Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0
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Warning! 1052928 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 179 of 210
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53362808 ATTAAAGGGG
* *
53362818 AAATTAAATCAATTTGATTA
1 AAATCAAATCAAATTGATTA
53362838 AAATCAAATCAAATTGATTA
1 AAATCAAATCAAATTGATTA
* * *
53362858 GAATTAAATAAAAT
1 AAATCAAATCAAAT
53362872 CAGGATATAT
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AAATCAAATCAAATTGATTA
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53363833 TCTTAAAATA
53363843 TTAT TTAT TTAT TTAT TTAT TTAT TT
1 TTAT TTAT TTAT TTAT TTAT TTAT TT
53363869 TAATCAATTA
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TTAT
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53369375 AGTATCGAAG
*
53369385 TACAATAATCATATCATAATAATTACCATGATTTCAAAAGCGCGCAGAA
1 TACAATAATCATACCATAATAATTACCATGATTTCAAAAGCGCGCAGAA
53369434 TACAATAATCATACCATAATAATTACCATGATTTCAAAAGCGCGCA
1 TACAATAATCATACCATAATAATTACCATGATTTCAAAAGCGCGCA
53369480 AAAAATTTAA
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TACAATAATCATACCATAATAATTACCATGATTTCAAAAGCGCGCAGAA
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53369587 TTGAATTTAA
* * *
53369597 TTTAATTTTTTATTTTTATTTTGAAACAATTAAGATCACATTTT
1 TTTAATTTTTTATTTTCATTTTGAAACAAATAAGATCAAATTTT
**
53369641 TTTAATTGTTTTAATTTTGCATTTTGAAGGAAATAAGATCAAATTTT
1 TTTAATT-TTTT-ATTTT-CATTTTGAAACAAATAAGATCAAATTTT
53369688 TT
1 TT
53369690 GAGCTTAAGA
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TTTAATTTTTTATTTTCATTTTGAAACAAATAAGATCAAATTTT
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53369701 TTAAAACTTA
53369711 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
53369747 TATTTACATA
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1.00 0.00 0.00
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AT
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53373165 AAACCACTTG
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1 AGTTCAAACTCTCA-GAGAGCAAGTGGAAAATCCT
53373210 AGTTCAAACTCTC-GAG-GCAAGTGGAAAATCC
1 AGTTCAAACTCTCAGAGAGCAAGTGGAAAATCC
53373241 CCATCTAGGC
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AGTTCAAACTCTCAGAGAGCAAGTGGAAAATCCT
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53384088 AAACTGATAT
*
53384098 TTAGCAGCGTTTTCA-ATAGAACGCCGCAAAAAAAATGCA
1 TTAGCAGCGTTTTCACATAAAACGCCGCAAAAAAAATGCA
*
53384137 TTAGCGGCGTTTTCACATAAAACGCCGCAAAAAAAATG
1 TTAGCAGCGTTTTCACATAAAACGCCGCAAAAAAAATG
53384175 GTACGGCGTC
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TTAGCAGCGTTTTCACATAAAACGCCGCAAAAAAAATGCA
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53384089 AACTGATATT
* * *
53384099 TAGCAGCGTTTTCAATAGAACGCCGCAAAAAAAATGCAT
1 TAGCGGCGTTTTCAATAAAACGCCGCAAAAAAAATG-AG
53384138 TAGCGGCGTTTTCACATAAAACGCCGCAAAAAAAATG-G
1 TAGCGGCGTTTTCA-ATAAAACGCCGCAAAAAAAATGAG
53384176 TA-CGGCGT
1 TAGCGGCGT
53384184 CGTTTCTGTG
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TAGCGGCGTTTTCAATAAAACGCCGCAAAAAAAATGAG
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53385490 CAGGTATGGA
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1 TTAGGGTTTAGGATCT-AGGTTTAGGGGT
*
53385528 TTAGGG-TTAGGGTCTAGGTTTAGGGGT
1 TTAGGGTTTAGGATCTAGGTTTAGGGGT
53385555 T
1 T
53385556 AGTGATTTGG
Statistics
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TTAGGGTTTAGGATCTAGGTTTAGGGGT
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53385490 CAGGTATGGA
*
53385500 TTAGGGTTTA-GGA
1 TTAGGGTTTAGGGG
*
53385513 TTAAGGTTTAGGGG
1 TTAGGGTTTAGGGG
53385527 TTTAGGG-TTA-GGG
1 -TTAGGGTTTAGGGG
53385540 TCTA-GGTTTAGGGG
1 T-TAGGGTTTAGGGG
53385554 TTAG
1 TTAG
53385558 TGATTTGGGA
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0.72 0.06 0.22
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12 3 0.08
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TTAGGGTTTAGGGG
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53385540 TCTAGGTTTA
53385550 GGGGTTAGTGATTTGGGATTT
1 GGGGTTAGTGATTTGGGATTT
* * *
53385571 GGGGTTGGTGGTTTGGGGTTT
1 GGGGTTAGTGATTTGGGATTT
*
53385592 GGGGTTTGTGATTT
1 GGGGTTAGTGATTT
53385606 ATATTACAAT
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GGGGTTAGTGATTTGGGATTT
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53385551 GGGTTAGTGA
*
53385561 TTTGGGATTTGGGG
1 TTTGGGGTTTGGGG
53385575 -TTGGTGGTTTGGGG
1 TTTGG-GGTTTGGGG
53385589 TTTGGGGTTTG
1 TTTGGGGTTTG
53385600 TGATTTATAT
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14 14 0.64
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TTTGGGGTTTGGGG
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53386057 ATTAAAGATA
53386067 AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT AAA
1 AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT AAA
53386098 AGATGTGAGA
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1.00 0.00 0.00
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AAAT
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53386377 CACTTAGTCG
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1 AAATTCCCCCCAAATTATCCCCA
* *
53386410 AAATTCCCCCCGAATTTTCCCC
1 AAATTCCCCCCAAATTATCCCC
53386432 CCAAAATCCC
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23 20 1.00
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AAATTCCCCCCAAATTATCCCCA
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53386377 CACTTAGTCG
53386387 AAATTCCCCCC
1 AAATTCCCCCC
* *
53386398 AAATTATCCCCA
1 AAATT-CCCCCC
53386410 AAATTCCCCCC
1 AAATTCCCCCC
*
53386421 GAATTTTCCCCCC
1 -AA-ATTCCCCCC
*
53386434 AAAATCCCCC
1 AAATTCCCCC
53386444 AATTCTAGAA
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11 15 0.42
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AAATTCCCCCC
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53386778 TGTAATACTG
53386788 TTTGTTCATAAT
1 TTTGTTCATAAT
53386800 TTTGTT-ACTAAT
1 TTTGTTCA-TAAT
*
53386812 TTTGTTCATAAG
1 TTTGTTCATAAT
53386824 TTTG
1 TTTG
53386828 AAACTGGTTG
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0.83 0.03 0.13
