGC
** * * ** * * *
39398036 TTTCCTTTGCTGAGATTTTCAACAAAGGCTTTCCTTTGTAGAGGTTTTCTACAAAGGATTTTCCT
66 TTTCCTTT-AAGAGATTTGCAACAAAGGCTTTCATTTAAAGAGATTTGCCACAAA-GATTTTCCT
*
39398101 TT-CAGAGGTTTACCACAAA-GACTTTTCTTTT-TAGAGGTTCGCC
129 TTGCAGAGGTTTACCACAAATG-CTTTTCTTTTCT-GAGGTTCACC
*
39398144 ATAAAGGCTTTTCTTTTTAGAGGTTCGCCACAAAGGCTTCCCTTT
1 ATAAAGGCTTTTCTTTTTAGAGGTTCGCCACAAAGGCTTTCCTTT
39398189 TAAATTTTCA
Statistics
Matches: 179, Mismatches: 35, Indels: 7
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
172 63 0.35
173 106 0.59
174 10 0.06
ACGTcount: A:0.25, C:0.21, G:0.18, T:0.37
Consensus pattern (172 bp):
ATAAAGGCTTTTCTTTTTAGAGGTTCGCCACAAAGGCTTTCCTTTCAAAGGTTCACAATATAGGC
TTTCCTTTAAGAGATTTGCAACAAAGGCTTTCATTTAAAGAGATTTGCCACAAAGATTTTCCTTT
GCAGAGGTTTACCACAAATGCTTTTCTTTTCTGAGGTTCACC
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39402028 AAAGGCTTCA
39402038 TTTTTTATGACAGCTTTCCTTTCACATTATGCCACAAAGACATCTCATTTTAGAATTGCCTCCAA
1 TTTTTTATGACAGCTTTCCTTTCACATTATGCCACAAAGACATCTCATTTTAGAATTGCCTCCAA
*
39402103 CGTT-ATTTTTTCAAAGGTTCACCACAAAGGCTTATCTTTTAGAG
66 CATTGATTTTTTCAAAGGTTCACCACAAAGGCTTATCTTTTAGAG
*
39402147 TTTTTTATGATAGCTTTCCTTTCACATTATGCCACAAAGACATCTCATTTTAGAATTGCCTCCAA
1 TTTTTTATGACAGCTTTCCTTTCACATTATGCCACAAAGACATCTCATTTTAGAATTGCCTCCAA
*
39402212 CATTGTTTTTTTCAAAGGTTCACCACAAAGGCTTATCTTTTAGAG
66 CATTGATTTTTTCAAAGGTTCACCACAAAGGCTTATCTTTTAGAG
39402257 GTTTCCCACA
Statistics
Matches: 106, Mismatches: 3, Indels: 1
0.96 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
109 67 0.63
110 39 0.37
ACGTcount: A:0.27, C:0.21, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (110 bp):
TTTTTTATGACAGCTTTCCTTTCACATTATGCCACAAAGACATCTCATTTTAGAATTGCCTCCAA
CATTGATTTTTTCAAAGGTTCACCACAAAGGCTTATCTTTTAGAG
Found at i:39402199 original size:55 final size:55
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Indices: 39402037--39402203 Score: 132
Period size: 55 Copynumber: 3.1 Consensus size: 55
39402027 TAAAGGCTTC
*
39402037 ATTTTTTATGACAGCTTTCCTTTCACATTATGCCACAAAGACATCTCATTTTAGA
1 ATTTTTTATGATAGCTTTCCTTTCACATTATGCCACAAAGACATCTCATTTTAGA
*** * * * * * *
39402092 ATTGCCTCCAACGTTA--TTT--TTTCAAAGGTTCA--CCACAAAGGCTTATC-TTTTAGA
1 ATT---TTTTATGATAGCTTTCCTTTCACA--TT-ATGCCACAAAGACATCTCATTTTAGA
*
39402146 GTTTTTTATGATAGCTTTCCTTTCACATTATGCCACAAAGACATCTCATTTTAGA
1 ATTTTTTATGATAGCTTTCCTTTCACATTATGCCACAAAGACATCTCATTTTAGA
39402201 ATT
1 ATT
39402204 GCCTCCAACA
Statistics
Matches: 78, Mismatches: 21, Indels: 26
0.62 0.17 0.21
Matches are distributed among these distances:
51 5 0.06
52 1 0.01
53 5 0.06
54 27 0.35
55 30 0.38
56 5 0.06
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ACGTcount: A:0.28, C:0.21, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (55 bp):
ATTTTTTATGATAGCTTTCCTTTCACATTATGCCACAAAGACATCTCATTTTAGA
Found at i:39402225 original size:55 final size:55
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Indices: 39402057--39402225 Score: 125
Period size: 55 Copynumber: 3.1 Consensus size: 55
39402047 ACAGCTTTCC
* *
39402057 TTTCACATTATGCCACAAAGACATCTCATTTTAGAATTGCCTCCAACGTT-ATTT
1 TTTCACATTATGCCACAAAGACATCTCATTTTAGAATTGCCTCCAACATTGTTTT
* * * * * * ** ** * *
39402111 TTTCAAAGGTTCA--CCACAAAGGCTTATC-TTTTAGAGTT--TTTTATGATAGCTTTCC
1 TTTCACA--TT-ATGCCACAAAGACATCTCATTTTAGAATTGCCTCCAACATTG-TTT-T
39402166 TTTCACATTATGCCACAAAGACATCTCATTTTAGAATTGCCTCCAACATTGTTTT
1 TTTCACATTATGCCACAAAGACATCTCATTTTAGAATTGCCTCCAACATTGTTTT
39402221 TTTCA
1 TTTCA
39402226 AAGGTTCACC
Statistics
Matches: 78, Mismatches: 26, Indels: 21
0.62 0.21 0.17
Matches are distributed among these distances:
52 4 0.05
53 2 0.03
54 29 0.37
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56 5 0.06
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Consensus pattern (55 bp):
TTTCACATTATGCCACAAAGACATCTCATTTTAGAATTGCCTCCAACATTGTTTT
Found at i:39402253 original size:55 final size:55
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Indices: 39402085--39402255 Score: 129
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39402075 AGACATCTCA
* *
39402085 TTTTAGAATTGCCTCCAACGTT-ATTTTTTCAAAGGTTCACCACAAAGGCTTATC
1 TTTTAGAATTGCCTCCAACATTGTTTTTTTCAAAGGTTCACCACAAAGGCTTATC
* * ** ** * * * * * *
39402139 TTTTAGAGTT--TTTTATGATAGCTTTCCTTTCACA--TT-ATGCCACAAAGACATCTC
1 TTTTAGAATTGCCTCCAACATTG-TTT-TTTTCAAAGGTTCA--CCACAAAGGCTTATC
39402193 ATTTTAGAATTGCCTCCAACATTGTTTTTTTCAAAGGTTCACCACAAAGGCTTATC
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39402249 TTTTAGA
1 TTTTAGA
39402256 GGTTTCCCAC
Statistics
Matches: 80, Mismatches: 26, Indels: 21
0.63 0.20 0.17
Matches are distributed among these distances:
52 4 0.05
53 2 0.03
54 23 0.29
55 28 0.35
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ACGTcount: A:0.27, C:0.20, G:0.12, T:0.40
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TTTTAGAATTGCCTCCAACATTGTTTTTTTCAAAGGTTCACCACAAAGGCTTATC
Found at i:39402265 original size:28 final size:27
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Indices: 39402227--39402655 Score: 274
Period size: 29 Copynumber: 15.2 Consensus size: 27
39402217 TTTTTTTCAA
39402227 AGGTTCACCACAAAGGCTTATCTTTTAG
1 AGGTTCACCACAAAGGCTT-TCTTTTAG
*
39402255 AGGTTTC-CCACATAGGCTTTCCTTTATAG
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* ** * *
39402284 AGATTTTCCACAAAGGGTTTCCTTTCTTG
1 AGGTTCACCACAAAGGCTTT-CTTT-TAG
* *
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1 AGGTTCA-CCACAAAGGC-TTTCT-TTTAG
* * *
39402342 AGGTTCACCATAAAGGCTTTTATTTTCAT
1 AGGTTCACCACAAAGGC-TTTCTTTT-AG
* *
39402371 AGGTTCACCATAAAGGCTTTCCTTTCAG
1 AGGTTCACCACAAAGGCTTT-CTTTTAG
* * *
39402399 AGGTTCGCCATATAGGCTTTCATTTTAG
1 AGGTTCACCACAAAGGCTTTC-TTTTAG
*
39402427 AGGTTCACCACATAGGCTTTCCTTTGTAG
1 AGGTTCACCACAAAGGCTTT-CTTT-TAG
* * *
39402456 AGATT-AGCCAAAAAGGCTTTGCTTTGCAG
1 AGGTTCA-CCACAAAGGCTTT-CTTT-TAG
** *
39402485 AGGTTTTCCATAAAGGCTTTTCTTTTTAG
1 AGGTTCACCACAAAGGC-TTTC-TTTTAG
** * * *
39402514 AGGTTGGCCATAAATGCTTT-TTTTAA
1 AGGTTCACCACAAAGGCTTTCTTTTAG
* * *
39402540 AGGGTCACCGCAAAGGCTTT-TTTTAAA
1 AGGTTCACCACAAAGGCTTTCTTTT-AG
* * *
39402567 AGGTTCGCCACAAAGGCTTTCCTTTCAA
1 AGGTTCACCACAAAGGCTTT-CTTTTAG
*
39402595 AGGTTCGCCACAAAGGCTTTTCTTTTCAG
1 AGGTTCACCACAAAGGC-TTTCTTTT-AG
* *
39402624 AGGTTCGCCACAAAGGCTTTCCTTTAG
1 AGGTTCACCACAAAGGCTTTCTTTTAG
39402651 AGGTT
1 AGGTT
39402656 GGTCACAAAA
Statistics
Matches: 327, Mismatches: 52, Indels: 45
0.77 0.12 0.11
Matches are distributed among these distances:
26 23 0.07
27 28 0.09
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30 12 0.04
ACGTcount: A:0.24, C:0.20, G:0.20, T:0.36
Consensus pattern (27 bp):
AGGTTCACCACAAAGGCTTTCTTTTAG
Found at i:39402497 original size:143 final size:143
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Indices: 39402220--39402643 Score: 362
Period size: 143 Copynumber: 3.0 Consensus size: 143
39402210 AACATTGTTT
* * *
39402220 TTTTCAAAGGTTCACCACAAAGGCTTATCTTTTAGAGGTTTCCCACATAGGCTTTCCTTTATAGA
1 TTTTCAAAGGTTCACCATAAAGGCTT-TCTTTCAGAGGTTTCCCACATAGGCTTTCATTTATAGA
** * * * * * *
39402285 GATTTTCCACAAAGGGTTTCCTTTCTTGAGGTTAGCAACAAATGCTTTTCTGTTTAGAGGTTCAC
65 GATTCACCACAAAGGCTTTCCTTTCTAGAGATTAGCAACAAAGGCTTTGCTGTTCAGAGGTTCAC
39402350 CATAAAGGCTTTTA
130 CATAAAGGCTTTTA
* *
39402364 TTTTCATAGGTTCACCATAAAGGCTTTCCTTTCAGAGG-TTCGCCATATAGGCTTTCATTT-TAG
1 TTTTCAAAGGTTCACCATAAAGGCTTT-CTTTCAGAGGTTTC-CCACATAGGCTTTCATTTATAG
* * *
39402427 AGGTTCACCACATAGGCTTTCCTTTGTAGAGATTAGCCAA-AAAGGCTTTGCT-TTGCAGAGGTT
64 AGATTCACCACAAAGGCTTTCCTTTCTAGAGATTAG-CAACAAAGGCTTTGCTGTT-CAGAGGTT
** *
39402490 TTCCATAAAGGCTTTTC
127 CACCATAAAGGCTTTTA
* * ** * * * * * * * *
39402507 TTTTTAGAGGTTGGCCATAAATGCTTT-TTTTAAAGG-GTCACCGCAAAGGCTTT-TTTTA-AAA
1 TTTTCAAAGGTTCACCATAAAGGCTTTCTTTCAGAGGTTTC-CCACATAGGCTTTCATTTATAGA
* * * * * * * * *
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65 GATTCACCACAAAGGCTTTCCTTTCTAGAGATTAGCAACAAAGGCTTTGCTGTTCAGAGGTTCAC
*
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130 CATAAAGGCTTT
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Statistics
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TTTTCAAAGGTTCACCATAAAGGCTTTCTTTCAGAGGTTTCCCACATAGGCTTTCATTTATAGAG
ATTCACCACAAAGGCTTTCCTTTCTAGAGATTAGCAACAAAGGCTTTGCTGTTCAGAGGTTCACC
ATAAAGGCTTTTA
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* * * * *
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* ** * * * *
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1 TTT-TCAGAGGTTCGCCACAAAGGCTTTCCTTTC-AGAGGTTCA-CCACAAAGGCTTTTC
* * ** * *
39402335 TGTTT-AGAGGTTCACCATAAAGGCTTTTATTTTCATAGGTTCACCATAAAGGC-TTTC
1 T-TTTCAGAGGTTCGCCACAAAGGC-TTTCCTTTCAGAGGTTCACCACAAAGGCTTTTC
* * * * * * *
39402392 CTTTCAGAGGTTCGCCATATAGGCTTTCATTTTAGAGGTTCACCACATAGGCTTTCC
1 TTTTCAGAGGTTCGCCACAAAGGCTTTCCTTTCAGAGGTTCACCACAAAGGCTTTTC
* * * * ** *
39402449 TTTGT-AGAGATTAGCCAAAAAGGCTTTGCTTTGCAGAGGTTTTCCATAAAGGCTTTTC
1 TTT-TCAGAGGTTCGCCACAAAGGCTTTCCTTT-CAGAGGTTCACCACAAAGGCTTTTC
* * * * * * * *
39402507 TTTTTAGAGGTTGGCCATAAATGCTTT--TTTTAAAGGGTCACCGCAAAGGC-TTT-
1 TTTTCAGAGGTTCGCCACAAAGGCTTTCCTTTCAGAGGTTCACCACAAAGGCTTTTC
* * * *
39402560 TTTTAAAAGGTTCGCCACAAAGGCTTTCCTTTCAAAGGTTCGCCACAAAGGCTTTTC
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Statistics
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* * *
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*
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* ** *
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* *
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*
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* * *
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* *** * * *
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* **
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* ** **
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** * *
39404333 TTTTAGAGGTTTTCCACAAAGTCTTTTC
1 TTTTAGAGGTTCACCACAAAGGCTTTCC
* * * *
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* * *
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* *
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* * * * *
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* * * *
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* * * *
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** *
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Statistics
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TTTTAGAGGTTCACCACAAAGGCTTTCC
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39404063 AGGCTTTTAT
* * * *
39404073 TTTTAGAGGTTCGCCACATAGAC-TTTCCTTTGTAGAGAGTT-GCCACAAAGGCTTT-C
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* ** * * *
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* * * *
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* *** * * * **
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* ** ** ** * *
39404302 ATTTGCAGAGGTTTGCCACAAAGGCTTTTATTTTTAGAGGTTTTCCACAAAGTCTTTTC
1 -TTT-TAGAGGTTCACCACAAAGGCTTTTCCTTTTAGAGGTTCACCACAAAGGCTTTCC
* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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** *
39404532 TTTTATGAGGTTTGCCACAACA-AC-TTTCCTTTTAGAGGTTC
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39404573 GCCGTAAAGG
Statistics
Matches: 347, Mismatches: 81, Indels: 31
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Matches are distributed among these distances:
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TTTTAGAGGTTCACCACAAAGGCTTTTCCTTTTAGAGGTTCACCACAAAGGCTTTCC
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39405767 TCGATAAATA
**
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1 AAAAGGGATAGCTTCAACTATCGAATACG
* *
39405806 AAAAGGGATAGCTTCAGCTATCAAATACG
1 AAAAGGGATAGCTTCAACTATCGAATACG
* *
39405835 AAAAGGGATAGCTTCAATTATCGACTACG
1 AAAAGGGATAGCTTCAACTATCGAATACG
* *
39405864 AAAAGGGATAGCTTCAACTATCGATTATG
1 AAAAGGGATAGCTTCAACTATCGAATACG
39405893 AAAAGGGAT
1 AAAAGGGAT
39405902 GGTGATGACC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAAAGGGATAGCTTCAACTATCGAATACG
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Period size: 30 Copynumber: 5.3 Consensus size: 30
39405882 TATCGATTAT
*
39405892 GAAAAGGGATGGTGATGACCATC-AATA-A
1 GAAAAGGGATGGTGACGACCATCAAATATA
39405920 TGAAAAGGGATGGTGACGACCATCAAACTATA
1 -GAAAAGGGATGGTGACGACCATCAAA-TATA
* * *
39405952 G-AAAGGGATGGCT-TCGGCTATCAAAT-TA
1 GAAAAGGGATGG-TGACGACCATCAAATATA
* *
39405980 TGAAAAGGGATGGTGACGGCCATCGAATA-A
1 -GAAAAGGGATGGTGACGACCATCAAATATA
*
39406010 TGAAAAGGGATGGTGATGACCATCAAATAT-
1 -GAAAAGGGATGGTGACGACCATCAAATATA
39406040 GAAAAGGGAT
1 GAAAAGGGAT
39406050 AGCTTTGGCT
Statistics
Matches: 110, Mismatches: 10, Indels: 18
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Matches are distributed among these distances:
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29 35 0.32
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GAAAAGGGATGGTGACGACCATCAAATATA
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Period size: 60 Copynumber: 2.7 Consensus size: 60
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*
39405889 TATGAAAAGGGATGGTGATGACCATC-AATAATGAAAAGGGATGGTGACGACCATCAAAC
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* * * *
39405948 TAT-AGAAAGGGATGGCT--TCGGCTATCAAATTATGAAAAGGGATGGTGACGGCCATCGAA-
1 TATGA-AAAGGGATGG-TGAT-GACCATCAAATTATGAAAAGGGATGGTGACGACCATCAAAC
39406007 TAATGAAAAGGGATGGTGATGACCATCAAA-TATGAAAAGGGAT
1 T-ATGAAAAGGGATGGTGATGACCATCAAATTATGAAAAGGGAT
39406050 AGCTTTGGCT
Statistics
Matches: 87, Mismatches: 7, Indels: 16
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Matches are distributed among these distances:
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TATGAAAAGGGATGGTGATGACCATCAAATTATGAAAAGGGATGGTGACGACCATCAAAC
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Period size: 119 Copynumber: 1.9 Consensus size: 119
39405880 ACTATCGATT
* *
39405890 ATGAAAAGGGATGGTGATGACCATCAATAATGAAAAGGGATGGTGACGACCATCAAACTATAGAA
1 ATGAAAAGGGATGGTGATGACCATCAATAATGAAAAGGGATGCTGACGACCATCAAACTATAAAA
** *
39405955 AGGGATGGCTTCGGCTATCAAATTATGAAAAGGGATGGTGACGGCCATCGAATA
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** * ** *
39406009 ATGAAAAGGGATGGTGATGACCATCAA-ATATGAAAAGGGATAGCT-TTGGCTGTCGAACTATAA
