genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62681010

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  76  of  210  ( 25152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22801015--22801085	35	2.0	35	88	0	106	29	18	26	25	1.98
22802538--22802972	110	4.0	109	92	3	698	33	18	17	31	1.94
22803613--22803642	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
22803719--22803747	12	2.3	13	94	5	51	82	3	0	13	0.79
22816327--22816365	16	2.4	16	83	12	53	30	7	0	61	1.24
22816729--22816770	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
22821809--22821851	21	2.0	21	100	0	86	20	13	27	37	1.91
22822412--22822451	11	3.3	13	76	20	50	35	0	0	65	0.93
22822626--22822666	11	3.7	11	80	0	55	53	2	17	26	1.56
22832692--22832784	46	2.0	46	89	0	141	36	12	26	23	1.91
22837282--22837356	21	3.6	21	74	0	69	18	24	25	32	1.97
22843104--22843199	47	2.0	47	93	0	165	43	7	16	32	1.75
22852280--22852323	21	2.1	21	100	0	88	36	43	9	11	1.72
22853306--22853446	35	4.0	35	82	4	122	40	32	10	16	1.83
22853353--22853468	35	3.3	35	85	0	160	42	29	11	17	1.84
22856147--22856182	17	2.1	18	90	10	58	50	8	0	41	1.33
22856417--22856452	17	2.1	18	90	10	58	50	11	0	38	1.38
22856020--22857103	270	4.0	270	94	0	1859	37	15	5	41	1.70
22856687--22856722	17	2.1	18	90	10	58	50	11	0	38	1.38
22856958--22856993	17	2.1	18	90	10	58	50	11	0	38	1.38
22857518--22857550	17	1.9	17	93	0	57	30	12	15	42	1.83
22858734--22858786	20	2.7	20	82	2	72	33	16	13	35	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22860310--22860340	15	2.1	15	93	0	53	16	6	9	67	1.39
22861934--22862006	37	2.0	36	84	10	96	36	0	4	58	1.17
22861993--22862046	20	2.9	18	77	22	58	37	1	5	55	1.34
22862147--22862269	29	4.2	29	79	5	122	36	19	4	39	1.71
22862147--22862269	58	2.1	59	81	4	142	36	19	4	39	1.71
22862974--22863018	14	3.1	15	84	12	58	37	31	28	2	1.69
22863020--22863086	8	7.8	9	80	12	79	80	0	19	0	0.71
22863016--22863077	23	2.8	21	83	11	79	83	0	16	0	0.64
22863018--22863075	7	7.9	7	75	17	55	82	0	17	0	0.66
22863407--22863441	16	2.2	16	89	0	52	31	11	5	51	1.61
22863562--22863859	17	16.2	18	68	17	134	33	13	9	43	1.77
22863561--22863657	34	2.8	35	90	6	162	32	13	10	43	1.78
22863635--22863679	22	2.1	22	87	4	65	40	11	8	40	1.72
22863610--22863717	57	1.9	56	86	5	155	35	12	10	41	1.77
22863694--22863859	37	4.4	39	78	13	161	34	12	9	43	1.75
22863675--22863853	37	4.8	37	76	13	138	36	13	8	41	1.76
22863713--22863919	72	2.8	72	80	14	203	36	12	9	41	1.76
22863753--22863918	37	4.6	33	77	17	145	35	12	10	42	1.76
22863889--22863921	16	2.0	17	88	5	50	45	9	9	36	1.68
22877945--22877974	12	2.5	12	100	0	60	6	16	13	63	1.50
22879287--22879341	23	2.4	23	81	0	65	25	30	16	27	1.96
22879320--22879393	27	2.7	27	87	4	105	24	27	13	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22884659--22884688	15	2.0	15	100	0	60	66	6	20	6	1.38
22891057--22891096	22	1.9	22	85	10	57	20	15	22	42	1.88
22895994--22896025	12	2.6	13	90	9	50	21	15	12	50	1.77
22897316--22897355	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
22897525--22897575	26	2.2	24	78	21	56	60	5	0	33	1.21
22898733--22898757	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
22911113--22911185	23	3.2	23	90	0	110	20	19	28	31	1.97
22919827--22920181	27	13.2	27	79	4	310	44	20	14	21	1.86
22927374--22927607	40	5.9	40	79	2	211	41	24	18	15	1.90
22933909--22934102	51	3.8	50	80	3	219	29	28	18	24	1.98
22933916--22934100	101	1.8	101	89	3	291	30	27	17	24	1.97
22936588--22936622	18	1.9	18	88	11	54	25	14	14	45	1.82
22944723--22944753	16	1.9	16	93	0	53	41	9	0	48	1.36
22953393--22953453	30	2.0	30	100	0	122	47	6	16	29	1.72
22966382--22966425	18	2.4	18	85	7	54	29	0	2	68	1.02