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11 1 0.04
12 23 0.92
13 1 0.04
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TTTGTTCATAAT
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53388239 TTCTAGAAAT
* * * *
53388249 TTTTA-AAACTAATTGTACATGTTATTTTTCTAAATATTAACATCTATATTTTCAATAATAATTT
1 TTTTAGAAA-TAATTGTAAATGTTATTTTGCTAAATATTAACATATATATTTTCAATAATAAATT
53388313 TTATAA
65 TTATAA
53388319 TTTTAGAAATAATTGTAAATGTTATTTTGCTAAATATTAACATATATATTTTCAATAATAAATTT
1 TTTTAGAAATAATTGTAAATGTTATTTTGCTAAATATTAACATATATATTTTCAATAATAAATTT
53388384 TATAA
66 TATAA
53388389 TTTTAGAAATAATTGTAAATGTTATTTT
1 TTTTAGAAATAATTGTAAATGTTATTTT
53388417 CTATATTTTC
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Matches: 93, Mismatches: 4, Indels: 2
0.94 0.04 0.02
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70 90 0.97
71 3 0.03
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TTTTAGAAATAATTGTAAATGTTATTTTGCTAAATATTAACATATATATTTTCAATAATAAATTT
TATAA
Found at i:53389071 original size:9 final size:9
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53389043 AACTTGTCGG
*
53389053 ACTTGCATA
1 ACTTACATA
*
53389062 ACTTATATA
1 ACTTACATA
*
53389071 A--TACTTA
1 ACTTACATA
53389078 ACTTACATA
1 ACTTACATA
53389087 ACTTACATA
1 ACTTACATA
53389096 ACTTACATA
1 ACTTACATA
53389105 A
1 A
53389106 TACTTGGGTT
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 5, Indels: 4
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
7 5 0.14
9 32 0.86
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Consensus pattern (9 bp):
ACTTACATA
Found at i:53389096 original size:34 final size:34
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Indices: 53389053--53389388 Score: 159
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53389043 AACTTGTCGG
*
53389053 ACTTGCATAACTTATATAATACTTAACTTACATA
1 ACTTACATAACTTATATAATACTTAACTTACATA
* *** *
53389087 ACTTACATAACTTACATAATACTTGGGTTACGTA
1 ACTTACATAACTTATATAATACTTAACTTACATA
* * **
53389121 A--TACATAA--TAT-T-ATACATAACTCACGCA
1 ACTTACATAACTTATATAATACTTAACTTACATA
* * * * * ***
53389149 ACTAAAATGAAATTAATATTATACATTAACTTGTCGGG
1 ACTTACAT-AACTT-ATATAATAC-TTAACTT-ACATA
* * *
53389187 ACGTGCATAACTTATATAATACTTAATTTACATA
1 ACTTACATAACTTATATAATACTTAACTTACATA
* *
53389221 ACTTACATAACTTACATAATACATAACTTACATA
1 ACTTACATAACTTATATAATACTTAACTTACATA
* * * *
53389255 A-TAACATAATACGTTACATAATATTTTACGTAACTCACATA
1 ACTTACAT-A-AC-TT--AT-ATA--ATACTTAACTTACATA
* * * * **
53389296 AC-TAAATGAATTTATATTATACATTAACTTGTC-GG
1 ACTTACAT-AACTTATATAATAC-TTAACTT-ACATA
*
53389331 ACTTGCATAACTTATATAATACTTAACTTACATA
1 ACTTACATAACTTATATAATACTTAACTTACATA
*
53389365 ACTTACATAACTTACATAATACTT
1 ACTTACATAACTTATATAATACTT
53389389 GGGGGGCGTA
Statistics
Matches: 218, Mismatches: 61, Indels: 46
0.67 0.19 0.14
Matches are distributed among these distances:
28 11 0.05
29 1 0.00
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31 2 0.01
32 7 0.03
33 7 0.03
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39 5 0.02
40 1 0.00
41 18 0.08
ACGTcount: A:0.42, C:0.17, G:0.06, T:0.36
Consensus pattern (34 bp):
ACTTACATAACTTATATAATACTTAACTTACATA
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Indices: 53389192--53389255 Score: 73
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53389182 TCGGGACGTG
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1 CATAACTTA
*
53389201 TATAA--TA
1 CATAACTTA
* *
53389208 CTTAATTTA
1 CATAACTTA
53389217 CATAACTTA
1 CATAACTTA
53389226 CATAACTTA
1 CATAACTTA
53389235 CATAA--TA
1 CATAACTTA
53389242 CATAACTTA
1 CATAACTTA
53389251 CATAA
1 CATAA
53389256 TAACATAATA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 5, Indels: 8
0.78 0.08 0.14
Matches are distributed among these distances:
7 12 0.26
9 34 0.74
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Consensus pattern (9 bp):
CATAACTTA
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Indices: 53389192--53389257 Score: 86
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53389182 TCGGGACGTG
* *
53389192 CATAACTTATATAATACTTA-AT-TTA
1 CATAACTTACATAATACTTACATAATA
53389217 CATAACTTACAT-A-ACTTACATAATA
1 CATAACTTACATAATACTTACATAATA
53389242 CATAACTTACATAATA
1 CATAACTTACATAATA
53389258 ACATAATACG
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 2, Indels: 6
0.81 0.05 0.14
Matches are distributed among these distances:
23 5 0.14
24 3 0.09
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27 1 0.03
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Consensus pattern (27 bp):
CATAACTTACATAATACTTACATAATA
Found at i:53389273 original size:20 final size:17
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Indices: 53389192--53389277 Score: 86
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53389182 TCGGGACGTG
*
53389192 CATAACTTATATAAT-A
1 CATAACTTACATAATAA
* * *
53389208 CTTAATTTACATAACTTA
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1 CATAACTTACATAATAA
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CATAACTTACATAATAA
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*
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*
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*
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1 A
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ACTTACATA
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*
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*
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* * * *
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*
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TACATAATATTATACATAACTCACACAACTAAAATGAAATTAATATTATACATTAACTTGTCGGG
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ATAATAACATAATACGT
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* *
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* *
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* *
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CACTGATATGTAGCCGAAGCTAC
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* * *