1 ATGAAAAGGGATGGTGATGACCATCAATA-ATGAAAAGGGAT-GCTGACGACCATCAAACTATAA
* * * *
39406072 AAAGGGATAACTTCGGTTATCGATTTGCGAAAAGGGATGG
64 AAAGGGATAACTTCGGCTATCAAATTACGAAAAGGGATGG
39406112 GTTAACCATC
Statistics
Matches: 86, Mismatches: 15, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
118 1 0.01
119 83 0.97
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ATGAAAAGGGATGGTGATGACCATCAATAATGAAAAGGGATGCTGACGACCATCAAACTATAAAA
AGGGATAACTTCGGCTATCAAATTACGAAAAGGGATGGTGACGGCCATCGAATA
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39410057 AAATGAGAGT
* *
39410067 AAAGAATATCCTCTGTGGCAAACTCTGA
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1 AAAGAATAGCCTTTGTGGCAAACTCTGA
* *
39410122 AAAGAATAGCCTTTGTCGCAAACTCTAA
1 AAAGAATAGCCTTTGTGGCAAACTCTGA
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1 AAAG
39410154 GGATGCATTT
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 4, Indels: 2
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AAAGAATAGCCTTTGTGGCAAACTCTGA
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* * *
39410084 GCAAACTCTGAAAAGAATAGC-CTTGTG
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* *
39410111 GCAAACTCTGAAAAGAATAGCCTTTGTC
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1 GCAAACTCTAAAAAG
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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GCAAACTCTAAAAAGAATAGCATTTGTC
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39412049 ATATTAGTTA
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*
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1 A
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Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 3
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Matches are distributed among these distances:
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AAAATAAATAAATATACATATAT
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Period size: 45 Copynumber: 2.7 Consensus size: 44
39413871 TTGTTCATTA
* * *
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* *
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*
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Statistics
Matches: 67, Mismatches: 7, Indels: 4
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AGTCTGCTCCACTGCAATTTCAAGGAGATAAGACTCGCTTTTTG
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39414184 TCGTGGTTTC
* ** * * * * *
39414194 AATCTGCTCCACCGTAATGCCAAAGAGATAGAATTTGCTGCCCACAACTTTAATCCGCTTCGCTT
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* * * ** *
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* * * * *
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*
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* *
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* *
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* * *
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1 AATCTGATCCACTATAATG-CCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACT
* * * * *
39414596 TCAACTATTTCAAGTCTTAACACCAGGGAGATAAGATTTGCTGCCCTCAGCATTACTCTGGTCCG
65 TCAGCTATTTCAAGTCTTAACACCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCG
* * *
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130 CTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTT
*
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1 AATCTGATCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTT
* * * * *
39414766 CAGCTATTTCTAGTCTTAATACC-GGGAAGACAAGATTTGCTGCCCTCTGCTTTAATCTGCTCCG
66 CAGCTATTTCAAGTCTTAACACCAGGG-AGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCG
* *
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* * * * * * * **
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* * *
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GGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACACCAGGGAGA
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*
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* *
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* *
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* * * * * * *
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*
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* * *
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* *
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* *
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* * *
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127 AAGAT
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TTTGCTACAATAC
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* * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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** *
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* * * **
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1 CAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGATTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGA
* *
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* *
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* * * * * *
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1 CAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGATTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGA
* * * *
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66 TAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGA
* * * * *
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** ** * * *
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1 CAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGATTTAATCTGTTCCACTATAATGCCA-AAGAG
* * * * * *
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* * * * ** *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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* *
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* *
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* * * * *
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* * **
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*
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* * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * *
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*
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* * *
39442883 CAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCCACCTTTAAATTTAATCTGTTCCACTATAATGCAAAAGAGA
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* * *
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* *
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131 GATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTG
* * * * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * *
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*
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* * *
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*
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* * * * *
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* *
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* * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * *
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1 CAATGCTAGGGAA-ACAAGATTCGCTACCTTTAGATTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAG
* * * * * *
39443792 ATAGGATTTGCTGCCCACAGCTTTAATCTGCTCCATTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACACTATGG
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* * * *
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* * * * * *
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* *
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* *
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* * *
39444066 CAATACTAGGGAAAGAAGATTTGCTACCTTTATG-TTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAG
1 CAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTA-GATTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAG
* * *
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*
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* * * * * * * *
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* * * **
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* * *
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* *
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* *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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** * * * * * *
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* * * * * *
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* *
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* ** *
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*
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* * * *** *
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* * * *
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* *
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39445535 TAACACCATA
* * * *
39445545 GAGATAAGATTCGCTGCCTTCTGCTTTAATCTGCTCTGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGC
1 GAGATAAGATTCGCTGCCGTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGATAGGGAAACAAGATTCGC
*
39445610 CACCTTTAAATTTAATCTGTTCCACTATAATGCAAAAGAGATAGGATTCACTGTCAACAGCTTTA
66 CACCTTTAAATTTAATCTGTTCCACTATAATGCAAAAGAGATAGGATTCACTGCCAACAGCTTTA
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131 ATCCGCTTCACTTCAGCTATTTCAAGTCTCAACGCCAGGGAGAAAAGACTCGCTGCCCTCTA-CT
* ** *
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195 TTAATCTGCTCCGCTGCAATACTAGGGAAACAAGATTCACTACCTTTAGCATTAATCTGTTCCAC
39445804 TATAATTCCAGG
260 TATAATTCCAGG
* * * *
39445816 GAGATAGGATTCGCTGCCGTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGTAATGATAGGGAAATAAGATTCTC
1 GAGATAAGATTCGCTGCCGTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGATAGGGAAACAAGATTCGC
* ** * * * * *
39445881 TACCTTTAGCTTTTATCTGTTCCTCTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTA
66 CACCTTTAAATTTAATCTGTTCCACTATAATGCAAAAGAGATAGGATTCACTGCCAACAGCTTTA
* * *
39445946 ATCCGCTTCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCTCTACTT
131 ATCCGCTTCACTTCAGCTATTTCAAGTCTCAACGCCAGGGAGAAAAGACTCGCTGCCCTCTACTT
* * *
39446011 TAATCTTCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCACTACCTTTAGCATTGATCTGTTCCACT
196 TAATCTGCTCCGCTGCAATACTAGGGAAACAAGATTCACTACCTTTAGCATTAATCTGTTCCACT
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261 ATAA
39446080 AGCCAAAGCG
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CACCTTTAAATTTAATCTGTTCCACTATAATGCAAAAGAGATAGGATTCACTGCCAACAGCTTTA
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TAATCTGCTCCGCTGCAATACTAGGGAAACAAGATTCACTACCTTTAGCATTAATCTGTTCCACT
ATAATTCCAGG
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* * * * * **
39445708 GCCAGGGAGAAAAGACTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAAT
1 GCCAGGGAGATAGGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAT
* * * * * * * * *
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* * * * *
39445810 TCCAGGGAGATAGGATTCGCTGCCGTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGTAAT
1 GCCAGGGAGATAGGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAT
** * * * * * * * *
39445861 GATAGGGAAATAAGATTCTCTACCTTTAGCTTTTATCTGTTCCTCTATAAT
1 GCCAGGGAGATAGGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAT
** *
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39445949 CGCTTCACTT
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GCCAGGGAGATAGGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAT
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39445191 AAGTCTTAAC
* * ** * *
39445201 GCCAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCTCTCCTTTAATCTGCTCTGCTGCAATGCTAGGGAAACAAG
1 GCCAGGGAGATAGGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGATAGGGAAACAAG
* *
39445266 ATTCGCTACCTTTAGCATTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCGCTACTCATA
66 ATTCGCTACCTTTAGCATTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCGCTACCCACA
*
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131 GCTTCAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGACAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCT
* ** * *
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196 CAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAACGCTAGGAAAACAAGATTCACTACCTTTACCATTAATCTGT
* ** * *
39445461 TCCACTATAATGCCAAA-CAGATAGGATTTGCTGCCCACAGCTTTAATCCACTCCCCTTCAGCTA
261 TCCACTATAAAGCCAAAGC-GATAGGATTCCCTACCCACAGCTTTAATCCACTCCACTTCAGCTA
* * * *
39445525 TTTCAACTCTTAACACCA-TAGAGATAAGATTCGCTGCCTTCTGCTTTAATCTGCTCTGCTGCAA
325 TTTCAACTCTTAACACCAGT-GAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTACTCTGCTACAA
* * *
39445589 TGCTAGGGAAACAAGATTCGCCACCTTTA-AATTTAATCTGTTCCACTATAATGCAAAAGAGATA
389 GGCTAGGGAAACAAGATTCGCCACCTTTAGAA-TTAATCTGATCCACTATAAAGCAAAAGAGATA
*
39445653 GGATTCACTG-TCAACAGCTTTAATCCGCTTCACTTCAGCTATTTCAAGTCTCAACGCCAGGGAG
453 GGATTCACTGTTC-ACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTCAACGCCAGGGAG
* * *
39445717 AAAAGACTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATACTAGGGAAA-GAAGATTTGCTA
517 AAAAGACTCCCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAACACTA-GGAAATCAAGATTTGCTA
*
39445781 CCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAT
581 CCTTTAGCTTTAATATGTTCCACTATAAT
* * * *
39445810 TCCAGGGAGATAGGATTCGCTGCCGTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGTAATGATAGGGAAATAAG
1 GCCAGGGAGATAGGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGATAGGGAAACAAG
* * * * * *
39445875 ATTCTCTACCTTTAGCTTTTATCTGTTCCTCTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACA
66 ATTCGCTACCTTTAGCATTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCGCTACCCACA
* * *
39445940 GCTTTAATCCGCTTCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCT
131 GCTTCAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGACAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCT
* * * * *
39446005 CTA-CTTTAATCTTCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCACTACCTTTAGCATTGATCTG
196 C-AGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAACGCTAGGAAAACAAGATTCACTACCTTTACCATTAATCTG
* * *
39446069 TTCCACTATAAAGCCAAAGCGTTAGGATTCCCTACCCATAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTA
260 TTCCACTATAAAGCCAAAGCGATAGGATTCCCTACCCACAGCTTTAATCCACTCCACTTCAGCTA
* *
39446134 TTTCAAGTCTTAACACTAGTGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTACTCTGCTACAAG
325 TTTCAACTCTTAACACCAGTGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTACTCTGCTACAAG
* * *
39446199 GCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCATTAATCTGATCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGG
390 GCTAGGGAAACAAGATTCGCCACCTTTAGAATTAATCTGATCCACTATAAAGCAAAAGAGATAGG
* * * * * *
39446264 TTTCGCTGTTCATAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGGCAGGGAGATA
455 ATTCACTGTTCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTCAACGCCAGGGAGAAA
* * * *
39446329 AGATTCCCTGCCCTCAGCTTTATTCTGCTCCGTTGCAACGCTAGGAAATCAAGATTTGCTACCTT
520 AGACTCCCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAACACTAGGAAATCAAGATTTGCTACCTT
*
39446394 TTGCTTTAATATGTTCCACTATAAT
585 TAGCTTTAATATGTTCCACTATAAT
*** * * *
39446419 GCCAAATAGATAGGATTTGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCC
1 GCCAGGGAGATAGGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCC
39446462 ATTTCAGCTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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GCCAGGGAGATAGGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGATAGGGAAACAAG
ATTCGCTACCTTTAGCATTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCGCTACCCACA
GCTTCAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGACAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCT
CAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAACGCTAGGAAAACAAGATTCACTACCTTTACCATTAATCTGT
TCCACTATAAAGCCAAAGCGATAGGATTCCCTACCCACAGCTTTAATCCACTCCACTTCAGCTAT
TTCAACTCTTAACACCAGTGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTACTCTGCTACAAGG
CTAGGGAAACAAGATTCGCCACCTTTAGAATTAATCTGATCCACTATAAAGCAAAAGAGATAGGA
TTCACTGTTCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTCAACGCCAGGGAGAAAA
GACTCCCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAACACTAGGAAATCAAGATTTGCTACCTTT
AGCTTTAATATGTTCCACTATAAT
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39445362 GTCTTAACGA
* * *
39445372 CAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGTTGCAACGCTAGGAAAACAAGAT
1 CAGGGAGATAGGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAACGATAGGAAAACAAGAT
* *
39445437 TTGCTACCTTTTCCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAACAGATAGGATTTGCTGCCCACAGC
66 TTGCTACCTTTACCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAACAGATAGGATTCGCTGCCCACAGC
* * * *
39445502 TTTAATCCACTCCCCTTCAGCTATTTCAACTCTTAACACCATAGAGATAAGATTCGCTGCCTTCT
131 TTTAATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAACTCTTAACACCAGAGAGACAAGATTCGCTGCCCTCT
* * *
39445567 GCTTTAATCTGCTCTGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCCACCTTTA-AATTTAATCTGTT
196 ACTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCACCACCTTTAGAA-TTAATCTGTT
* ** *
39445631 CCACTATAATGCAAAAGAGATAGGATTCACTGTCAACAGCTTTAATCCGCTTCACTTCAGCTATT
260 CCACTATAAAGCAAAAGAGATAGGATTCACTACCAACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATT
* * * *
39445696 TCAAGTCTCAACGCCAGGGAGAAAAGACTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATAC
325 TCAAGTCTCAACACCAGGGAGAAAAGACTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTACTCCGCTACAAGAC
* * * * **
39445761 TAGGGAAAGAAGATTTGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATTC
390 TAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCATTAATCTGATCCACTATAAAGC
* * * * *
39445812 CAGGGAGATAGGATTCGCTGCCGTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGTAATGATAGGGAAATAAGAT
1 CAGGGAGATAGGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAACGATAGGAAAACAAGAT
* * * *
39445877 TCT-CTACCTTTAGCTTTTATCTGTTCCTCTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAG
66 T-TGCTACCTTTACCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAACAGATAGGATTCGCTGCCCACAG
* * * * *
39445941 CTTTAATCCGCTTCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCTC
130 CTTTAATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAACTCTTAACACCAGAGAGACAAGATTCGCTGCCCTC
* * * *
39446006 TACTTTAATCTTCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCACTACCTTTAGCATTGATCTGTT
195 TACTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCACCACCTTTAGAATTAATCTGTT
* * * * * *
39446071 CCACTATAAAGCCAAAGCGTTAGGATTCCCTACCCATAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATT
260 CCACTATAAAGCAAAAGAGATAGGATTCACTACCAACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATT
* * * * * * *
39446136 TCAAGTCTTAACACTAGTGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTACTCTGCTACAAGGC
325 TCAAGTCTCAACACCAGGGAGAAAAGACTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTACTCCGCTACAAGAC
39446201 TAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCATTAATCTGATCCACTATAAAGC
390 TAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCATTAATCTGATCCACTATAAAGC
** *
39446252 CAAAGAGATAGGTTTCGCTG
1 CAGGGAGATAGGATTCGCTG
39446272 TTCATAGCTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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441 2 0.01
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CAGGGAGATAGGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAACGATAGGAAAACAAGAT
TTGCTACCTTTACCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAACAGATAGGATTCGCTGCCCACAGC
TTTAATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAACTCTTAACACCAGAGAGACAAGATTCGCTGCCCTCT
ACTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCACCACCTTTAGAATTAATCTGTTC
CACTATAAAGCAAAAGAGATAGGATTCACTACCAACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTT
CAAGTCTCAACACCAGGGAGAAAAGACTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTACTCCGCTACAAGACT
AGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCATTAATCTGATCCACTATAAAGC
Found at i:39446097 original size:169 final size:169
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Indices: 39445811--39447706 Score: 2562
Period size: 169 Copynumber: 11.2 Consensus size: 169
39445801 CACTATAATT
* * * * *
39445811 CCAGGGAGATAGGATTCGCTGCCGTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGTAATGATAGGGAAATAAGA
1 CCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGA
* * *
39445876 TTCTCTACCTTTAGCTTTTATCTGTTCCTCTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAG
66 TTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAG
*
39445941 CTTTAATCCGCTTCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACG
131 CTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACG
* *
39445980 CCAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCTCTA-CTTTAATCTTCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAG
1 CCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTC-AGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAG
* * * * * * * * *
39446044 ATTCACTACCTTTAGCATTGATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGCGTTAGGATTCCCTACCCATA
65 ATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACA
*
39446109 GCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACA
130 GCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACG
* * * * * *
39446149 CTAGTGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTACTCTGCTACAAGGCTAGGGAAACAAGA
1 CCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGA
* * * * ** *
39446214 TTCGCTACCTTTAGCATTAATCTGATCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGTTTCGCTGTTCATAG
66 TTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAG
39446279 CTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACG
131 CTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACG
* * * * *
39446318 GCAGGGAGATAAGATTCCCTGCCCTCAGCTTTATTCTGCTCCGTTGCAACGCTA-GGAAATCAAG
1 CCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAA-CAAG
* * * * *
39446382 ATTTGCTACCTTTTGCTTTAATATGTTCCACTATAATGCCAAATAGATAGGATTTGCTGCCCACA
65 ATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACA
* *
39446447 GCTTTAATCCGCTCCATTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACA
130 GCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACG
* * * *
39446487 CCATGGAGATAAGATTCGCTGCCTTTAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAAGGAAACAAGA
1 CCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGA
* * * *** * *
39446552 TTCACCATCTTTAAAATTAATCTGTTCCACTATAATGCAAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAA
66 TTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAG
* *
39446617 CTTTAATCCGCTTCATTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACG
131 CTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACG
* * * * * *
39446656 CTAGGGAGAGAAGATTCGCTGCCCTTAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCACTACTAGGGAAAGAAGA
1 CCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGA
* *
39446721 TTTGCTACCTTTATCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCATC-
66 TTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCA-CA
* *
39446785 GCTTTAATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACA
130 GCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACG
* * * *
39446825 CCAGGGAGATAAGATTCGTTGCCCACAGCTTTAATCTACTCCGCTGCAATGATAGGGAAACAAGA
1 CCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGA
* * * * *
39446890 TTCTCTACCTTTAGCTTTTATCTGTTCCTCTATAATGCGAAAGAGATAGGATTCACTGCCCACAG
66 TTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAG
* *
39446955 CTGTAATCTGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACG
131 CTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACG
* * * *
39446994 CTAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCTCTA-CTTTAATCAGCTCTGCTGCAATGCTAGGGAAACAAG
1 CCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTC-AGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAG
* * * * * * * *
39447058 ATTCGCTACCTTTAGCATTGATCTCTTCCACTATAAAGCCAAAGCGATAGGATTCCCTACCCATA
65 ATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACA
*
39447123 GCTTTAATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGG
130 GCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAAC-G
* * * * *
39447164 CTAGTGAGATTAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTACTCCGCTGCAAGGCTAGGGAAACAAGA
1 CCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGA
*
39447229 TTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCACTGCCCACAG
66 TTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAG
* * *
39447294 TTTTAATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACA
131 CTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACG
**
39447333 CCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGTGATGCTAGGGAAACAAGA
1 CCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGA
* *
39447398 TTCGCTACCTTTAACTTTAATGTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAG
66 TTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAG
* *
39447463 CTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCCTAACT
131 CTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACG
* * * * * *
39447502 CTAGGGAGACAATATTCACTGCCCTCTA-CTTTAATCTGCTCCGCTGCAACGCTAGGGAAACAAA
1 CCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTC-AGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAG
* * * * * * * *
39447566 ATTCACTACCTTTAGCATTAATCTGTTCTACTATAAAGCCAAAGTGATAGGATTCCCTACCCATA
65 ATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACA
39447631 GCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGT-TTAAACG
130 GCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTT-AACG
* *
39447671 CCAGTGAGATAAGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATC
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39447707 CGCTTCGTTT
Statistics
Matches: 1510, Mismatches: 205, Indels: 24
0.87 0.12 0.01
Matches are distributed among these distances:
168 9 0.01
169 1341 0.89
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Consensus pattern (169 bp):
CCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGA
TTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAG
CTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACG
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Period size: 778 Copynumber: 2.0 Consensus size: 778
39445025 TCTTAACGCT
* * * *
39445035 AGGGAGATAAGATTTGCTGCCATCAGCTTTAATCTACTCTGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATT
1 AGGGAGATAGGATTCGCTGCCATCAGCTTTAATCTACTCCGCTGCAATGATAGGGAAACAAGATT
*
39445100 CGCTACCTTTAGCATTAATCTGTTCCATTATAAAGCCAAAGAGTTAGGATTCGCTGCCCACAGCT
66 CGCTACCTTTAGCATTAATCTGTTCCATTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCT
* *
39445165 TTAATCCGCTCCACTTCATCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCTCTC
131 TTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCTCTA
* *
39445230 CTTTAATCTGCTCTGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCATTAATCTGTTCC
196 CTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCACTACCTTTAGCATTAATCTGTTCC
* *
39445295 ACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCGCTACTCATAGCTTCAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTC
261 ACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCCCTACCCATAGCTTCAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTC
* * *
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* * * *
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* * *
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** * * * ** *
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* * * *
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*** * * ** *
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* * * * * * *
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*
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* * *
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* * * *
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*
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*
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** *
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* *
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* * * * *
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*
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*
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* **
