genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 ID=Chr10-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62175169

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  30  of  202  ( 24201 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8719807--8719852	20	2.2	20	92	3	74	73	13	0	13	1.09
8720986--8721059	27	2.7	27	93	2	121	43	10	1	44	1.47
8721045--8721079	18	2.1	16	89	10	52	74	11	0	14	1.08
8721222--8721346	4	30.5	4	74	18	89	66	0	32	0	0.98
8721223--8721352	22	6.2	21	74	18	103	65	0	33	0	0.98
8721217--8721332	26	4.7	26	77	13	118	66	0	32	0	0.98
8721275--8721367	33	3.0	29	71	20	89	66	0	33	0	0.92
8721251--8721396	63	2.3	65	83	9	192	65	0	34	0	0.93
8721274--8721367	21	4.4	21	78	18	88	67	0	32	0	0.91
8721245--8721388	41	3.6	41	75	18	119	65	0	34	0	0.93
8731025--8731129	26	3.2	36	67	25	99	51	10	0	37	1.43
8731277--8731353	3	25.7	3	100	0	154	67	32	0	0	0.91
8731352--8731392	3	13.3	3	89	5	64	63	4	0	31	1.15
8731607--8731682	27	2.8	27	85	0	107	15	28	28	26	1.96
8731746--8731817	28	2.6	29	91	4	112	45	1	12	40	1.50
8738026--8738059	16	2.1	17	88	5	52	58	0	0	41	0.98
8738181--8738210	15	1.9	15	93	6	51	23	0	0	76	0.78
8744225--8744263	15	2.6	15	91	0	60	71	7	7	12	1.29
8745603--8745636	17	2.0	17	94	0	59	55	0	8	35	1.31
8749830--8749865	18	2.1	17	89	5	54	72	2	25	0	0.98
8750360--8750422	17	3.8	16	75	19	58	63	1	1	33	1.13
8754807--8754836	14	2.2	14	94	5	53	60	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8754845--8754893	22	2.3	22	89	6	75	38	10	4	46	1.57
8756355--8756423	11	6.5	10	74	14	59	53	0	2	43	1.15
8756336--8756413	31	2.4	32	87	10	113	55	0	2	42	1.13
8756354--8756441	42	2.1	43	93	6	153	55	0	3	40	1.16
8759605--8759638	17	2.0	17	94	0	59	52	8	11	26	1.67
8762251--8762773	176	3.0	176	88	1	751	45	8	14	30	1.76
8770332--8770405	13	5.7	13	90	0	121	37	31	8	22	1.84
8770914--8771006	32	2.9	32	98	0	177	51	17	3	27	1.60
8770915--8771033	32	4.0	27	89	7	87	52	17	3	26	1.61
8770912--8771051	59	2.3	62	82	8	180	52	17	2	27	1.59
8771115--8771271	80	2.0	80	98	0	305	45	24	3	25	1.70
8772612--8772723	34	2.9	41	79	17	157	33	8	8	50	1.63
8774173--8774200	6	4.7	6	100	0	56	32	0	0	67	0.91
8781244--8781281	18	2.1	19	85	9	53	47	5	0	47	1.24
8790924--8790963	21	2.0	21	85	14	57	40	22	7	30	1.81
8801650--8801728	13	6.1	13	77	5	88	27	7	24	40	1.82
8810132--8810200	21	3.3	21	75	0	66	40	17	21	20	1.91
8810147--8810233	21	4.1	21	76	8	61	44	16	20	18	1.86
8810305--8810400	24	4.0	24	91	0	156	22	28	8	40	1.83
8812997--8813187	51	3.8	50	83	4	224	32	27	14	25	1.95
8812997--8813185	101	1.9	100	86	6	274	32	27	14	25	1.94
8816025--8816178	44	3.5	44	91	0	254	30	20	15	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8819558--8819641	6	14.0	6	80	0	78	44	35	19	1	1.58
8832581--8832628	22	2.2	22	85	3	62	66	2	0	31	1.03
8833407--8833444	17	2.2	17	100	0	76	50	0	23	26	1.50
8849339--8849399	11	5.6	10	88	5	59	24	29	0	45	1.53
8849343--8849396	11	4.9	11	85	14	67	25	31	0	42	1.55
8849425--8849471	24	2.0	24	86	0	67	34	0	2	63	1.06
8850537--8850706	52	3.2	52	68	15	166	35	12	14	37	1.84
8850520--8850736	108	2.0	108	100	0	434	36	11	15	35	1.85
8851324--8851361	18	2.1	18	90	0	58	21	26	10	42	1.85
8851785--8852003	49	4.5	49	96	0	393	43	3	8	44	1.51
8854834--8855042	106	2.0	105	90	0	328	33	16	11	37	1.86
8854939--8855191	125	2.0	125	91	0	407	29	18	16	35	1.93
8855884--8855924	16	2.5	17	76	15	50	48	0	0	51	1.00
8871355--8871409	18	3.1	17	89	10	83	29	1	69	0	0.99
8871355--8871409	6	9.2	6	78	7	58	29	1	69	0	0.99
8873026--8873081	19	2.8	19	89	5	85	41	10	12	35	1.78
