Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold_109 ID=scaffold_109-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 19888
ACGTcount: A:0.24, C:0.07, G:0.12, T:0.23
Warning! 6728 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:3610 original size:41 final size:40
Alignment explanation
Indices: 3534--3611 Score: 95
Period size: 41 Copynumber: 1.9 Consensus size: 40
3524 CCAAAATGTA
* * *
3534 TCACCGGTATTAAGCCTGCTAGACGTAAAGTCTGAATTATT
1 TCACCGGCATCAAGCCTGCTAGA-GTAAAGCCTGAATTATT
3575 TCACCGGCATCAAGCCTGCTAG-GTACATAGCCTGAAT
1 TCACCGGCATCAAGCCTGCTAGAGTA-A-AGCCTGAAT
3612 AACTGAGATG
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 3, Indels: 4
0.82 0.08 0.10
Matches are distributed among these distances:
39 3 0.09
40 1 0.03
41 28 0.88
ACGTcount: A:0.28, C:0.24, G:0.21, T:0.27
Consensus pattern (40 bp):
TCACCGGCATCAAGCCTGCTAGAGTAAAGCCTGAATTATT
Found at i:6788 original size:624 final size:625
Alignment explanation
Indices: 6158--7582 Score: 2503
Period size: 624 Copynumber: 2.3 Consensus size: 625
6148 NNNNNNNNNN
*
6158 TTACAACTATATTTGTCTAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATATATGTTTGTTTCCTTATGATTA
1 TTACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATATATGTTTGTTTCCTTATGATTA
6223 TGTATATCAATTGTGAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCATTGTTCGCATGTAAATTAAT
66 TGTATATCAATTGTGAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCATTGTTCGCATGTAAATTAAT
* *
6288 AAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGATTATTTGGTCGTGGCAAATCTTGTAGTTTCACA
131 AAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGGCAAATCCTGTAGTTTCACA
*
6353 ATTTTGAAATGGATGTAACAGATTTATATTATGTGTACAGATAATTAATTAAGTAAAAATCACTA
196 ATTTTGAAATGGATGTAACAGACTTATATTATGTGTACAGATAATTAATTAAGTAAAAATCACTA
*
6418 AATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGGTCAATTTATTATGGATTATCAA
261 AATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGGTCAATTTATAATGGATTATCAA
6483 ACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTAGGGTGGAAGGTTTTGGGTGATTAAAT
326 ACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTAGGGTGGAAGGTTTTGGGTGATTAAAT
6548 GCATGAAATTTGA-TTTTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATTAAATGGAAATTAAAACAAA
391 GCATGAAATTTGATTTTTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATTAAATGGAAATTAAAACAAA
* *
6612 CTAAAAGACAAAAATGTTATCATCTCCTCTAATTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGA
456 CTAAAAGACAAAAATGTAATCATCTCCTCTAATTTGCTAATTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGA
* * *
6677 AGAAGCTTCTGGTCATGGTGTTTTTACATGCATGATCAACAAACGAACCAAACAGATCTAACCCG
521 AGAAGCTTCCGGTCATGGAGTTTTTACATGCATGATCAACAAACGAACCAAACAGATCTAAACCG
* *
6742 GGGAAAAGCTAATGTGTCAGATTTGTCGGCTGCTTCATTT
586 AGGAAAAGCTAATGTGTCAGATTAGTCGGCTGCTTCATTT
* * *
6782 TTACAACTATAATTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATATATGTTTGGTTCCTTATGATTG
1 TTACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATATATGTTTGTTTCCTTATGATTA
* * *
6847 CGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCATTGTTCGCATGTAAATTATT
66 TGTATATCAATTGTGAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCATTGTTCGCATGTAAATTAAT
* *
6912 AAATGTTGGAATTAAGTAGAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGGCAAATCCTGTGGTTTCACA
131 AAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGGCAAATCCTGTAGTTTCACA
* *
6977 ATTTTGAAATGGATGTAACAGACTTATATTATGTGTACAGATAATTTATTAAGTGAAAATCACTA
196 ATTTTGAAATGGATGTAACAGACTTATATTATGTGTACAGATAATTAATTAAGTAAAAATCACTA
7042 AATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGGTCAATTTATAATGGATTATCAA
261 AATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGGTCAATTTATAATGGATTATCAA
*
7107 ACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTAGGGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAAT
326 ACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTAGGGTGGAAGGTTTTGGGTGATTAAAT
* * *
7172 GCATGAAATTTGATTTTTTTCAGGGGAAAATTGTAAATTTGTAATTAAATGGAAATTAAAAGAAA
391 GCATGAAATTTGATTTTTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATTAAATGGAAATTAAAACAAA
7237 CTAAAAGACAAAAATGTAATCATCTCCTCTAATTTGCTAATTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGA