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* * ** * * *
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*
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* *
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* *
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* **
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* *
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* * *
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* * *
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* *
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*
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* * * * *
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* * * *
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*
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* *
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* *
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* * * *
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* * * * *
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** * * * *
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* *
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* ** * *
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*
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* *
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* *
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*
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* * * *
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* * *
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*
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* * * * *
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* * * *
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* * * ** *
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*
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* * * *
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* * **
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* * * *
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* * * *
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*
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* *
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* * * * *
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* *
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* * *
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*
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* * ** ** *
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* *
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* *
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* **
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** * * * *
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* * * * * * *
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* *
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*
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* * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * *
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** * *
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ATTTAAACAATGAA
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* * *
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* *
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*
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* **
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* * *
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* * * ** * *
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* *** *
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* *
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* **
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* * * *
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* * *
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*** * * * ** *
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** * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * * *** *
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** * * * ****
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* * * ** *
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* * *
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* * *
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* * * * *
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*
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* * * * * * *
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* * *
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* * * ** * *
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* * * * *
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* * * *
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* *
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* * *
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*
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* *
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* * * * * *
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* * ***
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* *
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* * * * * * * ** *
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*** * * * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * *
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**
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* * *
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** * *
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* ** * * *
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* * * * **
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* * * *
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** *** * * ****
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* * * * * **
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* * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * ** * *
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* * * ** * *
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* * * * * *
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* *
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* * * * **
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* * * * * *
39451634 TGGGAGATAAGATTCGCTGTCTTCAGCTTTTATCTGCT--TCGTGGAACT-CT-GGAAAACAAGA
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* *
39451695 TTCGCTACCTTTA-CTTTAAATGTGTTCCACTATTAATGTCAAAGAGATAGGA-TCT-CTGCCCA
127 TT-GCTACCTTTAGCTTT-AATCTGTTCCACTA-TAATGCCAAAGAGATAGGATTCTGCTGCCCA
* * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * *
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* * * * * * *** *
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* * * * * ** *
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* * * ** * * *
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129 GCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCTGCTGCCCACAGCT
* * ** * *
39452099 TTAATCCGCTCCACTTC-GATTATTTCAAGTCTTCACGGTAGGGAGATAAGATTTGCTGCCATCA
194 TTAATCCGCTCCACTTCAG-CTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCA
*
39452163 GCTTTAATCTGCTCCGCTACAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCATTAATCTGTTC
258 GCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCATTAATCTGTTC
*
39452228 CATTATAAAGCCAAAG
323 CACTATAAAGCCAAAG
* * *
39452244 AGATAGGATTTGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAACTATTTCAAGTCTTAACGCTAG
1 AGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAG
* * * * ** * *
39452309 GGAGACAAGATTCGCCGCCCACAGATTTAATCTATTCCTCTGCAATGCTAGGGAAAGAAGATATA
66 GGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCTCTGCAATGCTAGGGAAACAAGAT-TG
* ** * * *
39452374 CTACCTTTAGCTTTAATCTTTTCCACTATAAACCCAAAGAAATAGGATTCTG-TACCCACAGTTT
130 CTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCTGCTGCCCACAGCTT
* * * * * *
39452438 TAATCCGCTCCACTTCGGTTATTTCAAGTCTTCACGCTAGGGAGATAAGATTTGCTGCCATCAGC
195 TAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGC
* *
39452503 TTTAATCTGCTCCGCTACAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTATCTTTAGCATTAATCTGTTCCA
260 TTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCATTAATCTGTTCCA
*
39452568 ATATAAAGCCAAAG
325 CTATAAAGCCAAAG
* * * *
39452582 AGATAGGATTTGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAACTATTTCAAGTCTTCACGCTAG
1 AGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAG
* * * * ** * *
39452647 GGAGACAAGATTCGCCGCCCACAGATTTAATCTATTCCTCTGCAATGCTAGGGAAAGAAGATATA
66 GGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCTCTGCAATGCTAGGGAAACAAGAT-TG
* * *
39452712 CTACCTTTAGCTTTAATCAT-TTCCACAATAAATG--AACG-GCAATAGGATTCT-CTACCCACA
130 CTACCTTTAGCTTTAATC-TGTTCCACTAT-AATGCCAAAGAG--ATAGGATTCTGCTGCCCACA
* * * * * * *
39452772 GTTTTAATCCGCTCCACTTCGGTTATTTCAAGTCTTGACGCTAGGGAGATAAGATTTGCTGCCAT
191 GCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCT
** *
39452837 CAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAAAGAAACAAGATTTGCTACCTTTAGCATTAATCTGT
256 CAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCATTAATCTGT
39452902 TCCACTATAAAGCCAAAG
321 TCCACTATAAAGCCAAAG
** * * **
39452920 AGATAGGATTCGCTGCTTATAGCTTCAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGATAG
1 AGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAG
* * *
39452985 GGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTTCGT-TGCAACGCTAGGAAAACAAGATTC
66 GGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGC-TCCTCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATT-
* *
39453049 GCTACCTTTAACTTTAATGTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTC-GCTGCCCACAGCT
129 GCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCTGCTGCCCACAGCT
* * * * *
39453113 TTAATCCGCTTCGCTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGACAAGTTTCGCTGCCCTCGG
194 TTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAG
* ** *** * * *
39453178 CTTTAATCTGCACCGCTGCAACACTAGGGATGTAAGATTCGTTACCTTTAGCTTTAATCTATTCC
259 CTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCATTAATCTGTTCC
* *
39453243 ACTAT-AAG-TATAAA
324 ACTATAAAGCCA-AAG
* * * * *
39453257 AGATAGGATGCGCTTCCCACAGCTTTAATCTGCTTCACTTCAACTATTTCAAGTCTTAACGCCAG
1 AGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAG
* * * * ** * *
39453322 GGAGACAAGATTCGCCGCCCACAGATTTAATCTATTCCTCTGCAATGCTAGGGAAAGAAGATATA
66 GGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCTCTGCAATGCTAGGGAAACAAGAT-TG
* * ** * * *
39453387 CTACCTTTAGATTTAATCTTTTCCACTATAAACCCAAAGAAATAGGATTCT-CTACCCACAGTTT
130 CTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCTGCTGCCCACAGCTT
* * * * * *
39453451 TAATCCGCTCCACTTCGGTTATTTCAAGTCTTCACGCTAGGGAGATAAGATTTGCTGCCATCAGC
195 TAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGC
********************************************
39453516 TTTAATCTGCTCCGCTGCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
260 TTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCATTAATCTGTTCCA
**************
39453581 NNNNNNNNNNNNNN
325 CTATAAAGCCAAAG
*****************************************************************
39453595 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 AGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAG
************************ * * *
39453660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTTTAATCTGCTTCGT-TGCAACGCTAGGAAAACAAGATTC
66 GGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGC-TCCTCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATT-
* *
39453724 GCTACCTTTAACTTTAATGTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTC-GCTGCCCACAGCT
129 GCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCTGCTGCCCACAGCT
* * * * *
39453788 TTAATCCGCTTCGCTTCATCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGACAAGTTTCGCTGCCCTCAG
194 TTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAG
* ** * * * * *
39453853 CTTTAATCTGCACCGCTGCAACACTAGGGATATAAGATTCGTTACCTTTAGCTTTAATCTATTCC
259 CTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCATTAATCTGTTCC
* *
39453918 ACTAT-AAG-TATAAA
324 ACTATAAAGCCA-AAG
* * * * * * * * * *
39453932 AGATAGGATGCGCTTCCCACAACTTTATTCTGCTTCACCTAACCTATTTCAAGTCTTAACCCCAG
1 AGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAG
* * * * ** * *
39453997 GGAGACAAGATTCGCCGCCCACAGATTTAATCTATTCCTCTGCAATGCTAGGGAAAAAAGATATA
66 GGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCTCTGCAATGCTAGGGAAACAAGAT-TG
* * * ** * *
39454062 CTACATTTAGCTTTAATATTTTCCACTATAAACCCAAAGTA-ATTGGATTCT-CTACCCACAGCT
130 CTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAG-AGATAGGATTCTGCTGCCCACAGCT
* * * * * *
39454125 TTAATCAGCTCCACTTCGGTTATTTCAAGTCTTAACGCTAGGGAGATAAGATTTGCTGCCATCAG
194 TTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAG
* *
39454190 CTTTAATCTGCTCCGCTACAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTATCTTTAGCATTAATCTGTTCC
259 CTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCATTAATCTGTTCC
*
39454255 ATTATAAAGCCAAAG
324 ACTATAAAGCCAAAG
**********************************************************
39454270 AGATAGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 AGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAG
*****************************************************************
39454335 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
66 GGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCTCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTGC
*****************************************************************
39454400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
131 TACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCTGCTGCCCACAGCTTT
*****************************************************************
39454465 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
196 AATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCT
********* ** * *
39454530 NNNNNNNNNTCCGCTGCAATGCTAAAGAAACAAGATTTGCTACCTTTGGCATTAATCTGTTCCAC
261 TTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCATTAATCTGTTCCAC
39454595 TATAAAGCCAAAG
326 TATAAAGCCAAAG
* * * **
39454608 AGATAGGATTCGCTGCTCATAGCTTCAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGATAG
1 AGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAG
* * *
39454673 GGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTTCGT-TGCAACGCTAGGAAAACAAGATTT
66 GGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGC-TCCTCTGCAATGCTAGGGAAACAAGA-TT
* ** * * * *
39454737 GCCACCTTTAAATTTAATCTGTTCTACTATAATGCAAAAGAGATAGGATTC-GCTGTCTACAGCT
129 GCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCTGCTGCCCACAGCT
* * ** * * *
39454801 TTAATCTGCTTCACTTCATTTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGAGAAGTTTCACTGCCCTCAG
194 TTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAG
* * * * *
39454866 CTTTAATCTGCTCCGCTGTAATACTAGGGAAAGAAGATTTGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCC
259 CTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCATTAATCTGTTCC
**
39454931 ACTATAATTCCAAAG
324 ACTATAAAGCCAAAG
* * * *
39454946 AGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCTAG-TCCACTTCAGCTATTTAAAGTCTAAACACCA
1 AGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATC-CGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCA
* * * *
39455010 GGGAGATAAGACTCGCTGCCGTCACCTTTAATCTGCT-CTGCTGCAATGATAGGGAAACAAGATT
65 GGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCT-CTGCAATGCTAGGGAAACAAGATT
* * * * * *
39455074 CTCTACCATTAGCTTTTATCTGTTCCTCTATAATGCCAAAAAGATAGGAATC-GCTGCCCACAGC
129 -GCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCTGCTGCCCACAGC
* * * * * * *
39455138 TTTCATCCACTCCAGTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACACTAGGGAGACAAGATTCGCTACCCTCT
193 TTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTC-
* * * *
39455203 A-CGTTAATCTGCTCCGCTAC-ATGATAGGGAAAC-AGATTCGCTACCTTTAGCATTGATCTG-T
257 AGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCATTAATCTGTT
39455264 CCACTATAAAGCCAAAG
322 CCACTATAAAGCCAAAG
* * * *
39455281 CGATAGGATTCCCTACCCATAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAG
1 AGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAG
* * * *
39455346 GGAGAGAAGATTCGCTGCCCTCAGTTTTAATCTGCT-CTGTTGCAATGCTAGGAAAACAAGATTC
66 GGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCT-CTGCAATGCTAGGGAAACAAGATT-
* * * * *
39455410 ACTACCTTTTGCTTTAATCTATTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGAATT-TGCTGCCCACGGCT
129 GCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCTGCTGCCCACAGCT
* * * * *
39455474 TTAATCCGCTCCACTTTCAGCTA-TTCAAGTCTTAACACCATGGACATAAAATTCGCTGCCTTCA
194 TTAATCCGCTCCAC-TTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCA
*
39455538 GCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGG-AAC-AGATTCGCCACCTTTA--ATTTAAT-TGTT
258 GCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCA-TTAATCTGTT
* *
39455598 CCACTATAATGACAAAG
322 CCACTATAAAGCCAAAG
* * *
39455615 AGATAGGATTCGCTACCCACAGCTTTAATCCGCTTCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCTAG
1 AGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAG
* * * * * * *
39455680 AGAGAGAAGTTTCGCTGCCTTCAACTTTAATCTGCTCCGCTGTAATGCTAGGGAAACAAGATTCG
66 GGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCTCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATT-G
* **
39455745 CCACCTTTAAATTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATT-TGCTGCCCACAGCTT
130 CTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCTGCTGCCCACAGCTT
* * * *
39455809 TAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCTAGGGACAGAAGATTCGCTGCCTTCAGC
195 TAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGC
* * * *
39455874 TTTAATCTGCTCTGCTGTAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCCACCTTTA-AATTTAATCTGTTCC
260 TTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCA-TTAATCTGTTCC
* *
39455938 ACTATAATGCCGAAG
324 ACTATAAAGCCAAAG
* *
39455953 AGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTTCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAATGCCAG
1 AGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAG
* * * *
39456018 GGAGAGAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATACTAGGGAAAGAAGATTTG
66 GGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCTCTGCAATGCTAGGGAAACAAGA-TTG
* * * *
39456083 CTACCTTTAGCCTTAATCTGTTCCACTATATTTCCAAAGAGGTAGGATTC-GCTGCCCACAGCTT
130 CTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCTGCTGCCCACAGCTT
* *
39456147 TAATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTAAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGC
195 TAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGC
* * * * * *
39456212 TTTAATCTGCTCCGCTGCAATGATAGGGAAACAAGATTCTCTACCTTTAGCTTTTATCCGTTCCT
260 TTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCATTAATCTGTTCCA
*
39456277 CTATAATGCCAAAG
325 CTATAAAGCCAAAG
* * * *
39456291 AGATAGGATTCGCTGCCCAGAGCTTTAATCTGTTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCTAG
1 AGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAG
* * **
39456356 GGAGACAAGATTCGCTGCCCTCTA-CTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGAAAGGGAAACAAGATTC
66 GGAGATAAGATTCGCTGCCCTC-AGCTTTAATCTGCTCCTCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATT-
* * *
39456420 GCTACCTTTAGCTTTAATCTATTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATGC-GCTGCCCACAGCT
129 GCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCTGCTGCCCACAGCT
* * * * *
39456484 TTAATCCGCTTCACTTTAACTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCACAG
194 TTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAG
* * * ** * *
39456549 ATTTAATCTGCTCCGCTGAAATGCTAGGGAAAGAAGATTTACTACCTTTAGCTTTAATTTGTTCC
259 CTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCATTAATCTGTTCC
*
39456614 ACTATAAACCCAAAG
324 ACTATAAAGCCAAAG
* * * * * * * * *
39456629 AAATAGGATTCTCTACCCACAGCTTTAATCCACTCTACTTCGGTTATTTCAAGTCTTAACGCAAT
1 AGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAG
* * * * * * *
39456694 GGAGATAAGATTTGTTGCCATCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGTAACGCTAAGGGATA-AAGATTC
66 GGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCTCTGCAATGCT-AGGGAAACAAGATT-
** * * * *** **
39456758 GCTACCTTTAAATTTAATCTATTCCACTATAATACCAAAGAGATAGGAATC-GCTGGTAACAATT
129 GCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCTGCTGCCCACAGCT
* * * * *
39456822 TTAATCCGCTCCACTTAATCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGACAAGATTTGCTGCCCTCTG
194 TTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAG
* *
39456887 CTTTCATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGAGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCATTAATCTGTTCC
259 CTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCATTAATCTGTTCC
39456952 ACTATAAAGCCAAAG
324 ACTATAAAGCCAAAG
* * * * * * *
39456967 ATATAGGTTTCGCTGCTCATAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTACTTCAAGTCGTAACGACAG
1 AGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAG
* * * *
39457032 GGAGATAAGAGTCGCTGCCTTCAGCTTTAATCTGCTCCGT-TGCAACGCTAGGAAAACAAGATTC
66 GGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCC-TCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATT-
* *
39457096 TCTACCTTTTGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTC-GCTGCCCACAGCT
129 GCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCTGCTGCCCACAGCT
* * ** * *
39457160 TTAATCCGCTCCACCTCAGCTCTTTCAAGTCTTAA-GACCATAGAGATAATATTCGCTGCCTTCA
194 TTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACG-CCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCA
* * * * *
39457224 ACTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAATATTCGCCACTTTTA-AATTTAATCTGTT
258 GCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCA-TTAATCTGTT
* *
39457288 CCACTATAATGCCAAAT
322 CCACTATAAAGCCAAAG
* * *
39457305 ACATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTTCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAATGCCAG
1 AGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAG
* * * * *
39457370 GGAGAGAAGATTCGCTGCCTTCAGCTTTAATCTGCT-CTGCTGCAATACAAGGGAAAGAAGATTT
66 GGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCT-CTGCAATGCTAGGGAAACAAGA-TT
39457434 GCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTC-GCTGCCCACAGCT
129 GCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCTGCTGCCCACAGCT
* * * * * *
39457498 TTAATCCACTCCACTTAAGCTATTTCAAGTCTGAACACCAGGGAGATAAGATTCGCTACCTTCAG
194 TTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAG
* *
39457563 CTTTAATCTGCTCCGCTGCAATG-TAGGGAAACAAGATTCGCTTCTTTTA-CAGTTAATCTGTTC
259 CTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCA-TTAATCTGTTC
39457626 CACTATAAAGCCAAAG
323 CACTATAAAGCCAAAG
* * * * *
39457642 GGATAGGTTTCGCTGCTCATAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGACAG
1 AGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAG
* * * *
39457707 GGAGATAAGATTCACTGCCCTCAGCTTTAACCTGCTCCGT-TGCAACGCTA-GGAAAAAATGATT
66 GGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCC-TCTGCAATGCTAGGGAAACAA-GATT
* * * * * *
39457770 CGCTACCTTTTA-CTTTTATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGCGATAGGATTC-CCTACCCATAG
129 -GCTACC-TTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCTGCTGCCCACAG
**
39457833 CTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAATGAGATAAGATTCGCTGCCCTC
192 CTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTC
* * *
39457898 GGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAAGGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTT
257 AGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCATTAATCTGTT
* *
39457963 CCACTATAATGCCAAAA
322 CCACTATAAAGCCAAAG
* * * * *
39457980 AGATAGAATTCGGTGCCCACAGCTTTAATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACACTAG
1 AGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAG
* * *
39458045 AGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCGATGCTAGGGAAACAAGATTTG
66 GGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCTCTGCAATGCTAGGGAAACAAGA-TTG
* *
39458110 CTACCTTTAGCTTTAATGTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTC-GCTGCCCGCAGCTT
130 CTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCTGCTGCCCACAGCTT
* * * * * *
39458174 TAATCCCACTCCACTTCAGCTATTTCACGTCTTAACACCAGGGAGATAAGATTCACTGTCCTAAG
195 TAAT-CCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAG
* * * * * *
39458239 CTGTAATCTGCTCTGCTGCGATGCTAGGGAAACAGGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATGTGTTCC
259 CTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCATTAATCTGTTCC
39458304 ACTATAATA-CCAAAG
324 ACTATAA-AGCCAAAG
* * * * * *
39458319 AGATAGTATTCTCTACCCACAGCTTTAATCCACTCCACTTTAGCTATTTCAAGTCTTAACACCAG
1 AGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAG
* * *
39458384 GGAGATAAGATTCGCTGCCCTAAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCGATGCTAGGGAAACAAGATTCG
66 GGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCTCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATT-G
* *
39458449 CTACCTTTAGCTTTAATGTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTC-ACTGCCCACAGCTT
130 CTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCTGCTGCCCACAGCTT
* * * * *
39458513 TAATCCACTCCAGTTCAGCTATTTCTAGTCTTAA-GACCAAGGAGATAAGATTCGCTGCCCTAAG
195 TAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACG-CCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAG
* * * * *
39458577 CTTTAATCTGCTCCGCTGGCGACGCTAGGAAAAACAGGATTCCGCTACCCTTTGGC-TTAAATCT
259 CTTTAATCTGCTCCGCT-GCAATGCTAGG-GAAACAAGATT-CGCTA-CCTTTAGCATT-AATCT
* * *
39458641 GTTGCATCTATAATGCCCAAGG
319 GTTCCA-CTATAAAG-CCAAAG
* * *
39458663 AGATAGGATTGGCTGCCTACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACACCAG
1 AGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAG
** *
39458728 GGAGATAAGATTCGCTGCGTTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCG
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* * * * * **
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* ** * * * *
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* * * * **** *
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* * * * * *
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** * * * * * *
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* * *** * * * * *
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* * * ** *
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* ** *** **
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* * * * * * **
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* * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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257 ATTCGCTACCTTTAGCATTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACA
* * * * ** * * *
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* * * * **
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* * * * *
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* * * ** * ** *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * **
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* ** * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* ** * ** * * *
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* * *
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*
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* * * * *
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* * *
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*
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** * *
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* * * *
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* * * *
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131 ACAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGC
* * ** * **
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1 TCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCC
* * * * * * *
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* * * *
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* * * ** * *
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1 TCCGCTGCAATGCT-AGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGC
* *** ** * *
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* * * * *
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* * *