8873276--8873314	19	2.0	21	85	10	55	17	10	5	66	1.39
8873539--8873581	3	14.3	3	85	9	61	32	0	0	67	0.91
8873523--8873580	15	3.7	15	76	13	55	31	0	1	67	1.01
8873845--8873956	51	2.2	52	80	6	131	30	6	8	55	1.54
8878632--8878683	10	4.8	11	83	11	63	82	0	17	0	0.66
8878637--8878682	15	2.9	16	90	6	76	80	0	19	0	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8878632--8878683	6	9.7	6	78	17	53	82	0	17	0	0.66
8878633--8878690	11	5.5	11	76	15	50	79	1	18	0	0.82
8879927--8880417	132	3.8	131	85	5	636	31	20	23	24	1.98
8880379--8880756	44	8.8	43	75	10	238	27	21	23	27	1.99
8880423--8880748	173	1.9	173	80	8	387	26	21	23	28	1.99
8880368--8880795	217	2.0	217	96	0	784	27	20	23	27	1.99
8880469--8880812	44	8.0	43	75	14	171	29	21	22	27	1.99
8881149--8881212	19	3.3	19	89	8	101	39	9	14	37	1.78
8881150--8881225	21	3.7	21	91	3	111	42	9	11	36	1.74
8881682--8881720	3	13.3	3	84	15	55	33	0	0	66	0.92
8881666--8881720	23	2.3	23	84	9	67	30	0	1	67	1.01
8881682--8881720	11	3.4	11	89	7	51	33	0	0	66	0.92
8891792--8891829	13	2.9	14	88	11	55	73	0	26	0	0.83
8891792--8891828	14	2.9	13	85	14	51	72	0	27	0	0.84
8894599--8894741	33	4.3	33	68	10	103	30	18	27	24	1.98
8894533--8894756	99	2.3	99	92	0	367	30	16	26	25	1.97
8900437--8900468	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
8905097--8905199	31	3.3	31	69	17	88	43	2	0	52	1.22
8906170--8906211	20	2.0	21	90	4	68	33	28	16	21	1.95
8910975--8911002	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
8912014--8912201	45	4.2	44	77	10	170	30	27	17	25	1.97
8914386--8914423	19	2.0	20	84	5	51	42	18	13	26	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8917178--8917251	29	2.6	29	82	4	96	35	9	6	48	1.62
8917278--8917323	24	2.0	23	86	4	65	50	26	0	23	1.50
8923194--8923236	18	2.4	18	88	7	61	53	0	0	46	1.00
8941031--8941087	29	1.9	30	92	3	98	19	43	0	36	1.51
8943473--8943536	31	2.1	31	90	0	101	31	21	7	39	1.82
8943620--8943666	21	2.3	20	88	3	76	65	0	8	25	1.20
8943881--8943919	15	2.6	16	88	8	55	56	5	0	38	1.22
8945369--8945498	62	2.1	62	100	0	260	38	20	16	24	1.93
8946081--8946133	15	3.7	15	87	7	76	56	0	0	43	0.99
8946087--8946122	17	2.1	17	94	0	63	55	0	0	44	0.99
8946400--8946453	3	18.0	3	100	0	108	66	0	0	33	0.92
8947842--8947888	20	2.3	20	81	0	58	23	2	4	70	1.16
8947885--8947926	18	2.3	19	87	4	59	33	4	2	59	1.31
8948844--8949182	114	3.0	113	90	1	527	36	15	15	32	1.89
8950413--8950452	20	2.0	20	90	0	62	37	5	25	32	1.77
8960404--8960446	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
8962418--8962478	18	3.3	19	79	11	72	39	0	0	60	0.97
8976496--8976715	108	2.0	108	99	0	431	27	15	30	27	1.96
8977209--8977280	31	2.3	33	80	9	87	44	0	1	54	1.08
8977232--8977284	21	2.6	22	80	14	60	41	0	0	58	0.98
8981885--8981919	3	11.7	3	93	0	61	62	0	37	0	0.95
8993173--8993244	36	2.0	37	81	13	87	33	1	6	58	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8995644--8995679	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
8999998--9000022	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
9000328--9000357	15	2.0	15	93	0	51	70	0	3	26	1.03
9000325--9000374	26	2.0	25	92	4	82	64	0	4	32	1.12
9002576--9002650	3	25.0	3	97	0	141	68	0	32	0	0.90
9007105--9007190	43	2.0	43	97	0	163	18	12	30	38	1.88
9013480--9013533	26	2.1	26	86	3	74	42	3	31	22	1.71
9013666--9013823	84	1.9	84	81	0	190	26	22	17	34	1.95
9014028--9014053	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
9016784--9016832	24	2.0	24	100	0	98	24	16	16	42	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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