456 CTAAAAGACAAAAATGTAATCATCTCCTCTAATTTGCTAATTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGA
* * * * *
7302 AGAAGCTTCCGGTCATGGAGTTTTTACATGCATGATCAAGAAATGAACCAACCGGTTCTAAACCG
521 AGAAGCTTCCGGTCATGGAGTTTTTACATGCATGATCAACAAACGAACCAAACAGATCTAAACCG
7367 AGGAAAAGCTAATGTGTCAGATTAGTCGGCTGCTTCATTT
586 AGGAAAAGCTAATGTGTCAGATTAGTCGGCTGCTTCATTT
* *
7407 TTACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATATATTTTTGTTTCCTTATTATTA
1 TTACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATATATGTTTGTTTCCTTATGATTA
* * *
7472 TGTATATCAATTGTGAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTTGTCAATT-AT
66 TGTATATCAATTGTGAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCATTGTTCGCATGTAAATTAAT
7536 CAAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGG
131 -AAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGG
7583 AAANNNNNNN
Statistics
Matches: 756, Mismatches: 43, Indels: 3
0.94 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
624 388 0.51
625 368 0.49
ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.18, T:0.35
Consensus pattern (625 bp):
TTACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATATATGTTTGTTTCCTTATGATTA
TGTATATCAATTGTGAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCATTGTTCGCATGTAAATTAAT
AAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGGCAAATCCTGTAGTTTCACA
ATTTTGAAATGGATGTAACAGACTTATATTATGTGTACAGATAATTAATTAAGTAAAAATCACTA
AATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGGTCAATTTATAATGGATTATCAA
ACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTAGGGTGGAAGGTTTTGGGTGATTAAAT
GCATGAAATTTGATTTTTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATTAAATGGAAATTAAAACAAA
CTAAAAGACAAAAATGTAATCATCTCCTCTAATTTGCTAATTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGA
AGAAGCTTCCGGTCATGGAGTTTTTACATGCATGATCAACAAACGAACCAAACAGATCTAAACCG
AGGAAAAGCTAATGTGTCAGATTAGTCGGCTGCTTCATTT
Found at i:10418 original size:620 final size:621
Alignment explanation
Indices: 9227--11981 Score: 3763
Period size: 623 Copynumber: 4.4 Consensus size: 621
9217 NNNNNNNNNN
* *
9227 GAATAATAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGTTTTTACATGGATGATCAAGAAACGAACCA
1 GAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGTTTTTACATGCATGATCAAGAAACGAACCA
* * * * *
9292 AACAGATCTAAACCGGGGAAATGTTAATGTGTCAGATTTGTCGGCTGTTTCGTTTTTACAACTAT
66 AACAGATCTAAACCGGGGAAAAGCTAATGTGTCAGATTAGTCGGCTGCTTCATTTTTACAACTAT
*
9357 ATTTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATATACGCTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAA
131 ATTTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATATATGCTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAA
9422 TTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGA
196 TTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTTGT-AA--ATTAAATGTTGGA
* *
9487 ATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGCCGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAAT
258 ATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGGAAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAAT
* * * *
9552 GAATGTAACAGATTTATATTAGGTGTGCAGACAAGTAATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAG
323 GAATGTAACAGATTTATATTAGGTGTACAGATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAA
9617 GGTGCAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGGTCAATTTATAATGGATTATCAAACTAATGGAC
388 GGTGCAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGGTCAATTTATAATGGATTATCAAACTAATGGAC
* * * *
9682 TTAAACGGTAAATGCACCAAACGAACTTAGAGTGGATTGTTTTGGGTGATTAAATGTATGAAATT
453 TTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTAGAGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATT
* * *
9747 TGATTTTTTAAGTGAAAAATTGTACATTTGTAGTTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAA
518 TGATTTTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAA
9812 AAATGTTATCATCTCCTCTAATTTGCTATTTTGCAAACC
583 AAATGTTATCATCTCCTCTAATTTGCTATTTTGCAAACC
* *
9851 GAATAACAGAGAGGGAGAAGCTTCCGGTCATGGAGTTTTTACATGCATGATCAAGAAACGAGCCA
1 GAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGTTTTTACATGCATGATCAAGAAACGAACCA
* * * * * *
9916 ACCGGATCTAAACCGAGAAAAAGCTAATGTGTCCGATTAGTCGGCTGCTTCATTTTTGCAACTAT