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1 TCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCC
* * * * * *
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* *
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131 ACAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGC
* * * * *
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1 TCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCC
* *
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66 AAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACG
** * * *
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* * * **
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1 TCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCC
* * * *
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* * *
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131 ACAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGC
* * * * *
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1 TCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCC
* * *
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* *
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131 A-CAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGC
* * * *
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1 TCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGC-TTTAATCTGTTCCACTATAATGC
* * * *
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* *
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* * * * *
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* * * *
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* ** *
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*
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1 TCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCC
* * * *
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*
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* * *
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* * * * *
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* * * * *
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*
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* *
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* * * *
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* *
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* * * * * * *
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* * *
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**
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** *
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* * * * * *
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* * *
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* * * *
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* *
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131 AC-AGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGC
* * *
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* * *
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** * ** * * * *
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* * *
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* *
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* * * *
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* ** *
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* * * *
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* * * * * *
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* ** * *
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* * *
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* *
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* * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * ** *
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* * * *
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* * * * * *
39486522 GCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCATTAATCTGTTGCAGTATAAAGCCAAAGAGATAGG
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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*
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* * * *
39485260 TTTCAAGGCTTAACGGCTAGGGAGACAAGATTCGGCTGCCCCA-CAGATTTAATCTGCTCCGGTG
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* ** * * ** * * *
39485324 AAATGGCTAGGTAAAAGAAGATTTACTGCCTTTAGCTTTTAATTCTGTTCCACAAATAAAACCCA
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*
39485389 AAGAAATAGGGATTCTCTACCCACAGCTTTTGATTCCCGCTTCACTTCGAT-TATTTTCAAGTCT
120 AAGAAATA-GGATTCTCTACCCACAG-TTTT-AAT-CCGCTTCACTTC-ATCTA-TTTCAAGTCT
* *
39485453 TAACGCTAGGGAGACAAGATTCGCTCCCCACAGAATTTGATCTGCTCCGCTGAAATGCTAGGGAA
179 TAACGCTAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCACAG-ATTTAATCTGCTCCGCTG-AATGCTAGGGAA
39485518 AGAAGATTTACTACCTTTA-CAATTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAAATAGGTTTCGCTG
242 AGAAGATTTACTACCTTTAGC-ATTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAAATAGGTTTCGCTG
* * * * *
39485582 CCCACAGCTATAATCTGCTCCACTTCAGCTACTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGC
306 CCCACAGCTTTAATCTGCTCCACTTCAACTATTTCAAGTCTTAACG-CAGAGAGACAAGATTCGC
** * * *
39485647 TG-CCATCAGATTTAATCTAATCTGCTGCAATACTAGGGAAAGAAGATTTGTTAACTTTAGCTTT
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* * *
39485711 AATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGACGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCACTCCACT
432 AATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGA-GATAGGATTCACTACCCACAGCTTTAATCCGCTCCACT
*
39485776 TTAGCTA
496 TCAGCTA
* * * *
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*
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* ** *
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* *
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* * * * * *
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*
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* * * *
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* * * * * *
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*
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* * * *
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* *
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* * * * * * **
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* * * * *
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* * * * * * *
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* *
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* * * * *
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*
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* *
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* *
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* * *
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* * * *
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* * * *
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* *
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* * * *
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* *
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* * * * * *
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** * * *
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* * ** *
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* * * * **
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* * * * *
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581 AACAAGATTCGCTACCTTTAGCATTAATCTATTCCACTATAAACCCAAAGAAATA-GTATTCGCT
* * * *
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* * *
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* * * * ** *
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* * * *
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* * *
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39486859 GNNNNNNNNN
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CACCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATATGCACCGCTGCAACACTAGGGAAACAA
GATTCGCTACCTTTAGCATTAATCTATTCCACTATAAACCCAAAGAAATAGTATTCGCTACCCAC
AGCTTTAATCTGCTCCACTTCAACTA
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* * * * *
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* * * *
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* * *
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*
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* * *
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** * *
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* * *
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*
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*
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* *
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* *
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*
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*
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*
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* * *
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* *
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*
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*
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*
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* * *
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*
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* *
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* * *
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*
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* * *
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* * *
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* *
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*
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*
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* * *
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* * * *
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*
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* * * *
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39520946 NNNNNNNNNN
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* **
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * ** *
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* * ** *
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* * * * * *
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* * * * * *
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*
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* * *
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* * *
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* * * * * * *
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* *
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*
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* ** * * * * ** * *
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*
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* * * *
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* * * * *
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**
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* * * * * **
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* *
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* * * * * **
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*
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* * * *
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* * * * *
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*
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*
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*
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* **
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** * * * * * * *
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* **
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*
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* * * *
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* ** * * *
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* * * * *
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* * *
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*
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* *
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* * * *** * * * **
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* * *** * ** * * *
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* * * * * ** ** * * * * * *
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*** *** * *
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* * * * * * *
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* * * * * * ** * * * ** ***
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* * ** ** ** * *
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* * * * * * * *
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* * * *** * ** * * ** * ****
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**** * * * * *
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** * * * *
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* * * * * ** * * * *
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1 AGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGAT-AGGATTCGCTGCCC
* * * * * ** * *
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* * * * *
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129 CCCTA-AGCTTTAATCTGCTCCGCTGC---GA--T---G-C-T------AGGGAAACAAGATTCG
* * * * * ** * ** * * * * *** *
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177 CT-ACCTTTAGCTTTAATGTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTT
*** * * * *
39527049 TAATGTGCTCCAC-T--G-TA----AAG-C----CA--A-AGAGATAGGTTTCGCTGCTCAT-AG
241 TAATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACACCAGGGAGATAAGATTCGCTG-TCCTAAG
* ** * * * * ** * *
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305 CTGTAATCTGCTCCGC-T--GCGA--T---G-C-T-A-G---G-GAAACAAGATTCACTACCTTT
* * *** ** * * * * *
39527162 AGCTTTAATCTGCTCTGTTGCAACGCTAGGAA-A-ACAAGATTCGCT----AC--CTTT--T--G
354 AGCTTTAATGTGTTCCACTATAATGCCA--AAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCA
* * * * * * * * *
39527215 CT----TTAATCT-TTTCCA--CTATAATGCCAAGGAGATAGGATTTGCTGCCCACAGCTTTAAT