22966556--22966590	15	2.2	16	90	5	54	34	2	0	62	1.10
22966992--22967049	19	3.0	20	73	19	59	36	5	1	56	1.32
22973107--22973864	44	17.5	43	67	16	285	27	23	21	28	1.99
22973145--22973427	128	2.2	128	93	0	485	27	22	22	27	1.99
22973227--22973864	84	7.4	84	70	16	322	26	23	21	28	1.99
22973270--22973866	217	2.7	217	94	0	1050	27	23	21	28	1.99
22985271--22985404	66	2.0	66	98	0	259	44	16	17	22	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22992598--22992636	19	2.1	19	85	0	51	7	12	5	74	1.20
22993283--22993438	83	1.9	83	86	0	222	20	19	20	39	1.93
22993363--22993848	100	4.9	100	89	0	693	23	20	21	34	1.96
22993448--22993830	50	7.7	50	72	5	308	24	18	21	35	1.96
22994043--22994166	43	2.9	43	83	1	176	29	27	16	27	1.97
22994043--22994164	44	2.8	44	86	3	176	29	27	16	26	1.97
22994166--22994356	88	2.2	89	79	7	212	23	25	23	27	2.00
22994347--22994823	131	3.6	131	89	3	726	25	22	20	31	1.98
22997159--22997214	22	2.5	22	83	16	71	10	5	7	76	1.14
22997157--22997214	23	2.5	23	81	18	75	12	5	6	75	1.16
23001500--23001552	11	4.6	11	76	15	54	60	5	5	28	1.42
23005397--23005442	20	2.4	18	82	10	56	2	21	0	76	0.90
23008400--23008539	18	7.8	18	65	23	55	64	2	2	30	1.20
23008400--23008456	20	2.9	19	75	10	53	63	1	1	33	1.15
23008428--23008500	28	2.7	28	95	4	132	63	2	0	34	1.09
23008520--23008618	33	3.0	32	78	12	76	58	1	8	32	1.34
23008696--23008750	18	2.9	19	76	10	60	65	0	3	30	1.10
23010982--23011029	14	3.4	14	79	0	51	20	4	31	43	1.71
23016101--23016135	18	1.9	18	94	0	61	34	5	20	40	1.76
23025773--23025990	116	1.9	116	86	1	312	18	15	22	43	1.87
23026150--23026181	16	2.0	16	93	0	55	18	0	34	46	1.49
23032666--23032827	45	3.6	45	81	5	150	37	16	24	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23037995--23038048	28	1.9	28	84	0	72	29	22	18	29	1.97
23038008--23038048	14	2.9	14	81	0	55	24	21	24	29	1.99
23051469--23051555	20	4.2	20	78	11	88	41	2	3	52	1.31
23054290--23054361	10	7.3	10	73	19	53	29	4	2	63	1.27
23055202--23055234	16	2.1	16	94	0	57	48	6	0	45	1.27
23060923--23060977	23	2.3	24	81	3	67	49	1	1	47	1.23
23061547--23061576	6	4.8	6	92	8	51	36	0	0	63	0.95
23061547--23061576	13	2.4	12	94	5	51	36	0	0	63	0.95
23061738--23061776	19	2.2	17	90	9	60	71	0	10	17	1.12
23061726--23061776	17	2.8	18	85	8	68	66	0	9	23	1.21
23062443--23062489	3	15.7	3	100	0	94	65	0	0	34	0.93
23062986--23063041	29	2.0	27	89	6	85	41	26	21	10	1.86
23063117--23063260	78	1.9	74	80	13	168	25	0	24	50	1.55
23063248--23063315	28	2.5	27	81	6	84	41	2	25	30	1.70
23070784--23070808	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
23075667--23075695	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
23079332--23079362	16	1.9	16	100	0	62	29	12	19	38	1.89
23082958--23083001	2	22.0	2	95	0	79	47	0	0	52	1.00
23089537--23089600	3	21.3	3	87	6	94	31	1	0	67	1.00
23089594--23089654	25	2.5	24	78	5	59	37	11	3	47	1.56
23089597--23089677	21	3.6	22	73	14	58	37	9	4	48	1.58
23089615--23089677	21	2.8	22	78	11	65	36	6	4	52	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23089615--23089661	25	1.9	24	86	4	67	36	8	6	48	1.59
23090162--23090231	35	2.0	35	94	0	122	54	8	1	35	1.40
23097172--23097235	27	2.4	26	76	5	65	17	14	9	59	1.60
23102098--23102215	50	2.4	50	80	5	130	23	22	23	29	1.99
23102284--23102568	50	5.7	50	70	0	219	28	20	24	25	1.99
23102290--23102601	100	3.1	100	93	0	507	29	20	23	25	1.99
23102340--23102601	50	5.2	50	69	5	197	30	20	22	26	1.98
23102726--23102832	42	2.6	41	82	5	126	30	21	17	29	1.96
23102592--23102925	127	2.7	122	84	5	417	34	17	18	29	1.94
23104226--23104276	3	17.3	3	80	11	61	29	1	0	68	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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