66 AACAGATCTAAACCGGGGAAAAGCTAATGTGTCAGATTAGTCGGCTGCTTCATTTTTACAACTAT
9981 ATTTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATATATGCTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAA
131 ATTTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATATATGCTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAA
10046 TTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTTGT-AATTAAATGTTGGAATT
196 TTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTTGTAAATTAAATGTTGGAATT
* * *
10110 AGGTACAAATGGAAAATGAATTTTTTGTCGTGGAAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAA
261 AAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGGAAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAA
* * * * *
10175 TGTAAAAGATTTATATTATGTGTACAAATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAACTAGAAAAAGGT
326 TGTAACAGATTTATATTAGGTGTACAGATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAAGGT
*
10240 GCAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGGTCAATTTATTATGGATTATCAAACTAATGGACTTA
391 GCAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGGTCAATTTATAATGGATTATCAAACTAATGGACTTA
*
10305 AATGGTAAATGCACCAAATGAACTTAGAGTGGATAGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGA
456 AATGGTAAATGCACCAAATGAACTTAGAGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGA
10370 TTTTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAA
521 TTTTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAA
* *
10435 TGTTATCATCTCCTCGAATTTTCTATTTTGCAAACC
586 TGTTATCATCTCCTCTAATTTGCTATTTTGCAAACC
* * *
10471 GAATAACAGAGTGGAAGAAACTTCCGGTCATGGAGTTTTTACATGCATGATCAACAAACGAACCA
1 GAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGTTTTTACATGCATGATCAAGAAACGAACCA
* * * * *
10536 ACCGGATCTAAACCGAGGAAAAGCTAATGTGTCAGATTAGTCAGCTGCTTCATTTTTTACAACAA
66 AACAGATCTAAACCGGGGAAAAGCTAATGTGTCAGATTAGTCGGCTGCTTCA-TTTTTACAACTA
* * * *
10601 TATTTTTCGAGGTAAGTTTGTAGTATACAATATATATGTTTGTTTCCTTATGATTACGTATATCA
130 TATTTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATATATGCTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCA
*
10666 ATTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCATTTTTTGCTTGTAAATTATTANNNNNNNN
195 ATTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTTGTAAATTA--A--------
****************************************************
10731 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
250 -------------ATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGGAAAATCTT
*************************** *
10796 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACAGATTTATATTATGTGTACAGATAATTAATTAAGT
302 GTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAACAGATTTATATTAGGTGTACAGATAATTAATTAAGT
*
10861 AAAAATCACTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATGGATTTCTATTAGGTAAAGGGGTCAATTTATAA
367 AAAAATCACTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGGTCAATTTATAA
*
10926 TGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTAGGGTGGATGGTTTTG
432 TGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTAGAGTGGATGGTTTTG
10991 GGTGATTAAATGCATGAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATTAAATGGAAA
497 GGTGATTAAATGCATGAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATTAAATGGAAA
*
11056 TTAAAACGAACTAAAAGAC-AAAATGTTATCATCTCCTCTAATTTGCTATTTTGCAAACC
562 TTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTTATCATCTCCTCTAATTTGCTATTTTGCAAACC
*
11115 GAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGTTTTTACATGCATGATCAACAAACGAACCA
1 GAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGTTTTTACATGCATGATCAAGAAACGAACCA
* * *
11180 AACAGAGCCAAACCGGGGAAAAGCTAATGTGTCAGATTGGTCGGCTGCTTCATTTTTACAACTAT
66 AACAGATCTAAACCGGGGAAAAGCTAATGTGTCAGATTAGTCGGCTGCTTCATTTTTACAACTAT
* *
11245 ATTTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATATATGTTTGTTTCCTTATGATTACGTATATCAA
131 ATTTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATATATGCTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAA
* * *
11310 TTGTTAGTTAAATTTTAATTAATGTGAAAATTTCATTGTTTGCATGTAAATTATGAAATGTTGCA
196 TTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTTGTAAA-T-T-AAATGTTGGA
* *
11375 ATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGGTAAATCTTGTGCTTTCACAATTTTGAAAT