417 CTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCT-TAACGCCAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAAT
* * * * *
39527273 CTGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACACCATGGAGATA
481 CTGCTCCGC-T--GC-A----ATG-C-T------AGGGAAACA
* * * * ** * ** * * *
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1 AGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCA
* * * ** ** * *
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* * * * * * *
39527429 CC-ACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTTTTTCAAGTCTTAACACCATGGAGATAAGATTCGC
130 CCTA-AGCTTTAATCTGCTCCGC-T--GC-----GATG-C-T------AGGGAAACAAGATTCGC
* * * * ** ** * ** * * *
39527493 TGCCTTCAGCTTTAATCTGCTCTGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATT---TG-CCAC--CTTTA
178 TACCTTTAGCTTTAATGTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTA
* * ** ** * * * *
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243 ATCCACTCCACTTCAGCTAT-TTCAAGTCT-TAACACCAGGGAGATAAGATTCGCTGTCCTA-AG
* * * * * * * ** * * *
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305 CTGTAATCTGCTCCGC-T--GCGA--T---G--------CTAGGGAAACAAGATTCACTACCTTT
* * * *** * ** * * * * * *** *
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354 AGCTTTAATGTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCACT
* ** * * ** *
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* * * *
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**** * * * *
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65 ACAGCTTTAATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACACCAGGGAGATAAGATTCGCTGC
* * * * * * *
39527936 CC-ACAGCTCTAATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAAGACTAGGGGAGATAAGATTCG
130 CCTA-AGCTTTAAT---CT--GC-TCCGC----T---G-C-GATG-CTA-GGGAAACAAGATTCG
* * * * * * *** * ** * * * *** *
39528000 CTGCCCTAAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCGATGCTAGGGAAACAAGATTCGCT-TTAATCTGTTC
177 CTACCTTTAGCTTTAATGTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCA-CAG---
39528064 CATTATAATGCCAAAAAGATAGGATTCGCTGCCCAGAGGTTTAATCTGCTCCACTTTCAGCTATT
238 C-TT-TAAT-CC-----------A----CT--CC---------A---------C-TTCAGCTATT
* * *
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264 TCAAGTCTTAACACCAGGGAGAT-AAGATTCGCTGTCCTAAGCT-GTAATCTGCTCCGCTGCGAT
* * *
39528194 GCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTTAATGTGTTCCACTATAATTTCTAAAGAGATA
327 GCTAGGGAAACAAGATTCACTACCTTTAGC-TTTAATGTGTTCCACTATAA-TGCCAAAGAGATA
* * * *
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* * ** * * *
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454 ACAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACA
* * *
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1 AGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCA
* * * *
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66 CAGCTTTAATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACACCAGGGAGATAAGATTCGCT-GC
* * *
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130 CCTAAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCGATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTA-GCTTTAAT
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194 GTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCACTCCACTTCAG
*
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259 CTATTTCAAGTCTTAACACCAGGGAGATAAGATTCGCTGTCCTAAGCTGTAATCTGCTCCGCTGC
* * *
39528702 GATGCTAGGGAAACAGGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATGTGTTCCACTATAATACCAAAGAGAT
324 GATGCTAGGGAAACAAGATTCACTACCTTTAGCTTTAATGTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGAT
* * * * *
39528767 AGTATTCTCTACCCACAGCTTTAATCCACTCCACTTTAGCTATTTCAAGTCTTAACACCAGGGAG
389 AGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAG
* * *
39528832 ATAAGATTCGCTGCCCTAAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCGATGCTAGGGAAACA
454 ACAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACA
* *
39528886 AGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATGTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCACTGCCCA
1 AGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCA
* *
39528951 CAGCTTTAATCCACTCCAGTTCAGCTATTTCAAGTCTTAAGACCAGGGAGATAAGATTCGCTGCC
66 CAGCTTTAATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACACCAGGGAGATAAGATTCGCTGCC
* *
39529016 TTAAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCGAGGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATGT
131 CTAAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCGATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATGT
* * * *
39529081 GTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTTGCTCCCCACAGCTTTAATCCGCTGCACTTCAGCT
196 GTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCACTCCACTTCAGCT
* * *
39529146 ATTTCAAGTCTTAACACCAGGGAGATAAGATTCGATGCCCTAAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCGA
261 ATTTCAAGTCTTAACACCAGGGAGATAAGATTCGCTGTCCTAAGCTGTAATCTGCTCCGCTGCGA
* *
39529211 TGCTAGGGAATCAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATGTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAG
326 TGCTAGGGAAACAAGATTCACTACCTTTAGCTTTAATGTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAG
* * * * * *
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391 GATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGAC
* *
39529341 AAGATTCGCTG-CCT-ACGCTTTAATCTTCTCCGCTGCGATGCTAGGGAAACA
456 AAGATTCGCTGCCCTCA-GCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACA
* * *
39529392 AAATTCGCTACCTTTTGCTTTAATGTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCA
1 AGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCA
*
39529457 CAGCTTTAATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACACCAGGGAGATAAGATTCGCTGTC
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* * *
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131 CTAAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCGATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATGT
* * * * *
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* ** *
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* *
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* * * *
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* * *
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* *
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*
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*
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*
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* * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * *
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** *
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* * *
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*
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*
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* * * *
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* * *
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*
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* *
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* *
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* * * *
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* * *
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* * * *
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*** * *
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* * * ** * *
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*
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* *
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* * *
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* *
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* *
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* *
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* *
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* * *
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* *
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* * * * *
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* * *
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* * * *
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* * *
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* * ** *
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* * * *
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** * *
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*
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* * * *
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*
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* * ** * *
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* * *
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* * * * * *** * * *
39540197 TAACG-C-TAGGGAAACGAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTG-T----TCCA-CTA--T-AA
114 TAAAGCCAAAGAGATA-G-GATTCGCTGCCCACAACTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAA
** * * * * *
39540251 ----T-A--CCAAAGAGATAAGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTC
177 GTCTTAACGCCAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCTCTGCTTTAATCTGCT---C--C-GC---TGC
* * * * *** ** *
39540309 AAGTCTTAGCGCTAGGGAGACAAGATTCGC-AGCCCTCTA-CTATAATCTGCTCTGTTGCAATGC
233 AA----T---GCTAGGGAAACAAGATTCGCTA--CCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGC
* ** * * * *
39540372 TAGGGAGACAAGATTCG--T---A-ACCTTT-A---GCT----TT-A-AT
289 CAAAGAGATAGGATTCGCTTCCCACAGCTTTAATCCGCTACACTTCAGCT
* * ** * * * * *
39540406 ATGTTCCA--CTATAAAGCCAAAGAGA-TAGATTAC-CTGCCCACAACTTTAATCCGCTCCACTG
1 AT-TTCAAGTCT-TAACGCCAGGGAGACAAGATT-CGCTGCCCCCAGCTTTAATCTGCTCCGCTG
* * * * ** *
39540467 CAACTATTTCAAGTCTTAACACCAGGGAGATAACATTCGCTATCCTCT-GCTTTAATCTGCACCG
63 C-A--A--T---G-C-T------AGGGAAACAAGATTCGCTA-CCTTTAGCTTTAATCTGTTCCA
** * * * * * * *
39540531 CTGCAATG-CAAGGGAAACAAGATTCGCT----AC--CTTT-A---GCT----TT-A-ATTTGTT
111 CTATAAAGCCAA-AGAGATAGGATTCGCTGCCCACAACTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTAT-TT
* * ** * * * * * *
39540579 CCA--CTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTACCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTA
174 CAAGTCT-TAACGCCAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCTCTGCTTTAATCTGCT---C--C-GC--
* * * * * ** *
39540642 TTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGACAAGATTCGCT-CCTCT-GCTTTAATCTGCTCCACTGCAAT
230 --T---G-C--AATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAA
* ** * * * * *** * * *
39540705 GCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCATTAATCTG-T----TCCA-CT
287 GCCAAAGAGATAGGATTCGCTTCCCACAGCTTTAATCCGCTACACTTCAGCT
* * * * * * *
39540751 A--TAAAGGC--AA----A--GAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTACTTTTTAG
1 ATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCCCAGCTTTAATCTGCT-C-----CG
* * * * * *
39540806 CTATTTCAA-GTCTTCACACCAGGGAGACAAGATTTGCTGCCCTCT-GCTTTAATCTGTTCCGCT
60 C---TGCAATG-C-T------AGGGAAACAAGATTCGCT-ACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACT
** * * ** * * * * *
39540869 GCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCT----AC--CTTT-A---GCT----TT-A-ATATGTTCCA
113 ATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAACTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTAT-TTCAA
* ** * * * * * * * *
39540918 --CTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCACTTCTCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTT
177 GTCT-TAACGCCAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCTCTGCTTTAATCTGCT---C--C-GC----T
* * * * * * ** * * * *
39540981 CAAGTCTTAATGCCAAGGAGACAAGATTCGTTGCCCTCT-GCACTAATCTGCTCCGCTACAATGC
231 ---G-C--AATGCTAGGGAAACAAGATTCGCT-ACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGC
* ** * * * * *** * * * * *
39541045 TAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAGAGCC
289 CAAAGAGATAGGATTCGCTTCCCACAGCTTTAATCCGCTACACT-T-CAGCT
** * ** * * * * *** * ** *
39541097 AAATCGGTAGGATTCACTTCC-----CAC-AGCTTTAAT-CCACTCCA-CTTCAA-CTATTTCAA
1 ATTTC--AAGTCTTAAC-GCCAGGGAGACAAGATTCGCTGCC-C-CCAGCTTTAATCT-GCTC-C
* * * * * * ** * * ** * * *
39541153 GTCT-TAACGCCAGTGAGATAAGATTCGCTACCCCTAGCTTTAATATGCTCCACTGCAACGCTAG
59 G-CTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAA
* * * * *** * * * *
39541217 GGAGACAAGATTCGCTACCGTTAGCTTTAATCTGTTCCAC-T-A--TA-AT-AA-----AA----
123 AGAGATAGGATTCGCTGCCCACAACTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCC
** * * * * * * *
39541267 A-AAAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTGAATCTGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAGCG
188 AGGGAGACAAGATTCGCTGCCCTCTGCTTTAATCTGCTCCGC-T--GC-A----ATG-C-TA---
* * * * * *** ** * * ** * * *
39541331 CCCGGGAGACATGATTCGC-AGCCCTCTA-CTATAATCTGCTCTGTTGCAATGCTAGGGAAACAA
240 ---GGGAAACAAGATTCGCTA--CCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAG
*
39541394 GATTCGC-T---AC--CTTT-A---GCT--A--T-A-AT
300 GATTCGCTTCCCACAGCTTTAATCCGCTACACTTCAGCT
* * * ** * * * * * *
39541417 ATGTGCCA--CTATAAAGCCAAAGAGA-TAGATTAGCTGCCCACAACTTTAATCCGCTCCACTTC
1 AT-TTCAAGTCT-TAACGCCAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCCCAGCTTTAATCTGCTCCGC-T-
* * * * * * **
39541479 AGCTATTTCAAGTCTTAACAACAGGGAGATAAGATTCGC-AGCCCTCTA-CTATAATCTGCTCTG
62 -GC-A----ATG-C-T------AGGGAAACAAGATTCGCTA--CCTTTAGCTTTAATCTGTTCCA
* ** * * ** * * * *** * * *
39541542 TTGCAATGCTAGGGAAACAGGATTCGCTACCTTTAGCTTTAAT---CT-GA-TCCA-CTA--T-A
111 CTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAACTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCA
** * * * * * *
39541598 A----T---GCCAAAGAGATAGGATTCACTGCCCACAGCTTTAATC-GCTCCACTTCAGCTATTT
176 AGTCTTAACGCCAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCTCTGCTTTAATCTGCT---C--C-GC---TG
* * * * * * * *
39541655 CGAGTATTAACGCTAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGGTCCGCTGTAACA-C
232 C-A--A-T---GCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAA-AGC
* ** * * * * * *** ** *
39541719 TAGGGAAACAAGATTTGCTACCTTTAGCTTTAATATG-T----TCCA-CT
289 CAAAGAGATAGGATTCGCTTCCCACAGCTTTAATCCGCTACACTTCAGCT
** *** * ** *
39541763 A--T--AG---T---GCCAAAGAGATTGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCACTCCACTTTTG
1 ATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCCCAGCTTTAATCTGCTCCGC---TG
* * * * * * * * * *
39541818 CTATTTCAAGTCTTAACACCAGGGAGACAAGATTCGCTGTCGTGT-GCATTAATGTGCTCCGCTG
63 C-A----ATG-C-T------AGGGAAACAAGATTCGCT-ACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTA
* * ** * * * * *** * ** * * * ****
39541882 CAATA-CTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATATGATCCACTCTAATGCCAAAGAG
114 TAA-AGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAACTTTAATCCGCTCCACT-TCA-G-CTATTTC
* * * * *
39541946 ATAGGATTCGTT--C-CCA--CA-ACATTA-ATACGCAT-CACATCAGC--T-AT-T--TCAAGT
175 A-A-G--TC-TTAACGCCAGGGAGACA--AGATTCGC-TGC-CCTCTGCTTTAATCTGCTC-CG-
* * * * * ** * *
39541997 CT-TAAAG-TCAGGGAGAA-AAGATTCGCTACCCTCAGCTTTAATCTGCTTCGA-TGCAATGCTA
229 CTGCAATGCT-AGGGA-AACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTG-TTCCACTATAAAGCCA
** * * * * *
39542058 GGGAAACCA-TATTCGC-T---AC--CTTT-A---GCT----TTAATCT
291 AAGAGA-TAGGATTCGCTTCCCACAGCTTTAATCCGCTACACTTCAGCT
* ** * * ** *
39542092 ATTTC-A--CTATAATGCCAAAGAGA-TAGATGTCGCTACCCATAGCTTTAATCCGCTCCACAAC
1 ATTTCAAGTCT-TAACGCCAGGGAGACAAGAT-TCGCTGCCCCCAGCTTTAATCTGCT---C--C
* * * * * * * *
39542153 AGCTATTTCAAGTCTTAACGCTAAGGAGACTAGATTCAG-TACCCTCT-GCTTTAATTTGCTCCG
59 -GC----T---G-C--AATGCTAGGGAAACAAGATTC-GCTA-CCTTTAGCTTTAATCTGTTCCA
** * * ** * * * * *** * * *
39542216 CTGCAATGCTAGCGAAAGAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCAC-T-A--TA----A
111 CTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAACTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCA
* * * * * * * *
39542273 AG-C-CAA----A--GAGATAGGATTCGCTTCCCACAGCTTTAATCCACTCCATTTCAGCTATTT
176 AGTCTTAACGCCAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCTCTGCTTTAAT---CTGC---TCCGC-----
* * * * * * * * ** *
39542330 TAAGTCTTAACGCAAGGGAGATAAGATTTGCTGCCCTCT-GCTTTAATCTGCTCTGCTATAACG-
230 T--G-C--AATGCTAGGGAAACAAGATTCGCT-ACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGC
* * * * *** * *
39542393 C-TAGGGAAACGAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTG-T----TCCA-CT
289 CAAAGAGATA-G-GATTCGCTTCCCACAGCTTTAATCCGCTACACTTCAGCT
** * * *
39542438 A--T-AA----T---GCCAAAGAGATAAGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTTCACTTCCG
1 ATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCCCAGCTTTAAT---C-T-GC-TCCG
* * * * ** ** **
39542493 CTATTTCAGGTCTTAGTGCCAGGGAGACAAGATTCGC-AGCCCTCTA-CCATAATCTGCGCCGTT
60 C----T---G-C--AATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTA--CCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACT
** * * ** * * * *
39542556 GCAATGCTAGGGAGACAAGATTCGCT----AC--CTTT-A---GCT----TT-A-ATATGTTCCA
113 ATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAACTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTAT-TTCAA
* ** * * * * * * *
39542605 --CTATAAAGCCAAAGAGA-TAGATCCGCTGCCCACAGCTTTAATCCACTCCACTTCAGCTATTT
177 GTCT-TAACGCCAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCTCTGCTTTAAT---CT--GC-TCCGC---TG
* * * ** * * ** *
39542667 CAAGTCTTAGCTCCAGGGAGACAAGATTCGC-AGCCCTCTA-CTATAATCTACTACATTGCAATG
232 CAA----T-GCT--AGGGAAACAAGATTCGCTA--CCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAG
* ** * * * *** ** *
39542730 CGAGGGAGACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATATG-T----TCCA-CT
288 CCAAAGAGATAGGATTCGCTTCCCACAGCTTTAATCCGCTACACTTCAGCT
* * * * * *
39542775 A--TAAAG-C-TAA----A--GAGA-TAGATTCG-TAGCCCTCTA-CTATAATCTGCTCTGTTGC
1 ATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGACAAGATTCGCT-GCCC-CCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGC
* *
39542827 AAT-CTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGATCCACTATAATGCCAAAGAGAT
64 AATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGAT
* * *
39542891 AGGATTCGTTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTATTAACGCCAGGGAG
129 AGGATTCGCTGCCCACAACTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAG
* * * * * **
39542956 ATAAGATTCCCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGAAACGCTAGGGGTACAAGATTCGCTAC
194 ACAAGATTCGCTGCCCTCTGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTAC
* * * * *
39543021 CTTTAGCTTTAATATGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATTGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATT
259 CTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCGCTTCCCACAGCTTTAATC
* * **
39543086 CGTTCCACTTTTGCT
324 CGCTACACTTCAGCT
* * * ** * *
39543101 ATTTCAAGTCTTAACACCAGGGAGACAAGATTCACTGTCGTCTGCATTAATCTGCTCCGCTGCAA
1 ATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCCCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAA
* * * * * *
39543166 TACTAGGGAAACAACATTCGCTACCTTTAGCTTTAATATGTTCCACTCTGATGCCAAAGAGATAG
66 TGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAG
* * * * * * * *
39543231 GTTTCGTTGCCCA-GAGTATTAATCCG-TATCACATAAGCTATTTCAAGTCTTAAAGCCAGGGAG
131 GATTCGCTGCCCACAACT-TTAATCCGCT-CCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAG
* * * * * * * * * *
39543294 AAAAGAGTCACTACCCTCAGCTTTAATCTGTTTCGATGCAATGCTAGGGAAACCATATTCGCTAC
194 ACAAGATTCGCTGCCCTCTGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTAC
* * * * * *
39543359 CTTTAGCTTTAATCTATTTCACTATAATGTCAAAGAGATA-GATGTCGCTACCCATAGCTTTAAT
259 CTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGAT-TCGCTTCCCACAGCTTTAAT
* *
39543423 CCGCTCCACATCAGCT
323 CCGCTACACTTCAGCT
* * * * * * * *
39543439 ATTTCAAGTCTTAACGCTAGGGAGACTAGATTCAG-TACCCTCTGCATTAATTTGCTTCGCTGCA
1 ATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGACAAGATTC-GCTGCCCCCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCA
* * *
39543503 ATGTTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCCGTTCCGCTATAAAGCCAAAGAGATA
65 ATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATA
* * * * * * * *
39543568 GGATTCACTTCCCACAGCTTTAATCCACTCCATTTCAGCTATTTTAAGTCTTAATGCAAGGGAGA
130 GGATTCGCTGCCCACAACTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGA
* * ** *
39543633 TAAGATTCGCTGCCCTCTGCTTTAATCTACTCCGCTATAATGCTAGGGAAACGAGATTCGCTACC
195 CAAGATTCGCTGCCCTCTGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACC
* * * * **
39543698 TTTAGCTTTAATCTGTTCCCCTATAATGCCAAAGAGATAAGATTCGCTGCCCGTAGCTTTAATCC
260 TTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCGCTTCCCACAGCTTTAATCC
*
39543763 GCTCCACTTCAGCT
325 GCTACACTTCAGCT
* * ** * * *
39543777 ATTTCAAGTCTTAGCGCCAGGGAGACAAGATTCACAACCCTCTA-CTATAATCTGCTCGGCTGCA
1 ATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGACAAGATTCGCTGCCC-CCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCA
* * * *
39543841 A-ACTAGGGAAACAAAATTCACTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATA
65 ATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATA
* * * * *
39543905 GGATTCGCTGGCCACAGCTTTAATCCACTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACACCAAGGAGA
130 GGATTCGCTGCCCACAACTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGA
* * ** * * *
39543970 TAAGATTCGCTGTCCTAAGCTGTAATTTGCTCCGCTGCGATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACC
195 CAAGATTCGCTGCCCTCTGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACC
*
39544035 TTTAGCTTTAATCTCTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCG-TTGCCCACCA-CTTTAAT
260 TTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCGCTT-CCCA-CAGCTTTAAT
* * *
39544098 CCACTCCACTTCAGGT
323 CCGCTACACTTCAGCT
* * * *
39544114 ATTT-AAGGTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGATCCGCTGTA
1 ATTTCAA-GTCTTAACGCCAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCCCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCA
* * * *
39544178 ACGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCGTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATT
65 ATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATA
* * *
39544243 GGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTTAGCTATTTCAAGTCTTAACACCAGGGAGA
130 GGATTCGCTGCCCACAACTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGA
* * * * *
39544308 CAAGATTCGCTGCCCTTTACTATAATCTACTCCGTTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGGC-AC
195 CAAGATTCGCTGCCCTCTGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTC-GCTAC
* * * * *
39544372 CTTTAGCTTTAATCTATTCCACTATAGAGCCAAATAGATAGGATTCACTTCCCATAGCTTTAATC
259 CTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCGCTTCCCACAGCTTTAATC
* * *
39544437 CACTGCACTTCAACT
324 CGCTACACTTCAGCT
** * * *
39544452 ATTTCAAGTCTTAACGCCAGTAAGATAAGATTCGCTGCCCCCAGCTTTAATCTGCTCCACTACAA
1 ATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCCCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAA
* * *
39544517 CGCTAGGGAGACAAGATTTGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAG
66 TGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAG
* * * * * *
39544582 GATTCGCTGCCCACAGC-ATGATCTGCTACACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAGCGCCAGGGAGAC
131 GATTCGCTGCCCACAACTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGAC
* * * * *
39544646 AAGATTCGCAGCCCTCTACTATAATCT-CTCTGTTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCT
196 AAGATTCGCTGCCCTCTGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCT
* * * * *
39544710 TTAGCTTTAATCTGATGCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTTGCTGCCCACAGCTTTAATCCG
261 TTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCGCTTCCCACAGCTTTAATCCG
*
39544775 CTCCACTTCAGCT
326 CTACACTTCAGCT
* * * * *
39544788 ATTTCAAGTATTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTGATCTGCTCCGCTGTAA
1 ATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCCCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAA
** * * *
39544853 CCCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATATGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATTG
66 TGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAG
* * ** * *
39544918 GATTCGCTTCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTTTGCTTTTTCAAGTCTTAACACCAGGGAGAC
131 GATTCGCTGCCCACAACTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGAC
* * ** * *
39544983 AAGATTCGCTGTCGTCTGCACTAATCTGCTCCGCTGCAATACTAGGGAAACAACATTCGCTACCT
196 AAGATTCGCTGCCCTCTGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCT
* ** * * * *
39545048 TTAGCTTTAATATGTTCCACTCCAATGCCAACGAGATAGGATTCG-TTGCCCAGAGCATTAATCC
261 TTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCGCTT-CCCACAGCTTTAATCC
* *
39545112 G-TATCACATAAGCT
325 GCTA-CACTTCAGCT
* * * * * *
39545126 ATTTCAAGTCTTAGCACCAGGGAGACAAGATTCGCAGCCCTCTA-CTATAATCTGCTCCGTTGCA
1 ATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGACAAGATTCGCTGCCC-CCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCA
** *
39545190 ATGCTAGGGCGACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATATGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATA
65 ATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATA
*
39545255 -GATTCGCTGCCCACAACTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACACCAGGGAGA
130 GGATTCGCTGCCCACAACTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGA
* * * * *
39545319 TAAGATTTGCTGCCCTCTACTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCAAGGGAAACAAGATTTGCTACC
195 CAAGATTCGCTGCCCTCTGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACC
* * * * * * **
39545384 TTTAGCTTTAATCTGTTCCACCATAATGCCAAAGAGATAGGACTCACTGCCCGCAGCTTTAATTT
260 TTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCGCTTCCCACAGCTTTAATCC
* * *
39545449 TCTCCTCTTCAGCT
325 GCTACACTTCAGCT
* * * * * * ** *
39545463 ACTTCAAGTCTCAACGCCAGGGAAATAAGATTTGCTGCCCTCAGGATTAATCTGCTCCGCTGTAA
1 ATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCCCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAA
* * *
39545528 TGCTAGGGAAACAAGATTCGATACCTTTAGCTTTAATCTGATCCACTATAACGCCAAAGAGATAG
66 TGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAG
* * * ** *
39545593 GATTCGCTGCCCATAGCTTTAATCAGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACAACAGGGAGAT
131 GATTCGCTGCCCACAACTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGAC
* * *
39545658 AAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTCATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCCCTACCT
196 AAGATTCGCTGCCCTCTGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCT
* *
39545723 TTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTACCCACAGCTTTAATCCG
261 TTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCGCTTCCCACAGCTTTAATCCG
*
39545788 CTCCACTTCAGCT
326 CTACACTTCAGCT
* * * * * * * *
39545801 ATTTTAAGTTTTAGCGCCAGGGAGACAAGATTCGCAGCCCTCTA-CTATAATCTACTCCGTTGCA
1 ATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGACAAGATTCGCTGCCC-CCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCA
*
39545865 ATGCTAGGGAAACTAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATA
65 ATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATA
* * * * **
39545930 GGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCACTCCACTTCAACTATTTCAAGTCTTAGCGCCACAGAGA
130 GGATTCGCTGCCCACAACTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGA
* *
39545995 CAAGATTCGCTGCCCTCTGCTTTAATCTGCTCTGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACT
195 CAAGATTCGCTGCCCTCTGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACC
* *
39546060 TTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCGGTTCCCACAGCTTTAACCC
260 TTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCGCTTCCCACAGCTTTAATCC
*
39546125 GCTCCACTTCAGCT
325 GCTACACTTCAGCT
* * * * ** *
39546139 ATTTCAAGTCATAACGCCAGAGAGATAAGATCCGCAACCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAA
1 ATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCCCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAA
* * *
39546204 TGCTAGCGAAACAAGATTCGCTACCATTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATA-CAAAAGAGATA
66 TGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAA-AGCCAAAGAGATA
* * * *
39546268 GGATTCAG-TGCCTA-AAGCTTTAATCCGTTCCACTTCAGCTATTTCATGTCTTAACGCTAGGGA
130 GGATTC-GCTGCCCACAA-CTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGA
* * * * * *
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** * * * * * *
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Done.