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* * * * * * **
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* ** * * * *
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* *
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* ** * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* *
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*
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AAAGCGCCGCTAAAGGTCAATGTATTTAGCGGCGTTTTTAGTG
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* * **
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* * *
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* * * * * *
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** * * *
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* **
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* * * **
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** *
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*
53400190 ACTTTTAGCGGCGCTTAATTCACAAACGCCGCTAAAGGCCGTG
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* ** *
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* * * *
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* * *
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* *
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* * *
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*
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*
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TAGCGGCGTTTGTATCAAAC
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*
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*
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CTCTGCTTCTCTCGCTGCAGC
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*
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* * *
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*
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*
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*
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*
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*
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* *
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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* * *
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* *
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*
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* *
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* *
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* * *
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53406477 TAGATAACTT
* * * *
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53465939 NNNNNNNNNN
Statistics
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Statistics
Matches: 577, Mismatches: 77, Indels: 70
0.80 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
20 84 0.15
21 264 0.46
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* * * *
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*** *
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*** * * *
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*
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*
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* * *
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*
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* *
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53468360 NNNNNNNNNN
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* * ** *
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AGGCGGCACCAAAGGTGCCTTTCCGAT
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*
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*
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AAAATTCTAAAAATGAAT
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TTGTTCTAATGAACTTGAAT
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* *
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*
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* * * *
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* * * * *
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1 AA
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* *
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*
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*
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*
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1 GTAAT
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* *
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* *
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1 CATT
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* * *
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*
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Indices: 53517802--53517826 Score: 50
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1 AGCTTTGAAACA
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AG
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*
53531979 AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAC AAT AAT AAT AA
1 AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AA
53532017 GGAAAGTGAA
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AAT
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Indices: 53532557--53532592 Score: 54
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* *
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1 TTTTCTTTTT
53532593 GTTTCTTGCT
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*
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* * *
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1 AT
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*
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* *
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* *
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*
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1 TTTT
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Done.