258 ATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGGAAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAAT
* * *
11440 GGATGTAACAGATTTATATTAGGTGTACTGATAATTAATTAAGTCAAAATCACTAAATTGAAAAA
323 GAATGTAACAGATTTATATTAGGTGTACAGATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAA
*
11505 GGTGCAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGGTCAATTTATAATGGATTATCAAACTAATAGAC
388 GGTGCAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGGTCAATTTATAATGGATTATCAAACTAATGGAC
* *
11570 TTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTAGGGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGTATGAAATT
453 TTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTAGAGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATT
*
11635 TGATGTTTTAAGGG-AAAATTGTAAATTTGTAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAA
518 TGATTTTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAA
11699 AAATGTTATCATCTCCTCTAATTTGCTATTTTGCAAACC
583 AAATGTTATCATCTCCTCTAATTTGCTATTTTGCAAACC
11738 GAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGTTTTTACATAG-ATGATCAAGAAACGAACC
1 GAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGTTTTTACAT-GCATGATCAAGAAACGAACC
* * * *
11802 AAACAGATCTAAACCGGGGAAATGCTAATGTGTCAGATTTGTTGGCTGCTTCATTTTTGCAACTA
65 AAACAGATCTAAACCGGGGAAAAGCTAATGTGTCAGATTAGTCGGCTGCTTCATTTTTACAACTA
11867 TATTTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATATATGCTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCA
130 TATTTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATATATGCTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCA
*
11932 ATTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCATTGTTCGCTTGTAA
195 ATTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTTGTAA
11982 TTANNNNNNN
Statistics
Matches: 1842, Mismatches: 259, Indels: 61
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
620 462 0.25
621 118 0.06
622 53 0.03
623 466 0.25
624 228 0.12
643 122 0.07
644 148 0.08
645 244 0.13
646 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.10, G:0.18, T:0.33
Consensus pattern (621 bp):
GAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGTTTTTACATGCATGATCAAGAAACGAACCA
AACAGATCTAAACCGGGGAAAAGCTAATGTGTCAGATTAGTCGGCTGCTTCATTTTTACAACTAT
ATTTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATATATGCTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAA
TTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTTGTAAATTAAATGTTGGAATT
AAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGGAAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAA
TGTAACAGATTTATATTAGGTGTACAGATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAAGGT
GCAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGGTCAATTTATAATGGATTATCAAACTAATGGACTTA
AATGGTAAATGCACCAAATGAACTTAGAGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGA
TTTTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAA
TGTTATCATCTCCTCTAATTTGCTATTTTGCAAACC
Found at i:12707 original size:68 final size:68
Alignment explanation
Indices: 12598--12726 Score: 240
Period size: 68 Copynumber: 1.9 Consensus size: 68
12588 AATGTGGCAA
* *
12598 ATTAGTCGGCTGCTTCATTTTTACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATAGTGT
1 ATTAGTCGGCTGCTTCATTTTTACAACTATATTTGACGAGGTAAGTTTGTAATATATAATAGTGT
12663 CAG
66 CAG
12666 ATTAGTCGGCTGCTTCATTTTTACAACTATATTTGACGAGGTAAGTTTGTAATATATAATA
1 ATTAGTCGGCTGCTTCATTTTTACAACTATATTTGACGAGGTAAGTTTGTAATATATAATA
12727 TATATGTTTG
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 2, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
68 59 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.12, G:0.19, T:0.41
Consensus pattern (68 bp):
ATTAGTCGGCTGCTTCATTTTTACAACTATATTTGACGAGGTAAGTTTGTAATATATAATAGTGT
CAG
Found at i:19498 original size:624 final size:623
Alignment explanation
Indices: 18650--19884 Score: 2103
Period size: 624 Copynumber: 2.0 Consensus size: 623
18640 NNNNNNNNNN
* *
18650 GTTTTGGGTGATTCAATGCATGAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAATTGTAAATTTGTAATTAAAT
1 GTTTTGGGCGATTAAATGCATGAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAATTGTAAATTTGTAATTAAAT
*
18715 GGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTTATCATCTCCTCTAATTTGCTATTTTGCACACC
66 GGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTTATCATCTCCTCTAATTTGCTATTTTGCAAACC
*
18780 GAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGTTTTTACATATATGATCAACAAACGAACCA
131 GAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGTTTTTACATACATGATCAACAAACGAACCA
** * *
18845 ACCGGATCAAAACCGAGGAAAAGCTAATGTGTCAGATTAGTCAGCTCCTTCATTTTTATAACAAT
196 ACCAAATCAAAACCGAGGAAAACCTAATGTGTCAGATTAGTCAGCTCCTTCATTTTTACAACAAT
* *
18910 ATTTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATATATGTTTGTTTCCTTATGATTACGTATATCAA
261 ATTTGTCGAGGTAAGTTTCTAGTATATAATATATATGTTTGTTTCCTAATGATTACGTATATCAA
* *
18975 TTGTGAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGA
326 TTGTGAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCATTGTTCGCCTGTAAATTATTAAATGTTGGA
*
19040 ATTAAGTACAAATGGGAAATGAATATTTGGTCGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAAT
391 ATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAAT
* *
19105 GGATGTAACAGATTTATATTATGTGTACAGATACTCAATTAAGCAAAAATCACTAAATTGAAAAA
456 GGATGTAACAGATGTATATTATGTGTACAGATAATCAATTAAGCAAAAATCACTAAATTGAAAAA
* *
19170 GGTGCAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAATGGGTCAATTTATAATGGATTATCAAACTAATGGAC
521 GGTGCAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGGTCAATTAATAATGGATTATCAAACTAATGGAC
*
19235 TTAAATGGTAAATGCACCTAATGAACCTAGGGTGGATG
586 TTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACCTAGGGTGGATG
*
19273 GTTTTGGGCGATTAAATGCATGAAATTTGATTTTTTTAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATTAAA
1 GTTTTGGGCGATTAAATGCATGAAATTTGATTTTTTAAGGG-AAAATTGTAAATTTGTAATTAAA
* * *
19338 TGGAAATTAAAACAAACTACAAGACAAAAATGTTATCATCTCCTCTAATTTTCTATTTTGTAAAC
65 TGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTTATCATCTCCTCTAATTTGCTATTTTGCAAAC
* *
19403 CGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGTTTTTACATGCATGATCAACAAACTAACC
130 CGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGTTTTTACATACATGATCAACAAACGAACC
* * * * * *
19468 TAA-CAAATCTAAACCGGGGAAAACCTAATGTGTCAGATTTGTCGGCTGCTTCATTTTTACAACT
195 -AACCAAATCAAAACCGAGGAAAACCTAATGTGTCAGATTAGTCAGCTCCTTCATTTTTACAACA
*
19532 ATTTTTGTCGAGGTAAGTTTCTAGTATATAATATATATGTTTGTTTCCTAATGATTACGTATATC
259 ATATTTGTCGAGGTAAGTTTCTAGTATATAATATATATGTTTGTTTCCTAATGATTACGTATATC
*
19597 AATTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCATTGTTCGCCTGTAAATTATTAAATGTTG
324 AATTGTGAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCATTGTTCGCCTGTAAATTATTAAATGTTG
* *
19662 GAATTAAGTAGAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGGGAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAA
389 GAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAA
* * *
19727 ATGGATGTAACAGATGTATATTATGTGTGCAGATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAA
454 ATGGATGTAACAGATGTATATTATGTGTACAGATAATCAATTAAGCAAAAATCACTAAATTGAAA
*
19792 AAGGTGCAAAAATTGATTTCTATTAGGTAAAGGGGTCAATTAATAATGGATTATCAAACTAATGG
519 AAGGTGCAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGGTCAATTAATAATGGATTATCAAACTAATGG
19857 ACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAAC
584 ACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAAC
19885 TTAG
Statistics
Matches: 572, Mismatches: 38, Indels: 3
0.93 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
623 38 0.07
624 532 0.93
625 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (623 bp):
GTTTTGGGCGATTAAATGCATGAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAATTGTAAATTTGTAATTAAAT
GGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTTATCATCTCCTCTAATTTGCTATTTTGCAAACC
GAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGTTTTTACATACATGATCAACAAACGAACCA
ACCAAATCAAAACCGAGGAAAACCTAATGTGTCAGATTAGTCAGCTCCTTCATTTTTACAACAAT
ATTTGTCGAGGTAAGTTTCTAGTATATAATATATATGTTTGTTTCCTAATGATTACGTATATCAA
TTGTGAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCATTGTTCGCCTGTAAATTATTAAATGTTGGA
ATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAAT
GGATGTAACAGATGTATATTATGTGTACAGATAATCAATTAAGCAAAAATCACTAAATTGAAAAA
GGTGCAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGGTCAATTAATAATGGATTATCAAACTAATGGAC
TTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACCTAGGGTGGATG
Done.